Extracto
La creciente evidencia indica que Rab GTPasas, reguladores clave del transporte intracelular en las células eucariotas, juegan un papel importante en el cáncer. Hemos analizado la desregulación a nivel transcripcional de los genes que codifican las proteínas Rab y proteínas Rab-que interactúan en la patogénesis del cáncer de vejiga, distinguiendo entre las dos vías de progresión principales identificados hasta ahora en el cáncer de vejiga: la vía Ta caracterizado por una alta frecuencia de
FGFR3
mutación y el carcinoma de
In situ
vía donde no o poco frecuentes
FGFR3
mutaciones han sido identificadas. Una búsqueda sistemática de la literatura identificó 61 genes que codifican las proteínas Rab y 223 genes que codifican las proteínas Rab-interactuando. Se obtuvieron datos de transcriptómica para las muestras normales y urotelio por dos conjuntos de datos de cáncer de vejiga independientes que corresponden a 152 y 75 tumores. la desregulación de genes se analizó con el SAM (análisis significativo de microarrays) de prueba o la prueba binomial. En general, 30 genes se redujeron reguladas, y 13 fueron reguladas en las muestras tumorales. Cinco de estos genes desregulados (
LEPRE1
,
MICAL2
,
RAB23
,
STXBP1
,
SYTL1
) fueron desregulados específicamente en
FGFR3 tumores
-non mutado músculo-invasivos. se ha encontrado ningún gen que codifica una proteína Rab Rab-o interactuar a ser desregulado específicamente en
FGFR3
tumores -mutated. El análisis de conglomerados mostró que el
RAB27
grupo de genes (que comprende los genes que codifican RAB27 y sus socios que interactúan) fue desregulado y que esta desregulación se asoció con las dos vías de la patogénesis del cáncer de vejiga. Por último, se encontró que la expresión de
KIF20A
y
ZWINT
se asoció con la de marcadores de proliferación y que la expresión de
MLPH
,
MYO5B
,
Rab11a
,
RAB11FIP1
,
RAB20
y
SYTL2
se asoció con la de marcadores de diferenciación de células uroteliales. Este análisis sistemático de la desregulación del gen efector Rab Rab y en el cáncer de vejiga, teniendo subgrupos tumorales relevantes en cuenta, da una idea de las posibles funciones de las proteínas Rab y sus efectores en la patogénesis del cáncer de vejiga. Este enfoque es aplicable a otro grupo de genes y tipos de cáncer
Visto:. Ho JR, Chapeaublanc E, L Kirkwood, Nicolle R, S Benhamou, Lebret T, et al. (2012) La desregulación de genes Rab Rab y efectoras en el cáncer de vejiga. PLoS ONE 7 (6): e39469. doi: 10.1371 /journal.pone.0039469
Editor: Wanjin Hong, Instituto de Biología Molecular y Celular, Singapur
Recibido: 27 de enero de 2012; Aceptado: 21 de mayo de 2012; Publicado: 19 Junio 2012
Derechos de Autor © 2012 Ho et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. El trabajo fue apoyada por las subvenciones del Centro nacional de Investigación Científica (CNRS) y el Instituto Curie. El equipo de Oncología Molecular se apoya en la Ligue Nationale de La Contra el Cáncer ( "Equipe labellisée"). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el tráfico intracelular es un proceso esencial en las células eucariotas. Se basa en las compañías de transporte vesicular o tubulares que transporte entre compartimentos celulares que faciliten el intercambio constante de proteínas y lípidos. Muchos estudios han puesto de manifiesto su complejidad y llevado a la identificación de un gran número de proteínas implicadas en las diferentes etapas del transporte intracelular, es decir, la formación de los portadores de transporte de las membranas donantes, su movimiento a lo largo de pistas del citoesqueleto y sus dispositivos de fijación /fusión con membranas diana. Pequeñas GTPasas de la familia Rab se han convertido en los principales reguladores de estos diferentes pasos. Al igual que con otras GTPasas, Rab proteínas ciclo entre un PIB inactiva (guanosina difosfato) -bound formulario y un GTP activa (guanosina trifosfato) forma -bound. La forma activa unida a GTP de la Rab es unida a la membrana mientras que la hidrólisis del GTP a los resultados de PIB en su disociación en el citosol. Estos dos ciclos son controlados por una compleja red de regulación de proteínas que incluye factores de intercambio de nucleótidos de guanina (GEF), GTPasa activación de las proteínas (BPA) y los inhibidores de la disociación de nucleótidos de guanina (GDI). En su forma activa Rab GTPasas interactúan con una amplia gama de proteínas efectoras, tales como motores moleculares, quinasas de lípidos, factores de la inmovilización y proteínas de andamiaje (ver [1] para su revisión).
Estudios recientes han encontrado un papel para una serie de proteínas Rab en los cánceres humanos. Varios estudios han sugerido que la expresión que podía jugar tanto un activador y un papel la inhibición de la progresión del tumor.
RAB1A
se sobreexpresa en el carcinoma de células escamosas lengua [2].
RAB3A
se expresa en insulinoma, pero no en las células de los islotes pancreáticos normales [3].
Rab11a
y
RAB20
expresión se incrementa durante la carcinogénesis de piel [4] y en los adenocarcinomas de páncreas exocrino [5], respectivamente. Por el contrario,
RAB37
es el regulado en los tumores metastásicos de cáncer de pulmón [6]. Tanto
Rab5a
y
RAB7
demostraron ser hasta reguladas en los adenomas tiroideos autónomos, una regulación tal que se correlaciona con una producción endocitosis tiroglobulina y la hormona acelerada [7].
Varios estudios funcionales han confirmado el papel de las proteínas Rab en la progresión del cáncer. Rab5a, se sobreexpresa en los carcinomas hepatocelulares, parece ser determinante para la progresión del cáncer de hígado, según lo sugerido por el hallazgo de que una forma dominante negativa de Rab5a atenúa la señalización celular y la migración mediada por EGF de una línea celular de hepatoma humano [8]. Otros resultados han demostrado que
RAB23
, amplifica y sobreexpresa en el cáncer gástrico de tipo difuso, actúa como un gen de invasión mediador [9]. Rab25 juega un papel en el desarrollo de ambos tipos de cáncer ovario y de mama [10], [11]. Sin embargo, un papel opuesto de
Rab25
también se ha documentado, es decir, como un gen supresor de tumor de cáncer de colon [12]. Además, algunas proteínas implicadas en la regulación del ciclo Rab también han sido implicados en la carcinogénesis. Por ejemplo
RIN1
, que codifica para una GEF Rab5, ha demostrado ser un gen supresor de tumor de mama [13], mientras que
TBC1D3B
, que codifica para un GAP Rab5, ha demostrado ser un oncogén amplifica en el cáncer de próstata [14].
urinaria cáncer de vejiga es el cuarto cáncer más común en hombres europeos y americanos. En las mujeres, es el noveno cáncer más común en los EE.UU. y el 14
º cáncer más común en Europa [15], [16]. De acuerdo con el escenario, en la primera presentación, alrededor del 50% de los carcinomas de vejiga son tumores Ta que son generalmente de bajo grado (tumores Ta son tumores papilares que no invaden más allá de la membrana basal), el 20% son tumores T1 (tumores que invaden más allá la membrana basal, pero no la muscular propia subyacente) y el 30% son tumores músculo-invasivo (T2-4). El carcinoma
In situ gratis (CIS) que consiste en lesiones de alto grado plana no invasores más allá de la membrana basal rara vez se encuentran en aislamiento. En su lugar, CIS es predominantemente encontrados con otros tumores uroteliales. La evidencia clínica y molecular sugieren que surgen los tumores de vejiga y el progreso a lo largo de dos vías principales: la vía "Ta" y el "carcinoma
In situ
" vía. tumores Ta mostrar una alta tasa de recurrencia (60%, [17]), pero tienen una probabilidad baja (5-10%) de progresar a tumores T1 y luego a los tumores del músculo invasivo (T2-4). Por el contrario, a menudo Cis curso (en aproximadamente 50% de los casos), para los tumores T1 y luego a los tumores musculares invasiva ([18] para su revisión). La vía de Ta se caracteriza por una alta frecuencia de activación de mutaciones del gen
FGFR3
(que codifica la tirosina quinasa del receptor del factor de crecimiento de fibroblastos 3).
FGFR3
mutaciones están presentes en el 70-75% de los tumores Ta y ausente de Cis. Su frecuencia relativamente baja en T1 (20%) y los tumores T2-4 (10-15%) es consistente con la alta tasa de progresión de la CEI y la baja tasa de progresión de Ta [19] - [24].
el objetivo de este trabajo fue realizar un estudio sistemático para identificar las proteínas Rab y proteínas Rab-interactuando cuya expresión está desregulada en las vías Ta y cis de la patogénesis del tumor de vejiga a nivel transcriptómica.
resultados
en este estudio, hemos aplicado la estrategia presentada en la Figura 1 (diagrama de flujo). En resumen: 1. una lista exhaustiva de los genes que codifican los genes, 2. Rab Rab y que interactúa se estableció a partir de bases de datos públicas desregulados (arriba-abajo o regulado en comparación al epitelio urinario normal), en cada una de las dos vías (el
FGFR3
vía tumor -mutated y el
FGFR3
vía tumoral-non mutado) se identificaron a partir de dos conjuntos de datos del transcriptoma, 3. genes desregulados, posiblemente a causa de estroma tumoral o tumor - se identificaron interacciones estroma y luego se omiten de análisis (análisis de los datos del transcriptoma en líneas de células tumorales de vejiga en comparación con las células normales en cultivo (NHU)), 4. para cada gen desregulado, una asociación específica ya sea con el
FGFR3
grupo tumor -mutated o la no grupo tumor -mutated se investigó, así como una asociación con una diferenciación o proliferación fenotipo. Además, se determinó para cada grupo de Rab (que consiste en una proteína Rab dado y sus socios que interactúan) si podría estar asociado con la patogénesis del cáncer de vejiga.
El primer paso es la identificación a través de bases de datos públicas y conocimiento experto de los genes de interés para el estudio, aquí la Rabs y sus efectores. El segundo paso consiste en seleccionar subgrupos de tumores y el análisis de la expresión de los diferentes genes seleccionados en la primera etapa en estos subgrupos en comparación con el urotelio normal. El subgrupo que aquí se ha hecho teniendo en cuenta la
FGFR3
estado de la mutación, la etapa y el grado, la separación de los tumores en dos vías. Una comparación de la expresión observada en líneas celulares de cáncer de vejiga y en células uroteliales humanos normales en cultivo permitió descarte de genes para los que la expresión podría ser posiblemente debido a la presencia de estroma (en comparación con las células normales, la regulación positiva en tumores de vejiga, pero no en la vejiga líneas de células tumorales). a continuación, se llevaron a cabo diferentes tipos de análisis de los genes desregulados seleccionados: 1) una comparación de la expresión en
FGFR3
tumores -mutated y
FGFR3 tumores
--inexperimentables- mutado permitieron la identificación de los genes específicamente desregulado en una de las dos vías de la patogénesis del cáncer de vejiga; 2) mediante la agrupación de genes en grupo de genes (en este caso los grupos de Rab), se identificaron las agrupaciones con expresión desregulada; 3) mediante el análisis de la posible correlación entre la expresión de los genes desregulados y la expresión de la proliferación o diferenciación de los genes marcadores, hemos identificado los genes desregulados asociadas con la proliferación o diferenciación.
Los resultados obtenidos en cada paso de los análisis se resumen en la figura 2.
los resultados de cada etapa de análisis se muestran en el diagrama de flujo presentado en la Figura 1.
Definición de la lista de genes a analizar
La primera parte de este trabajo consistió en establecer una lista de genes que codifican para las proteínas y las proteínas Rab Rab-que interactúan, incluyendo la activación de GEF y la inactivación de proteínas GAP (Figura 3). Se encontraron 61 humanos
RAB
genes. La lista de las proteínas Rab-interactuando fue establecido por una búsqueda bibliográfica para recoger los papeles que han reportado la identificación y /o la caracterización de las proteínas que interactúan directamente con Rab GTPasas, utilizando diferentes enfoques (dos ensayos de híbridos, GST-tirar hacia abajo, coimmunoprecipitation , etc.). Esta lista compuesta por 217 Proteínas: 23, 20 GEFs BPA y 174 proteínas efectoras. Hemos añadido a esta lista dos genes que codifican para las dos GDI (PIB) La disociación del inhibidor proteínas (
GDI1
y
2
) que son comunes a todas las GTPasas Rab. También se incluyeron cuatro genes que codifican para proteínas implicadas en la modificación postraduccional y la membrana asociación de todos Rabs recién sintetizadas en:
CHM
y
CHML
que codifica para proteínas Rab escolta (REP) y los dos isoformas de la transferasa de geranilgeranil Rab (
RABGGT Un
y
B Opiniones). Esto hace un total de 284 Rabs y proteínas Rab-interacción (Figura 2).
Rab GTPasas ciclo entre una forma activa unida a GTP y una forma inactiva unida a GDP. activación Rab está mediada por un factor de intercambio de guanina (GEF). La hidrólisis del GTP unido se cataliza por una proteína GTPasa activación (GAP) que resulta en la inactivación de la proteína Rab. En su forma activa, el Rab se asocia con membranas y puede interactuar con una variedad de proteínas efectoras. En su forma inactiva la proteína es citosólica y está en complejo con una proteína inhibidora de la disociación de GDP (GDI).
La lista de los genes analizados en este estudio y la lista de documentos en los que se describieron originalmente se muestran en la Tabla 1 y en la Tabla S1. Figura 4 ilustra el conjunto de proteínas que se muestran para interactuar con RAB27A /B (como un ejemplo) y la Figura S1 ilustra todos los clústeres Rab analizados; Rab proteínas están en amarillo, verde, GEFs en BPA en las proteínas efectoras de color rojo y de luz en azul.
Ejemplo de la agrupación Rab27. El cluster Rab27 se compone de los dos
RAB27
isoformas (
RAB27A
y
RAB27B
), el GEF
MADD
, el GAP
TBC1D10A Opiniones y 12 proteínas efectoras. Las otras proteínas Rab y Rab-interactuando se muestran en la Figura complementario S1.
Modelo de la patogénesis del cáncer de vejiga utilizado en este estudio
dos principales vías de progresión han sido hasta ahora identificados en el cáncer de vejiga, la vía Ta caracterizado por una alta frecuencia de
FGFR3
mutación y el carcinoma de
In situ
vía (CIS) donde ningún o poco frecuente
FGFR3 mutaciones tienen
han identificado. En este estudio, por tanto, hemos considerado dos vías: la
FGFR3
vía tumor -mutated y el
FGFR3
vía tumoral-non mutado (Figura 5). El
FGFR3
vía tumor -mutated comprendía los TaG1 y etiqueta 2
FGFR3
tumores -mutated, la T1
FGFR3
tumores -mutated y el músculo invasivo
FGFR3
-mutated tumores T2-4 (tumores). Se analizaron dos grupos de tumores de vejiga (n = 152 en el primer conjunto de datos y n = 75 en el segundo conjunto de datos). El número de
FGFR3
-mutated tag3 era demasiado pequeño para identificarlos como un grupo separado (2 tumores en los primeros conjunto de datos y 1 tumor en el segundo conjunto de datos), pero tampoco pudo ser incluido en el grupo TaG1 /tag2 debido a sus diferentes características clínicas y moleculares para que no se consideraron en el análisis. El
FGFR3
vía tumoral-non mutado comprendía la etiqueta 3
FGFR3 tumores
--inexperimentables- mutado, la T1
FGFR3 tumores
--inexperimentables- mutado y el músculo invasivo
FGFR3 tumores
--inexperimentables- mutado. transcriptomic datos de los tumores de carcinoma in situ no estaban disponibles en nuestra serie. Utilizamos
FGFR3
tumores tag3--inexperimentables- mutado en lugar de Cis. Estos tumores comparten varias propiedades con Cis a medida que progresan a una etapa invasiva [25] con una alta probabilidad (45%, [26]). Además, ambas lesiones son microscópicamente muy similar en el examen célula individual. TaG1 /tumores tag2 no mutado para
FGFR3 gratis (9 muestras en el primer conjunto de datos, 2 muestras en el segundo conjunto de datos) no fueron considerados en el análisis, ya que no caben en la vía Cis: de hecho estos tumores son de bajo grado y que rara vez progresan a T1 y luego a los tumores del músculo invasivo [26].
identificación de arriba o abajo genes regulados
con el fin de identificar los genes hasta - o regulados hacia abajo durante la progresión del cáncer de vejiga, se analizaron por separado las dos vías del "modelo FGFR3". Se utilizaron los tres grupos, etiqueta 3, T1, y T2-4, previamente definidos para el
FGFR3
vía -no-mutado y los tres grupos, TaG1G2, T1, y T2-4 para el
FGFR -
mutado vía del tumor (Figura 5). Para cada grupo de tumor, la expresión de la proteína Rab y genes Rab-interactuar enumerados en la Tabla S1 se comparó con su expresión en el urotelio normal (obtenido sin estroma) de grupo usando la prueba estadística SAM. Los resultados fueron filtrados con los siguientes umbrales: doble cambio (FC) & gt; 1,5 para la regulación (y & lt; 0,667 (= 1 /1,5) para la regulación a la baja) y qvalue & lt; 5%. Se analizaron por primera vez una colección de muestras que contienen 4 urotelio normal y 141 muestras tumorales (ver Material y Métodos) utilizando los microarrays de ADN Affymetrix HG U133 Plus 2.0. 269 de los 284 genes que figuran en la Tabla S1 estaban presentes en estos microarrays. Para el
FGFR3-
no mutada vía del tumor, se encontraron 19 genes que las reguladas y 12 genes regulados (Tabla 2); para el
FGFR-
vía tumoral mutado, se comprobó que estaban reguladas por 21 genes y 4 genes regulados (Tabla 3) (resumen en la Figura 2).
El "modelo de FGFR3 "progresión del cáncer de vejiga que distingue a un
FGFR3
vía tumoral-non mutado y un FGFR3-
vía tumoral
mutado. Cis: Carcinoma
In situ
. Las etapas se definen por la clasificación TNM 1997 y los grados por la clasificación de 1973 Organización Mundial de la Salud (ver Material y Métodos para la referencia).
A continuación, analizamos una segunda serie de tumores de verificar los resultados obtenidos. Este conjunto, recogerán separadamente de la primera serie, se analizó con los /U95Av2 microarrays de ADN Affymetrix HG U95A y contenía 5 urotelio normal y 72 muestras tumorales (ver Material y Métodos). Sólo 165 de los 284 genes enumerados en la Tabla S1 (58%) estaban presentes en estas microarrays. Entre los 31 genes que se encuentran arriba o hacia abajo-regulada en el
FGFR3-
no mutado vía del tumor (Tabla 2), 17 estaban presentes en los U95A microarrays de ADN Affymetrix HG /U95Av2:
CASP1
,
CAV1
,
CD2AP
,
EEA1
,
ICA1
,
ITGA5
,
MICAL2
,
pIgR
,
Rab11a
,
RAB14
,
RAB31
,
RAB4A
,
RABAC1
,
STXBP1
,
TBC1D30
,
TBC1D4
y
ZWINT
. Entre los 25 genes que se encuentran arriba o hacia abajo-regulada en el
FGFR3-
vía tumoral mutado (Tabla 3), 14 estaban presentes en los /U95Av2 microarrays de ADN Affymetrix U95A:
CAV1
,
EEA1
,
ICA1
,
ITGA5
,
pIgR
,
RAB11FIP2
,
RAB14
,
RAB27A
,
RAB27B
,
RAB9A
,
RABGAP1L
,
SDC1
,
TBC1D30
y
UNC13B
. Para estos genes, 56% de los resultados obtenidos con el primer conjunto de datos fueron validados con el segundo conjunto de datos con al menos un umbral pasó: FC & gt; 1,5 (o & lt; 0,667) y /o QVALUE & lt; 5% (Tabla S2). Los otros resultados no fueron significativos. Es de destacar que se ha encontrado ningún resultado discordante entre los dos conjuntos de datos.
análisis de la expresión de los genes upregulated in vitro
Un tumor se compone de las células tumorales y el estroma. Como el análisis transcriptómica se realiza con esta mezcla de células, la regulación de un gen dado podría entonces ser debido a la presencia de estroma (genes regulados en el estroma o en las células tumorales debido a células estromales - la interacción de las células tumorales) .
Para abordar esta cuestión, se analizaron en humanos urotelial normal de las células (NHU) han crecido en cultivo bajo condiciones de regeneración y diferenciación [27], [28] y en 7 líneas celulares de cáncer de vejiga establecidos (sin células del estroma) la expresión de los 13 genes que se encuentran reguladas en los
FGFR3-
vías tumorales no mutado y mutado:
CAV1
,
ITGA5
,
KIF20A
,
LEPRE1
,
MICAL1
,
MICAL2
,
RAB23
,
RAB31
,
RABAC1
,
SDC1
,
STXBP1
,
TMEM22
y
ZWINT gratis (Tabla 2 y Tabla 3). Para la mayoría de los genes, encontramos al menos una línea celular de cáncer en la que su expresión era al menos dos veces mayor que en las células uroteliales normales en cultivo. Este no fue el caso de
MICAL1
,
RABAC1
y
SDC1 gratis (Figura 6). La sobreexpresión de
MICAL1
y
es probable RABAC1
debido a la presencia de células del estroma en el tumor como
MICAL1
es altamente expresado en diferentes tipos de células hematopoyéticas (células dendríticas , mastocitos y células NK) y
RABAC1
en los mastocitos (datos no mostrados). La sobreexpresión de
SDC1
podría ser debido a la interacción del estroma-epitelial.
MICAL1
,
RABAC1
y
SDC1
fueron excluidas para su posterior análisis (véase el resumen en la Figura 2).
La expresión de la 13 hasta regulada genes (Tabla 2 y 3) (
CAV1
,
ITGA5
,
KIF20A
,
LEPRE1
,
MICAL1
,
MICAL2
,
RAB23
,
RAB31
,
RABAC1
,
SDC1
,
STXBP1
,
TMEM22 Opiniones y
ZWINT
) se midió por Affymetrix en líneas celulares de cáncer de vejiga 7 (KK47, MGHU3, RT112, RT4, scaber, SD48 y T24) y las células normales humanos urotelial (NHU) crecidas en cultivo. El umbral de genes para ser considerado como hasta reguladas en líneas celulares tumorales (2 veces la expresión medido en células NHU) está representada por una línea de negro.
Los genes específicamente hacia arriba o hacia abajo-regulada en cada vía
Entre los genes que se encuentran desregulados durante la progresión del cáncer de vejiga (Tabla 2 y Tabla 3), 13 eran comunes a ambas vías, 10 abajo reguladas:
EEA1
,
ICA1
,
MLPH
,
MYO5B
,
MYO5C
,
pIgR
,
RAB14
,
RPH3AL
,
SYTL2
,
TBC1D30 Opiniones y 3 hasta reguladas:
CAV1
,
ITGA5
,
MICAL1
. Con el fin de buscar los genes desregulados específicamente en cada itinerario, se procedió en dos etapas. 1. Se seleccionaron los genes que se encuentran de manera significativa hacia arriba o hacia abajo reguladas sólo dentro de la
FGFR3-
vía tumoral no mutado o dentro de la
FGFR3
vía tumor -mutated. 9 las reguladas y se seleccionaron 8 hasta los genes regulados por el
FGFR3
vía tumoral-non mutado y se seleccionaron 11 genes regulados por el
FGFR3-
vía tumoral mutado (Tabla S3, columna izquierda). 2. Se utilizó el test estadístico SAM para comparar la expresión de los genes seleccionados en el grupo de tumores de la misma etapa, pero de lo contrario
FGFR3
estado de la mutación (Tabla S3, columna derecha).
SYTL1
fue significativamente las reguladas en el T2-4 (
FGFR3
-non mutado) mientras que el grupo del tumor
LEPRE1
,
MICAL2
,
RAB23
y
STXBP1
fueron significativamente hasta reguladas en el mismo grupo de tumores (Tabla 4 y Figura 7; véase el resumen en la Figura 2). se ha encontrado ningún gen que se desregulado específicamente para los
FGFR3-
tumores mutados.
La expresión de
SYTL1
,
LEPRE1
,
MICAL2
,
RAB23
y
STXBP1
mide por Affymetrix en muestras normales (n = 4) y
FGFR3
muestras tumorales -mutated (TaG1G2, n = 28; T1 , n = 13; T2-4, n = 9), y
FGFR3-
muestras no mutado (etiqueta 3, n = 3; T1, n = 25; y T2-4, n = 63). Se representan el percentil 10 (por debajo de la barra), el percentil 25 (cuadro inferior), la mediana (barra en el cuadro), la 75
percentil (cuadro superior) y el
percentil (barra superior) 90 . Los puntos representan las muestras de valores atípicos.
SYTL1
es el regulado en
FGFR3 tumores
--inexperimentables- mutado, mientras que
LEPRE1
,
MICAL2
,
RAB23 Opiniones y
STXBP1
están regulados.
el análisis por grupos de genes
En la parte anterior de este estudio, se utilizó la prueba estadística de SAM analizar por separado la expresión de cada gen durante la progresión del cáncer de vejiga. Para investigar si un clúster de Rab (que consiste en una proteína dada Rab y sus socios que interactúan, véase la Figura 4 y la Figura S1) podría estar asociada específicamente con la progresión del cáncer de vejiga, se utilizó la prueba binomial estadístico para determinar si el porcentaje de genes desregulado dentro de una clúster Rab dado fue significativamente mayor que el porcentaje obtenido mediante el análisis de todo el Rab y Rab-interactuar genes de proteínas. Esta prueba se aplicó para cada grupo Rab dentro de cada grupo tumor y los resultados se filtra con el umbral pValue & lt; 1%. Curiosamente, el clúster Rab27 pasó este umbral para los grupos de tumores T2-4 tanto de la
FGFR3-
no mutado y las vías de tumores mutados (Tabla 5 y la Tabla S4; ver resumen en la Figura 2). Además de
RAB27A
y
RAB27B
, los genes regulados en este grupo comprenden
GCC2
,
MLPH
,
RPH3AL
,
SYTL1
y
SYTL2
.
los genes asociados con la proliferación
con el fin de evaluar una posible asociación de los genes desregulados que figuran en el Tabla 2 y la Tabla 3 con la proliferación celular, se calculó una correlación de Pearson entre su expresión y la del gen marcador de proliferación:
MKI67
[29]. Para este análisis, entre los 6 grupos constituidos para este estudio, hemos trabajado con los dos grupos de tumores homogéneos con el mayor número de muestras: el Ta G1 /G2 (
FGFR3
-mutated) grupo de tumores (28 muestras) y la etapa T2-4 (
FGFR3
-non mutado) grupo de tumores (63 muestras). primero nos dimos cuenta, como se esperaba, que la expresión de
MKI67
fue significativamente mayor en el T2-4 (
FGFR3
no mutado) que en el grupo de Ta G1 /G2 (
-mutated FGFR3
) grupo (aproximadamente 3 veces; test de Student, p = 8.8E-10). Elegimos para filtrar los valores de correlación de Pearson con el umbral: