Extracto
Dado que la actividad reguladora de la transcripción de los receptores de estrógenos (ER) es modulada por sus cofactores bioquímicos, la variación genética en los genes ER cofactor puede alterar la respuesta celular a los estrógenos de exposición y, por consiguiente modificar el riesgo para endometrial cáncer. Estamos genotipo 685 SNPs de marcado dentro de los genes de cofactores ER 60 en 564 casos de cáncer de endometrio y 1.510 controles de Suecia, y probamos sus asociaciones con el riesgo de cáncer de endometrio. Se investigaron las asociaciones de SNPs individuales mediante el uso de una prueba de tendencia, así como múltiples SNPs dentro de un gen o complejo de genes mediante el uso de análisis de asociación multi-variante. No se observó ninguna asociación significativa para cualquier SNPs o genes individuales, sino una asociación marginal de la variación genética acumulada de la
NCOA2
complejo en su conjunto (
NCOA2
,
CARM1
,
CREBBP
,
PRMT1
y
EP300
) con el riesgo de cáncer de endometrio se observó (P
ajustado = 0,033). Sin embargo, la asociación no pudo ser replicado en un conjunto de datos independiente europea de 1265 casos y 5190 controles (p = 0,71). Los resultados indican que las variantes genéticas comunes dentro de los genes de cofactores ER son poco probable que juegue un papel significativo en el riesgo de cáncer de endometrio en la población europea
Visto:. Li Y, HQ bajo, Foo JN, Darabi H, K Einarsdόttir, Humphreys K, et al. (2012) las variantes genéticas en los genes ER cofactor y cáncer endometrial Riesgo. PLoS ONE 7 (8): e42445. doi: 10.1371 /journal.pone.0042445
Editor: Chunyan Él, Universidad de Indiana, Estados Unidos de América
Recibido: 12 Marzo, 2012; Aceptado: July 6, 2012; Publicado: 2 Agosto 2012
Copyright: © Li et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este descubrimiento conjunto de datos fue financiada por la Sociedad Americana del cáncer, de los Institutos nacionales de Salud, Departamento de Defensa, Sociedad sueca del cáncer, Consejo Sueco de Investigación y la Agencia para la Ciencia, Tecnología e Investigación de Singapur (a * STAR). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito. El conjunto de datos de validación fue financiado de la siguiente manera: ANECS reclutamiento fue apoyado por becas del proyecto de la Salud y medicina Consejo Nacional de Investigación de Australia (ID#339435), el Consejo de Cáncer de Queensland (ID#4196615) y el Consejo de Cáncer de Tasmania (ID#403 031 y el ID#457636). BUSCAR contratación fue financiado por una subvención del programa de Investigación del Cáncer del Reino Unido [C490 /A10124]. genotipado caso fue apoyada por el Consejo de Investigación Médica (ID#552402) Nacional de Salud e. Los datos de control se generó por la Fundación Wellcome Consorcio de la caja de control (WTCCC) 2, y una lista completa de los investigadores que han contribuido a la generación de los datos está disponible en la página web WTCCC. Los autores reconocen el uso de ADN de la colección británica Cohorte de Nacimientos de 1958, financiado por la subvención G0000934 Consejo de Investigación Médica y el Wellcome Trust conceder 068545 /Z /02. Los fondos para este proyecto fue proporcionada por el Wellcome Trust en virtud premio 085475. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:. Los autores no tienen declaran que no existen conflictos de intereses.
Introducción
el cáncer de endometrio es el cáncer ginecológico más frecuente en los países occidentales y su incidencia va en aumento [1]. Estudios biológicos, clínicos y epidemiológicos han demostrado que el estrógeno sin oposición estimula la proliferación celular e induce el desarrollo de carcinoma de cáncer de endometrio [2], [3]. El estrógeno juega su papel en el desarrollo del cáncer endometrial a través de los receptores de estrógenos mediante la promoción de su dimerización y translocación al núcleo, donde se modula la expresión de genes de respuesta de estrógeno [4].
regulación de la transcripción eficiente por el receptor de estrógeno requiere la la participación de una clase de proteínas conocidas como coregulators receptor nuclear, que constan de coactivadores y correpresores [5], [6]. Estos coregulators juegan un papel importante en una variedad de enfermedades humanas, incluyendo cáncer y algunos trastornos metabólicos [7]. coactivadores de receptores nucleares son limitante de la velocidad en esteroides transcripción de genes mediada por el receptor [8] - [10] y tienen la capacidad de invertir el silenciamiento de la actividad transcripcional de un receptor de esteroides por otro [9]. Además de funcionar como un puente entre los receptores y la maquinaria transcripcional general, los coactivadores de receptores nucleares actúan como complejos de cofactor influir en la regulación de transcripción del receptor a través de una variedad de mecanismos, incluyendo la fosforilación, acetilación, metilación, empalme de ARN y remodelación de la cromatina [10], [11 ].
Una familia de coactivadores, la familia P160 es bien conocido por unirse directamente a los receptores de estrógeno, una hormona activado y reclutar coactivadores secundarias [12], [13], donde el
CREBBP
y el
CARM1
formar un dominio de interacción física que se superpone con los dominios de activación transferibles relacionados de los miembros de la familia p160 [14]. Por otra parte, se informa de que un complejo ternario formado por NCOA2
CREBBP
podría mejorar la función de los receptores de estrógenos
,
CARM1
y
EP300
o
(ER) de una forma de aumento [15]
.
Mientras que la variación genética común dentro de los genes relacionados con hormonas [16], [17] y la vía de metabolismo de los estrógenos [18] han demostrado que se asocia con el riesgo de cáncer de endometrio, la variación genética de los genes ER cofactor, hasta donde sabemos, no ha cuidado sido examinado por su implicación en el desarrollo de cáncer de endometrio.
en el presente trabajo, se intentó llevar a cabo un estudio de asociación amplia del polimorfismos en los genes ER cofactor con el riesgo de cáncer de endometrio. Hemos llevado a cabo el estudio descubrimiento en una muestra de cáncer de endometrio basado en la población de mujeres posmenopáusicas y suecos realizó un análisis de validación en un conjunto de datos europea independiente.
Resultados
Análisis Descubrimiento
total de 564 casos y 1510 controles se incluyeron en el análisis de descubrimiento (Tabla 1). Todos los casos y los controles eran mujeres posmenopáusicas suecas. Estamos genotipo con éxito 685 SNPs etiqueta dentro de los 60 genes ER cofactor, que puede capturar 2410 SNPs comunes (MAF & gt; 5%), con una cobertura del 91% en promedio (r
2 & gt; 0,8) de acuerdo con la base de datos HapMap. De estos, 51 genes tenían una cobertura más del 80%. Los detalles de la evaluación de la cobertura de SNP se resumen en la Tabla S1. Además, nos re-evaluó la cobertura del mismo conjunto de SNPs etiqueta de variantes MAF & gt; 5% en la base de datos del proyecto 1000 genomas, que es un catálogo actualizado y más completa de la variación del genoma humano. La cobertura media se redujo a 64% y 19 genes tenían una cobertura superior al 80%. Sin embargo, con r
2 & gt;. 0.8, 5084 SNPs había sido capturado entre 7141 SNPs en los 60 genes
De los 685 SNPs etiqueta analizados, se encontraron valores de p nominal inferior a 0,05 para 42 SNPs (6,13%). La parcela Q-Q de los p-valores observados de las pruebas de asociación se muestra en la Figura 1, en la que genómico factor de inflación de control es de 1,058, sin evidencia clara de desviación de la hipótesis nula. Se observó la asociación más significativa en rs130052 SNP (MAF = 0,13) en el
CREBBP
gen (odds ratio (OR) = 1,41 (IC del 95%: 1,16 a 1,72), ajustada por edad p = 0,002). Las RUP con o sin ajuste por edad fueron similares. No hay valores de p de SNPs individuales podrían, sin embargo, sobrevivir a la corrección de Bonferroni para múltiples pruebas.
Además, evaluó la asociación de las variantes genéticas dentro de cada gen ER cofactor individuo mediante la realización de análisis múltiple asociación variante a través de la prueba Aditivo máxima verosimilitud (AML), para proporcionar un valor P basada en los genes (Tabla S3). Nos pareció que las asociaciones de cuatro genes,
CREBBP gratis (P = 0,017),
Nedd4 gratis (P = 0,030),
NCOA2 gratis (P = 0,037) y
NR0B1
(P = 0,031) con valores & lt P nominales; 0,05 (Tabla 2). Sin embargo, después de la corrección de múltiples ensayos, ninguna de las asociaciones se mantuvo significativamente asociada con el riesgo de cáncer de endometrio.
A la vista de los genes de cofactores ER juegan su papel a través de complejos de proteínas, hemos investigado las asociaciones de los cinco ER cofactor complejos utilizando AML, a saber, la relacionada con la acetilación de histonas & amp familia P160; complejos de metilación (contiene
CARM1
,
PRMT1
,
CREBBP
,
EP300
,
NCOA1
,
NCOA2
y
NCOA3
); el complejo de procesamiento del ARN (
PPARGC1A
,
PPARGC1B
y
SRA
); el complejo de reclutamiento Pol II (
MED13
y
PBP
); los corepressors dependientes de ligando (
NRIP1
y
LCOR
) y la histona deacetilasa complejo (
HDAC7
y
NCoR1
). Entre los cinco complejos, el complejo de la acetilación de histonas y la metilación relacionado con la familia P160 mostraron asociación (P
global = 0,023), pero la asociación no podría sobrevivir la corrección para el ensayo de cinco grupos complejos independientes (P
global = 0,115) ( Tabla 3) guía empresas
Mientras los tres P160 individuo acetilación de histonas & amp.; complejos de metilación (
NCOA1
,
NCOA2
y
NCOA3
) juegan un papel distinto en la regulación de la transcripción, que investigarse más a las asociaciones de estos sub-complejos usando la prueba de la AML . Mientras que el
NCOA1
y
NCOA3
subcomplejos no mostraron asociación, el
NCOA2
sub-complejo demostró una asociación significativa (P
global = 0,011) ( Tabla 4), que siguió siendo significativa después de la corrección para el ensayo de tres sub-complejos (P
global = 0,033).
Análisis de validación utilizando un in silico Conjunto de replicación
Aunque el variantes genéticas acumuladas en el complejo de la familia P160 no fueron significativos después de múltiples ajustes, la más sub
-
análisis complejo puede indicar la fuente de la señal situado en
NCOA2
sub-complejo. Por lo tanto, se intentó validar el resultado de un conjunto de datos independiente europea de 1265 casos de cáncer de endometrio y 5190 controles para el que existen datos de GWAS genotipado [19]. Se extrajeron los SNPs desde el panel matriz Illumina Infinium 610K ubicado a 5 kb flanquean los cinco genes de la sub-complejo. En total, se identificaron 65 SNPs y 53 SNPs pasan el control de calidad (Tabla S4). La cobertura de SNPs común fue del 96% en el
NCOA2
, 86% en el
CREBBP
, el 80% en el
CARM1
, 50% en el
EP300 Opiniones y 20% en el
PRMT1 gratis (cuadro S5). Se aplicó la prueba de la LMA en cada uno de los cinco genes y el sub-complejo conjunto (Tabla 5), pero ninguno de ellos mostró una asociación significativa (P = 0,71 para la sub-complejo).
La suficientes SNPs genotipo y alta cobertura nos permitió realizar el análisis de imputación de los dos genes,
NCOA2
y
CREBBP Hoteles en tanto el sueco y las muestras europeas. Un total de 19 SNPs en
CREBBP
y 270 SNPs en el
NCOA2
fueron compartidos entre los dos conjuntos de datos. Se realizó un metanálisis de los resultados para estos SNPs a través de los dos conjuntos de datos. Sin embargo, no se encontró SNP que se asociaron significativamente con el riesgo de cáncer de endometrio (Tabla 6 y la Tabla S6).
Discusión
Para nuestro conocimiento, este es el primer análisis exhaustivo de la asociación entre los polimorfismos de los genes de cofactores ER y el riesgo de cáncer de endometrio. No se encontró asociación significativa entre los SNPs individuales o genes individuales asociados con el riesgo de cáncer de endometrio. A pesar de la variación genética de la
NCOA2
complejo en su conjunto se asocia marginalmente con el riesgo de cáncer de endometrio en la población sueca, pero no hemos podido validar este hallazgo en un estudio independiente de los sujetos de ascendencia europea.
Perissi y Rosenfeld [13] describen un gran número de coregulator complejos que están involucradas en la regulación transcripcional mediada por ER con diferentes funciones y actividades enzimáticas. Un estudio realizado por Lee y colegas demostraron que
NCOA2
,
CARM1
y
EP300
o
CREBBP
formar un complejo ternario que podrían mejorar los receptores de estrógenos ( función ER) de una manera sinérgica [15]. Aunque el análisis de descubrimiento en nuestro estudio demostró con una significación marginal que los efectos acumulativos de múltiples variantes de
NCOA2
complejo puede tener una contribución al riesgo de cáncer de endometrio, la asociación no pudieron ser replicados en una muestra independiente.
se ha informado [20], [21] que ER coactivadores se expresan con mayor frecuencia en el cáncer de endometrio ER-positivo o bien diferenciado, cáncer de endometrio relacionado con la hormona en lugar de cáncer de endometrio-ER negativos. Por tanto, es probable que los cofactores ER regulan la unión a los receptores de estrógeno en el cáncer de endometrio ER-positivo de estrógeno. Por desgracia, no hemos podido realizar el análisis de subgrupos debido a la limitación de tamaño de la muestra y la deficiencia de información de estado ER. Como
NCOA2
complejo está formado por 5 genes (
NCOA2
,
CARM1
,
CREBBP
,
PRMT1
y
EP300)
y la cobertura de SNPs común es baja (50% en
EP300
y el 20% en
PRMT1
) en las muestras de validación, que no fueron capaces de imputar los SNPs analizados en el estudio de descubrimiento. La edad y otros factores de riesgo podrían afectar a los resultados, pero, por desgracia, no fue posible realizar un ajuste debido a la falta de información en el estudio de validación.
estratificación de la población es un tema importante para el estudio de asociación genética. Para los datos de validación de este estudio, todos los controles eran del Reino Unido y habían sido examinados cuidadosamente para excluir cualquier tema de ascendencia no europea [22]. Todos los casos eran de Australia y también eran de ascendencia europea. Por lo tanto, los controles y los casos son de la misma ascendencia étnica. Además, este conjunto de datos se ha usado en un análisis publicado previamente GWAS [19] donde el análisis PCA demostró que la población de estratificación es insignificante. En consonancia, el λ
GC valor de los resultados de todo el genoma es muy pequeña (1,04). Tomados en conjunto, estos resultados sugieren que los casos y los controles de la validación de datos utilizado en el presente estudio fueron bien adaptado genéticamente, y los resultados de asociación genética del presente estudio no deben sufrir el impacto adverso de la estratificación de la población.
El presente estudio proporciona un análisis exhaustivo de las variantes genéticas comunes en los genes ER cofactor. En primer lugar, el gran número de SNPs etiqueta cubierto un promedio de 91% de la variación común (MAF & gt; 5%) dentro de los 60 genes candidatos en base a los datos de HapMap CEU (NCBI36) (Tabla S1). La cobertura media disminuyó a 64% basado en los datos 1000Genomes CEU (NCBI37), pero el número de SNPs capturados aumentó de 2585 a 5084. El análisis de imputación se realizó en las muestras de descubrimiento y validación para evaluar SNPs sin tipo adicionales y para asegurar que el mismo conjunto de polimorfismos fueron analizados en las muestras de descubrimiento y replicación. Con un tamaño total de la muestra de 1829 casos y 6700 controles, nuestro estudio tenía una potencia global de 85% con un nivel de significación de 0,05 para detectar un alelo causal con MAF por encima de 0,1 y 1,2 años o más para el cáncer de endometrio. Sin embargo, no hemos encontrado ninguna evidencia de asociación, a pesar del hecho de que la asociación se evaluó mediante el uso de SNP, los genes individuales o las pruebas basadas complejos cofactor ER. Por lo tanto, nuestro estudio ha demostrado que los polimorfismos comunes dentro de estos genes son poco probable que juegue un papel significativo en el riesgo de cáncer de endometrio en general población europea. Sin embargo, no podemos excluir la posibilidad de que algunos SNPs podrían estar asociados con la supervivencia del cáncer de endometrio. Aún se necesitan más estudios para examinar si las variantes comunes con efecto más débil o variantes raras dentro de estos genes pueden jugar un papel para influir en el riesgo de cáncer de endometrio y la supervivencia.
Materiales y Métodos
Declaración de Ética
Este estudio fue aprobado por las Juntas de Revisión Institucional en Suecia y la Universidad Nacional de Singapur, el Consejo Nacional de Salud e Investigación médica de Australia y el Wellcome Trust Case control de Consorcio Reino Unido. Los pacientes de este manuscrito han dado su consentimiento informado por escrito para la publicación de sus detalles del caso.
Población de estudio y extracción de ADN
población sueca.
La Tabla 1 resume los orígenes, y número de casos y controles utilizados en este estudio. Los sujetos eran de dos poblaciones independientes de Suecia y la etapa 1 conjunto de muestras de un cáncer de endometrio recientemente publicado GWAS [19]. Los detalles del proceso de selección de la población sueca de este estudio han sido publicados anteriormente [23], [24]. En resumen, 564 de los casos de cáncer de endometrio entre las mujeres de 50-74 años de edad fueron identificados a través de los registros de cáncer en todo el país en Suecia entre 1994 y 1995. Durante ese período, 1510 controles emparejados por edad frecuencia fueron seleccionados al azar del Registro sueco de la población total. Todos los casos y los controles sin ninguna enfermedad maligna anterior fueron reclutados en el estudio. Sólo las mujeres con un útero intacto se consideraron como controles elegibles. Todos los sujetos elegibles proporcionaron información factor de riesgo como la edad, la historia reproductiva y el índice de masa corporal (Tabla S2), los cuales fueron obtenidos a través de cuestionarios.
in silico
validación de datos.
nuestros datos de validación fueron extraídas de la 1ª etapa de un GWAS de cáncer de endometrio, detallado en otro lugar [19]. En resumen, los casos fase 1 fueron subtipo endometrioide primaria endometriales pacientes con cáncer de informes ascendencia europea de Australia (Australian Nacional endometrial Cáncer de estudios (ANECS)) y Reino Unido (Estudios de Epidemiología y factores de riesgo en el cáncer de Herencia (BUSCAR Etapa) 1 controles eran genotipo como parte del Consorcio Wellcome Trust Case control (WTCCC) de Inglaterra, y se incluyeron 2.694 controles de la cohorte 1958 Nacimiento (1958BC) (un estudio basado en la población en el Reino Unido de los individuos nacidos en 1 semana en 1958) y 2.496 controles identifica a través del Servicio Nacional del Reino Unido sangre (NBS) [22]. la información sobre los factores de riesgo epidemiológico de los sujetos de caso de ANECS y búsqueda fueron recolectados a través de cuestionarios respectivos de los dos estudios. sin embargo, esta información no estaba disponible para el presente estudio.
Para las muestras de descubrimiento y validación, se recogió bio-probeta utilizando procedimientos de consentimiento informado por escrito aprobados por las respectivas juntas de revisión institucional.
Candidato gene, Tagging SNP selección y Genotipado
los detalles de los genes de cofactores ER y etiqueta SNP selección se han descrito anteriormente [25]. En resumen, las selecciones de genes se basan en los criterios que el gen debe codificar para una proteína ER cofactor. Elegimos etiqueta SNPs dentro de los 60 genes candidatos en base a los datos de HapMap CEU (Rel#22 /Apr07 la fase II, en el NCBI conjunto de B36, B126 dbSNP). Utilizando un enfoque de etiquetado SNP pares con r
2 & gt; 0,8 en Haploview [26] (versión 4), se seleccionaron 806 marcado SNPs con MAF más de 0,05 dentro de intrones, exones y la región 5 Kb de flanqueo de cada gen. En general tagSNPs 790 a través de 60 genes fueron diseñados con éxito y genotipo en todas las muestras de ADN disponibles a partir de casos y controles con el GoldenGate ensayo Illumina siguientes instrucciones de los fabricantes. Entre ellos, 105 SNPs se excluyeron sobre la base de 81 SNPs que tiene una tarifa de llamadas de menos de 0,96, 6 SNPs fallar una prueba de equilibrio de Hardy-Weinberg (P & lt; (0.05 /685)) y 18 SNPs con un MAF & lt; 0,01. Finalmente, 685 tagSNPs se incluyeron en el análisis estadístico. La genotipificación se duplica en el 2% de las muestras y no había concordancia de & gt;. 99% entre las muestras duplicadas, lo que sugiere una alta precisión genotipado
Para el análisis de validación, los SNPs en el gen
NCOA2
,
CREBBP
,
PRMT1
,
EP300
y
CARM1
fueron elaboradas desde el panel de 610 K en base a la posición física del flanco 5 kb del gen específico regiones. Los detalles de determinación del genotipo se han descrito anteriormente [19]. En pocas palabras, los casos fueron genotipo con Illumina Infinium 610 matriz K y los controles fueron genotipo utilizando una matriz M 1.2 Illumina Infinium (Tabla 1). Se utilizaron los siguientes criterios para el filtrado de los SNP: llamar tasa ≥95% si MAF ≥5% (o llame tasa ≥99% si MAF & lt; 5%), HWE P & gt; 10
-12 (casos) (o HWE P & gt ; 10
-7 si hay discrepancia con los grupos de control) y P & lt; 10
-6 (controles). La concordancia duplicado era el 99.9%. Los casos y controles se limitan a los siguientes criterios: el sexo de todas las muestras se confirmó que era de sexo femenino; la identidad por la ascendencia análisis basado en la identidad por estado se llevó a cabo para detectar las relaciones de primer grado crípticas; Se utilizó el análisis de componentes principales (PCA) para eliminar la ascendencia no europea y todas las muestras con una baja o alta heterocigosidad (& lt; 0,65 o & gt; 0,68) o llame tasa de & lt; 97% fueron excluidos. Un total de 1265 casos y 5190 controles se utilizaron para el análisis.
Análisis estadístico
Para evaluar la asociación entre el riesgo de SNPs y el riesgo de cáncer de endometrio, por alelo-odds ratio (OR) y el 95% los intervalos de confianza se calcularon utilizando una regresión logística en los dos genotipos de datos suecas y validación GWAS. Se utilizó la prueba de Cochran-Armitage tendencia para calcular los valores de p. A medida que los controles eran más jóvenes que los casos en el estudio sueco, la edad al momento del diagnóstico /de inscripción (como variable continua) se incluyó para el ajuste. Se utilizó una corrección de Bonferroni para ajustar para múltiples pruebas (685 pruebas de asociación), aunque esto es conservadora como no todas las pruebas son independientes. A medida que la información sobre la edad estuvo ausente de los datos proporcionados GWAS, hemos realizado un análisis no-ajustado por el conjunto de validación.
En general se evaluó la evidencia de la asociación entre las variantes genéticas en el complejo ER cofactor y el riesgo de cáncer de endometrio utilizando el método Aditivo máxima verosimilitud (AML), que se describe en detalle en Tyrer et al [27] y en nuestro estudio anterior [18]. En pocas palabras, el software para el ensayo AML evalúa la importancia experimento-sabia mediante el examen de la distribución empírica de la estadística de prueba de marcadores individuales sobre la base de una prueba de "relación pseudo-probabilidad", comparando la relación de los valores de las probabilidades optimizados en virtud de las hipótesis nula y alternativa para los datos observados con los valores correspondientes obtenidos a partir de conjuntos de datos con el estado de casos y controles al azar permutada. El método se basa en ajustar un modelo de mezcla a la distribución de las estadísticas de prueba, y tiene dos componentes, uno en representación de los SNP que son independientes del estado de casos y controles, los otros SNP representan asociados con el estado de casos y controles. Con el fin de determinar si existe un efecto acumulativo de múltiples variantes, las estadísticas de prueba de Cochran-Armitage para los SNPs asociados se supone que todos tienen el mismo valor del parámetro de no centralidad (chi-cuadrado). El tamaño del efecto común de los SNPs asociados dentro del complejo también se estima a través del parámetro de no centralidad. Se realizó la prueba global basada en la LMA de asociación para los complejos de cofactores ER 5, 3 sub-complejos y 60 genes ER cofactor de análisis específico en el análisis de Suecia, así como para NCOA2 sub-complejo en el análisis de los datos de validación. Esta prueba evalúa la importancia experimento-sabia mediante el examen de la distribución empírica de la estadística de prueba solo marcador, con el fin de determinar si existe un efecto acumulativo de múltiples variantes.
Para el análisis de imputación de
NCOA2
(CHR8: 71181-71484 kpb) y
CREBBP gratis (Chr16: 3720-3875 kpb), que imputa las dos regiones en los dos conjuntos de datos: 2074 muestras suecas y 6455 muestras de validación, mediante el uso de su genotipo SNP cuya genotipos todos pasaron los umbrales de control de calidad (frecuencia de llamadas & gt; 90%, MAF & gt; 1%, HWE P & gt; 10
-6 en los controles). La imputación se realizó mediante el uso de los datos a partir de 1000 Genomas [28] como panel de referencia 0 y los datos de HapMap III [29] como panel de referencia 1 (datos CEU) en un único análisis de imputación, tal como recomiendan los autores de Impute2. Se excluyeron los genotipos imputados con una probabilidad inferior al 90%; y SNPs con información imputar menos de 80%, MAF menos de 1%, HWE P & lt; 0,0001 en los controles y la tasa de falta mayor que 10% de los genotipos fueron retirados del análisis adicional. la asociación de ensayo se realizó en PLINK [29] utilizando la prueba de Cochran-Armitage tendencia a analizar la asociación genotipo-fenotipo en ambos estudios. En el meta-análisis, se aplicó la prueba de Cochran-Mantel-Haenszel para probar la asociación genotipo-fenotipo en las muestras combinadas mediante el tratamiento de las dos muestras individuales como estudios independientes. La prueba de Breslow-Day y la prueba Q se realizaron para evaluar la importancia de la heterogeneidad entre los estudios individuales.
Asociación
SNP análisis se realizaron utilizando STATA versión 8.0 (StataCorp estación, Universidad, TX, EE.UU.). cálculo de desequilibrio de ligamiento (LD) se realizó en Haploview versión 4.1 [26]. El análisis de la LMA se ha realizado mediante un software obtenido de los autores del método [27]. El software Quanto versión 1.2.3 se utilizó para la estimación de la potencia [30]. La versión de software Impute 2 [31], [32] se utilizó para imputar los datos de genotipo de SNP sin tipo.
Apoyo a la Información sobre Table S1. Evaluación
Cobertura de la variante común en los genes de cofactores ER 60
doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s001 gratis (DOC) sobre Table S2.
características de la muestra descubrimiento conjunto de la población sueca seleccionada
doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s002 gratis (DOC) sobre Table S3.
basada en los genes de ensayo AML en el riesgo de cáncer de endometrio en la población sueca
doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s003 gratis (DOC) sobre Table S4. .
P-valores de 53 SNPs extraídos de GWAS después del ajuste PCA
doi: 10.1371 /journal.pone.0042445.s004 gratis (DOC) sobre Table S5. la comparación de los genes
Cobertura 5 NCOA2 sub-complejas entre estudio sueco y análisis GWAS
doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s005 gratis (DOC) sobre Table S6.
SNPs compartidas imputados y genotipo en tanto el análisis sueco y GWAS en NCOA2 y CREBBP genes
doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s006 gratis (DOC)
Reconocimientos
Nos gustaría dar las gracias a Heng Khai Koon y Ong Eng Hu Jason para el genotipado, Frans Verhoeff para el procesamiento de los datos de genotipos.
también agradecemos a todas las mujeres que tomaron el tiempo y esfuerzo para participar en este estudio.
ANECS y BUSCAR agradecimiento Penny Webb y el equipo de investigación ANECS, el registro de cáncer del este y Centro de información y el equipo de investigación BUSCAR, las numerosas instituciones y su personal que apoyaron la contratación, y reconocen la contribución de nuestra colaboradores clínicos y científicos y su personal. Ver lista completa http://www.anecs.org.au/for del Grupo ANECS y otros contribuyentes a ANECS
BUSCAR
colaboradores incluyen
.
Caroline Baynes , Don Conroy, Bridget Curzon, Patricia Harrington, Sue Irvine, Clare Jordan, Craig Luccarini, Rebecca Mayes, Hannah Munday, Barbara Perkins, Radka Platte, Anabel Simpson, Anne Stafford y Judy West.