Extracto
Antecedentes
La identificación de genes de susceptibilidad para tipos específicos de cáncer puede proporcionar la información necesaria para la la caracterización completa de los síndromes de cáncer. Ocho polimorfismos de nucleótido único (SNP), rs465498, rs17728461, rs4488809, rs753955, rs13361707, rs9841504, rs2274223 y rs13042395, fueron reportados por el genoma amplia estudios de asociación (Glass) estar estrechamente relacionada con la susceptibilidad de cáncer de pulmón (CP), gástrico cáncer (GC) o cáncer de esófago (CE) en la población de Han de china norte o sur. Sin embargo, la gente chinos Han de diferentes áreas geográficas pueden tener diferentes orígenes genéticos. Este estudio tiene como objetivo evaluar las asociaciones genéticas de los ocho SNPs mencionados anteriormente con un riesgo tres tipos de cáncer en una población de Han del noroeste de China.
Métodos
Un total de 186 controles sin cáncer y 436 casos con cáncer de pulmón no microcítico (CPNM) (159 casos), GC no cardias (167 casos) o EC (110 casos) se inscribieron en este estudio. Chi-cuadrado de ensayo y análisis de regresión logística politómicos se utilizaron para estimar la asociación entre ocho SNPs relacionados con el cáncer y los tres tipos de cáncer en una población china Han desde el noroeste de China. Los resultados de la regresión logística se ajustaron los factores de confusión y método Tasa de Falso Descubrimiento Benjamini y Hochberg (FDR) se utilizan para ajustar las múltiples pruebas de hipótesis. análisis de asociación por el tabaquismo o el estado de consumo de alcohol se analizaron mediante análisis de cruce.
Resultados
Uno de los ocho SNPs, rs17728461 se asoció con NSCLC susceptibilidad (en un modelo de heterocigotos, OR = 0,44; IC del 95% = 0,27 hasta 0,72,
p
= 0,001). Dos SNPs, rs753955 y rs13042395, estaban asociados con el riesgo de GC no cardias en diferentes modelos genéticos (
p
& lt; 0,05). No hay SNPs se asociaron con la CE. Los análisis de cruce mostró que el genotipo CT rs13042395, combinado con el hábito de fumar o beber alcohol, podría aumentar aún más el riesgo de no cardias GC (
p Hotel & lt; 0,05).
Conclusiones
Estos resultados indicaron que rs17728461 puede estar asociada específicamente con el riesgo de NSCLC. rs753955 y rs13042395 se asocian específicamente con la susceptibilidad a no cardias GC en Ningxia chinos Han. polimorfismos de susceptibilidad asociada en el noroeste de los chinos Han no fueron muy consistentes con los de los chinos Han norte o el sur de chinos Han. Todavía se requiere la validación de estos hallazgos con una evaluación funcional y una población más grande
Visto:. Dong Y, Chen J, Chen Z, Tian C, H Lu, Ruan J, et al. (2015) Evaluación de la Asociación de ocho polimorfismos con susceptibilidad al cáncer en un chino Han Población. PLoS ONE 10 (7): e0132797. doi: 10.1371 /journal.pone.0132797
Editor: Scott M. Langevin, Universidad de Cincinnati College of Medicine, Estados Unidos |
Recibido: 18 de febrero, 2015; Aceptado: 18 Junio 2015; Publicado: July 15, 2015
Derechos de Autor © 2015 Dong et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Disponibilidad de datos: Todos los datos relevantes están dentro del papel
Financiación: Este trabajo fue apoyado por la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China (los números de subvención 81460434, 81160249, 81260339, 81301886, 81160252 y al WJY, JC, y HSL; http:. //www.nsfc.gov.cn/), la Fundación de Ciencias Naturales de Ningxia (número de concesión NZ13057 a WJY). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer ahora se entiende que tienen tanto una genética y un componente ambiental. Los estudios de síndromes de cáncer hereditario y ser dirigido y análisis de mutación en todo el genoma han proporcionado amplia evidencia de la participación de las alteraciones genéticas en la carcinogénesis [1]. La comprensión de los factores genéticos en relación con el cáncer es importante, ya que la identificación de estos factores podría ser útil para la predicción del riesgo y para el desarrollo de agentes quimio-preventiva y otras medidas preventivas [2].
Hasta ahora, los estudios de asociación de genoma completo (Glass), un poderoso método para investigar los determinantes genéticos de enfermedades complejas, se han identificado con éxito cientos de SNPs relacionados con el riesgo de cáncer [3], incluyendo el cáncer de pulmón (CP), cáncer gástrico (CG), y el cáncer de esófago (CE ). El GWAS por Hu
et al
indicó que cuatro SNP rs465498, en 5p15.33, rs17728461 en 22q12, rs4488809 en 3q28, 13q12 y rs753955 en, se asociaron con riesgo de CP en los chinos Han [4]. Dos nuevos SNPs, rs13361707 en 5q13.1 y rs9841504 en 3q13.31, identificadas por Shi
et al
, se asociaron significativamente con el riesgo de GC [5]. Dos SNPs, rs2274223 en 10q23 y rs13042395 en 20p13, se asociaron con riesgo de EC en un gran número de chinos Han [6]. Sin embargo, las poblaciones de Han que se inscribieron en estos tres Glass fueron seleccionados principalmente del norte de China (Beijing ciudad) o el sur de China (la ciudad de Nanjing de la provincia de Jiangsu). los Han chinos de diferentes lugares pueden tener diferentes orígenes genéticos debido a sus orígenes complejos y larga historia de interacción con muchos grupos étnicos que rodean [7]. Por lo tanto, el pueblo Han de la región autónoma de Ningxia Hui, que se encuentra en el noroeste de China, pueden tener una base genética diferente a los de China norte o sur. Para estudiar más a las asociaciones y las especificidades de los ocho SNP (rs465498, rs17728461, rs4488809, rs753955, rs13361707, rs9841504, rs2274223 y rs13042395) mencionados anteriormente con la susceptibilidad de los tres tipos de cáncer en la población china Han en la región de Ningxia en el noroeste de China, se realizó un estudio de casos y controles de base hospitalaria.
las muestras y los métodos
población de estudio y recopilación de datos
Todas las muestras eran de residentes de Ningxia Han cuya ancestral viva nativa lugares eran Región Autónoma Hui de Ningxia y al menos tres generaciones de su familia eran gente de Han. Los pacientes con no pequeñas de cáncer primario de pulmón (NSCLC), GC no cardias o EC fueron reclutados entre 2009 y 2012 en el Hospital General de la Universidad Médica de Ningxia (Ningxia Región, China). Todos los pacientes con cáncer matriculados fueron diagnosticados mediante patológicos, y sus diagnósticos fueron confirmados histológicamente. Además, los pacientes con enfermedades crónicas, afecciones que participan órganos vitales, o endocrinológicas, metabólicas graves o enfermedades nutricionales fueron excluidos de este estudio. Los pacientes también fueron excluidos si habían recibido ninguna transfusión de sangre durante los últimos 6 meses, la terapia inmunosupresora, quimioterapia o radioterapia.
saludable, los individuos no relacionados fueron reclutados al azar como sujetos de control del centro de chequeo de salud en el hospital general durante el mismo período. El criterio de inclusión para los controles fue la ausencia de antecedentes de cáncer. Ninguna de estas personas sanas tenían antecedentes de contacto con un fuerte agente cancerígeno como el asbesto, el trióxido de arsénico, benceno, etc.
.
Cada sujeto fue interrogado personalmente por entrevistadores entrenados utilizando un cuestionario pre-prueba para obtener información sobre demográfica datos, incluyendo la edad al momento del diagnóstico, el género, el origen étnico, antecedentes familiares de cáncer, región residencial, ocupación, de vida y hábitos alimentarios (
e
.
g
., tabaquismo y consumo de alcohol) . Los individuos que fumaban un cigarrillo al día durante más de 1 año fueron clasificados como fumadores y los que tenían tres veces o más bebidas alcohólicas a la semana durante más de 6 meses se definieron como los bebedores de alcohol. Después de la entrevista, se recogieron muestras de 2 ml de sangre venosa de cada participante para la preparación de ADN y genotipado. Por último, 440 casos (incluyendo 162 pacientes con CPNM, 168 pacientes con cáncer gástrico no cardias, y 110 pacientes de la CE) y 186 controles sin cáncer fueron incluidos en este estudio.
Este estudio de casos y controles de base hospitalaria fue aprobado por el Comité de Ética médica de la opinión de la Universidad médica de Ningxia (Ningxia Región, china). firmado el consentimiento informado se obtuvo de cada participante.
selección SNP y genotipado
La literatura sobre Glass publicó hasta diciembre de 2012 fue revisado y SNPs candidatos que se había informado anteriormente a estar asociado con LC (rs465498, rs753955, rs17728461 y rs4488809), GC (rs13361707 y rs9841504) y CE (rs2274223 y rs13042395) fueron seleccionados para su investigación. ADN genómico fue extraído de los leucocitos de sangre periférica de los participantes usando un kit QIAamp DNA Mini (Qiagen, Hilden, Alemania) siguiendo las instrucciones del fabricante y se almacenó a -20 ° C hasta su uso.
El trabajo genotipado SNP era realizado por un método de reacción de detección múltiple ligasa mejorado (iMLDR, Genesky Bio-Tech Cod., Ltd., Shanghai, china) como se describe anteriormente [8]. Los cebadores para la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y las sondas para la LDR se enumeran en la Tabla 1. Se establecieron dos controles negativos: una con agua bidestilada como molde y el otro con la muestra de ADN sin cebadores, manteniendo todas las demás condiciones las mismo en una placa. ensayos de serie se han diseñado y los resultados fueron consistentes. Las tarifas de llamadas en la determinación del genotipo de todas estas ocho SNPs estaban por encima de 99% (Tabla 2). Tres casos de NSCLC y un casos de GC no cardias fueron excluidos debido a la baja calidad de genotipado. rs9841504 y rs2274223 también fueron seleccionados y genotipo por tanto el método iMLDR y el método de secuenciación directa para evaluar la concordancia de la determinación del genotipo. Las tasas de concordancia en el genotipado de dos SNPs fueron del 100%. Por último, 436 casos (159 pacientes con CPNM, 167 pacientes con cáncer gástrico no cardias, y 110 pacientes de la CE) y 186 controles sin cáncer fueron incluidos en este estudio.
El análisis estadístico
se utilizó una prueba de ji cuadrado para evaluar las diferencias en la distribución de las características demográficas, variables y genotipos seleccionados entre los casos y controles. Las variables continuas se analizaron mediante
t de Student
. Las frecuencias genotípicas en los sujetos de control para cada SNP se probaron para la salida de equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE) utilizando el
χ
2
prueba de bondad de ajuste. Los análisis de regresión logística politómicos fueron utilizados para estimar los odds ratio ajustada (OR) y los intervalos de confianza del 95% (IC) para la asociación entre variantes genéticas y el riesgo de cáncer, según la evaluación de diferentes modelos genéticos (aditivo, heterocigotos, homocigotos, y dominantes, recesivo) ajustado por edad, sexo, antecedentes familiares de cáncer, el tabaquismo y el estado de consumo de alcohol. Método Tasa de Falso Descubrimiento Benjamini y Hochberg (FDR) se utilizó para ajustar las múltiples pruebas de hipótesis. Los análisis de cruce se utilizaron para realizar análisis de asociación entre rs13042394 y GC no cardias por el tabaquismo o el estado de consumo de alcohol. Todos los análisis estadísticos se realizaron con Microsoft Excel 2007, SPSS 17.0 (SPSS, Chicago, IL) y el programa plin-1,07-DOS. El estándar de α = 0,05.
Resultados
Datos demográficos de los participantes
Los datos demográficos como la edad, el sexo y los antecedentes familiares de cáncer, el tabaquismo y el consumo de alcohol para todos los sujetos reclutados en este estudio se resumen en la Tabla 3. no hubo diferencias significativas entre el CPNM, GC no cardias o grupo de EC y el grupo control en la edad (
p Hotel & lt; 0,05). No se encontró diferencia estadística en el género entre el grupo de CPNM (los hombres representan el 64,2%) y el grupo control (los hombres representan el 60,8%). Sin embargo, los porcentajes de machos en GC no cardias (72,5%) y CE (74,5%) fueron mayores que en el grupo control (60,8%). La diferencia entre el NSCLC y el grupo control en el consumo de alcohol no fue significativa, pero los pacientes con CPNM más eran fumadores de cigarrillos (
p = 0,027
). Se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre el GC no cardias o EC y fumar cigarrillos, beber alcohol o antecedentes familiares de cáncer (
p Restaurant & lt; 0,05).
Los resultados de la logística análisis de regresión en la Tabla 4 indican que la asociación entre la exposición y el CPNM tabaquismo fue significativa (OR = 1,65 IC 95% = 1,06 a 2,57,
p = 0,027
). Resultados similares fueron encontrados entre los GC no cardias o EC y la exposición tabaquismo (OR = 2,91, IC del 95% = 1,88 a 4,51,
p Hotel & lt; 0,001, y OR = 2,72, IC del 95% = 167- 4,42,
p Hotel & lt; 0,001, respectivamente) o la exposición consumo de alcohol (OR = 3,22, IC del 95% = 1,92 a 5,39,
p Hotel & lt; 0,001, y OR = 3,11, 95% CI = 1,76-5,48,
p Hotel & lt; 0,001, respectivamente) guía empresas
distribución genética de los SNPs en un estudio de casos y controles
información básica sobre el. SNPs seleccionado se muestra en la Tabla 2. Todos los SNPs tenían distribuciones dentro de los parámetros de HWE para la población control. Las frecuencias genotípicas de los ocho SNPs en los casos y controles se muestran en la Tabla 5.
Asociación entre los SNPs y cánceres
análisis de regresión logística politómica fueron utilizados para estimar la asociación entre los SNPs y el riesgo de cáncer utilizando diferentes modelos genéticos. Los resultados se registran en las Tablas 6 y 7, y todos los resultados se ajustaron por edad, sexo, antecedentes familiares de cáncer, el tabaquismo y consumo de alcohol.
Después de ajustado por Benjamini y Hochberg método Tasa de Falso Descubrimiento (FDR), sólo uno de los ocho SNPs, rs17728461 en el
HORMAD2 CD -
LIF
gen se asoció con el riesgo de CPNM. El heterocigoto CG del rs17728461, en comparación con los homocigotos CC, se asoció con un menor riesgo de CPNM (OR ajustada = 0,44; IC del 95% = ,27-,72,
p = 0,0010
).
Dos de los ocho SNPs, rs753955 en el
MIPEP-TNFRSF19
gen y rs13042395 en el
C20orf54
gen, se asocia con la susceptibilidad de no cardias GC. rs753955 G-alelo se asocia con un mayor riesgo de no cardias GC (modelo aditivo: O IC = 1,86, 95% = 1,34 a 2,58,
p = 0,0002
). En el modelo homocigoto, el riesgo de CG no cardias de los portadores del genotipo GG rs753955 era 4,69 veces más que los que llevan el genotipo AA rs753955 (OR = 4,69, 95% CI = 02/18 a 10/08,
p = 0,0001
) El mismo resultado fue encontrado en el modelo recesivo (OR = 4,04 IC 95% = 1,99 a 8,23,
p = 0,0001
). Del mismo modo, rs13042395 CT genotipo o el genotipo CT + TT se asociaron con un mayor riesgo de no cardias GC en comparación con el genotipo CC (modelo heterocigoto, OR = 2,54, IC del 95% = 1,57 a 4,10,
p =
0,0001; modelo dominante:. OR = 2,25, IC del 95% = 1,43 a 3,53,
p = 0,0004
)
sin embargo, no se observó ninguna asociación entre los ocho SNPs y riesgos de la CE en este estudio .
análisis de cruce por fumar cigarrillos o alcohol estado bebiendo
Los resultados de los análisis de cruce por el tabaquismo o el consumo de alcohol de estado fueron ilustrados en el análisis de cruce Tabla 8. indicó que hubo un aumento significativo del riesgo de no cardias GC entre los participantes con rs13042395 CT + genotipo TT que también eran fumadores de cigarrillos o los bebedores de alcohol, en comparación con los fumadores no son cigarrillos o no bebedores de alcohol que portaban el genotipo rs13042395 CC (OR ajustada = 6,03; IC del 95% = 2,63 -13.86,
p Hotel & lt; 0,0001, y OR ajustada = 4,62, 95% CI = 1,87 a 11,39,
p = 0,0009
, respectivamente). Cuando se centró en rs13042395 portadores CT que también eran fumadores de cigarrillos o los bebedores de alcohol, el riesgo de no cardias GC aumentó aún más (OR ajustada = 6,75; IC del 95% = 2,78 a 16,36,
p Hotel & lt; 0,0001, y OR ajustada = 7,47; IC del 95% = 2,50 a 22,32,
p = 0,0003
, por separado).
Discusión
el cáncer es la segunda causa principal de muerte y discapacidad en el mundo, detrás de las enfermedades del corazón solamente [9]. De acuerdo con la nueva versión de Investigación Internacional Agencia del Cáncer (IARC) 's GLOBOCAN base de datos en línea de 2012, entre los más de dos docenas de tipos de cáncer distintos que han sido examinados, LC, no cardias GC, y el rango de la CE en los diez primeros en la incidencia y las tasas de mortalidad [10]. Aproximadamente el 40% de los nuevos casos y muertes por estos tres tipos de cáncer en el mundo se han producido en China, que hace LC, GC no cardias y la CE, una gran amenaza para la salud humana en China [10].
Para evaluar la asociaciones entre SNPs y tipos de cáncer, un gran número de estudios se han realizado en la última década en diferentes poblaciones étnicas, en particular los chinos han. La población china Han es el grupo étnico más grande en China, que compone el 98% de toda la población china [7]. Algunos estudios han informado de que los antecedentes genéticos de la población Han en el norte de China es diferente a la del sur de China [11-14]. Por lo tanto, la población china Han, una población aparentemente homogénea, en realidad tiene una subestructura complicado. En este estudio, se analizaron las asociaciones entre los ocho SNPs que se había informado anteriormente en Nierba de dos poblaciones han en diferentes lugares geográficos y NSCLC, GC no cardias y la CE en una población china Han desde el noroeste de China.
entre los ocho SNPs, solamente rs17728461 se asoció específicamente con CPNM en nuestro estudio. rs17728461 está situado en 22q12.2, aproximadamente 38 kb aguas abajo de la
LIF
gen que codifica el factor inhibidor de la leucemia (LIF). LIF juega un papel importante en el proceso de LC a través del transductor de señal y activador de la transcripción 3 (STAT3) vía [15, 16]. Hu
rs17728461 y col
's GWAS identificado por primera vez alelo G-como factor de riesgo de LC en las poblaciones Han de China del norte y sur. Por el contrario, sin embargo, nuestro trabajo encontró que rs17728461 alelo G-se asoció con una disminución del riesgo de CPNM en una población de Han del noroeste de China. La información alelo indica que el alelo menor frecuencia (MAF) de rs17728461 en la población del noroeste de China y las poblaciones de China del norte y sur variaron ampliamente (0,26
vs
. 0.17).
Dos otros SNPs, rs753955 y rs13042395 se observaron a ser específicamente y por separado asociado con el riesgo GC no cardias en este estudio. rs753955 se encuentra en el
MIPEP
gen en 13q12.12, que codifica peptidasa intermedia mitocondrial (MIPEP). MIPEP puede contribuir a la deficiencia de frataxina y la utilización del hierro y el mecanismo exacto de MIPEP en la carcinogénesis aún debe ser abordado en el futuro [17]. Hu
et al
's GWAS informó por primera vez que rs753955 G-alelo se correlaciona con la susceptibilidad de las poblaciones de LC en tanto el norte de China y el sur de China. En nuestro estudio, sin embargo, se encontró rs753955 alelo G-estar relacionado con el riesgo de CG no cardias en lugar de riesgo de CP en la población de Han del noroeste de China. Además, también nos dimos cuenta de que rs13042395 alelo T se asoció con un mayor riesgo de CG no cardias. Los resultados del análisis cruzado por el tabaquismo o el estado de consumo de alcohol indicaron además que rs13042395 portadores CT mostraron un aumento significativo del riesgo de no cardias GC cuando también eran fumadores de cigarrillos o los bebedores de alcohol. rs13042395, que se encuentra en el
C20orf54
gen en 20p13, se informó por primera vez como un factor de riesgo para el carcinoma de células escamosas de esófago (CECA) en Wang
et al
's GWAS de una población del norte de Han. Sin embargo, cinco estudios de diferentes grupos, incluido el nuestro, no encontraron ninguna asociación con CE [18-21]. Además, en un estudio posterior, Wang
et al
informó una corrección que la asociación publicado por rs13042395 alelo T no puede ser replicada en análisis adicionales de los datos de la misma región; el hallazgo original podría ser el resultado de un control inadecuado para la estratificación de la población que utiliza los sujetos genéticamente o no coincidentes, menos probable, podría haber sido debido a la casualidad [6].
En general, se analizaron las asociaciones entre el reportado ocho SNP y el riesgo de tres tipos de cáncer (NSCLC, no cardias GC y de la CE) en una población de Han del noroeste de china. Nuestros datos estadísticos mostraron que rs17728461 se asoció específicamente con el riesgo de NSCLC, rs753955 y rs13042395 fueron específicamente relacionados con la susceptibilidad a GC no cardias. Los polimorfismos de susceptibilidad en el noroeste de los chinos Han no fueron muy consistentes con los de los norte y sur chinos Han.
Conclusiones
En conclusión, nuestro trabajo y el de otros han demostrado que los polimorfismos de susceptibilidad identificados en Glass puede variar en diferentes poblaciones étnicas, incluso en poblaciones muy cercanas han que viven en diferentes áreas geográficas. Sin embargo, hay que mencionar varias limitaciones de nuestro trabajo. En primer lugar, ya que todos los participantes se inscribieron en un hospital y la edad promedio de los controles también era más joven que los de los casos, por lo tanto, el sesgo de selección no se puede excluir. En segundo lugar, nuestros resultados se obtuvieron con un tamaño limitado de la muestra, lo que nos permite dibujar únicas conclusiones preliminares. Finalmente, se requieren ensayos funcionales para estudios adicionales. Por lo tanto, se requiere la validación de estos resultados mediante la evaluación funcional y con una población mayor.
Reconocimientos
Agradecemos a Wiley por la asistencia lingüística durante la preparación de este manuscrito. Agradecemos a todos los participantes de este estudio.