investigación en ciencias biológicas ahora se está volviendo más y más popular en los campos biológicos. A medida que el rápido desarrollo de las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento, más y más investigadores y científicos a resolver problemas biológicos con tecnologías de secuenciación de alto rendimiento.
Tecnologías aplicadas en todo tipo de campos:
secuenciación de novo puede ayudar en la obtención de la secuencia de referencia de la especie, que puede ser la base para futuras investigaciones y molecular cría; el uso de toda la tecnología genoma de resecuenciación para la especie con referencia a detectar y escanear sitios de mutación en todo el genoma para descubrir la base molecular de las diferencias individuales; realizar toda resecuenciación transcriptoma a nivel de grupo de la transcripción para la investigación de los genes expresados diferencialmente, splicing alternativo, la secuencia codificante de un polimorfismo de nucleótido y así sucesivamente; y la separación de las moléculas de ARN de ciertos tamaños mediante el uso de pequeños ARN de secuenciación para descubrir nuevas moléculas microARN. A nivel de grupo de la transcripción, se trabaja con chip MeDIP detecta región de unión al ADN de factor de transcripción específico y sitios metilados en el genoma. Recientemente, tecnologías de alto rendimiento se aplican ampliamente en el estudio de genes candidatos relacionados con algunas enfermedades.
En comparación con la tecnología de secuenciación de Sanger, secuenciación de alto rendimiento es capaz de recoger más datos de salida y más información estadística. Ahora, el método de secuenciación de alto rendimiento más popular es Solexa, que es un nuevo tipo de método de secuenciación basado en la secuenciación por síntesis. Que es en función de la matriz de moléculas individuales para llevar a cabo el tipo de puente reacción de PCR en la célula de flujo. La nueva tecnología de bloqueo reversible puede lograr una síntesis de la base cada vez, marcar el fluoróforo, y luego usar el láser adecuado para excitar fluoróforos, capturan la luz de excitación, por lo tanto la base de información puede ser leída.
Teniendo proceso de análisis del transcriptoma con referencia como ejemplo para ilustrar el flujo de trabajo básico de alta thoughput análisis de datos.
de alto rendimiento de secuenciación de datos en formato FASTQ para registrar lecturas miden de las puntuaciones de base y de calidad. Después de la salida de datos, evaluar si la cantidad de datos satisface los requisitos de análisis de información mediante la detección de la longitud de la muestra se lee, el número de bases, el número de contenido de GC y otros indicadores. Y a continuación, el filtrado de datos de baja calidad, que cubre las secuencias de artefactos con una variedad de software de alineamiento de secuencias. En cuanto a los datos del transcriptoma con referencia, en primer lugar, la cartografía de toda la secuencia de lecturas en genoma de referencia. La comparación con el grupo de referencia del genoma para seleccionar todo bien avenido lee y la orientación de genes sección de lectura para su posterior análisis.
Otros artículos de análisis incluyen el análisis de la estructura de genes, análisis de la expresión génica y el análisis de nuevos genes.