Extracto
El cáncer de próstata es el cáncer no cutáneo más común y la segunda causa de mortalidad relacionada con el cáncer entre hombres en los Estados Unidos. Hay una fuerte evidencia empírica y epidemiológica apoyar un papel más importante de la genética en el cáncer de próstata de inicio temprano. Se realizó un análisis de asociación del genoma del cáncer de próstata de inicio temprano. Los aspectos novedosos de este estudio incluyen el enfoque en la enfermedad de aparición temprana (definidos como los hombres con cáncer de próstata diagnosticado antes de los 56 años) y el uso de los datos de control de genotipo públicamente disponibles de estudios de asociación de genoma anteriores. Encontramos de todo el genoma significativa (p & lt; 5 × 10
-8) evidencia de variantes en 8q24 y 11p15 y fuerte evidencia de apoyo para un número de loci se informó anteriormente. Hemos encontrado poca evidencia de los resultados de asociación inflados individuales o sistemáticas resultantes del uso de controles públicos, lo que demuestra la utilidad de usar datos de control públicos en estudios de asociación genética a gran escala de las variantes comunes. Tomados en conjunto, estos resultados demuestran la importancia de las variantes genéticas comunes establecidas para el cáncer de próstata de inicio temprano y el poder de la inclusión de casos-aparición temprana de cáncer de próstata en los estudios de asociación genética
Visto:. Lange EM, Johnson AM, Wang Y, Zuhlke KA, Lu Y, Ribado JV, et al. Scan Asociación (2014) de genoma completo de variantes asociadas con el inicio temprano del cáncer de próstata. PLoS ONE 9 (4): e93436. doi: 10.1371 /journal.pone.0093436
Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Estados Unidos de América
Recibido: 12 Diciembre, 2013; Aceptó 3 de marzo de 2014; Publicado: 16 Abril 2014
Derechos de Autor © 2014 Lange et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. El apoyo fue proporcionada por el NIH subvenciones proyecto de investigación: R01-CA136621, R01-F023000 y NCI SPORE P50-CA69568. La fuente de financiación no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer de próstata (CaP) es la principal causa de mortalidad por cáncer en los hombres. En 2013, se estima que 238,590 hombres serán diagnosticados con y 29.720 hombres morirán de la enfermedad [1]. Aproximadamente 1 de cada 6 hombres serán diagnosticados con CaP durante su vida sobre la base de las actuales tasas de incidencia [1], [2]. Los principales factores de riesgo reconocidos para CaP están aumentando la edad, ascendencia africana e historia familiar positiva
.
Todo el genoma de asociación (GWA) estudios y estudios de seguimiento han identificado y replicado ~ 65 polimorfismos de nucleótido único (SNPs) que están asociados con CaP en hombres de ascendencia europea [3] - [17]. La mayoría de estos estudios han incluido casos de CaP principalmente de edad avanzada, lo que refleja la demografía de la enfermedad, así como, en algunos casos, las limitaciones de diseño del estudio. Para la mayoría de los trastornos complejos, incluyendo los cánceres comunes, temprana edad al momento del diagnóstico es un marcador de formas hereditarias de la enfermedad. Entre las familias con CaP hereditarios, enfermedad se diagnostica 6-7 años menor que la enfermedad esporádica y el riesgo de CaP aumenta con la disminución de la edad de los miembros de la familia afectados [18]. Además, los estudios han sugerido que los hombres diagnosticados con CaP más temprano en la vida son más propensos a morir por su enfermedad en comparación con los hombres, con características clínicas similares de la enfermedad, diagnosticados a una edad avanzada [19], [20]. Para evaluar la importancia de las variantes genéticas comunes a inicio temprano de CaP, se realizó un estudio de GWA para el inicio temprano del CP, que se define aquí como CaP diagnosticado antes de la edad de 56 años, en 931 hombres de ascendencia europea que fueron diagnosticados con CaP en un promedio edad de 49,7 años y 4120 controles de ascendencia europea. Este estudio representa el mayor estudio hasta la fecha GWA se centra específicamente en los hombres con inicio temprano de CaP.
Materiales y Métodos
Declaración de Ética
La Universidad de Michigan ha revisado y IRBMED aprobó la revisión continua programada (SCR), presentado por la Universidad de Michigan de próstata Proyecto de Genética del cáncer. El IRB determina que la investigación propuesta continúa ajustándose a las directrices aplicables, del estado y federales, y la Universidad de Federal en todo el Aseguramiento de Michigan (FWA) con el Departamento de Salud y Servicios Humanos (HHS). Todos Universidad de Michigan sujetos incluidos en este estudio dieron su consentimiento informado por escrito para participar en el estudio; los documentos de los protocolos y de consentimiento fueron aprobados por la Junta de Revisión Institucional de la Universidad de Michigan Medical School
.
Genotipo datos de muestras de seguimiento para este estudio se obtuvieron de la Universidad Johns Hopkins (JHU). Esta propuesta de investigación sujetos humanos fue revisado y aprobado por el Consejo de Medicina Johns Hopkins de Revisión Institucional (IRB JHM). JHU caso de ADN CaP se obtuvieron a partir de muestras patológicas sin identificación y determina, por JHM IRB, estando exentos de la exigencia del consentimiento por escrito u oral. Las muestras de ADN de seguimiento de control se obtuvieron de CaP proyectará los hombres negativos para la enfermedad. Todos los controles JHU escrito el consentimiento informado; los documentos de los protocolos y de consentimiento fueron aprobados por JHM IRB. Los análisis para este estudio se llevaron a cabo en la Universidad de Carolina del Norte en Chapel Hill usando datos sin identificación. La Universidad de Junta de Revisión Institucional de Carolina del Norte aprobó el estudio propuesto. Se firmaron acuerdos de transferencia de material de datos entre los funcionarios de la Universidad de Carolina del Norte, Universidad de Michigan y la Universidad Johns Hopkins.
muestras de estudio
La muestra final incluyó 931 casos de estudio ha determinado el genotipo sin relación de aparición temprana casos de CaP (diagnosticados antes de la edad de 56 años) de origen europeo de la Universidad de Michigan de próstata Proyecto de Genética del cáncer (UM-PCJP). La información descriptiva acerca de los casos se presenta en la Tabla 1. El (desviación estándar) de edad media y la mediana (rango) de diagnóstico de cáncer de próstata en estos 931 casos fue de 49,7 (4,1) años y 50 (27-55) años, respectivamente. Es de destacar que esta muestra de hombres se enriquece por la historia familiar positiva (576/931 o el 61,9%, con declaración a los parientes de primer o segundo grado con CaP), en parte consecuencia de algunas muestras (n = 127) siendo comprobada de familias incluidas en la UM la vinculación estudio -PCGP en CaP hereditario. Las descripciones de las familias con CaP hereditarios UM-PCJP se pueden encontrar en otro lugar [21], [22]. Un total de 351 casos provenían de familias que había ADN recogidas en varios casos; 817/931 casos eran o bien probandos familiares o detectada directamente debido a temprana edad al momento del diagnóstico. En las familias que tenían más de un caso CaP diagnosticado antes de la edad de 56 años, sólo el caso más joven disposición se incluyó en el estudio actual. Las características clínicas de los casos de aparición temprana PCA-UM-PCJP se presentan en la Tabla 1.
controles no relacionados con SNP datos del estudio GWA fueron seleccionados de los recursos a disposición del público a través dbGaP (www.ncbi.nlm.nih. gov /GAP) y Illumina (www.illumina.com). Se han seleccionado los controles de tener ascendencia europea informó y genotipo de datos generados a partir de una plataforma comercial estudio GWA similar a la plataforma utilizada en casos UM-PCJP. Para mantener los resultados de los estudios independientes CaP GWA publicados antes, los controles públicos que se utilizaron en estos estudios previos CaP fueron excluidos de la consideración. Los controles, que incluyeron las mujeres, no eran, hasta donde sabemos, proyectado por el CP. Controles vinieron de la genética del cáncer marcadores de susceptibilidad (CGEMS) (n = 1135) Estudio de GWA para el cáncer de mama [23] y la base de datos iControlDB de Illumina (n = 2985) (www.Illumina.com). Sólo el cáncer de mama CGEMS
controles
fueron incluidos. información descriptiva limitada, incluyendo la edad, el sexo y ascendencia, sobre temas seleccionados iControlDB se puede obtener de la página web Illumina. La razón para incluir controles de las mujeres se proporciona en la Discusión. También se realizaron análisis separados incluyendo sólo los sujetos masculinos iControlDB
Un subconjunto de nuevos SNPs. (p & lt; 5,0 x 10
-5 y no se informó previamente a asociarse con CaP) fueron analizados en una muestra adicional de 2571 casos no relacionados PCA (1053 diagnosticados antes de la edad de 56 años) y 921 controles seleccionados de ascendencia europea-de la Universidad Johns Hopkins (véase Ewing et al. [24] para la descripción de los sujetos).
Genotipado
938 casos de CaP de aparición temprana UM-PCJP europeos-americanos fueron genotipo inicialmente en la Universidad Wake Forest usando BeadChip v1.1 HumanHap 660W-Quad de Illumina. controles de cáncer de mama CGEMS se genotipo previamente usando de Illumina HumanHap550v1 [23]. Los sujetos fueron genotipo iControlsDB previamente usando HumanHap550v1 de Illumina (n = 1478) o HumanHap550v3 (n = 1507) plataformas de genotipado comerciales. genotipificación el seguimiento de los sujetos JHU se llevó a cabo en la Universidad Wake Forest usando el sistema de Sequenom. Todos los procedimientos seguidos guía del fabricante IPLEX Aplicación (Sequenom, Inc. SanDiego, CA) y todos los reactivos de ensayo se adquirieron de Sequenom. Para garantizar la calidad de la determinación del genotipo, en torno al 2% de los duplicados de muestras y el 2% de los controles negativos, en la que se sustituyó el agua por ADN, se aplicaron.
Análisis estadísticos
Calidad de Genotipado control de la metodología (QC) se aplica de manera uniforme a todas las muestras. Para reducir el posible impacto de sesgo debido a la "batch" efectos de determinación del genotipo, el genotipo SNP perder llamadas en & gt; 2% de los sujetos en
cualquier
de los cuatro grupos de muestras (casos UM-PCJP, controles de cáncer de mama CGEMS, se excluyeron Illumina iControls V1 o iControls V3). Los sujetos que faltan & gt; También se excluyeron 5% de las llamadas SNP genotipo. Para los casos de UM-PCJP, genotipificación llamadas entre HumanHap 660W-Quad resultados v1.1 BeadChip de Illumina y 14 SNPs previamente genotipo utilizando TaqMan [25] se compararon para verificar la identidad de la muestra y para evaluar la concordancia general de genotipo llamadas entre las dos plataformas. Además, se incluyeron 21 muestras por duplicado para evaluar la concordancia de genotipo llamadas con HumanHap 660W-Quad resultados v1.1 BeadChip del Illumina. El personal de laboratorio fueron cegados a la identidad de los duplicados. ascendencia europea para todos los sujetos, incluidos los controles, se verificó mediante la mezcla de software [26]; sujetos con ascendencia identificado erróneamente aparente o ascendencia mixta fueron eliminados de la consideración.
El genotipo imputación se realizó para ampliar la cobertura de variantes en nuestro estudio GWA a SNPs que no fueron incluidos en BeadChip v1.1 HumanHap 660W-Quad o de Illumina que se incluyeron en el BeadChip pero se perdieron durante el control de calidad, utilizando el paquete de software Mach [27], [28]. imputación genotipo se realizó por separado incluyendo HapMap SNPs de la Fase II (muestras de referencia CEU) y HapMap fase III (muestras de referencia CEU + TSI). genotipo de datos imputados fueron analizadas como valores de dosificación (número esperado de copias de los alelos de menor importancia) en modelos de regresión logística implementadas en Mach2dat [28]. Los modelos de regresión logística incluyen el ajuste de covarianza para los 10 primeros componentes principales de ascendencia y /o lotes efectos. Análisis de componentes principales se realizó utilizando el software Eigenstrat [29] en la muestra combinada de casos y controles utilizando un desequilibrio de unión (LD) podado conjunto de SNPs. Todos los datos de genotipo para SNP que fueron excluidas debido al control de calidad de los análisis debido a las tasas de genotipo-desaparecidos en uno o más de los cuatro conjuntos de muestras fueron llevados a cero en todos los conjuntos de muestras de cuatro de destino antes de la imputación para reducir la posibilidad de efectos genotipo lotes que afectan a la resultados de la asociación de SNP a base de imputación. Se ha dado preferencia a la Fase III resultados de imputación cuando un SNP fue imputado con éxito utilizando muestras tanto de la Fase II y Fase III HapMap. todo el genoma importancia se definió como p & lt; 5,0 x 10
-8. variantes del cromosoma X no fueron imputados. analiza
Asociación sola variante de SNP datos directamente genotipo también se realizaron utilizando el software de PLINK [30]. Modelos de regresión logística se analizaron sistemáticamente con el ajuste de covarianza para los 10 primeros componentes principales derivados de Eigenstrat. Solamente los SNPs que se genotipo & gt; se incluyeron tasa de 98% en los cuatro grupos de muestras en el genotipo SNP-análisis. análisis cromosoma X se realizaron en directo SNPs genotipo y limitados para incluir sólo los sujetos masculinos iControlDB 1126
Un subconjunto de SNPs alcanzando p. & lt; 5 × 10
-5 en el estudio GWA se realizó un seguimiento en una muestra independiente de 2571 casos de CaP y 921 controles seleccionados de la Universidad Johns Hopkins. SNPs se analizaron individualmente utilizando pruebas de chi-cuadrado. el análisis de subconjuntos se llevaron a cabo los casos que restringen a los (n = 1.053) con diagnóstico de CaP antes de la edad de 56 años.
Resultados
592,652 SNPs se genotipo en 938 casos UM-PCJP Europea-americanos no relacionados con la aparición temprana de CaP. Se llevaron a cabo análisis de control de calidad para evaluar la precisión general y la integridad de los datos de genotipo. Cinco sujetos UM-PCJP fueron retirados por el genotipo tasa baja (& lt; 95% de los SNP con genotipo de datos). Dos temas adicionales UM-PCJP tenían grandes proporciones estimadas de ascendencia no europea y se retiraron. Después de la retirada de la muestra, un total de 931 casos de UM-PCJP CaP no relacionados pasó del control de calidad y se incluyeron en el estudio. las tasas de concordancia entre el genotipo HumanHap 660W-Quad BeadChip v1.1 y llamadas genotipo Taqman era & gt; 99% y la concordancia interna de HumanHap 660W-Quad llamadas v1.1 BeadChip en 21 pares de duplicados era & gt;. 99,99%
un total de 458,162 SNPs autosómicos con una tasa de éxito de genotipado & gt; 98% en cada muestra (UM-PCJP, controles de cáncer de mama, CGEMS iControls V1, V3 iControls) se incluyeron en el objetivo final establecido para la imputación genotipo. imputación genotipo permitió un total de 2,639,562 SNPs autosómicos, con Mach nivel de calidad imputación R
2 & gt; 0,3, para ser analizados para la asociación con CaP. Resultados en todo el genoma se ilustran gráficamente en la Figura 1 y los mejores resultados (p & lt; 1,0 x 10
-5) se presentan en la Tabla 2. El primer resultado fue una frecuencia del alelo raro (menor estima en el 1,5% en combinadas muestra de casos y controles) del cromosoma 13 SNP rs11839053 (p = 8,7 × 10
-10) basado en los datos de imputación HapMap fase II. Por las razones descritas en la discusión, creemos que el resultado de este SNP debe considerarse con precaución. Dos 8q24 establecidos SNP (rs10505477, p = 9,4 × 10
-9; rs6983267, p = 1,2 × 10
-8) y dos establecidos 11p15 SNPs (rs7126629, p = 2,3 × 10
-8; rs7114836, p = 3,7 × 10
-8) también alcanzó el genoma de toda importancia. Los mejores resultados novedosos eran para el cromosoma 18 SNP rs11664910 (p = 2,3 × 10
-6) y rs8064701 SNP cromosómicas 17q21-22 (p = 4,8 × 10
-6).
los resultados de los análisis de SNPs directamente con genotipo fueron consistentes con los resultados de los datos de genotipo imputados para SNPs incluidos en ambos conjuntos de datos (datos no mostrados). Es de destacar que rs6983267 también llegó a todo el genoma importancia en el genotipo SNP-análisis (p = 1,3 × 10
-8). Se observó poca evidencia de un error de tipo I inflado sistemática si se tiene en cuenta la distribución de todos los resultados (factor de inflación genómico 1.026) [31]. También se analizaron un total de 11.397 SNPs genotipo directamente en el cromosoma X; el hallazgo de la parte superior se encuentra en rs5906300 (p = 8,1 × 10
-5) y no hubo evidencia de ninguna inflación sistemática de error de tipo I a través del cromosoma X (factor de inflación Genómica = 1,00).
treinta y nueve SNPs se informó anteriormente a estar asociado con CaP en hombres de ascendencia europea, que se resumen en Goh et al. [32], se evaluó la evidencia confirmatoria en nuestro estudio de los hombres con enfermedad de aparición temprana (Tabla 3). Veintitrés de los 39 SNPs fueron al menos nominalmente significativa (p & lt; 0,05) en el presente estudio; todos tenían 23 direcciones de efecto consistente con los informes anteriores. Doce de los 16 SNPs que no alcanzaron significación nominal también tenían la dirección del efecto consistente con los informes anteriores. calidad imputación estimado para la gran mayoría de estos SNP fue excelente.
Los resultados de los análisis de asociación única incluyendo los 1126 sujetos masculinos iControlDB fueron similares a los obtenidos con la muestra de control de sexo combinado más grande. hallazgos significativos en todo el genoma se obtuvieron para los dos antes mencionado cromosoma 8q24 SNP (rs10505477, p = 1,7 × 10
-9; rs6983267, p = 1,8 × 10
-9) y el cromosoma 17 conocido
TCF2
-intronic rs4430796 SNP (p = 4,1 × 10
-8). De cromosomas 11p15 rs7126629 SNPs (p = 1,6 × 10
-6) y rs7114836 (p = 9,9 × 10
-6) y el cromosoma 13 SNP rs11839053 (p = 1,2 × 10
-4) no alcanzó el genoma de toda importancia cuando se utiliza la muestra de control más pequeño
Trece SNP independientes que demostraron fuerte asociación nominal con CaP. (definido aquí como p & lt; 5 × 10
-5), cuando se utiliza la muestra de control completo, y que no han sido previamente implicadas estar asociado con CaP se genotipo y la prueba de asociación con CaP en una muestra independiente de 2571 casos no relacionados europea de ascendencia CaP y 921 controles seleccionados de la Universidad Johns Hopkins. Cuando los resultados fueron similares entre la parte superior SNP imputado y un SNP genotipo directamente en la misma región, el SNP directamente genotipo fue seleccionado para su seguimiento. Sólo un SNP, rs11664910, alcanzó significación nominal (p & lt; 0,05); sin embargo, la dirección del efecto para este SNP no era coherente con el resultado del estudio GWA inicial (Tabla 4). Los resultados fueron similares cuando la restricción de la muestra de casos de seguimiento a los casos diagnosticados antes de la edad de 56 años (datos no mostrados).
Discusión
De 2005 a 2009, la edad media de diagnóstico de CaP en los Estados Unidos fue de 67 años y sólo ~ 10% de los casos fueron diagnosticados antes de la edad de 55 años [1]. Teniendo en cuenta la pequeña proporción de casos diagnosticados de CaP en este rango de edad, la mayoría de los estudios genéticos para CaP se concentran en los hombres diagnosticados con la enfermedad más adelante en la vida a pesar de la evidencia de que la temprana edad al momento del diagnóstico es un indicador del aumento de la susceptibilidad genética. Por ejemplo, un estudio realizado en Suecia ha demostrado que la historia familiar es particularmente importante en los hombres que tienen uno o más familiares de primer grado que fueron diagnosticados con CaP a una edad relativamente joven [19]. El riesgo relativo de desarrollar CaP para un hombre cuyo padre había sido diagnosticado de CaP a 60 años de edad fue estimada en 1,5. El riesgo relativo de desarrollar CaP aumentó a 2,5 si el padre fue diagnosticado antes de los 60 años de edad. Del mismo modo, si un hermano fue diagnosticado con CaP a los 60 años o más, entonces el riesgo relativo para un hombre el desarrollo de CaP se estimó en 2, mientras que el riesgo relativo fue estimado en 3 si ese hermano fue diagnosticado con CaP antes de los 60 años [19 ]. En un meta-análisis, se demostró que el riesgo de CaP a aumentar con la disminución de la edad al momento del diagnóstico del CP de un pariente de primer grado [20].
Se describe un estudio de GWA para CaP de aparición temprana basada en su totalidad de los casos diagnosticados con la enfermedad antes de la edad de 56 años. Una sola novela locus, el cromosoma 13 SNP rs11839053 (p = 8,7 × 10
-10), alcanzó la significación de todo el genoma (p & lt; 5 × 10
-8), a pesar de que instan a la precaución en la interpretación de este resultado (ver abajo). Un total de cuatro variantes en las regiones conocidas de asociación CaP alcanzó el genoma de toda importancia: dos variantes 8q24, rs6983267 (p = 9,5 × 10
-9) y rs10505477 (p = 9,4 × 10
-9), y 11p15 dos variantes, rs7126629, (p = 2,3 x 10
-8) y rs7114836, (p = 3,7 × 10
-8). Además de estos loci, hubo una fuerte evidencia de apoyo a un número de loci CaP previamente establecido (Tabla 3). Es de destacar que para los loci establecido los odds ratios observados fueron comparables a los odds ratios en los estudios iniciales de descubrimiento a pesar de las estimaciones de odds ratio probable hacia arriba sesgados en los informes originales, debido al fenómeno de "maldición del ganador" en el descubrimiento de SNP asociación [33] y el uso de los controles de las hembras y machos no controlados en el estudio actual.
en este informe, se observó una novedosa asociación significativa para el cromosoma 13 SNP rs11839053 basado en la Fase II del HapMap datos de imputación (p = 8,7 × 10
-10). Hemos observado una fuerte discrepancia entre los resultados de la Fase II del HapMap (p = 1,0 × 10
-9) y la Fase III (p = 0,98) resultados de imputación de la vecina SNP rs11843540, que es fuerte en LD con rs11839053 (R
2 = 1,0 en muestras HapMap CEU Fase II). Rs11839053 no se genotipo en HapMap muestras de fase III. La fuerte discrepancia entre los resultados de rs11843540 en base a la Fase II y Fase III datos de imputación fue la única gran diferencia observada entre estos dos conjuntos de datos a través de todos los SNPs que fueron imputados utilizando las dos muestras de referencia; resultados también fueron muy concordantes entre los SNPs genotipo e imputados (correlaciones de Spearman: 0,98, 0,98, 0,96, entre los resultados de la Fase II versus el genotipo, la Fase III en relación con el genotipo, y la Fase III frente a la Fase II, respectivamente). Curiosamente, también se observó el resultado significativo en rs11839053 cuando la restricción de los análisis a los controles de cáncer de mama CGEMS y en el análisis de genotipo de datos imputados generados utilizando datos del proyecto 1000 Genomas (3
er de liberación) como el panel de referencia (datos no mostrados). Observamos que las cualidades de imputación para rs11839053 y rs11843540 eran relativamente pobres (r
2~0.6 en todos los paneles de referencia para cada SNP), se observó poca evidencia de asociación (todos p & gt; 0,001) para los SNPs directamente genotipo en los 500 kb región que rodea inmediatamente los dos SNPs, y que no observó ninguna evidencia de asociación en rs11839053 en nuestro estudio de seguimiento de 2571 casos y 921 controles seleccionados de la Universidad Johns Hopkins (Tabla 3). Si bien nuestro estudio el uso de controles públicos parecía tener un buen control global de error de tipo I, cualquier resultado individual debe ser considerado sospechoso. No está claro si el resultado en rs11839053 en nuestro estudio GWA es un artefacto de la utilización de datos de genotipo de control público (es decir, "por lotes" efectos de uno o más con genotipo SNP en la imputación impactando región) o una señal verdadera. . Los estudios futuros serán necesarios para confirmar el resultado de asociación antes de que el locus debe considerarse como un locus CaP legítima
Se identificaron 12 regiones novedosas adicionales que contenían variantes que tenían evidencia sugerente de asociación (definidos aquí como p & lt; 5 x 10
-5). Un SNP fue elegido representante en cada región y seguimiento en las muestras JHU; hay evidencia significativa de apoyo cualquiera de los resultados en el estudio inicial se observó (Tabla 3). Podría decirse que el resultado más interesante entre estos doce loci fue para el cromosoma 17q21-22 imputada rs8064701 SNP rs7225566 SNP y en las inmediaciones directamente genotipo. Recientemente hemos descubierto un raro missense variante, G84E /rs138213197, en
HOXB13 Windows que está asociado con CaP [24]. La variante G84E es ~1.2 proximal Mb para rs8064701 y rs7225566. Entre los 931 casos en el estudio actual (que también se incluyeron en el
HOXB13
informe inicial), 23 (~ 2,5%) llevado el alelo variante a
HOXB13
. Se realizó la determinación del haplotipo de largo alcance usando FastPhase2 [34] y identificó un único haplotipo de largo alcance que contenía todos los alelos variantes G84E 23 (un solo caso sin el alelo variante también se prevé que tenga el mismo haplotipo de largo alcance). La frecuencia del alelo menor de edad (riesgo) para rs7225566 en el estudio GWA fue 15% en los casos y el 11% en los controles. Quince de los 23 casos que llevan el
HOXB13
G84E riesgo alelo también se llevaron el alelo menor riesgo /rs7225566, incluyendo uno homocigoto. Estos resultados sugieren que las asociaciones nominalmente significativas observadas en rs8064701 y rs7225566 se deben en parte al desequilibrio de ligamiento con
HOXB13
G84E. Si bien hubo un ligero aumento en la frecuencia del alelo de riesgo rs7225566 en los datos JHU (11% de los casos frente al 10% en los controles), el resultado no alcanzó significación estadística. Por último, observamos que rs7225566 es ~362 kb distal de rs7210100, una variante poco frecuente que fue identificado anteriormente a estar asociado con CaP en un estudio de GWA de los afroamericanos [35]. Rs7210100 no se genotipo directa o imputada éxito, debido a la ausencia de portadores de raza blanca en los paneles de referencia HapMap, en nuestras muestras de estudio de GWA. La ausencia /rareza del alelo de riesgo para rs7210100 en las poblaciones de ascendencia europea sugiere fuertemente nuestro hallazgo en rs7225566 es independiente de esta variante informado anterior. Es de destacar que, como se informó anteriormente (material complementario de Ewing et al. [24]), entre los 24 portadores del alelo de riesgo rs7210100 afroamericanos, ninguno llevaba el
HOXB13
G84E riesgo alelo.
Nuestro descubrimiento estudio inicial incluyó datos de control de genotipo única públicamente disponibles en contraste con el uso de una muestra de control apantallado emparejados por edad estándar de oro. La UM-PCJP, siendo un estudio basado en la familia y de casos y solamente, no tiene acceso a una muestra de control grandes ideales de la misma población que los casos. errores de clasificación de la enfermedad, lo que probablemente se produciría a tasas más altas cuando se utiliza los datos de control comunes, puede causar una reducción en el poder estadístico para detectar loci genéticos realmente asociada. La mayor parte del público genotipo de datos de control disponibles provienen de estudios con muy poca información sobre el estado de CaP. Mientras que sí existe a disposición del público los datos genéticos en el CP proyectará controles de los anteriores estudios de GWA CaP, hemos elegido para evitar el uso de los controles de estos estudios con el fin de obtener resultados independientes. Nosotros, y otros [36] - [39], hemos demostrado que los estudios de asociación genética, incluyendo un mayor número de controles no apantallados en general tienen una mayor potencia para el descubrimiento de que los estudios utilizando un menor número de controles seleccionados proporciona la tasa de errores de clasificación de la enfermedad no es alto. Para los análisis primarios, se optó por incluir ambos controles públicos masculinos y femeninos a través de una muestra de control se limita a los machos no analizados. La prevalencia de diagnóstico de CaP en los hombres europeos-americanos menores de 56 años de edad es de menos del 1%, lo que la tasa de errores de clasificación de la enfermedad, tanto para nuestro macho y controles públicos femeninos no debe ser mucho más grande de lo que hubiera sido por emparejados por edad controles seleccionados de este grupo de edad.
El estudio actual incluye un gran número de hombres con antecedentes familiares de la enfermedad (576/931 tuvieron un primer o segundo grado con CaP). Algunos de enriquecimiento ha sido directamente debido a los criterios de determinación, pero lo más probable es atribuido al aumento de las tasas de la enfermedad, debido tanto a la susceptibilidad genética y la detección mejorada, en familias con enfermedad de aparición temprana. Este estudio se suma a la creciente evidencia de que los estudios GWA variantes comunes desempeñan un papel importante en la familiar y de inicio temprano CaP [17], [25], [40], [41]. A medida que nuevas mutaciones de alta penetrancia se detectan a través de secuenciación de próxima generación, la evaluación de la importancia relativa de variantes de riesgo comunes y raras mutaciones a la agrupación familiar de la enfermedad se convertirá en un área apasionante de la investigación. Por ejemplo, Karlsson et al. [42] demostraron recientemente que la realización de un
HOXB13
G84E mutación [24], que se produce a una frecuencia de ~1.3% en Suecia, es más fuertemente asociado con hereditaria (OR = 6,6) y de aparición temprana (OR = 8,6) CaP y que el riesgo para los portadores de la mutación G84E de desarrollar la enfermedad se incrementa de manera significativa para aquellos que llevan una mayor carga de variantes de estudio de GWA comunes establecidos.
En conclusión, se describen los resultados de la primera etapa de un dos GWA estudio -Etapa de inicio temprano CaP. Nuestro estudio de diseño de dos etapas sigue la estrategia descrita por Ho y Lange [39], lo que aumenta el poder de casos y controles tradicionales estudios de asociación mediante la incorporación de datos de genotipo de control público en la fase de descubrimiento de la etapa 1. Como es el caso para cualquier estudio basado en datos de control público, se debe tener cuidado en la interpretación de cualquier resultado individual debido a factores tales como los efectos de lotes de genotipado y las presiones selectivas diferenciales entre las poblaciones, que son difíciles de controlar por completo de forma experimental o analíticamente. Nuestros resultados proporcionan una prueba del principal que el diseño de estos estudios es razonable, dada la fuerte evidencia en una serie de loci CaP previamente establecido y la falta de pruebas, con la posible excepción del hallazgo rs11839053 cromosoma 13, para obtener resultados espurios. En total, nuestros resultados proporcionan evidencia convincente que apoya la importancia de las variantes genéticas comunes al inicio temprano de CaP.
Reconocimientos
Nos gustaría agradecer a todos los hombres con cáncer de próstata que participaron en este proyecto de investigación. Agradecemos especialmente el apoyo del Dr. Joel Nelson y sus pacientes. Los autores también expresan agradecimiento a la doctora Claudia Salinas y Sra. Linda Okoth de ayuda para la preparación de muestras UM-PCJP y recopilación de datos clínicos.