Extracto
Los avances tecnológicos, junto con la disminución de los costos están trayendo todo el genoma y la secuenciación del exoma más cerca de la práctica clínica habitual. Uno de los obstáculos para la aplicación clínica es el elevado número de variantes de significado desconocido. Para los genes con el cáncer de susceptibilidad, la dificultad en la interpretación de la relevancia clínica de las variantes genómicas se ve agravado por el hecho de que la mayor parte de lo que se conoce acerca de estas variantes proviene del estudio de las poblaciones altamente seleccionadas, tales como pacientes con cáncer o individuos con antecedentes familiares de cáncer. La variación genética en los genes de susceptibilidad al cáncer conocidos en la población en general no ha sido bien caracterizado hasta la fecha. Para llenar este vacío, perfilamos la variación genómica no sinónima en 158 genes causalmente implicados en la carcinogénesis utilizando secuencias de todo el genoma de alta calidad a partir de una cohorte ancestralmente diverso de 681 individuos sanos. Se encontró que todas las personas llevan múltiples variantes que pueden afectar la susceptibilidad al cáncer, con un promedio de 68 variantes por individuo. De los 2.688 variantes alélicas identificadas dentro de la cohorte, la mayoría son muy raros, con el 75% encontró en sólo 1 o 2 personas en nuestra población. Las frecuencias alélicas pueden variar entre los grupos ancestrales, y hay 21 variantes para las que el alelo menor en una población es el alelo principal en otro. El análisis detallado de un subconjunto seleccionado de 5 genes del cáncer clínicamente importantes,
BRCA1
,
BRCA2
,
KRAS
,
TP53
, y
PTEN
, pone de relieve las diferencias entre las variantes de la línea germinal y reportado mutaciones somáticas. El conjunto de datos puede servir un recurso de la variación genética en los genes de susceptibilidad al cáncer en 6 grupos de ascendencia, una base importante para la interpretación del riesgo de cáncer de secuencias del genoma personales
Visto:. Bodian DL, McCutcheon JN, Kothiyal P, Huddleston KC, Iyer RK, Vockley JG, et al. (2014) La variación en la línea germinal genes cancerígenos-La susceptibilidad de una manera sana, ancestralmente cohorte diversa: Implicaciones para la Secuenciación del Genoma individual. PLoS ONE 9 (4): e94554. doi: 10.1371 /journal.pone.0094554
Editor: Paolo Peterlongo, IFOM, Fondazione Istituto di Oncologia FIRC Molecolare, Italia