Extracto
La tecnología de secuenciación de próxima generación permite el análisis simultáneo de múltiples genes de susceptibilidad para la genética del cáncer clínicos. En este estudio, las pruebas genéticas multiplex se llevó a cabo en una familia china con múltiples casos de cáncer para determinar las variaciones en los genes de predisposición al cáncer. La familia comprende una madre y sus cinco hijas, de las cuales la madre y la hija mayor con cáncer y la hija secundaria murió de cáncer. Hemos llevado a cabo pruebas genéticas múltiplex de 90 genes de susceptibilidad al cáncer utilizando el ADN de sangre periférica de la madre y los cinco hijas.
WRN
mutación de desplazamiento se considera una posible variación patogénica de acuerdo con las directrices de la American College of Medical Genetics. Una novela
WRN
mutación de desplazamiento (p.N1370Tfs * 23) fue identificado en los tres pacientes con cáncer y en la hija menor afectado. Otras mutaciones de la línea germinal no es sinónimo raros también se detectaron en
Dicer
y
ELAC2
. Las mutaciones funcionales en
WRN
causan el síndrome de Werner, autosómica recesiva de la enfermedad humana que se caracteriza por un envejecimiento prematuro y se asocia con la inestabilidad genética y el aumento de riesgo de cáncer. Nuestros resultados sugieren que el
WRN
mutación del marco es importante en la vigilancia de otros miembros de esta familia, especialmente la hija menor, pero la patogenicidad de la novela
tiene que ser investigado WRN
Mutación promover. Dado su amplio uso en la detección genética clínica, las pruebas genéticas múltiplex es una herramienta prometedora en la vigilancia clínica del cáncer
Visto:. L Yang, Wang G, Zhao X, YE S, P Shen, Wang W, et al. (2015) una novela
WRN
Frameshift mutación identificada por Multiplex Pruebas genéticas en una familia con múltiples casos de cáncer. PLoS ONE 10 (8): e0133020. doi: 10.1371 /journal.pone.0133020
Editor: Peyman Björklund, Universidad de Uppsala, Suecia |
Recibido: 18 Septiembre, 2014; Aceptado: June 23, 2015; Publicado: 4 Agosto 2015
Derechos de Autor © 2015 Yang et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Disponibilidad de datos: Todos los datos de secuenciación (FASTQ) fueron depositados en la base de datos SRA del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) con los siguientes números de acceso: SRR1563024, SRR1563027, SRR1563036, SRR1563037, SRR1563039 y SRR1563041. La Tabla 2 muestra los pacientes individuales y sus correspondientes números de adhesión SRA
Financiación:. Apoyado por el Programa de Investigación y Desarrollo de Alta Tecnología Nacional de China (Programa 863, Nº 2012AA02A205), la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China (n . J20121214), con el apoyo financiero de la Ciencia Departamento de Tecnología de la provincia de Zhejiang (núm 2011C23088), la Fundación de Investigación de Ciencias Médicas de la Oficina de Salud de la provincia de Zhejiang (núm 2012KYB070), el Nacional de S & amp; T Proyecto Principal (núm 2012ZX10002017), el proyecto, apoyado por la Fundación para grupos de investigación innovadoras de la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China (Nº 81121002), y el Fondo Especial de Investigación para la Industria de Bienestar público de Salud (N ° 201202007): perfil
Conflicto de intereses.: los autores han declarado que no existen intereses en competencia.
Introducción
en los últimos 30 años, los genes altamente penetrantes que confieren predisposición al cáncer han sido identificados en las familias propensas al cáncer. Estos genes siguen patrones de herencia mendeliana. Los estudios han relacionado las mutaciones con éxito con varias condiciones, por ejemplo,
BRCA1
y
BRCA2
en el síndrome hereditario de mama-ovario cáncer, los genes de reparación del ADN desajuste en el síndrome de Lynch,
P53
en el síndrome de Li-Fraumeni, y
APC Hoteles en la poliposis adenomatosa familiar [1-3]. Estudio de las mutaciones de la línea germinal de genes de predisposición al cáncer altamente penetrantes proporciona una valiosa información genética en relación con los pacientes y sus familias y pueden ser utilizados en la vigilancia del cáncer y la monitorización del paciente.
La tecnología de secuenciación de próxima generación (NGS) permite a todo el genoma secuenciación (WGS), la secuenciación del exoma (WES), así como la secuencia específica de regiones específicas de interés tales como pruebas genéticas múltiplex para identificar las variantes genómicas raras. las pruebas genéticas multiplex utilizando NGS permite la detección eficaz y rentable de un grupo de genes de susceptibilidad al cáncer. Brevemente, los fragmentos de ADN diana se enriquecen con un panel de genes de cáncer y secuenciados por NGS. NGS produce una gran cantidad de datos de la secuencia para el mapeo, la alineación y el filtrado para obtener variantes genéticas. Para definir la patogenicidad de variantes, se evaluaron todas las mutaciones identificadas de acuerdo con las directrices de la American College of Medical Genetics (ACMG) [4].
En este estudio, se analizaron tres pacientes con cáncer de una misma familia. La madre y la segunda hija tenía un adenocarcinoma de pulmón, y la hija mayor tiene cáncer de endometrio. las pruebas genéticas multiplex de 90 genes de predisposición al cáncer reveladas
WRN
mutaciones de cambio en los tres pacientes. También se realizó la prueba en las otras tres hijas, que revela que la hija menor también tiene el mismo
WRN
mutación de desplazamiento. Los resultados anteriores sugieren que el
WRN
mutación de desplazamiento podría ser de importancia en la vigilancia del cáncer de la hija menor.
Métodos
Declaración de Ética
La aprobación ética para este estudio fue concedida por el Comité de Ética del hospital Afiliado en primer lugar, la Escuela de Medicina de la Universidad de Zhejiang. Los pacientes y sus familias recibieron asesoramiento genético. Se obtuvo el consentimiento informado por escrito de los pacientes incluidos en este estudio
Sujetos y muestras
Se analizó una familia, que incluía una madre con cáncer de pulmón y sus cinco hijas.; la hija mayor tiene cáncer de endometrio, y la segunda hija murió de cáncer de pulmón. También se compararon los datos de secuenciación de 300 controles sanos no relacionados excluir variaciones de nucleótido único comunes [5]. Toda la sangre se recoge de los seis miembros de la familia. El ADN genómico, se extrajo con métodos estándar, se utilizó para las pruebas genéticas multiplex y validación por secuenciación de Sanger.
La investigación clínica
resecado quirúrgicamente el tejido de cáncer de endometrio y de una muestra de biopsia obtenido por centesis pulmonar percutánea se sometieron a la evaluación patológica para establecer el diagnóstico histológico. Se estudiaron los siguientes parámetros: datos clínicos y de diagnóstico (edad, sexo, y las características clínicas), resultados de la ecografía Doppler, y la tomografía computarizada (TC). Los exámenes de seguimiento también se llevaron a cabo.
Preparación de biblioteca de ADN
Cada muestra de ADN se cuantificó mediante electroforesis en gel de agarosa y espectrofotometría NanoDrop (Thermo Scientific, Waltham, MA, EE.UU.). Bibliotecas se prepararon utilizando el protocolo estándar Illumina. En breve, 3 g de ADN genómico se fragmentó mediante nebulización. La fragmentación de ADN con proyecciones individuales A se ligaron en el extremo 3 'de adaptadores de Illumina, y se seleccionaron 350-400bp productos. Los productos de tamaño seleccionado se amplificaron PCR, y cada muestra fue etiquetado con un índice único durante el procedimiento. El producto final fue validado mediante el Agilent Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, EE.UU.).
enriquecimiento panel de genes del cáncer y la secuenciación
El ADN amplificado fue capturado con un panel que contiene la secuencia de la línea germinal 90 genes de susceptibilidad al cáncer (Tabla S1) basados en MyGenostics GenCap enriquecimiento Technologies (MyGenostics, Baltimore, MD, EE.UU.). La lista de genes contenía 75 genes descargado a partir del gen de censo de Cáncer (www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/Census/) y 15 genes adicionales, tales como
AXIN2
y
BARD1
, que han demostrado ser genes de riesgo de cáncer [6-11]. sondas biotiniladas fueron diseñados para azulejo a lo largo de las regiones de exones y los límites exón-intrón de los genes diana. El experimento de captura se llevó a cabo de acuerdo con el protocolo del fabricante. En resumen, 1 g de ADN de la biblioteca de secuenciación se mezcló con tampón de BL y GenCap sonda panel de gen 90 (tumor MyGenostics) y se calentó a 95 ° C durante 7 minutos y después a 65 ° C durante 2 min en un ciclador térmico. Se añadió, previamente calentado a 65 ° C, a la mezcla y luego se mantuvo a 65 ° C con el calor tapa termociclador durante 22 h para la hibridación; tampón HY (MyGenostics 23 l). perlas MyOne (50 l; Life Technology, Carlsbad, CA, EE.UU.) se lavaron tres veces en 500 l de tampón de unión 1X y se resuspendieron en 80 l de tampón de unión 1 ×. En consecuencia, se añadió 64 l de tampón de unión 2 × a la mezcla híbrida, que después se transfirió a un tubo con 80 l de MyOne perlas. La mezcla se hizo girar durante 1 h en un agitador rotatorio. A continuación, las perlas se lavaron una vez con tampón WB1 a temperatura ambiente durante 15 min y tres veces con tampón de WB3 a 65 ° C durante 15 min. El ADN unido se eluyó con Tampón Eluir y amplificó utilizando el siguiente programa: 98 ° C durante 30 s (1 ciclo); 98 ° C durante 25 s, 65ºC durante 30 s, y 72 ° C durante 30 s (15 ciclos); y 72 ° C durante 5 min (1 ciclo). El producto de PCR se purificó usando perlas de SPRI (Beckman Coulter Genomics, Danvers, MA, EE.UU.), de acuerdo con el protocolo del fabricante. Las bibliotecas de enriquecimiento fueron secuenciados en un secuenciador 2000 Illumina HiSeq para la secuenciación de extremo emparejado de 100 pb que lee.
Análisis de los datos y la variante de la interpretación
Después de la secuenciación HiSeq 2000, de alta calidad lecturas fueron recuperados a partir de prima lee mediante la filtración de baja calidad lee y secuencias adaptadoras utilizando el paquete de Solexa de control de calidad y el programa cutadapt (http://code.google.com/p/cutadapt/), respectivamente. SOAPaligner (http://soap.genomics.org.cn/soapsnp.html) se utiliza para alinear las secuencias de lectura limpias a la referencia del genoma humano hg19. Los resultados de la secuenciación se resumen en la Tabla 1.
Después de los duplicados de PCR se separaron por software de Picard (http://picard.sourceforge.net/), los SNPs se identificaron inicialmente mediante el programa SOAPsnp. Las lecturas fueron reajustado posteriormente al genoma de referencia utilizando BWA (http://bio-bwa.sourceforge.net/), y los indeles fueron identificados mediante el programa GATK (http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php /Home_Page). Los SNPs y indeles identificados fueron anotados utilizando el programa exoma-asistente (http://122.228.158.106/exomeassistant). MagicViewer se utiliza para ver la alineación lectura corta y validar los candidatos SNPs y indeles. Las variantes se filtraron inicialmente si aparecían en la base de datos 1000 del Proyecto genomas, en la base de datos ESP6500 con un umbral de frecuencia del alelo menor de & gt; 0,05, en la base de datos dbSNP, y en la base de datos 300 de Asia del Genoma de la casa [5]. Las variantes restantes se rastrearon adicionalmente usando el Catálogo de mutaciones somáticas en el Cáncer (cósmica) de base de datos.
Para definir la patogenicidad de las variantes, se evaluaron todas las variantes y indeles identificados de acuerdo con las directrices ACMG [4]. Las variantes se definieron como potencialmente patógenos si producen un codón de truncar, un codón de iniciación, o un efecto donante de empalme /aceptor, o si el efecto sobre la función de la proteína relacionada con fenotipo de la enfermedad se informa en la literatura. De lo contrario, el cambio de sentido, en silencio, y variantes intrónicas se definieron como variantes de significado incierto (VUS). El VUS fueron evaluados por tres algoritmos, es decir, PROVEAN, Tamizar, y PolyPhen-2, para predecir los efectos sobre la función de las proteínas [12-15].
Todos los datos de secuenciación (FASTQ) fueron depositados en la SRA la base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) con los siguientes números de acceso: SRR1563024, SRR1563027, SRR1563036, SRR1563037, SRR1563039, y SRR1563041. La Tabla 2 muestra los pacientes individuales y sus correspondientes números de acceso SRA.
Diseño del cebador, la amplificación por PCR y secuenciación de Sanger
Las regiones con poca cobertura de NGS se amplificaron y se verificaron mediante secuenciación de Sanger. Las variantes identificadas por secuenciación genética múltiplex también fueron validados con la secuenciación de Sanger. En resumen, los cebadores fueron diseñados utilizando el software Primer3 [16]. Primer secuencias para la validación se enumeran en la Tabla S2. variantes identificadas, incluyendo
WRN gratis (c.4108DelA),
DICER1 gratis (c.A3334G), y
ELAC2 gratis (c.A248G), se amplificaron por duplicado a partir genómico ADN de los seis miembros de la familia mediante el uso de ADN polimerasa FirePol caliente (Solis Biodyne, Tartu, Estonia). secuenciación de Sanger se realizó utilizando el kit Big Dye Terminator v1.1 Ciclo de Secuenciación (Applied Biosystems, Carlsbad, CA, EE.UU.) y ABI Prism 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems).
Resultados
Clínica características
el caso índice es una mujer de 55 años de edad (figura 1, II: 1), que es el mayor de cinco hermanos. Ella experimentó un sangrado vaginal, y su menorrhea se había detenido a la edad de 48 años. ecografía transvaginal mostró una masa patológica 8-mm en el lado derecho de la cavidad uterina. La resonancia magnética (RM) de la cavidad pélvica sugirió el cáncer de endometrio, y una sección congelada de la masa era consistente con el cáncer de endometrio. La histerectomía se llevó a cabo, y el resultado de la patología postoperatoria confirmó los resultados de la RM. El paciente fue sometido a radioterapia después de la cirugía. Ella no mostró ningún síntoma de la recurrencia del tumor o metástasis 6 meses después de la cirugía y continúa con un seguimiento chequeos cada 6 meses.
El árbol genealógico de los individuos con cáncer está representado por círculos negros (adenocarcinoma de pulmón) y una cuadriculada círculo (cáncer de endometrio). Una línea a través de un símbolo indica que la persona ha fallecido. El estado de la mutación de
WRN
,
DICER1
, y
ELAC2
se presenta en cada individuo que se sometió a secuenciación genética múltiplex. Un signo más representa un tipo mutante, y un signo menos representa un tipo salvaje
La hermana del caso índice, un agricultor y no fumadora de 50 años de edad (figura 1, II: 2)., gozaba de buena salud hasta que ella experimentó una tos tensas, producción de esputo, y la angustia en el pecho en 2012. se sometió a una tomografía computarizada en el primer hospital Afiliado de la Facultad de Medicina de la Universidad de Zhejiang. La exploración reveló múltiples masas de diferentes tamaños distribuidas en todo el pulmón y la intensificación de la permeación linfática difusa. CT-biopsia percutánea guiada del pulmón y el examen histopatológico demostró un adenocarcinoma de pulmón. El tumor era inoperable grado IV; por lo tanto, ella aceptó la terapia sistemática, que incluyó quimioterapia y medicamentos tradicionales chinos. El paciente falleció en febrero de 2014 a la edad de 52 años
La madre del probando, un agricultor y no fumadora de 80 años de edad (Figura 1, que: 1)., Se encontraba en buen estado de salud. En su examen físico, realizado en 2013, la radiografía de tórax reveló una phyma 5 cm en la parte inferior del pulmón derecho. No hay otros síntomas fueron registrados. Para diagnóstico y tratamiento, se sometió a un exhaustivo chequeo, que incluía un pecho y abdomen Tomografía computarizada, resonancia magnética de cabeza, y la emisión de los huesos Tomografía computarizada en el Primer Hospital Afiliado. Los resultados mostraron metástasis ósea en el cuarto y quinto Lumbalis vértebra. Se realizó TC guiada por biopsia percutánea del pulmón, y el examen histopatológico demostró un adenocarcinoma de pulmón. El paciente no era un candidato adecuado para el tratamiento quirúrgico. Ella renunció a tratamiento debido a la edad avanzada y las limitaciones financieras. En el examen de seguimiento realizado 6 meses después del diagnóstico, que se mantiene vivo, pero su tos y dolor de huesos han empeorado. tres hermanas menores del individuo estudiado todavía están sanos. Su padre había muerto a causa de un accidente hace 30 años.
WRN
mutación del marco
La novela identificado
WRN
mutación del marco c.4108DelA (p. N1370Tfs * 23) fue compartido entre la madre (I: 1), probando (II: 1), segunda hermana (II: 2), y una hermana más joven afectada (II: 5); sin embargo, está ausente en los otros dos hermanas no afectadas (II: 3 y II: 4), como se determina mediante pruebas genéticas multiplex (Tabla 2). La
WRN
mutación dio lugar a un desplazamiento del marco que introdujo un codón de parada de 23 aminoácidos aguas abajo de la mutación en el exón 34, que se predice para producir un truncado
WRN
proteína. Hemos examinado aún más el
WRN
mutación en una cohorte de 300 entradas en-casa en la base de datos del genoma de Asia. El c.4108DelA (N1370Tfs * 23) mutación no se ha encontrado en personas sanas. La mutación del marco de
WRN
se define como potencialmente patógenos, según las directrices de ACMG. No presentación típica del síndrome de Werner se observó debido a que los deletéreos
WRN
mutaciones son heterocigóticos en los miembros identificados de esta familia.
Identificación de otras mutaciones de la línea germinal
La mutación de sentido erróneo c .A3334G (p.N1112D) de
DICER1
se identificó tanto en los pacientes con cáncer de pulmón, a saber, la madre afectada (I: 1) y la segunda hija (II: 2); sin embargo, estaba ausente en los otros miembros de la familia (Tabla 2). El
ELAC2
mutación c.A248G (p.Y83C) se encontró en todos los seis miembros de la familia (Tabla 2).
DICER1
y
ELAC2
mutaciones fueron definidos como VUS según las directrices de ACMG. Para explorar más a fondo el efecto de las mutaciones en la línea germinal mencionados anteriormente en función de las proteínas, se analizaron dichas mutaciones mediante el PROVEAN herramientas de predicción, SIFT, y PolyPhen-2.
ELAC2 gratis (p.Y83C) se prevé que sea nocivo por PROVEAN, dañando por SIFT, y probablemente perjudicial por PolyPhen-2.
DICER1 gratis (N1112D) se definió como neutral, tolerado, y benignos por PROVEAN, cribar, y PolyPhen-2, respectivamente. La Tabla 3 presenta la predicción de resultados.
Validación de mutaciones germinales de
WRN
,
DICER1
, y
ELAC2
Se realizó la secuenciación de Sanger sobre las mutaciones de la línea germinal identificados en
WRN
,
DICER1
, y
ELAC2
. Los resultados de la secuenciación de Sanger fueron consistentes con los de las pruebas genéticas multiplex (figura 2).
(A) Sanger validación de la secuencia de
WRN
mutación de desplazamiento en cada individuo. Los datos de NGS alineados de
WRN
mutación de la madre (I: 1). El
WRN
Mutación presentó una deleción de 1 pb en CHR8: 31024663. Las bases después de A se muestran en rojo, y la mutación puntual A → C en CHR8: 31024666 se muestran en azul. El
WRN
mutación del marco c.4108DelA (p.N1370Tfs * 23) fue validado mediante secuenciación de Sanger en la madre (I: 1), el probando (II: 1), la segunda hija (II: 2) y la hija menor (II: 5); sin embargo, estaba ausente en las otras dos hijas (II: 3 y II: 4). (B) El
DICER1
mutación sin sentido c.A3334G (p.N1112D) fue validado mediante secuenciación de Sanger en la madre (I: 1) y la segunda hija (II: 2), pero estuvo ausente en el otros miembros de esta familia. (C) El
ELAC2
mutación c.A248G (p.Y83C) fue validado mediante secuenciación de Sanger en todos los miembros de esta familia.
Discusión
Multiplex las pruebas genéticas combina la captura selectiva de genes y secuenciación masiva en paralelo. Facilita eficientemente análisis genético simultáneo de un gran número de genes candidatos. En comparación con la proyección en etapas tradicional gen por gen utilizando secuenciación de Sanger, qPCR, o nucleótido espectrometría de masas, la disminución significativa en el coste de la secuenciación de ADN hace multiplex genética probar un enfoque eficaz y económicamente ventajosa. las pruebas genéticas multiplex se ha aplicado en la genética del cáncer clínicos desde 2012 [17, 18]. Recientes estudios publicados han demostrado con firmeza la aplicación clínica de las pruebas genéticas múltiplex en la evaluación del riesgo de cáncer hereditario [19-21]. En este estudio, hemos identificado un nuevo
WRN
mutación de desplazamiento en tres pacientes con cáncer y un miembro de la familia afectada usando pruebas múltiplex.
WRN
, un miembro de la recombinasa Q familia de helicasas, juega un papel importante en la función de reparación del ADN, incluyendo la protección del genoma de la recombinación anormal durante la segregación de cromosomas en la mitosis y el mantenimiento de la estabilidad genómica [22]. Las deficiencias en
WRN
causan el síndrome de Werner, que es una rara enfermedad autosómica recesiva caracterizada por el envejecimiento prematuro y la susceptibilidad al cáncer [23-26]. Todas las mutaciones identificadas en
WRN
se prevé que truncan el
WRN
proteínas, con una pérdida de la señal de localización nuclear (NLS) en la región C-terminal (aa 1370-1375); Por otra parte, la mutado
WRN
proteína no puede ser transportado al núcleo [27]. Deterioro de la importación nuclear es probablemente un factor importante que contribuye a la patología molecular del síndrome de Werner. En este estudio, hemos identificado una mutación del marco de heterocigotos (p.N1370Tfs * 23) en el NLS de la
WRN
dominio C-terminal. El análisis in vitro ha confirmado que las líneas celulares de
WRN
individuos heterocigotos contienen reducen
WRN
expresión de la proteína y la reducción de la actividad helicasa [28].
WRN
actividad helicasa que se requiere para la reparación del ADN entre cadenas enlaces cruzados (ICL) en las células, y
WRN
coopera con
BRCA1
452 a 1079 en la respuesta celular a ICL de ADN [29]. Aunque el
WRN
efecto heterocigoto que resulta de la haploinsuficiencia se supone que debe estar asociado con
WRN
patogénesis, esta hipótesis tiene que investigarse más a fondo.
DICER1
, un gen supresor de tumor importante, es una endorribonucleasa que es importante en la generación de microRNAs y corto RNAs de interferencia [30]. Los portadores del
DICER1
mutación germinal se han encontrado para estar en riesgo de síndrome de predisposición tumoral pleiotrópicos [31-33]. Curiosamente, tanto la madre como la segunda hija tuvieron cáncer de pulmón, lo que comúnmente se presenta con variaciones genéticas en
DICER1
. La tendencia sugiere que
DICER1
puede desempeñar un papel importante en la carcinogénesis pulmonar. Otros estudios funcionales pueden aclarar el mecanismo de
DICER1
en el cáncer de pulmón. El identificada
ELAC2
variante c.248A & gt; G se produce dentro de tres nucleótidos de un nudo de empalme (intron1 /exon2) y puede afectar a la manipulación genética. La región de codificación de
ELAC2
consta de 826 aminoácidos de una hidrolasa dependencia metal, y este gen es el gen de susceptibilidad para el cáncer de próstata hereditario familiar [34]. Otros estudios también han encontrado que el genotipo de
ELAC2
se asocia con un alto riesgo de cáncer de próstata esporádico [35, 36].
Multiplex pruebas genéticas de 90 genes de predisposición al cáncer podría producir variantes genéticas de incierta significación clínica, que se denominan como hallazgos incidentales (IF). Para
DICER1
y
ELAC2
, no podemos evaluar directamente si las mutaciones sin sentido identificados afecten negativamente a la función de la proteína resultante. Aunque hemos utilizado herramientas computacionales tales como PROVEAN, cribar, y PolyPhen-2 para predecir si los cambios de aminoácidos identificados podrían ser funcionalmente importantes, no se utilizó ningún ensayo funcional directa. El ACMG publicado recientemente recomendaciones para informar si se obtiene de WGS y WES en pruebas clínicas y de investigación [37]. Utilizamos directrices ACMG para definir las mutaciones de
DICER1
y
ELAC2
como si en este estudio. ACMG recomendaciones deben seguirse para las pruebas genéticas múltiplex en oncología clínica. El consentimiento informado es muy importante en las pruebas genéticas basadas en NGS utilizado en oncología clínica. La Sociedad Americana de Oncología Clínica (ASCO) ha esbozado los elementos básicos del consentimiento informado para las pruebas genéticas se utiliza para evaluar el riesgo de cáncer. Además, la información sobre la privacidad de datos, seguridad de datos, la licencia laboratorio de pruebas, la disponibilidad de asesoramiento genético o la evaluación del riesgo genético de cáncer, y cualquier posibilidad de uso futuro de las muestras de ADN debe ser incorporado en el consentimiento informado [38, 39].
Multiplex pruebas genéticas identificó correctamente las variaciones raras en los genes de susceptibilidad al cáncer en este estudio. Sin embargo, las estimaciones de penetrancia para tales variantes siguen siendo inciertas. Nuestro estudio tiene ciertas limitaciones. Los 90 genes del cáncer fueron seleccionados de la literatura publicada; Sin embargo, un panel de múltiples genes óptima para su uso oncología clínica aún está por definirse. Sin un ensayo funcional directa, el impacto clínico de las variaciones raras identificadas no se puede predecir; Por lo tanto, podría no ser apropiado utilizar los resultados para guiar el manejo del paciente. Por otra parte, el resultado de la hija menor con el
WRN
mutación del marco requiere seguimiento. Aunque más a fondo se requiere investigación para guiar la práctica clínica, nuestro estudio muestra un indicador temprano de la correlación clínica de las pruebas genéticas múltiplex y pone de relieve los beneficios y los inconvenientes de análisis genómico a gran escala en la evaluación del riesgo de cáncer.
Apoyo a la Información sobre Table S1. los genes de riesgo de cáncer a partir del gen de censo de cáncer
doi: 10.1371. /journal.pone.0133020.s001 gratis (XLSX)
S2 tabla. Primer secuencias para la validación mediante secuenciación de Sanger
doi: 10.1371. /journal.pone.0133020.s002 gratis (XLSX)
Reconocimientos
Nos gustaría dar las gracias a los pacientes y su familias por su colaboración en el estudio. También agradecemos al Dr. Jian Wu por su contribución en la realización de los experimentos y análisis de datos.