Al igual que con cualquier otra forma de tratamiento, la mesoterapia puede tener efectos secundarios. Algunos efectos secundarios leves y transitorios que pueden ocurrir después de una sesión de mesoterapia incluyen hinchazón, moretones y dolor o picazón en el sitio de la inyección. Estos generalmente desaparecen en unas pocas horas a unos pocos días. Un compuesto que causa tal hinchazón cuando se inyecta es la lecitina compuesto. Algunos mesotherapists recomiendan el árnica homeopática drogas para reducir la hinchazón. Sin embargo, su acción no ha sido probado científicamente. Más a menudo, los pacientes se les aconseja llevar ropa holgada, y evitar el ejercicio durante un máximo de dos o tres días después de un tratamiento de mesoterapia.
Otros efectos adversos en el lugar de inyección pueden incluir cicatrices, pigmentación, o la formación de úlceras. A veces, los pacientes pueden sentir un pequeño bulto debajo de la zona de inyección, lo que reduce o desaparece después de unas semanas. Cuando se utilizan técnicas de inyección no estériles, se pueden producir infecciones, algunas de las cuales pueden ser potencialmente graves. La mayoría de estas infecciones se han registrado en algunos países de América del Sur, donde los individuos sin licencia administran tratamientos de mesoterapia. Por tanto, es preferible recibir mesoterapia de un médico certificado por el consejo que practica un buen control de la infección.
Mesoterapia pacientes pueden tener reacciones alérgicas locales o sistémicos a cualquiera de los compuestos que se inyectan. Estos pueden variar de leves a potencialmente mortal. clínicos entrenados saben cómo reconocer este tipo de reacciones, y se puede administrar rápidamente el tratamiento adecuado. Esta es otra razón por la que es recomendable acudir a las clínicas acreditadas mesoterapia. Hay informes ocasionales de condiciones de la piel inusuales, incluyendo la psoriasis, en la literatura científica. Algunos de éstos se atribuyen a la mezcla de compuestos que pueden interactuar entre sí.
No está claro exactamente lo que sucede con la grasa que se disolvió en tratamientos de mesoterapia para la celulitis y la grasa localizada eliminación . Mientras que los defensores de mesoterapia afirman que esta grasa se descompone y se excreta, tales declaraciones no dejen científicamente probada.