CHICAGO (Reuters) - Las investigaciones sobre las enfermedades transmitidas por los alimentos se están transformando radicalmente mediante la secuenciación de todo el genoma, que las autoridades federales dicen que se puedan identificar la fuente de un brote mucho más rápida y prevenir casos adicionales.
Anteriormente, las muestras de los pacientes enfermos fueron enviados a los laboratorios estatales y federales, donde los detectives de enfermedades realizó pruebas para ver si las infecciones fueron causadas por el mismo error. Cuando surgieron bastantes partidos, por lo general una docena más o menos, epidemiólogos entrevistaron a personas enfermas, en busca de un alimento común que estaba causando el brote.
Sin embargo, la prueba no fue definitiva, y la vinculación de un caso a otro se tomó el tiempo. & Quot; Mientras todo esto sucedía, el producto más contaminado era el salir en público, & quot; dijo el Dr. Steven Musser, director adjunto de operaciones científicas en el Centro de la Administración de Alimentos y Fármacos de Estados Unidos para la Seguridad de los Alimentos y Nutrición Aplicada.
Ahora, la FDA está construyendo una red de laboratorios estatales y federales equipados para trazar el secuencia de ADN exacta de las cepas de Listeria, Salmonella y otros agentes patógenos transmitidos por los alimentos que se encuentran en los pacientes enfermos. Estas secuencias son luego se suben a una base de datos pública alojada en los Institutos Nacionales de Salud. La tecnología no sólo puede diferenciar un patógeno de múltiples especies relacionadas, pero también puede presentar ligeras mutaciones dentro de la misma cepa
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Al mismo tiempo, la FDA ha comenzado la secuenciación de patógenos que se encuentran durante las inspecciones de rutina de plantas y la adición de aquellos a la base de datos. Uno de los beneficios de eso, dicen, es ser capaz de conectarse rápidamente a los pacientes dentro de un brote. Otra es la posibilidad de identificar el origen de un brote después de sólo unos pocos pacientes se enferman, acortando el tiempo que toma para conseguir alimentos contaminados de los estantes de las tiendas.
Para aumentar las probabilidades de un partido, la FDA quiere que los fabricantes para contribuir muestras de patógenos que se encuentran en sus propias inspecciones de plantas. Algunos contaminación es común en plantas de alimentos. Cuando se encuentra en la planta de fabricación, pero no en los productos alimenticios, las empresas en general, sólo se requieren para limpiarlo sin retirada de productos.
Sin embargo, la eliminación de patógenos es difícil, y convencer a las empresas para ofrecer potencialmente tiene pruebas de cargo sido difícil de vender, según entrevistas con los funcionarios de salud pública, los fabricantes de alimentos y los expertos en retiros
& quot;. eso no es algo que hemos resuelto todavía, & quot; dijo Ruth Timme, un microbiólogo de la FDA que ha hablado con 10-15 empresas durante el año pasado sobre los beneficios de la secuenciación
& lsquo;. Bam! You & rsquo;. EM & rsquo ve consiguió; La FDA llegó a la convicción de la superioridad del nuevo enfoque durante un brote de 2014 de la salmonela que afecta a la mantequilla de maní hecha por nspired alimentos naturales de Oregon
La FDA había solo activado una red de. estatales, federales y académicos laboratorios para hacer la secuenciación del genoma, y la agencia también habían comenzado a secuenciar patógenos se recogió de hisopado superficies durante las inspecciones de fábrica. Todos estos códigos se han subido a la base de datos, conocida como GenomeTrakr.
Cuando la gente empezó a, los científicos y los socios de la FDA enfermos buscaron GenomeTrakr, en busca de coincidencias con las muestras de control. Encontraron el ADN de insectos de dos pacientes enfermos eran & quot; casi indistinguibles & quot; de la salmonela la FDA había encontrado en nspired alimentos, dijo el Dr. Eric Brown, director de la División de Microbiología de la FDA.
Los oficiales de partido permitido volver a utilizar mantequilla de maní contaminada. Sólo seis personas enfermaron
& quot;. Usted coger cosas mucho antes de & quot; con la secuenciación, dijo el Dr. David Lipman, director del Centro Nacional de Información Biotecnológica. & Quot; Puede ser dos casos. Si ve un partido, Bam! Tienes em & quot;.
Un toolSince más precisa del inicio de GenomeTrakr en 2012, 25.000 genomas de una variedad de patógenos se han añadido a la base de datos, y varios socios estatales y federales, incluyendo el Departamento de EE.UU. de Agricultura y los Centros para el control y la Prevención de Enfermedades, han firmado el.
los participantes están de acuerdo en que la secuenciación ofrece enormes ventajas sobre la técnica de huella genética de 20 años de edad, previamente utilizado, conocido como PFGE.
David Acheson, ex oficial tanto al USDA y la FDA, que ahora asesora a las empresas sobre la seguridad alimentaria, compara la diferencia con respecto a un testigo en un accidente de atropello y fuga. Mientras que la ECP podría identificar el vehículo como un Toyota Corolla de color marrón, la secuenciación del genoma proporciona el número de licencia e incluso el número de identificación del vehículo
& quot;. Ambos ayudan a identificar al culpable, & quot; dijo, pero uno identifica el error específico implicado.
El CDC comenzó a experimentar con la secuenciación del genoma en el otoño de 2013, uniéndose a la FDA y USDA en un proyecto piloto para secuenciar todos los casos de listeriosis en los pacientes y cargar las secuencias en la base de datos GenomeTrakr
para el piloto, los CDC en comparación secuenciación del genoma completo de PFGE, y se encontró que la secuenciación redujo el número de pistas falsas -.. los casos que parecen similares pero no son
En el primer año del proyecto Listeria, secuenciación completa del genoma identificó 19 grupos de Listeria y resolvió cuatro brotes. Eso se compara con la identificación de 14 plumeros y la solución de un brote del año anterior.
Técnicas blessingFor la industria alimentaria, la capacidad de ajustar más rápidamente las bacterias a partir de una muestra de un paciente con sus plantas es un arma de doble filo.
Musser de la FDA cree que la tecnología será finalmente aceptada por el sector, lo que podría utilizar la secuenciación para ver si los proveedores están trayendo la contaminación en sus plantas o si las bacterias han fijado su residencia en una esquina de la planta
& quot;. Estos son cosas industria nunca podría llegar a antes, & quot; dijo Musser
Bernie Steves de Aon Risk Solutions prácticas de gestión de crisis, que asesora a empresas sobre la retirada de productos, dijo secuenciación está atando enfermedades en las personas a la fuente de & quot;. rápido de lo que hemos visto antes, & quot; permitiendo a las empresas & quot; nip cosas de raíz & quot;.
Por el contrario, dijo, & quot; se otorga a los reguladores otra herramienta para localizar el origen de un problema potencial se obtiene de & quot;.
Eso podría significar más retiradas. Según el Centro para la Ciencia en el Interés Público, sólo alrededor del 40% de los brotes de padecimientos transmitidas por los alimentos 2002-2011 se resolvieron nunca, dejando que muchos fabricantes descolgado.
Para aliviar algunas de esas preocupaciones y obtener todavía más muestras, la FDA y sus socios están trabajando en el modo de permitir a las empresas a proporcionar muestras ciegas a través de un tercero
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Uno de estos programas llamados VoluntaryNet en la Universidad de Georgia permitiría a las empresas para proporcionar muestras de forma anónima. Para las empresas, el programa podría alertar a los agentes patógenos que residen en sus plantas. Si un patógeno presentado comienza a hacer las personas enfermas, los funcionarios de salud pública podrían alertar a las empresas sobre el problema, y posiblemente tirar de alimentos de los estantes del mercado con mayor rapidez.
estadístico FDA Errol Strain dijo que varias compañías han acordado en principio para suministrar muestras y que están trabajando en los detalles sobre cómo participar de forma anónima.