Extracto
La segunda ola de tecnologías de secuenciación de próxima generación, que se refiere como una sola molécula de secuenciación (SMS), conlleva la promesa de perfiles de muestras directamente sin emplear etapas de reacción en cadena de polimerasa utilizados por secuenciación basada en la amplificación ( AS) métodos. Para examinar los méritos de ambas tecnologías, examinamos ARNm resultados de la secuenciación de una sola molécula y la secuenciación basada en la amplificación en un conjunto de líneas celulares de cáncer humano y tejidos. Observamos un sesgo hacia la cobertura característica altas transcripciones de abundancia en la secuenciación basada en la amplificación. Una fracción más grande de la cubierta lee AS genes altamente expresados, tales como los relacionados con los procesos de traducción y los genes de limpieza, lo que resulta en un número relativamente menor cobertura de los genes a bajo y medio nivel de abundancia. En contraste, la cobertura de las transcripciones de alta abundancia mesetas off utilizando SMS. En consecuencia, el SMS es capaz de secuenciar las transcripciones de abundancia lower- más a fondo, incluyendo algunos que no son detectados por los métodos AS; Sin embargo, estos incluyen muchos más artefactos de mapeo. Una mejor comprensión de los factores técnicos y analíticos que introducen sesgos específicos de la plataforma de aplicaciones de secuenciación del transcriptoma de alto rendimiento será fundamental en los estudios de meta-análisis multiplataforma
Visto:. Sam LT, Lipson D, T Raz, Cao X, Thompson J, Milos PM, et al. (2011) Comparación de los molecular simple y amplificación basada en la secuenciación del cáncer Transcriptomes. PLoS ONE 6 (3): e17305. doi: 10.1371 /journal.pone.0017305
Editor: Thomas Preiss, Victor Chang Instituto de Investigación Cardiaca (VCCRI), Australia