Extracto
eventos moleculares que conducen a cáncer de ovario epitelial, son poco conocidos pero las hormonas ovulatorios y un número alto de ovulaciones de por vida con proliferación concomitante, apoptosis, y la inflamación, aumenta el riesgo. Hemos identificado los genes que son regulados durante el ciclo estral en murino epitelio superficial del ovario y se analizaron estos perfiles para identificar los genes dysregulated en el cáncer de ovario humano, utilizando conjuntos de datos públicamente disponibles. Se identificaron 338 genes que son regulados en murino epitelio superficial del ovario durante el ciclo estral y dysregulated en el cáncer de ovario. Seis de los siete candidatos seleccionados para la validación de inmunohistoquímica se expresaron en el cáncer de ovario seroso, quistes de inclusión, el epitelio superficial del ovario y en el epitelio de las trompas de Falopio. La mayoría se sobreexpresa en el cáncer de ovario en comparación con el epitelio superficial del ovario y /o quistes de inclusión (EpCAM, EZH2, BIRC5) aunque BIRC5 y EZH2 se expresaron como altamente en el epitelio de las trompas de Falopio como en el cáncer de ovario. Priorizamos los 338 genes de los que pueden ser importantes para el desarrollo de cáncer de ovario en
in silico
análisis del número de copias de la aberración y la mutación utilizando conjuntos de datos públicamente disponibles y los genes identificados con roles establecidos en el cáncer de ovario, así como nuevos genes para el cual tenemos evidencia de la implicación en el cáncer de ovario. la segregación cromosómica surgió como un proceso importante en el que los genes de nuestra lista de los 338 fueron sobre-representados entre ellos dos (
BUB1
,
NCAPD2
) para los que existen pruebas de amplificación y mutación. NUAK2, upregulated en el epitelio superficial del ovario en proestro y predice que tienen una mutación conductor en el cáncer de ovario, se examinó en una cohorte mayor de cáncer de ovario seroso donde los pacientes con expresión NUAK2 inferior tuvieron una supervivencia general más corta. En conclusión, que definen los genes que se activan en el epitelio normal en el transcurso de la ovulación que también se desregula en el cáncer ha identificado una serie de vías y nuevos genes candidatos que pueden contribuir al desarrollo de cáncer de ovario
Cita.: Emmanuel C, Gava N, Kennedy C, Balleine RL, Sharma R, Wain G, et al. (2011) Comparación de los perfiles de expresión en el epitelio ovárico
in vivo
y cáncer de ovario identifica los genes candidatos Novel involucrados en la patogénesis de enfermedades. PLoS ONE 6 (3): e17617. doi: 10.1371 /journal.pone.0017617
Editor: Thomas Preiss, Victor Chang Instituto de Investigación Cardiaca (VCCRI), Australia |
Recibido: 8 de noviembre de 2010; Aceptado: February 2, 2011; Publicado: 15 Marzo 2011
Derechos de Autor © 2011 Emmanuel et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este estudio fue financiado por una Salud y medicina Consejo Superior de Investigaciones Científicas (NHMRC) proyecto de subvención 389.867 (nhmrc.gov.au) y por un centro de Rivkin Marsha para el Premio piloto cáncer de ovario (marsharivkin.org). RLB es un Instituto de Cáncer de Nueva Gales del Sur Fellow. El estudio del cáncer de ovario australiana es apoyado por el Comando de Investigación Médica y Material del Ejército de Estados Unidos bajo DAMD17-01-1-0729, el Consejo de Cáncer de Victoria, Queensland Cancer Fund, el Consejo de Cáncer de Nueva Gales del Sur, el Consejo de Cáncer de Australia del Sur, la Fundación para el Cáncer de Australia occidental, el Consejo de cáncer de Tasmania y el NHMRC. La Red de Australasia Bioespecímenes - Oncología está financiado por el NHMRC. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
cáncer de ovario
epitelial es la quinta causa más común de muerte por cáncer en mujeres en el mundo occidental y la principal causa de muerte por tumores malignos ginecológicos. A pesar de la magnitud de este problema clínico, se sabe poco sobre el mecanismo de la transformación neoplásica. Actualmente, penetración en la patogénesis del cáncer de ovario proviene de factores conocidos que aumentan el riesgo. Estos incluyen las mutaciones en los genes BRCA1
/2
genes heredados en una minoría de casos, y una serie de hormonas y /o factores relacionados con la reproducción de forma más general [1], [2]. En este último caso, la terapia de reemplazo hormonal y un alto número acumulado de ovulaciones de por vida con algunos episodios de la anovulación debido al embarazo, uso de anticonceptivos orales o la lactancia materna se han asociado con un mayor riesgo. Por el contrario, el riesgo de cáncer de ovario se reduce en más-nacidos vivos, la lactancia materna a largo plazo y utilizar anticonceptivos orales [3].
La base biológica para el riesgo de alteración asociada a factores hormonales y reproductivos es esencialmente desconocida, aunque varios se han propuesto hipótesis. El primero, el "incesante ovulación hipótesis ', postula que la ovulación y sus secuelas aumenta la probabilidad de malignidad [1], y que los embarazos y anticonceptivos orales son de protección, ya que suprimen la ovulación [4]. La segunda hipótesis es que los niveles circulantes de gonadotropinas aumenta el riesgo de malignidad y que el embarazo y el uso de anticonceptivos orales proteger mediante la supresión de la secreción de estas hormonas [5]. Los niveles excesivos de gonadotropinas FSH, LH y, en relación con el aumento que ocurre durante la ovulación, se proponen contribuir al desarrollo del cáncer de ovario. La pérdida de retroalimentación negativa gonadal en la menopausia, lo que resulta en concentraciones máximas de FSH y LH en la edad en la incidencia de cáncer de ovario sube drásticamente, proporciona apoyo a la hipótesis de gonadotropina se han reportado [6] y LH niveles elevados en la mutación BRCA1 portadoras en la fase folicular en comparación con los no portadores, lo que sugiere que los altos niveles de LH pueden contribuir al aumento del riesgo de BRCA-asociados de cáncer de ovario [7]. Protección proporcionada por los embarazos múltiples y el uso de anticonceptivos orales a largo plazo proporciona cierto apoyo a la teoría de las gonadotropinas ya que ambos factores están asociados con bajos niveles de gonadotropinas, así como la inhibición de la ovulación incesante. Sin embargo, el nivel de protección conferido por el embarazo y el uso de anticonceptivos orales, se ha sugerido que ser mayor que la de la inhibición de la ovulación solo [2] y tercera posible explicación basada en datos epidemiológicos es que la superficie del epitelio ovárico está protegido de la transformación maligna por la exposición a la progesterona o progesterona durante el embarazo o análogos en los anticonceptivos orales [2], [8].
a pesar de que en general se cree que surgen los cánceres de ovario seroso del epitelio superficial del ovario y forman quistes de inclusión cuando epitelio superficial del ovario quedar atrapado en el interior del ovario [9], una hipótesis más reciente para la iniciación del cáncer de ovario sugiere que existen lesiones precursoras en el extremo fimbriated del epitelio trompa de Falopio [10]. Es posible que el epitelio trompa de Falopio quedan atrapados dentro del estroma de ovario durante la cicatrización de la herida ovulatorio donde el alto entorno hormonal puede causar la transformación maligna de una manera similar a la hipótesis de quistes de inclusión [9]. El apoyo a la iniciación del cáncer de ovario en el epitelio de las trompas de Falopio se puede encontrar a partir de estudios que muestran que hay similitudes en los perfiles de expresión de genes de cáncer de ovario seroso y el epitelio trompa de Falopio, sin embargo, éstos difieren de los perfiles observados en la superficie del ovario epitelio [11]. No está claro, sin embargo, si esto es una evidencia de la iniciación en el epitelio de las trompas de Falopio o de la diferenciación de cáncer de ovario hacia un fenotipo similar a un tubo de Falopio que es una característica morfológica que define el cáncer de ovario seroso.
Tone et al . [11] encontró que los perfiles de expresión génica de epitelio de las trompas de Falopio de
BRCA
portadores de mutaciones en la fase lútea eran más similares a los perfiles de expresión de cáncer de ovario seroso de epitelio de las trompas de Falopio de portadores en la fase folicular. Del mismo modo, los estudios de xenoinjertos han demostrado que los xenoinjertos de cáncer de ovario son más propensos a establecerse si se implantan durante la fase de proestro del ciclo estral murino, cuando los niveles hormonales pico [12]. Estos datos sugieren que la susceptibilidad del epitelio superficial del ovario y /o epitelio de las trompas de Falopio a la transformación maligna puede cambiar a lo largo del ciclo estral presumiblemente en respuesta a las fluctuaciones de las hormonas, y es una prueba más de un papel para el ciclo menstrual en el desarrollo del cáncer de ovario.
recientemente hemos identificado firmas de genes asociados con el epitelio superficial del ovario durante las diferentes etapas del ciclo estral murino [13]. Pensamos que estos genes que se expresan diferencialmente en el epitelio superficial del ovario a través del ciclo estral es probable que sean hormona regulada y potencialmente implicados en procesos relacionados con la ovulación, incluyendo la proliferación celular, la apoptosis y la inflamación. La desregulación de las vías que sostienen cada uno de estos procesos ha sido implicado en la transformación neoplásica de varios tipos de tejidos. Tenemos la hipótesis de que un subconjunto de los genes implicados en las funciones celulares epiteliales de ovario normales son también consistentemente expresado de forma aberrante en el cáncer de ovario y la identificación de este subconjunto pueda ayudar en la priorización de genes candidatos humanos y vías implicadas en la progresión a cáncer de ovario
.
The objetivo de este estudio fue determinar si los genes regulados durante el ciclo estral y participan en la función ovárica normal juega un papel en la progresión de las células epiteliales normales de cáncer de ovario. Para ello, la lista de genes que se expresan diferencialmente en el epitelio superficial del ovario durante el ciclo estral, era pruebas cruzadas contra los genes con expresión aberrante reportado en el cáncer de ovario. Para los genes comunes, la expresión de un número de candidatos se determinó por inmunohistoquímica en las células normales de ovario epiteliales superficie, quistes de inclusión, las trompas de Falopio y las muestras de cáncer de ovario. Además, una relación entre la expresión génica y el número de copias, y la presencia de mutaciones en el cáncer de ovario se examinó utilizando conjuntos de datos existentes. Este enfoque identificado una serie de genes candidatos individuales y las vías que pueden estar implicados en la patogénesis del cáncer de ovario.
Materiales y Métodos
Ética declaración
Este estudio fue aprobado por los Comités de Ética de investigación Humanos de Sydney West Área de Servicio de Salud y la Universidad de Sydney; protocolo de referencia: HREC2006 /2 /4.21 (2293). escrito el consentimiento informado se obtuvo de todos los participantes en este estudio.
análisis
microarrays de expresión del epitelio ovárico murino
La serie de análisis de expresión de murino epitelio superficial del ovario ha sido previamente descrito en detalle [13]. Brevemente, el ARN total (Stratagene Absolutamente RNA® Nanoprep o Microprep Kit, Stratagene, La Jolla, CA), se extrajo de láser microdissected superficie del ovario epitelio (sistema Robot-Microbeam PALM, Microlaser Technologies) de ratones BALB /c a los 27 días de edad (inmaduros; n = 4) y 10-13 semanas de edad durante el ciclo estral, en proestro (n = 4) y el estro (n = 4) [13]. microarrays diapositivas que comprenden ~15,000 etiquetas de secuencias expresadas por el Instituto Nacional de 15 K biblioteca de clones de ratón Envejecimiento (Australian Genome Research Facility, Melbourne, Australia) se hibridaron con Cy3 y Cy5-etiquetados cDNA generados a partir de ARN de doble amplificado. los perfiles de expresión de genes específicos de la etapa de estro se obtuvieron mediante la comparación directa del epitelio superficial del ovario de ratones inmaduros y ratones sacrificados en la tarde del proestro (2200 h) y la mañana del estro (1000 h) [13].
expresión génica El cáncer de ovario perfiles de matriz
Para identificar genes regulados durante el ciclo estral que se expresan en el carcinoma de ovario humano, comparamos nuestra ovulación relacionados con el gen de la firma [13] con nuestros propios perfiles de expresión génica publicados de cáncer de ovario [14] - [ ,,,0],16], así como los de otros estudios publicados seleccionados [17], [18]. Examinamos los estudios en gran escala publicado perfiles de expresión génica de muestras de cáncer de ovario publicó hasta agosto de 2009, utilizando PubMed (http://www.pubmed.com), y elegimos un subconjunto de estudios basado en el número e histológica subtipo de cáncer de ovario (casos de cáncer seroso era preferido), la similitud de plataforma de microarrays utilizados y (se prefirió el epitelio superficial del ovario sobre el ovario entero o líneas celulares) la similitud de la referencia normal. Estudios que no publican los identificadores únicos de genes o que fueron excluidos analizaron líneas celulares.
Todos los conjuntos de datos seleccionados genes expresados diferencialmente en comparación con una referencia normal, excepto por Tothill et al informaron. [dieciséis]. Determinamos los genes expresados diferencialmente en los casos de cáncer de ovario examinados en Tothill et al. [16] mediante la comparación de los perfiles de expresión de los datos de los cepillados del epitelio superficial del ovario agrupados de diez pacientes generados en la misma plataforma matriz [14]. datos de la matriz de ambas cohortes se normalizaron RMA juntos utilizando el paquete R "affy". Los genes que son expresados diferencialmente entre el cáncer de ovario y normales se determinaron mediante el análisis de la importancia microarrays [19], donde todas las sondas con valor q & lt; 2 fueron seleccionados como los genes expresados diferencialmente, el 5% y el doble cambio & gt. Los genes se clasificaron como "desregulada 'en cáncer de ovario si cumplían los criterios anteriores.
Comparación de murino epitelio superficial del ovario y la expresión génica del cáncer de ovario humano perfiles
ortólogos humanos de los 905 genes murinos encontró que se expresó diferencialmente en el epitelio superficial del ovario durante el ciclo estral [13] se identificaron utilizando la lista de genes ortólogos de ratón-humano disponible en la base de datos del genoma del ratón Informática (http://www.informatics.jax.org; visitada Sept 2009) . Los genes regulados durante el ciclo estral que también se dysregulated en el cáncer de ovario fueron identificados por búsqueda de Entrez Gene IDs y todos los símbolos de genes convertidos en símbolos HUGO nomenclatura de los genes. Nuestros genes de la lista que comprende finales que son regulados durante el ciclo estral y muestran que están alteradas en el cáncer de ovario en comparación a la normalidad en al menos un conjunto de datos de cáncer de ovario.
Camino y la ontología de genes análisis
software
MetaCore (San José, MI, EE.UU.) se utilizó para identificar los mecanismos celulares implicados por los genes regulados en el ciclo estral y dysregulated en el cáncer de ovario y de examinar si las ontologías de genes fueron estadísticamente más representadas en estos conjuntos de genes.
muestras de tejido de pacientes
Detalles de la cohorte de pacientes se pueden encontrar en la Tabla 1. cohorte 1 consistió en parafina las muestras de tejido fijadas con formalina de i) cáncer de ovario seroso de pacientes no tratados previamente (n = 20), ii) ovario normal (n = 10) y hacer coincidir las trompas de Falopio (n = 9) de los pacientes que se habían sometido a una salpingo-ooforectomía profiláctica sobre la base de un fuerte historial familiar (n = 6) o que se sometieron a cirugía para otras enfermedades ginecológicas no malignas (n = 4), incluyendo tumores de ovario benignos contralateral en dos casos. Cohorte 2 comprendía 96 casos de cáncer de ovario seroso con el tejido del tumor de ovario seroso representado en un microarray de tejido que incluía cinco casos de cohorte 1. La histopatología de secciones representativas de todos los casos fue revisado por patólogos con experiencia (RS y RB) para confirmar el diagnóstico, subtipo histológico y el grado a los casos de carcinoma utilizando criterios estandarizados [20], así como para identificar las áreas tumorales para la construcción de la matriz de tejido. biopsias con aguja gruesa (1 mm) de las zonas tumorales embebidos en parafina se incorporaron en un microarray de tejido con 1,5 mm entre centros de referencia utilizando un arrayer manual (MTA-II, Instrumentos Beecher, WI, EE.UU.). Cada caso se representó una vez en los microarrays de tejidos. Una sección de la micromatriz de tejido se tiñó con hematoxilina y eosina para confirmar la inclusión de tejido tumoral en cada núcleo y núcleos sin tumores fueron excluidos del análisis.
Definiciones clínicas.
quirúrgico puesta en escena se evaluó de acuerdo con la Federación Internacional de Ginecología clasificación oncólogos. La supervivencia libre de progresión se definió como el intervalo de tiempo entre la fecha del diagnóstico histológico y el signo primero confirmado de recurrencia de la enfermedad o progresión en base a las definiciones elaboradas por el cáncer ginecológico Intergroup como se describe anteriormente [21]. En la mayoría de los casos se le asignó la fecha de progresión utilizando criterios de CA125. En los casos en CA125 no era un marcador, o progresión precedieron un aumento de CA125, la recaída se basó en formación de imágenes (aparición de nueva lesión), o, en una minoría de los casos, el deterioro global en el estado de salud atribuibles a la enfermedad. La supervivencia global se calcula a partir de la fecha de diagnóstico histológico de la fecha de la muerte y censurado en última fecha de contacto si el paciente estaba vivo.
La inmunohistoquímica
embebidos en parafina secciones fijadas con formalina (3 m) fueron montadas en Superfrost Plus portaobjetos de microscopio (Lomb Scientific, NSW, Australia) y se secó a 37 ° C durante 1 hr. Las secciones se eliminó la cera en histolene y rehidratada a través de etanoles graduales, antes de ser lavada con agua. Los portaobjetos se tiñeron con el anticuerpo apropiado usando el EnVision + HRP dual kit enlace (DAKO, Glostrup, Dinamarca), de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Brevemente, las secciones fueron sometidas a la recuperación de antígenos usando Target Retrieval Solution (DAKO, Glostrup, Dinamarca) antes del tratamiento con 3% de H
2O
2 para 10 min. Tras aclarados consecutivos con agua y PBS, las secciones se incubaron con anticuerpo primario diluido en PBS /0,1% Tween-20 usando las diluciones y condiciones de incubación indicados en la Tabla 2. Después de lavado en PBS /0,1% Tween-20 y PBS, se incubaron las secciones durante 30 minutos a temperatura ambiente con la solución de polímero-HRP etiquetados y después se aclara que el anterior. El anticuerpo unido se visualizó usando diamino-bencidina (DAKO, Glostrup, Dinamarca) preparado de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Las secciones fueron expuestas a diamino-bencidina durante 1-2 minutos y la reacción se detuvo en agua. Las secciones fueron contrastadas con hematoxilina de Harris (Ámbar Científica, WA, Australia) antes de la deshidratación a través de etanoles graduales. Las secciones se secaron al aire antes de aclararse con histolene y montaje con normount (Fronine, NSW, Australia). Para el control de la tinción no específica, las secciones adyacentes se tiñeron que el anterior, sin el anticuerpo primario.
Imagen análisis
Las secciones teñidas se analizaron mediante TissueMap (Definiens, Munich, Alemania) . Brevemente, se identificaron la superficie del ovario de epitelio y de inclusión quistes en cada sección de ovario normal para el análisis. Un algoritmo de TissueMap definida por el usuario se utiliza para identificar regiones de epitelio trompa de Falopio y el tejido del tumor basado en la densidad celular. áreas identificadas de epitelio ovárico superficie, quistes de inclusión, el epitelio trompa de Falopio y el tejido tumoral se analizaron a continuación para la intensidad y el alcance de la tinción y un histoscore calcula como sigue: (% de células fuertemente teñidas × 3) + (% de células moderadamente teñidas × 2) + (% de células débilmente teñidas × 1) /100, de manera que las puntuaciones entre 0 y 1 indican tinción débil; 1 y 2 indica tinción moderada; y 2 y 3 indican una fuerte tinción.
Los análisis de número de copias de la aberración y la mutación
en comparación genes regulados en el ciclo estral y dysregulated en el cáncer de genes localizados en las regiones de número de copias de la aberración (CNA ) utilizando los datos del Genoma del cáncer Atlas (TCGA) (http://cancergenome.nih.gov) y un meta-análisis de CNA análisis basados en SNP en 398 primarias epiteliales muestras de cáncer de ovario [22]. Los genes dentro de las regiones de ganancia (log
2 copia relación en número & gt; 0,3) o pérdida (log
2 copia relación en número & lt; -0,3) mayor del 30% de las muestras en el amplio conjunto de datos se descargaron de datos TCGA navegador (http://tcga-portal.nci.nih.gov/tcga-portal/AnomalySearch.html). Gorringe et al. [22] informó de los genes dentro de las regiones "pico" de copia cambio de número según lo determinado por 'Identificación de los objetivos de Genómica significativo del cáncer "[23] en un subgrupo de 240 muestras. "Picos" representan regiones estadísticamente significativos de la ganancia o pérdida mínima, teniendo en cuenta tanto la frecuencia y la amplitud de los cambios de número de copias, en comparación con una tasa de aberración fondo calculado. Los genes dentro de las regiones de ganancia (log
2 copia relación en número & gt; 0,3) o pérdida (log
2 copia relación en número & lt; -0,3). También se reportaron mayor del 30% de las muestras
también se compararon los genes regulados en el ciclo estral y la desregulación de los genes en el cáncer de frecuentemente mutados en el cáncer utilizando dos conjuntos de datos publicados anteriormente [24], [25], así como la base de datos cósmicos (http://www.sanger.ac.uk /genética /CGP /cósmica). Futreal et al. [24] compilado una lista de consenso de los genes en los que las mutaciones contribuyen a la tumorigénesis, mientras Greenman et al. [25] proyectado 518 genes de la proteína quinasa e identificado un estimado de 119 genes con mutaciones "conductor".
El análisis estadístico
Se analizaron todos los datos con el programa SPSS (versión 16, SPSS, Inc.) y una nivel de significación del 5% se utiliza en todo. Se utilizó una prueba de Chi-cuadrado para determinar i) si había una superposición significativa en los genes expresados diferencialmente en murino epitelio superficial del ovario durante el ciclo estral y los genes expresados diferencialmente en el cáncer epitelial de ovario en comparación con los normales, y ii) si había una correlación entre el número de copias del gen de aberración y la dirección de la expresión diferencial. Emparejados de dos colas pruebas t se utiliza para comparar histoscores de epitelio superficial del ovario, quistes de inclusión y epitelio de las trompas de Falopio, mientras que un análisis de varianza de una sola vía con menor diferencia plazas análisis post hoc se utilizó para las comparaciones con histoscores cáncer de ovario. Las asociaciones entre histoscores y libre de progresión o la supervivencia general se determinaron mediante curvas de Kaplan-Meier con la prueba de log-rank.
Resultados
expresión génica del cáncer ovárico perfiles
Se utilizaron cinco públicamente disponibles de ovario de expresión génica del cáncer de conjuntos de datos en nuestro análisis. Los estudios seleccionados fueron del subtipo ya sea predominante o exclusivamente serosa, con un número relativamente grande de casos analizados, todos en una plataforma Affymetrix y la mayoría de los que utilizan los cepillados del epitelio superficial del ovario para la comparación de la expresión. Los detalles de los estudios publicados se proporcionan en la Tabla 3. Los casos analizados eran en su mayoría de alto grado, tumores en estadios tardíos y en lo posible, se excluyeron los datos de los carcinomas límite y no serosas (Tabla 3). Se incluyeron los resultados generados a partir de Heinzelmann-Schwarz et al. [17] En nuestro análisis, a pesar de que compararon el tejido de cáncer de ovario a los ovarios enteros normales, ya que integran sus resultados con otros 13 estudios de expresión cáncer de ovario publicados y estos resultados son susceptibles de representar a genes altamente expresados consistentemente en el cáncer de ovario. Es importante destacar que, Lu et al. [18] y Heinzelmann-Schwarz et al. [17] genes identificados única que eran hasta reguladas en el cáncer de ovario, que introduce un sesgo en nuestros análisis.
El número total de genes expresados diferencialmente en el cáncer de ovario en al menos uno de los cinco conjuntos de datos fue 7285. a pesar de cohortes similares y plataformas de gama hubo muy poca superposición entre los conjuntos de datos - sólo dos genes estaban sobreexpresados en comparación con lo normal en los cinco estudios (
CD24
,
MAL2
) y sólo 14 eran upregulated en cuatro de los cinco estudios (Tabla 4). Había 133 genes que fueron regulados a la baja constantemente en los tres estudios que informaron regulación a la baja. Los 15 genes con expresión que era más bajo en el cáncer de ovario en comparación con los normales se muestran en la Tabla 4.
ciclo de genes regulados de estros, con la expresión aberrante en el adenocarcinoma de ovario
Hemos informado anteriormente génica global los cambios de expresión en poblaciones puras de epitelio superficial del ovario de ratón normal de los ratones inmaduros (niveles bajos de la hormona), ratones de ciclismo en la tarde del proestro (altos niveles de hormonas justo antes de la ovulación), y en la mañana del estro (niveles bajos de hormonas después de la ovulación) [13] . Hemos encontrado 905 genes regulados, la mayoría (n = 502; 55%) están regulados por la tarde proestro, justo antes de la ovulación, coincidente con el aumento de las hormonas ovulatorios [13]. Se comparó esta lista de 905 genes candidatos a los 7285 genes del cáncer de ovario humanos seleccionados a partir de los cinco conjuntos de datos publicados. En general, 338 genes que son regulados durante el ciclo estral se dysregulated en muestras de cáncer de ovario humano que es significativamente mayor solapamiento lo que cabría esperar por azar (p & lt; 0,0001, prueba de Chi cuadrado). Dos genes regulados en celo,
EPCAM
y
KIAA0101
, fueron identificados en cuatro de los cinco conjuntos de datos publicados con cáncer de ovario y de 25 genes fueron identificados en tres de los cinco estudios en humanos (Tabla 5), la mayoría se upregulated en el cáncer. Casi la mitad de la superposición de genes (11/27, 41%) tienen un número significativo (& gt; 5 publicaciones) de los informes previos de la literatura que implican un papel en el cáncer de ovario, incluyendo
NME1
, mientras que 13/27 , el 48% representar nuevos candidatos (Tabla 5).
validación inmunohistoquímica de la expresión en el cáncer de ovario y tejidos normales
Ocho genes candidatos fueron seleccionados de la lista de 338 genes regulados durante el [22]. [25].