Extracto
Sintético letal (SL) interacciones genéticas desempeñan un papel fundamental en diversos tipos de investigación biológica, que van desde la comprensión de las relaciones genotipo-fenotipo para la identificación de drogas-blancos contra el cáncer. A pesar de los recientes avances en las interacciones empíricas de medición SL en las células humanas, la interacción mapa genético humano está lejos de ser completa. A continuación, presentamos un nuevo enfoque para predecir este mapa mediante la explotación de los patrones en la evolución del genoma del cáncer. En primer lugar, se muestra que las interacciones SL a determinados empíricamente se reflejan en diversos genes presencia, ausencia, y los patrones de duplicación en cientos de genomas del cáncer. El patrón más evidente que hemos descubierto es que cuando se pierde un miembro de un par de genes interacción SL, el otro gen no tiende a perderse, es decir, la ausencia de co-pérdida. Esta observación está en línea con las expectativas, ya que la pérdida de un par de interacción SL será letal para la célula del cáncer. interacciones SL también se reflejan en los perfiles de expresión de genes, como una representación en virtud de los casos en que los genes en un par SL son a la vez bajo expresado, y una sobre representación de los casos en que un gen de un par SL está bajo expresadas, mientras que el otro es sobreexpresado. Hemos integrado los diversos patrones del genoma del cáncer previamente desconocidos y los patrones de expresión génica en un modelo computacional para identificar pares SL. Este modelo sencillo, de todo el genoma logra un poder de predicción alta (AUC = 0,75) para las interacciones genéticas conocidas. Se nos permite presentar por primera vez una lista completa de todo el genoma de las interacciones SL con una alta precisión de predicción estimado, que cubre hasta 591.000 pares de genes. Esta lista única potencialmente puede ser utilizado en diversas áreas de aplicación van desde la biotecnología a la genética médica
Visto:. Lu X, W Megchelenbrink, Notebaart RA, Huynen MA (2015) Predicción de interacciones genéticas humanas de cáncer de la evolución del genoma. PLoS ONE 10 (5): e0125795. doi: 10.1371 /journal.pone.0125795
Editor Académico: Joel S. Bader, Johns Hopkins University, Estados Unidos