Extracto
Antecedentes
Es el cáncer común. El descubrimiento de nuevos biomarcadores genéticos podría ayudar a identificar a los individuos de alto riesgo. la variación del número de copias (CNV) ha sido recientemente demostrado que influyen en el riesgo de varios tipos de cáncer. Se buscó el objetivo del presente estudio para probar la asociación entre el número de copias a una variante de la región y GC.
Métodos
Un total de 110 pacientes con cáncer gástrico y 325 voluntarios sanos se inscribieron en este estudiar. Buscamos un CNV y encontramos un CNV (Variación 7468) que contiene parte de la
APC
gen, el
SRP19
gen y el
REEP5
gen. Elegimos cuatro sondas dirigidas a
APC-intron8
,
APC-exon9
,
SRP19
y
REEP5
para interrogar a este CNV. sondas Taqman específicas marcadas por diferentes fluoróforos reportero se utilizaron en una plataforma de PCR en tiempo real para obtener el número de copias. Tanto los datos no enteros originales y datos enteros transformados en el número de copias se utilizaron para los análisis.
Resultados
Caner pacientes gástricos tenían un número de copias no entero menor que los controles para el
APC-exon9
sonda (ajustado p = 0,026) y
SRP19
sonda (ajustado p = 0,002). El análisis del número de copias entero produjo un patrón similar aunque menos significativa (p = 0,07 ajustado para
APC-exon9
sonda y ajustado p = 0,02 para
SRP19
sonda).
Conclusiones
las pérdidas de un CNV en 5q22, especialmente en la región del ADN que rodea
APC-exón 9
, puede estar asociada con un mayor riesgo de cáncer gástrico.
Visto : Tsai PC, Huang SW, Tsai NS, Ma CJ, Hou MF, Yang IP, et al. (2014) La asociación entre el número de copias de ADN en el cromosoma 5q22 Aberraciones y cáncer gástrico. PLoS ONE 9 (9): e106624. doi: 10.1371 /journal.pone.0106624
Editor: Qing Yi-Wei, el Instituto del Cáncer de Duke, Estados Unidos de América
Recibido: Abril 29, 2014; Aceptado: July 30, 2014; Publicado: 11 Septiembre 2014
Derechos de Autor © 2014 Tsai et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Disponibilidad de datos:. La autores confirman que todos los datos que se basan los resultados son totalmente disponible sin restricciones. Todos los datos relevantes se encuentran dentro del apoyo de sus archivos de información en papel y
Financiación:. Este trabajo fue apoyado por becas de la Hospital de Kaohsiung Médico de la Universidad (KMUH98-8I04, KMUH98-8G05, KMUH99-9R03), la excelencia para el cáncer Centro de Ayuda de Investigación a través de la financiación del Departamento de Salud, Yuan Ejecutivo, Taiwán, República Popular de China (MOHW103-TD-B-111-05), y el Consejo Nacional de Ciencia de la República de China (NSC-99 a 2320 B- 037-014-MY3, NSC 94-2314B037-104). Los fundadores tuvieron ningún papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer gástrico (CG) es el cuarto cáncer más común y la tercera causa principal de muerte por cáncer en todo el mundo en los hombres; el quinto cáncer más común y la quinta causa principal de muerte por cáncer en las mujeres [1]. De acuerdo con la Agencia Internacional para la Investigación sobre el Cáncer (IARC), Japón, China y Corea tienen una mayor incidencia de GC [2]. En Taiwán, GC fue la sexta causa principal de muerte relacionada con el cáncer en 2010 (http://www.doh.gov.tw/statistic/index.htm; visitada en junio de 2011). El cáncer gástrico es muy complejo y presenta heterogeneidad en los aspectos clínicos, biológicos y genéticos. factores ambientales conocidos que influyen en GC incluyen
Helicobacter pylori (H. pylori)
infección, los hábitos alimenticios, el tabaquismo, antecedentes familiares, y el sexo (una mayor relación de hombre a mujer) [3]. A medida que la historia familiar es un factor de riesgo importante para GC, estudios recientes se han centrado en los factores genéticos que juegan un papel en la GC. Varios investigadores han documentado las alteraciones genéticas que están involucrados en el desarrollo de GC [4].
El cáncer gástrico menudo exhibe retraso en la presentación clínica, y por lo general se diagnostica en una etapa avanzada y conlleva un mal pronóstico. La detección temprana de GC es crucial para mejorar la eficacia terapéutica, y la reducción de la mortalidad, por lo tanto, la identificación de biomarcadores genéticos pertinentes podría ayudar en la detección temprana de la GC. Un gran número de asociaciones entre los cambios estructurales y las enfermedades genómicas susceptibilidad se han desentrañado [5], [6]. Varios cambios genéticos específicos que incluyen la duplicación y la mutación se ha sospechado o demostrado estar relacionada con la progresión de GC [7]. ADN copia variaciones en el número (CNV) son comunes en varios tipos de cáncer y otras variables de enfermedad. Las variaciones en el número de copias de ADN pueden ser un indicador de alto riesgo de GC en los individuos. El uso de la hibridación genómica comparada (CGH) /CGH-array (aCGH) análisis, varias regiones genómicas se han encontrado en las células de GC o GC pacientes a tener ganancias de regiones de ADN que incluye 3q26-28, 7p12-15, 7q21-22, 8q21-24 , 13q21-23, 17q21-22, 20p12, y 20q11-13 y pérdidas de regiones de ADN que incluyen 4q26-27, 5q14-22, 9p21-23, 17p12-13, y 18q22 [8] - [13]. Estos resultados indican que los patrones de inestabilidad cromosómica pueden correlacionarse con las características clínico-patológicas de GC.
Los estudios anteriores han documentado anormalidades en la poliposis adenomatosa coli (
APC
) de genes en el cromosoma 5q22 a resultado en la poliposis adenomatosa familiar (PAF), el cáncer de colon hereditario no asociado a poliposis y otros tipos de cáncer [14] - [16]. La mayoría de las pérdidas frecuentes del número de copias en 5q22 en pacientes con cáncer gástrico de la diferencia racial se resumen en la Tabla S1 S1 en el archivo [8] - [10], [12], [13], [17] - [22]. Los estudios informaron que el 15,4% en japonés [10], el 35% en Corea [21], y el 21% en turco [20] de GC pacientes tenían mutaciones genéticas en 5q14-22. se ha encontrado pérdidas de número de copias en el cromosoma 5q22 que se asociaron significativamente con el tipo histológico [13], [18], [19], los ganglios linfáticos [12] y la metástasis [12] en pacientes con cáncer gástrico. Además de la relación con el cáncer gástrico, la pérdida 5q fue también a menudo participa en la etapa premaligna [17], [22]. Estos estudios han indicado que el
APC
gen puede jugar un papel importante en la GC. Por lo tanto, en este estudio, hemos probado la asociación del número de copias en 5q22 con GC en la población taiwanesa.
Métodos
Estudio de la población
Un total de 110 pacientes con cáncer gástrico y 325 controles sanos se inscribieron desde Kaohsiung Medical University hospital en Taiwán. Todos los pacientes eran o taiwanesa o de China continental. La presencia de GC también fue confirmado patológicamente. El grado histológico fue clasificado de acuerdo con los criterios de Lauren [23]. La estadificación del tumor fue de acuerdo con el American Joint Committee on sistema de Cáncer (AJCC) puesta en escena [24]. Los sujetos con otros tumores malignos fueron excluidos del estudio. Los sujetos de control eran voluntarios sanos que participaron en los exámenes de salud regulares en el mismo hospital. Ninguno de los controles tenía antecedentes personales de cáncer o cualquier otros trastornos gástricos significativos diagnosticados en el momento de la inscripción. Los protocolos y métodos de estudio fueron aprobados por la Junta de Revisión Institucional de Kaohsiung Medical University Hospital. Todos los participantes por escrito el consentimiento informado antes del comienzo del estudio.
Seleccionar candidato de la CNV relacionados GC-
El candidato que abarca la CNV
APC
gen en el cromosoma 5q22 fueron recuperados a partir de una base de datos pública (base de datos de variantes genómicas, DGV, http://projects.tcag.ca/variation~~number=plural). Hasta noviembre de 2010, la base de datos aparece posiciones físicas de 66,741 CNV ubicadas en regiones comunes 15.963 de la CNV. Entre ellos había un CNV (Variación 7468) en 5q22 que abarcan 127,5 kb (localización cromosómica: 112 138 707 112 266 194 a, basado en NCBI Build 36 versión /hg18) que cubre una parte de la
APC
gen y
SRP19
gen en la cadena de ADN hacia adelante y el
REEP5
gen en la cadena de ADN inversa. Sobre la base de los datos CGH array de 50 hombres sanos franceses, la frecuencia de la ganancia y la pérdida de copias en esta región eran 2% y 2%, respectivamente [25]. La literatura muestra seis mutaciones en la región de empalme alternativo del exón-9 de la
APC
gen que se asocia con FAP [26] y el cáncer de colon [27], pero ninguno ha sido reportado en relación con GC.
se escogieron dos sondas vecinos interrogar intron8 y exon9 de la
APC
gen, respectivamente, una sonda para la
SRP19
gen, y una sonda para el
REEP5
gen para detectar el número de copias de este CNV mientras que
RPPH1
se utilizó como gen de referencia. Estas sondas están disponibles comercialmente de TaqMan (Applied Biosystems Inc (ABI), CA, EE.UU.) y su información detallada sobre los genomas (build 36 /hg18) se muestra en la Tabla S2 en Archivo S1 y Figura S1 S1 en el archivo.
preparación de ADN genómico y PCR en tiempo real para la detección de la copia número
aislamiento del ADN se realizó mediante kits de aislamiento de ADN disponibles comercialmente (QIAamp DNA Mini kit, Qiagen, Hamburgo, Alemania). RNasa A (Qiagen) se utilizó para digerir ARN de cadena sencilla para el aislamiento de ADN libre de ARN. ADN genómico fue extraído de leucocitos de sangre periférica. ADN se cuantificó por primera vez por absorción UV (Beckman DU 640 espectrofotómetro; Beckman Coulter, Brea, CA, EE.UU.) y luego amplificado por PCR en tiempo real. las concentraciones de ADN se ajustaron a 10 ng /l antes de genotipado. Real-Time PCR se realizó utilizando las sondas Taqman en un instrumento ABI 7900HT PCR en tiempo real (ABI). Comercialmente sondas marcados con colorante FAM disponibles fueron diseñados para amplificar el
APC
,
SRP19
y
REEP5
. VIC marcado con colorante
ribonucleasa P RNA componente H1 (RPPH1)
se utilizó como control endógeno porque
RPPH1
tiene exactamente dos copias por genoma diploide humano, que está situado en 14q11.2 cromosoma [ ,,,0],28]. Los cebadores y sondas fueron diseñados a partir de la secuencia genómica (build 36 /hg18) utilizando el software propietario ABI. El ensayo TaqMan número de copias contenía 1 l
APC, SRP19 o REEP5
sonda (20x, FAM etiquetados), 1 l
RPPH1
mezcla de sondas (20x, VIC etiquetados), 10 l TaqMan PCR Universal Master Mix (2x), 1,5 l de ADN genómico y 6,5 l de agua. El protocolo de amplificación utilizado para la reacción es 95 ° C durante 10 min, seguido de 95 ° C durante 15 seg y 60 ° C durante 1 min durante 40 ciclos. Un umbral de ciclo umbral manual (Ct) de 0,2 y una línea de base automático se utiliza para detectar la cantidad de plantilla de los genes diana y
RPPH1
gen por un software de secuencia sistema de detección (ABI, versión 2.4). Para cada muestra, cuatro sondas (
APC-intron8, APC-exon9, SRP19, España y
REEP5
) se realizaron junto con un control interno. Las sondas diana y el control interno se cargaron en el mismo pozo y cada reacción se llevó a cabo por cuadruplicado. software CopyCaller (ABI, versión 1.0) se utilizó para calcular el número de copias número entero de cada sonda sobre la base de los datos de PCR en tiempo real. Se calculó la media y la desviación estándar (DE) de quadruplicates de Ct para cada sujeto. Para el control de calidad de los datos, los datos se filtró a través de tres pasos. Sólo los sujetos que pasaron los tres pasos de control de calidad de los datos se utilizaron en los análisis posteriores.
Copiar número de control de calidad
Para el control de calidad de los datos, el número de copias de cada sonda de bienes -Tiempo PCR se filtró por tres pasos. En el primer paso, se examinaron los datos de carreras en tiempo real de PCR individuales. Los siguientes criterios se aplican para excluir para el análisis: 1) VIC Ct & gt; 32, posiblemente debido a un fallo para amplificar la señal interna
RPPH1
, 2) cualquier sonda con Ct & gt; 4,0 o 3) Ct FAM & gt; 40 . Los datos que cumplen con los dos últimos criterios sugirieron el fracaso de la amplificación de sondas diana, y por lo tanto los datos se consideraron como poco fiable. Después de la primera etapa, se calculó la media? Ct para cada sujeto del estudio.
El segundo paso fue excluir el valor atípico de la media? Ct usando ± 3 desviaciones estándar como puntos de corte. Después de las etapas primera y segunda, el número de copias de cada sonda para cada individuo se calculó mediante la fórmula 2
-ΔΔCt × 2. En consecuencia, el número de copias puede que no sea un número entero. Dado que el número de copias es teóricamente un número entero, seguimos aún más las directrices de software CopyCaller para estimar el número entero de cada número de copias utilizando el método de análisis de la probabilidad máxima automática, basado en la distribución de densidad de probabilidad en todas las muestras.
Finalmente , de acuerdo con la distribución del número de copias número entero, se calcularon una puntuación z estandarizado y el valor de confianza. Un valor absoluto más alto de la puntuación z estandarizado y un valor inferior de confianza implícita una mayor variación. Según lo sugerido por las directrices del usuario del software CopyCaller (ABI, la versión 1.0), el tercer paso para el control de calidad de los datos es excluir ninguna de las muestras que cumplen las dos condiciones siguientes criterios: 1) el valor absoluto de la puntuación z & gt; 2,65 y 2) el valor de confianza & lt; 0,9. Sólo los participantes que hayan superado los tres pasos del control de calidad de los datos se utilizaron en los análisis posteriores.
Análisis estadístico
Debido a que sólo unos pocos de los participantes tenían un número de copias de más de 3 o menor que uno, el número de copias se clasifican en tres grupos (≤1, = 2, o ≥ 3). Para probar la asociación entre la categoría de número de copias para cada estado de la sonda y la enfermedad, se utilizó regresión logística con ajustes por edad y sexo. Se calcularon los odds ratios (OR) y sus intervalos de confianza del 95% (IC). También se calculó la tasa de concordancia de categoría el número de copias a través de las cuatro sondas. Se utilizó la prueba de Cochran-Armitage tendencia para encontrar la relación lineal entre el número de copias de sondas diana y riesgo de CG. t de Student y Mann-Whitney U (si no una distribución normal) se utilizaron para comparar el número de copias de cada sonda GC entre los pacientes y controles sanos. Un valor de p de dos colas & lt; 0,05 se consideró estadísticamente significativa. Los análisis estadísticos se realizaron mediante el software JMP versión 9.0 (SAS Institute Inc., NC, EE.UU.).
Resultados
Los sujetos del estudio
Todos los 110 pacientes con cáncer gástrico y 325 sujetos de control tenían copiar información de número de por lo menos una de las cuatro sondas en 5q22. La distribución de los valores de número de copias para cada sonda se muestra en la Figura 1. Los pacientes con cáncer gástrico fueron significativamente mayores que los controles sanos (edad, con una media ± desviación estándar: los pacientes GC = 66,5 ± 13,8, Controles = 62,5 ± 9,7; p = 0,001). Los hombres representaron una mayor proporción (61,8%) de los pacientes con cáncer gástrico, pero representaban sólo el 46,4% de los controles sanos (p = 0,005). Entre los pacientes con cáncer gástrico, 55 tenían
H. pylori
infección, 28 no estaban infectados por
H. pylori, España y 27 no tenían esa información. 37 de los pacientes tenían GC clasificación histológica de Lauren (19 difuso, 16 intestinal y 2 subtipos mixtos); 34 tenían el grado de diferenciación (3 bien diferenciado, moderadamente diferenciado 9 y 22 pobremente diferenciado); 45 tenían estadio tumoral AJCC (12 en estadio I, 7 en estadio II, 13 en estadio III y 13 en estadio IV).
A.
APC_intron8
; B.
APC_exon9
; C.
SRP19
; D:
REEP5
. * Línea representa el valor de la mediana del número de copias no entero de grupos GC y grupos saludables,
† Adj_p:. Ajuste por edad y sexo
Asociación entre la CNV y el cáncer gástrico
Como era de esperar, la mayoría de los participantes en el estudio tenían 2 copias del segmento CNV cercana: van desde el 78,2% a la entre los el 92,6 4 sondas en los controles y desde el 87,3 a la 93,6% en los pacientes con cáncer gástrico. La tasa de concordancia para el número de copias a través de las 4 sondas varió de 80,5 a la 93,1% (Tabla S3 en Archivo S1). Este número de copias era con frecuencia variable en una región más grande del conocido funcional
APC
y
SRP19
. Por lo tanto, las variaciones pueden tener en cuenta la longitud de la distancia y variaciones funcionales (Tabla S3 en File S1). Para la sonda de
APC-exon9
, el 9,1% de los pacientes con cáncer gástrico pertenecía a copiar número de categoría 3, mientras que el 17,5% de los controles estaban en la categoría 3 (OR = 0,48, IC del 95%: 0,22-0,93; crudo p = 0,04, edad /sexo ajustados p = 0,07, Tabla 1). Del mismo modo, el número de pacientes GC estaban en la categoría 3 en comparación con los sujetos de control para las otras tres sondas, pero las diferencias no fueron significativas (Tabla 1). Además, se observó una relación dependiente de la dosis entre GC y el número de copias de la sonda para
APC-exon9
(Tabla 1). Esto implica que los controles tienden a tener una mayor proporción de la ganancia del número de copias de los que tienen un valor de tendencia p de 0,026 (edad /sexo ajustado p = 0,067 para la prueba de tendencia).
Debido a que la el número de copias se estimó a partir de los datos de PCR en tiempo real, el número de copia original no era un número entero y normalmente no distribuida. Por lo tanto, también prueba no paramétrica de la asociación entre los datos no enteros en el número de copias y el estado de la enfermedad. Los mediana y rango intercuartílico (IQRs) del número de copias de cada sonda (
APC-intron8, APC-exon9, SRP19, España y
REEP5
) se compararon entre los pacientes con cáncer gástrico y controles sanos ( Tabla 1). Al igual que en los resultados del número de copias del número entero, los pacientes GC tenían un número de copias significativamente menor en comparación con los controles para el
APC-exon9 gratis (crudo p para la prueba t = 0,006, p crudo para U de Mann-Whitney test = 0,013, sexo /ajustada por edad p = 0,026) y
SRP19 gratis (crudo p para la prueba t = 0,0004, p crudo para la prueba de Mann-Whitney U = 0,017, sexo /ajustada por edad p = 0,002) sondas (Figura 1B y la Figura 1C). No hubo diferencia significativa para los otros dos sondas de la CNV (
APC-intron8
y
REEP5
) (Figura 1A y la Figura 1D). Un análisis más detallado de las correlaciones entre el número de copias y GC clasificaciones patológicos clínicos, los resultados mostraron que ninguna copia diferencia significativa cantidad en el exón-9 de
APC
gen independientemente de histológico, los grados de diferenciación o el estadio TNM, que podría debido a la muestras de pequeño tamaño (Tabla 2).
Discusión
Este estudio utilizó 4 sondas para investigar la asociación entre la variación del número de copias del cromosoma 5q22 y en el GC. Esta región abarca tres genes: 'final de la
APC
gen, la totalidad de
SRP19
gen, y el extremo 3' 3 de la
REEP5
gen. Para la sonda de
APC-exon9
, el control tuvo valores de número de copias más altos que los pacientes con cáncer gástrico en los tres análisis (es decir, copiar número de categoría, prueba de tendencia, y el número de copias no entero). La sonda de
SRP19
también tenía un número de copias significativamente mayor (basado en el ejemplar número de categoría y no entero de análisis) en los controles que en los pacientes con cáncer gástrico. Para el
APC-intron8
y
REEP5
sondas, los valores de número de copias no fueron significativamente diferentes entre los pacientes con cáncer gástrico y el grupo de control en cualquiera de los tres análisis. Los resultados de este estudio indican que un número de copia reducido en la región de esta CNV puede estar asociada con un mayor riesgo de cáncer gástrico.
La
APC
gen que contiene 15 exones se encuentra en el cromosoma 5q21-22. Se observaron mayoría de las mutaciones del gen
APC
en el exón 15 en los pacientes con PAF [26] y pacientes con cáncer gástrico [29]. Seis mutaciones en la región de empalme alternativo del exón-9 se ha documentado que estar asociado con FAP [26] y el cáncer de colon [27], pero no se ha informado de estas mutaciones que se asocia con GC. Este estudio es el primero en informar de la asociación entre el número de copias a
APC-exon9
y GC. Una posible Wnt /β catenina /Tcf señalización vía de transducción asociado con APC se ha informado de GC [30]. Una función principal de APC se cree que regulan catenina β libre y así la pérdida de función APC puede provocar la inestabilidad del complejo catenina β y la acumulación celular de catenina β. Tras la translocación al núcleo, catenina β sirve como un activador de células T de la transcripción dependiente de factor, lo que lleva a un aumento de la expresión de varios genes diana específicos que pueden estar involucrados en la aparición de lesiones gástricas que van desde la gastritis crónica, atrofia gástrica, metaplasia intestinal , displasia para finalmente adenocarcinoma gástrico [31].
La plataforma de CGH se ha utilizado ampliamente para estudios de cáncer, y las sondas de esta plataforma a menudo cubrir una región de ADN de la región de ADN más largo que 1 kb. Por lo tanto, el enfoque de CGH se limita en la localización de los segmentos de la CNV cuando los cambios son menos de 1 kb. En este estudio, hemos utilizado sondas TaqMan específicas marcadas por diferentes fluoróforos reportero (VIC y FAM) en una sola reacción. Este enfoque nos ha permitido detectar un cambio en el ADN más sutil. la amplificación por PCR para cada sonda probado basado en TaqMan ABI han sido evaluadas a ser casi 100% de eficiencia [32]. Recientemente, este método ha sido ampliamente utilizado para otras enfermedades, como la degeneración macular relacionada con la edad y el asma alérgica [33], [34]. Antes de número de copias de genotipado, nuestras concentraciones de ADN genómico fueron cuantificados y rigurosamente controlados mediante dos métodos independientes: absorción UV (rango racional relación de OD 260/280: 1,8 ± 0,2) y la amplificación por PCR de
RPPH1 gratis (rango racional Ct de VIC: 25-27). La amplificación de
RPPH1
se realizó en el mismo así como la sonda para proteger contra las variaciones artificiales (tales como las diferencias en la carga de ADN o la detección errónea del genotipo nulo). Por lo tanto, nuestro método puede ser considerada como confiable para la caracterización cuantitativa de la fragmentaria CNV. Con base en los anteriores experimentos CGH, han informado de estudios que 2% de pérdida de copias y 2% de copias de ganancia en 5q22 en hombres franceses sanos [25]. Se utilizó sondas TaqMan, que tienen una mayor resolución para detectar una región más pequeña de la variación del número de copias, y se encontró que el porcentaje de ejemplares de pérdida en las 4 sondas varió de 0 a 2,7% en los taiwaneses sanos. Sin embargo, una mayor proporción de copias de ganancia que oscila entre el 2,7% (
REEP5
) al 14,1% (
APC-exon9
), se observaron en los hombres sanos. De manera similar a los datos de los participantes masculinos, la frecuencia de las copias de ganancia de
APC-exon9
también fue alta para las mujeres participantes (20,2% de copias de ganancia). Sin embargo, otro estudio de investigación de la población japonesa también informó de una mayor proporción (20,6%) del número de copias del cromosoma 5q ganancia en donde se encuentra nuestra CNV investigado [9].
Como era de esperar, la mayoría de los participantes tenían 2 copias de la CNV segmento de entre las cuatro sondas en todos los sujetos. Sólo se observó una tasa de concordancia del 80% entre el número de copias medidos por la sonda de la
APC-exon9
y el
SRP19
sonda (Tabla S1 S3 en archivos). Esto es en realidad la tasa de concordancia más bajo de todos los tipos de parejas entre las sondas, sin embargo, ambas sondas se asociaron significativamente con GC. Es posible que la variación 7468 no es un CNV continua, pero se considera así porque se identificó utilizando CGH array, una técnica con una resolución más bajos que los disponibles en la actualidad (es decir, puede consistir en varias regiones más cortas con variable número de copias) . Por lo tanto, el límite variable del gen podría ser reducido de
APC-exon9 a SRP19
. En cuanto a la parte delantera de
APC-exon9
se refiere, si existen otras regiones variables asociadas con la GC requiere una mayor exploración. En este estudio, no hubo diferencias significativas en el número de copias entre los pacientes y los controles de GC en
APC-intron8
e incluso
APC-intron7 gratis (datos no mostrados).
como es el caso con la mayoría de los esfuerzos de investigación, nuestro estudio tenía limitaciones. El tamaño de la muestra utilizada en este estudio podría no haber sido suficiente para detectar una CNV con un pequeño efecto. Además de información, hemos limitado en la clínica características patológicas (como
H. pylori
, el grado histológico, el grado de diferenciación y el estadio tumoral por lo que es difícil para la interacción de las pruebas de CNV y estos parámetros. Se necesitan más sujetos para confirmar este resultado en el futuro. en conclusión, las pérdidas de una CNV en 5q22 (variación de 7468), especialmente en la región de ADN que rodean APC-exón 9, puede estar asociada con un mayor riesgo de cáncer gástrico. una pérdida de esta CNV puede servir como un nuevo biomarcador para identificar individuos de alto riesgo. Sin embargo, una gran asociación estudios se requieren para confirmar la utilidad de este biomarcador y el mecanismo detallado queda por aclarar.
Apoyo a la Información del archivo
S1.
combinado Apoyando archivo de información. Tabla S1 en S1 archivo. anomalía genética en el cromosoma 5q22 en los estudios de GC. Tabla S2 en S1 archivo. Información cuatro sondas en el cromosoma 5q22 y una sonda interna en el cromosoma 14q11. Tabla S3 en S1 del archivo. La concordancia del número de copias entre cada sonda adyacente (110 pacientes con cáncer gástrico y 325 controles sanos). Figura S1 S1 en el archivo. Las ubicaciones de las cuatro sondas en la CNV contienen
APC /SRP19 /REEP5
genes
doi:. 10.1371 /journal.pone.0106624.s001 gratis (DOCX)