Extracto
En el cáncer colorrectal (CCR), un riesgo susceptibilidad hereditaria afecta a alrededor del 35% de los pacientes, mientras que las mutaciones en la línea germinal de alta penetrancia representan & lt; 6% de los casos. Una proporción considerable de los tumores esporádicos podría explicarse por la herencia conjunta de múltiples variantes de baja penetrancia, algunos de los cuales son comunes. Se evaluó la susceptibilidad a la CRC conferida por variantes genéticas en el
TGFBR1
locus. Se han analizado 14 polimorfismos y la expresión específica de alelo (ASE) de
TGFBR1
en 1025 individuos de la población española. Un estudio de casos y controles se llevó a cabo con 504 controles y 521 pacientes con CCR esporádico. Catorce polimorfismos localizados en el
TGFBR1
locus se genotipo con el
IPLEX Oro gratis (
MassARRAY-Sequenom
) la tecnología. El análisis descriptivo de los polimorfismos y haplotipos y estudios de asociación se realizaron con el paquete de trabajo SNPator. No se detectaron asociaciones pertinentes entre los polimorfismos o haplotipos individuales y el riesgo de CCR. El
TGFBR1 * 9A /6A
polimorfismo se utilizó para el análisis ASE. individuos heterocigotos se analizaron para ASE por análisis de fragmentos usando ADNc a partir de tejido normal. El nivel relativo de expresión alélica se extrapoló a partir de una curva estándar. El valor de corte se calculó con el índice de Youden. ASE se encontró en el 25,4% de los pacientes y el 16,4% de los controles. Teniendo en cuenta tanto los tipos bimodales y continuas de distribución, no se identificaron diferencias significativas entre los valores de ASE de pacientes y controles. Curiosamente, un análisis combinado de los polimorfismos y ASE para la asociación con el CRC ocurrencia reveló que los individuos ASE-positivas que llevan uno de los haplotipos más comunes (H2: 20,7%) mostraron notable susceptibilidad a la CRC (RR: 5,25; IC del 95%: 2.547 -5.250; p & lt; 0,001) con un factor de sinergia de 3,7. En nuestro estudio, el 54,1% de los casos de CCR esporádicos fueron atribuibles a la herencia conjunta del haplotipo H2 y
TGFBR1
ASE. Estos resultados apoyan la hipótesis de que la arquitectura alélica de los genes del cáncer, en lugar de polimorfismos individuales, define con mayor precisión el riesgo de CCR
Visto:. Martínez-Canto A, Castillejo A, Mata-Balaguer T, MI Castillejo, Hernández E -Illan, Irles E, et al. (2012)
TGFBR1
Interacción intralocus Epistatic como factor de riesgo para el cáncer colorrectal. PLoS ONE 7 (1): e30812. doi: 10.1371 /journal.pone.0030812
Editor: C. Aedin Culhane, Escuela de Salud Pública de Harvard, Estados Unidos de América
Recibido: 20 Septiembre, 2011; Aceptado 21 de diciembre de 2011; Publicado: 23 Enero 2012
Derechos de Autor © 2012 Martínez-Canto et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Esta acción ha sido apoyado en parte por subvenciones de la Generalitat Valenciana, en España (AP140 /08) y la Fundación para la Investigación Biomédica del hospital de Elche, España (FIBElx0902). AM-C, CE, y CG son los destinatarios de las becas de la Fundación Juan Peran-Pikolinos; Fundación Carolina-BBVA y Conselleria de Educación (Generalitat Valenciana), respectivelly. No se recibió financiación externa adicional para este estudio. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer colorrectal (CCR) afecta a más de un millón de personas en todo el mundo cada año y se está convirtiendo en el tipo más frecuente de cáncer en los países desarrollados [1]. Las causas subyacentes de la CRC son combinaciones de factores ambientales y genéticos en diferentes proporciones. Un porcentaje considerable de los tumores esporádicos podría explicarse por la herencia conjunta de múltiples variantes de baja penetrancia, algunos de los cuales son comunes. susceptibilidad heredada subyace en ~ 35% de la varianza en el riesgo de CCR, mientras que las mutaciones en la línea germinal de alta penetrancia representan el & lt; 6% de los casos [2]
variantes genéticas comunes en varios loci implicados en el factor de crecimiento transformante beta. (TGF-beta) superfamilia vía de señalización han sido identificados como variantes de baja penetrancia que afectan el desarrollo de CRC, cuando se utiliza un enfoque imparcial, como un análisis de asociación de genoma completo (GWA) [2].
TGF beta es uno de los más potentes inhibidores de la proliferación de células epiteliales. Las anomalías en esta vía de señalización son casi universales en células de cáncer y están mediados a través de una variedad de mecanismos de [3]. El tipo de receptor de TGF-beta I (codificada por el
TGFBR1
gen) es un mediador de las señales inhibidoras del crecimiento TGF-beta y ha sido dirigida en varios estudios de susceptibilidad al cáncer y la progresión, con resultados discordantes frecuencia [4 ] - [7]
Recientemente, un fenómeno llamado "expresión específica de alelo" (ASE) fue descrito.; ASE se produce en la línea germinal en el
TGFBR1
gen en el 10% -20% de los pacientes con CCR y genera un mayor riesgo de CCR (odds ratio [OR]: 8,7; 95% intervalo de confianza [IC]: 2.6- 29,1), aunque la causa genética subyacente de esta variación de la transcripción sigue siendo desconocido [8]. Más recientemente, se informó de resultados contrarios, en el que el ASE de
TGFBR1
se observó como un evento raro y hay una mayor susceptibilidad a CRC se pudo detectar [9] - [14].
Actualmente se acepta que existe una asociación directa entre una susceptibilidad genética al cáncer y el número de alelos de riesgo realizadas por un individuo [15]. La evidencia de esta hipótesis proviene de varios estudios en los que los autores analizaron una combinación de un pequeño número de alelos de susceptibilidad en diferentes loci [2]. El 2% de la población con el riesgo más alto, que llevaba varios alelos de bajo riesgo, tuvo un incremento en el CCR de alrededor de cuatro veces en comparación con los individuos con un riesgo promedio de la población [15].
En el presente estudio, que tuvo como objetivo mapear las interacciones genéticos de susceptibilidad CRC en el
TGFBR1
locus. Nuestros resultados muestran que los individuos que lleva la combinación de un haplotipo específico y ASE teniendo un mayor riesgo de CCR (riesgo relativo [RR]: 5,25; IC del 95%: 2,547-5,250; p & lt; 0,001), aunque ninguno de estos factores tenían una efecto significativo sobre la susceptibilidad CRC cuando se analiza de forma individual.
Métodos
Objetivos
la hipótesis de trabajo que hemos probado en este estudio fue que el detalle de la arquitectura intralocus alelo de
TGFBR1
predice con mayor precisión la susceptibilidad genética a la CRC que hacer polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) individuales. El objetivo de mapear las interacciones genéticas de susceptibilidad en el
locus TGFBR1 Windows que afectan CRC, que se define por 14 polimorfismos y
TGFBR1
ASE, en un estudio de casos y controles.
Participantes
Pacientes con CCR esporádico.
Los individuos con CCR esporádico (n = 521) que se sometieron a cirugía con intención curativa se incluyeron en este estudio. Se excluyeron los pacientes con poliposis adenomatosa familiar o síndrome de Lynch. También se excluyeron los pacientes con sospecha de síndrome de Lynch (tumores diagnosticados antes de los 50 años de edad, con inestabilidad de microsatélites). La edad media de los pacientes incluidos en el diagnóstico fue de 67 años (rango 23-93 años). Las características clínicas y patológicas de los pacientes con CRC se dan en detalle en la Tabla 1.
muestras biológicas de los pacientes e información clínica y patológica se obtuvieron de los Biobancos en el Hospital de la Universidad de Elche y el Hospital Provincial de Castellón (España ).
Controles.
Controles (n = 504), sin antecedentes personales de cáncer y con diagnósticos que se cree no estar relacionado con la enfermedad de interés (por ejemplo, fracturas de hueso, un politraumatismo, sangre irregularidades de glucosa, enfermedades vasculares y cardíacas, complicaciones asociadas con insuficiencia renal) se seleccionan de entre el hospital Universitario de Elche Biobanco (España). Su edad media era de 72 años (rango 23-98 años).
Descripción de los procedimientos e investigaciones llevadas a cabo
ADN /extracción de RNA y la síntesis de ADNc.
ADN y ARN eran extraído de los leucocitos de sangre periférica de los controles y de la mucosa del colon de aspecto normal de los pacientes con CRC. ADN /extracción de RNA y la síntesis de ADNc se realizó como se describe anteriormente [16].
Selección de polimorfismo.
La selección de los SNPs se basa en su asociación con la ocurrencia de
TGFBR1
ASE, como se describe por Valle et al. [8]. Un total de 14 polimorfismos extiende a lo largo de 71 kb en el
TGFBR1 locus
se genotipo. Seis SNPs fueron intragenic, cinco fueron localizadas aguas arriba del gen, y tres fueron localizados aguas abajo del gen (Figura S1). Los rs7034716 y rs6478974 SNP se describen como tagSNPs en esta región, de acuerdo con la base de datos HapMap (Datos Rel27 Fase II + III).
Se utilizó
genotipado de SNP.
software del diseñador de MassARRAY (Sequenom) para diseñar el ensayo de PCR y cebadores IPLEX extensión de una sola base para el análisis multiplexado. IPLEX oro ensayo MassARRAY (Sequenom) es un proceso de extensión del cebador diseñado para detectar diferencias de secuencia en el nivel de un solo nucleótido. las diferencias específicas de alelo en la masa entre los productos de extensión se detectan por MALDI-TOF /MS.
Análisis de la
TGFBR1
polimorfismo 9A /6A.
Hemos informado anteriormente de la genotipificación del trinucleótido 9A /6A repetitivo polimórficos en
TGFBR1
exón 1 (rs11466445) en pacientes con CCR esporádico y en los controles [16].
análisis de ASE.
ADNc usado de todos los individuos heterocigóticos 9A /6A para analizar la ASE de
TGFBR1
. Para cuantificar la ASE, se utilizó una curva estándar de nueve punto construido con diluciones de ADNc a partir de 9A y 6A individuos homocigotos diluciones: 9:1, 08:02, 07:03, 06:04, 05:05, 04:06, 3:07, 2:08, y 1:09). Una curva estándar (de Pearson coeficiente de correlación & gt; 0,98) se utilizó para interpolar la ASE relativa para cada individuo. Cada muestra de ADNc se analizó por triplicado. muestras de cDNA a partir de tres individuos heterocigotos también se utilizaron como calibradores a lo largo de todos los experimentos cuantitativos ASE para evaluar y correcta para el potencial de la variación interexperimental. El valor de corte se calculó con un análisis de la curva de funcionamiento del receptor, para estimar la sensibilidad y la especificidad de los distintos puntos de corte, y para seleccionar el mejor valor para el índice de Youden.
Ética
Escrito el consentimiento informado para su inclusión en los respectivos Biobanco se obtuvo de cada participante individual. El estudio fue aprobado por los comités éticos de los hospitales de Elche y Castellón.
Métodos estadísticos
El análisis descriptivo de los polimorfismos y haplotipos se llevaron a cabo con la plataforma estadística genética SNPator [17]. Antes se analizaron los polimorfismos individuales, Hardy-Weinberg se confirmó para el grupo de control. La plataforma SNPator utiliza el programa de fase para la estimación de haplotipos. Este programa implementa un método estadístico bayesiano para reconstruir los haplotipos de genotipo de datos de población.
multivariantes incondicionales modelos de regresión logística asumiendo dominante, recesivo, aditivo o modos de herencia codominante se utilizaron para evaluar las asociaciones entre los polimorfismos o haplotipos y . CRC
Hemos explorado los efectos potenciales de la modificación por sexo, edad (por debajo vs durante la edad media: 67 años), la localización del tumor (vs proximal distal), y el estadio tumoral (I y II vs III y IV ) en el análisis estratificado correspondiente.
a χ
2 test se utilizó para evaluar las diferencias en las frecuencias portadoras de la variante entre el grupo de pacientes y el grupo control y analizar cualquier forma de asociación entre los SNPs y la clínica y factores patológicos. Se utilizó la prueba de tendencia de Armitage para el cálculo de p para las tendencias en el modelo aditivo de la herencia. Todos los valores de p fueron de dos caras y p & lt; 0,05 se consideró significativo. Los resultados se expresan como RUP y IC del 95%. Poder se determinó utilizando el software estadístico en línea (http://www.stat.ubc.ca/~rollin/stats/ssize/caco.html). el método de Bonferroni para corregir múltiples pruebas se incluyó en el análisis para asegurar que el coeficiente de confianza general se mantuvo. Se utilizó una prueba de Mann-Whitney no paramétrico para el análisis ASE cuando la distribución se considera continuo. El RR, el factor de sinergia, y la población porcentaje de riesgo atribuible (PAR%) fueron calculados en el análisis combinado de los haplotipos y ASE.
Resultados
No hubo diferencias estadísticamente significativas en la edad media o distribución por sexo de los pacientes y los controles
polimorfismos TGFBR1 y el CRC
Un total de 782 individuos (405 pacientes y 377 controles) se genotipo para los 13 SNPs. La cantidad y /o calidad del ADN de los individuos restantes fueron inadecuados para el análisis con la tecnología IPLEX. Control de calidad para el genotipado se evaluó mediante PCR en tiempo real con sondas TaqMan para la discriminación alélica en el 0,7% de los genotipos identificados por la tecnología IPLEX. Genotipado del trinucleótido 9A /6A repetitivo polimórficos en
TGFBR1
exón 1 (rs11466445) se evaluó en todos los pacientes y controles incluidos en el estudio.
Las frecuencias alélicas y genotípicas se muestran en las Tablas S1 y S2, respectivamente. Todos los polimorfismos incluidos en este estudio tenían un alelo menor frecuencia (MAF) mayor que 8% (Tablas S1 y S2). La distribución de los genotipos en la población de control no se desvió significativamente de la que se espera para una población en equilibrio de Hardy-Weinberg (
P
& gt; 0,25). Las frecuencias alélicas encontradas fueron similares a los reportados en la base de datos HapMap (http://hapmap.org) y el NCBI dbSNP (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/).
Los estudios de asociación de los SNPs con CCR ocurrencia mostraron resultados significativos para rs7034716 SNP rs10739778, y rs334365, con OR de 1,36 a 1,42 (Tabla 2). Un análisis estratificado mostró una asociación significativa entre el alelo menor de edad y un diagnóstico CRC a una edad más joven (& lt; 67 años) para los SNP rs7033283, 7034462, 7034867, 12686783, 11466445, y rs928180 (Tabla 3). Ninguna otra asociación se encontró cuando el análisis se estratificó por sexo, localización del tumor, o etapa.
Estudio
Un desequilibrio de ligamiento (LD) mostró un alto nivel general de vinculación entre los polimorfismos analizados . Los valores de enlace para más de 80% de los pares de SNPs resultaron en D '& gt; 0,8. Los tagSNPs identificados para esta región incluyen los rs7034462 SNPs, rs7034867 y rs928180, todas con MAF. & Lt; 10% (Tabla S3)
Un análisis de haplotipos mostró la presencia de 17 y 27 haplotipos diferentes en los controles y los pacientes , respectivamente. Sólo seis de los haplotipos (H1, H2, H3, H4, H5 y H13) tenían una frecuencia superior a 1% en los controles; Estos fueron seleccionados para los estudios de asociación. Las descripciones de los haplotipos y sus frecuencias se dan en las Tablas S4 y S5, respectivamente
.
Algunas asociaciones significativas entre los haplotipos y CRC se encontraron en el análisis estratificado. Para las personas mayores de 67 años, de los haplotipos H2 y H5 se asociaron con un aumento y una reducción de la CRC, respectivamente. Las personas de edad inferior a 67 años y que lleva el haplotipo H1 tenían un menor riesgo de CCR. Por último, los individuos masculinos que portan el haplotipo H4 tenían un menor riesgo de CCR (Tabla 4).
TGFBR1
ASE
Un análisis ASE se llevó a cabo en el informativo individuos para el polimorfismo rs11466445: individuos heterocigóticos 9A /6A (71 pacientes y 67 controles, n = 138). El
TGFBR1
expresión relativa calculada a partir de una curva patrón se trazó (Figura 1). El ratio de la mediana ASE fue ligeramente mayor para los pacientes con CRC que para los controles (0,896 ± 0,317 vs 0,862 ± 0,155, respectivamente) guía.
El
TGFBR1
alelo ratios en pacientes con CCR esporádico (Panel A) y los controles (panel B). La zona de ASE-negativo está representado por el rectángulo de color entre los valores de corte (0,78 y 1,27). La media y la desviación estándar se muestran para cada muestra.
Para el análisis en el que la ASE se considera que tienen un tipo bimodal de la distribución, los individuos se consideraron positivos para la presencia de ASE si ellos demostraron una alélica ratio de expresión & lt; 0,78 o & gt; 1,27. Estos valores de corte correspondían a 9A /6A proporciones de los alelos de 44:56 y 56:44, respectivamente (sensibilidad: 0.295; especificidad: 0,836; índice de Youden: 0,131; Tabla S6). En los pacientes positivos, se observó una sobreexpresión relativa constante del alelo * 6A (
P
= 0,045).
Dieciocho pacientes (25,4%) y 11 controles (16,4%) fueron positivos para ASE, que muestra una asociación significativa con el riesgo de cáncer (OR: 1,697; IC del 95%: 0,74 a 3,87;
P = 0,213
). En el análisis estratificado de CRC, ASE se encuentra con mayor frecuencia en individuos con tumores en etapa temprana. (
P = 0,016
; Tabla S7) guía
No se encontró asociación significativa cuando se considera un ASE variable continua (
P = 0,179
)
análisis combinado de TGFBR1 ASE y haplotipos
Se encontró una asociación altamente significativa entre el segundo más común haplotipo H2 (pacientes:. 24,07 %; controles: 20,72%), ASE (pacientes: 25,4%; controles: 16,4%), y la aparición de CRC. Los individuos que portan el haplotipo H2 con ASE mostraron un alto riesgo de CRC (
P
& lt; 0,0001; Tabla 5). Cuando H2 y ASE se consideraron factores independientes, las frecuencias observadas en los pacientes diferían significativamente de las frecuencias esperadas (
P = 0,013
), pero no lo hicieron en los controles (
P Hotel & gt ; 0,05; Tabla S8) guía empresas
los valores de RR para ASE y el haplotipo H2 fueron 1,24 (IC del 95%:. 0,86 a 1,68;
P = 0,213
) y 1.123 (95 % IC: 0,98-1,28;
P = 0,095
), respectivamente. Como consecuencia, el RR combinado esperado para ASE y H2 fue de 1.42, mientras que el RR observado fue 5,250 (IC del 95%: 2,55 a 5,25;
P Hotel & lt; 0,0001). El factor de sinergia resultante fue de 3,7 y el riesgo atribuible a la población fue de 54,1% (Tabla 6).
Discusión
De acuerdo con nuestros resultados, el análisis combinado de múltiples factores genéticos asociados con el cáncer susceptibilidad, con los pesos individuales no sustanciales, podría revelar una arquitectura más precisa intralocus alélica que analiza lata individual, y definir subgrupos específicos de los individuos con niveles importantes de riesgo de CCR.
pruebas
En el presente trabajo, hemos presentado que las personas con el específico
TGFBR1
haplotipo H2 y
TGFBR1
ASE tiene un alto riesgo relativo de CRC (RR = 5,250; IC del 95%: 2,55 a 5,25), mientras que el riesgo individuales asociados a cada de estos factores es insignificante. Una relación sinérgica considerable fue identificado en el análisis combinado, apoyando la hipótesis de que la arquitectura alélica de los genes del cáncer podría definir con mayor precisión el riesgo de cáncer. El PAR% calculado fue de 54,1%, lo que indica que más de la mitad de la CRC esporádica en nuestra población era atribuible a la combinación de los factores genéticos y H2 ASE en el
TGFBR1 locus
. Se requieren más estudios independientes con muestras más grandes para confirmar estos resultados.
En la actualidad se acepta que el efecto de los alelos de baja penetrancia más comunes es esencialmente independiente y la posesión de un mayor número de alelos de riesgo se asocia con una aumento del riesgo de cáncer, de acuerdo con un modelo poligénico de la susceptibilidad a la enfermedad [15].
intralocus sugieren que podrían existir Nuestros resultados epistatic interacciones entre las variantes comunes de factores de susceptibilidad CRC. evidencia experimental directa de la existencia de mecanismos para tal intralocus interacciones epistatic se ha informado anteriormente [18].
modestos cambios de expresión génica puede tener consecuencias biológicas significativas, como se ve en
APC
gen, donde 50% de reducción constitucionales en la expresión de un alelo puede conducir al desarrollo de la poliposis adenomatosa familiar [19].
ASE es un fenómeno generalizado que afecta a la expresión de 20% de los genes humanos. Las diferencias alélicas son heredables de una manera autosómica y no se imprimen [20], [21]. Definición de ASE nos ayudará a apreciar la magnitud de las variaciones reglamentarias funcionalmente importantes y centrarse en los haplotipos candidatos que se asocian con los alelos expresados de diversas formas, lo que permite la caracterización molecular detallada de los polimorfismos específicos [20].
ASE representa el fenotípica efecto de las variaciones genéticas desconocidas, y puede afectar a uno o más factores locales o distantes, que pueden actuar en
cis
o
trans
. Por otra parte, los efectos acumulativos, epistasis, las interacciones genotipo-ambiente, y Pleiotropía puede dar cuenta de la compleja arquitectura genética subyacente a estas variaciones de la transcripción [22]. heterogeneidad plausible en los factores de regulación, las diferencias en determinadas cohortes de pacientes con CRC, y las diferencias en los enfoques metodológicos pueden ser responsables de los resultados aparentemente incongruentes publicados por
TGFBR1
ASE [8] - [14].
ASE se ha medido por varios autores mediante el cálculo de la relación de dosis (ADNc /gDNA) [8], [10] - [12]. Sin embargo, se reconoce que esta metodología puede implicar problemas inherentes ocasionales con genotipado cuantitativa [9]. Decidimos que ASE debe evaluarse en relación con la relación hipotética 1:01 de la dosis alélica en lugar de mediante la comparación de las dosis de cDNA y gDNA en una sola muestra. La cuantificación relativa de la expresión de cada alelo por extrapolación a partir de una curva estándar podría ofrecer resultados más precisos [9], [23]. Un posible factor de confusión adicional para la evaluación ASE podría ser la fuente de ARN utilizado. líneas de células linfoblastoides se han utilizado en muchos estudios [9] - [11]. Sin embargo, linfoblastos transformadas pueden sufrir cambios en sus niveles de mRNA en comparación con la muestra de linfocitos de sangre periférica original a causa de ruido biológico y
in vitro
artefactos (los niveles de virus de Epstein-Barr utilizados para transformar las células, los niveles de ATP, etc.), o efectos clonales incluso extremas pueden comprometer un análisis ASE. Por estas razones, el uso de células no transformadas a granel o
ex vivo
células se recomienda para los ensayos de ASE [22]. Todo se informó anteriormente
TGFBR1
estudios ASE utilizados SNPs como marcadores genéticos [8] - [14]. Instantánea [8], [9], [11] y pirosecuenciación [10], [12] - [14] tecnologías se han utilizado para analizar los SNPs, y han generado discrepancias en publicada
TGFBR1
resultados ASE. Seleccionamos una inserción /deleción polimorfismo (rs11466445) asociado con el fenómeno ASE [8] y la estudió con análisis de los fragmentos de electroforesis capilar, que es la metodología más adecuada para el análisis de este tipo de polimorfismo.
Somos conscientes de las limitaciones de este estudio. El tamaño de la muestra utilizada en este estudio nos permitió detectar los factores de susceptibilidad con una frecuencia del alelo menor de 8% con RR≥2 o ≤0.5, y con un 80% de potencia para las asociaciones de crudo de factores simples. Por lo tanto, las asociaciones significativas se han encontrado los SNPs y haplotipos eran de poca potencia. Por otra parte, el tamaño de esta muestra de estudio no nos permiten detectar los efectos de alelos raros. Sin embargo, nuestra intención era analizar los efectos de la combinación de factores genéticos comunes. La sensibilidad para detectar la susceptibilidad genética es menor cuando la población se estratifica. Por lo tanto, el riesgo detectado en el análisis combinado de ASE y el haplotipo H2 basada en el tamaño de la muestra disponible es claramente poca potencia. Los valores de especificidad y sensibilidad para que la asociación fueron 95% y 25%, respectivamente.
Las frecuencias esperadas para H2 /ASE, cuando se consideraron como factores independientes, fueron significativamente diferentes de las frecuencias observadas en los pacientes (
P = 0,013
) pero no en los controles (
P Hotel & gt; 0,05;. Tabla S8), lo que sugiere que esta combinación de factores puede tener un efecto perjudicial
La presencia de un haplotipo asociado con ASE sugiere un
mecanismo regulador cis
subyacente ASE. Los polimorfismos en el promotor del gen, potenciador, factor de transcripción de sitios de unión, los sitios de empalme, elementos de estabilidad del ARN, o ARN antisentido podrían estar implicados en la disfunción mecánica subyacente [24].
epistatic interacciones son difíciles de detectar a menos sus efectos marginales son significativos. También hay una penalización estadístico conferida por múltiples pruebas a gran escala, lo que puede hacer la identificación de tales interacciones altamente problemático. Por lo tanto, se necesitan más investigaciones con muestras más grandes para asegurar resultados concluyentes.
Los polimorfismos seleccionados para los estudios de asociaciones genéticas multifactoriales con enfermedades, como la actual, son de importancia crítica. El alto nivel de LD mostrado por el conjunto de polimorfismos utilizados en este trabajo nos ha permitido diseccionar los polimorfismos que definieron esos subhaplotypes que están más fuertemente asociados con la enfermedad. Un efecto submáxima LD puede ocultar la información potencialmente útil que se perdió en los estudios de epidemiología genética en el que se utilizan tagSNPs predefinidos. En este punto, es importante señalar que los patrones de LD pueden diferir notablemente entre las poblaciones [25].
Todos los SNPs comunes identificados hasta la fecha con las exploraciones de GWA conferir modestos riesgos de cáncer y la mayoría de los alelos de susceptibilidad han OR de & lt; 1,5. Además, en los estudios de asociación reportados, sólo el 12% de los SNPs con MAF de 5% -10% fueron marcados, lo que indica que estas estrategias no están configurados de forma óptima para identificar variantes de baja frecuencia en esta gama de MAF, algunos de los cuales pueden tener fuertes efectos [2]. El cincuenta por ciento de los
TGFBR1
polimorfismos intralocus (7/14) utilizados en el presente estudio tuvo MAF que van del 8% al 10%, lo que permite la detección de nuevos factores de riesgo.
haplotipo basada enfoques pueden tener mayor poder que un solo locus analiza cuando los SNPs son fuertes en LD con el riesgo
locus
. Los nuevos enfoques de minería de datos se están utilizando para superar posibles complejidades que surgen en los estudios genéticos de un gran número de haplotipos, que ofrece más información sobre los factores de riesgo genéticos asociados a enfermedades complejas [26].
A pesar de las limitaciones descritas anteriormente , nuestros resultados sugieren la importancia de
TGFBR1
en la susceptibilidad genética a los llamados "esporádica" CRC. Estos resultados también ofrecen una prueba de concepto para la existencia de intralocus epistatic interacciones entre las variantes comunes asociados con la susceptibilidad CRC. Por lo tanto, se requiere un mapa detallado de las interacciones genéticas para la evaluación del riesgo más precisa, lo que debería permitir que las estrategias de prevención del cáncer a ser dirigidos, e influir cada vez más tratamientos contra el cáncer.
Apoyo a la Información
Figura S1.
Localización de los polimorfismos analizados en el
TGFBR1 locus
. Trece SNPs y un polimorfismo de deleción de inserción (rs11466445) en el
TGFBR1 locus
se genotipo. Seis eran polimorfismos intragenic, cinco fueron localizados aguas arriba del gen, y tres eran aguas abajo del gen
doi:. 10.1371 /journal.pone.0030812.s001 gratis (TIF)
Tabla S1.
frecuencias alélicas de los
TGFBR1
polimorfismos por grupo. (CRC: el cáncer colorrectal; C: controles).
Doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s002 gratis (DOC) sobre Table S2.
frecuencias genotípicas de los
TGFBR1
polimorfismos por grupo. (CRC: el cáncer colorrectal; C: controles).
Doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s003 gratis (DOC) sobre Table S3.
desequilibrio de ligamiento entre los polimorfismos analizados en el
TGFBR1
locus (valor D ').
doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s004 gratis (DOC) sobre Table S4.
Definición de los
TGFBR1
haplotipos encontrados en el presente estudio.
doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s005 gratis (DOC) sobre Table S5.
Las frecuencias de los
TGFBR1
haplotipos en los grupos de pacientes y controles. (CRC: el cáncer colorrectal; C: controles).
Doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s006 gratis (DOC) sobre Table S6.
receptor análisis de la curva de funcionamiento para determinar los valores de corte para
TGFBR1
ASE. (CRC: el cáncer colorrectal; C: controles; ASE: expresión específica de alelo; YI: Índice de Youden).
Doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s007 gratis (DOC) sobre Table S7.
Asociación entre
TGFBR1
ASE y CRC: crudo y análisis estratificados. . (CRC: el cáncer colorrectal; C: controles; ASE: expresión específica de alelo; OR: odds ratio, IC: intervalo de confianza)
doi: 10.1371 /journal.pone.0030812.s008 gratis (DOC)
Tabla S8.
frecuencias observadas y esperadas de la
TGFBR1
haplotipo H2 y
TGFBR1
ASE en pacientes y controles.
doi:. 10.1371 /journal.pone.0030812.s009 gratis (DOC)
Reconocimientos
Nos gustaría dar las gracias a todas las personas que participaron en el estudio