Extracto
Introducción
El sistema de clasificación tradicional es insuficiente para identificar a los pacientes con estadio II del cáncer colorrectal (CCR) con alto riesgo de recurrencia o con estadio III CRC de bajo riesgo. Una serie de la expresión génica firmas para predecir han propuesto CRC pronóstico, pero ninguno se utiliza rutinariamente en la clínica. El objetivo de este trabajo fue evaluar la capacidad de predicción y la potencial utilidad clínica de estas firmas en una serie de conjuntos de datos independientes.
Métodos
Una revisión de la literatura identificó 31 firmas de expresión génica que utilizan la expresión génica datos para predecir el pronóstico en el tejido CRC. La búsqueda se basó en la base de datos PubMed y se limitó a los trabajos publicados entre enero de 2004 y diciembre fueron identificados y descargar desde los repositorios públicos 2011. Once CRC de expresión génica de datos con información de los resultados. clasificador Bosque aleatorios se utilizó para construir predictores de las listas de genes. coeficiente de correlación Matthews fue elegido como una medida de la precisión de clasificación y se utilizó su valor p asociado para evaluar la asociación con el pronóstico. Para la evaluación de la utilidad clínica, positivos y negativos post-test probabilidades se calculan en la etapa II y III muestras.
Resultados
Cinco firmas genéticas mostraron asociación significativa con el pronóstico y proporcionan precisión de la predicción razonable en su propia formación conjuntos de datos. Sin embargo, todas las firmas mostraron una baja reproducibilidad de datos independientes. El análisis estratificado por etapa o estado de inestabilidad de microsatélites mostraron asociación significativa, pero la capacidad de discriminación limitado, especialmente en tumores en estadio II. Desde una perspectiva clínica, las firmas con mayor poder predictivo mostraron una mejora menor, pero significativo sobre el sistema de estadificación clásica.
Conclusiones
Las firmas publicados muestran una baja precisión de la predicción, pero la utilidad clínica moderada. Aunque los datos de expresión génica pueden informar el pronóstico, se necesitan mejores estrategias para la validación de la firma para fomentar su uso generalizado en la clínica
Visto:. Sanz Pamplona-R, Berenguer A, D Cordero, Riccadonna S, X Solé, Crous -Bou M, et al. (2012) Valor clínico de firmas de expresión génica en el pronóstico del cáncer colorrectal: una revisión sistemática. PLoS ONE 7 (11): e48877. doi: 10.1371 /journal.pone.0048877
Editor: Wayne A. Phillips, Peter MacCallum Cancer Centre, Australia