Extracto
El rango de montaña Taihang del centro-norte de China, la zona de la región del sur de la provincia de Fujian, y la llanura de la provincia de Guangdong Chaoshan son 3 regiones principales en china conocidos por su alta incidencia de cáncer de esófago (CE). Estas áreas también muestran una alta incidencia de cáncer de cardias gástrico (CCG). Los antepasados de los Chaoshanese, ahora los principales habitantes de la llanura Chaoshan, eran de norte-centro de China. La hipótesis de que los pacientes de la CE y el CCG en áreas Chaoshan comparten un ancestro común con los pacientes Taijang montaña. Se analizaron 16 Asia Oriental-específica del cromosoma Y marcadores bialélicos (polimorfismos de un solo nucleótido; Y-SNPs) y 6 del cromosoma Y de repetición en tándem corto (Y-STR) loci en 72 CE y 48 pacientes del CCG de Chaoshan y 49 CE y 63 GCC pacientes de la gama de montaña Taihang. También se compararon los datos para 32 personas Chaoshan Hakka y 24 miembros de la minoría aborigen Ella que viven cerca de la zona Chaoshan. El análisis fue por distribución de frecuencia y de componentes principales, correlación y análisis de agrupamiento jerárquico de Y-SNP. Chaoshan pacientes estaban estrechamente relacionados con los pacientes Taihang Mountain, a pesar de que están geográficamente distantes. análisis de Y-STR reveló que los 4 grupos de pacientes estaban más estrechamente relacionados entre sí que con otros grupos. El análisis de redes del haplogrupo O3a3c1-M117 mostró un alto grado de subestructura específica del paciente. Sugerimos que los pacientes de la CE y del CCG de estas 2 áreas comparten un fondo genético patrilineal similares, que pueden desempeñar un papel importante en el factor genético de la CE y el CCG en estas poblaciones
Visto:. Liu S, Huang B, Huang H, Li X, Chen G, Zhang G, et al. (2013) Antecedentes Patrilineal de cáncer de esófago y cáncer de cardias gástrico pacientes en un área de alto riesgo Chaoshan en China. PLoS ONE 8 (12): e81670. doi: 10.1371 /journal.pone.0081670
Editor: Suminori Akiba, Kagoshima University Graduate School de Ciencias Médicas y Dentales, Japón
Recibido: June 9, 2013; Aceptado: 17 de octubre de 2013; Publicado: December 10, 2013
Derechos de Autor © 2013 Liu et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este estudio fue patrocinado por SNCF-Guangdong proyecto de fondo conjunto de claves (U1132004), SNCF (31171226, 81101548), Guangdong Plataforma Cooperativa Internacional a la Innovación técnica (Certificados gihz1106), y NSF provincia de Guangdong (S2011020002393). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer de esófago (CE) es uno de los cánceres mortales más comunes en todo el mundo. China tiene geográficas "puntos calientes" de la alta incidencia de la CE. Una región conocida con alto riesgo de EC en China es el área de montaña Taihang entre las provincias de Henan, Hebei y Shanxi, en el norte-centro de China, la famosa "CE cinta asiática" que van desde las montañas del Cáucaso, por el norte de Irán, todo el camino del norte de china [1]. Además, la incidencia de cáncer de cardias gástrico (CCG) es alta en el cinturón. Por ejemplo, el mundo estandarizado incidencia de la CE y el CCG en Linxian, provincia de Henan, fue de 81,96 /100.000 personas y 31,04 /100.000, respectivamente, entre 1983 y 2002 [2], [3]. El área de Chaoshan en el sur de China es otra área de alto riesgo de las CE. Las tasas de incidencia estandarizada por edad en la isla de Nanao para la CE y el CCG eran 74,47 /100.000 y 34,81 /100.000, respectivamente, entre 1995 y 2004 [4].
Las características geográficas del sur-litoral Chaoshan y norte-centro zona de montaña Taihang son distintos, pero la incidencia de la CE y el CCG es alta dentro de estas 2 regiones [5]. Nosotros y otros han informado de agregación familiar de la CE y el CCG y el aumento de riesgo de las CE y el CCG en miembros de la familia en esta población de alto riesgo [6] - [9]. En la zona de alto riesgo Chaoshan, la incidencia de la CE y el CCG no es ni siquiera entre los grupos de población, a pesar de que están expuestos al ambiente similar
Las 3 poblaciones principales en el área de Chaoshan incluyen 2 poblaciones Han -. Chaoshanese con Chaoshan dialectos y dialectos hakka hakka con - y una población local aborigen Ella. Desde la dinastía Qing (216~207 aC), el pueblo de Henan y Shanxi han del norte-centro de China migraron a la zona Chaoshan en la provincia de Guangdong a través de la provincia de Fujian a causa de la guerra y el hambre. Se convirtieron poco a poco los habitantes predominantes de la zona Chaoshan y se llaman Chaoshanese [10], por lo que el dialecto Chaoshan es similar a la antigua China. Hakka chino se originó en el norte de Han china de la cuenca del río Amarillo y el río Luohe de la llanura central. A partir de la dinastía Jin (266~316 AD) a la dinastía Tong (960~1297 dC), que se vieron obligados a trasladarse a las zonas del sur también a causa de las guerras. Cuando los Hakka llegaron a la zona Chaoshan, la Chaoshanese ya se había instalado en la rica llanura, por lo que los Hakkas tuvo que establecerse en la zona de montaña, donde vivían con los aborígenes locales, la población Ella (figura 1).
las flechas muestran las migraciones norte-sur de habitantes Han de norte-centro de china según los registros históricos. 218BC, AD311 y AD669 son los tres grandes períodos de tiempo de las migraciones norte-sur a
El hakka y poblaciones Chaoshanese muestran las características de sus culturas [10] -. [13], que tiene muchos similitudes con el norte chinos Han, incluyendo algunas de las características del dialecto, estilo de vida, las costumbres y los hábitos [10]. La población Chaoshan Ella es la única población aborigen y la minoría. Ella personas trabajan principalmente en la agricultura, la silvicultura y la ganadería; su lengua y de vida costumbres difieren de la de la población Han [14]. Aunque los 3 poblaciones están expuestas a un entorno geográfico similar, sólo los Chaoshanese tienen una alta incidencia de la CE y el CCG
.
Nuestra investigación previa del cromosoma Y y haplogrupos de ADN mitocondrial concluyó que las poblaciones de alto riesgo de la CE en Taijang montaña, Fujian y Guangdong minnan Chaoshan comparten antecedentes similares patrilineal y matrilineal genética [15], [16]. En el presente estudio, hemos explorado aún más la estructura genética de los pacientes patrilineal CE y del CCG en las zonas de alto riesgo Chaoshan y la comparamos con las poblaciones de alto riesgo coincidentes y las correspondientes poblaciones de bajo riesgo. El objetivo fue examinar si los pacientes con cáncer Chaoshan tienen un ancestro común con los pacientes Taihang Montaña y si comparten los mismos haplotipos del cromosoma únicas. También comparamos estos datos para el cromosoma Y-polimorfismos de nucleótido único (SNP-Y) y del cromosoma Y de repetición en tándem corto (Y-STRs) con la de otras poblaciones chinas de bases de datos públicas para explorar la afinidad genética relativa de las poblaciones estudiadas. Se analizaron primera parte no recombinante del cromosoma Y (NRY) en estos 6 poblaciones con 16 marcadores bialélicos Asia Oriental-específicos [17], [18] (SNP), que se caracteriza por la baja tasa de mutación y bajas probabilidades de volver y mutación paralelo y adecuado para el rastreo de eventos demográficos primeros en la historia humana. A continuación, se determinó la distancia genética entre los pacientes con EC y del CCG Y-STR loci con relativamente alta tasa de mutación y apropiado para el análisis de la relación entre los grupos cercanos y su microevolución [15], [16]. Tanto los resultados de los análisis de Y-SNP e Y-STR apoyar a los pacientes que tienen Chaoshan estrecha relación genética con los pacientes Taihang Montaña y los pacientes tienen relación más estrecha entre sí que con la población de alto riesgo.
Resultados
Distribución de NRY haplogrupos en las 6 poblaciones estudiadas en china
y-SNP genotipo reveló los haplogrupo frecuencias de la CE Chaoshan o pacientes del CCG, Taihang Montaña de la CE o los pacientes del CCG, y las poblaciones Chaoshan hakka y ella. El haplogrupo más alta de los pacientes era Chaoshan O3a3c1-M117, que es el haplogrupo característico para los asiáticos del este del norte (Tabla 1). También fue alta para pacientes Taijang montaña, pero fue significativamente menor para las poblaciones Chaoshan Hakka y ella que los pacientes Chaoshan (p & lt; 0,05). Tanto Chaoshan Hakka y las poblaciones mostró un alto frequceny de O1a *, el haplogrupo característico para los asiáticos del sudeste. Se fue significativamente mayor para Chaoshan Hakka que los pacientes Chaoshan (p & lt; 0,05). La población Ella mostró una alta frecuencia única de O3a3b * en comparación con otras poblaciones estudiadas, excepto en los pacientes Chaoshan CCG, con muy baja frecuencia de 2,08%.
Análisis de Componentes Principales Revelado estrecha afinidad entre los 4 Grupos de pacientes
análisis de componentes principales (PCA) implica un procedimiento matemático que transforma un número de variables correlacionadas en un número (pequeño) de variables no correlacionadas llamados componentes principales. El primer principal componente representa la mayor cantidad de variabilidad en los datos como sea posible, y cada uno de los componentes siguientes cuentas para que gran parte de la variabilidad restante como sea posible. En la trama principal-componente, menor será la distancia de dos poblaciones, más cerca de la relación genética entre los dos. La Figura 2 muestra los resultados de análisis de componentes principales, con 3 componentes (PC1, 2, 3), para frecuencias Y-SNP basadas en los resultados de genotipado de los 6 poblaciones estudiadas y los datos adicionales para otros Han chino. Para la comparación, se incluyeron las frecuencias de haplotipos de 4 poblaciones de alto riesgo de Chaoshan (CSHR), Fujian (FJHR) y zonas de montaña Taihang (THHR) [15]. Los 3 componentes representaron el 86,2% de la variación total en Y-SNP. Los 4 grupos de pacientes y 3 poblaciones de alto riesgo agrupados juntos. Las poblaciones Chaoshan Ella y Hakka formaron otro grupo. El resto del Norte y del Sur Han Han formado otro grupo. El pacientes y población de alto riesgo Chaoshan fueron aisladas de la Chaoshan Hakka y poblaciones Ella y Guangzhou Han.
Cuanto menor sea la distancia entre las poblaciones, más cerca está la relación. Dividimos a 26 poblaciones en 3 grupos: 1) Clúster1 (círculo rojo): 4 grupos de pacientes y 3 poblaciones con alto riesgo de cáncer de esófago (CE): ESC: pacientes Chaoshan CE, CSCC: Chaoshan cáncer del cardias gástrico (CCG) de los pacientes, CSHR : Chaoshan población de alto riesgo; FJHR: Fujian población de alto riesgo; Thec: pacientes Taihang Montaña de la CE; THCC: pacientes Taihang Montaña del CCG; y THHR: Taihang Montaña población de alto riesgo; 2) Cluster2 (círculo verde) Chaoshan Hakka (CSKJ) y Ella población (CSSZ); 3) Cluster3 (círculo naranja) del Norte y las poblaciones del sur de Han. poblaciones del Norte Han HEB: Hebei Han; LN: Liaoning Han; XJ: Han Xinjiang; NMG: Neimeng Han; HB: Hubei Han; HN: Henan Han; GS: Gansu Han; SX: Han Shanxi; SD: Han Shangdong. Han poblaciones del Sur: GD Guangzhou Han; SH: Shanghai, Han; ZJ: Zhejiang Han; AH: Anhui Han; JS: Jiangsu Han; HuN: Hunan Han; JX: Jiangxi Han; SC:. Sichuan Han
correlación positiva entre 4 y poblaciones de pacientes chinos Han Poblaciones
Y-SNP haplogrupo frecuencias para los grupos de pacientes y población de alto riesgo de la misma zona fueron positivamente correlacionados, y las frecuencias para todos los grupos de pacientes se correlacionaron positivamente con el Fujian y poblaciones de alto riesgo Chaoshan (Tabla 2). Las frecuencias para los pacientes Chaoshan CE y Chaoshan Hakka se correlacionaron pero el coeficiente fue el más bajo. Las frecuencias para HC se correlacionaron positivamente con la mayoría de las frecuencias de chinos Han y los de HNEC se correlacionaron positivamente con algunas de las frecuencias chinos Han.
Análisis de conglomerados jerárquico aislamientos pacientes y de alto riesgo a otras poblaciones
Para estudiar la afinidad entre los 4 grupos de pacientes y su relación con otras nacionalidades Han y las minorías, se analizaron los datos de y-SNP mediante análisis de agrupamiento jerárquico con el promedio de vinculación (entre grupos). Se compararon 17 poblaciones chinos Han (información demográfica era el mismo que el del análisis de componentes principales), 3 nacionalidades minoritarias del sur (Yao, Zhuang y Dong; [19] y 5 nacionalidades minoritarias del norte (tibetanos, mongoles (MG), Hui, Ewenki ( . EWK), Shui) los pacientes Taijang montaña y población de alto riesgo (Taijang) eran genéticamente estrecha y formó una rama, mientras tanto, los pacientes Chaoshan eran genéticamente cerca de las poblaciones Chaoshan y Fujian de alto riesgo (Chaoshan, Fujian) y formado otra rama (Fig. 3). a continuación, estas 2 ramas cruzadas y agrupado con poblaciones Chaoshan hakka y ella. Todas las demás poblaciones agrupadas fuera de la rama principal formado por las poblaciones de las zonas de alto riesgo. por lo tanto, la CE o los pacientes del CCG y poblaciones de alto riesgo estaban más cerca genéticamente entre sí que con Chaoshan Hakka, Ella y otras poblaciones
Muestra la afinidad entre las poblaciones estudiadas, la población de alto riesgo, los chinos Han y las minorías nacionales chinas Taijang:.. de alto riesgo Taihang Montaña población; Chaoshan: Chaoshan población de alto riesgo; Fujian: Fujian población de alto riesgo. Las otras abreviaturas se definen en los métodos y Figura 2.
Análisis distancia genética y la construcción de un árbol filogenético
Hemos utilizado los datos de Y-STR para investigar las relaciones genéticas entre el 4 poblaciones de pacientes. R
st distancias entre pares de poblaciones se calcularon sobre la base de 6 Y-STRs: DYS389 (I, II), DYS390, DYS391, DYS392, DYS393 y DYS394. Se incluyeron 6 poblaciones chinas adicionales y 3 poblaciones de alto riesgo: Zhejiang [20], Henan [21], Dongbei [22], Tianjing [23], Hunan Han [24], y el Tíbet [25], y Chaoshan, Fujian, y poblaciones de alto riesgo Taijang Moutain, todos los cuales pertenecen a la familia de lenguas sino-tibetanas [15], al igual que los 4 grupos de pacientes. En la página
matriz de distancia ST I, se construyó un árbol vecino a participar sin raíz (Fig. 4). Los grupos de pacientes estaban más cerca entre sí que a las poblaciones de alto riesgo y las otras poblaciones de chinos Han
.
Los 4 grupos de pacientes están cerca uno del otro y se agrupan con las poblaciones de alto riesgo.
Análisis de redes de y-STR haplogrupos de los 4 grupos de pacientes y 3 poblaciones de alto riesgo
La frecuencia más alta haplogrupo compartido por los pacientes fue Chaoshan O3a3c1-M117 (Tabla 1). La red para los pacientes y poblaciones de alto riesgo se construyó más basado en el haplogrupo O3a3c1-M117. En total, 12 pacientes Henan y 15 CE, 17 Chaoshan Chaoshan y 9 pacientes Henan GCC, y el 23 de Chaoshan, 8 y 24 Henan Fujian individuos de alto riesgo pertenecían al haplogrupo O3a3c1-M117. Las personas con frecuencia & lt Y-STR; 2 fueron eliminados del análisis. Por último, los datos de 55 individuos fueron incluidos y analizados (Fig. 5). El nodo central estuvo representado por 8 Fujian individuos de alto riesgo, 1 Henan individuo de alto riesgo y 1 paciente Chaoshan CE. Todos los otros haplogrupos O3a3c1-M117 individuos procedían de este nodo central. Este nodo central se conectó a 5 vecinos de un solo paso, con 2 vecinos que representan 5 Fujian individuos de alto riesgo; el tercer vecino representado Chaoshan 8 individuos de alto riesgo, 1 Henan alto riesgo individual, 2 Fujian personas de alto riesgo y 1 paciente Chaoshan CE; el cuarto vecino representó 2 pacientes Chaoshan CE, 1 Chaoshan individuo de alto riesgo y 1 Fujian individuo de alto riesgo; y el quinto vecino representó 1 Chaoshan GCC paciente y 1 Chaoshan individuo de alto riesgo. La mayoría de los pacientes se generan a partir de la quinta vecino de un solo paso y por lo tanto agrupados principalmente en un área (círculo en la Fig. 5). Esta zona incluye todos los pacientes del CCG y 5 pacientes con EC, los 6 pacientes restantes CE dispersos en otros nodos
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La mayoría de los grupos de pacientes fueron generados a partir de un nodo y agrupados principalmente en un área (círculo). Los círculos representan linajes, el área es proporcional a la frecuencia, y el color indica la población de origen.
Materiales y Métodos
Recogida de muestras y extracción de ADN
Las muestras de sangre de 288 los machos no relacionados se obtuvieron de la Montaña Taihang y zonas de alto riesgo Chaoshan. El consentimiento informado se obtuvo de todos los temas. Los sujetos fueron: 1) pacientes-72 Chaoshan CE y 48 pacientes del CCG; 2) pacientes-49 Taihang Mountain CE y 63 pacientes del CCG; y 3) la población-24 de bajo riesgo Chaoshan CE personas a las que desde Chaoshan Fenghuang Mountain y 32 Chaoshan Hakka del condado de Chaoshan Puning. La enfermedad en todos los pacientes fue confirmado patológicamente. Todos los participantes en nuestro estudio se les dio su consentimiento informado por escrito. El estudio fue aprobado por el comité de ética de la Universidad de Shantou Medical College. ADN genómico fue extraído de la sangre entera por el kit DNA Blood TIANamp (DP318-03) (Tiangen Biotech Co., Pekín).
Genotipificación de Y-SNPs y Y-STRs
Y- SNPs se genotipo por el módulo de Sequenom MassARRAY IPLEX Gold (Sequenom Inc.) (cebadores de PCR y cebadores de extensión están en la Tabla 3). M1 polimorfismo (inserción Alu, también llamado YAP) se analizó directamente por agarosegel electroforesis después de la PCR [26]. ROS se genotipo mediante fluorescencia PCR como se describe anteriormente [15], y los productos de extensión marcados con fluorescencia fueron capilar a electroforesis en un ABI 3730x Genetic Analyzer (ABI, EE.UU.). Todos los cebadores fueron sintetizados por Sangon Co. (Shanghai). En 1999, Su et al. cerciorado de 17 haplogrupos del cromosoma Y en base a 19 marcadores bialélicos Asia Oriental-específicas como la estructura paterna de los asiáticos orientales [19]. El diagrama de la filogenética ajustado de Y-SNPs [27] incluye cerca de 600 SNPs y define 311 haplogrupos. El diagrama filogenético de 17 haplogrupos definido por 16 Y-SNPs se encuentra en la Figura 6.
Los marcadores más recientes que definen los haplogrupos están al lado de las ramas.
Población y Genotipado
los sujetos fueron genotipo para y-haplogrupo SNP y las frecuencias se compararon entre los 4 grupos de pacientes y poblaciones Ella y hakka (Tabla S1). componente principal, correlación y análisis de conglomerados jerárquicos no se utilizaron para analizar la relación entre las 6 poblaciones. Se compararon tres grupos de alto riesgo de la Montaña Taihang, Fujian Minnan, y áreas Chaoshan y 25 poblaciones chinas publicadas con anterioridad. Las 25 poblaciones chinas se dividieron en 4 grupos por ubicación geográfica y la nacionalidad [15]:. Han del Norte (NHS) y las nacionalidades minoritarias del norte (NMNS), el sur de Han (SH) y las nacionalidades minoritarias del sur (SNM)
poblaciones NH eran Hebei [28], Liaoning (datos proporcionados por el Laboratorio Estatal de Ingeniería genética y Centro de Estudios antropológicos de la Facultad de Ciencias Biológicas, Universidad de Fudan), Xinjiang, Gansu, Shanxi, Neimeng, Shandong y Henan [28]; SH poblaciones eran de Hunan, Hubei, Zhejiang, Jiangxi, Shanghai, Anhui, Jiangsu, Sichuan [28], Guangzhou y Guangxi (datos proporcionados por la Universidad de Fudan); NMN poblaciones eran tibetanos, mongoles, hui, Ewenki, y Shui (datos proporcionados por la Universidad de Fudan); los datos durante 3 nacionalidades minoritarias del sur (Yao, Zhuang y Dong [19] y 5 nacionalidades minoritarias del norte (tibetanos, mongoles, hui, Ewenki, y las poblaciones Shui fueron proporcionados por la Universidad de Fudan). pacientes Chaoshan, pacientes Henan, Chaoshan Hakka y Chaoshan Ella población pertenece al humo de tabaco, NHS, comarcales, y las SNM, respectivamente. Han Guangzhou, Chaoshan Hakka, y los pacientes Chaoshan pertenecen a la Guangfu, Hakka, y los clanes Fulao /Helao, respectivamente, las 3 principales clanes en la provincia de Guangdong. Chaoshan gente que comprenden los principales SNM que viven en el área de Chaoshan. Estos 4 son poblaciones geográficamente próximos.
RTS se pueden utilizar para analizar la diversidad genética en las poblaciones cercanas minutos, por lo que sobre la base de los resultados de Y-SNP, Y-STRs eran . utilizado para analizar la diferenciación genética y el origen de los pacientes y poblaciones de alto riesgo (Tabla S2) añadimos datos de y-STR para 3 poblaciones de alto riesgo de nuestra investigación anterior [15] y durante los 6 poblaciones previamente publicados: Zhejiang [20] , Henan [21], Manchuria [22], Tianjing [23], Hunan Han [24] y el pueblo tibetano [25].
el grado de diferenciación genética de las poblaciones fue estimada por el R
estadística st sobre la base de los haplotipos Y-STR mediante el uso de Alrequin 3.1. Un árbol vecino a participar se construyó de acuerdo con el R
st matriz de distancia con el uso de MEGA 5.1. Una red de datos de Y-STR se construyó mediante la utilización de la red 4.6.1.1 (www.fluxus-engineering.com). En el mapa de la red, los individuos con las mismas mutaciones de Y-STRs estaban en el mismo nodo y un nodo podrían generar otros nodos debido a la paulatina Y-STR mutación [15].
Discusión
Chaoshanese son descendientes de las personas del norte-centro de china Han. Centro-norte de chinos Han comenzaron a emigrar hacia el sur de China a partir de la dinastía Qin (216 aC). La dinastía Han (206 aC-220 dC) experimentó otro 3 oleadas de migración a gran escala en el sur de China, debido a la disminución de la población nativa en esta área. Poco a poco, más de 2.000 años, el centro-norte de china Han se convirtió en la principal población - Chaoshanese en la región Chaoshan, llamado Helao, que directa emigraron desde el norte-centro de China, o Fulao, que primero emigró a Fujian Minnan, luego a Chaoshan con el pozo -maintained idioma y las costumbres de norte-centro de china. Las personas Taijang montaña en el norte-centro de China, las zonas de Fujian Minnan y Chaoshan son bien conocidos por su alta incidencia de la CE [15].
Con el desarrollo de técnicas de diagnóstico y mejora de la epidemiología, más casos del CCG han sido confirmados en estas áreas. CE y el CCG son los 2 tipos de cáncer más comunes en estas 3 áreas. Nuestra investigación genética anterior mostró que las poblaciones de alto riesgo en estas 3 áreas comparten un ancestro común [15], [16]. En el presente estudio, hemos realizado un estudio haplogrupos del cromosoma Y de los pacientes de la CE y del CCG de las zonas de montaña Taihang Chaoshan y explorar más a fondo los antecedentes genéticos paterna de los pacientes. Se compararon los datos con 2 poblaciones de bajo riesgo Chaoshan Hakka y ella y 3 poblaciones de alto riesgo. Se analizó en primer lugar la distribución de haplogrupos Y-SNP entre las poblaciones estudiadas. El haplogrupo con la mayor frecuencia compartida por Chaoshan CE y los pacientes del CCG fue O3a3c1-M117, uno de los haplogrupos dominantes Han del norte, que también fue alta en los pacientes Taijang montaña, pero baja en las poblaciones Chaoshan Hakka y ella. En comparación con los pacientes Chaoshan y la población de alto riesgo, los Hakka y ella Chaoshan poblaciones mostraron una frecuencia relativamente alta de la O1 dominante nativa del sur *. Al igual que en los pacientes Taijang montaña, los pacientes mostraron Chaoshan haplogrupos dominantes del norte de Han como sus haplogrupos frecuencias más altas, lo que los pacientes Chaoshan y Taijang de montaña están estrechamente relacionados.
En el análisis de componentes principales Y-SNP, la estructura paterna para los pacientes Chaoshan difería de la de las poblaciones Chaoshan hakka y ella, a pesar de que están en la proximidad geográfica y Chaoshan hakka también son descendientes de Hans centro-norte de china. Chaoshan pacientes agrupados en estrecha colaboración con la población y los pacientes de alto riesgo de Fujian y Henan, aunque están geográficamente distantes. Chaoshan Hakka y Ella poblaciones agrupadas juntas, lo cual está de acuerdo con los registros históricos. Chaoshan Hakka reside principalmente en la zona de montaña, para un mayor flujo de genes con la población Ella, que también viven en la zona de montaña. las frecuencias de haplotipos Y-SNP se correlacionaron positivamente entre los pacientes, lo que apoya aún más su estrecha afinidad genética. Los resultados del análisis de agrupamiento jerárquico también apoyaron la estrecha afinidad genética entre los pacientes y poblaciones de alto riesgo. Filogenéticamente, los grupos de pacientes estaban más estrechamente relacionados entre sí que con la población de alto riesgo (Fig. 4). El análisis de redes (Fig. 5) sugiere que el linaje patrilineal del haplogrupo O3a3c1-M117 individuos fue a los pacientes la Montaña Taihang y personas de alto riesgo de Fujian y Chaoshan CE, que constituían el nodo central, y los pacientes de los individuos O3a3c1-M117 desde el 2 áreas estudiadas fueron en gran parte de los vecinos de uno de un solo paso que contienen 1 Chaoshan individuo de alto riesgo y 1 paciente Chaoshan GCC. El haplogrupo análisis de redes O3a3c1-M117 reveló variación entre poblaciones sino también un alto grado de subestructura específica del paciente. Todos los 14 pacientes del CCG y 5 de los 11 pacientes de la CE caen en una agrupación (Fig. 5, círculo). pacientes haplogrupo O3a3c1-M117 pueden tener su origen en el mismo haplogrupo ancestral. Por lo tanto, sugerimos afinidad genética paterna entre los 2 pacientes separadas geográficamente del CCG y de la CE en China.
Recientes estudios de asociación de genoma completo de las zonas de alto riesgo de China mostraron asociación significativa de una variante en 10q23 en PLCE1 y ambos esofágico el carcinoma de células escamosas y el adenocarcinoma del cardias gástrico, lo que pone de relieve los mecanismos genéticos comunes que pueden contribuir a la etiología de ambos tipos de cáncer [29]. Aunque la CE y el CCG son patológicamente distinta, los estudios epidemiológicos [2] - [9], los estudios de asociación de genoma completo y presente estudio apoyan todos los que la CE y el CCG pueden compartir estructura genética común. CE y el CCG son anatómicamente adyacentes y tienen la embriogénesis similar. Están expuestos a condiciones ambientales similares durante la vida. Sin embargo por la que pueden verse afectados por una estructura genética común es aún desconocido.
Sugerimos que la CE y el CCG no se producen al azar en poblaciones de alto riesgo, pero están estrechamente asociados con una determinada estructura de fondo patrilineal y estos relacionada los pacientes pueden heredar una estructura genética patógena de sus ancestros comunes.
En resumen, la estructura genética de los pacientes patrilineal Chaoshan y Taihang Mountain es similar, y los pacientes tienen mayor afinidad entre sí que con las poblaciones de alto riesgo. Los pacientes de la CE y el CCG comparten un ancestro común reciente. Por el contrario, las poblaciones Chaoshan Hakka y ella tienen una relación relativamente distante con la gente Chaoshanese, lo que puede explicar en parte la alta incidencia de la CE y el CCG en las personas Chaoshanese.
Apoyo a la Información sobre Table S1. datos
primas para la persona Y-SNP
doi: 10.1371. /journal.pone.0081670.s001 gratis (XLS)
Tabla S2. datos
primas para la persona Y-STR
doi: 10.1371. /journal.pone.0081670.s002 gratis (XLS)