Extracto
El rápido crecimiento de las células cancerosas alimentados por la glucólisis produce grandes cantidades de protones en las células cancerosas, que los mecanismos de tri para transportarlos a cabo, por lo tanto, lo que aumenta la acidez en sus ambientes extracelulares. Ha sido bien establecido que el aumento de la acidez se inducir la muerte celular de las células normales, pero no las células cancerosas. La principal cuestión que abordamos aquí es: ¿cómo el cáncer de las células frente al aumento de la acidez para evitar la activación de la apoptosis. Hemos llevado a cabo un análisis comparativo de los datos de transcriptómica de seis tipos sólidos cáncer, pecho, colon, hígado, dos de pulmón (adenocarcinoma, carcinoma de células escamosas) y los cánceres de próstata, y propuso un modelo de cómo las células cancerosas utilizan unos mecanismos para mantener el protones fuera de las células. El modelo consiste en una serie de antes, bien o parcialmente, estudiado los mecanismos para el transporte de los exceso de protones, tales como a través de los transportadores de monocarboxilato, V-ATPasas, NHE y la facilitada por anhidrasas carbónicas. Además se propone un nuevo mecanismo que neutraliza los protones a través de la conversión de glutamato de gamma-aminobutyrate, que consume un protón por reacción. Nuestra hipótesis es que estos procesos están regulados por las condiciones relacionadas con el cáncer, tales como la hipoxia y factores de crecimiento y por los niveles de pH, por lo que estos procesos codificados no están disponibles para las células normales en condiciones ácidas
Visto:. Xu K, Mao X, Mehta M, Cui J, Zhang C, Mao M, et al. (2013) La aclaración de cómo las células cancerosas para evadir la acidosis través comparativo Transcriptomic Análisis de Datos. PLoS ONE 8 (8): e71177. doi: 10.1371 /journal.pone.0071177
Editor: Frank Emmert-Streib, la Universidad Queen de Belfast, Reino Unido
Recibido: December 24, 2012; Aceptado: June 27, 2013; Publicado: 14 Agosto 2013
Derechos de Autor © 2013 Xu et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. El proyecto está financiado en parte por la dotación para la Alianza de Investigación de Georgia Presidente eminente que mantiene XY. Sin financiación externa adicional fue recibida para este estudio. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
Una de las características principales de cáncer es su metabolismo energético reprogramado [1]. Es decir, la glucólisis sustituye a la fosforilación oxidativa para convertirse en el principal productor de ATP. Un resultado directo de este cambio es que sustancialmente más lactatos, como los receptores terminales de electrones del metabolismo de la glucosa, se producen y transportados fuera de las células. Para mantener el celular electro-neutralidad cuando se libera lactatos, las células liberan un protón para cada lactato liberado, la forma aniónica de ácido láctico. Esto conduce a un aumento de la acidez en el medio extracelular de las células cancerosas. Ha sido bien establecido que alta (extracelular) acidez puede inducir el proceso de apoptosis en las células normales [2], que conduce a su muerte. Curiosamente, esto no parece que suceda a las células cancerosas, por lo tanto, dándoles una ventaja competitiva sobre las células normales y que les permite invaden el espacio ocupado por las células normales. Actualmente no se entiende bien cómo las células cancerosas frente al aumento de la acidez en sus ambientes extracelulares para evitar la acidosis
.
Un número de estudios han sido publicados dedicado a cuestiones relativas a cómo las células cancerosas frente al aumento de la acidez en los entornos extracelulares e intracelulares [3], [4], [5], [6], [7], [8], [9]. La mayoría de estos estudios se han centrado en los posibles mecanismos celulares para transportar a cabo o neutralizar los protones intracelulares, que típicamente se enfocan en un tipo de cáncer. Más importante aún estos estudios no atan tales capacidades observadas y mecanismos propuestos de las células cancerosas en evitar la acidosis con el rápido crecimiento del cáncer como sospechamos que hay un mecanismo codificada que conecta los dos.
Hemos llevado a cabo una comparativa análisis del genoma escala transcriptomic datos sobre seis tipos de cánceres sólidos, a saber, mama, colon, hígado, dos de pulmón (adenocarcinoma, carcinoma de células escamosas) y los cánceres de próstata, con el objetivo de obtener una comprensión de nivel sistemas de cómo las células cancerosas continúan su pH intracelular nivel dentro del rango normal, mientras que su nivel de pH extracelular es baja. Nuestro análisis, centrado en transportadores y enzimas, de los datos de transcriptómica en éstos el cáncer y sus emparejan tejidos de control indican que (i) todos los seis tipos de cáncer utilizan los transportadores monocarboxilato como el principal mecanismo para transportar a cabo los lactatos y los protones de forma simultánea, provocada por la acumulación de lactatos intracelulares; (Ii) estos transportadores son probablemente complementados por mecanismos adicionales a través de los anti-porteros como ATPasas para el transporte de protones en el intercambio de determinados cationes tales como Ca
2 + o Na
+ para reducir la acidez intracelular mientras se mantiene el celular electrón-neutralidad; y (iii) las células cancerosas pueden también utilizar otro mecanismo, es decir, el uso de glutamato descarboxilasa para catalizar la descarboxilación de glutamato a un ácido γ-aminobutírico (GABA), el consumo de un protón para cada reacción - un proceso similar es utilizado por el bacteriana
Lactococcus lactis
para neutralizar la acidez cuando se producen los lactatos. En base a estos resultados de los análisis, hemos propuesto un modelo que conecta estos procesos de desacidificación con un número de cáncer relacionados con los genes /condiciones celulares, que son, probablemente, las capacidades intrínsecas de las células de crecimiento rápido utilizados en condiciones de hipoxia en lugar de las capacidades adquiridas a través de mutaciones moleculares.
Creemos que nuestro estudio representa el primer estudio sistémico centrado en cómo las células cancerosas se ocupan del medio ácido a través de la activación de los mecanismos de resistencia a ácidos codificadas por los genes activados y condiciones asociados con el cáncer. Estos resultados han establecido las bases para un nuevo modelo de cómo las células cancerosas evitan la acidosis.
Resultados
1. Las respuestas celulares a aumento de la acidez
La degradación de cada mol de glucosa genera 2 lactatos, 2 protones y 2 ATPs, se detalla asshowing la fuente del aumento de la acidez cuando la glucólisis sirve como el principal productor de ATP en las células del cáncer [10] ; En contraste, la degradación completa de la glucosa a través de la fosforilación oxidativa es pH neutral. Es evidente que estos protones adicionales necesitan ser removidos o neutralizados ya que de lo contrario se induce la apoptosis. El transportador monocarboxylate (MCT), en concreto la familia SLC16A, se ha informado a desempeñar un papel clave en el mantenimiento de la homeostasis del pH [11] con cuatro isoformas, MCT1 - 4, que juega un papel crucial en el transporte de protones vinculados [12], [13 ]. Estudios previos han informado de que el MCT1, los genes MCT2 y MCT4 están regulados en el cáncer como en cáncer de mama, colon, pulmón y cánceres de ovario [14], [15]. También se ha observado que un transportador de monocarboxilato bombea los lactatos y los protones con una estequiometría 1:01 para mantener celular electrones neutralidad [16].
analiza Nuestros datos transcriptomic de los seis tipos de cáncer añadido a este conocimiento que MCT estos genes también muestran sobre regulación en cinco de los seis tipos de cáncer. La única excepción es el cáncer de próstata, que no mostró ningún aumento de la expresión de los genes MCT. La Figura 1 muestra la transcripción regulación de MCT1 (SLC16A1) y MCT4 (SLC16A3) en cinco tipos de cáncer. Específicamente MCT4 muestra sobre regulación en cuatro de los seis tipos de cáncer, una observación que no se ha informado antes.
Cada entrada en la tabla muestra la relación entre los niveles de expresión de un gen en el cáncer y el control de coincidencia, promedió en todas las muestras.
Un estudio publicado sugiere que MCT1 puede estar regulado por p53 [17] en el cáncer. Otro estudio muestra una fuerte evidencia de que MCT1 y MCT4 están regulados por el nivel intracelular de la hipoxia. Se postula que la hipoxia puede ser el principal factor de regulación de la expresión por encima de los genes MCT, que puede requerir condiciones adicionales, tales como el nivel de pH o la acumulación de lactatos como los factores co-regulación, como se sugiere por nuestro resultado del análisis de transcriptómica los datos de las líneas celulares recolectados bajo condiciones hipóxicas, donde los genes MCT1 y MCT4 están regulados (ver Figura 1 y Figura S1 para más detalles).
los protones transportados fuera de las células aumentará la acidez del medio extracelular . Estudios anteriores han demostrado que las células (normales) tienden a ajustar su nivel de pH intracelular a un nivel de pH similar del medio ambiente extracelular [18]. Ha sido bien establecido que el aumento de la acidez intracelular induce apoptosis a través de la activación directa de los genes de caspasas, que no pasa por las proteínas reguladoras más arriba de la instalación de la apoptosis tales como p53, por lo tanto, conduce a la muerte de las células normales que no parecen tener la condiciones intracelulares adecuadas para hacer frente a la reducción del pH.
2. Mecanismos adicionales para tratar con exceso de protones en las células cancerosas
Hemos examinado si otros genes que pueden ser relevantes para la eliminación o neutralización de protones en las células cancerosas de una manera sistemática a través de todos los genes humanos. Nuestros principales resultados se resumen en la Figura 1, según el siguiente detalle.
V-ATPasa.
transmembrana ATPasas importación muchos de los metabolitos necesarios para el metabolismo celular y toxinas, desechos de exportación y solutos que pueden obstaculizar la salud de las células [19]. Un tipo particular de ATPasa es la V-ATPasa que transporta solutos a cabo usando la hidrólisis de ATP como la energía. Se bombea un protón a cambio de una Na extracelular
+ u otro catión tal como K
+ o Ca
2 + intracelular para mantener la electroneutralidad. V-ATPasas se han encontrado para ser de hasta reguladas en múltiples tipos de cáncer, pero los estudios anteriores se han centrado principalmente en el uso de el aumento de V-ATPasa niveles de expresión génica como un biomarcador para la metástasis [20] o en la utilización de ellos como posibles objetivos de drogas como una manera de desencadenar la apoptosis, lo que ocasiona la muerte de células de cáncer [20], [21], [22].
Hemos examinado los niveles de expresión de los 19 genes que codifican las subunidades de V-ATPasa, la V
0 (transmembrana) de dominio y el V
1 (citoplasmática) de dominio, es decir, ATP6V0A1, ATP6V0A2, ATP6V0B, ATP6V0E1, ATP6V0E2, ATP6AP1 y ATP6AP2 para V
0 y ATP6V1A, ATP6V1B1, ATP6V1C1, ATP6V1C2, ATP6V1D, ATP6V1E1, ATP6V1E2, ATP6V1F, ATP6V1G1, ATP6V1G2, ATP6V1G3 y ATP6V1H para V
1. Hemos encontrado que múltiples genes V-ATPasa están regulados, lo que indica que las V-ATPasas son activos en el transporte de los protones a cabo. Es interesante que algunos de los genes ATPasa no muestran sobre regulación y algunos incluso muestran baja regulación en cáncer de próstata (Figura 1). Un examen más detallado de los datos de expresión génica indica que los niveles de expresión reales de los genes de ATPasa están en el nivel de línea de base, tanto en el cáncer de próstata y los problemas de control adyacentes, por lo tanto, los datos de cambio de tapa no son particularmente informativo. En general, los datos sobre el cáncer de próstata parecen sugerir que el nivel de acidez en este tipo de cáncer no se eleva sustancialmente. Para los otros cinco tipos de cáncer, los niveles de expresión de algunos genes V-ATPasa no muestran cambios en el cáncer. Observamos que estos niveles de expresión génica también son elevados en los tejidos de control en comparación con los datos de la línea de células de los tipos de tejidos a juego (datos no mostrados aquí), que es coherente con los datos publicados anteriormente, lo que sugiere que el nivel de ácido elevada en el medio extracelular también puede inducir una mayor expresión de los genes V-ATPasa en los tejidos normales [23]. Esto puede explicar por qué algunos de los genes V-ATPasa no muestran sobreexpresión en cáncer de
frente
control de los tejidos adyacentes.
A continuación, la pregunta es por qué las células cancerosas parecen manejar el aumento de la acidez mejor que el las células normales. Nuestra hipótesis es que mientras que el pH puede jugar algún papel regulador de la expresión de los genes V-ATPasa, el regulador principal de la V-ATPasa es probablemente mTORC1 ya que se ha sugerido recientemente [24]. mTORC es uno de los reguladores más importantes relevantes para el crecimiento celular, y por lo general ha dysregulated expresiones en cáncer. Para comprobar esta hipótesis, hemos examinado el nivel de expresión génica de los genes mTORC1 (GBL) y FRAP1 en los seis tipos de cáncer. Vemos clara sobre regulación de estos genes en los seis tipos de cáncer, como se muestra en la Figura 1. Así que en general se especula que es el efecto combinado de la disminución del pH y sobre regulación de mTORC1 que hace que las células de cáncer más eficaces en bombear el exceso de protones que las células normales.
Na + -H + intercambiador (NHE).
NHE anti-porteros representan otra clase de proteínas que pueden transportar a cabo protones y cambio de un catión de mantener electro intracelular neutralidad. Hemos examinado los cinco genes que codifican esta clase de transportadores, y se encontró que estos genes son altamente reguladas en los dos tipos de cáncer de pulmón. Curiosamente los patrones de expresión de cambio son altamente complementarias entre genes de NHE y los genes V-ATPasa en cinco de los seis tipos de cáncer, específicamente sobre regulación en, cánceres de colon e hígado de mama, pero no en los tipos de cáncer dos pulmonares como se muestra en la figura 1. por lo tanto, se especula que los NHE anti-porteros pueden jugar un papel complementario al de las V-ATPasas través de la regulación coordinada por un mecanismo desconocido. búsqueda de la literatura sugiere que NHE son regulados por factores de crecimiento y pH entre algunos otros factores [25], lo que explica en parte por qué el sistema es más activa en el cáncer (afectada tanto por factores de crecimiento y pH) que en los tejidos de control (afectado por el pH solamente).
3. Carbónica anhydrases juegan un papel en la neutralización del pH en las células cancerosas
Se ha sugerido anteriormente que anhydrases carbónica (CA) juegan un papel en la neutralización de los protones en las células cancerosas. Por ejemplo, se ha presentado un modelo de cómo las entidades emisoras asociadas a la membrana facilitan el transporte fuera de protones [26]. La idea clave del modelo es que las entidades emisoras unidas a la membrana catalizan la reacción de otra forma lenta a partir de CO
2 + H
2O a H
2CO
3, que se disocia en HCO
3
- y H
+ en un entorno extracelular ácido, tal como se detalla por
el HCO
3
- (bicarbonato) se transporta a continuación a través de la membrana a través de un transportador de NBC [27] en el medio ambiente intracelular, donde reacciona con un H
+ para formar un CO
2 y H
2O; y el CO
2 es libremente permeable a una membrana de conseguir fuera de la célula, formando un ciclo para eliminar parte del exceso de H
+. Véase la figura S1 para una imagen más detallada de este mecanismo.
Para comprobar si el modelo se apoya en los datos de transcriptómica siendo analizado en nuestro estudio, observamos que (1) tres entidades emisoras asociada a la membrana (CA9, CA12 , CA14) muestran sobre regulación en cinco de los seis tipos de cáncer (excepto para el cáncer de próstata), como se muestra la figura 2; y (2) dos de los tres genes NBC, NBC2 (SLC4A5) y NBC3 (SLC4A7), muestran sobre regulación en cuatro tipos de cáncer. Se ha informado de que CA9 y CA12 son inducible por hipoxia en el cáncer de cerebro [28]. Por lo tanto, la hipótesis de que todos los anteriores tres entidades emisoras asociadas a la membrana son inducible por hipoxia. Además, nuestra búsqueda de la literatura indica que los genes son NBC pH inducible [29].
Es interesante que toda la citosólica AC (CA2, CA3, CA7, CA13) muestran baja regulación, lo que refleja que la fosforilación oxidativa no se está utilizando como activa y por lo tanto produce menos CO
2 en las células cancerosas como en las células normales.
4. La neutralización de la acidez a través de descarboxilación Reacciones: Un nuevo mecanismo
Nuestra búsqueda de posibles mecanismos de las células cancerosas en la desacidificación nos llevó a estudiar la forma en
Lactococcus lactis
trata de los ácidos lácticos. Observamos que las bacterias utilizan los descarboxilasas de glutamato (GAD) de consumir una (disociable) H
+ durante la reacción de descarboxilación que cataliza [30], como se muestra a continuación:
La reacción convierte a un glutamato una γ-aminobutyrate (GABA), además de un CO
2. Dos homólogos humanos de la GAD, GAD1 y GAD2, se han encontrado. Los estudios publicados han demostrado que la activación de los genes GAD conduce a la síntesis de GABA en el cerebro humano [31], lo que sugiere que los genes GAD humanos tienen la misma función que el gen GAB bacteriana, es decir, que cataliza la reacción para la síntesis de GABA. La mayoría de estos estudios se realizaron en el contexto del sistema nervioso en el cerebro humano [32], [33], [34]. Específicamente, GABA es conocido para servir como un neurotransmisor inhibidor clave. Además, las actividades de GABA se han encontrado en hígado humano [35]. Si bien se han postulado hipótesis acerca de sus funciones en el hígado [36], no hay evidencia sólida se ha establecido acerca de su función allí.
Hemos observado que GAD1 está regulado en tres de seis tipos de cáncer en estudio, a saber, colon, hígado y pulmón adenocarcinoma y GAD2 está regulado en el cáncer de próstata. Ha sido bastante bien establecido que el glutamato, el sustrato de la reacción anterior catalizada por GAD, se eleva en el cáncer en general [37]. Por lo tanto, tiene sentido suponer que la reacción anterior se lleva a cabo en efecto en el cáncer. Esto es apoyado por la observación de que en múltiples tomar transportadores de glutamato están regulados en cinco de seis tipos de cáncer (ver Figura 3). Una observación aún más interesante es que múltiples genes que codifican los transportadores saliente de GABA son regulados hasta en cinco de los seis tipos de cáncer, lo que indica que las moléculas de GABA no están siendo utilizados por las células cancerosas, sino que sirven una forma de eliminar H
+ fuera de las células.
En la actualidad, a lo mejor de nuestro conocimiento están disponibles para implicar a los cuales genes codifican el principal regulador de los genes GAD datos no publicados. Curiosamente, la búsqueda de posibles reguladores de los genes de GAD en la base de datos CsCAN [38] reveló que FOS, un oncogén conocido, potencialmente puede regular los genes GAD [39]. Algunos datos experimentales de la base de datos ENCODE [40] muestran que la expresión del gen GAD1 (NM_000817, NM_013445) es positivamente relacionada co con la de FOS en la línea celular de HUVEC. La integración de esta información, la hipótesis de que los FOS, en conjunción con algún regulador de pH asociado, regula los genes GAD, lo que conduce a la síntesis de GABA y reduce un H
+ como un sub-producto por GABA sintetizado; entonces las moléculas que no sean necesarios GABA son transportados fuera de las células. Esto puede proporcionar otro mecanismo que las células cancerosas utilizan para mantener su nivel de pH intracelular en el rango normal.
5. Un modelo para las células cancerosas para mantener su pH intracelular en las intervalo normal
En general 44 genes están implicados en nuestros análisis anteriores. Nuestros resultados de la búsqueda de estos genes contra la base de datos CsCAN [38] indican que 28 de estos genes están regulados directamente por nueve proto-oncogenes, a saber, BCl3, ETS1, FOS, junio, MXI1, MYC, PAX5, SPI1 y TAL1; y 17 genes están regulados por dos supresores tumorales, IRF1 y BRCA1 como se muestra en la Figura 4, que indica que hay una fuerte conexión entre la desacidificación y el crecimiento del cáncer.
Cada círculo representa un gen relacionado con la desacidificación, cada una de hexágono interior, representa un un gen supresor tumoral oncogén y cada triángulo, con cada enlace que representa una relación de regulación directa.
Figura 5 resume nuestro modelo general de los mecanismos celulares de desacidificación y las condiciones específicas que pueden desencadenar cada mecanismo de ser activado. En concreto, la hipótesis de que la hipoxia y factores de crecimiento pueden servir como los principales factores de regulación de los procesos deacdification, por lo tanto, haciéndolos disponibles sólo en las células cancerosas, en conjunción con el nivel de pH celular.
Cada cilindro representa una bomba o transportador utilizado para eliminar los protones y, posiblemente, otras moléculas fuera de la célula; y cada barra rectángulo representa una condición que es un posible factor regulador de la bomba o transportador correspondiente.
Discusión
Sobre la base de los resultados del análisis de transcriptómica datos comparativos sobre seis tipos de cáncer, tenemos propuesto un modelo de cómo las células cancerosas se ocupan de protones en exceso en ambos entornos intracelulares y extracelulares, que se generan debido a la energía del metabolismo reprogramado. Algunos de los mecanismos han sido reportados en la literatura, pero en su mayoría en un menor número de tipos de cáncer. Nuestros resultados de los análisis han confirmado y ampliado los modelos propuestos anteriormente. Además, hemos propuesto un nuevo modelo basado en la forma bacteriana
Lactococcus
trata de una situación similar. Otra contribución de la obra es que hemos propuesto posibles mecanismos reguladores que permiten a las células cancerosas para utilizar plenamente estos mecanismos desacidificación codificados que no se activan en las células normales
.
Dado que nuestro modelo propuesto se basa en los datos de transcriptómica solamente, más validación experimental en varias de las hipótesis están claramente necesario, incluyendo (i) los principales reguladores de estos procesos y sus relaciones de reglamentación con pH reguladores relacionados, (ii) el nuevo mecanismo propuesto basa en un sistema homólogo en
Lactococcus
, el organismo que produce lactato; y (iii) el cotransportador de NBC propuesta transporta en HCO
3
- y Na
+ juntos, pero no está claro cómo el Na
+ se maneja en las células cancerosas; y cuestiones similares pueden ser preguntado por el Ca inported
2 + o Na
+ por otros procesos de desacidificación. Todo esto requiere una mayor investigación experimental y computacional.
Nuestro procedimiento de búsqueda global para enzimas y transportadores que pueden cambiar el número de protones de una manera sistemática demuestra ser muy eficaz. Por ejemplo, las anhidrasas carbónicas se encuentran para ser posiblemente relevante para el proceso de desacidificación de la búsqueda; sólo más tarde se encontró que este sistema ha sido estudiado y descrito en la literatura. Este resultado muestra claramente el poder de este procedimiento, cuando se combina con búsquedas adicionales y análisis de los datos de transcriptómica, que creemos que es aplicable a la elucidación de otros procesos relacionados con el cáncer.
Materiales y Métodos
1. Los datos de expresión génica para seis tipos de cáncer
Los datos de expresión génica para los seis tipos de cáncer, (mama, colon, hígado, adenocarcinoma de pulmón, de células escamosas de pulmón, próstata), se descargan de la base de datos de GEO [41] de la NCBI. Para cada tipo de cáncer, hemos aplicado los siguientes criterios en la selección del conjunto de datos utilizado para este estudio: (1) todos los datos en cada conjunto de datos se generaron utilizando la misma plataforma por el mismo grupo de investigación; (2) cada conjunto de datos consta de muestras pareadas solamente, es decir, muestra de tejido de cáncer y la muestra de tejido no canceroso adyacente a juego; y (3) cada conjunto de datos tiene al menos 10 pares de muestras. En la base de datos GEO, sólo seis tipos de cáncer tienen conjuntos de datos que cumplen con estos criterios. Un resumen de los 12 conjuntos de datos, 2 juegos para cada cáncer, aparece en la Tabla 1.
2. La identificación de genes expresados diferencialmente en el cáncer de
frente
control tejidos
Para cada conjunto de datos utilizados en este estudio, hemos utilizado los datos de expresión normalizada del estudio original. Ya que utilizamos los datos sólo pareadas, una prueba de los signos de Wilcoxon desarrollado por [42] para los pares emparejados, se aplica para identificar los genes expresados diferencialmente significativos en el cáncer de
frente
muestras normales adyacentes para cada conjunto de datos. Consideramos un gen que se expresa de forma diferente si la significación estadística,
p-valor
, es inferior a 0,01. Para cada tipo de cáncer, se consideran sólo los genes con genes altura o baja regulación en todas las muestras como se expresan diferencialmente coherentes. El factor de cambio final se calcula tomando la media de las veces el cambio entre las muestras de cáncer y de control.
3. La búsqueda de relaciones de reglamentación en Bligoo humano
Para recuperar la información de relación de la regulación transcripcional de los genes que nos interesan en este estudio, hemos utilizado una base de datos pública junto con su motor de búsqueda CsCAN (http: //www.beaconlab. it /CsCAN) para predecir los reguladores de transcripción común sobre la base de una gran colección de datos chIP-Seq durante varios TFS y otros factores relacionados con la regulación de la transcripción de humanos y de ratón [38]. Las relaciones de reglamentación se infiere a partir de datos de chip-Seq recogidos en virtud de 777 condiciones diferentes en la base de datos hmChip [43] y los factores de transcripción de la UCSC Genome Browser [40].
4. Los genes relacionados con el cáncer
Para recuperar los genes relacionados con el cáncer, específicamente los genes supresores de proto-oncogén y tumorales para nuestro estudio, se realizaron búsquedas en la base de datos UNIPROT (http://www.uniprot.org/keywords/) utilizando palabras clave, que dado lugar a la recuperación de 232 proto-oncogenes (KW-0656) y 194 genes supresores de tumores (KW-0043) en humanos.
Apoyo a la Información
Figura S1. mecanismos
desacidificación en las células cancerosas. Cada barra rectángulo representa una familia de transportadores, enzima o bomba. Los rectángulos de color rojo están regulados en nuestro estudio y el espectáculo verde baja regulación. Discontinuas indican las flechas de CO
2 difusión a través de la membrana
doi:. 10.1371 /journal.pone.0071177.s001
(PDF)
Reconocimientos
Gracias especiales a Fei Ji de la estrategia de país del laboratorio en la Universidad de Georgia para la ayuda en este proyecto para el análisis de predicción de proteínas estructurales. YX también gracias profesor Xu Ruren de Química College, Universidad de Jilin, útil para el debate sobre temas de acidez analizados en este estudio.