Los estudios comparativos demostraron que varias proteínas ya encontraron para ser envasados en 1 VIH-partículas a través de interacciones específicas con proteínas virales o ácidos nucleicos se detectan también en el VIH-2 y en inmuno deficiencia de partículas de virus de simio. Para algunas proteínas, su conservación se extendió a los retrovirus más distantes, tales como HTLV-1. La importancia de tales similitudes es cuestionable. Puede ser cualquiera argumentó a favor de la conservación de un mecanismo común de la replicación viral largo de la evolución, o puede ser considerada como una prueba para la asociación inespecífica de proteínas con virus alejadas. Bay 11-7082 Bay 11-782
En varios casos, incluso para algunas quinasas, la evidencia de la conservación de los motivos de interacción de las proteínas virales, junto con los estudios funcionales de los virus que no pueden empaquetar estos factores celulares demostró que éstos componentes conservan una función conservada evolutivamente. Además de la dificultad asociada con la discriminación entre los factores del huésped que se empaquetan de manera selectiva o pasivamente en virus, la identificación de las proteínas celulares embebidas en partículas virales es técnicamente complicated.The aspecto más crítico es la necesidad estricta de discriminar entre componentes incorporados por virus y celular factores contaminantes preparations.The viral último grupo incluye proteínas acopladas a la parte exterior de los viriones libres de células. Este grupo también comprende proteínas celulares contenidas en microvesículas y exosomas con tamaños y densidades comparables a los virus, que co-sedimento con preparaciones virales y representan una fuente de contaminación, incluso después de la separación en gradiente de densidad de las partículas virales.
De acuerdo con ello, la preparación de muestras debe realizarse con cuidado. Dos protocolos de referencia se han desarrollado para producir preparaciones de VIH-1 altamente purificada. Un enfoque implica la digestión de las muestras virales utilizando el subtilisina serina proteasa no específica. digestión subtilisina de VIH-1 de preparación seliminates más de 95% de las proteínas de microvesículas asociado y elimina los contaminantes atracados en el exterior de los virus. La eficacia de este protocolis determinado por la reducción de tamaño de la glicoproteína de la envuelta transmembrana gp41. Este método se adapta particularmente para el estudio de las proteínas dentro de los viriones. Alternativamente, CD45 inmuno empobrecimiento por afinidad del VIH-1 se puede utilizar para aislar los virus de exosomas celulares.
Esta técnica, que fue desarrollado en base a la observación de que las moléculas de membrana CD45 se descartan de los virus VIH-1 producidos a partir hematopoyético las células, se ha combinado previamente con el análisis masss pectrometry para producir una impresionante lista de factores celulares empaquetadas en VIH-1 partículas producidas a partir de macrófagos primarios. agotamiento de CD45 es más útil para estudios que requieren el exterior de los viriones intactos. En cualquier caso, las imágenes de microscopía electrónica proporciona un método fiable para discriminar entre los virus y los exosomas ensambladas a partir de un punto de vista morfológico y para validar la presencia de proteínas del huésped en los viriones, como se informó anteriormente. Otra característica técnica a tener en cuenta cuando se estudian los factores celulares VIH-1-asociado es el tipo de célula y el aislado viral o cepa utilizada para preparar la matriz samples.The biológica de las proteínas celulares empaquetadas pueden diferir en gran medida de acuerdo con la célula huésped usada para propagar el virus .
Este aspecto ha sido bien documentado por moléculas de membrana incorporadas en el sobre de viriones producidos a partir de diversas líneas de células T. La adquisición de CD55 y CD59 factores del complemento decaimiento, LFA-1 y MHC de clase I y II moléculas también se han reportado perfiles de incorporación huésped-dependent.Distinct cuando se analizaron los virus producidos a partir de líneas celulares permanentes o células mononucleares de sangre periférica primarias. En cuanto a las proteínas citosólicas, este punto no se ha estudiado de manera detallada. Sin embargo, el análisis LC-MS /MS de los virus cultivados en los macrófagos no logró detectar la presencia de algunos componentes que se identificaron a partir de los virus cultivados en los linfocitos T. VX-661 1152311-62-0
En particular, ERK-2, akinase detectada del VIH-1HZ321 aislar a crecer en los linfocitos T y HUT78 del virus VIH-1ELI preparados a partir de células MT4, no se detectó en el VIH 1NLAD8 cultiva en macrófagos primarios. La importancia funcional de tal diferencia sigue siendo desconocida, y su correlación con la biología de VIH-1 de replicación en tipos de células distintas queda por analizar
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