Extracto
La vía Hippo restringe la actividad transcripcional de coactivadores TAZ (
WWTR1
) y YAP. se reportan TAZ y YAP que se sobreexpresa en varios tipos de cáncer, sin embargo, su importancia pronóstica en el cáncer colorrectal sigue siendo sin estudiar. Los niveles de expresión de Taz y YAP, y sus objetivos transcripcional aguas abajo,
AXL
y
CTGF
, se extrajeron de los conjuntos de datos de pacientes con cáncer de colon dos independientes disponibles en la base de datos Gene Expression Omnibus, por un total de 522 pacientes . Se encontró que las expresiones de ARNm de ambos TAZ y YAP se correlacionaron positivamente con los de
AXL
y
CTGF gratis (
p Hotel & lt; 0,05). alto nivel de expresión de ARNm de TAZ,
AXL
o
CTGF
correlacionaron significativamente con la supervivencia más corta. Es importante destacar que los pacientes co-sobreexpresión de los 3 genes tenían un tiempo de supervivencia significativamente más corta, y la expresión combinatoria de estos 3 genes fue un predictor independiente de supervivencia. Los genes diana aguas abajo para TAZ-AXL-CTGF fueron identificados por la sobreexpresión mystats de aplicaciones Java. Curiosamente, los genes que están asociados con la progresión del cáncer de colon (
ANTXR1
,
EFEMP2
,
SULF1
,
TAGLN
,
VCAN
,
ZEB1
y
ZEB2
) fueron upregulated en pacientes co-sobreexpresión de TAZ-AXL-CTGF. Esta expresión génica firma TAZ-AXL-CTGF (GES) y luego se aplicó a Mapa de Conectividad para identificar pequeñas moléculas que podrían ser utilizados para invertir esta GES. De los 20 mejores pequeñas moléculas identificadas por mapa de conectividad, amilorida (un diurético ahorradores de potasio,) y tretinoína (ácido trans-retinoico) han mostrado una promesa terapéutica en la inhibición del crecimiento de células de cáncer de colon. Usando mystats, se encontró que la expresión de bajo nivel de cualquiera de
ANO1
o
SQLE
estaban asociados con un mejor pronóstico en pacientes que co-sobreexpresa TAZ-AXL-CTGF, y que
ANO1
fue un predictor independiente de supervivencia junto con TAZ-AXL-CTGF. Por último, se confirmó que regula TAZ Axl, y juega un papel importante en el crecimiento y clonogenicidad no adherente
in vitro Opiniones y formación de tumores
in vivo
. Estos datos sugieren que TAZ podría ser una diana terapéutica para el tratamiento de cáncer de colon
Visto:. Yuen H-F, McCrudden CM, Huang Y-H, Tham JM, Zhang X, Zeng Q, et al. (2013) Expresión TAZ como indicador pronóstico en el cáncer colorrectal. PLoS ONE 8 (1): e54211. doi: 10.1371 /journal.pone.0054211
Editor: Gabriele Saretzki, Universidad de Newcastle, Reino Unido
Recibido: 29 Junio, 2012; Aceptado: December 10, 2012; Publicado: 23 Enero 2013
Derechos de Autor © 2013 Yuen et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este estudio está financiado por la Agencia de Ciencia, Tecnología e Investigación (A * STAR), Singapur. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
La vía Hippo juega un papel importante en la proliferación celular, el control de tamaño de los órganos, y el desarrollo y progresión del cáncer [1], [2], [3], [4]. YAP y TAZ son ambos transcripcional co-activadores que son inhibidas por la vía Hippo [1], [2], [3], [4]. la inactivación de la vía aberrante Hippo y /o sobreexpresión de TAZ y YAP resulta en la activación transcripcional de sus objetivos de abajo [1], [2], [3], [4].
sobreexpresión YAP induce la proliferación celular y transición epitelio mesénquima (EMT), e inhibe la apoptosis y la inhibición de contacto [5], [6], [7]. La activación transcripcional del factor de crecimiento epidérmico receptor anfirregulina ligando puede dar cuenta de la inducción mediada por YAP de la proliferación celular, especialmente bajo suero agotamiento [7], mientras que YAP también coopera con Myc para promover la proliferación celular [8]. Recientemente, YAP se ha demostrado que desempeñan un papel crítico en la biología de células madre. Es inducida durante la reprogramación de células madre pluripotentes, mientras que el silenciamiento de YAP reduce la pluripotencia de células madre embrionarias [9]. YAP promueve la progresión del cáncer de ovario, y niveles elevados de expresión nuclear están inversamente asociados con la supervivencia de los pacientes [10]. En particular, YAP se asocia con tumores de ovario de células claras, un subtipo de tumor maligno de ovario con un mal pronóstico [11]. YAP también se ha demostrado que desempeñan un papel oncogénico en el carcinoma de células escamosas de esófago [12]. En el cáncer de hígado, la inhibición mediada por microRNA de YAP inhibe las características del tumor incluyendo la proliferación celular y la invasión [13]. Por el contrario, hay informes que muestran un opuesto, supresor del tumor, papel de YAP en la promoción de la apoptosis mediada por p73-[14], [15]. En cánceres de mama y de cabeza y cuello, YAP se ha demostrado que actúa como un supresor de tumores en ciertas circunstancias [14], [16].
TAZ es estructuralmente homóloga a YAP, está igualmente inhibida por la vía Hippo, y también promueve la EMT mediada por la progresión del cáncer [17], [18], [19]. TAZ regula la diferenciación de células madre mesenquimales modulando Runx2- y PPARgamma dependiente de la expresión de genes [20], así como de células madre de auto-renovación mediante el control de la localización de Smad [21]. TAZ juega un papel importante en la progresión del cáncer de mama [22], [23] y el cáncer no microcítico de pulmón de células [24], [25]. Es importante destacar que, TAZ confiere rasgos relacionados con las células madre del cáncer en las células de cáncer de mama, destacando aún más su importancia en la iniciación y progresión del tumor [26]. TAZ también se sobreexpresa en el carcinoma papilar de tiroides [27].
TAZ y YAP han demostrado interactuar con varios factores de transcripción [2], [3], [4], con la familia de factores de transcripción TEAD ( TEAD1-4) siendo el más relevante en la proliferación celular y la progresión del cáncer [19], [28], [29]. Las estructuras cristalinas de rayos X de los complejos YAP-Tead se han resuelto y la interacción propuesta con el apoyo de y en consonancia con el análisis funcional [30], [31], [32], que muestra que los complejos de YAP-Tead activa la transcripción de genes.
YAP expresión se observó en el adenocarcinoma de colon [33], [34], [35]. Se sobreexpresa en muestras de cáncer de colon humano y la sobreexpresión de YAP promueve la proliferación celular y la supervivencia en células de cáncer de colon [36]. Los resultados recientes muestran que desmontables de TAZ se traduce en una disminución de la proliferación celular en el crecimiento del tumor y la cultura
in vivo
[26].
A pesar de la evidencia que sugiere la implicación potencial de YAP y TAZ en el cáncer de colon progresión, su importancia pronóstica en el cáncer colorrectal se desconoce. En este estudio, hemos analizado la expresión de ARNm de YAP y TAZ, y dos de sus genes diana aguas abajo,
AXL
y
CTGF
, en dos cohortes de pacientes con cáncer de colon independiente que comprenden 522 pacientes. Se encontró que el TAZ, pero no YAP, es un marcador pronóstico en la progresión del cáncer de colon. Además, TAZ-
AXL-CTGF
co-sobreexpresión, que define tanto la expresión de TAZ y su actividad transcripcional en la expresión del gen diana, es un indicador de pronóstico novela, que es independiente del grado y estadio tumoral, para dos puntos pacientes con cáncer. El papel de las TAZ en la proliferación de células de cáncer de colon y la oncogénesis fue validado por el estudio funcional.
Materiales y Métodos
Extracción de datos de expresión de genes clínicos y de microarrays de conjuntos de datos de pacientes de cáncer de colon
Dos conjuntos de datos de pacientes de cáncer de colon, GSE14333 [37] y GSE17538 [38], disponible en la Expresión génica Omnibus (GEO) de bases de datos (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds) fueron incluidos en este estudio. La página web GEO ha estandarizado las URL de sus conjuntos de datos individuales, por ejemplo, la información global y de síntesis sobre el conjunto de datos de microarrays GSE14333 se puede acceder en http://www.ncbi.nlm.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE14333. Para cada serie de datos GEO, enlaces se proporcionan en la parte inferior de la página para el archivo (s) Matriz de serie, que contiene los valores de expresión para cada gen (probeset) y cada uno de microarrays. Las direcciones URL al archivo (s) de matriz Serie también están estandarizados. Para GSE14333, la URL era ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/geo/DATA/SeriesMatrix/GSE14333. Los archivos en formato gzip fueron luego descomprimen en el formato de texto delimitado por tabuladores, que contiene información detallada para el análisis estadístico. Los GSE14333 y GSE17538 conjuntos de datos son los dos más grandes de pacientes de cáncer de colon conjuntos de datos en la base de datos, y comprenden 522 pacientes, 458 de cuyos datos de supervivencia está disponible en la base de datos. La serie de datos GSE17538 consta de cuatro subseries: GSE17536, GSE17537, GSE19072 y GSE19073. GSE19072 y GSE19073 fueron excluidos de este estudio, ya que carecen de los datos clínicos. datos de microarrays de expresión génica fueron recuperados de las matrices de datos depositados en la base de datos GEO por los autores originales. Los niveles de expresión génica en GSE14333 y GSE17538 están representados por logaritmo en base 2 del valor MAS5 y los valores de RMA, respectivamente, aprobadas por los autores originales. R scripting se utilizó para extraer los valores de expresión de un pequeño número de genes (probesets) de interés y los datos clínicos de las matrices de datos descargados de GEO.
Los datos demográficos y clínicos de las dos cohortes de pacientes
Tanto la edad y el sexo de los pacientes estaban disponibles los datos demográficos de los dos conjuntos de datos analizados en el presente estudio. Los pacientes tenían una edad media de 67 años (rango: 26-92 años) y 65,5 años (rango: 23-94 años de edad) en GSE14333 y GSE17538, respectivamente. Había 43% y 46% mujeres, respectivamente, en la cohorte GSE14333 y GSE17538. La cohorte GSE14333 consta de 290 pacientes, de los cuales 226 estaban disponibles los datos de supervivencia. Quince, 32, 31 y 21% de los pacientes tenían tumores en estadio A, B, C y D, respectivamente. Los datos de supervivencia no estaban disponibles para todos los pacientes de la etapa D. Los datos de supervivencia se disponibles para los 232 pacientes de la cohorte GSE17538. Doce, 31, 33 y 24% de los pacientes tenían tumores de estadio AJCC I, II, III y IV, respectivamente, y 8, 78 y 14% de los pacientes tenían grado A, B y C, respectivamente tumores.
Correlaciones de los niveles de expresión de genes y datos clínicos
Todos los análisis estadísticos se realizaron utilizando SPSS19.0. Las asociaciones entre los niveles de expresión de los genes se analizaron mediante la prueba de rangos de Spearman. Los niveles de expresión se dividieron en los niveles alto y bajo nivel de expresión utilizando la mediana como punto de corte para el análisis de supervivencia de Kaplan-Meier. Los resultados se compararon mediante la prueba de log-rank. Se utilizó un análisis de regresión Univeriate Cox para correlacionar los niveles de expresión génica y la supervivencia del paciente y el análisis de regresión de Cox se utilizó para identificar predictores independientes de la supervivencia del paciente utilizando un enfoque por pasos hacia atrás con un límite de entrada de p & lt; 0,1 y un límite de retirada de p & gt; 0,05 . Los pacientes se dividieron en 4 grupos en función de los niveles de expresión de TAZ, AXL y CTGF; el grupo TAZ-AXL-CTGF-baja consistió en pacientes que expresaron todos estos 3 genes en niveles bajos; el grupo TAZ-AXL-CTGF-intermedio-bajo consistió en pacientes que expresan uno de estos tres genes en un nivel alto; el grupo TAZ-AXL-CTGF-intermedio-alto consistió en pacientes que expresan dos de estos tres genes en niveles altos; el grupo TAZ-AXL-CTGF-alta consistió en pacientes que expresan los tres genes en niveles altos. El tiempo de supervivencia de los pacientes estratificados por este método de agrupación se analizaron mediante análisis de Kaplan-Meier y regresión de Cox como se ha descrito anteriormente.
Identificación de TAZ-AXL-CTGF genes co-expresión de
Los pacientes fueron estratificados en cuatro grupos basados en los niveles de expresión de TAZ, AXL y CTGF como se describe anteriormente. Se compararon los patrones de expresión génica de los pacientes en TAZ-AXL-CTGF baja de subgrupos y los de la alta subgrupo TAZ-AXL-CTGF (cuya supervivencia fue significativamente más pobre). Probesets que son expresados diferencialmente entre estos dos grupos se identificaron mediante la prueba t de 2 muestras de Welch. Esta prueba se utilizó para evitar el error tipo I debido a la desigualdad de las diferencias de los valores de probesets entre los subgrupos. En pocas palabras, se aplicó la prueba de la t de Welch a cada probeset que corresponde a un determinado gen en la matriz de datos utilizando nuestros propios mystats de aplicaciones Java. Los valores de P y la expresión diferencial en los cambios veces para todos los probesets se generaron como hojas de cálculo delimitado por tabuladores de Excel para su posterior análisis. Los genes fueron priorizados por orden ascendente los valores de p. Los mejores 100 probesets fueron priorizados en ambos conjuntos de datos de pacientes, y se analizaron adicionalmente los genes comunes a ambos conjuntos de datos.
La identificación de potenciales compuestos inhibidores dirigidos TAZ-AXL-CTGF sobreexpresión de cáncer de colon (Mapa de Conectividad)
mapeo conectividad expresión de genes se realizó utilizando estadísticamente Mapa de conexión significativa (sscMap) para identificar compuestos de molécula pequeña candidatos que pueden inhibir la expresión de genes que son co-regulados en TAZ-AXL-CTGF co-expresión de cáncer de colon agresivo [39], [40], [41]. De los probesets identificados a ser co-expresada con TAZ-AXL-CTGF, 33 estaban presentes en la plataforma de microarrays de Affymetrix HG-U133A, que fue utilizado para generar la base de datos de microarrays para el Mapa de Conectividad [39]. A continuación, la firma genética compilado se alimentó a la aplicación Java sscMap [41] como una firma de consulta, y su asociación con los 6000 perfiles de expresión génica generados por el tratamiento de células cancerosas con más de 1.000 moléculas pequeñas se compararon. El procedimiento de perturbación firma genética, lo que aumenta la especificidad de los resultados de la salida, se aplicó como se describe anteriormente [42]. Todos los pequeños compuestos moleculares, que se asociaron negativamente con la TAZ-AXL-CTGF-GES, se clasifican y se clasifican por su
p-valor
, la estabilidad de la perturbación y la puntuación de conexión estandarizado. El
p-valor
que fue considerado significativo se fijó en un umbral estricto (p = 1/1309), lo que garantiza que los resultados generados por sccMap entregan sólo se admite un esperado molécula pequeña de falsos positivos en los 1309 pequeñas moléculas ensayadas en el sccMap [42]. Las 20 mejores pequeñas moléculas se ingresaron en el motor de búsqueda de PubMed (www.pubmed.com) junto con el cáncer de colon para identificar los artículos de investigación que han descrito los efectos de las moléculas particulares en el tratamiento del cáncer de colon.
Identificación de dianas terapéuticas para pacientes con cáncer de colon que sobreexpresan TAZ-AXL-CTGF
los pacientes que co-expresaban la TAZ-AXL-CTGF fueron estratificados en dos grupos en función de sus estados de supervivencia. expresiones diferenciales de diferentes probesets entre los pacientes en el subgrupo TAZ-AXL-CTGF-vivos y los fallecidos en el subgrupo-TAZ-AXL-CTGF fueron identificados como se ha descrito anteriormente.
Cultivo celular y la transducción retroviral
células HCT116 y SW620 de la American Type Culture Collection y se mantuvieron en F12K medio /DME suplementado con 10% suero bovino fetal (FBS), 10 ug /ml de penicilina /estreptomicina (P /S) (Life Technologies, Carlsbad, CA ). La línea celular de empaquetamiento anfotrópica Phoenix se obtuvo del Laboratorio Nolan (Universidad de Stanford) y se mantuvo en medio DMEM suplementado con 10% de FBS y 10 ug /ml P /S. La infección retroviral se realizó como se describe anteriormente [18]. Se utilizó el corto horquilla (shRNA) en contra de la construcción de TAZ humana (5'-AGGTACTTCCTCAATCACA-3 ') llevado por el vector pSUPERretro-puro (shTAZ) para TAZ desmontables (Oligoengine, Seattle, WA), mientras que la lucha shRNA construir (5'- CCTAAGGTTAAGTCGCCCTCG-3 '; shScr) se utiliza para el control. Las líneas celulares estables se establecieron mediante la selección de las células calumniado en 2 ug /ml de puromicina (Sigma Aldrich, St. Louis, MO).
Western El análisis de transferencia
La inmunotransferencia se realizó como se describió anteriormente [18 ] utilizando SuperSignal West Pico (Thermo Scientific, Rockford, IL). El anticuerpo TAZ comercial se obtuvo de Imgenex (San Diego, CA).
agar blando y clonogénicas ensayos independiente de anclaje
Para el ensayo de agar blando, 5000 células se resuspendieron en 0,35% (w /v) de agarosa en medio de cultivo se recubrieron en un solidificado 0,5% (w v) de agarosa /en medio de cultivo. La capa superior se dejó solidificar. Medium con puromicina se añadió el día siguiente y las células se incubaron entonces a 37 °
-C con 5% de CO
2. medio fresco con puromicina se completó y las colonias formadas se tiñeron con 1 mg /ml azul de tiazolilo tetrazolio (Sigma Aldrich) durante 4 horas en la incubadora a 37 ° C con 5% de CO
2. El exceso de colorante se eliminó mediante decoloración múltiples veces con agua y el número de colonias se determinó.
Para el ensayo clonogénico, se sembraron 500 células por pocillo por triplicado en placas de 6 pocillos. El medio de cultivo se actualiza cada semana y las células se fijaron con 4% de paraformaldehído en PBS después de 2 semanas de incubación a 37 ° C con 5% de CO
2. Las células fijadas se tiñeron con violeta de cristal 0,5% (Sigma Aldrich) en 20% de etanol durante la noche. Las células se enjuagaron con agua, se analizó el número secó y colonia.
tumorigénesis en ratones desnudos
Hundred ul de una suspensión celular de 1,5 × 10
7 /ml se inocularon por vía subcutánea en los flancos traseros izquierdo y derecho de cuatro a seis semanas de edad, los ratones hembra desnudos. desarrollo tumoral se controló sfter 2 semanas. Los ratones fueron sacrificados y luego los tumores fueron retirados para su análisis.
Resultados
expresiones
Taz y ARNm YAP se correlacionan positivamente con la expresión del ARNm de sus genes diana aguas abajo, AXL y CTGF
anteriormente, nosotros y otros han demostrado que
AXL
y
CTGF ¿Cuáles son dos importantes genes diana aguas abajo de Taz y YAP [23], [43], [44]. En el presente estudio, se investigó si los niveles de expresión de mRNA de los dos co-activadores de la transcripción en la vía de Hipona, Taz y YAP, se correlacionan con la expresión de ARNm de
AXL
y
CTGF
. En los 290 pacientes con cáncer de colon del conjunto de datos GSE14333, la expresión TAZ se correlacionó significativamente con AXL (test de rangos de Spearman,
r = 0,547
,
p Hotel & lt; 0,001; Figura 1A) y CTGF (
r = 0,543,
p Hotel & lt; 0,001; Figura 1B) expresiones. YAP expresión de mRNA también se correlacionó positivamente con AXL (
r = 0,154
,
p = 0,009
; Figura 1C) y CTGF (
r = 0,141
,
p
= 0,016; Figura 1D) la expresión de ARNm en el mismo conjunto de datos, pero en menor medida. En 232 pacientes con cáncer de colon de GSE17538, la expresión de ARNm TAZ fue significativamente correlacionado positivamente con tanto AXL (
r = 0,752
,
p Hotel & lt; 0,001; Figura 1E) y CTGF (
r
= 0,686,
p
& lt; 0,001; Figura 1F) las expresiones de ARNm, mientras que YAP mRNA fue también significativamente correlacionada positivamente con la expresión de ARNm de ambos genes, de nuevo, en menor medida (AXL:
r
= 0,343,
p Hotel & lt; 0,001; Figura 1G y CTGF:.
r = 0,387
,
p Hotel & lt; 0,001; Figura 1H)
Los diagramas de dispersión para (a) la expresión de ARNm frente TAZ
AXL
la expresión de ARNm, (B) la expresión de ARNm frente TAZ
CTGF
la expresión de ARNm, (C) la expresión de ARNm frente YAP
AXL
la expresión del ARNm, y (D) la expresión de ARNm frente YAP
CTGF
la expresión de ARNm en las GSE14333 conjuntos de datos de cáncer de colon, y de expresión (e) TAZ ARNm frente a
AXL
la expresión de ARNm, ( F) la expresión de ARNm frente TAZ
CTGF
la expresión de ARNm, (G) la expresión de ARNm frente YAP
AXL
la expresión del ARNm, y (H) la expresión de ARNm frente YAP
CTGF
la expresión del ARNm en los conjuntos de datos GSE17538 de cáncer de colon.
TAZ, pero no YAP, la expresión del ARNm es un predictor de supervivencia de los pacientes
en los 226 pacientes cuyos datos estaban disponibles supervivencia del cáncer de colon GSE14333 cohorte de pacientes, un alto nivel de expresión de ARNm TAZ se correlacionó significativamente con una menor supervivencia (nivel alto: la supervivencia media = 72,3 meses, 95% intervalo de confianza (IC) = 63-81 meses; bajo nivel: la supervivencia media = 129 meses; IC del 95% = 121-136 meses,
p Hotel & lt; 0,001; Figura 2A). Mediante análisis de regresión de Cox, la expresión de ARNm TAZ se correlacionó significativamente con la supervivencia (razón de riesgo (HR) = 2,251; IC del 95% = 1,626 a 3,116,
p Hotel & lt; 0,001; Figura 2C) en el cáncer de colon GSE14333 cohorte de pacientes. En el análisis multivariante (Figura 2C), la expresión de ARNm TAZ (HR = 2,062; IC del 95% = 1,472 a 3,116,
p Hotel & lt; 0,001) y la estadificación tumoral (
p Hotel & lt; 0,001) son los dos predictores independientes de la supervivencia de la misma generación. Del mismo modo, un alto nivel de expresión de ARNm TAZ se correlacionó significativamente con una menor supervivencia del paciente en la cohorte de pacientes de cáncer de colon GSE17538 (nivel alto: la supervivencia media = 84 meses, IC del 95% = 72-96 meses; bajo nivel: La supervivencia media = 109 meses , IC del 95% = 97-120 meses,
p = 0,011
; Figura 2B). Por Cox-regresión, la expresión de mRNA TAZ es un predictor de la supervivencia en esta cohorte (CI HR = 1,743, 95% = 1,177 a 2,582,
p
= 0,006; Figura 2D). El análisis de regresión de Cox-Mulivariate también mostró que la expresión de ARNm TAZ (HR = 1,998; IC del 95% = 1,245 a 3,205,
p = 0,004
; Figura 2D) fue un predictor independiente de supervivencia, junto con la etapa (
p Hotel & lt; 0,001) y grado (
p
= 0,03) de los cánceres en esta cohorte de pacientes de cáncer de colon. Por otro lado, la expresión de mRNA YAP no se correlacionó significativamente con la supervivencia de los pacientes por análisis de Kaplan-Meier (GSE14333:
p
= 0,519; Figura 2E y GSE17538:
p
= 0,634; Figura 2F ) o mediante análisis de regresión de Cox-(GSE14333:
p = 0,673
; Figura 2G y GSE17538:
p = 0,979
; Figura 3H), ya sea en el conjunto de datos. Estos resultados sugieren que la expresión de ARNm TAZ es un nuevo marcador de pronóstico para los pacientes de cáncer de colon, pero no es YAP.
análisis de Kaplan-Meier para la expresión de ARNm en TAZ (A) GSE14333 y (B) GSE17538 de colon de pacientes de cáncer conjuntos de datos . los análisis de regresión de Cox univariante y multivariante para la expresión de ARNm TAZ, la edad, el estadio del tumor y el grado del tumor en (C) GSE14333 y (D) GSE17538 de colon de pacientes de cáncer conjuntos de datos. análisis de Kaplan-Meier para la expresión de ARNm en YAP (E) y (F GSE14333) GSE17538 pacientes con cáncer de colon conjuntos de datos. los análisis de regresión de Cox univariante y multivariante para la expresión de ARNm TAZ, la edad, el estadio del tumor y el grado del tumor en (G) y (H GSE14333) GSE17538 cáncer de colon de pacientes conjuntos de datos.
análisis de Kaplan-Meier para
AXL
la expresión de ARNm en (a) GSE14333 y (B) GSE17538 de colon de pacientes de cáncer conjuntos de datos. análisis de regresión univariante y multivariante de Cox para
AXL
la expresión del ARNm, la edad, el estadio del tumor y el grado del tumor en (C) GSE14333 y (D) GSE17538 de colon de pacientes de cáncer conjuntos de datos. análisis de Kaplan-Meier para
CTGF
la expresión del ARNm de (E) GSE14333 y conjuntos de datos de pacientes (F) GSE17538 de cáncer de colon. análisis de regresión univariante y multivariante de Cox para
CTGF del tour expresión del ARNm, la edad, el estadio del tumor y el tumor en (G) y (H GSE14333) GSE17538 de colon de pacientes de cáncer conjuntos de datos.
Tanto AXL y CTGF, los genes diana de Taz y YAP, son predictores de supervivencia de los pacientes
Para investigar si el resultado funcional del programa transcripcional mediada por TAZ y YAP confiere valor pronóstico en pacientes con cáncer de colon, analizamos si el ARNm expresión de AXL y CTGF, dos de los genes diana más bien definidos de complejos TAZ /YAP-Tead, se correlaciona con la supervivencia de los pacientes en las dos cohortes de pacientes con cáncer de colon.
expresión de ARNm de alto nivel de AXL correlaciona con una cáncer de colon menor tiempo de supervivencia del paciente en la cohorte GSE14333, aunque esta correlación no fue significativa (nivel alto: la supervivencia media = 80 meses, IC del 95% = 71-88 meses; bajo nivel: la supervivencia media = 114 meses; IC del 95% = 101 -129 meses,
p = 0,064
; Figura 3A). En la cohorte GSE17538, la expresión de ARNm alto nivel de AXL se correlacionó significativamente con la supervivencia más corta (nivel alto: la supervivencia media = 84 meses, IC del 95% = 72-96 meses; bajo nivel: la supervivencia media = 104 meses; IC del 95% = 94 -114 meses,
p = 0,004
; Figura 3B). Mediante análisis de regresión de Cox, la expresión de ARNm AXL fue un predictor de supervivencia de los pacientes, tanto en el GSE14333 (HR = 1,839; IC del 95% = 1,230 a 2,748,
p = 0,003
; Figura 3C) y el GSE17538 (HR = 2,158, IC del 95% = 1,141 a 4,081,
p = 0,018
; cohortes Figura 3D). En la cohorte GSE14333, la expresión de ARNm AXL (HR = 1,631; IC del 95% = 1,076 a 2,471,
p = 0,021
; Figura 3C) fue un predictor independiente de supervivencia de los pacientes con tumor de puesta en escena (
p
& lt; 0,001), mientras que en la cohorte GSE17538, la expresión de ARNm AXL (HR = 3,700; IC del 95% = 1,665 a 8,220,
p = 0,001
; Figura 3D) era un predictor independiente de supervivencia de los pacientes en conjunto con la etapa (
p Hotel & lt; 0,001). y grado (
p = 0,055
) de los cánceres
se obtuvieron resultados similares para CTGF. Un alto nivel de expresión de mRNA CTGF se correlacionó significativamente con la supervivencia del paciente más corto en tanto GSE14333 (nivel alto: la supervivencia media = 87 meses, 95% CI = 74-102 meses; bajo nivel: la supervivencia media = 98 meses, 95% CI = 88 -108 meses,
p = 0,012
; Figura 3E) y GSE17538 (nivel alto: la supervivencia media = 85 meses, IC del 95% = 73-97 meses; bajo nivel: la supervivencia media = 105 meses, 95% IC = 95-114 meses,
p = 0,004
; cohortes Figura 3F). análisis de regresión de Cox univariante también mostró que la expresión de CTGF mRNA fue un predictor de supervivencia de los pacientes en ambos grupos (GSE14333: HR = 1,667; IC del 95% = 1,260 a 2,232,
p Hotel & lt; 0,001; Figura 3G y GSE17538 : HR = 1,433; IC del 95% = 1,126 a 1,825,
p = 0,004
; Figura 3H). Por otra parte, la expresión de CTGF mRNA es un predictor independiente de supervivencia en ambas cohortes (GSE14333: HR = 1,543; IC del 95% = 1,155 a 2,061,
p Hotel & lt; 0,001; Figura 3G y GSE17538: HR = 1,902, 95 % CI = 1,385 a 2,612,
p Hotel & lt; 0,001; Figura 3H), junto con la etapa (GSE14333:
p Hotel & lt; 0,001 y GSE17538:
p Hotel & lt; 0,001 ) y grado (GSE17538:.
p
= 0,053) de los cánceres
TAZ, AXL y CTGF se pueden utilizar en combinación para predecir la supervivencia del paciente de cáncer de colon
Como se describe por encima de, la expresión de TAZ,
AXL
y
CTGF
todos los correlaciona con la supervivencia del paciente de cáncer de colon. Se investigó además si su expresión podría ser utilizado en combinación como un marcador de pronóstico para pacientes con cáncer de colon. En la cohorte GSE14333, los pacientes cuyos tumores tenían bajo nivel de expresión de los tres genes tenían una supervivencia de 117 meses (IC del 95% = 110-123 meses) significaría, mientras que aquellos cuyos tumores sobreexpresan solo uno de los tres genes también tuvo una media la supervivencia de 117 meses (IC del 95% = 101-132 meses). Los pacientes cuyos tumores tenían un alto nivel de expresión de dos de los tres genes tenían una supervivencia media de 65 meses (IC del 95% = 57-74 meses), mientras que aquellos cuyos tumores tenían un alto nivel de expresión de los tres genes tenían una supervivencia media tiempo de 72 meses (IC del 95% = 60-84 meses). El tiempo de supervivencia de los pacientes entre estos cuatro subgrupos fueron significativamente diferentes (
p
= 0,001; figura 4A). En el análisis de regresión de Cox, utilizando el subgrupo que contiene los pacientes cuyos tumores tenían una baja expresión de los tres genes como un grupo de referencia, se encontró que los pacientes cuyos tumores sobreexpresan uno (HR = 3,953; IC del 95% = 1,070 a 14,607,
p = 0,039
), dos (HR = 6,503; IC del 95% = 1,894 a 22,330,
p = 0,003
) o todos los tres genes (HR = 7,656; IC del 95% = 2,287 a 25,628,
p = 0,001
) tenían un riesgo creciente para la progresión de la enfermedad (Figura 4C).
los pacientes fueron divididos en 4 grupos de acuerdo con el número de genes que se sobreexpresa (expresada por encima de la mediana ) entre TAZ,
AXL
y
CTGF
. análisis de Kaplan-Meier para la expresión TAZ-AXL-CTGF mRNA en (A) y (B GSE14333) GSE17538 de colon de pacientes de cáncer conjuntos de datos. los análisis de regresión de Cox univariante y multivariante para la expresión TAZ-AXL-CTGF mRNA, la edad, el estadio del tumor y el grado del tumor en (C) GSE14333 y (D) GSE17538 de colon de pacientes de cáncer conjuntos de datos.
Se obtuvieron resultados similares en la cohorte de pacientes GSE17538. Los pacientes cuyos tumores expresaron los tres genes, a bajo nivel tenían una supervivencia media de 108 meses (IC del 95% = 97-119 meses), aquellos cuyos tumores tenían un alto nivel de expresión de uno de los tres genes tenían una supervivencia del 88 significaría meses (IC del 95% = 72-104 meses), aquellos cuyos tumores sobreexpresan dos de los tres genes tenían una supervivencia media de 99 meses (IC del 95% = 78-121 meses), mientras que aquellos cuyos tumores sobreexpresan los tres genes tenían una el tiempo de supervivencia de 77 meses (IC del 95% = 63-91 meses) significa. El aumento de la incidencia de la sobreexpresión de estos tres genes resultó en una supervivencia significativamente más corta en estos pacientes (análisis de Kaplan-Meier,
p = 0,01
; Figura 4B). análisis de regresión de Cox utilizando los tumores que sobreexpresan ninguno de los tres genes como referencia reveló que los pacientes cuyos tumores sobreexpresan uno (HR = 1,675, IC del 95% = 0,75 a 3,741,
p = 0,203
), dos (HR = 1.770, IC del 95% = 0.790 = 3.966,
p = 0,166
) y todos los tres genes (HR = 2,807; IC del 95% = 1,482 a 5,317,
p = 0,002
) tenía un mayor riesgo de progresión de la enfermedad (Figura 4D)
de hecho, los pacientes cuyos tumores expresado TAZ,
AXL
y
CTGF
mRNA en niveles bajos (GSE14333:. supervivencia media = 117 meses; IC del 95% = 110-123; GSE17538: supervivencia media = 108 meses, IC del 95% = 95-121 meses) tuvieron una supervivencia superior en comparación con aquellos cuyos tumores sobreexpresan todos los tres genes (GSE14333: supervivencia media = 96, 95 % CI = 84 a 108,
p Hotel & lt; 0,001; GSE17538:. = supervivencia media de 91 meses, 95% CI = 81-101 meses,
p = 0,037
; Figura S1)
ni la edad ni el sexo de los pacientes fue el factor que determina el número de TAZ, AXL y CTGF que sobreexpresa en el cáncer de colon, ya sea cohorte de pacientes. expresión TAZ-AXL-CTGF solamente fue significativamente menor en los tumores de la etapa A en comparación con los tumores de otras etapas (
p = 0,022
), pero no fueron significativamente diferentes entre las otras etapas de GSE14333. En GSE17538, la expresión TAZ-AXL-CTGF no fue significativamente diferente entre los estadios del AJCC o grados tumorales. Cuando los pacientes fueron estratificados por su etapa, se encontró que la expresión TAZ-AXL-CTGF todavía se correlacionó significativamente con una mala supervivencia en pacientes con tumores en estadios superiores. En GSE14333, aumento del número de genes sobreexpresados entre TAZ, AXL y CTGF se correlacionó significativamente con una menor supervivencia (HR = 1,414; IC del 95% = 1,031 a 1,938,
p = 0,032
) en pacientes con tumores en estadio C . Resultados similares se obtuvieron en GSE17538, en el cual, la expresión TAZ-AXL-CTGF se asoció con una peor supervivencia en pacientes con tumores de alto grado y el estadio superior.