Los defensores de la mesoterapia hacen hincapié en que los riesgos del tratamiento se reducen al mínimo ya que las dosis más bajas de compuestos se inyectan en un área relativamente pequeña. Sin embargo, hay ciertos riesgos conocidos y desconocidos, potencialmente asociados con la mesoterapia.
La mayoría de los riesgos de la mesoterapia son conocidos en y alrededor del sitio de la inyección. La piel puede llegar a ser pigmentado o cicatrices, y estos cambios no puede desaparecer con el tiempo. Otros cambios, como hinchazón, dolor y moretones, generalmente desaparecen después del tratamiento. En algunas personas, una severa reacción local a las sustancias inyectadas puede resultar en ulceración y cicatrización posterior. También puede haber una reacción alérgica sistémica y potencialmente peligrosa para la vida a los medicamentos inyectados. Las infecciones debidas a las prácticas incorrectas de inyección suelen presentarse entre los pacientes de los profesionales de mesoterapia sin licencia. Estas infecciones pueden requerir tratamiento con antibióticos caros.
Existe cierta preocupación en la comunidad médica que varios compuestos usados comúnmente en mesoterapia tienen beneficios probados y riesgos desconocidos. Hay muchos sitios de Internet que venden este tipo de compuestos. Sin embargo, la mayoría de ellos se encuentran en el extranjero y son, por tanto, fuera de la jurisdicción de la Administración de Alimentos y Fármacos de Estados Unidos (FDA). La pureza de los compuestos vendidos por dichos sitios no puede ser verificada. Hasta la fecha, la FDA no ha aprobado ningún compuesto para uso en la mesoterapia, incluso si dicho compuesto está aprobado para otros usos. Adicionalmente, la Sociedad Americana de Cirujanos Plásticos no respalda la mesoterapia, ya que no es un método científicamente probado.
Muchos tratamientos de mesoterapia requieren un mantenimiento continuo, y los costos involucrados en este tipo de terapia de mantenimiento puede ser subestimado inicialmente. Esto puede ser un riesgo financiero debido a la mesoterapia no está cubierto por los planes de seguro de salud. También puede haber riesgos emocionales, en particular con los tratamientos que requieren la adhesión a un plan de dieta y ejercicio. Si tal plan no es seguido, el cuerpo puede volver a su apariencia antes de la mesoterapia, causando estrés.