Extracto
mapeo La conectividad es una técnica recientemente desarrollada para descubrir las conexiones subyacentes entre diferentes estados biológicos basados en las similitudes de expresión de genes. El método sscMap se ha demostrado que proporcionan una mayor sensibilidad en las conexiones significativas de mapeo que conducen a hipótesis biológicas y comprobables en la identificación de candidatos a fármacos con especial farmacológico y /o propiedades toxicológicas. Retos siguen siendo, sin embargo, en cuanto a cómo dar prioridad a la gran cantidad de conexiones descubiertas de una manera imparcial de tal manera que la tasa de éxito de cualquier investigación a raíz de arriba puede ser maximizada. Se introduce un nuevo concepto, la perturbación de genes de la firma, que tiene por objeto comprobar si una conexión identificada es lo suficientemente estable frente a pequeños cambios sistemáticos (perturbación) en el gen de la firma. Se aplicó el método de perturbación a tres conjuntos de datos independientes obtenidos de la base de datos GEO: leucemia mieloide aguda (LMA), cáncer de cuello uterino y cáncer de mama tratadas con letrozol. Se demuestra que el enfoque de perturbación ayuda a identificar las conexiones biológicas significativas que sugieren los fármacos candidatos más relevantes. En el caso de AML, se encontró que los compuestos prevalentes fueron ácidos retinoicos y activadores de PPAR. Para el cáncer de cuello de útero, nuestros resultados sugieren que los fármacos potenciales son propensos a involucrar a la vía del EGFR; y con el conjunto de datos de cáncer de mama, se identificaron los candidatos que están involucrados en la inhibición de prostaglandinas. Así, el enfoque de perturbación de genes de la firma añade los valores reales de todo el proceso de mapeo de la conectividad, lo que permite una mayor especificidad en la identificación de posibles candidatos terapéuticos
Visto:. McArt DG, Zhang SD (2011) Identificación de la Pequeña Candidato molécula terapéutica para cáncer de Perturbación Gen-Firma de Conectividad Mapping. PLoS ONE 6 (1): e16382. doi: 10.1371 /journal.pone.0016382
Editor: Diego Di Bernardo, la Fundación Teletón, Italia