Extracto
Antecedentes
La asociación entre NAD (P) H: quinona oxidorreductasa 1 (
NQO1
) polimorfismo del gen C609T (rs1800566) y el cáncer de pulmón ha sido ampliamente evaluado, y hasta el momento se carece de una respuesta definitiva. Hemos llevado a cabo primero un estudio de casos y controles para evaluar esta asociación en el noreste de los chinos Han, y luego se realizó un meta-análisis para seguir haciendo frente a este problema.
Metodología /Principales conclusiones
Este de casos y controles estudio incluyó a 684 pacientes con diagnóstico clínico de cáncer de pulmón y 602 controles sin cáncer de la misma edad de la ciudad de Harbin, provincia de Heilongjiang, china. La genotipificación se llevó a cabo utilizando la (reacciones de detección de ligasa) método de PCR-LDR. El metanálisis fue gestionado por el software STATA. Los datos y el estudio de la calidad se evaluó por duplicado. Nuestro estudio de asociación de casos y controles no indicó diferencias significativas en el genotipo y el alelo distribuciones de polimorfismo C609T entre los pacientes con cáncer de pulmón y controles, en consonancia con los resultados del metanálisis adicional que implica por 7286 pacientes y 9167 controles requeridos por tanto alélica (odds ratio (OR ) = 0,99; 95% intervalo de confianza (IC): 0,92 a 1,06; p = 0,692) y dominante (OR = 0,98; IC del 95%: 0,89 a 1,08; p = 0,637) modelos. Sin embargo, hubo pruebas moderadas de heterogeneidad entre los estudios y la baja probabilidad de sesgo de publicación. los análisis de subgrupos adicionales, por etnia, fuente de controles y tamaño de la muestra no se detectaron asociaciones positivas en este meta-análisis.
Conclusiones
Nuestro estudio en el noreste de los chinos Han, junto con el meta-análisis, fracasaron para confirmar la asociación de
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polimorfismo del gen C609T con el riesgo de cáncer de pulmón, incluso a través de diferentes poblaciones étnicas
Visto:. Guo S, Gao M, Li X, Y Li, Chu S, Zhu D, et al. (2012) La falta de asociación entre la NADPH quinona oxidorreductasa 1 (NQO1) Gen C609T polimorfismo y el cáncer de pulmón: un estudio de casos y controles y un meta-análisis. PLoS ONE 7 (10): e47939. doi: 10.1371 /journal.pone.0047939
Editor: Michihiko Kuwano, Universidad de Kyushu, Japón
Recibido: 24 Julio, 2012; Aceptado: September 25, 2012; Publicado: 24 Octubre 2012
Derechos de Autor © 2012 Guo et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este trabajo fue apoyado por el Programa de levantamiento de la estrella de Shanghai (11QA1405500), la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China (30900808) y el Fondo de Ciencias de Shanghai Jiao Tong University School of Medicine (11XJ21034). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer de pulmón es uno de los cánceres comunes, y casi 1,3 millones de nuevos casos se diagnostican cada año en todo el mundo [1], [2]. Se está acumulando evidencia que sugiere que la causa del cáncer de pulmón es multifactorial, y en parte se debe a defectos genéticos. En la última década, los esfuerzos exhaustivos se han dedicado a desentrañar las bases genéticas del cáncer de pulmón; Sin embargo, sus genes de conducción y los determinantes genéticos que atribuyen al desarrollo de cáncer de pulmón hasta el momento sigue siendo difícil
El gen que codifica la NAD (P) H:. quinona oxidorreductasa 1 (
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) es una prometedor candidato en la patogénesis de cáncer de pulmón [3], [4]. NQO1 es una enzima citosólica, y cataliza la reducción de dos electrones de compuestos quinoides para generar las hidroquinonas menos tóxicos, que pueden aliviar la carcinogénesis del cáncer [5], [6]. En los tejidos de cáncer de pulmón humano,
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gen se observó que se sobre-expresado [5], [7] - [9]. Por tanto, es de interés añadido a la identidad de los defectos genéticos
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gen responsable de su actividad enzimática, más responsables de la carcinogénesis pulmonar. La transición de C a T en la posición 609 (rs1800566) de
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gen puede dar lugar a una menor actividad de quinona reductasa [10] - [12]. El polimorfismo C609T ha sido ampliamente evaluado en asociación con el cáncer de pulmón a través de varias ethinicities, pero con resultados contradictorios, posiblemente debido a los tamaños de muestra insuficientes, antecedentes genéticos, y la selección de las poblaciones de estudio.
En este estudio, primero decidió evaluar el polimorfismo C609T de assocation de
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gen con riesgo de cáncer de pulmón en una gran población china Han noreste. Entonces, teniendo en cuenta los datos acumulados y para arrojar algo de luz sobre las reclamaciones de incertidumbre actuales, hemos tratado de llevar a cabo un metanálisis integral de esta asociación de ambos Inglés y la literatura china.
Población de estudio
El diseño de este estudio se ha descrito anteriormente [13]. En resumen, este fue un estudio de casos y controles basado en el hospital con un total de 1286 sujetos reclutando consecutivamente de tres hospitales en la ciudad de Harbin, provincia de Heilongjiang, China. La población de estudio incluyó 684 pacientes con diagnóstico clínico de cáncer de pulmón y 602 controles sin cáncer de la misma edad, y todos los sujetos eran residentes locales de Han descenso. Este estudio fue aprobado por el Comité de Ética de la Universidad Médica de Harbin, y se llevó a cabo de acuerdo con la Declaración de Principios de Helsinki. Todos los sujetos firmaron el consentimiento informado por escrito.
Criterios diagnósticos y características demográficas
El cáncer de pulmón se diagnostica mediante radiografía de tórax y, o bien la tomografía computarizada de alta resolución (TC) o el incremento de emisión de positrones o CT La tomografía computarizada (TEP) -CT, lo cual fue confirmado por los médicos clínicos de la medicina respiratoria. Los que eran susceptibles al cáncer de pulmón fueron confirmados más patológicamente por biopsia, y aquellos con TC normal o la TC o PET-TC resultados fueron tratados como controles sin cáncer en este estudio. subtipos clínicos de cáncer de pulmón incluyen cáncer de células escamosas, adenocarcinoma, cáncer de células pequeñas y cáncer de pulmón no especificado. La edad y el género se registraron al inicio del estudio. El estado de tabaquismo y consumo de alcohol se define en el momento de la encuesta. El tabaquismo se expresa por ciento del consumo de tabaco alguna vez o corriente. Potable se clasificó como nunca, nunca o beber actual. Aquí, la bebida actual se refiere al consumo de al menos una bebida alcohólica en los últimos 30 días.
Genotipado
Se recogieron muestras de sangre (1 ml), y el ADN genómico fue extraído de células blancas de la sangre utilizando el ADN TIANamp Blood Kit (Tiangen Biotect [Pekín] Co., LTD). La genotipificación se llevó a cabo utilizando el método de PCR-LDR (reacciones de detección de ligasa) por el sistema ABI 9600 (Applied Biosystems, EE.UU.) [14]. Los parámetros de ciclación fueron como las siguientes: 94 ° C durante 2 min; 35 ciclos de 94 ° C durante 15 s; 60 ° C durante 15 s; 72 ° C durante 30 s; y una etapa de extensión final a 72 ° C durante 5 min. Dos sondas específicas para discriminar las bases específicas y una sonda común se sintetizaron (disponible bajo petición). La sonda común se marcó en el extremo 3 'con 6-carboxi-fluoresceína y fosforilada en el extremo 5'. Las condiciones de reacción de LDR fueron: 94 ° C durante 2 min, 20 ciclos de 94 ° C durante 30 s y 60 ° C durante 3 min. Después de la reacción, productos de reacción 1 ml de LDR se mezclaron con 1 ml de referencia pasiva ROX y 1 ml de tampón de carga, y luego desnaturalizados a 95 ° C durante 3 min, y se enfrió rápidamente en agua hielo. Los productos fluorescentes de LDR se diferenciaron usando secuenciador ABI 377 (Applied Biosystems, EE.UU.).
Análisis estadístico
Las comparaciones entre los pacientes con cáncer de pulmón y controles se llevaron a cabo por t no pareada -test para las variables continuas y mediante χ
2 para las variables categóricas. Para evitar errores de genotipado bruto, C609T polimorfismo se comprueba la coherencia con Hardy-Weinberg de χ
2 test. A la vista de los pacientes y controles emparejados por edad, los genotipos se compararon mediante análisis de regresión logística condicional bajo los supuestos de aditivo, modelos dominantes y recesivos de la herencia, respectivamente. La significación estadística fue aceptada como P. & lt; 0,05
Meta Análisis
Este meta-análisis se presentará de acuerdo con los Artículos de Información preferidos para revisiones sistemáticas y meta-análisis (PRISMA) directriz (por favor ver PRISMA lista de control:. Tabla S1) [15]
Navigator enorme y PubMed, así como la base de datos Wanfang (http://www.wanfangdata.com.cn) se realizaron búsquedas hasta julio de 2012 para los artículos que investigan la asociación entre el polimorfismo C609T y el riesgo de cáncer de pulmón. Los términos de materia utilizados fueron "cáncer de pulmón" o "neoplasia de pulmón" y "NAD (P) H: quinona oxidoreductasa" o "NQO1", que se adjunta con "gen" o "alelo" o "genotipo" o "variante" o "polimorfismo "o" mutación ". Se identificaron los artículos escritos en el lenguaje y los estudios realizados en sujetos humanos Inglés o chino. El resultado de la búsqueda se complementó con una revisión de las listas de referencias de todos los estudios relevantes y artículos de revisión. Además, si no fueron compartidos o duplicado muestras entre los estudios, hemos contratado a los que tienen el tamaño de la muestra
Los estudios fueron calificados que cumplían los siguientes criterios:. (I) en un diseño de casos y controles retrospectivos o anidado ; (Ii) adoptar método de genotipificación validado; (Iii) proporcionar genotipo cuenta de
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gen polimorfismo C609T entre los pacientes con cáncer de pulmón y controles.
Se evaluó la calidad de los estudios mediante el uso de una evaluación del nivel de calidad explorado para estudios de asociación genética por Thakkinstian y col [dieciséis]. Las puntuaciones totales fueron de 0 (peor) a 12 (mejor). Los criterios para la evaluación de la calidad de la relación genética de la
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polimorfismo del gen C609T examinado con el cáncer de pulmón se describen en la Tabla S2.
En el meta-análisis, el modelo de efectos aleatorios mediante el DerSimonian y Laird se empleó el método de combinar las estimaciones individuales del tamaño del efecto para el cálculo de las RUP ponderada combinada, y se determinó la estimación de la heterogeneidad mediante el modelo de Mantel-Haenszel. la heterogeneidad entre los estudios fue explorada por la χ
2 de prueba, y la heterogeneidad se evaluó mediante el índice de inconsistencia
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2 estadística (que va de 0 a 100%) que se define como el porcentaje de la observada variabilidad entre los estudios que se debe a la heterogeneidad en lugar de al error aleatorio [17].
el sesgo de publicación se evaluó mediante el gráfico en embudo del Begg, la prueba de Egger y el guarnecido y llenar método [18]. Para el
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2 y estadísticas de Egger, la significación estadística se fijó en 0,1. Todos los análisis estadísticos fueron gestionados por el software STATA (versión 11.0).
Resultados
Características basales
Los datos demográficos y los factores de riesgo de la población del estudio se resumen en la Tabla 1. Casos y los controles fueron bien adaptado según la edad. El sexo masculino, fumar y beber se asociaron con un mayor riesgo de cáncer de pulmón. Entre todos los pacientes de cáncer de pulmón, el subtipo de adenocarcinoma, cáncer de células escamosas, cáncer de células pequeñas, y cáncer no especificado representó el 37,54%, 32,26%, 20,83% y 9,38%, respectivamente.
Análisis Single-locus
Las tasas de éxito de genotipado de polimorfismos C609T fueron 99.71% y 99.17% en pacientes y controles, respectivamente. Genotipo distribuciones de polimorfismo examinado respetados Hardy-Weinberg en los controles (p & gt; 0,05). No hubo diferencias significativas en las distribuciones alélicas y genotípicas de polimorfismo C609T entre los pacientes con cáncer de pulmón y controles, y esto no significación también fue reflejada bajo los supuestos de que el aditivo (OR = 0,99; IC del 95%: 0,85 a 1,17; P = 0,634 ), dominante (OR = 1,01; IC del 95%: 0,81 a 1,33; p = 0,607) y recesivo (OR = 1,04; IC del 95%: 0,80 a 1,34; p = 0,791) modelos (Tabla 2)
artículos elegibles para el metanálisis
La búsqueda inicial produjo 83 artículos potencialmente relevantes. Después de aplicar los criterios de inclusión /exclusión, 22 artículos fueron elegibles para su inclusión. Un diagrama de flujo esquematizar el proceso de selección y exclusión de artículos con motivos específicos se muestra en la Figura 1. Los artículos recuperados fueron publicados entre 1997 y 2011, con 20 artículos escritos en Inglés y dos en chino.
Características de los Estudios
Desde más de un grupo de estudio se incluyó en algunos artículos, los tratamos por separado. Un total de 30 estudios separados, más el presente estudio se incluyó un total de 7286 pacientes con cáncer de pulmón y 9167 controles fueron finalmente meta-analizados, con 12 estudios realizados en los asiáticos [19] - [29], 12 en los caucásicos [19], [ ,,,0],30] - [39], 4 en los afroamericanos [33], [35], [38], [40], y 3 en etnias mixtas [19], [31], [40]. 18 estudios informaron información coincidente en la edad entre los pacientes y los controles. La puntuación de la calidad de los estudios individuales varió de 2 a 10 (media: 7,6) sobre una puntuación máxima de 12. Las frecuencias de alelo 609T variaron ampliamente, que era extremadamente alto en los asiáticos que en los caucásicos tanto para los pacientes (28,44 a 54,21% frente 14,23-21,96%) y los controles (30,88 a 46,60% frente a 12,41 a 20,47%). Las características basales de los estudios calificados se muestran en la Tabla 3 y Tabla 4.
Los resultados del metanálisis
Después de combinar todos los estudios calificados, encontramos asociación nula de
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polimorfismo del gen C609T con cáncer de pulmón en virtud tanto de alelos (OR = 0,99; IC del 95%: 0,92 a 1,06; p = 0,692) y dominante (OR = 0,98; IC del 95%: 0,89 a 1,08; p = 0,637) modelos, y esto asociación sufría de evidencia significativa de heterogeneidad entre los estudios (alélica y modelos dominantes:
I
2 = 32,1% y 43,7%) (Figura 2). Sin embargo, hubo una baja probabilidad de sesgo de publicación para ambos modelos (P
Egger = 0,608 y 0,81) (Figura 3).
Para tener en cuenta las posibles fuentes de heterogeneidad, se realizó una serie de análisis de subgrupos según con el origen étnico, la fuente de los controles y tamaño de la muestra (Tabla 5). A pesar de la amplia divergencia de 609T alelo, las estimaciones de riesgo fueron comparables en magnitud entre los asiáticos y los caucásicos. En particular, 609T alelo se asoció con una reducción de 13%, aunque no significativa, el riesgo de cáncer de pulmón en los afroamericanos (IC del 95%: 0,66 a 1,16; p = 0,341), sin heterogeneidad (
I
2 = 0,0%) o el sesgo de publicación (P
Egger = 0,192). Al estratificar según la procedencia de los controles, la magnitud del riesgo fue superior en los estudios basados en el hospital que en los estudios basados en la población, mientras que la heterogeneidad y el sesgo de publicación se enredaron los primeros. restringiendo el análisis a los estudios con pacientes ≥ 500 todavía no detectó ningún cambio material en las estimaciones de riesgo, tanto en modelos dominantes alélicas y, lo que indica la solidez de los resultados.
Discusión
A pesar de que numerosos estudios han considerado
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polimorfismo del gen C609T como un candidato prometedor para el cáncer de pulmón, nuestro estudio de casos y controles en el noreste de los chinos Han, junto con el meta-análisis, no pudo confirmar esta relación, incluso a través de diferentes poblaciones étnicas. Esto no significación también se reflejó en los estudios de muestras de mayor tamaño, que son menos propensos a la casualidad dan, lo que indica la solidez de nuestros resultados. Para el conocimiento de los autores, este es el más completo metanálisis investigar la susceptibilidad genética de
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polimorfismo del gen C609T de cáncer de pulmón.
Con el aumento de los estudios de asociación genética, es altamente alentado para sintetizar los datos disponibles para resolver las dificultades persistentes en la obtención de resultados robustos y reproducibles. Teniendo en cuenta el hecho de que los defectos genéticos más comunes suelen hacer una contribución pequeña a moderada al riesgo futuro de enfermedad, este estudio insta a la necesidad de muestras muy grandes para conducir estimaciones suficientemente precisas entre la variación genética y la enfermedad. Varios estudios han informado individuales señales positivas de
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polimorfismo del gen C609T con cáncer de pulmón [19], [20], [22], [23], [26], [29], [39], [ ,,,0],40]; En contraste, como se ilustra en nuestros hallazgos generales entre 16453 sujetos, no había riesgo detectable, incluso en poblaciones de diferentes descensos. Sin embargo, vale la pena señalar que el efecto protector conferido por el alelo 609T fue sensiblemente evidente en los afroamericanos. Teniendo en cuenta los relativamente pocos estudios se realizaron en los afroamericanos y la mayoría de estos estudios fueron pequeños, hay una indicación de un posible beneficio, reforzando grandes estudios adicionales para confirmar o refutar este hallazgo. A pesar de que, no podemos descartar un posible efecto significativo del alelo 609T en la carcinogénesis pulmonar, y también es posible que el papel potencial del polimorfismo examinados se diluye o enmascarada por otras interacciones gen-gen o genes y medio ambiente.
Varios puntos fuertes que distinguen a la presente investigación adecuada consideración de mérito. En primer lugar, esto es hasta la fecha el más grande de la síntesis de la exploración de la asociación de
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polimorfismo del gen C609T con cáncer de pulmón. En segundo lugar, los resultados del presente estudio de casos y controles estuvieron en línea con la de la correspondiente meta-análisis, y la restricción de los análisis a los estudios más grandes generan los hallazgos similares. En tercer lugar, nuestros resultados son menos propensos al sesgo de selección en vista de la baja probabilidad de sesgo de publicación.
Además, algunas limitaciones deben ser considerados en la interpretación de nuestros resultados. En primer lugar, el diseño de la sección transversal de los estudios incluidos en este meta-análisis puede impedir que los comentarios sobre la causalidad, y un sesgo de supervivencia no podía excluirse. En segundo lugar, al igual que con todos los metanálisis, el sesgo de publicación podría deberse a que nuestro análisis se basan totalmente en los estudios publicados desde inglesa y revistas en idioma chino. En tercer lugar, aunque el modelo de efectos aleatorios adoptada tiene tanto una variación entre los estudios y el estudio dentro de las variaciones en cuenta, este modelo no puede considerarse como una panacea para la heterogeneidad [41]. Por otra parte, como se indica por Higgins et al [42], el supuesto de cantidades reales de los estudios individuales después de una cierta distribución de probabilidad en un modelo de efectos aleatorios es algo arbitrario y hace que la interpretación de sus predicciones difícil. En cuarto lugar, los datos sobre los niveles circulantes de proteína NQO1 o sus productos catalizados no estaban disponibles, lo que impide una evaluación más robusta de las fuentes de heterogeneidad, y hacernos incapaces de comparar sus niveles través de genotipos. En quinto lugar, nos centramos en un único polimorfismo en
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gen, y no abordó otros genes de susceptibilidad o polimorfismos. Teniendo en cuenta estas limitaciones, no podemos saltar a una conclusión hasta nuevo verificación de nuestros hallazgos in vitro, in vivo y en grandes estudios prospectivos.
En resumen, este estudio de casos y controles en el noreste de los chinos Han, junto con el metanálisis integral, no pudo confirmar la asociación de
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polimorfismo del gen C609T con el riesgo de cáncer de pulmón, incluso a través de diferentes poblaciones étnicas. Sin embargo, por razones prácticas, esperamos que este estudio no se quede sólo otro punto final de la investigación en lugar de un principio para establecer los datos de referencia para investigar más a fondo los mecanismos moleculares de
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génica y cáncer de pulmón.
Información de Apoyo
Tabla S1.
Lista de artículos para incluir al informar de una revisión sistemática o meta-análisis (revisión diagnóstica que consiste en estudios de cohortes).
doi: 10.1371 /journal.pone.0047939.s001 gratis (DOC) sobre Table S2.
Criterios para la evaluación de la calidad de asociación genética del gen NQO1 polimorfismo C609T con cáncer de pulmón.
doi: 10.1371 /journal.pone.0047939.s002 gratis (DOC)