Extracto
Las anomalías cromosómicas proporcionan utilidad clínica en el diagnóstico y tratamiento de enfermedades malignas hematológicas, y pueden ser predictivos de maligna transformación en individuos sin presentación clínica aparente de un cáncer hematológico. En un esfuerzo por confirmar los informes anteriores de una asociación entre mosaicismo clonal y cáncer hematológico incidente, se aplicó el algoritmo de anomDetectBAF llamar anomalías cromosómicas en el genotipo de datos de estudios realizados con anterioridad Genome Wide Association (GWAS). Los genotipos fueron recogidos inicialmente a partir de ADN derivado de sangre periférica de 12.176 participantes en la salud registros médicos electrónicos y Genómica Grupo de estudio (emerge) y la Iniciativa de Salud de la Mujer (WHI). Detectamos mosaicismo clonal en 169 individuos (1,4%) y grandes eventos de mosaico clonales (& gt; 2 mb) en 117 (1,0%) individuos. Aunque sólo el 9,5% de los portadores de mosaico clonales tenía un diagnóstico de incidencia de cáncer hematológico (mieloma múltiple, síndrome mielodisplásico, linfoma o leucemia), los portadores tenía un CI 5,5 veces mayor riesgo (95%: 03.03 a 09.03; valor de p = 7,5 × 10
-11) de desarrollar estos tipos de cáncer posteriormente. Los portadores de grandes anomalías mosaico mostraron riesgo particularmente pronunciada de la leucemia posterior (RR de 19,2, 95%: 8,9 a 41,6; valor de p = 7,3 × 10
-14). De esta manera confirmamos de forma independiente la asociación entre mosaicismo clonal detectable y cáncer hematológico encontrado previamente en dos publicaciones recientes
Visto:. Schick UM, McDavid A, la grúa PK, Weston N, K Ehrlich, Newton KM, et al. (2013) La confirmación de la supuesta asociación de clonal cromosómico mosaicismo con un mayor riesgo de incidencia de cáncer hematológico. PLoS ONE 8 (3): e59823. doi: 10.1371 /journal.pone.0059823
Editor: José Ángel Martínez Climent, Universidad de Navarra, Centro de Investigación Médica Aplicada, España |
Recibido: 23 Marzo, 2012; Aceptado: February 21, 2013; Publicado: 22 Marzo 2013
Derechos de Autor © 2013 Schick et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. La primera ADPR fue financiado por U01AG06781 y el estudio inicial ACT también es financiado por U01AG06781. El estudio surgió fue financiado por los Institutos Nacionales de Salud (NIH) premio HG004610, AG06781 (Group Health Cooperative). Genotipado de emerge muestras fue financiado por U01HG004438 subvención. El programa WHI es financiado por el Instituto Nacional del Corazón, Pulmón y la Sangre, NIH, Departamento de Salud y Servicios Humanos de Estados Unidos a través de contratos N01WH22110, 24152, 32100-2, 32105-6, 32108-9, 32111-13, 32115, 32118 -32119, 32122, 42107-26, 42129-32 y 44221. los autores agradecen a los investigadores del WHI y personal por su dedicación, y los participantes en el estudio para hacer posible el programa. Una lista completa de los investigadores del WHI se puede encontrar en: http://www.whiscience.org/publications/WHI_investigators_shortlist.pdf. WHI GECCO estudio de cáncer colorrectal fue financiado por U01CKA137088 y R01CKA059045. Los autores desean agradecer el apoyo del Grupo Colaborador de Investigación granate. El apoyo financiero para el WHI-granate se proporciona a través del NHGRI Genómica y ensayos aleatorios de red (GRANATE) (Grant Número U01 HG005152). Asistencia en la armonización fenotipo y genotipo de limpieza, así como con la coordinación general de estudio, fue proporcionada por el Centro de Coordinación granate (U01 HG005157). El apoyo financiero para el genotipado, que se realizó en el Instituto Broad del MIT y Harvard, fue proporcionada por los genes de los NIH, el Medio Ambiente y la Iniciativa de Salud [IEG] (U01 HG004424). El apoyo adicional para UMS autor fue proporcionado por subvención R25CA094880 del Instituto Nacional del Cáncer. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
mosaicismo cromosómico es la presencia de diferencias en el contenido cromosómico de las células en el mismo individuo, derivado de un solo cigoto [1]. El tiempo del evento mutacional en las influencias de desarrollo tanto de la extensión y los tipos de células somáticas (mosaico y /o germinal) [2]. Una mutación postcigótica temprana puede resultar en mosaicismo cromosómico en las células somáticas, células germinales, u ocasionalmente ambos tipos de células [2], mientras que los eventos que se producen más tarde en la vida tienden a ser restringidas a un linaje celular particular [3]. mosaicismo cromosómico contribuye a la diversidad entre individuos y es una causa establecida de hipopigmentación de la piel [4], abortos espontáneos [5] - [7], defectos de nacimiento [8], defectos cognitivos y el desarrollo del cerebro [9], [10] y diversos tipos de cáncer [11] - [13], incluyendo los cánceres hematológicos [3], [14], [15]
cánceres hematológicos son un grupo heterogéneo de enfermedades neoplásicas que afectan a la sangre o los tejidos que forman la sangre.. Los datos de observación sugiere que aproximadamente la mitad de los pacientes con cánceres hematológicos puerto anomalías cromosómicas clonales [15], que con frecuencia caen en lugares característicos en todo el genoma [3], [15] - [18]. En particular, la aneuploidía cromosómica, 20q-, 13q-, 11q-, 17p, 12 + 8 + y se observa con frecuencia en los individuos afectados [3], [15]. Clínicamente, la identificación de aberraciones cromosómicas es importante en oncología hematológica para el diagnóstico, el pronóstico, el tratamiento y el seguimiento [19], [20].
Dos estudios recientes basados en la población han identificado una asociación entre mosaicismo cromosómico clonal ( duplicaciones, deleciones y copiar neutral pérdida de heterozigosidad) detectados en el SNP serie de datos de todo el genoma y cánceres hematológicos incidente [3], [15]. Empleando el método de detección de anomalía descrito previamente por Laurie et al. [3], se realizó una investigación independiente a fin de cuantificar la asociación entre mosaicismo y hematológicos cánceres cromosómicas detectables en muestras con genotipo a través de los registros médicos electrónicos y la red Genómica (emerge) y la Iniciativa de Salud de la Mujer (WHI). mosaicismo detectable identificada bajo este método requiere una proporción relativamente alta de las células con el mismo cariotipo anormal (estimado en & gt; 5-10% de células anormales [3]), por lo que enfatizamos en todo el texto que nuestro estudio se limita a sólo el mosaicismo nos son capaces de detectar. Este trabajo encuentra asociación entre mosaicismo clonal detectable y cáncer hematológico incidente, en consonancia con los estudios anteriores.
Resultados
Nuestra población de estudio de 12.176 individuos de ascendencia predominantemente europea había sido previamente genotipo por el WHI y Emerge la red para su uso en estudios de casos y controles de demencia, fracturas de cadera, cáncer colorrectal, y los resultados metabólicos y cardiovasculares (Tabla 1). Las muestras de ADN fueron extraídos de las muestras de sangre recogidas en, o cerca de la línea de base para el estudio primario y se genotipo en una plataforma Illumina. edad de los participantes al inicio del estudio osciló entre 50-89 años, con una edad media entre los estudios de 69 años (Tabla 1, Figura S1). Los participantes elegibles necesitaba tener genotipo llamadas de alta calidad y estar libre de cáncer hematológico en la línea base entre otros criterios, ver Métodos. La mayoría de los sujetos (60%) tenían más de una década de seguimiento, con todos los participantes elegibles que tienen al menos un año de seguimiento.
Se detectó autosómica mosaicismo cromosómico clonal en un 1,4% ( n = 169) de los 12.176 individuos con genotipo a través de los estudios de emerger y WHI. Mosaicismo fue más frecuente entre los 229 individuos con cáncer hematológico incidente de calificación (definición de caso en la Tabla S1 S1 en el archivo), con un 7,0% de los casos que alberga un mosaico anomalía detectable. Se observó la frecuencia de anomalías de mosaico a aumentar con la edad en el momento de recogida de muestras, que van desde el 0,9% para las personas de menos de 60 años de edad al inicio del estudio hasta el 2,7% de los individuos mayores de 79 (Figura S2). También puede haber sugerencia de una relación entre la edad de la recogida y anomalía de longitud (Figura S3).
La mayoría de los eventos detectados mosaico eran grandes (tamaño mediana = 9,4 megabases, Mb). De las anomalías detectadas en mosaico sujetos del estudio, 8,0% de las anomalías eran ganancias, 41,5% de pérdidas, y 50,5% copia pérdida neutra de heterocigosidad (LOH CN) (Tabla 2). La mediana de duración de las anomalías eran 1,8 Mb por pérdidas de mosaico, 30,3 Mb para eventos neutrales y 37,8 Mb para los aumentos de mosaico. Resumen de las características del cambio estimado de copia (ganancia, pérdida, CN LOH), el tipo cromosómico (acrocéntrico, metacéntrica), localización cromosómica, y la distribución de mosaico de anomalías no mosaico se representan en la Figura 1 A, B, C, & amp; D, respectivamente.
BAF) y LRR métrica para las anomalías del mosaico por el cambio estimado copia de un estado disómico (rojo = pérdida, azul oscuro = ganancia, naranja = copiar neutral pérdida de heterocigosidad. B) Sistema de medición A BAF y LRR en busca de anomalías del mosaico por localización (azul oscuro = intersticial, turquesa = p terminales, terminales de color rosa o rojo = q = conjunto de cromosomas). C) BAF y LRR métrica para las anomalías del mosaico por tipo de cromosoma (círculo verde = acrocéntrico, cruz púrpura = metacéntricas). D) BAF y LRR métricas de mosaico (rojo) y no mosaica (negro) anomalías.
anomalías cromosómicas mosaico entero se detectaron en los cromosomas 8 (1 NC LOH, 2) de ganancia, 12 (2 ganancia), 13 (1 NC LOH), 14 (1 NC LOH), 15 (3 ganancia), 17 (1 NC LOH), 19 (1 ganancia) y 22 (1 NC LOH). anomalías de mosaico cromosómico Whole representaban sólo 6,5% de las anomalías detectadas, mientras que la mayoría de las anomalías detectadas mosaico eran o intersticial (60,0%) o terminal (33,5%). Todos los eventos de mosaico se muestran gráficamente por el cromosoma en la Figura 2 y la información adicional sobre las anomalías de mosaico detectado se proporciona en las Tablas S2 & amp; S1 S3 en Archivo
.
El cuadro rojo alrededor del ideograma representa la región de interés para la parcela situada más abajo. El cromosoma 21 se omite debido a la ausencia de anomalías de mosaico detectadas en el cromosoma. (Nota: Las parcelas no están dibujados a escala)
Recurrentemente regiones eliminadas incluyen 2p, 4q, 13q, 17q y 20q, que con frecuencia se superponen con los genes que han sido previamente asociados con el cáncer hematológico (Figura 2. ). En 2p hay una región mínimamente eliminado de 751 kilobases (kb) que se observa en 4 individuos. Esta región se superpone con la mayoría de la
DNMT3A,
un gen comúnmente mutado en el linfoma de células T y leucemia mieloide [21]. Las pérdidas de 148 Kb en 4q, que contienen el
TET2
gen, se observaron en 6 individuos. La pérdida de función de las mutaciones del gen
TET2
se observan de forma recurrente en la mielodisplasia, trastornos mieloproliferativos y leucemia mieloide aguda [22]. De los 6 individuos con pérdidas de copia en el
TET2
región del gen, 2 de estas personas tenían un diagnóstico incidente de cáncer hematológico (1 síndrome mielodisplásico & amp; 1 mieloma múltiple). Se observaron deleciones de 13q en 7 individuos con una región mínimamente borrado de 714 Kb que contiene el
DLEU7
gen, que se cree que desempeñan un papel como un supresor tumoral en la leucemia linfocítica crónica [23]. supresiones mosaico de
DLEU7
se observaron 2 casos de leucemia, 1 caso de linfoma no Hodgkin y 4 individuos sin cáncer hematológico. Se observaron deleciones mosaico de 1 MB de 17q en individuos libres de cáncer 5 hematológicas. La región recurrentemente borrado en 17q se superpone con
NF1
, que se correlaciona con un mayor riesgo de leucemia pediátrica [24]. Por último, se observó una región eliminada repetidamente de 129 Kb en 20q en 8 individuos. No hay genes candidatos implicados en enfermedades hematológicas malignas se encuentran en la región 20q mínimamente borrado de
.
En total, se observaron 229 casos de cáncer hematológico incidente en los 12.176 participantes que no tenían cáncer hematológico registrados antes de la inscripción o dentro de de 1 año de inscripción. De los 229 casos, hubo 51 la leucemia, el linfoma de Hodgkin 6, 120 linfoma no Hodgkin, mieloma múltiple 46, y 6 casos de síndrome mielodisplásico. los casos de cáncer hematológico tenían características similares a las personas sin cáncer hematológico detectado, sin embargo los casos tendían a ser mayores al inicio del estudio y tendían a tener más breve estudio de seguimiento (Tabla 3). El uso de modelos de riesgos proporcionales de Cox, se evaluó el riesgo de incidencia de cáncer hematológico asociado con el transporte de una anomalía del mosaico fue de 5,5 (IC del 95%: 3.3 a 9.3, valor de p = 7,5 × 10
-11) después del ajuste de edad en la ingesta de estudio y la cohorte de estudio. Teniendo en cuenta sólo los cánceres hematológicos incidentes distintos de la leucemia, las estimaciones de riesgo asociados con anomalías de mosaico fueron atenuados (HR = 3,2 IC 95%: 1.5 a 6.8, valor de p = 0,003). Riesgo de leucemia asociada con una anomalía del mosaico era mayor que el riesgo de otros tipos de cáncer hematológico con 9 de 51 casos de leucemia con una anomalía identificados frente a 7 de 177 otros casos de cáncer hematológico con una anomalía (p-valor = 0,002) identificado.
de los 16 casos de cáncer hematológico con un mosaicismo detectable, 9 de los casos fueron diagnosticados con leucemia. Frecuencia de mosaicismo entre los casos de leucemia diagnosticada fue del 17,6%, que es considerablemente más alta que la observada para otros cánceres hematológicos (3,9%) y muy superiores a las observadas en la muestra libre de cáncer hematológico supuestamente (1,3%). Considerando sólo la leucemia como resultado, la tasa de riesgo asociado con una anomalía de mosaico fue del 19,2 después del ajuste por edad en el momento de admisión y de cohortes (IC del 95%: 8,9 a 41,6, valor de p = 7,3 × 10
-14). La asociación entre grandes anomalías de mosaico y los resultados hematológicos incidentes distintos de la leucemia es mucho más atenuada, si se mantiene en absoluto (HR = 2,7 IC del 95%: 0,98 a 7,2, p-valor = 0,056). Para todos los cánceres hematológicos y específicamente para la leucemia, probabilidad de permanecer sin diagnosticar diferían entre las compañías de mosaico y no de mosaico (Figura 3A & amp; B, respectivamente).
Discusión
confirmar la asociación entre mosaicismo cromosómico detectado en el ADN de leucocitos de la sangre y un diagnóstico de cáncer hematológico en la siguiente década. Un informe anterior por Laurie et al. [3] estima el riesgo de malignidad hematológica asociada con una anomalía del mosaico a ser 10 veces mayor que el riesgo experimentado por individuos sin una anomalía detectada. El uso de una población con muchos más casos de cáncer hematológico, nuestra estimación de un 5,4 veces mayor riesgo es confirmatoria de una fuerte asociación entre las anomalías de mosaico y cáncer hematológico. Jacobs et al. [15] informó de un 35 veces estimado mayor riesgo de posterior diagnóstico de leucemia asociada con el transporte de un gran mosaico detectable anomalía (& gt; 2 Mb). Encontramos el riesgo de leucemia asociada con una gran anomalía de mosaico para ser 19,2 veces mayor que el riesgo de los individuos no-mosaico. Aunque nuestras estimaciones de riesgo son algo más pequeños en comparación con los hallazgos anteriores, estos resultados proporcionan una fuerte confirmación, independiente de los resultados reportados (Tabla 4). Las similitudes entre las anomalías detectadas mosaico y anomalías recurrentes observadas previamente en el cáncer hematológico (deleciones que implican las regiones 2p-, 4q-, 13q-, 17q- y 20q-) proporcionar apoyo adicional para la asociación.
nuestro análisis de la mediana edad a los adultos de más edad (media 69 años, rango 50-89), se observó aumento de la frecuencia de mosaicismo detectable con la edad. Este resultado confirma los de los dos estudios basados en mosaicismo GWAS anteriores [3], [15] que informan de que la frecuencia de eventos de mosaico son bajos en individuos menores de 50 años (0,23-0,5%), pero se levantan alrededor del 2-3% en los individuos en sus mediados de los años 70. Estas observaciones pueden estar relacionados con la acumulación de mutaciones somáticas relacionada con la edad o descensos en la eficiencia de los mecanismos de reparación del ADN [25].
Nuestro estudio de confirmación incluye el mayor número de casos incidentes de cáncer hematológico como los dos estudios anteriores combinados (229 casos vs . 105 [3] y 115 casos [15]). La asociación entre el mosaicismo cromosómico detectado y cáncer hematológico que observamos es a la vez significativa estadísticamente y sustancial en magnitud, lo que sugiere este hallazgo es robusto en todos los estudios. Sin embargo, en este y otros estudios del tipo de cáncer con la asociación más fuerte ha sido la leucemia, con la asociación entre los otros cánceres hematológicos más débil, si está presente en todos. Evaluación de los cánceres hematológicos no leucémicas adicionales en una comparación bien alimentado ayudaría a aclarar la existencia y la magnitud de una asociación sin ánimo de leucemia. caracterización adicional de la asociación entre otros cambios somáticos incluyendo transversions equilibradas y translocaciones que no pueden ser detectados mediante este método podría ser una útil extensión de este trabajo.
También quedan preguntas acerca de la detección de anomalías en el cariotipo de derivados de la sangre DNA. Los estudios de genotipificación longitudinales o hibridación genómica comparativa podrían explorar la trayectoria de expansión clonal entre los individuos con anomalías de mosaico. Sería interesante determinar si estas trayectorias difieren entre los sujetos que desarrollaron cánceres diagnosticados clínicamente y los que no lo hicieron. En los individuos con mosaicismo putativo, también sería de interés para probar otros tejidos para detectar la presencia de la anomalía de mosaico. Aunque conjeturamos que mosaicismo de buena fe sería típicamente limita a los leucocitos, los estudios realizados hasta la fecha no han podido probar esta hipótesis, ya que no han tenido acceso a otros tejidos de los individuos afectados.
En resumen, nuestro estudio proporciona una confirmación de la Laurie et al. [3] y Jacobs et al. [15] estudios. Estos tres estudios, un informe un riesgo considerable de cáncer hematológico asociado con anomalías detectadas mosaico en la sangre, sin embargo, los mecanismos que subyacen a esta asociación no están claros. Aunque la tumorigénesis es acompañado a menudo por la inestabilidad cromosómica y la alteración del número de copias del cromosoma, los mecanismos moleculares responsables de mosaicismo cromosómico y las interrelaciones entre mosaicismo cromosómico y hematológicos cánceres siguen siendo poco conocidos. proteínas supresoras de tumores y genes que controlan la formación adecuada del centrosoma, la señalización de control mitótico, y el movimiento de los cromosomas duplicados pueden estar involucrados en ambos fenómenos [26]. En las leucemias infantiles, anomalías cromosómicas y clones preleucémica parecen surgir prenatalmente, lo que sugiere que se requieren eventos genéticos secundarios que se producen después del nacimiento para el desarrollo de la enfermedad [14]. En cánceres hematológicos adultos, es posible que múltiples eventos patogénicos (genéticos y ambientales) con el tiempo, junto con una acumulación de mutaciones somáticas, promueve la tumorigénesis, y, finalmente, la aparición de la enfermedad manifiesta. Nuevos estudios se requieren para identificar y caracterizar los mecanismos que subyacen a esta asociación.
Materiales y Métodos
emerge Población de estudio
La muestra surgió fue reclutado desde el Group Health Cooperative (GHC) organización para el mantenimiento de la salud en el área de Seattle-Puget Sound. Los participantes del estudio matriculados en cualquiera de la Universidad de Washington /Registro de Grupo de Salud Cooperativa Enfermedad de Alzheimer Paciente (ADPR) [27] o los cambios de adultos en el estudio del pensamiento (ACT) [28]. Tanto ADPR y ACT se propusieron inicialmente para estudiar la demencia. El ADPR fue un caso incidente estudio de determinación de la demencia que se inició en 1986 para demostrar la viabilidad tanto de registros para la investigación y buscar marcadores de la enfermedad de Alzheimer y demencias relacionadas. El estudio ACT comenzó en 1994 como un sucesor planeado el ADPR. El estudio ACT inicialmente inscrito 2.581 sujetos de origen principalmente europeo sin demencia entre las personas mayores de 64 años. El predominio de las personas de ascendencia europea es una característica de la población de la región de Puget Sound, en lugar de un criterio de selección. ACT ha evolucionado desde un estudio de cohorte basado en la comunidad de aproximadamente 2.000 personas cognitivamente intactos a través de la inscripción continua. Un conjunto de 2.357 participantes no relacionados de edad 50-89 años se genotipo utilizando ADN derivado de muestras de sangre periférica como parte del proyecto eMERGE, y estos individuos fueron incluidos en nuestro estudio. Ambos casos y controles del estudio de la demencia se incluyeron en la población de estudio (Tabla S4 en Archivo S1, S5 en la Tabla S1 Archivo).
Los datos de seguimiento clínico, en forma de integral clínica médica, laboratorio y registros de farmacia, están disponibles para todos los participantes de ACT y ADPR, con una mediana de 6,1 años de registro médico electrónico de seguimiento después de la inscripción en el estudio. Los sujetos dieron su consentimiento para la genotipificación como parte del estudio surgen y aprobación de estos análisis en particular se obtuvieron de la Junta de Revisión Institucional Group Health Cooperative.
Población del estudio WHI
Iniciativa de Salud de la Mujer (WHI) es un estudio de cohorte grande con un enfoque principal en la enfermedad cardiovascular y el cáncer de mama, pero con resultados secundarios que incluyen varios cánceres hematológicos adjudicadas [29]. los participantes de la WHI con datos Illumina GWAS estaban disponibles de tres estudios GWAS de casos y controles por separado dentro de WHI: un estudio de cáncer colorrectal (GECCO; Peters, PI), un estudio de fracturas de cadera (fractura de cadera; Jackson, PI), y un estudio de tratamiento hormonal y la enfermedad cardiovascular /resultados metabólicos (GRANATE; Reiner, PI). se obtuvo la aprobación WHI para la inclusión de estas muestras en este estudio. En total, 9.819 participantes previamente genotipo WHI principalmente de ascendencia europea se incluyeron en el análisis. Una vez más, el descenso no fue un criterio de selección, sino que más bien se refiere a las características demográficas de la población subyacente. WHI participantes eran del sexo femenino, edad 50-79 años al inicio del estudio, dieron su consentimiento para la investigación sobre los problemas de salud relacionados con la edad, con una media de 12 años de seguimiento después de la contratación. Se observó ninguna correlación entre el estado del caso y, o bien se detectaron anomalías o posterior cáncer hematológico, y, por lo tanto, incluye todos los casos y controles elegibles en nuestros análisis (Tabla S4 en Archivo S1).
Clasificación de los resultados clínicos de interés y Las covariables relevantes
Los resultados clínicos primarios de interés en este estudio fueron los cánceres hematológicos, incluyendo leucemia, linfoma, síndrome mielodisplásico y el mieloma múltiple. Los resultados clínicos dentro de la muestra eMERGE se determinó a través de informes médicos electrónicos de la Clasificación Internacional de Enfermedades, novena revisión (CIE-9) códigos 200.0-208.9, 238.6, 238.79 y 238.72-238.75 (Tabla S1 S1 en el archivo). clasificación CIE-9 diagnóstico de cánceres hematológicos se obtuvo de las definiciones del Registro de Cáncer del Estado de Washington [30] con la clasificación médico del síndrome mielodisplásico codificación CIE-9.
resultados clínicos adjudicados durante WHI seguimiento que se incluyen la leucemia, el linfoma y linfoma no Hodgkin y mieloma múltiple. Comprobación de los resultados clínicos se produjo de acuerdo con métodos WHI descritos anteriormente [29]. En resumen, los resultados de cáncer hematológicos fueron comprobados por su propio informe en el seguimiento anual o bianual con los participantes, con la posterior adjudicación médico basándose en registros médicos e informes de patología para confirmar los casos de cáncer hematológicos y asignar una Clasificación Internacional de Enfermedades para Oncología, 3
ª edición de código cuando sea apropiado. Con la excepción del mieloma múltiple, la percepción subjetiva de la historia de cáncer hematológico antes de la inscripción WHI estaba disponible para los participantes.
Se consideraron los participantes a ser supuestamente hematológica libre de cáncer al inicio del estudio si informaban sin antecedentes de un cáncer hematológico en la admisión, y no tenía diagnóstico de cáncer hematológico en el primer año de estudio de seguimiento. Los participantes que informaron antecedentes de cáncer, el diagnóstico precoz, la historia no se encuentra o menos de un año de seguimiento fueron excluidos de todos los análisis y los recuentos de sujetos.
Genotipado y control de calidad
El emergen muestras fueron genotipo en la matriz de Illumina humano 660W-Quadv1_A en el Centro de Investigación de Enfermedades hereditarias de la Universidad Johns Hopkins. WHI muestras fueron genotipo en las siguientes plataformas: Illumina HumanOmni1_Quad_v1_0_B, humana HapMap 550K y humano CYTOSNP-12 en el Instituto Broad del MIT y Harvard, y el Instituto de Investigación Genómica Traslacional (Tabla 1). El alelo B-Frecuencia (BAF) y log relación R (LRR) métricas se calcularon utilizando el software Illumina BeadStudio.
control de calidad estándar se llevó a cabo para eliminar las muestras de identidad seguro o la calidad del ADN [31]. Tenemos pruebas de muestras discordantes sexo utilizando estimaciones de heterocigosidad del cromosoma X, y los duplicados no intencionales (controles de genotipado y muestras duplicadas en todos los estudios) a través de una estimación global de la identidad proporción según el estado [32]. Se excluyeron del análisis las muestras si las tarifas de llamadas genotipo eran menos del 98% o si la desviación estándar BAF de cromosomas autosómicos no anómalos superó 0,06. En total, 723 muestras fueron excluidos del análisis. De las muestras excluidas, se excluyeron 23 muestras de BAF alta desviación estándar no anómalo de cromosomas autosómicos, 610 duplicados no intencionales, 86 de tarifa de llamadas de genotipado baja, y 4 para el género-desajuste. La mayor parte de los duplicados no intencionales son atribuibles a la superposición sustancial entre las cohortes genotipo en WHI.
Detección de anomalías y Control de Calidad
anomalías cromosómicas fueron detectados a través del método "anomDetectBAF" y todo el control de calidad se llevó a cabo utilizando el método de "anomIdentifyLowQuality" del paquete de la versión 1.2.1 GWASTools disponible para R versión 2.15 a través del repositorio Bioconductor [33]. Una descripción detallada de estos métodos se puede encontrar en Laurie et al. [3].
El método "anomDetectBAF" es capaz de detectar el aumento de la copia y la pérdida de segmentos de longitud superior a 50 kb de datos de alta densidad SNP genotipado de Illumina, así como mosaico CN LOH. En resumen, el método de detección "anomDetectBAF" se basa en la segmentación binaria circular [34] a los cromosomas de segmentos basados en el cambio puntos en la intensidad relativa alélica (frecuencia B-alelo; BAF). En cada cromosoma, se identifican los genotipos SNP heterocigóticos y desaparecidos, y el BAF en estos loci se transforma (TBAF:. Sqrt (min (BAF, 1-BAF, abs (BAF-mediana BAF))) segmentos anómalos se llaman basa en la desviación de la línea de base no anómalos. Esto implica que el cambio de los puntos estimados tienen incertidumbres que dependen de la densidad de SNPs que rodean la anomalía que son heterocigotos en el individuo de que se trate. Una estimación conservadora de la incertidumbre de punto final sería del orden de 10- 50 kilobases normalmente. Sólo anomalías en los autosomas se incluyeron en el análisis debido a la inherente diferencia de número de copias entre machos y hembras.
Tras la detección de anomalías, la tubería de control de calidad se detalla en Laurie et al. [3] se utilizó para filtrar anomalías positivas falsas. La tubería de control de calidad utiliza ambos métodos bioinformáticos y revisión manual, que consiste en la detección visual de las anomalías detectadas a través de LRR y parcelas BAF, para identificar anomalías positivas falsas e impropiamente segmentados. Las anomalías fueron seleccionados con el "anomIdentifyLowQuality" utilizando los parámetros sugeridos para anomalías BAF (sd.thresh = 0,1, sng.seg.thresh = 0,0008, auto.seg.thresh = 0,0001). BAF anomalías de baja calidad fueron los que tenían una alta varianza (BAF o LRR desviación estándar superior a 0,1) o fueron muy segmentado (número de segmentos /número de elegibles SNP & gt; 0,0001 para un autosoma). muestras de baja calidad se consideraron elegibles y fueron excluidos del análisis. El uso de la revisión manual, anomalías adyacentes (& lt; 300 sondas entre anomalías) con valores similares LRR se fusionaron y se ajustaron los puntos de interrupción de las anomalías de forma incorrecta segmentados. Anomalías que abarcan el centrómero fueron seleccionados utilizando la revisión manual de los criterios que las anomalías BAF tienen al menos 500 sondas en cada lado del centrómero y los puntos de corte fueron ajustados, según sea necesario de los cromosomas en su defecto el ajuste a los criterios de un centrómero que atraviesa la anomalía. Se requiere anomalías tener al menos 50 BAF sondas elegibles para ser incluidos en el estudio. Revisión manual se llevó a cabo en todas las anomalías de más de 2 Mb y todas las anomalías clasificado como mosaico.
clasificado anomalías como constitutiva (potencialmente línea germinal CNV) y el mosaico (somática adquirida) basado en la observación de que las anomalías constitutivos pertenecen, en particular el espacio 3 N (trisomía) [3]. Con el fin de definir las anomalías de mosaico, que trazan por sujeto cromosoma LRR desviación (mediana (anómala LRR) - mediana (LRR nonanomalous)) vs. BAF desviación absoluta media (MAD, Mediana | anómala BAF-La mediana (BAF nonanomalous) |), y luego se usa k-means clustering (k = 3) para distinguir entre el gran centro de gravedad constitutiva y las anomalías de mosaico supuestamente.
Hemos definido anomalías constitutivas como aquellos dentro de dos organizaciones de asistencia sanitaria de la mediana de la agrupación. La revisión manual de las anomalías de mosaico supuestamente se utiliza para distinguir entre las anomalías de mosaico y artefactos técnicos (incorrectamente segmentados o anomalías positivas falsas). Anomalías definidas como constitutiva o artefactos fueron excluidos y por lo tanto no se consideran en nuevos análisis. De acuerdo con Laurie et al. [3], sólo se intentó detectar mosaicos en el que una de las poblaciones de mezcla se diploide. La agrupación de anomalías constitutivas se muestra en la Figura 1D.
anomalías mosaico se clasificaron como copia de la pérdida neuronal de heterocigosidad, pérdida o ganancia en base a LRR y la métrica de desviación BAF (Figura 1A). Anomalías con una desviación LRR (| anómala LRR- LRR no anómalos |) de menos de 0,05 se clasificaron como copia pérdida neutra de heterocigosidad. Anomalías con una desviación LRR mayor de 0,05 o menor que -0.05 se clasificaron como ganancias o pérdidas, respectivamente. revisión manual se utilizó para confirmar la clasificación en los casos ambiguos.
Análisis estadístico
Todos los análisis estadísticos se llevaron a cabo en R versión 2.15.0 [35]. Anomalía de llamada se llevó a cabo utilizando el envoltorio "anomDetectBAF" de las funciones de "anomSegmentBAF" y "anomFilterBAF", ubicado en el paquete GWASTools. muestras de baja calidad fueron eliminadas mediante el "anomIdentifyLowQuality" en el paquete GWASTools. Hemos utilizado la función "coxph" con el paquete de "supervivencia" para las estimaciones del cociente de riesgos proporcionales de Cox y para adaptarse a las curvas de Kaplan-Meier, y la función de "KMeans" de las "estadísticas" paquete a agruparse anomalías constitutivas putativos.
Se evaluó la asociación entre las anomalías cromosómicas detectables mosaico con cáncer hematológico incidente a través de modelos de riesgos proporcionales de Cox Ratios, 95% intervalos de confianza y valores de p. Para mantener la coherencia con los informes anteriores, nos informan de los coeficientes de riesgo para la asociación entre las anomalías de mosaico y todos los cánceres hematológicos y las proporciones de riesgo para la asociación entre grandes anomalías de mosaico (& gt; 2 Mb) y la leucemia incidente.