Extracto
En el riñón de vitamina D se convierte en su forma activa. Dado que la vitamina D ejerce su actividad a través de la unión al receptor de vitamina D nuclear (
VDR
), la mayoría de los estudios genéticos han centrado principalmente en la variación dentro de este gen. Por lo tanto, el análisis de la variación genética en
VDR
y otros genes de la ruta de vitamina D puede ayudar a determinar el papel de la vitamina D en el carcinoma de células renales etiología (RCC). casos de RCC (N = 777) y controles (N = 1035) fueron genotipados para investigar la relación entre el riesgo de RCC y la variación en ocho genes diana. Se utilizaron-p-valor mínimo de permutación (Min-P) pruebas para identificar los genes asociados con el riesgo. Se utilizó una ventana corredera de tres polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) para identificar regiones cromosómicas con un Tasa de Falso Descubrimiento de & lt; 10%, donde posteriormente, haplotipo riesgos relativos se calcularon en HaploStats. los valores Min-P mostraron que
VDR gratis (valor de p = 0,02) y los retinoides X-receptor alfa (
RXRA
) (p-valor = 0,10) se asociaron con el riesgo de CCR. Dentro de
VDR
, se identificaron tres haplotipos a través de dos regiones cromosómicas de interés. La primera región, que se encuentra dentro del intrón 2, contenía dos haplotipos que el aumento de riesgo de CCR en aproximadamente un 25%. La segunda región incluye un haplotipo (rs2239179, rs12717991) en todo el intrón 4 de que el aumento del riesgo entre los participantes con el
TC gratis (OR = 1,31, IC del 95% = 1,09 a 1,57) en comparación con el haplotipo de los participantes con el haplotipo común,
TT
. Al otro lado de
RXRA
, un haplotipo ubicado a 3 'de la secuencia codificante (rs748964, rs3118523), aumento del riesgo de RCC 35% entre los individuos con el haplotipo variante en comparación con los que tienen el haplotipo más común. Este estudio evaluó exhaustivamente la variación genética a través de las ocho de la vitamina D vía de los genes en relación al riesgo de CCR. Hemos encontrado un aumento del riesgo asociado con
VDR
y
RXRA
. Los estudios de replicación están garantizados para confirmar estos hallazgos
Visto:. Karami S, P Brennan, Rosenberg PS, Navratilova M, D Mates, Zaridze D, et al. (2009) Análisis de SNPs y haplotipos en genes de la ruta de la vitamina D y el riesgo de cáncer renal. PLoS ONE 4 (9): E7013. doi: 10.1371 /journal.pone.0007013
Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Estados Unidos de América
Recibido: 11 de mayo de 2009; Aceptado: 14 Julio 2009; Publicado: 15 Septiembre, 2009
Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la declaración Creative Commons Public Domain que estipula que, una vez colocado en el dominio público, este trabajo puede ser reproducido libremente, distribuir, transmitirse, modificarse, construida sobre, o de otra forma utilizado por cualquier persona con cualquier objeto lícito
Financiación:. Este trabajo fue apoyado en parte por el Programa de Investigación Intramural de los Institutos nacionales de Salud, Instituto Nacional del cáncer, División de Epidemiología y Genética del Cáncer. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
En el riñón, la vitamina D se metaboliza a la 1,25-dihidroxicolecalciferol (1,25 (OH)
2D
3), la forma activa de la vitamina D [1]. Las propiedades anti-cancerígenos de vitamina D incluyen la inhibición de la proliferación de células tumorales clonal, la inducción de la diferenciación de células inmunes y la apoptosis, y la disminución de la angiogénesis [2], [3]. actividad de la vitamina D está mediada por la unión de 1,25 (OH)
2D
3 para el receptor de la vitamina D (
VDR
), que puede regular la transcripción de otros genes implicados en la regulación celular, el crecimiento , y la inmunidad [3] - [6].
VDR
modula la expresión de genes mediante la formación de un complejo heterodímero con retinoides-X-receptores (
RXR
) [7]. Este
VDR-RXR
complejo se dirige al elemento de respuesta a la vitamina D (
ERVD
) en la región promotora de varios 1,25 (OH)
2D
3 genes regulados para iniciar la transcripción [7], [8].
Desde la 1,25 (OH)
2D
3 ejerce su actividad a través nuclear
VDR
, la mayoría de los estudios de susceptibilidad genética a la vitamina D enfermedades relacionadas han investigado la variación dentro de la
VDR
gen [4], [7], [9] - [11]. Sin embargo, el concierto de los genes que interactúan con
VDR
es enorme; Por lo tanto, un análisis de la variación en
VDR
y otros genes en la vía de vitamina D puede dar una idea de la función de la vitamina D en el carcinoma de células renales etiología (RCC). Dada la importancia del metabolismo de la vitamina D en el riñón y la falta de estudios que han evaluado la relación entre la vitamina D, el
VDR
gen, y RCC, que previamente evaluado cómo tres común
VDR
polimorfismos de genes (
BSMI
,
FokI
,
Taq I)
modificados RCC riesgo [12]. Nos observó reducción del riesgo de RCC entre los sujetos de mayor edad y entre los sujetos con antecedentes familiares de cáncer que eran portadores de la
f
alelos en el
FokI
polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) en comparación con los sujetos con
FF
genotipo [12]. Sin embargo, dada la cobertura genómica limitado de
VDR
en nuestra investigación anterior candidato SNP, y los numerosos genes que interactúan directamente con
VDR
en la vía de la vitamina D, hemos ampliado en estos hallazgos para investigar variación en los genes candidatos que pueden interactuar directamente con
VDR
para modificar el riesgo de RCC y la mejora de nuestro análisis mediante el aumento de la cobertura regional de variación entre cada gen a un 80-90%.
por lo tanto, para determinar si variación de genes de la ruta de vitamina D modificados riesgo de CCR, nos exhaustivamente investigado la relación entre el riesgo de cáncer renal y 139 marcado SNPs en ocho genes diana (
VDR, RXRA, RXRB, CYP24A1, GC, STAT1, THRAP4, España y
TRAP5
) de la vía de vitamina D entre los casos y los controles de la Europa central, una zona con una de las tasas más altas de RCC en todo el mundo [13]. Por lo que sabemos, lo que representa una de las investigaciones más grandes y más detalladas de la variación genética dentro de la vía de la vitamina D y el riesgo de CCR realizados hasta la fecha.
Resultados
Una descripción de los participantes del estudio y conocido RCC factores de riesgo se presentan en la Tabla 1. Todos los participantes y sólo los participantes con genotipo mostraron una distribución similar de características, con la excepción de las relaciones sexuales. Los casos y controles fueron comparables en edad, pero los casos eran más propensos a tener exceso de índice de masa corporal (IMC) (& gt; 30 kg /m
2) y la hipertensión, y para tener un primer grado con cáncer. La asociación con el tabaquismo fue ya no se observa después del ajuste por edad, índice de masa corporal, la hipertensión, el centro de estudios, y el sexo [14].
La Tabla 2 enumera los resultados de las pruebas basadas en los genes globales de asociación con la caja /régimen de control mediante la permutación p-valor mínimo (Min-P) de prueba.
VDR gratis (valor de p = 0,02) y
RXR-alfa (RXRA) gratis (valor de p = 0,10) genes fueron más fuertemente asociados con el riesgo de CCR. Tanto el mínimo valor de p para todas las marcado SNPs en el gen y la mínima tasa de descubrir falsa (FDR) ajustados los valores de p para los tres SNP haplowalk ventana deslizante para
VDR
y
RXRA
fueron significativamente asociado con el riesgo de RCC.
a continuación, se utilizaron los métodos basados HaploWalk para identificar regiones de interés en cada gen que siguió siendo significativa en un FDR de menos de 10%. Tres significativa
VDR
haplotipos (Tabla 3) fueron identificados en dos regiones que se asociaron con un mayor riesgo de RCC. La primera región (Figura 1), que se encuentra dentro del intrón 2, mostró los sujetos con el
AGC gratis (OR = 1,29; IC del 95% = 1,10 a 1,52; p-valor = 0,002) o
GAC
(OR = 1,25; IC del 95% = 1,04 a 1,51; valor de p = 0,02) haplotipo estaban en un riesgo significativamente mayor en comparación con los pacientes con el haplotipo referente más común,
GAT
. Aumento del riesgo parece estar impulsado por el
T
a
C
cambio en la tercera loci. La segunda región (Figura 1), en torno a intrón 4, también aumenta el riesgo de RCC entre los participantes con el
TC gratis (OR = 1,31; IC del 95% = 1,09 a 1,57; valor de p = 0,004) en comparación con el haplotipo participantes con haplotipo referente más común,
TT
. Los valores de p globales ajustados R para ambas de estas regiones eran 0,04 (Tabla 3). Al otro lado del
RXRA
gen (Figura 2), una sola región situada aguas abajo, 3 'de la secuencia codificante, fue demostrado que se asocia con un mayor riesgo de RCC entre los individuos con el
CG gratis (O = 1,35; IC del 95% = 1,11 a 1,66; valor de p = 0,003) en comparación con el haplotipo sujetos con el haplotipo más común,
GA
. El p-valor global de R ajustado para esta región fue de 0,03
Arriba:. HaploWalk análisis identificó dos regiones cromosómicas de interés en el gen receptor de la vitamina D (VDR) que fueron significativas en un FDR de 10%. Región SNP rs4760648 que se incluye 3'-, rs2853564, rs2254210 -5 '; la región dos SNPs incluido 3'- rs12717991, rs2239179 -5 '. En pocas palabras: el análisis Haploview también identificó dos bloques de haplotipos dentro de las mismas regiones cromosómicas de interés
Arriba:. HaploWalk análisis identificó una única región cromosómica de interés en el retinoide-X-gen del receptor alfa (RXRA) que fue significativa a un FDR de 10%. Esta región incluye los SNP rs748964 5 ', rs3118523 -3'. En pocas palabras: el análisis Haploview también identificó un haplotipo bloque dentro de la misma región cromosómica de interés
Resultados de los análisis individuales de estos SNPs se proporcionan en el Adicional cuadro S1.. Trece SNPs en cinco genes de la ruta de vitamina D se asociaron significativamente con el riesgo de CCR utilizando un modelo aditivo (número de etiqueta significativa SNPs):
VDR gratis (5),
RXRA gratis (5),
CYP24A1 gratis (1),
GC gratis (1), y
STAT1 gratis (1). No hay interacciones significativas entre estos SNPs y posibles factores de confusión (es decir, índice de masa corporal, la edad, el sexo, el tabaquismo, la hipertensión, y una historia familiar de cáncer) fueron detectados (datos no mostrados). No se observó ninguna diferencia en la asociación entre los SNPs y el riesgo de CCR cuando los análisis se limitan a los casos de CCR histológicamente diagnosticados con el subtipo de células claras (datos no mostrados), ni cuando los análisis se limitan a los casos con tumores única altos grados (datos no mostrados).
Discusión
En este análisis de 139 marcado SNPs en ocho genes de la ruta de la vitamina D, hemos identificado tres regiones dentro de los dos genes que se asociaron significativamente con el riesgo de CCR. Ambos genes,
VDR
y
RXRA
, para lo cual la hipótesis de
a priori
estaría asociada con el riesgo, contenían regiones con asociaciones significativas. Al otro lado del
VDR
gen, tres haplotipos dentro de las dos regiones (intrones 2 y el intrón 4) se asociaron significativamente con un mayor riesgo. Al otro lado del
RXRA
gen, el riesgo de CCR fue mayor entre los que tienen un haplotipo particular localizado 3 'de la región codificante.
Sólo un puñado de estudios han analizado exhaustivamente la variación genética en el
VDR
gen en relación con el cáncer [15], [16], [17]. Un estudio de casos y controles de pacientes con cáncer de próstata 630 incidentes se llevó a cabo para analizar exhaustivamente la variación genética en el gen
VDR
; veintidós SNPs se genotipo para capturar un alto porcentaje de variación en el
VDR
de genes [17]. Se observó un aumento de dos veces en el riesgo de cáncer de próstata para dos
VDR
loci (rs2107301 y rs2238135), que se encuentra dentro de intrones 2 y 4, respectivamente [17]. Aunque la información es limitada con respecto a la asociación entre el
VDR
variantes y el riesgo de CCR, los estudios genéticos de susceptibilidad en común
VDR
polimorfismos, como
BSMI
,
FokI
,
Taq I, y ApaI
, han demostrado que modifican el riesgo de RCC [15], [16]. Un reciente estudio de casos y controles de 135 pacientes con CR encontró que los participantes con el
AA
genotipo en el
Apal
sitio tuvieron un aumento significativo en el riesgo de CCR (OR = 2,59; p-valor = 0,01 ); casos con el AA
genotipo también se encontró que tenían menores tasas de supervivencia (riesgo relativo = 3,3; valor de p = 0,04) en comparación con los casos con el
Aa
o
aa
genotipos [16]. Un aumento de dos veces en el riesgo de cáncer también se informó entre los participantes con el
TT
genotipo en el
Taq I
sitio en un segundo estudio de casos y controles de 102 pacientes con CCR en comparación con los sujetos con el
Tt
o
tt
genotipo (p-valor = 0,001).
del mismo modo, se han llevado a cabo [15] pocos estudios previos de riesgo de CCR y variación a través de genes de la ruta de vitamina D . Un pequeño número de polimorfismos en el
VDR
gen, como
poli (A)
,
Taq I
, y
BSMI
, han especulado que como contrapartida una modificación de los
VDR
expresión y son la hipótesis de resultar posteriormente en los cambios de los niveles de vitamina D activa [15] circulante, [18], [19]. Altered
VDR
expresión de la proteína ha sido reportado en un número de tipos de tumores incluyendo cáncer de mama, gliomas malignos, próstata, y cáncer de colon [20]. Por otra parte, los estudios epidemiológicos anteriores han informado de que el aumento de la unión de la vitamina D para
VDR
se asocia con una disminución del riesgo de RCC, y que los niveles activos de vitamina D
3 en el suero son significativamente más bajos en pacientes con CCR en comparación con la población los controles [15], [16], [19]. En conjunto, estos resultados indican que los niveles de vitamina D influyen en el riesgo de RCC. Si bien los resultados han sido contradictorios en relación con las asociaciones entre las variantes en el
RXR
de genes y el riesgo de cáncer [21] - [24],
in vitro
estudios en animales y humanos han demostrado que los niveles elevados de
RXRA
aumenta los efectos antiproliferativos de 1,25 (OH)
2D
3 [25], [26].
in vitro
y en animales sugieren que la vitamina D y sus metabolitos pueden impedir la carcinogénesis mediante la estimulación de la diferenciación celular, la inhibición de la proliferación celular típicamente se caracteriza por la detención /célula G1 G0 del ciclo, la apoptosis y la supresión de invassion, la angiogénesis y la metástasis [3] - [6]. En estudios de laboratorio, 1,25 hidroxivitamina D se ha demostrado reducir significativamente el crecimiento del tumor para una variedad de cánceres como el de colon, de mama, de próstata y de pulmón [18]. El uso de la vitamina D o sus análogos como agentes quimiopreventivos en los seres humanos, aunque limitada, han demostrado efectos beneficiosos. En un ensayo clínico para los pacientes con carcinoma hepatocelular avanzado inoperable una dosis diaria de 10 mg de Seocalcitol (un análogo de la vitamina D) para hasta un año resultó en una reducción en la dimensión del tumor [27]. Además, entre los 37 pacientes con cáncer de próstata independiente de andrógenos metastásico, que fueron tratados con un tratamiento a alta dosis de calcitriol por vía oral /docetaxel (forma activa de vitamina D /inhibidor de la mitosis), se observaron reducciones de antígeno prostático específico de al menos 50% [ ,,,0],28].
a pesar de la magnitud de la asociación entre el riesgo de RCC y
VDR
y
RXRa
variantes de genes en nuestro estudio pueden ser pequeñas, algunas de estas variantes son relativamente comunes en la población y por lo tanto pueden estar asociados con un riesgo mucho mayor atribuible en su conjunto en comparación con los genes de alta penetrancia raras. Por otra parte, el
VDR
variantes asociadas con el riesgo de CCR en este estudio fueron intrónica y no se encuentran cerca de los límites exón-intrón que pueden producir errores de empalme. Estos alelos parecen tener ningún efecto sobre los niveles de expresión o actividad del traducida
VDR
proteínas y es la hipótesis de que se correlacionan con otras variantes con relevancia funcional. Sinónimo SNPs a menudo se tomarán en cuenta para muchos estudios de susceptibilidad genética basado en la suposición de que no alteran la secuencia de aminoácidos, lo que afectaría posteriormente estructura y función de proteínas, ni expresión de la proteína [29]. Sin embargo, la lista de mutaciones sinónimas asociados con enfermedades humanas está creciendo [29], [30]. Recientes estudios genéticos han demostrado que las mutaciones sinónimas no son al azar y pueden desempeñar un papel importante en la etiología de la enfermedad desde sinónimo SNPs pueden afectar la expresión y función de proteínas mediante la alteración de la estabilidad del ARNm [29], [31], [32]. Estudios centrarse únicamente en las variaciones genéticas dentro de exonic regiones de ADN que conducen a cambios en la secuencia de la proteína puede ser simplista y pueden no representar la imagen más grande que evoluciona entre la variación genética y la enfermedad [33].
Además de ser uno de los primeros estudios de susceptibilidad genética para examinar exhaustivamente la asociación entre el
VDR
y otros siete genes de la ruta de la vitamina D en relación con el riesgo de RCC, una fortaleza adicional de nuestro estudio incluye el uso de los datos del HapMap para etiquetar los genes de interés utilizando (80-90%) de cobertura alta genómico mediante el etiquetado de regiones genómicas, tanto aguas arriba (20 kb) y aguas abajo (10 kb) para reducir la probabilidad de resultados falsos negativos. En este estudio, también se observó altas tasas de participación, que se utilizan los nuevos casos diagnosticados, sólo se incluyeron los cánceres histológicamente confirmados, y recoger materiales biológicos a partir de una alta proporción de sujetos. El tamaño de la muestra de este estudio proporcionado suficiente poder estadístico para detectar relativamente pequeñas asociaciones entre los genotipos y el riesgo. El análisis de los genes con los valores de p globales significativos reduce el riesgo de errores de tipo I en nuestro estudio, mientras que el uso de dos métodos basados en diferentes haplotipos (HaploWalk y HaploStats) reduce la posibilidad de encontrar resultados significativos basados en el azar. Por otra parte, mientras que los estudios de casos y controles basados en el hospital tienen potenciales limitaciones debido a la falta de controles de la población, estos estudios pueden mejorar las tasas de respuesta para la intensa recolección de muestras biológicas y, por tanto, reducir las posibilidades de sesgo en la evaluación de las interacciones entre genes y entorno [ ,,,0],34]. Por último, no empleamos un marcador directa de vitamina D entre estos sujetos de estudio. Aunque existe un acuerdo general de que los niveles de 25 (OH) D es el mejor indicador del estado actual de la vitamina D, el marcador bioquímico tiene una vida media corta y no necesariamente reflejan el estado a largo plazo de la vitamina D, sobre todo para los estudios de casos y controles donde los casos recientemente acaban de ser diagnosticados [35].
en conclusión, nuestro
a priori
hipótesis fue apoyada y se observó que las variaciones genéticas en
VDR
y
RXRA
se asociaron significativamente con el riesgo de CCR. Sin embargo, dado que nuestros resultados se observan dentro de intrones en lugar de los exones y porque sólo están comenzando a entender el papel de la variación genética en regiones intrónicas y su efecto en el desarrollo de la enfermedad, se requieren estudios adicionales de las variaciones genéticas de estos dos genes y el riesgo de CCR.
Materiales y Métodos
sujetos de estudio
los detalles del estudio de Europa del carcinoma de células renales (CEERCC) central y se ha informado anteriormente [36]. En resumen, el estudio CEERCC es un estudio de casos y controles basado en el hospital de cáncer de células renales realizados entre 1999 y 2003 en siete centros en cuatro países de Europa central y oriental (Moscú, Rusia; Bucarest, Rumania; Lodz, Polonia, y Praga, Olomouc , Ceske Budejovice-y Brno, República Checa). Cada centro siguió un protocolo idéntico y fue responsable de la contratación de un grupo consecutivo de nuevos casos diagnosticados de cáncer de riñón, así como un grupo comparable de controles hospitalarios. Los controles en todos los centros fueron elegidos entre los sujetos admitidos como dentro o fuera de los pacientes en el mismo hospital que los casos, con condiciones no relacionadas con el tabaco o trastornos genitourinarios. No enfermedad única compuesta por más de 20% del grupo de control. Todos los sujetos eran residentes de las áreas de estudio durante al menos un año en el momento de la contratación y eran de origen caucásico.
Casos de entre 20 y 79 años de edad, se determinaron a través de un sistema de información rápida. La participación del médico y otros miembros del personal profesional que visitan los departamentos de urología, cirugía, radiología o patología de hospitales que participan regularmente pacientes identificados admitidos para el cáncer de riñón elaboración. Todos los pacientes con sospecha de cáncer de riñón se acercaron para la entrevista, pero sólo los casos confirmados histológicamente se incluyeron en el análisis final. Todos los tumores fueron revisados centralmente para confirmar el diagnóstico y la histología. La mayoría de los tumores renales fueron carcinomas de células claras (83,4%), mientras que otros subtipos incluyen papilar (7%), cromófobo (2,4%), oncocitoma (2,3%), neoplasias oncocíticas (0,2%), carcinomas de células transicionales (1,1%) , y no clasificados (3,6%). Los controles fueron emparejados por la frecuencia de casos en la edad (± 3 años), el sexo y el centro de estudios. Un total de 1.097 casos de RCC incidentes confirmados y 1.476 controles se incluyeron en este estudio. El ADN genómico se obtiene a partir de 987 de 1.097 (90%) de los casos y 1298 de 1476 (88%) de los controles. Las tasas de respuesta a través de los centros de estudio entre los sujetos elegibles que se solicitó participar varió de 90.0-98.6% de los casos y de 90,3 a 96,1% de los controles.
Entrevista
Los casos y controles fueron entrevistados con el mismo cuestionario [37]. La información sobre las características demográficas, historiales médicos, y los factores de estilo de vida se obtuvo a través de entrevistas en persona por personal capacitado por medio de cuestionarios de frecuencia alimentaria y de estilo de vida estandarizados. Los casos fueron entrevistados en los tres meses siguientes al diagnóstico. consentimiento por escrito para la participación se obtuvo de todos los sujetos de estudio, y se obtuvo la aprobación ética para todos los centros de estudio.
Procedimientos de Laboratorio
ADN genómico fue extraído de la capa leucocitaria de sangre completa utilizando un método estándar con fenol-cloroformo . La genotipificación se llevó a cabo con un GoldenGate® Oligo piscina All (OPA) por el ensayo de Illumina® (www.illumina.com) de Core Facility Genotipado (NCI) del Instituto Nacional del Cáncer (CGF), donde el personal de laboratorio se desconocía la situación de los casos /control. se obtuvo la cantidad y calidad de ADN genómico adecuado a partir de un subconjunto de 777 (70,8%) de los casos de CCR y 1.035 (70,1%) controles, debido a los estrictos criterios de calidad y cantidad para el análisis mediante el panel de Illumina® OPA
.
Una revisión de la literatura de la vitamina D genes asociados ayudó a identificar ocho genes candidatos (
VDR, RXRA, RXRB, CYP24A1, GC, STAT1, THRAP4
y
THRAP5
) que finalmente fueron seleccionados por su participación en el metabolismo de la vitamina D, el transporte, la unión, la función y /o expresión, que puede afectar a los mecanismos mediante los cuales la vitamina D puede influir en el riesgo de cáncer. Puesto que es bien conocido que
VDR
provoca una respuesta transcripcional mediante la formación de un complejo heterodímero con el retinoide-X-receptor, en este estudio tanto
VDR
y
RXR
eran los genes primarios sospechosos
a priori
para modificar el riesgo de cáncer renal. El componente específico de grupo
(GC)
vitamina D fue seleccionado proteína de unión por su participación como el principal portador de la vitamina D en el plasma [38]. Citocromo P450, la familia 24, subfamilia A, polipéptido 1 (
CYP24A1
) fue seleccionada por su implicación en degradante y que regulan la 1,25 (OH)
2D
3 niveles [39], [40 ]. Por último, el transductor de señal y activador de transcripción 1 (
STAT1
) y la hormona tiroidea proteína asociada al receptor 4 y 5 (
THRAP4
y
THRAP5
) se seleccionaron los genes ya los estudios indican que estos genes pueden inducir o reprimir la transcripción mediante la interacción con el
VDR-RXR
complejo [41], [42].
se seleccionaron Etiqueta SNPs para proporcionar una cobertura genómica 80-90% a través de las regiones genómicas de interés. Para asegurar una cobertura completa de la región objetivo, cobertura adicional de las regiones tanto aguas arriba (20 kb) a partir del inicio de la transcripción y aguas abajo (10 kb) del último exón utilizando los datos HapMap CEU (http://www.hapmap.org) entre SNPs alelo con menor frecuencia de al menos un 5% y un r fueron seleccionados
2≥80%. Además, no es sinónimo SNPs o los correlacionada con polimorfismos con potencial importancia funcional se incluyeron en el análisis. En total, se seleccionaron 139 SNPs en los genes diana de la vía D-relacionados ocho vitamina para su análisis. La longitud total de la secuencia analizada a través de todos los genes era 495,664 bases (
VDR
: 37,421 bases,
RXRA
: 144,022 bases,
RXRB
: 36,257 bases,
CYP24A1
: 50,537 bases,
GC
: 72,479 bases,
STAT1
: 75,061 bases,
THRAP4
: 39,862 bases, y
THRAP5
: 40025 bases). Replicar las muestras de control de calidad (un 5% en muestras) se intercalan entre las placas de genotipado. La tasa de fracaso para el genotipado de SNPs seleccionados fue del 4,8% (7/146). La tasa de concordancia entre las muestras de ADN duplicadas varió de 93-100% y las tasas de terminación osciló entre 98-100%. El genotipo frecuencias entre los controles no difieren de lo esperado de Hardy-Weinberg proporciones (p & gt; 0,05). Todos los SNPs y la información del ensayo se presentan en la base de datos del NCI SNP500Cancer (http://snp500cancer.nci.nih.gov) [43].
Análisis estadístico
Las distribuciones de las características seleccionadas y RCC conocida factores de riesgo (sexo, edad, tabaquismo, hipertensión, índice de masa corporal, historia familiar de cáncer, y el país de residencia) se compararon entre los casos y controles genotipo mediante la prueba de Chi-cuadrado. Estas características fueron evaluados para determinar si se han modificado las asociaciones entre SNPs y RCC; Sin embargo, no se observaron interacciones significativas entre el riesgo de cáncer, los factores de riesgo de CCR, y SNPs (datos no mostrados).
Las asociaciones entre SNPs y el riesgo de CCR se estimaron mediante el cálculo de la odds ratio (OR) y el 95% de confianza intervalos (IC del 95%) mediante regresión logística no condicional. Las interacciones se probaron la comparación de modelos de regresión con y sin términos de interacción utilizando una prueba de razón de verosimilitud (LRT). Todos los modelos de regresión se ajustaron por edad (continua), el sexo, el centro de estudios, y el hábito de fumar (nunca, nunca). Otros factores de riesgo (es decir, la hipertensión, el IMC y los antecedentes familiares de cáncer) también se consideraron, sin embargo, estas variables no afectan a las estimaciones de riesgo por lo menos el 10%. Para evitar los análisis redundantes, solamente se evaluó un SNP en que se observaron altas correlaciones entre dos SNPs (r
2 & gt; 0,85). De los 139 SNPs genotipo, dos pares de SNPs en el
VDR
se encontraron genes altamente correlacionados (r
2 = 0,95 para rs1544410 (
BSMI
) y rs731236 (
Taq I
); r
2 = 0,89 para rs2248098 y rs2239185) y por lo tanto sólo un SNP se utilizó por par (rs1544410 (
BSMI
) y rs2248098)
Desde. la forma más común de carcinoma de células renales es de tipo de células claras, también se evaluaron las asociaciones entre SNPs y el riesgo de CCR entre los casos histológicamente diagnosticados con este subtipo de cáncer renal. Sin embargo restringir los casos a los que tienen el tipo de células claras no afectó a las estimaciones de riesgo por al menos 10% (datos no presentados). De manera similar, los análisis restringidos a casos con tumores solamente altos grados no afectó a las estimaciones de riesgo (datos no mostrados).
Las estimaciones de riesgo se calcularon para el heterocigotos y homocigotos genotipos variantes en relación con el genotipo homocigoto común asumiendo un modelo aditivo. Cuando la frecuencia de la variante de alelo homocigoto era menos del 5% entre los controles, se utilizó un modelo dominante para determinar las estimaciones de riesgo para la presencia y la ausencia del alelo variante. Las asociaciones entre variantes SNP y RCC fueron evaluados utilizando un modelo aditivo (es decir, la prueba lineal de tendencia para el número de copias del alelo variante (0, 1, 2)) o un modelo dominante (es decir Wald prueba de chi-cuadrado para determinar la presencia o ausencia del alelo variante (0, 1)). Para evaluar la significación global de la asociación con genes, una permutación p-valor mínimo se usó la prueba (Min-P) para el análisis, ya que corrige para múltiples pruebas, mientras que también representa las correlaciones entre los SNPs dentro de un gen [44]. Se seleccionaron los genes que había una prueba de Min-P significativos a un nivel de corte de 10% para su posterior análisis. Análisis de los genes que no cumplieron con este criterio está disponible en el Adicional Figura S1, S2, S3, S4, S5, S6.
HaploWalk, un método de deslizamiento ventana de análisis basada en haplotipo, se utilizó para evaluar los genes candidatos con N =
K
SNPs. El procedimiento HaploWalk considera una ventana de tres SNP para cada SNP SNP de
2
través de SNP
K-1