Extracto
Antecedentes
variantes genéticas de baja penetrancia se han reconocido cada vez más a influir en el riesgo de desarrollo de tumores. variantes de riesgo para el cáncer colorrectal (CCR) se han mapeado en el cromosoma 8q23.3 posiciones, 8q24, 9p24.1, 10p14, 11q23, 14q22.2, 15q13, 16q22.1, 18q21, 19q13.1 y 20p12.3. En particular, el polimorfismo de nucleótido único 8q24 (SNP), rs6983267, ha reproducible ha asociado con el riesgo de desarrollar CCR. A medida que los SNPs riesgo de CCR también pueden influir en la evolución de la enfermedad, por lo tanto, en este estudio, se evaluó si influyen en la supervivencia del paciente.
Metodología /Principales conclusiones
muestras de ADN de 583 pacientes con CCR inscritos en el prospectivo , Carolina del Norte cuidado del cáncer de Resultados de Investigación y Vigilancia Estudio Consortium (NC CanCORS) se genotipo para 11 SNPs de susceptibilidad CRC CRC en 6 loci riesgo. Las relaciones entre los genotipos y supervivencia de los pacientes fueron examinados mediante análisis de regresión de Cox. En el análisis multivariado, los pacientes homocigotos para el alelo de riesgo de CCR de rs7013278 o rs7014346 (ambos a las 8 Q24), sólo eran nominalmente importantes para la supervivencia general más precaria en comparación con los pacientes homocigotos para el alelo protector (razón de riesgo = 2,20 y 1,96, respectivamente;
P Hotel & lt; 0,05). Ninguna de estas asociaciones, sin embargo, se mantuvo estadísticamente significativa después de la corrección de múltiples ensayos. Los otros nueve SNPs de susceptibilidad probados no se asociaron significativamente con la supervivencia.
Conclusiones /Importancia
No se encontró evidencia de la asociación de variantes de riesgo de CRC con la supervivencia del paciente.
Visto : Hoskins JM, Ong PS, Keku A, Galanko JA, Martin CF, CA Coleman, et al. (2012) Asociación de los Once común, de baja penetrancia cáncer colorrectal susceptibilidad variantes genéticas en seis loci de riesgo con el resultado clínico. PLoS ONE 7 (7): e41954. doi: 10.1371 /journal.pone.0041954
Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Estados Unidos de América
Recibido: 31 Enero, 2012; Aceptado: June 29, 2012; Publicado: 27 Julio 2012
Copyright: © Hoskins et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este trabajo fue apoyada por el National Institutes of Health (NIH) Red de Investigación Farmacogenética (U01 GM63340). Los CanCORS NC y GI SPORE fueron apoyados por NIH U01 CA 093326 y 106991, respectivamente, CA P50. El estudio también recibió el apoyo del Centro para la Biología y la enfermedad gastrointestinal (P30 DK034987). PO fue apoyado por el Departamento de Farmacia, Universidad Nacional de Singapur. Sin financiación externa adicional fue recibida para este estudio. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer colorrectal (CCR) es la segunda causa más común de muerte por cáncer en los Estados Unidos. A pesar de las mejoras en las modalidades de tratamiento, la tasa de supervivencia a 5 años para los pacientes con CRC oscila entre 10-90% [1]. Esta enorme variación en los resultados clínicos se debe, en parte, al hecho de que CRC es una enfermedad heterogénea que comprende subconjuntos discretos que evolucionan a través de múltiples etiologías diferentes. Tanto la línea germinal y alteraciones genéticas somáticas pueden estar involucrados en la transformación maligna de las células normales del colon. Extensas investigaciones han identificado mutaciones somáticas en
TP53
o
KRAS Windows que están involucrados en la progresión de adenoma de CRC [2] - [5]. Para las mutaciones de la línea germinal, cambios de alta penetrancia en adenomatosis poliposis coli, reparación de genes, smad4, proteína morfogenética ósea del receptor de tipo IA y serina treonina quinasa se han reportado 11 genes que se asocia con una mayor susceptibilidad CRC en el 5% de la población [6], mientras que los efectos de las combinaciones de variantes de baja penetrancia sigue siendo difícil de alcanzar en gran medida
.
la finalización del Proyecto del genoma humano y el desarrollo de técnicas de alto rendimiento de genotipos mejorados permiten la interrogación a gran escala del genoma, lo que resulta en una mejor comprensión de la enfermedad poligénica común. Este avance ha llevado a la enfermedad común, hipótesis variante común, lo que sugiere que un número de variantes alélicas que se encuentran en más de 1-5% de la población genéticamente influye en la susceptibilidad a enfermedades hereditarias comunes [7]. De acuerdo con este modelo, el análisis de genes candidatos y los estudios de asociación de todo el genoma de múltiples etapas (GWAS) han identificado numerosos polimorfismos de nucleótido único (SNP) a través de varios cromosomas que están asociados con un mayor riesgo de desarrollo de CCR [8] - [18]. En un estudio de casos y controles que abarcó a 1807 pacientes y 5511 controles, Haiman y sus colegas observaron que rs6983267 en el cromosoma 8q24, una región genómica que contiene pocos genes, se asoció significativamente con una mayor predisposición de CCR en individuos de diferentes grupos étnicos [10]. Varios informes posteriores confirmaron rs6983267 como un marcador de riesgo de baja penetrancia de CCR [9], [12], [13], [16], [17]. Teniendo en cuenta esta observación coherente y la amplificación frecuente de esta región en la CRC [10], un análisis más detallado de los SNP dentro de esta área de genes de los pobres reveló una segunda variante estrechamente vinculados, rs10505477, así como otros tres SNPs en 8q24, rs10808556, rs7014346 y rs7013278 , como variantes de baja penetrancia que también influyen en la formación de un carcinoma [10], [13], [14], [15], [17].
además de los SNPs en 8q24, Tomlinson et al identificaron rs16892766 en 8q23 0.3 como una variante de riesgo adicional [15]. Del mismo modo, Zanke y sus colegas encontraron una asociación entre rs719725 en 9p24 y el CRC [17]. La investigación posterior de este sitio por Poynter et al demostraron que los individuos con el A /A genotipo tenían un riesgo moderado de CRC en comparación con C /C individuos en familias basados en las clínicas basadas en la población, pero no [13]. En la 10p14 y 11q23 loci, rs10795668 y rs3802842 se muestran, respectivamente, a estar relacionado con la aparición de la enfermedad [14], [15]. Además, otros numerosos loci de riesgo han sido identificados y mapeados a 14q22.2 posteriormente (rs4444235, BMP4) [18], 15q13 (rs4779584, rs10318, CRAC1) [11], 16q22.1 (rs9929218, CDH1) [18], 18q21 (rs4939827, rs12953717, rs4464148, SMAD7) [8], 19q13.1 (rs10411210, RPHN2) [18] y 20p112.3 (rs961253) [18].
a pesar del creciente número de loci que se identificaron para influir en el riesgo de desarrollar CCR, hasta la fecha, sólo unos pocos estudios han investigado los efectos de estas variantes en el resultado de la enfermedad [19] - [22]. Los resultados de estos estudios, sin embargo seguía siendo contraria a la relación entre estas variantes de riesgo y la supervivencia CRC. Por lo tanto, en el presente estudio, hemos examinado la importancia pronóstica de 11 SNPs de susceptibilidad CRC a las 6 CRC loci riesgo (rs4939827 rs6983267, rs10505477, rs7013278, rs7014346, rs719725, rs10795668, rs3802842, rs4779584, rs10318, rs4464148 y, el cuadro S1), utilizando 583 pacientes con CCR desde la perspectiva de Carolina del Norte (NC) (CanCORS) Cancer Care Resultados de la investigación y Vigilancia de estudio Consorcio.
Métodos
Población de estudio y seguimiento de información
El diseño del estudio de CanCORS se ha descrito anteriormente [23]. NC CanCORS ensambladas una cohorte prospectivo basado en la población en 33 áreas del condado de Carolina del Norte, EE.UU.. En este estudio, las muestras de ADN de 583 pacientes elegibles con diagnóstico de CCR entre abril de 2003 y enero de 2005 fueron genotipo de forma retrospectiva. Demografía de los pacientes se obtuvieron de una encuesta basal del paciente. información clínica detallada en el sitio primario del tumor, Comité Conjunto sobre el Cáncer etapa y el tipo de tratamiento realizado (AJCC) se obtuvieron a partir de la revisión de las historias clínicas y los informes patológicos de diagnóstico CRC del Registro Central de Cáncer de Carolina del Norte por los extractores capacitados dentro de los 6 meses siguientes diagnóstico. Los pacientes fueron seguidos durante una media de 3,5 años. Los datos de supervivencia y mortalidad se determinó a partir de una encuesta telefónica de tres años de los participantes o de próxima los familiares y se confirmó aún más mediante comprobación de los registros de defunción a través del índice de muerte de la Seguridad Social (SSDI) el uso de números de seguridad social de los pacientes. La información de mortalidad o estado de supervivencia estaba disponible para todos los pacientes con genotipo en este estudio a través del SSDI. información de supervivencia libre de enfermedad no estaba disponible. Este estudio fue aprobado por la Junta de Revisión Institucional de la Universidad de Carolina del Norte (número IRB: 08.04.60). escrito el consentimiento informado se obtuvo de cada participante.
Extracción de ADN y genotipado SNP
escudo
Buffy se preparó a partir de una muestra de sangre recogida de cada participante en el estudio. Se extrajo ADN de la capa leucocitaria usando kit Puregene (Qiagen, Valencia, CA, EE.UU.). Además, las muestras de ADN que comprenden de 94 europeos-americanos, 93 (pueblo Han de Los Ángeles) chinos Han y 94 estadounidenses de origen mexicano (la comunidad mexicano-estadounidense de Los Ángeles) de Coriell (Instituto Coriell de Investigación Médica, Camden, Nueva Jersey, EE.UU. ), así como 86 afroamericanos como se describe anteriormente [24], también se utiliza para confirmar la fiabilidad y reproducibilidad de la determinación del genotipo realizado. Todas las muestras de ADN fueron genotipo para 11 SNPs de susceptibilidad a los 6 CRC CRC loci de riesgo mediante ensayos de discriminación alélica TaqMan (Applied Biosystems, Foster City, CA, EE.UU.) (Tabla S1). En un volumen total de 20 l, las reacciones consistieron en 2 l de 10 ng /l de ADN, 0,5 l de ensayos de genotipificación de SNP 20X TaqMan® (Applied Biosystems), 10 l de 2X TaqMan® PCR Universal Master Mix, No AmpErase UNG (Applied Biosystems) y 7,5 l de agua. PCR se realizó con un paso inicial de desnaturalización a 95 ° C durante 10 min seguido de 50 ciclos de desnaturalización a 92 ° C durante 15 s y el recocido con extensión a 60 ° C durante 1 min. Todas las reacciones de PCR se realizaron en un Bio-Rad tétrada 2 Thermal Cycler (Bio-Rad, Hercules, CA, EE.UU.). Las intensidades de fluorescencia de las muestras se midieron antes y después de la PCR usando un sistema de PCR 7500 Real-Time Applied Biosystems (Applied Biosystems). Los datos obtenidos fueron analizados y los genotipos asignados utilizando SDS 7300 Sistema de Software, versión 1.4 (Applied Biosystems). la asignación del genotipo se realizó conocimiento de los datos clínicos de los pacientes. La genotipificación se realizó correctamente en & gt; 96% de las muestras. Para las muestras de las cuatro poblaciones adicionales, todos los genotipos estaban de acuerdo con lo reportado en la Hapmap (www.hapmap.org). No se observó ninguna discordancia en el genotipo o alelo frecuencias entre las muestras de los pacientes europea-americana o afroamericanos con los respectivos europeo-americanos o los afroamericanos en las poblaciones adicionales genotipo.
Análisis estadístico
todos los polimorfismos fueron examinados para la desviación de equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE) usando χ
2 test. Las variables clínicas y biológicas fueron examinados para las asociaciones con los SNPs utilizando la prueba exacta de Fisher. la supervivencia univariante y multivariante análisis se llevaron a cabo utilizando el análisis de regresión de Cox para evaluar las asociaciones entre variantes genéticas y la supervivencia global. modelos multivariables se ajustaron por edad, origen étnico, sexo, estadio de la enfermedad, el sitio del tumor y el tratamiento administrado. Para cada SNP, el alelo de riesgo se definió como el alelo previamente establecido en la literatura para conferir un riesgo de CCR, mientras que el otro alelo se consideró el alelo de protección. Homocigosis para el alelo protector sirvió como un genotipo de referencia para el análisis de regresión y se le asignó un índice de riesgo (HR) de 1,0. Un
P Hotel & lt; 0,05 fue considerado significativo. corrección múltiple se realizó mediante el método de Bonferroni conservador. Todos los datos fueron analizados utilizando la versión de software de análisis estadístico SAS (SAS Institute 9 Inc, Cary, NC, EE.UU.).
Resultados
Características de los pacientes
La Tabla 1 resume las características basales de los pacientes en este estudio. La edad media de los pacientes era de 65,0 años y el 47,9% eran mujeres. Entre los 583 pacientes, el 81,0% eran europeos-americanos y el 19,0% eran afroamericanos. En el momento del diagnóstico, las proporciones de los participantes del estudio clasificadas en AJCC etapas 1, 2, 3 y 4 fueron 27,6%, 27,4%, 28,3% y 11,7%, respectivamente. En esta cohorte, la proporción de pacientes con cáncer de colon o cáncer rectal era comparable. La mayoría de los pacientes (98,3%) recibieron tratamiento quirúrgico mientras que la quimioterapia se administró a un 50,9% de la población estudiada.
baja penetrancia susceptibilidad CRC genotipos
La distribución de genotipos en esta cohorte de pacientes es presentado en la Tabla S2. Para este grupo de pacientes, se detectó ninguna desviación de HWE entre los europeo- o pacientes afroamericanos para cualquiera de los SNPs. Las frecuencias de los alelos para todos los SNPs fueron similares a las frecuencias de europeo-(CEU) y las poblaciones afroamericanas (ASW) informaron en HapMap (www.hapmap.org). Genotipo distribuciones variaron entre europeo- y pacientes afroamericanos para todos los SNPs (
P & lt; 0,05
). rs7014346 y rs3802842, excepto (Tabla S2) guía
Relaciones entre la baja penetrancia susceptibilidad CRC SNPs y Clinicopathological características de los pacientes de CRC
No se observaron diferencias significativas entre los SNPs con el sexo, localización tumoral, la intervención quirúrgica o la administración de quimioterapia (Tabla S2). Para la edad de diagnóstico CRC, las diferencias aparentes en la distribución de los genotipos sólo se encontraron para rs10795668 (
P = 0,005
; Tabla S2). Se observó que la prevalencia de la A /A genotipo para este SNP disminuye en pacientes mayores de 50 años. Además, la etapa de la enfermedad fue significativamente relacionados con rs4464148 y rs4939827 genotipos (
P & lt; 0,05
; Tabla S2). C y T alelos, el alelo de riesgo para rs4464148 y rs4939827, respectivamente, se muestran anteriormente a estar asociado con un mayor riesgo para CRC [8], [21]. Sorprendentemente, en el presente estudio, más pacientes homocigotos para el alelo de riesgo para ambos SNPs se presentan con cáncer en estadio temprano (estadios 1-2) en el momento del diagnóstico, lo que sugiere que estos alelos son protectores (Tabla S2).
relaciones entre baja penetrancia susceptibilidad CRC SNPs y la supervivencia global
Para probar si las variantes de la línea germinal subyacen a las diferencias en la supervivencia global en pacientes con CRC, hemos realizado análisis de la supervivencia univariante y multivariante. En el análisis univariante, una diferencia significativa en la supervivencia sólo se observó en pacientes con el genotipo A /C en comparación con el A /A genotipo para rs3802842 (
P
& lt; 0,05; Tabla 2). Esta diferencia no fue significativa en un modelo multivariado (
P
& gt; 0,05; Tabla 2). En el análisis multivariado, los pacientes portadores de dos alelos de riesgo (T /T) para rs7013278 habían reducido la supervivencia en comparación con los pacientes homocigotos para el alelo protector (C /C) (HR = 2,20; IC del 95% = 1,24-3,91;
P
= 0,01; Tabla 2). Del mismo modo, los pacientes homocigotos para el alelo de riesgo de CCR de rs7014346, A /A, mostraron supervivencia general inferiores a los pacientes G /G (HR = 1,96; IC del 95% = 1,08-3,52;
P
= 0,03; Tabla 2 ). El nivel moderado de la importancia a estos dos SNPs no se mantuvo tras la corrección de múltiples ensayos. No se observó ninguna asociación significativa adicional entre el resto de los SNPs estudiados y supervivencia (Tabla 2).
Discusión
El presente estudio se realizó para examinar la importancia pronóstica de 11 comunes, baja penetrancia variantes genéticas en 6 CRC loci que han sido reportados previamente para predisponer a las personas a CRC [8] - [17]. Aunque no encontramos significación marginal entre dos SNPs, rs7013278 y rs7014346 (HR = 2,20,
P = 0,01
y HR = 1,96,
P
= 0,03, respectivamente), con la supervivencia inferiores CRC por regresión multivariante análisis, ninguna de estas variantes mostró asociación de todo el estudio con la supervivencia después de la corrección de múltiples ensayos. Por lo tanto, destacó que estas variantes conocidas de riesgo de CCR, no juegan un papel para influir en la mortalidad por CCR, que está de acuerdo con los resultados de tres estudios anteriores [19] - [21]
Hasta ahora, varios previa. los estudios han investigado la asociación entre las variantes de susceptibilidad CRC con la progresión de la enfermedad y la supervivencia. Gruber y sus colegas fueron los primeros en informar de ninguna correlación entre rs10505477 con la supervivencia del CCR en una población predominantemente judía [19]. En este estudio, se encontró un CR de 1,09 (IC = 0,89-1,32) entre los portadores del alelo de riesgo frente a los no portadores [19] Posteriormente, Cicek y sus colegas evaluaron la influencia de otros marcadores de riesgo 5 CRC penetrancia baja (rs6983267, rs13254738, rs16901979, rs1447295, DG8S737) sobre la supervivencia de 460 casos de los estadios II y III pacientes, de raza blanca, CRC, que eran los participantes de un estudio de terapia adyuvante en fase III [20]. Si bien se observó una tendencia a la disminución de la supervivencia con la presencia de las variantes de riesgo raras (CRI de rs6983267 = 1,00, IC = 0,79-1,27; HR = 1,14 para rs13254738, CI = 0,91-1,43; HR = 1,34 para rs16901979, IC = 0,86-2,09; HR = 1,11 para rs1447295, CI = 0,79-1,55; HR = 1,57 para DG8S737, CI = 0,85-2,90) utilizando un modelo aditivo de registro, ninguna de las asociaciones fueron estadísticamente significativas [20]. En un estudio posterior de Tenesa y otros, no se encontró asociación entre el 10 variantes de riesgo y por todas las causas o la mortalidad por CCR-específica después del ajuste de la AJCC etapa, la edad y el sexo en 2838 etapas AJCC I-IV CRC pacientes de Scottish linaje [21] . Del mismo modo, se observó un similares carecían de correlación entre rs10505477 (HR mediante análisis multivariado = 1,38, IC = 0,74-2,55) con una supervivencia que está de acuerdo con el hallazgo por Gruber et al (HR = 1,09; IC = 0,89-1,32) [ ,,,0],19]. Para rs6983267, allí de nuevo hubo asociación con la supervivencia del CCR en nuestro estudio (HR mediante análisis multivariado = 1,35, IC = 0,73-2,51). El HR para este SNP se encuentra en la misma dirección y otra vez de acuerdo con los informes anteriores de Cicek et al (HR = 1,00; IC = 0,79-1,27) y Tenesa et al (HR = 1,03; IC = 0,94-1,13) [20], [21]. Por otra parte, para los otros 4 SNP (rs10795668, rs3802842, rs4779584 y rs4939827), los CR obtenidos por Tenesa y sus colegas fueron de 0,98 (IC = 0,90-1,08), 0,93 (CI = 0,85-1,02), 0,95 (CI = 0,85-1,06) y 1,05 (CI = 0,96-1,15), respectivamente [21]. Este resultado es congruente con en nuestro estudio con CRI para la rs10795668, rs3802842, rs4779584 y rs4939827 ser 0,82 (CI = 0,37-1,83), 1,03 (CI = 0,52-2,03), 1,01 (CI = 0,46-2,22) y 0,81 (CI = 0,45 a 1,48), respectivamente, con la gama de valores de CI para estos SNPs se solapan entre los dos estudios. por tanto, estos datos refuerzan la falta de pruebas de la participación de estas variantes con desenlace CRC. En un estudio reciente realizado por Xing et al, la influencia de 8 SNPs asociados con CCR GWAS recurrencia y la supervivencia se investigó en 465 pacientes chinos Han CRC [22]. Dos SNPs, rs4779584 (HR = 0,33, IC = desde 0,15 hasta 0,72 para los portadores homocigotos del alelo de tipo salvaje (T), que es también el alelo de riesgo en GWAS, frente a los que son portadores homocigotos o heterocigotos del alelo variante (C) , el alelo protector en GWAS anterior) y rs10795668 (HR = 0,55; IC = 0,30-1,00 para los homocigotos portadores del alelo de tipo salvaje (G), que es el alelo protector en GWAS anterior, frente a los que son portadores homocigotos o heterocigotos de el alelo variante (a), el alelo de riesgo en GWAS anterior), se asociaron significativamente con un menor riesgo de muerte y recurrencia tumoral, respectivamente, utilizando un modelo genético dominante [22]. Para rs4779584, el resultado de este estudio (HR = 1,01; IC = 0,46-2,22) y la de Tenesa et al (HR = 0,95; IC = 0,85-1,06) [21] no mostró influencia significativa del alelo de riesgo de este SNP con la supervivencia CRC. Esto se desvía de los resultados de Xing et al [22]. Una posible explicación de esta desviación es una frecuencia mucho más alta del alelo de riesgo entre los chinos Han en comparación con la población en este estudio y el de Tenesa y colegas [21], que eran predominantemente de ascendencia europea. Mientras que las frecuencias de los alelos de rs4779584 en los pacientes chinos Han CRC no se informaron directamente en el documento de Xing et al [22], un cálculo de las frecuencias alélicas de esta población basado en el genotipo de los pacientes presentaron mostraron que las frecuencias alélicas calculadas ( C = 0,19 y T = 0,81) fueron congruentes con los de las poblaciones chinas en el HapMap (CHB: C = 0,18 y T = 0,82; EC: C = 0,16 y T = 0,84) y la población china han que hemos determinado el genotipo previamente (C = 0,17 y T = 0,83) como parte de las cuatro poblaciones adicionales utilizados para el control de genotipado. Sobre la base de los datos de Hapmap y nuestros datos de las cuatro poblaciones adicionales genotipo (datos no mostrados), la frecuencia del alelo para el alelo de riesgo (T) de rs4779584 fue más alta en los chinos Han, seguido de afroamericanos y, por último, Europa y Estados Unidos . Para rs10795668, HR para la supervivencia global en nuestro estudio y que por Tenesa et al [21] fueron de 0,82 (IC = 0,37-1,83) y 0,98 (IC = 0,90-1,08), respectivamente. Esta divergencia en los resultados del estudio a la de Xing et al es probable que atribuir a diferencias metodológicas entre los estudios en lugar de debido a diferencias en las frecuencias de alelos como el estudio por Xing et al [22] recurrencia CRC evaluado mientras que nuestro estudio y que por Tenesa et al [ ,,,0],21] evaluaron la supervivencia global y la mortalidad general, respectivamente.
Esta inconsistencia en los resultados entre los estudios informados no es sorprendente, ya que los mecanismos por los que estas variantes alteran el riesgo de CCR no se entiende completamente y aún no está claro cómo podrían la progresión del tumor influencia y la supervivencia del paciente. En la actualidad, los posibles efectos funcionales de estos SNPs han sido más ampliamente investigado para las variantes en el locus del gen 8 Q24. Dado que este locus no se conoce para codificar para cualquier gen, se concibe así que las variantes que se encuentran aquí puede o bien se encuentran dentro de los promotores o elementos potenciadores que pueden afectar a la transcripción de genes fuera de esta locus [10]. Sin embargo, en un estudio utilizando la UCSC y VISTA reforzador base de datos, rs7013278 y rs7014346, que mostró significación marginal en nuestro estudio antes de la corrección de Bonferroni, no se encontraron en los segmentos que contienen potenciadores putativos o en regiones predichas de potencial normativo [25]. Por otra parte, se encontró que rs6983267 a estar dentro de un elemento potenciador putativo que se une TCF4, un factor de transcripción que interactúa con ß-catenina para activar la transcripción de Wnt genes diana, que se activan en la mayoría de CRC [26], [27] . Además, algunos informes han demostrado que rs6983267 tiene una interacción de largo alcance físico con una región promotora de MYC en líneas celulares de cáncer de colon [26], [28]. A pesar de esto, no hay asociación entre el alelo de riesgo de los niveles de expresión de MYC y rs6983267 se ha encontrado en los tejidos normales y cancerosas de colon [17], [26], [27]. Por lo tanto, la consecuencia funcional de rs6983267 sigue siendo incierto.
Para rs10795668 a las 10 p14, rs3802842 a las 11 q23 y rs 4779584 al 15 q13, una búsqueda sistemática por Niittymaki y sus colegas no mostró ninguna asociación de estos SNP con predicho potenciador o elementos reguladores [29]. Nuevas investigaciones utilizando muestras de tumor volvió a mostrar una falta de alélica desequilibrio entre el alelo de riesgo de estos SNPs con CRC, lo que llevó a los autores a la conclusión de que estas variantes de riesgo era poco probable somáticamente seleccionados para la progresión neoplásica [29]. Si bien los efectos funcionales de estos SNPs de susceptibilidad aún no se han validado más, los resultados de estos estudios funcionales a la fecha respaldan nuestra conclusión de que la mayoría de las variantes de CRC de baja penetrancia están implicados en la iniciación en lugar de la progresión de la CRC.
la fuerza de este estudio es que los pacientes fueron elegidos al azar de 33 áreas del condado en el centro y el este de Carolina del Norte. Estas regiones incluyen áreas urbanas y rurales y, como tal, los temas son diversos con respecto a la raza y el nivel socioeconómico. Son, por tanto, más representativo de una verdadera muestra de población CRC en comparación con otros estudios que sólo incluyen pacientes de unas pocas instituciones, por lo que tienen poblaciones muy seleccionadas.
Sin embargo, hay algunas limitaciones en nuestro estudio. En primer lugar, los tamaños de las muestras limitadas de ciertas etapas impidió un análisis más detallado de subgrupos. En tal, es posible que las asociaciones restringidas a los pacientes de ciertas etapas pueden haberse perdido. En segundo lugar, el período de seguimiento medio de 3,5 años puede ser demasiado corto, especialmente para los pacientes con enfermedad en estadios I y II. Esto podría tener a su vez dio lugar a una tasa de eventos inferior cuando se analizaron en conjunto los datos de las cuatro etapas de los pacientes y por lo tanto condujo a la asociación marginal observada. En tercer lugar, la información sobre la enfermedad datos de supervivencia libre que puede ser una medida mejor pronóstico en comparación con la supervivencia global no está disponible en nuestro estudio. En cuarto lugar, mientras nos hizo un esfuerzo riguroso para tener en cuenta las variables clínicas importantes como la edad, el sexo, la etnia, la etapa de la enfermedad, el sitio del tumor y el tipo de tratamiento que pueden influir en la supervivencia del CCR en nuestro análisis de datos, que sin embargo no disponemos de información sobre el estado de reparación de genes de los pacientes. Esto puede haber dado lugar a la combinación de diferentes tipos de CRC en el mismo grupo de análisis, de desviación de ese modo las estimaciones de riesgo obtenidos. Por último, el tamaño de la muestra de este estudio es moderada. Esto puede hacer que sea suficiente para detectar la asociación de las variantes genéticas con los resultados de supervivencia para los dos SNPs (rs719725 y rs10318), debido a las bajas frecuencias de los alelos en la población o de SNPs con pequeños efectos sobre la supervivencia. Así, por rs719725 y rs10318, los resultados de estos SNP deben interpretarse con precaución. No obstante, los resultados de este estudio serán aumentar los hallazgos de estudios anteriores, lo que permite metanálisis futuro que puede mejorar aún más nuestra comprensión de los efectos de estas raras variantes en la progresión de la CRC.
En conclusión, se observó ninguna asociación entre la susceptibilidad CRC 11 variantes a las 6 CRC loci de riesgo con el resultado de la enfermedad en nuestra población de estudio, lo que sugiere poca influencia de estos SNPs en la progresión de la CRC.
Apoyo a la Información sobre Table S1.
cromosómicas loci de baja penetrancia susceptibilidad CRC SNPs analizados, su susceptibilidad alelo de riesgo y los identificadores de ensayo TaqMan de genotipificación de SNP.
doi: 10.1371 /journal.pone.0041954.s001 gratis (DOCX)
Tabla S2.
distribución de las características clínico-patológicas de los pacientes de acuerdo con los genotipos de los SNP.
doi: 10.1371 /journal.pone.0041954.s002 gratis (DOCX)
Reconocimientos
Los autores desean agradecer al Sr. Kevin Long por su asistencia técnica en relación con este manuscrito.