Extracto
Antecedentes
Un informe reciente ha demostrado que el origen filogenético de
Helicobacter pylori
basa en múltiples locus secuencia de mecanografía (MLST) se asoció significativamente con la gravedad de la gastritis en Colombia. Sin embargo, la posible relación entre el origen filogenético y los resultados clínicos no fue examinado en ese estudio. Si el origen filogenético en lugar de factores de virulencia fueron verdaderamente asociados con los resultados clínicos, la identificación de una población de alto riesgo de cáncer gástrico en Colombia sería relativamente sencillo. En este estudio, se examinaron los orígenes filogenéticos de las cepas de cáncer gástrico y pacientes con úlcera duodenal que viven en Bogotá, Colombia.
Métodos
Se incluyeron 35 pacientes con cáncer gástrico y 31 pacientes con úlcera duodenal, que se consideran los resultados variantes. Los genotipos de
cagA
y
vacA
se determinaron mediante reacción en cadena de la polimerasa. La genealogía de estas cepas de Colombia fue analizada por MLST. estructura de la población bacteriana se analizó usando el software ESTRUCTURA.
Resultados
H. pylori
cepas de cáncer gástrico y pacientes con úlcera duodenal fueron esparcidas en el árbol filogenético; por lo tanto, que no detectó ninguna diferencia en la distribución filogenética entre el cáncer gástrico y cepas con úlcera duodenal en el grupo hpEurope en Colombia. Sesenta y seis cepas, con una excepción, se clasificaron como hpEurope independientemente de la
cagA Opiniones y
vacA
genotipos, y el tipo de enfermedad. análisis de la estructura reveló que las cepas hpEurope colombianos tienen una conexión filogenética de las cepas españolas.
Conclusiones
Nuestro estudio demostró que un origen determinado por MLST filogeográfico era insuficiente para distinguir entre el cáncer gástrico y el riesgo de úlcera duodenal entre hpEurope tensiones en la región andina en Colombia. Nuestro análisis también sugiere que las cepas hpEurope en Colombia se introdujeron principalmente por inmigrantes españoles
Visto:. Shiota S, R Suzuki, Matsuo Y, Miftahussurur M, Tran TTH, Binh TT, et al. (2014)
Helicobacter pylori En venta cáncer gástrico y úlcera duodenal Mostrar mismo filogeográfica origen en la región andina de Colombia. PLoS ONE 9 (8): e105392. doi: 10.1371 /journal.pone.0105392
Editor: Masaru Katoh, Centro Nacional del Cáncer, Japón
Recibido: Marzo 7, 2014; Aceptado: 23 de julio de 2014; Publicado: 14 Agosto 2014
Derechos de Autor © 2014 Shiota et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Disponibilidad de datos:. La autores confirman que todos los datos que se basan los resultados son totalmente disponible sin restricciones. datos de la secuencia de nucleótidos aquí presentados están disponibles bajo la DDBJ AB923031 números de acceso a AB923492
Financiación:. Este informe se basa en el trabajo apoyado en parte por subvenciones de los Institutos Nacionales de Salud (DK62813) (YY), y subvenciones -in-Ayudas a la Investigación Científica del Ministerio de Educación, Cultura, Deportes, Ciencia y Tecnología (MEXT) de Japón (22390085, 22659087, 24406015 y 24659200) (YY), (23790798) (SS) y los fondos especiales de coordinación para la Promoción ciencia y Tecnología de la Agencia de ciencia y Tecnología de Japón (JST). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
Helicobacter pylori
es una bacteria Gram-negativa espiral que infecta a más de la mitad de la población mundial [1]. El mecanismo de transmisión de
H. pylori
no ha sido completamente aclarado, pero la propagación de humano a humano a través de las rutas orales oral o fecal-oral se cree que es la más plausible [2].
H. pylori infección
ahora se acepta estar vinculado a enfermedades gastritis asociada a graves, incluyendo la úlcera péptica y cáncer gástrico (CG) [1]. La infección permanece latente en la mayoría de los pacientes infectados, y sólo una minoría de individuos con
H. pylori infección
nunca desarrollan la enfermedad [3]. Uemura et al. informado de que GC desarrollado en aproximadamente el 3% de los
H. pylori
pacientes infectados durante el período de observación de 10 años, en comparación con ninguno de los pacientes no infectados [4]. Además de acoger, ambientales y factores dietéticos, las diferencias en la virulencia de
H. pylori
cepas están relacionadas con los resultados que varían de
H. pylori
infección. factores de virulencia de
H. pylori
, como
cagA, vacA, Dupa, iceA, oipA, España y
babA
, han demostrado ser indicadores de los resultados clínicos graves [5], [6]. Es importante destacar que, la mayoría de estos factores de virulencia están asociados entre sí;
cagA
cepas -positivos también poseen un tipo
vacA s1
/m1 y que están más estrechamente relacionados con la presencia de la
babA
y
oipA
estado "on" [5].
La diversidad genética dentro de
H. pylori
es mayor que la de la mayoría de otras bacterias [7], y alrededor de 50 veces mayor que la de la población humana [8]. Por otra parte, la recombinación frecuente entre los diferentes
H. pylori
cepas [9] sólo conduce a un desequilibrio de ligamiento entre los loci polimórficos parcial, que proporciona información adicional para el análisis genético de la población [10]. Recientemente, la diversidad genómica dentro de
H. pylori
poblaciones se examinó mediante el método (MLST) multi-locus secuencia de mecanografía utilizando siete genes de mantenimiento (
ATPA, EFP, mutY, ppa, trpC, ureI, España y
yphC
) [10] - [12]. En la actualidad, siete tipos de población han sido identificados sobre la base de asociaciones geográficas y designados de la siguiente manera: hpEurope, hpEastAsia, hpAfrica1, hpAfrica2, hpAsia2, hpNEAfrica, y hpSahul [10] - [12]. hpEastAsia es común en
H. pylori
aislados de Asia Oriental, y se puede dividir en los tres subgrupos hspEAsia, hspAmerind, y hspMaori. hpEurope incluye casi todos los
H. pylori
cepas aisladas de los europeos étnicos, incluidas las personas de los países colonizados por los europeos.
H. pylori
se predice que se han extendido desde el este de África durante el mismo período de tiempo los seres humanos anatómicamente modernos (~58,000 hace años), y se ha mantenido íntimamente asociado con sus anfitriones humanos desde que [5], [11], [12] .
La tasa de incidencia estandarizada por edad (ASR) de GC en Colombia se informó a ser relativamente alta (13,4 /100.000 habitantes), en comparación con otros países de América del Sur (ASR media = 10,3 /100.000 habitantes) (Agencia Internacional para la Investigación sobre el cáncer; GLOBOCAN2012, http://globocan.iarc.fr/). En particular, la GC es más frecuente en la región montañosa de Colombia que en la costa [13], [14]. de Sablet et al. MLST realizado para determinar la variación filogeográfico entre la montaña y las regiones costeras [15]. Curiosamente, se encontró que todos los
cagA
cepas positivas a partir de regiones de alto riesgo GC pertenecían a hpEurope, mientras que hpEurope y hpAfrica1 coexisten en las regiones GC bajo riesgo [15]. Además, los sujetos infectados con cepas hpEurope de
H. pylori
mostró mayores puntuaciones histopatológicas que los infectados con cepas hpAfrica1. Estas observaciones sugieren que el origen filogeográfico determinado por MLST se puede utilizar como un predictor de riesgo de CG.
Sin embargo, estos estudios no examinaron el origen filogenético de acuerdo con los resultados clínicos, y por lo tanto no queda claro si el origen filogenético verdaderamente está asociado con resultados clínicos en Colombia. En este estudio, hemos examinado el origen filogenético de la
H. pylori
cepas de GC y la úlcera duodenal (UD) de los pacientes que viven en Bogotá, la capital y la ciudad más grande ubicada en la región de los Andes en Colombia.
Materiales y Métodos
H. pylori
cepas se obtuvieron de la mucosa gástrica de
H. pylori
pacientes colombianos infectados con GC y DU que se sometieron a una endoscopia en la Universidad Nacional de Colombia, Bogotá, Colombia. GC y DU se identificaron mediante endoscopia, y GC fue confirmado por histopatología [16]. Se excluyeron los pacientes con antecedentes de resección gástrica parcial. escrito el consentimiento informado se obtuvo de todos los participantes, y el protocolo fue aprobado por el Comité de Ética de la Universidad Nacional de Colombia.
El aislamiento y la determinación del genotipo de
H. pylori
muestras de biopsias antrales se obtuvieron para el aislamiento de
H. pylori
utilizando métodos de cultivo convencionales, como se describe anteriormente [17].
H. pylori
Se extrajo el ADN a partir de cultivos de placas confluentes expandido a partir de una sola colonia utilizando un kit disponible comercialmente (QIAGEN, Valencia, CA). El estado de
cagA
se determinó mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para la región conservada de
cagA Opiniones y para la secuenciación directa usando el par de cebadores cagTF; 5'-ACC CTA GTC GGT AAT GGG-3 'y cagTR; 5'-GCT TTA GCT TCT GAY ACY GC-3 '(Y = C o T) diseñado en la región 3' repetición de
cagA
, tal como se describe anteriormente [18]. Las condiciones de PCR fueron desnaturalización inicial de 5 min a 95 ° C, 35 pasos de amplificación (95 ° C durante 30 s, 56 ° C durante 30 s, y 72 ° C durante 30 s), y un ciclo de extensión final de 7 min a 72 ° C, utilizando Blend DNA polimerasa Taq (TOYOBO, Osaka, Japón). La ausencia de
cagA
fue confirmada por la presencia de
cagA
sitio vacío, tal como se describe anteriormente [19]. Los productos de PCR se purificaron con un kit de purificación QIAquick (QIAGEN) según las instrucciones del fabricante. El fragmento amplificado se detecta por electroforesis en un gel de agarosa al 1,5% que fue posteriormente se tiñeron con bromuro de etidio y se visualizó usando un trans-iluminador ultravioleta.
La
vacA
genotipado (s1, s2, m1 y m2) se realizó como se describe anteriormente [20], [21]. Los cebadores para la región señal produjeron un fragmento de 259 pb y 286 pb para las variantes de S1 y S2, respectivamente. Los cebadores para la región media produjeron un fragmento de 570 pb y 645 pb para las variantes M1 y M2, respectivamente.
El análisis filogenético de
H. pylori cepas
MLST de los siete genes de mantenimiento (
ATPA, EFP, mutY, ppa, trpC, ureI, yphC
) se determinó mediante secuenciación basada en PCR como se describe anteriormente [7 ], [22]. secuenciación directa del ADN se realizó utilizando un AB 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA) según las instrucciones del fabricante. Para la construcción del árbol filogenético basado en genotipos MLST, la secuencia de datos de los 7 genes de limpieza de hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind, y hspEAsia cepas (60, 181, 61, 566, 49, 17 , 80, 18, y 177 cepas, respectivamente, 1.209 cepas en total) se obtuvieron de la base de datos PubMLST (http://pubmlst.org/). Estos secuencia de datos se combinaron con nuestros datos de 66 cepas colombianas. árboles vecino unirse fueron construidas por MEGA 5,0 usando Kimura-2 parámetros [23].
Análisis de Estructura de la población de
H. pylori cepas
Se analizaron estructura de la población bacteriana usando el software (v.2.3.2) ESTRUCTURA [24]. Cadena de Markov Monte Carlo (MCMC) simulaciones de la estructura se llevaron a cabo en el modelo de mezcla con burn-in de 20.000, seguido de 30.000 iteraciones para cada ejecución. El número de poblaciones tentativos (K) se establece desde 7 a 10 y 5 carreras se ejecuta para cada K.
Secuencia de nucleótidos
nucleótidos datos de secuencias informó aquí están disponibles bajo la DDBJ números de acceso AB923031 a AB923492.
resultados
Se incluyeron 35 pacientes con cáncer gástrico y 31 pacientes con uranio empobrecido. Las cepas aisladas de pacientes incluidos GC 24
cagA
-positivo y 11
cagA
-negativo. Veinte y nueve eran
vacA
genotipo s1m1 y 6 fueron
vacA
s2m2 genotipo. Los 24
cagA
cepas GC-positivos mostraron el
vacA
genotipo s1m1. Durante 31 cepas de pacientes con uranio empobrecido, 22 cepas fueron
cagA
-positivo y los 9 restantes fueron
cagA
-negativo. El
vacA
genotipo s1m1 se encontró en 16 cepas,
vacA
s1m2 que tenían en 5 cepas, y
vacA
s2m2 en 10 cepas. Entre 22
cagA
cepas positivas a partir de pacientes con uranio empobrecido, 14 cepas poseían el
vacA
genotipo s1m1. Cinco cepas fueron s1m2 que tenían y las 3 cepas restantes fueron s2m2.
Los tipos de población de 35 cepas aisladas de pacientes con GC y 31 de DU se analizaron por MLST. El árbol filogenético de 66 cepas colombianas en base a las secuencias de MLST y los tipos de la enfermedad, se muestran en la Figura 1. GC y cepas de uranio empobrecido fueron esparcidas en el MLST árbol; Por lo tanto, no se encontró ninguna diferencia en la distribución filogenética entre GC y cepas de uranio empobrecido. La figura 2A muestra la
cagA
estado de las tensiones en el MLST árbol. Las cepas de
cagA
-positivo y
cagA
-negativo no podían dividirse claramente, aunque
cagA
cepas gramnegativas fueron relativamente agrupados en la misma rama. La figura 2B muestra
vacA
tipos de las cepas de un mismo árbol MLST. Dieciséis
vacA
s2m2 cepas se agruparon en una rama secundaria junto con dos s1m2 que tenían y seis s1m1 cepas. Los tres
vacA
cepas s1m2 que tenían restantes se encuentran entre las 39 cepas de
vacA
s1m1.
Se utilizaron bases de datos de secuencias de los genes de limpieza 7 de 66 cepas colombianas para construir el árbol . Los círculos rojos representan el cáncer gástrico y círculos azules representan las cepas con úlcera duodenal. Vecino unirse árboles se construyeron en MEGA 5,0 usando Kimura-2 parámetros.
A continuación, se construyó un árbol filogenético basado en secuencias de MLST de 66 cepas colombianas y 1.209 cepas de referencia de hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind, y hspEAsia, depositado en la base de datos pubMLST (60, 181, 61, 566, 49, 17, 80, 18, y 177 cepas, respectivamente) (Figura 3). Entre las 66 cepas de Colombia, sólo un
cagA
cepa -positivo se localizó entre las subramas de hpAfrica1. Las 65 cepas restantes fueron dispersados entre hpEurope subramas independientemente de los tipos de la enfermedad. Por lo tanto, no se observó ninguna asociación entre la ramificación del árbol filogenético y los resultados clínicos.
MLST secuencia de datos de 1.209 cepas se obtuvieron de la base de datos PubMLST (60 cepas de hpAfrica2, 181 de hpAfrica1, 61 de hpNEAfrica, 566 de hpEurope, 49 de hpSahul, 17 de hpAsia2, 80 de hspMaori, 18 de hspAmerind y 177 del hspEAsia). Las 66 cepas colombianas que se secuenciaron están marcados con círculos rojos o azules dependiendo de la enfermedad.
Para investigar la estructura de la población de las cepas de Colombia, se realizó un análisis de la población utilizando el software ESTRUCTURA [24]. Para este análisis, se utilizaron las mismas cepas 1.257 (1.209 cepas de referencia y 66 cepas de Colombia) que se utilizaron para el análisis filogenético MLST. software ESTRUCTURA realiza simulación MCMC para clasificar individuos para un número dado de las poblaciones (K). Para un determinado K, estructura determina componentes de la población K y los representa por K colores usando un color para representar un componente de población. Se realizó análisis de la estructura mediante el establecimiento de K de 7 a 10 y las simulaciones ejecutadas cinco veces para cada K. La Figura 4 muestra los resultados de K = 9 y 10 cuya probabilidad posterior es la mejor de las cinco carreras (los resultados más probables). Cada línea vertical de los gráficos de barras representa una cepa y los colores de una línea indican las poblaciones a las que la cepa puede pertenecer. Las longitudes de los colores en una línea son proporcionales a la probabilidad de que la cepa pertenece a cada población. Debido a que el grupo hpEurope es una mezcla de varios orígenes, este grupo muestra los colores complejos.
Los resultados del análisis de la población por la estructura (A) con K, o un número provisional de la población, ajustado a 7, (B) con K = 10, (C) magnificada diagrama de cepas colombianas. Cada barra vertical representa una muestra. Los colores indican componentes de población y las longitudes de los colores en una barra vertical son proporcionales a la probabilidad de que la muestra pertenece a la población de la color. El orden de las muestras es el mismo en todos los gráficos de barras. Las estrellas en el panel B representan cepas colombianas y cepas hpEurope que comparten el mismo componente de población.
tipos y las enfermedades de las cepas cagA colombianos
se muestran por las marcas por debajo de la gráfica de barras (C).
En el resultado de K = 7, las cepas colombianas mostraron colores comunes con hpEurope cepas (Figura 4A). Cuando K se fijó a 10, las cepas hpEurope de Colombia y varios presentan un color diferente de los demás que representa un componente de población específica de estas cepas (barras de color verde claro marcados con estrellas en la figura 4B). Esto implica que estas cepas tienen similitud básica con cepas europeas, pero se distinguen de los demás si se examina en detalle. La Figura 4C es una ampliación de las cepas de Colombia. Las barras fueron alineados de izquierda a derecha con el fin de la componente de color verde claro descendente.
cagA
tipos y las enfermedades se muestran por las marcas por debajo de la gráfica de barras. Como muestra esta figura,
cagA
cepas gramnegativas eran frecuentes en el extremo derecho. Mientras que la mayoría de las cepas colombianas tenían un componente específico y /o un componente de población común con hpEurope, una cepa mostró mayor similitud con hpAfrica1 (Figura 4C, la barra marcada con un triángulo). Esta cepa se corresponde con el que pertenece a la sub-rama hpAfrica1 en el árbol filogenético MLST (Figura 3).
En los datos tomados de PubMLST, recogimos 63 cepas hpEurope que contenían el componente de población de color verde claro en 10% o superior e investigó su lugar de muestreo. Veinticinco cepas fueron aisladas de Colombia, a pesar de que fueron clasificados como hpEurope, 19 eran de España, 4 eran de Venezuela, y otros son de diferentes países (Tabla S1).
Discusión
Host , y factores dietéticos, ambientales y las diferencias en
H. pylori
cepas están relacionadas con los resultados que varían de
H. pylori
infección. En general, la distribución de la incidencia de CG está estrechamente relacionado con éstos
H. pylori
grupos definidos por el análisis de la población basado en MLST [25]. Una alta incidencia de CG se encontró en las regiones en las que prevalecen las cepas hpEastAsia (especialmente hspEAsia). Sin embargo, la incidencia de la GC es muy bajo en África, donde la mayoría de las cepas son hpNEAfrica, hpAfrica1, o hpAfrica2, y en el sur de Asia, donde la mayoría de las cepas son hpAsia2. En general, la baja incidencia de cáncer gástrico en países de África y del sur de Asia se podría explicar, al menos en parte, por los diferentes genotipos de
H. pylori
que circula en diferentes áreas geográficas. Curiosamente, un informe reciente sobre
cagA
cepas -positivos en Colombia mostró que todas las cepas de las regiones de alto riesgo de GC pertenecen a hpEurope, mientras que hpEurope y hpAfrica1 cepas coexistir en las regiones de bajo riesgo [15]. Además, los sujetos infectados con cepas hpEurope de
H. pylori
mostró mayores puntuaciones histopatológicas que los infectados con cepas hpAfrica1. Los autores concluyeron que la diferencia en las poblaciones de bacterias se puede utilizar como un predictor de riesgo de CG.
En este estudio, se incluyeron
H. pylori
cepas aisladas de pacientes colombianos con GC y DU pero no la gastritis. Los pacientes con gastritis solamente en el momento de la endoscopia pueden desarrollar DU y GC más tarde en la vida; Por el contrario, los pacientes DU raramente desarrollan GC en su vida [4], [26]. Por lo tanto, aunque
H. pylori infección
promueve el desarrollo tanto de GC y DU, GC y DU se consideran los resultados variantes. En este estudio, no se encontró ninguna diferencia en los grupos filogenéticos entre GC y cepas de uranio empobrecido. No se encontraron nuestras cepas colombianas de pertenecer a hpEurope, a excepción de una cepa hpAfrica1. Aunque las cepas colombianas fueron divididos en varios sub-ramas de los árboles filogenéticos, no hubo correlación entre las ramas y las enfermedades (Figuras 1 y 3). Por lo tanto, la topología del árbol MLST no actúa como un marcador para evaluar GC y el riesgo DU para las cepas hpEurope en Colombia. De hecho, incluso en el estudio realizado por de Sablet et al., Todos los
cagA
cepas gramnegativas también se consideraron pertenecer a hpEurope [15]. Los autores indicaron que los sujetos infectados con
cagA
cepas-negativos tenían puntuaciones histopatológicas muy bajos; Por lo tanto, hpEurope cepas sin la presencia de
cagA
puede ser menos virulenta. Además, ya se ha informado de que las cepas con más de tres regiones de repetición de la región 3 'en
cagA
se asociaron con puntuaciones significativamente más altas para la atrofia de la mucosa gástrica y metaplasia intestinal que los que tienen un menor número de repetir las regiones en Colombia [20 ]. La prevalencia de cepas con más de tres regiones de repetición fue mayor en GC de DU [20]. Por lo tanto, el
cagA
tipo de lugar de origen filogeográfico puede ser un mejor predictor de la GC para las cepas hpEurope [27].
Hemos encontrado previamente que aunque OipA y
cag PAI
están vinculados, solamente OipA fue un factor de riesgo independiente de uranio empobrecido [28]. OipA en
cagA
cepas -positivos puede contribuir a la variación filogeográfico determinado por análisis MLST. Además, se informó de que
jhp0045
y
jhp0046
se asociaron significativamente con GC en
cagA
cepas -positivos en Colombia [29]. Por otra parte, se informó que las infecciones con
Dupa
cepas -positivos aumentaron el riesgo de DU, pero eran protectores contra la GC en Colombia [30]. Por lo tanto, el estado de otros factores de virulencia puede estar correlacionada con el árbol filogenético obtenido mediante la realización de MLST [5]. Las relaciones entre la filogenia de los genes de limpieza y
cag PAI
filogenia se han reportado [31]. La filogenia de los más
cag PAI
genes era similar a la de MLST, lo que indica que
cag PAI
fue adquirida probablemente sólo una vez por
H. pylori
, y su diversidad genética refleja el aislamiento por distancia, que ha dado forma a esta especie bacteriana ya que los humanos modernos emigraron de África [31]. En el presente estudio, el árbol filogenético basado en MLST no se correlaciona con el tipo de
cagA
o
vacA
, aunque las cepas con
cagA
-negativo o
vacA
genotipos s2m2 fueron relativamente agrupados. Sólo una cepa pertenecía a hpAfrica1, y esta cepa poseía
cagA
, lo que sugiere que
cagA Opiniones y factores
vacA
genotipos no fueron determinantes para el origen filogenético basado en MLST en el Andino región en Colombia. Sin embargo, ya se ha informado de que el
cagA
tipo se asoció con un grupo filogenético en Okinawa, Japón [22], [27]. Las cepas de Okinawa fueron divididos en 3 subpoblaciones y un grupo mezcla influenciado por cepas occidentales. La topología filogeográfico y subpoblaciones se asociaron significativamente con los resultados clínicos; Sin embargo, la diferencia en la topología filogeográfico se debió a la condición de
cagA gratis (Tipo de Asia Oriental, de tipo occidental
cagA
, y
cagA
-negativo) y
vacA gratis (m1 o m2) de las subpoblaciones. GC fue más prevalente en el clúster que contiene en su mayoría del este de tipo asiático
cagA
cepas. Los resultados de MLST mostraron que la prevalencia de GC en cada grupo no fue diferente cuando solamente de tipo occidental
cagA
cepas o
cagA
cepas gramnegativas fueron utilizados [27]. Por lo tanto, el origen filogeográfico puede actuar como factor de confusión en la predicción de factores de virulencia, pero no en el resultado de la enfermedad (por ejemplo, en hspEAsia, la mayoría son
cagA
-positivo,
vacA s1
/m1 tipo,
babA
-positivo y
oipA
estado "on"). En un estudio reciente, no sólo
H. pylori
la descendencia, sino también la coevolución entre el
H humana y. pylori
se encontró que era el mejor predictor de lesiones precancerosas [32]. Se requieren estudios adicionales para confirmar la relación entre el origen ancestral de
H. pylori
independientemente de los factores de virulencia y los resultados clínicos.
En este estudio, se incluyeron los pacientes mestizos principalmente viven en la ciudad de Bogotá, que se encuentra en la zona de montaña (2.600 m sobre el nivel del mar). Esta área es generalmente poblado por mestizos, una población mixta que han descendido de los aborígenes americanos (amerindios) y los europeos que datan de la época de la colonización española [33]. Amerindios son la hipótesis de haber sido infectados con cepas originalmente hspAmerind que pertenecen a la subpoblación de hpEastAsia [10]. Por lo tanto, esperábamos que
H. pylori
aislado de mestizos mostraría un tipo mixto de hpEurope y hspAmerind. Curiosamente, todos los casos menos uno en nuestro estudio fueron infectadas con cepas hpEurope, en consonancia con un estudio previo [15]. análisis de la estructura reveló que varias cepas con hpEurope mostraron un patrón de mosaico; Sin embargo, no eran una mezcla de hpEurope y hspAmerind. Esta observación apoya la hipótesis de que las cepas hpEurope poseen una ventaja competitiva frente a cepas indígenas hspAmerind como se describe anteriormente [34], [35]. Sorprendentemente, nuestro estudio anterior demostró que incluso en 16 cepas aisladas de Huitoto, un grupo primitivo, aislado vivir en las selvas amazónicas de Colombia, 4 cepas fueron infectados con hspAmerind, mientras que los 12 restantes fueron hpEurope cepas [12]. Además, se encontró que varias cepas amerindias de Colombia poseían de tipo occidental
cagA
pero de tipo de Asia Oriental no
cagA
[36]. No queda claro por qué la mayoría amerindia
H. pylori
cepas tienen genotipos de las cepas típicas de los países occidentales, incluso en sitios donde aparece la influencia occidental haber sido mínima. hpEurope, en lugar de cepas hspAmerind, podría adaptarse fácilmente a las condiciones ambientales y la presión selectiva ejercida por el anfitrión. Dos hipótesis, uno basado en la competencia tensión y el otro en la subversión cepa mediante transformación, se sugirieron como razones para el desplazamiento de hspAmerind por hpEurope [34]. El estudio adicional será necesaria para definir el mecanismo (s) responsable de la
in vivo
pérdida de los amerindios cepas cuando en competencia con cepas del Viejo Mundo. Curiosamente, se encontró que varias cepas colombianas mostraron un componente específico de la población, y este componente fue compartida no sólo con otras cepas de América del Sur, sino también con cepas españolas depositadas en PubMLST. La ciudad de Bogotá, fundada en 1538, se convirtió en uno de los principales centros administrativos de las posesiones españolas en el Nuevo Mundo (junto con Lima y Ciudad de México) [33]. Nuestro análisis sugiere que las cepas hpEurope en Colombia se introdujeron principalmente por inmigrantes españoles. escribiendo la población de
H. pylori
es una herramienta útil para los patrones de migración de mapeo humanos [37]; de hecho, nuestros hallazgos podrían ser útiles para dilucidar los de los humanos modernos en América del Sur. Aunque nuestro análisis MLST basado en siete genes de limpieza sugiere que la mayoría de las cepas de Colombia fueron reemplazados por cepas hpEurope, reliquias de cepas ancestrales aborígenes podrían permanecer en otras partes del genoma. Más extensas en todo el mundo y en todo el genoma estudios nos ayudarán a entender aún más la estructura y evolución de la población de
H. pylori
.
Una posible limitación de nuestro estudio es digno de mención que no podríamos obtener suficiente información sobre el origen étnico de los pacientes de los cuales el
H. Se aislaron cepas
pylori. De hecho, se ha sugerido que la ascendencia host puede afectar los resultados clínicos como se describe anteriormente [32]. Por ejemplo, los polimorfismos de genes de citoquinas inflamatorias (
IL-1 | grupo de genes,
TNF-α
,
IL-10
, y
IL-8
) se ha informado que se correlaciona con GC [38] - [43]. Además, una historia familiar de GC se ha demostrado que contribuyen a los resultados clínicos [44]. Además de otro
H. pylori
factores de virulencia, esta información puede ser útil para distinguir entre GC y el riesgo DU. Se requieren nuevas investigaciones para dilucidar la asociación entre el
H. pylori
genotipos y resultados de la enfermedad.
Conclusión
Nuestro estudio reveló que un origen filogeográfico por MLST no era suficiente para distinguir entre GC y el riesgo de uranio empobrecido en la región de los Andes en Colombia. Un análisis filogenético incluyendo factores de virulencia de
H. pylori
podría ser necesaria para determinar con mayor precisión los resultados clínicos. Por otra parte, nuestro análisis también sugiere que las cepas hpEurope en Colombia se introdujeron principalmente por inmigrantes españoles y su genotipo no fue influenciada por los amerindios.
Apoyo a la Información sobre Table S1.
doi: 10.1371 /journal.pone.0105392.s001 gratis (DOCX)
Reconocimientos
gracias a la Sra Miyuki Matsuda por su excelente asistencia técnica
.