Extracto
Antecedentes
TMEFF2 es una proteína que contiene un solo tipo EGF dominio y dos módulos folistatinas similar. La función biológica de TMEFF2 sigue sin estar claro con informes contradictorios que sugieren tanto positivo como una asociación negativa entre la expresión TMEFF2 y los cánceres humanos.
Metodología /Principales conclusiones
Aquí mostramos que el dominio extracelular de TMEFF2 interactúa con PDGF-AA. Esta interacción requiere la región amino terminal del dominio extracelular que contiene los módulos de folistatinas y no puede ser mediada por el dominio de tipo EGF solo. Además, el dominio extracelular de TMEFF2 interfiere con la proliferación de fibroblastos PDGF-AA-estimulada de una manera dependiente de la dosis. TMEFF2 expresión está regulada negativamente en los cánceres de cerebro humano y se correlaciona negativamente con la expresión de PDGF-AA. suprimido la expresión de TMEFF2 se asocia con su hipermetilación en varios tipos de tumores humanos, incluyendo el glioblastoma y cáncer de ovario orígenes, recto, colon y pulmón. Análisis de los subtipos de gliomas indica que TMEFF2 hipermetilación y la disminución de la expresión están asociados con un subconjunto de los gliomas no proneurales que no se vea CpG phentoype isla methylator.
Conclusiones /Importancia
Estos datos proporcionan la primera evidencia de que TMEFF2 puede funcionar para regular la señalización de PDGF y que está hypermethylated y downregulated en glioma y varios otros tipos de cáncer, lo que sugiere un papel importante para esta proteína en la etiología de cánceres humanos
Visto:. Lin K, Taylor JR Jr, Wu TD, Gutierrez J, Elliott JM, Vernes JM, et al. (2011) TMEFF2 Es un PDGF-AA Proteína con la metilación asociada silenciamiento génico Encuadernación en Tipos de Cáncer múltiples Incluyen glioma. PLoS ONE 6 (4): e18608. doi: 10.1371 /journal.pone.0018608
Editor: Irina Agoulnik, Universidad Internacional de la Florida, Estados Unidos de América
Recibido: 1 de diciembre de 2010; Aceptado: 7 Marzo 2011; Publicado: 29 Abril 2011
Derechos de Autor © 2011 Lin et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este estudio fue financiado por Genentech. El donante tenía un papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, y la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:. Todos los autores son empleados de Genentech, cuando se llevó a cabo este trabajo. Esto no altera la adhesión de los autores a todas las políticas de PLoS ONE en los datos y materiales de uso compartido.
Introducción
TMEFF2, también conocido como tomoregulin [1], TPEF [2], HPP1 [ ,,,0],3] y TENB2 [4], codifica una proteína transmembrana que contiene un único factor de crecimiento epidérmico (EGF) de dominio y dos módulos de folistatinas-como [1], [4] - [6]. La función biológica de TMEFF2 sigue siendo difícil de alcanzar con informes contradictorios de diferentes grupos. Las formas solubles de TMEFF2 dominio extracelular se han reportado para estimular débilmente erbB-4 fosforilación de la tirosina /HER4 en MKN 28 células de cáncer gástrico [1], y promover la supervivencia de las neuronas dopaminérgicas mesencefálicas en cultivo primario [6]. Como evidencia de su papel positivo en la proliferación celular, la expresión de TMEFF2 elevada se ha asociado con un mayor grado de cáncer de próstata y la independencia de la hormona por varios grupos [4], [7], [8]. Por el contrario, otros han informado de la baja regulación de TMEFF2 en xenoinjertos de cáncer de próstata independientes de andrógenos, así como la inhibición del crecimiento inducida por la expresión ectópica de TMEFF2 en líneas celulares de cáncer de próstata independientes de andrógenos [5]. Por otra parte, la región 5 'del gen TMEFF2 se hypermethylated con frecuencia en algunos tipos de cáncer [2], [3], [9] -. [16], lo que sugiere un posible papel supresor de tumores de TMEFF2 en estos tipos de cáncer
factores de crecimiento derivado de plaquetas (PDGF) no sólo juegan un papel importante en los procesos de desarrollo y fisiológicos, pero también están implicados directamente en el cáncer humano y otros trastornos proliferativos (revisado en [17] y [18]). El genoma humano contiene cuatro ligandos de PDGF, PDGF-A, B, C y D, y dos receptores, PDGFRa y PDGFRß Todos PDGF pueden formar homodímeros funcionales unidos por disulfuro, mientras que sólo el PDGF-A y B se han mostrado para formar heterodímeros funcionales. PDGFR también funcionan como homo- y hetero-dímeros que difieren en sus afinidades a diferentes dímeros de PDGF (revisado en [17] y [18]). La subunidad α de PDGFR se ha demostrado que obligar a la PDGF-A, B y C las cadenas, mientras que se cree que la subunidad β de unirse sólo el B y D cadenas. Las respuestas biológicas inducidas por los diferentes ligandos de PDGF dependen de los números relativos de las subunidades del receptor en un tipo de célula dado y los dímeros de PDGF específicos presentes.
que contienen proteínas de módulo-folistatina han sido previamente demostrado ser capaz de unirse y modular la función de una variedad de factores de crecimiento, incluyendo miembros de la beta factor de crecimiento transformante (familia TGF-β, PDGF, y factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) [19] - [24]. Hasta la fecha, sin embargo, ningún compañero de unión se ha informado de TMEFF2. en este informe, hemos identificado PDGF-AA como un factor de crecimiento que interactúa con TMEFF2. por otra parte, se muestra que el dominio extracelular de TMEFF2 interfiere con la proliferación de fibroblastos estimulados por PDGF-AA de una manera dependiente de la dosis . Nuestros datos proporcionan la primera evidencia de que TMEFF2 puede funcionar para regular la señalización de PDGF, y dar a los nuevos conocimientos mecánicos en las funciones aparentemente contradictorias de TMEFF2 en cánceres humanos. Además, se muestra por primera vez que la expresión de TMEFF2 se downregulated en glioma y varios otros tipos de cáncer, y que esta regulación a la baja se correlaciona con la metilación del ADN. En conjunto, estos datos sugieren un papel importante de TMEFF2 en el desarrollo y progresión de los cánceres humanos.
Resultados
El dominio extracelular de TMEFF2 interactúa con PDGF-AA
TMEFF2 se prevé para contener un dominio transmembrana (TM) con un terminal amino (NT) secuencia de péptido señal (SP) (Fig. 1A). Las proteínas recombinantes que contienen el dominio extracelular (ECD) de TMEFF2 fusionado a una etiqueta FLAG (TECD-FLAG) o la porción Fc de la inmunoglobulina gamma humano (hFcγ (TECD-Fc) en el extremo carboxi-terminal (CT) se expresaron en células de mamífero y purificado a partir de sobrenadantes de cultivo celular (Fig. 1B). el purificada TECD-FLAG y TECD-Fc corrieron en el predicho ~55 kDa y ~ 70 kDa en SDS PAGE en condiciones reductoras, respectivamente (Fig. 1c). secuenciación de la NT proteínas purificadas revelaron que el péptido señal se escinde entre los residuos 40 y 41 en ambas proteínas recombinantes (Fig. 1D) guía.
(a) gráfico de hidropatía de la proteína TMEFF2 basado en el algoritmo de Kyte y Doolittle [53] y la estructura del dominio predicho basado en la secuenciación de NT de la TECD recombinante en este estudio y Horie et al., 2000 [6]. SP, péptido señal; FS I, dominio follistatina I similar; FS II, dominio follistatina similar II; EGF, factor de crecimiento epidérmico-como de dominio; TM, dominio transmembranal; N-Gly, sitios potenciales para la glicosilación ligada a N; GAG, sitio potencial de unión de glicosaminoglicanos. (B) Representación esquemática de la TECD-FLAG recombinante y proteínas de fusión Fc-TECD alineada con la longitud completa TMEFF2 (TMEFF2-FL). (C) purificada TECD-FLAG y TECD-Fc se analizaron por SDS-PAGE en condiciones reductoras con tinción de azul de Coomassie. (D) NT secuenciación del purificada TECD-FLAG y TECD-Fc reveló el sitio de escisión del péptido señal. La secuencia de aminoácidos identificada por secuenciación de NT está subrayado. Punta de flecha indica el sitio de escisión del péptido señal.
Desde folistatina (FS) que contiene proteínas de módulo-han demostrado que la interacción con ligandos de PDGF [19], se analizó la capacidad de cada una de las 3 formas diméricas de ligandos de PDGF, PDGF-AA, BB y AB, que interactúan con el ECD de TMEFF2 usando ligado a enzima de inmunoabsorción (ELISA). El uso de un biotinilado anti-PDGF-A de anticuerpos, se observó una unión dependiente de la dosis cuando se añadió 1 a 10 ng /ml de PDGF-AA a la TECD-FLAG inmovilizado. Un débil unión se detectó utilizando PDGF-BB y un anticuerpo anti-PDGF-B biotinilado, mientras que no se detectó unión significativa de PDGF-AB utilizando la biotina anti-PDGF-A anticuerpos (Fig. 2A). Mientras que sólo había una ligera unión de fondo entre PDGF-AA y los pocillos de plástico sin revestimiento, la unión de PDGF-AA a inmovilizada TECD-FLAG fue comparable para su unión a un anticuerpo anti-PDGF inmovilizada en las mismas condiciones (Fig. 2A) . No se detectó la unión específica para una variedad de otras proteínas examinados, incluyendo los miembros de la familia EGF del receptor (EGFR, HER2, HER3 o HER4) y el receptor del factor de necrosis tumoral (TNFR) fusionado a hFcγ. Además, no se detectó una unión significativa entre el TMEFF2 ECD sí mismos cuando se utilizó TECD-Fc como un analito. Como control positivo, un anticuerpo monoclonal anti-FLAG mostró dependiente de la dosis la unión al TECD-FLAG pocillos recubiertos Fig. 2B).
(A) La unión de ligandos a PDGF dimérica pocillos recubiertos TECD-FLAG. PDGF-AA, AB o BB se aplica a los pozos TECD-FLAG recubiertas (símbolos rellenos) o pozos en blanco (símbolos abiertos) y se detectó con biotina anti-PDGF-A (para PDGF-AA & amp; AB) o PDGF-B (para PDGF-BB) anticuerpos seguido por estreptavidina-HRP. pocillos recubiertos Anti-PDGF pAb se utilizaron como control positivo para PDGF-AA de unión (x). (B) La unión de seis ECD-Fc etiquetado recombinantes y un mAb anti-FLAG a pocillos recubiertos TECD-FLAG. Conjugado con HRP anti-ratón y anti-Fc gamma humano se utilizaron para detectar mAb anti-FLAG y las proteínas marcadas con Fc, respectivamente. (C) TECD-Fc se aplicó a pocillos revestidos con PDGF-AA, AB o BB y detectados con HRP conjugada con anti-Fc gamma humano. (D) TECD-Fc y otra ECD etiquetado-Fc de varias proteínas de transmembrana se aplicaron a pocillos recubiertos PDGF-AA y se detectó con conjugado con HRP anti-Fc gamma humano. TNFR, receptor del factor de necrosis tumoral; PDGFRß, PDGF β del receptor; mOX40, OX40 murino. Las barras de error representan desviaciones estándar entre duplicados. se muestran gráficos representativos de al menos tres experimentos independientes.
Para confirmar que la unión de hecho observado es debido a la interacción entre PDGF-AA y TMEFF2-ECD, se inmovilizaron el PDGF ligandos en las placas , y se aplicó la TMEFF2-ECD fusionado a una etiqueta diferente, TECD-Fc, como un analito. En consonancia con los resultados obtenidos con inmovilizada TECD-FLAG, TECD-Fc mostró dependiente de la dosis significativa de unión sólo para inmovilizado PDGF-AA, pero no AB, BB, CC o DD (Fig 2C;.. Suplementario Fig S1A). Se obtuvieron resultados similares utilizando la etiqueta libre plataforma ForteBio (Menlo Park, CA) para medir la unión a biotina TMEFF2-FLAG inmovilizados sobre el sensor revestido con estreptavidina PDGF. PDGF-AA mostró el más fuerte de unión a TMEFF2 mientras que PDGF-BB, AB, CC, DD y mostraron una gran reducción de afinidades (datos no mostrados). Un receptor PDGF soluble recombinante α dominio extracelular (sRα), por otra parte, mostró dependiente de la dosis la unión a todos los 3 inmovilizado PDGF dímeros AA, AB y BB (suplementario Fig. S1B), mientras que el receptor PDGF βECD-Fc (PDGFRβ- Fc) proteína de fusión no fue capaz de unirse PDGF-AA (Fig 2D), consistente con la especificidad informado de estos receptores [25] - [27].
TMEFF2 interactúa con PDGF-AA a través de su módulo de FS. -Con región cuando se expresa en la superficie de células de mamíferos
Para determinar si el ECD de TMEFF2 puede interactuar con PDGF-AA cuando se expresa en la superficie de células de mamíferos, células transfectadas 293 con construcciones que contienen los de larga duración TMEFF2 (TMEFF2-FL), o una TMEFF2 truncado sin el dominio intracelular (TMEFF2-ΔICD) (Fig. 3). a continuación, se añadió PDGF-AA o PDGF-AB a los medios de cultivo y se dejaron unirse a la superficie celular durante 30 minutos. ligandos de PDGF no unidos se lavaron posteriormente de distancia y los lisados celulares se sometieron a inmunoprecipitación con un anticuerpo policlonal (PAB) que reconoce tanto PDGF-AA y AB dímeros, o un pAb reconocimiento de la ECD de TMEFF2. Como se muestra en la Fig. 3 & amp; suplementario Fig. S8, un anti-PDGF-A de anticuerpo podría detectar la desnaturalizado PDGF-A de monómeros en los inmunoprecipitados anti-PDGF de las células incubadas con cualquiera de PDGF-AA o PDGF-AB, lo que sugiere que tanto los dímeros de PDGF unidos a la superficie celular, ya sea a través de interacciones con receptores específicos o proteínas de la matriz extracelular (ECM). Sin embargo, PDGF-A se detectó en los inmunoprecipitados anti-TMEFF2 sólo de las células incubadas con PDGF-AA, pero no de las incubadas con PDGF-AB. Además, PDGF-AA estaba presente en los inmunoprecipitados contra-TMEFF2 a partir de células que expresan bien el de larga duración o la TMEFF2 TMEFF2 CIE-truncado. Esto es consistente con el resultado de ELISA que muestra que PDGF-AA, pero no PDGF-AB exhibió la unión al ECD de TMEFF2 dependiente de la dosis.
múltiples bandas de TMEFF2-FL y TMEFF2-ΔICD fueron detectados por el anti- TMEFF2 mAb debido a los diferentes grados de glicosilación y la unión de proteoglicanos [4]. mAb, anticuerpo monoclonal de ratón; pAb, anticuerpo policlonal de conejo; Ig LC, cadena ligera del Ab usado para la inmunoprecipitación.
TMEFF2 contiene 2 módulos FS y un dominio similar a EGF. Para diseccionar los que los dominios de TMEFF2 están implicados en su interacción con PDGF-AA, hicimos Herpes simplex tipo 1 glicoproteína D (gD) -epitope etiquetados mutantes de deleción de TMEFF2 y examinó su capacidad para unirse PDGF-AA cuando se expresa en la superficie de 293 las células (figura 4 & amp;.. suplementario figura S8). Como era de esperar, PDGF-AA co-inmunoprecipitó con etiquetado-gD TMEFF2 de larga duración por un anticuerpo monoclonal anti-gD. Sin embargo, cuando gD-tagged mutantes TMEFF2 carecen de cualquiera de la FS I NT (gD-TMEFF2-ΔFS I) o ambos de los módulos de FS (gD-TMEFF2-ΔFS I /II) se inmunoprecipitaron con el mismo anticuerpo anti-gD, no PDGF -AA fue derribado, aunque ambas proteínas mutantes TMEFF2 fueron derribadas en los inmunoprecipitados. FACS análisis también confirmó expresión en la membrana de las 3 proteínas etiquetadas-gD (Supplemental Fig. S2). Esto sugiere que los que las regiones que contienen el dominio NT FS I para la interacción de PDGF-AA, mientras que EGF dominio por sí solo es insuficiente para esta interacción. De acuerdo con este resultado, un recombinante marcada con His tándem-array del dominio EGF de TMEFF2 también no pudo demostrar la unión a placas recubiertas PDGF-AA-por ELISA (datos no mostrados) específico.
múltiples bandas de TMEFF2 -FL y TMEFF2-ΔFS que fueron detectados por el anticuerpo anti-TMEFF2 mAb debido a los diferentes grados de glicosilación y la unión de proteoglicanos [4].
TMEFF2 modula la proliferación estimulada por PDGF de fibroblastos NR6
ligandos de PDGF son potentes mitógenos de células del tejido conectivo, incluyendo fibroblastos, células de músculo liso, condrocitos, y algunas células endoteliales [17], [28], [29]. El hallazgo de que TMEFF2 interactúa con PDGF-AA en ng /ml de concentraciones tanto TMEFF2 ECD recombinante y PDGF-AA nos llevó a examinar la posibilidad de que TMEFF2 puede regular la señalización de PDGF-AA. primero nos preguntamos si PDGFRa, el único receptor que se une PDGF-AA, podría competir con TECD para la unión de PDGF-AA. Como se muestra en Supplemental Fig. S1C, TECD-Fc de unión a la PDGF-AA placa revestida fue bloqueado por el dominio extracelular soluble de PDGFRa, sRα, de una manera dependiente de la dosis, lo que indica que TMEFF2 ECD y sRα se unen a PDGF-AA en los sitios que se solapan.
a continuación examinó el efecto de TMEFF2-ECD en PDGF estimula la proliferación. La línea celular de fibroblastos murinos NR6 expresa tanto PDGF los receptores α y β [30], y exposiciones dependiente de la dosis la proliferación en respuesta a PDGF-AA o PDGF-AB, medida por la incorporación de BrdU (Fig. 5A, C). Cuando se añadió 10 ml de PDGF-AA /ng en presencia de concentraciones crecientes de TECD etiquetado-Fc, la incorporación de BrdU se inhibió de una manera dependiente de la dosis a concentraciones entre 0,6 y 2.000 ng /ml de TECD-Fc (Fig. 5B) . Este efecto fue similar a la de sRα que también inhibió la incorporación de BrdU inducida por PDGF-AA en un intervalo de concentración similar, aunque con una eficacia ligeramente superior. PDGF-AB inducida por incorporación de BrdU, por otra parte, no fue afectado por TECD-Fc en las mismas condiciones (Fig. 5D). Curiosamente, sRα también tuvo poco efecto sobre la proliferación inducida por PDGF-AB, a pesar de que en consonancia con los informes anteriores [31], PDGF-AB se pudo enlazar sRαwith una afinidad similar a PDGF-AA (Supplemental Fig. S1B). Esto puede ser debido a la capacidad de PDGF-AB para unirse a todos los 3 PDGFR dímeros, αα, αβ o ββ [26], mientras que PDGF-AA puede señalar sólo a través de PDGFR αα dimers.It es posible que PDGF-AB puede tener una mayor afinidad para el receptor de PDGF nativa αβ dímeros que para sRα, o que no pueden ser más abundante del receptor de PDGF αβ dímeros y /o receptor de PDGF ββ dímeros en estas células
(a) & amp.; estimulación (C) dependiente de la dosis de la incorporación de BrdU por PDGF-AA y PDGF-AB en las células NR6. (B) & amp; (D) Los efectos de concentraciones crecientes de TECD-Fc (barras rellenas) o PDGF sRα (barras blancas) de 10 ng /ml de PDGF-AA (B) o PDGF-AB (D) estimuló la incorporación de BrdU.
TMEFF2 expresión está regulada negativamente en los cánceres de cerebro y se correlaciona negativamente con PDGF-a expresión
La región 5 'del gen TMEFF2 se hypermethylated con frecuencia en algunos tipos de cáncer [2], [3], [9] - [16], lo que sugiere un posible papel supresor de tumores para TMEFF2 en estos tipos de cáncer. Para comparar los niveles de expresión de TMEFF2 en los tejidos humanos, se analizaron los datos de microarrays de Affymetrix obtenidos de GeneLogic, Inc. (Gaithersburg, MD) que contienen múltiples tumores humanos y muestras de tejido normal. Los niveles más altos de expresión TMEFF2 se encontraron en la próstata y los tejidos del cerebro (Supplemental Fig. S3, S4).
In situ
altos niveles experimentos de hibridación confirmados de expresión de ARNm en TMEFF2 adulto normal y el sistema nervioso central del feto, así como los dos tejidos prostáticos malignos y no malignos (Supplemental Fig. S5). El nivel de expresión medio de TMEFF2 es significativamente mayor en tejidos de cáncer de próstata en comparación con los tejidos normales de la próstata (Fig 6A;.. Supplemental Fig S3, S4), en consonancia con los informes anteriores [7]. Por el contrario, exposiciones TMEFF2 significativamente más bajos niveles medios de expresión en muestras cerebrales malignos, especialmente en glioblastomas (GBM), en comparación con los tejidos normales del cerebro (Figura 6B;.. Supplemental Fig S3, S4). La mayoría de los otros tejidos expresan TMEFF2 a niveles mucho más bajos que los del cerebro y próstata. Varios tejidos también muestran una tendencia de disminución de la expresión en cánceres, como el colorrectal, el esófago y el estómago, con diferencia estadísticamente significativa en las muestras de cáncer colorrectal en comparación con tejidos de colon normales (Supplemental Fig. S3, S4). Estos datos son consistentes con un posible papel supresor de tumor de TMEFF2 en estos tejidos.
(A) intensidad de la señal de expresión Affymetrix TMEFF2 en el cáncer de próstata vs tejidos no cancerosos basadas en datos GeneLogic. (B) la intensidad de la señal de expresión Affymetrix TMEFF2 en el cerebro normal vs tejidos de cáncer de cerebro en base a los datos GeneLogic. Cada círculo abierto en (A) & amp; (B) representa una muestra del paciente. Diagramas de caja y bigotes también se incluyen en los datos en bruto para indicar la media y los rangos percentiles 25 y 75. Los bigotes se dibujan en 1.5 veces el rango intercuartil de la caja. (C) & amp; (D) las señales normalizadas de TMEFF2 (C) y la expresión de ARNm PDGF-A (D) en proneurales (PN), proliferativa (prolife), o mesenquimales (MES) subtipos de 36 muestras de glioma. señales de medias para cada subtipo se muestran como inserciones. *
p
≤0.05; **,
p
≤0.005. (E) TMEFF2 expresión se correlaciona negativamente con PDGF-A expresión en 133 (76 MD Anderson y 57 UCSF) muestras HGG (Pearson coeficiente de correlación r = -0.37). Cada eje representa señales normalizadas de cada gen. Se obtuvieron todos los datos de expresión utilizando Affymetrix HG-U133A y HG-U133B GeneChips de 223557_s_at sonda para TMEFF2 y 205463_s_at de PDGF-A, respectivamente.
gliomas de alto grado (GAG) se han clasificado en tres molecular subtipos basándose en la similitud de expresión firmas definidas: proneurales (PN), proliferativa (prolife) y mesenquimales (MES) [32]. El subtipo proneurales expresa los genes asociados con el cerebro normal y el proceso de la neurogénesis. Este subtipo se ha asociado con un mejor pronóstico [32], y recientemente se ha relacionado con un subconjunto de tumores que exhiben un glioma-CpG isla methylator fenotipo (G-CIMP) y la isocitrato deshidrogenasa 1 (IDH1) mutación (véase más adelante) [33 ]. En contraste, los otros dos subtipos son de peor pronóstico [32], y se caracterizan por un parecido a cualquiera de las líneas de células altamente proliferativas o tejidos de origen mesenquimatoso, con programas de expresión génica indicativos de la proliferación celular o la angiogénesis, respectivamente. el análisis de microarrays de TMEFF2 en un conjunto de 36 muestras HGG que incluyó 12 casos prototípicos de cada subclase [32], [34] reveló niveles significativamente más altos de expresión TMEFF2 en la subclase PN de las subclases prolife y MES (Fig. 6C). Curiosamente, PDGF-A mostró una tendencia opuesta casi la imagen especular, con la expresión más alta en la subclase MES (Fig. 6D). Esta tendencia no se observó para PDGF-B en estas muestras (datos no mostrados). Un análisis más detallado de los datos de microarrays en 76 muestras HGG de MD Anderson Cancer Center (MDA) y 57 muestras HGG de la Universidad de California en San Francisco (UCSF) sugiere una correlación negativa entre TMEFF2 y PDGF-A expresión en ambos conjuntos de muestras (Fig. 6E ). Estos datos son consistentes con la hipótesis de que PDGF-AA puede ser un factor de crecimiento importante que se requiere para el desarrollo de la no-PN GAG, y que la expresión TMEFF2 pueden seleccionarse contra en estos GAG que son dependientes de la señalización de PDGF-AA.
TMEFF2 se hypermethylated en múltiples tipos de tumores, con su expresión de una correlación negativa con los niveles de metilación
la hipermetilación del gen TMEFF2 en los cánceres humanos se ha informado en varios tejidos, incluyendo colorrectal, gástrico y cáncer de esófago [2], [ ,,,0],3], [9] - [12], [16]. Sin embargo, estos tejidos expresan niveles muy bajos de TMEFF2 incluso en muestras normales, por lo que la importancia de la supresión génica menos claro en estos tumores. Dado que el estado de metilación de TMEFF2 no ha sido reportado en la mayoría de glioma y otros tejidos, se analizaron todos los datos disponibles al público a partir del Genoma del Cáncer Atlas (TCGA), con resultados tanto en la expresión de Agilent y matrices de metilación Infinium [35]. De los siete tipos de tumores en las que estos datos están disponibles en la actualidad, sólo se glioblastoma, y las muestras de cáncer de ovario de vez en cuando y rectales mostrar niveles significativos de expresión de TMEFF2 (Fig. 7). Todas las muestras con altos niveles de expresión de TMEFF2 corresponden a CpG estados de baja isla de metilación, mientras que las muestras con un valor de metilación beta de mayor que 0,1 tienen una expresión reprimida de TMEFF2, que es especialmente evidente en las muestras de GBM (prueba t p-valor 4 × 10
-14). expresión TMEFF2 es apenas detectable en casi todos adenocarcinoma de colon, adenocarcinoma rectal, adenocarcinoma de pulmón y muestras de carcinoma de células escamosas de pulmón. Mientras que la mayoría de estas muestras tumorales muestran metilación beta valores superiores a 0,1, no hay suficientes datos disponibles para determinar si existen diferentes umbrales de valores beta de metilación en diferentes tipos de tumores para la expresión TMEFF2 suprimida, u otros mecanismos existen para suprimir su expresión. Sin embargo, en conjunto con otros informes publicados de TMEFF2 metilación en otros tipos de tumores, estos datos son consistentes con la hipótesis de que TMEFF2 es silenciada a través de la metilación del ADN en una proporción significativa de los cánceres humanos, incluyendo glioma y cáncer de ovario, rectal, colon y pulmón orígenes.
niveles de metilación se representan en el eje x promediando los valores beta de los dos Infinium sondas, cg06856528 y cg18221862, y los niveles de expresión de ARNm obtenido en el chip de Agilent se representan en el eje y.
Recientemente, un subconjunto de los gliomas con el promotor característica alteraciones de metilación del ADN, se hace referencia como G-CIMP, se han identificado en el contexto de muestras TCGA GBM [33]. Curiosamente, los tumores G-CIMP-positivos pertenecen a un subconjunto de tumores proneurales y están estrechamente asociados con Idh1 mutación. Estos tumores tienen un pronóstico favorable dentro de GBM en su conjunto y también dentro de la subconjunto proneurales. Para entender la relación entre TMEFF2 metilación y la firma G-CIMP, se comparó el estado de metilación TMEFF2 contra el conjunto de muestras TCGA GBM con la información mutación G-CIMP y Idh1 disponible. De las muestras analizadas por TCGA Noushmehr et al. [33], 88 se superponen con las muestras que hemos analizado utilizando el conjunto de datos a disposición del público. 76 de ellos eran G-CIMP-negativos y 12 eran G-CIMP-positivo. Todas las muestras de 76 G-CIMP-negativos fueron negativos para la mutación Idh1, mientras que todas las muestras de 12 G-CIMP-positivos fueron positivos para la mutación Idh1.