Extracto
Antecedentes
antígenos del cáncer de testículo (CTA) son objetivos potenciales para la inmunoterapia del cáncer. Muchos CTA se encuentran en el cromosoma X y se regulan epigenetically. La pérdida de la inactivación del cromosoma X (XCI) se observa en cánceres de mama y de ovario y se cree que está relacionada con la sobreexpresión de CTA. Se investigó la relación entre la expresión de CTA y la pérdida de XCI en el cáncer de endometrio.
Materiales y Métodos
Hemos utilizado los datos generados por el cáncer Genome Atlas del Genoma Centros de datos y análisis de datos para
xist
ratones knockout disponibles en la Expresión génica Omnibus.
resultados
el estado de XCI fue estimada por el estado de metilación, y la supresión o ganancia del cromosoma X. Los cánceres de endometrio se clasificaron en los tres grupos siguientes: conservado cromosoma X inactivado (Xi) (n = 281), la reactivación parcial de Xi (n = 52), y dos copias de grupo X activo (n = 38). La pérdida de la XCI fue más frecuente en el adenocarcinoma seroso. La expresión de CTA se incrementó en el cáncer de endometrio con la pérdida de XCI, que fue acompañado por hipometilación global. La expresión de las CTA no aumentó en
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ratones knockout.
Conclusiones
La pérdida de XCI es común en el adenocarcinoma seroso. hipometilación global, y no la pérdida de XCI, es el principal mecanismo de la sobreexpresión de CTA
Visto:. Kang J, Lee HJ, Jun SY, Parque ES, Maeng Ls (2015) Cáncer de testículo-expresión del antígeno en la serosa cáncer endometrial con pérdida de la inactivación del cromosoma X. PLoS ONE 10 (9): e0137476. doi: 10.1371 /journal.pone.0137476
Editor: Riccardo Dolcetti, IRCCS Instituto Nacional del Cáncer, ITALIA
Recibido: 10 de mayo de 2015; Aceptado: August 17, 2015; Publicado: 11 Septiembre 2015
Derechos de Autor © 2015 Kang et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Disponibilidad de datos: Los datos relevantes son disponibles en Figshare:. http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.1518535
financiación:. Los autores no tienen ningún soporte o financiación reportar
Conflicto de intereses: El autores han declarado que no existen intereses en competencia.
Introducción
El cáncer es inmunogénica. Las células de cáncer expresan de forma aberrante proteínas antigénicas que normalmente no se expresan en las células normales. Estas proteínas antigénicas inducen inmunidad cáncer. La inmunoterapia del cáncer mejora la inmunidad del cáncer [1, 2]. antígenos de cáncer testículo (CTA) son objetivos potenciales para la inmunoterapia del cáncer [3, 4]. CTAs son antigénicos debido a que no se expresan en células normales, excepto en las células germinales del testículo [5-10]. Muchos CTA se encuentran en el cromosoma X y se epigenetically regulados [11]. hipometilación global de las células cancerosas hace que la expresión aberrante de las CTA en las células del cáncer [12, 13].
Mujer tener dos copias de los cromosomas X, mientras que los machos tienen una. Para compensar la dosis cromosoma X, una de las dos copias de los cromosomas X se inactiva al azar durante un proceso llamado inactivación del cromosoma X (XCI) en el sexo femenino. XCI se inicia y mantiene por X-inactivo transcripción específico (XIST), un ARN no codificante 17 kilobases.
XIST Versión taquigráfica abrigos de los cromosomas X inactivos (XI). La pérdida de XCI ocurre en los cánceres de ovario y de mama [14-17]. Se cree que esta pérdida aumenta la dosis del cromosoma X y la expresión de oncogenes situados en el cromosoma X [18]. En un estudio anterior, hemos demostrado que la pérdida de XCI aumento de la expresión de CTA ubicados en los cromosomas X (XCTAs), incluyendo miembros de la familia antígeno X 3 (
XAGE3
) y el antígeno de melanoma familiar A4 (
MAGEA4
). Este resultado sugiere que la expresión de CTA está regulada por hipometilación no sólo global, sino también por la pérdida de XCI [15].
La pérdida de XCI se produce en los ovarios adenocarcinoma seroso y de tipo basal de cáncer de mama de alto grado [19] . adenocarcinoma seroso de acciones endometrio muchas características clínico-patológicos y alteraciones genómicas con cánceres de mama y de ovario de tipo basal. El cáncer de endometrio se clasifica en el adenocarcinoma endometrioide y adenocarcinoma seroso [20]. adenocarcinoma endometrioide se asocia con el exceso de estrógeno y pólipo endometrial. adenocarcinoma seroso se produce en pacientes de edad avanzada y se asocia frecuentemente con TP53 mutación y alto grado de variaciones del número de copias del cromosoma (CNV) [19].
En este estudio, determinamos si la pérdida de XCI se produce en el cáncer de endometrio de la tipo seroso y si esta pérdida resulta en aumento de la expresión XCTA.
Materiales y Métodos
El Atlas del genoma del cáncer (TCGA) de datos
Hemos utilizado los datos de código abierto generados por TCGA genoma centros de análisis de datos [19]. Los datos sobre 450K metilación fueron descargados desde el portal de datos TCGA (https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp). Los datos sobre la CNV y la expresión del ARN fueron descargados de la página web de amplio centro de análisis de datos del genoma Firehose (http://gdac.broadinstitute.org/). Los datos sobre la expresión del ARN de
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y los datos clínicos fueron recogidos utilizando el paquete CGDS-R, que es un paquete de R para consultar el servidor de Genómica del Cáncer de datos y que está alojado por el Centro de Biología Computacional en el Memorial Sloan-- Kettering Cancer Center [21]. Los valores beta de estado de metilación del ADN se estimó utilizando las matrices de Illumina Infinium metilación humano 450K. El valor beta se calculó como una estimación de la relación de intensidades entre alelos metilados y no metilados. número de copias segmentado se estimó por log2 de la relación de la intensidad total del tumor y el tejido normal usando Affymetrix SNP6.0. Normalizado RNA-Seq por expectativa de maximización (RSEM) se utilizaron como una estimación para la expresión de ARNm [22]. Toda la información sobre los pacientes y los métodos de experimentación se han descrito en otra parte [19].
Gene Expression Omnibus de datos
analizaron los datos de genes perfil de expresión de
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elimina las células sanguíneas, incluyendo B-linfoide, mieloide, células eritroides y células madre hematopoyéticas, de ratones usando el sistema Cre /loxP. Los datos fueron descargados de la página web de Gene Expression Omnibus (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/GDSbrowser?acc=GDS4755) [18]. Los datos de expresión se generaron a partir de genes de ratón Affymetrix (Affymetrix se 1.0ST). métodos experimentales detallados se han descrito en otra parte [18].
Ética declaración
El tejido utilizado por TCGA se recogió después de obtener la aprobación de las juntas de revisión institucional local (http://cancergenome.nih.gov/abouttcga /políticas /consentimiento fundamentado). Los autores del estudio en animales de tejido específico
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eliminación habían obtenido la aprobación del Comité de Cuidado y Uso de Animales institucional [18].
TCGA molecular subtipo
red de investigación TCGA clasificada cáncer de endometrio en cuatro subtipos moleculares del TCGA incluyendo
POLE gratis (ultramutated), MSI (hypermutated), el número de copia bajo (endometrioide) y el número de copia alto (serosa similar) [19].
POLE
subtipo fue el cáncer de endometrio con una alta frecuencia de mutación y que tienen mutaciones
POLE
exonucleasa. subtipo MSI fue el cáncer de endometrio con una alta frecuencia de mutación y la inestabilidad de microsatélites (MSI) de altura. -Bajo número de copias subtipo fue el cáncer de endometrio con un bajo grado de CNV y el tipo histológico endometrioide. -Alto número de copias subtipo fue el cáncer de endometrio con alto grado de CNV y el tipo histológico seroso.
La agrupación de análisis de metilación del cromosoma X
Hemos seleccionado a 5441 metilación gama de sondas que se dirigen a las islas CpG en el cromosoma X . islas CpG son los principales sitios de metilación durante XCI. Los valores beta de sondas seleccionadas se analizaron utilizando la agrupación jerárquica con la aglomeración completa. La agrupación se realiza de forma separada para cada tipo histológico seroso y de endometrio. La expresión de
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y la pérdida de la p o q brazo del cromosoma X se evaluaron para evaluar el estado de inactivación del cromosoma X.
expresión de CTA
Hemos seleccionado 48 XCTAs y ocho CTA localizados en los cromosomas somáticos para el análisis de los datos del TCGA. Significa la expresión del ARN de la CTA seleccionado se comparó según el subtipo molecular TCGA, el tipo histológico y el estado de XCI mediante la prueba de
t-test
o el análisis de la varianza (ANOVA). Se seleccionaron 16 XCTAs (sondas 20) de matriz para el análisis de los
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ratones knockout. la expresión del ARN media se comparó por análisis gráfico de banda. El análisis estadístico no se realizó debido al tamaño pequeño de la muestra. Se enumeran los nombres de las CTA seleccionados (S1 texto).
La metilación del cromosoma somático para evaluar la hipometilación global de
Hemos seleccionado gama de sondas 239.905 metilación que se dirigen a las islas CpG en los cromosomas somáticos. La media de los valores beta de sondas seleccionadas se compararon según el subtipo molecular TCGA, el tipo histológico y el estado de XCI utilizando
t-test o ANOVA
prueba.
Los datos clínicos y la supervivencia
características de los pacientes y las características del tumor se comparan de acuerdo con el estado de XCI. La significación se calcula utilizando la prueba exacta de Fisher para las variables categóricas y la prueba de ANOVA para las variables continuas. análisis de supervivencia univariante se realizó mediante la prueba de log-rank. análisis de supervivencia multivariante se realizó mediante pruebas de regresión de Cox para ajustar el estadio clínico.
Resultados
La agrupación de metilación del cromosoma X
Se incluyeron dos tipos histológicos (endometrioide y seroso) en este estudio. Se clasificaron 276 endometrioide y 95 carcinomas de endometrio serosas en seis grupos de acuerdo a la metilación del cromosoma X (figura 1A). El estado de XCI de clusters se caracterizó por
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expresión y el brazo a nivel del cromosoma X eliminación. Los datos sobre los
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expresión no estaba disponible en 253 (68,2%) casos. Las agrupaciones de A a C son adenocarcinomas endometrioide y racimos D a F fueron adenocarcinoma seroso. Clusters A y D mostraron hipermetilación de la mayoría de los loci incluidos en el cromosoma X (Fig 1A) y alta
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expresión (Fig 1C y 1D). Estos resultados sugieren que las agrupaciones A y D tenían tanto activo (Xa) y Xi. Las agrupaciones B y F mostraron hipometilación como máximo loci en el cromosoma X (figura 1A) y baja
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expresión (Figura 1C y 1D). Tanto hipometilación de todo el cromosoma X y baja
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expresión indicaron ausencia de Xi. La ausencia de Xi podría ser el resultado de uno Xa con la supresión de acompañamiento de toda una Xi, o el resultado de múltiples copias de Xa sin Xi debido a un error de la segregación. Debido a la eliminación de toda una Xi no aumentó la dosis de cromosoma X, determinamos si la ausencia de Xi fue acompañada de la eliminación de toda Xi o no. Whole X deleción del cromosoma no se observó en Clusters B o F (Fig 1B). Estos resultados sugieren que los grupos B y F tenían dos copias de Xa. Racimos C y E mostraron una alta
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expresión (Figura 1C y 1D), como racimos A y D, pero sólo fueron parcialmente hypomethylated (figura 1A). El alto
XIST
expresión sugería la presencia de Xi. La hipometilación parcial sugirió que el Xi de Clusters C y E se reactivaron parcialmente. Se observó selectiva a nivel de brazo hipometilación del cromosoma X en el brazo p (los últimos tres casos de la Categoría D en la figura 1A) y el brazo q (los últimos cinco casos de Cluster E y el tercer último caso de Categoría F en la figura 1A). Estos selectiva hypomethylation nivel del brazo correspondió a ARM-nivel deleciones del cromosoma X (Figura 1B). La hipometilación de nivel brazo selectiva sugiere que las deleciones se produjeron en el Xi, pero no en Xa. Los cánceres endometriales se clasificaron en los siguientes tres grupos: 1) "conservada Xi" en los casos de Clusters A y D y en los casos con pérdida de Xi brazo q de Clusters E y F; 2) "reactivación parcial de la Xi" (Xa
+) para las categorías C y E; y 3) "dos copias de la Xa" (dos Xa) para Clusters B y F.
A) La agrupación de 371 carcinomas de endometrio con un valor beta de metilación en las islas CpG en el cromosoma X. La agrupación de análisis se realizaron por separado para los adenocarcinomas serosos y endometrioide. Columna muestra gama de sondas de metilación dispuestas por X localización cromosómica. La fila muestra los casos TCGA ordenados por grupo de clústeres. La izquierda secundarios columnas indican el tipo, grupo, subtipo histológico y TCGA
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expresión. La mayoría de los casos de tipo histológico seroso son-alto número de copias (serosa similar) subtipo TCGA. Los casos de tipo histológico endometrioide se mezclan con cuatro subtipos del TCGA. B) Los colores representan la variación del número de copias segmentaria del cromosoma X del carcinoma de endometrio. La fila muestra los casos TCGA dispuestas para corresponder con los racimos de metilación. C, D) Densidad líneas muestran la distribución de los
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nivel de expresión de cada grupo. Los racimos se distinguen por colores diferentes. Escala del eje X se transformó registro RSEM. A, B) cabezas de flecha indican eliminación a nivel del brazo del cromosoma X inactivo.
La expresión de CTA y la pérdida de XCI
De los 371 casos, 110 casos (29,6%) eran excluidos en el análisis de la expresión de CTA, debido a la ausencia de datos de expresión. El nivel de expresión se varió entre CTAs (Fig 2A y Fig 3A). La mayoría de las llamadas a la acción rara vez se expresan y la expresión aberrante se enriquecen en Xa
+ y dos Xa. Sin embargo, algunos CTA fueron altamente expresado en la mayoría de los casos, y sobre-expresan en Xa
+ y dos Xa; familia de genes de esos CTA se MAGED,
antígeno de melanoma Familia H
, 1 (
MAGEH1
),
acrosina Binding Protein gratis (
ACRBP
) y
CCCTC de unión al Factor (Zinc Finger Protein): Como
(
CTCFL)
.
A) El color de las células representan el nivel de expresión de ARN (log transformado RSEM). La columna muestra los antígenos del cáncer de testículo-localizados en el cromosoma X. La fila muestra los casos ordenados por grupo de clústeres. El lado de la columna izquierda indica el grupo de clústeres metilación. B-D) Los diagramas de caja representa la distribución de la expresión de ARN media de antígenos de cáncer de testículo-localizados en el cromosoma X (log transformado RSEM). La parte superior e inferior de la caja son los percentiles 75 y 25ª, respectivamente, y la línea en el cuadro es la mediana. La expresión de los antígenos de cáncer de testículo se compara según el estado de la inactivación del cromosoma X en endometrioide subconjunto histológico (C) y el subconjunto histológico seroso (D). NS: no significativo, *:
P Hotel & lt; 0,05, **:
P Hotel & lt; 0,01, ***
P Hotel & lt; 0,001
A) El color de las células representan el nivel de expresión de ARN (log transformado RSEM). La columna muestra los antígenos del cáncer de testículo-ubicados en el cromosoma somático. La fila muestra los casos ordenados por grupo de clústeres. El lado de la columna izquierda indica el grupo de clústeres metilación. B-D) Los diagramas de caja representa la distribución de la expresión de ARN media de antígenos de cáncer de testículo ubicados en los cromosomas somáticos (log transformado RSEM). La parte superior e inferior de la caja son los percentiles 75 y 25ª, respectivamente, y la línea en el cuadro es la mediana. D) La expresión de los antígenos de cáncer de testículo localizado en el cromosoma somático se compara según el estado de la inactivación del cromosoma X en endometrioide subconjunto histológico (C) y el subconjunto histológico seroso (D). E-G) Los diagramas de caja representa la distribución de metilación media de las islas CpG en los cromosomas somáticos (valor beta). La parte superior e inferior de la caja son los percentiles 75 y 25ª, respectivamente, y la línea en el cuadro es la mediana. G) La media de metilación de islas CpG en los cromosomas somáticos (beta) de valor se compara según el estado de la inactivación del cromosoma X en endometrioide subconjunto histológico (C) y el subconjunto histológico seroso (D). NS: no significativo, *:
P Hotel & lt; 0,05, **:
P Hotel & lt; 0,01, ***
P Hotel & lt; 0,001
XCTAs fueron más altamente expresado en número de copia alto (serosa similar) subtipo molecular TCGA y el tipo histológico seroso de otro subtipo molecular TCGA y el tipo histológico endometrioide. Xa
+ y dos Xa mostró una mayor expresión de XCTAs que conserva Xi tanto en endometrioide y tipos histológicos serosas. Sin embargo, el
P
valor no fue significativa entre Xa
+ y conservado en Xi tipo histológico seroso (figura 2).
La expresión de CTA se encuentra en los cromosomas somáticos fue similar a la de XCTAs . Fue mayor en el número de copias alto (serosa similar) subtipo molecular TCGA y el tipo histológico seroso de otro subtipo molecular TCGA y el tipo histológico endometrioide. Xa
+ y dos Xa mostró una mayor expresión de CTA, situados en los cromosomas somáticos que conserva Xi tanto en endometrioide y tipos histológicos serosas. El
P
valor sólo fue significativa entre los dos Xa y conservan Xi en el tipo histológico endometrioide pero
P
valor entre otros, no fueron significativas (Figura 3).
hipometilación global
El valor beta media de las islas CpG de los cromosomas somáticos fue más baja en el número de copia (serosa similar) subtipo molecular elevado TCGA, tipo histológico seroso, Xa
+ y dos Xa de otro subtipo molecular TCGA, tipo histológico endometrioide y preservado Xi (figura 3F-3I).
La expresión de CTA en
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ratones knockout
La expresión de XCTAs fue mayor en las células madre hematopoyéticas que en otra células sanguíneas, incluyendo mieloide, de células B, y células eritroides (Fig 4a). La media de expresión de XCTAs no fue significativamente diferente entre los diferentes
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genotipos heterocigóticos, incluido el borrado, la supresión homocigótica, y de tipo salvaje (Figura 4B).
Los puntos representan la expresión del ARN de 16 significa antígenos de cáncer de testículo-localizados en el cromosoma X, entre los tipos de células de la sangre (a) y
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genotipos (B). Las barras representan las medianas (B).
Características clínicas y tumorales
Xa
+ y dos Xa fueron más frecuentes en el tipo histológico seroso y el número de copia alto (como serosa) subtipo molecular TCGA. Además Xa
+ y dos Xa se detectaron principalmente en el número de copia alto (como serosa) subtipo molecular TCGA (Tabla 1). Xa
+ y dos pacientes eran mayores y Xa, en el estado menopáusico que los pacientes Xi conservadas (Tabla 2). No hubo diferencias estadísticamente significativas en la raza, el origen étnico, la etapa clínica, o el estado del tumor residual entre los grupos de acuerdo con el estado de Xi.
Significado pronóstico
Fuera de los 371 pacientes, cinco (1,3%) y 174 (46,9%) fueron excluidos de la supervivencia libre de enfermedad general y análisis, respectivamente, debido a la ausencia de datos disponibles. Los dos pacientes mostraron Xa supervivencia global y libre de enfermedad peor en el análisis de supervivencia univariante (Figura 5A). El Xa
+ pacientes mostró la peor supervivencia global, pero no la supervivencia libre de enfermedad (figura 5B). Después del ajuste de la etapa clínica, la diferencia entre los grupos de acuerdo con el estado de Xi no fue significativa (Tabla 3). La razón de riesgo de resultados clínicos adversos de la pérdida de XCI fue de aproximadamente 1,6, con una amplia confidencial interna (0,7-3,5). En sub-análisis para cada tipo histológico, dos Xa mostró peor supervivencia global en el tipo histológico endometrioide y peor supervivencia libre de enfermedad en el tipo histológico seroso; Sin embargo
P-valor
no fue significativa (Fig S1). Después del ajuste de la etapa clínica, dos Xa mostró significativamente peor supervivencia libre de enfermedad en el tipo histológico seroso (S1 Tabla).
En general (A) y la supervivencia (B) libre de enfermedad se compararon según el estado de X la inactivación del cromosoma. La significación se estimó mediante la prueba de log-rank general.
Discusión
La pérdida de XCI puede ser inducida por la segregación de error, haciendo que las células cancerosas hija a heredar dos Xa uniparental ( dos Xa) en lugar de uno Xa y uno Xi [23]. Otro mecanismo para la pérdida de XCI es la desmetilación de Xi (Xa
+) asociado con la hipometilación global. Hemos informado anteriormente de que tanto el error de la segregación y la desmetilación de Xi se produce en alto grado adenocarcinoma seroso de ovario [15]. En este estudio, hemos tratado de determinar si la pérdida de XCI también se produce en el adenocarcinoma seroso del endometrio. Se encontró que la pérdida de XCI casi exclusivamente ocurrió en adenocarcinoma seroso del endometrio o subtipo molecular TCGA serosa similar. Al igual que en el cáncer de ovario, la pérdida de XCI es causada tanto por error la segregación y la desmetilación de Xi en el cáncer de endometrio. La presencia exclusiva de pérdida de XCI en los adenocarcinomas serosos del endometrio y ovario se correlaciona bien con el alto grado de CNV en los carcinomas. Esto sugiere que la pérdida de XCI puede ocurrir en otros tipos de cáncer con un alto grado de CNV, como el cáncer colorrectal, cáncer de pulmón de células no pequeñas, y de cabeza y cuello carcinoma de células escamosas [24-27].
nuestro estudio anterior, algunos XCTAs, incluyendo
XAGE3
y
MAGEA4
, se sobreexpresa en el cáncer de ovario con una pérdida de XCI [15]. Queremos saber si los CTA también se sobreexpresa en el cáncer de endometrio con la pérdida de XCI. En este estudio, la expresión general de XCTAs aumentó en el cáncer endometrial con pérdida de XCI, tanto en dos Xa y Xa
+. Por otra parte, tanto Xa
+ y dos Xa mostró hipometilación global y la sobreexpresión de las CTA localizados en los cromosomas somáticos. En nuestro estudio anterior, los dos Xa de cáncer de ovario se hypomethylated a nivel mundial, como el de cáncer de endometrio [15]. No estaba claro que el efecto sobre la expresión de XCTAs de pérdida de XCI es independiente de la hipometilación global. Se analizó la expresión de XCTAs en
Xist
ratones knock-out para determinar si la pérdida de Xi aumenta la expresión de XCTAs independientemente de hipometilación global. La expresión de XCTAs no aumentó en
Xist
ratones knockout. Llegamos a la conclusión de que la pérdida de XCI tiene un efecto mucho menor sobre la expresión de XCTAs que la hipometilación global. La sobreexpresión de XCTAs en el cáncer con pérdida de XCI puede ser causada principalmente por la hipometilación global de acompañamiento. Sin embargo, el efecto sobre la expresión de XCTAs de pérdida de XCI no se puede generalizar en otros tumores malignos. Por otra parte el resultado de
Xist
ratones knockout tiene limitaciones para aplicar las neoplasias malignas de órganos sólidos humanos. Se requieren más estudios para generalizar la conclusión.
La pérdida de XCI es oncogénico en ratones, lo que sugiere que la pérdida de XCI podría tener un papel en la progresión tumoral o de mal pronóstico del paciente. La razón de riesgo de resultados clínicos adversos de la pérdida de XCI fue de aproximadamente 1,6 con una amplia confidencial interna (0,7 a 3,5), que es similar a la de cáncer de ovario [15]. El resultado supervivencia libre de enfermedad no era compatible con la supervivencia global. Esta discrepancia podría deberse a sesgo debido a una gran proporción de los datos que faltan. Se observó la tendencia de peor pronóstico de dos Xa en sub-análisis de subgrupos histológicos endometrioide y serosas. En conjunto, nuestros resultados sugieren que la pérdida de XCI se asocia con un riesgo ligeramente mayor para los resultados clínicos adversos, pero con evidencia limitada.
Conclusión
Nuestras observaciones proporcionan pruebas de que la pérdida de XCI es común en la serosa adenocarcinoma de endometrio y en adenocarcinoma seroso similar, que mostraron un alto grado de CNV. Este resultado sugiere que la pérdida de XCI se produce no sólo en el cáncer de ovario seroso o cáncer de mama de tipo basal, sino también en el cáncer con alto grado de CNV. Se encontró que la hipometilación global y no la pérdida de XCI, fue el principal mecanismo de la sobreexpresión de XCTAs, y que la pérdida de XCI tiene un riesgo ligeramente mayor para el resultado clínico adverso pero con evidencia limitada.
Apoyo a la Información
S1 texto. Lista de los antígenos de cáncer de testículo-seleccionados
doi:. 10.1371 /journal.pone.0137476.s001 gratis (DOCX)
S1 Fig. . Subanálisis para la supervivencia de cada tipo histológico
Importancia se estimó mediante la prueba de log-rank general
doi:. 10.1371 /journal.pone.0137476.s002 gratis (TIF)
S1 tabla. Sub-análisis multivariado para la prueba de regresión de Cox de cada tipo histológico
doi:. 10.1371 /journal.pone.0137476.s003 gratis (DOCX)
Reconocimientos
Hemos utilizado los datos que fueron generados por la Red de Investigación TCGA. Los autores desean agradecer a la Red de Investigación TCGA y los donantes de muestras. También nos gustaría dar las gracias al profesor Jeannie T. Lee para que nos permite utilizar los datos de los ratones knock-out.