Crónica enfermedad > Cáncer > artículos del cáncer > PLOS ONE: Análisis Integral de Bioestadística de la isla CpG methylator fenotipo de cáncer colorrectal mediante una muestra grande de base poblacional

PLOS ONE: Análisis Integral de Bioestadística de la isla CpG methylator fenotipo de cáncer colorrectal mediante una muestra grande de base poblacional


Extracto

Antecedentes

El fenotipo isla CpG methylator (CIMP) es un fenotipo distinto asociado con la inestabilidad de microsatélites (MSI) y
BRAF
mutación en el cáncer de colon. Recientes investigaciones han seleccionado 5 promotores (
CACNA1G
,
IGF2
,
Neurog1
,
RUNX3
y
SOCS1
) como marcadores indirectos CIMP-alta. Sin embargo, ningún estudio ha evaluado exhaustivamente un conjunto ampliado de marcadores de metilación (incluyendo estos 5 marcadores) utilizando un gran número de tumores, o descifrado las asociaciones clínicas y moleculares complejas con CIMP-alta determinada por el panel de marcadores validado.

Metholodology /Principales conclusiones

metilación del ADN a las 16 islas CpG [5 lo anterior, más
CDKN2A gratis (p16),
CHFR
,
CRABP1
,
HIC1
,
IGFBP3
,
MGMT
, MINT1, MINT31,
MLH1
, p14 (
CDKN2A
/ARF) y
WRN
] se cuantificó en 904 cánceres colorrectales por PCR en tiempo real (MethyLight). En el análisis de agrupación jerárquica sin supervisión, los 5 marcadores (
CACNA1G
,
IGF2
,
Neurog1
,
RUNX3
y
SOCS1
) ,
CDKN2A
,
CRABP1
, MINT31,
MLH1
, p14 y
WRN
generalmente se agrupan entre sí y con MSI y
BRAF
mutación.
KRAS
mutación no se agrupan con cualquier marcador de metilación, lo que sugiere su asociación con un patrón de metilación al azar en los tumores CIMP-bajo. Utilizando el panel de marcadores CIMP validado (incluyendo los 5 marcadores), la regresión logística multivariante demostró que CIMP-alta se asoció independientemente con la edad avanzada, la localización proximal, pobre diferenciación, MSI-alto,
BRAF
mutación, e inversamente con LINE-1 hipometilación y β-catenina activación (
CTNNB1
). característica mucinoso, las células en anillo de sello, y p53-negatividad se asociaron con CIMP-alta sólo en el análisis univariado. En los análisis estratificados, las relaciones de CIMP-alta con pobre diferenciación,
KRAS
mutación y LINE-1 hipometilación difirieron significativamente según el estado de MSI.

Conclusiones

Nuestro estudio proporciona datos valiosos para la normalización de la utilización de marcadores de metilación CIMP-alta-específicos. CIMP-alta se asocia de forma independiente con características clínicas y moleculares clave en el cáncer colorrectal. Nuestros datos también sugieren que
KRAS
mutación está relacionada con un patrón aleatorio isla CpG metilación que puede conducir a tumores CIMP-bajo

Visto:. Nosho K, N Irahara, Shima K, S Kure , Kirkner GJ, Schernhammer ES, et al. (2008) Análisis de Bioestadística Integral de la isla CpG methylator fenotipo de cáncer colorrectal mediante una muestra grande de base poblacional. PLoS ONE 3 (11): e3698. doi: 10.1371 /journal.pone.0003698

Editor: Nils Cordes, Universidad de Tecnología de Dresden, Alemania

Enfermedades de sentido común

Enfermedad del corazón | Enfermedades artículos | Enfermedad pulmonar | las preguntas más frecuentes de salud | Salud mental | Diabetes | El sentido común de la Salud | Enfermedades comunes | senior Health | Primeros auxilios
Derechos de autor © Crónica enfermedad[www.enfermedad.cc]