Extracto
niveles bajos de vitamina D se asocian con una mayor incidencia de cáncer colorrectal (CCR) y una mayor mortalidad de la enfermedad . En los EE.UU., los afroamericanos (AA) tienen la mayor incidencia de CCR y la mortalidad y los niveles más bajos de vitamina D. Los polimorfismos de nucleótido único (SNP) en el receptor de la vitamina D (
VDR
) de genes se han asociado previamente con CRC, pero pocos estudios han incluido los AA. Se estudiaron 795 casos y 985 CRC AA AA controles de Chicago y Carolina del Norte, así como 1324 casos y 990 controles caucásicos del Cáucaso desde Chicago y España. Estamos genotipo 54 tagSNPs en
VDR gratis (46.586.959 hasta 46.521.297 Mb) y la prueba de asociación de ajustar por la ascendencia de África Occidental, la edad, el sexo y las múltiples pruebas. sin tipo marcadores fueron imputados utilizando MACH1.0. Se analizaron las asociaciones por sexo y localización anatómica en todo el grupo de estudio, así como por la ingesta de vitamina D en el grupo de AA Carolina del Norte. En el análisis conjunto, ninguno de los SNPs ensayadas se asoció significativamente con el CRC. Durante cuatro polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción probados anteriormente, sólo uno (referido como
Apal
), marcados por el SNP rs79628898, tenían un valor de p nominalmente significativa en los AA; ninguno de estos polimorfismos se asociaron con la CRC en los caucásicos. En el Carolina del Norte AA, para los que hemos tenido los datos de ingesta de vitamina D, se encontró una asociación significativa entre la ingesta de vitamina D y rs11574041 SNP intrónica, lo cual es evidencia de un
VDR
genes y medio ambiente de interacción en los AA. En resumen, el uso de un enfoque sistemático tagSNP, no hemos encontrado evidencia de asociaciones significativas entre el
VDR
y del CCR en los AA o caucásicos
Visto:. Kupfer SS, Anderson JR, Ludvik AE, Hooker S, Skol A, Kittles RA, et al. (2011) Las asociaciones genéticas en el receptor de vitamina D y el cáncer colorrectal en afroamericanos y caucásicos. PLoS ONE 6 (10): e26123. doi: 10.1371 /journal.pone.0026123
Editor: Hassan Ashktorab, Howard University, Estados Unidos de América
Recibido: May 9, 2011; Aceptado: September 20, 2011; Publicado: 27 Octubre 2011
Derechos de Autor © 2011 Kupfer et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este trabajo fue apoyado por becas de investigación de los Institutos nacionales de Salud (K08 CA142892 a SSK; R01 CA 66635 al flujo, y U01 CA153060 a NAE), Instituto americano para la investigación del cáncer (09-A116 a la NAE), y la División de Illinois Sociedad Americana del cáncer ( PSB 09-02 a NAE). El apoyo institucional fue proporcionado por la enfermedad de investigación Centros Básicos del Aparato Digestivo de la UC y UNC (DK42086 P30 y DK34987 P30, respectivamente), la Fundación para la Investigación del Cáncer, la Universidad de Chicago Integral Centro de Investigación del Cáncer, subvenciones para el desarrollo del programa de la Sociedad Americana del Cáncer de Investigación Institucional de Grant y el Premio clínica Ciencia, y el apoyo del Departamento de Medicina de la Universidad de Chicago. socios españoles de los autores fueron apoyados por la Xunta de Galicia (PGIDIT 08CSA005208PR a A. Carracedo), ISCIII-Subdirección General de Evaluación y Fomento de la Investigación /FEDER (08/0024, 08/1276, PS09 /02368 a A. Carracedo) , Instituto de Salud Carlos III (Acción transversal de cáncer), Ministerio de Ciencia e Innovación (SAF2010-19273), Asociación Española Contra el Cáncer (Fundación Científica y Junta de Barcelona), la Fundación Olga Torres (SC-B. y CR- P.), y el 7PM CHIBCHA Consortium (A. Carracedo y SCB). S.C.-B. con el apoyo de un contrato del Fondo de Investigación Sanitaria (CP 03-0070). CIBERehd y CIBERER son financiados por el Instituto de Salud Carlos III. Los proveedores de fondos no tiene función alguna en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
La vitamina D tiene numerosos efectos fisiológicos, incluyendo efectos en la regulación de la homeostasis del calcio, la inmunidad, la secreción de insulina y la presión arterial. La vitamina D
3 (colecalciferol) se forma a partir del precursor de esteroides 7-dehidrocolesterol (7-DHC), que se concentra en la membrana plasmática de los queratinocitos basales de la piel [1]. Tras la estimulación de la luz solar (UVB, 280-320 nm), 7-DHC se convierte en vitamina D
3. La vitamina D
3 se convierte en el hígado a 25 (OH) D
3 (calcidiol) y en los tejidos de la 1,25 (OH)
2D
3 (calcitriol), que es el más forma activa de la vitamina. Suero de 25 (OH) D
3 nivel, que es el indicador más ampliamente aceptada del estado de la vitamina D, es la suma de la ingesta dietética /suplementaria y la síntesis endógena. Dicho esto, hasta el 95% de la vitamina D es atribuible a la síntesis en la piel con la exposición a la luz solar, porque hay relativamente pocas fuentes alimenticias que contienen vitamina D [2]. Los factores que afectan negativamente el estado de vitamina D incluyen la falta de exposición al sol, la falta de ingesta de vitamina D, la piel oscura, el envejecimiento y la obesidad entre otros.
Garland y Garland [3] sugirió por primera vez la hipótesis de la vitamina D llamada así porque encontraron una correlación entre la latitud y la prevalencia del cáncer colorrectal (CCR). ya que múltiples estudios han demostrado que los niveles de vitamina D puede influir en el riesgo de desarrollar CCR. Los metanálisis de estudios de casos y controles han demostrado la ingesta de vitamina D y los niveles de suero de 25 (OH) D
3 están asociados con el CRC [4], [5] y pólipos colónicos adenomatosos [6]. En varios estudios de cohortes incidencia y prevención, se encontró que 25 (OH) D
3 suplementación para inhibir la carcinogénesis de colon [7] - [10]. 25 (OH) D
3 inhibe la proliferación celular e induce la apoptosis de líneas celulares de CRC, y tiene efectos similares en el colon en modelos animales y en los seres humanos [11] - [13].
melanina cutánea absorbe las longitudes de onda UVB, y se atenúa la síntesis de vitamina D. En el estudio de Hollis 1991 [14], después del tratamiento con UVB, los sujetos de raza blanca generaron los más altos niveles de suero de 25 (OH) D
3, mientras que los afroamericanos (AA ) generado los niveles más bajos. Como era de esperar en las comparaciones de las personas en las latitudes similares, los AA tienen los niveles más bajos de 25 (OH) D
3 de cualquier población de Estados Unidos [15]. En consonancia con una correlación negativa entre los niveles de vitamina D y CRC, los AA tienen la mayor incidencia de CCR y la mortalidad de cualquier población de Estados Unidos. Debido a bajas concentraciones séricas de 25 (OH) D
3 se asocia con CRC, el estado de vitamina D podría desempeñar un papel importante en el riesgo de CCR en la población de AA. La vitamina D también puede desempeñar un papel importante en la mortalidad por CCR en los AA [16].
La 1,25 (OH)
2D
3 metabolito se une y activa el receptor de la vitamina D (VDR) , que regula la transcripción de numerosos genes aguas abajo. variantes genéticas en el
VDR
gen se han asociado previamente con el CRC y el riesgo de adenoma de colon; Sin embargo,
VDR
asociación resultados han sido inconsistentes [17] - [43]. Muchos estudios se han centrado en los polimorfismos de conveniencia (polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción-RFLP-y microsatélites), incluyendo variantes definidas por los polimorfismos en
Taq gratis (rs731236),
BSMI gratis (rs1544410), y
ApaI
(rs7975232) sitios de la enzima de restricción polimórficos y una adenina mononucleótido de ejecución [21] - [26], [28], [30], [32] - [34], [37]. Algunos estudios se centraron en posibles variantes funcionales, por ejemplo, el
FokI
RFLP (rs10735810) y un polimorfismo (rs11568820) en la proteína homeodominio relacionados caudal-
CDX-2
elemento de unión en el promotor de
VDR
[22], [23], [25], [27], [28], [31], [32], [35] - [37], [39] - [41 ]. El trabajo previo ha sugerido también que los haplotipos que incluyen estas variantes se asocian con CRC [38]. Sólo dos estudios publicados han adoptado un enfoque sistemático para pruebas de polimorfismos de nucleótido único (SNP) que etiqueta de la mayor parte de la variación genética común en
VDR
. Utilizando un enfoque tagSNP, Poynter [42] y Egan [43] y sus colegas no encontraron asociaciones significativas entre los
VDR
SNPs y CRC o adenoma de colon, respectivamente, en individuos de ascendencia europea. Debido a que la vía de la vitamina D podría desempeñar un papel importante en la CRC en los AA, aquí hemos probado si
VDR
tagSNPs están asociados con el CRC en ambos miembros de AA y los caucásicos.
Materiales y Métodos
Ética Declaración
los tres estudios fueron aprobados por sus respectivas juntas de revisión institucional, y en su caso, los sujetos consentimiento informado por escrito.
Casos y Controles
Cajas y los controles se obtuvieron de la Universidad de Chicago (UC), la Universidad de Carolina del Norte (UNC) y el español CRC consorcio EPICOLON (SP). En total, se incluyeron ADN de 795 casos de AA CRC (404 UC, 391 UNC) y 985 controles AA (568 UC, 417 UNC), así como 1324 casos de raza blanca (399 UC, 925 SP) y 990 controles caucásicos (367 UC, 623 SP). Muestras de ADN de casos y controles de la UC se prepararon a partir de muestras quirúrgicas archivados como se describe anteriormente [44]. También se obtuvieron los casos adicionales de la UC de forma prospectiva desde la clínica de oncología entre 2006-2007 y controles sin cáncer UC desde la consulta de gastroenterología en 2009 (individuos encontró que tenía una colonoscopía normal) o de la Iniciativa de Investigación Traslacional de UC (2005-2008).
Las muestras de UNC se obtuvieron a través de un estudio de casos y controles de base poblacional a gran escala de colon y cáncer rectal, llevado a cabo en un área de 33 condados en el centro y este de Carolina del Norte. Los casos fueron elegidos al azar de todos los casos de CCR comunicados al Registro Central de Cáncer de Carolina del Norte. Los controles fueron seleccionados de la División de Carolina del Norte de Vehículos de Motor enumera si es menor de 65 años, o de una lista de beneficiarios elegibles de Medicare obtenidos de la Health Care Financing Administration si es mayor de 65 años, en base a las probabilidades de muestreo dentro de los bloques definidos por 5- grupo el año de edad, sexo y raza, usando la técnica de reclutamiento aleatorio [45]. El consumo de vitamina D se determinó mediante el uso de suplementos diarios y /o la ingesta dietética según lo determinado por el Bloque cuestionario de frecuencia alimentaria [46]. Los detalles de este estudio han sido publicados anteriormente [47].
muestras españolas fueron obtenidos a través del proyecto EPICOLON, un estudio prospectivo, multicéntrico, estudio de la epidemiología basado en la población estudio de la incidencia y características de CRC familiar y esporádico en el población española [48]. Los casos se determinó a partir de 11 hospitales en España. Todos los pacientes con un
de novo
confirmado histológicamente se seleccionaron diagnóstico de adenocarcinoma colorrectal entre noviembre de 2006 y diciembre de 2007. Se excluyeron los pacientes en los que CDN desarrollado en el contexto de la poliposis adenomatosa familiar o enfermedad inflamatoria intestinal. Las características demográficas, clínicas y relacionadas con el tumor de probandos, así como un historial familiar detallado se obtuvieron mediante un cuestionario preestablecido, y registrados en una base de datos única. Los casos y controles fueron agrupados por sexo y edad (± 5 años) y los controles fueron negativos para la historia personal y familiar de cáncer. Las muestras de ADN se extrajeron como se describe anteriormente [49].
Las características clínicas (Tabla 1) se compararon entre los casos y controles por parte de la carrera. Dos caras pruebas t se utiliza para comparar las variables continuas que incluyen estimaciones de la edad y de la ascendencia. pruebas de Pearson chi-cuadrado de independencia se utilizaron para comparar variables categóricas. Debido a que existe una heterogeneidad significativa entre los grupos de estudio con respecto a la edad y el género, ajustamos por estos parámetros en los modelos de regresión logística (véase más adelante).
Selección SNP
se seleccionaron VDR
tagSNPs para el genotipado de HapMap (NCBI construir 36) y la base de datos de genes SNPs NIEHS 'usando Haploview [50]. TagSNPs se determinaron utilizando Yoruban de datos (YRI) del cromosoma 12 pares de bases 46586959 (extremo 5 ') a 46521297 (extremo 3') que incluye 1,9 kb en el extremo 5 'para capturar la región promotora. Los siguientes criterios se utilizaron para seleccionar tagSNPs: alelo menor frecuencia & gt; 5% (de la población yoruba) y por parejas r
2 & gt; 0,80. Se identificaron 60 tagSNPs.
Genotipado
ADN de la línea germinal a partir de tejido normal se prepara a partir de ambos especímenes quirúrgicos fijados en formalina y archivados a partir de muestras de sangre como se describe [46], [51]. De los 60 tagSNPs identificado, utilizando la plataforma Sequenom MassARRAY, podríamos desarrollar ensayos de genotipado en 54 SNPs. El método usado para esta plataforma se describió anteriormente [51]. En las muestras de ADN de UC y UNC AA, genotipo 100 marcadores informativos ascendencia (AIMS) a partir del cual se calcularon las estimaciones individuales de ascendencia africana West mundial [52].
Hemos probado para las salidas de equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE) en los casos y controles por separado. Se excluyeron los SNP con valores de p & lt HWE; 0,001. Utilizamos este punto de corte, ya que está por encima del umbral de significación después del ajuste para múltiples pruebas. medidas adicionales de control de calidad incluyen SNP y missingness individuo & gt; 10%. En AA, sin SNPs no el umbral HWE y un SNP no umbral del SNP missingness. Como resultado, 53 tagSNPs fueron incluidos para el análisis del grupo de estudio de AA. En el grupo de estudio Europeo, los 54 tagSNPs se incluyeron en el análisis después de los controles de calidad. tasas de genotipado eran & gt; 98,7% para todas las muestras. las tasas de concordancia para 24 muestras duplicadas fueron del 99,9%.
ascendencia genética de estimación
Se determinó ascendencia individuo Global para cada individuo en los grupos de estudio de la UC y el uso de UNC 100 apunta a la ascendencia de Europa y África Occidental [ ,,,0],51]. ascendencia estimaciones individuales se obtuvieron a partir de los datos de genotipo utilizando el método de la cadena de Markov Monte Carlo (MCMC) implementado en el programa ESTRUCTURA 2.1 [53]. ESTRUCTURA 2.1 asume un modelo de mezcla usando información poblacional previo y frecuencias de los alelos independientes. El modelo MCMC se ejecuta utilizando K = 3 poblaciones (58 europeos, 67 americanos nativos y 62 africanos del oeste) y una quemadura en la longitud de 30.000 iteraciones seguido de 70.000 repeticiones.
Análisis estadístico
probamos
VDR
tagSNPs para la asociación con CRC en toda la serie de casos y controles (UC, UNC y España) utilizando la metodología de análisis conjunto se describe en Zeggini et al. [54]. Para este análisis combinado, se analizaron SNPs con MAF & gt; 5% tanto en la AA y poblaciones caucásicas (n = 32). También se analizaron las asociaciones por separado en el grupo de AA combinado (UC y UNC) y en el grupo combinado de raza caucásica (UC y España). Las asociaciones fueron analizados en los grupos de estudio individuales de la Universidad de California (separado por raza), UNC y España. Se calcularon los odds ratios y los intervalos de confianza del 95% mediante regresión logística asumiendo un modelo genético-registro aditivo. Por SNPs seleccionados, hemos probado los modelos genéticos dominantes y recesivos también. En los grupos de estudio AA (UC) y la UNC, hemos controlado para su mezcla individuo mediante la inclusión de las estimaciones ascendencia de África Occidental globales en los modelos de regresión logística. En todos los individuos, tuvimos en cuenta la edad y el género en el modelo de regresión logística. Se determinó la significación de cada asociación SNP empíricamente usando 1000 permutaciones. Estas pruebas de asociación se realizaron utilizando el programa PLINK [55].
imputados untyped SNPs utilizando MACH v1.0 [56], [57]. MACH utiliza un algoritmo basado en MCMC para inferir los genotipos de los individuos. Se identificaron una región de aproximadamente 2 Mb en el cromosoma 12 (45553633 hasta 47551615 pb) que incluía
VDR
. Dado que muchos de los marcadores mecanografiadas en nuestro conjunto tagSNP faltaban en los haplotipos gradual del HapMap datos de fase III /Rel#3 (May10), que lo descargamos los más recientes datos de genotipo SNP (HapMap datos Rel Nº 28 Fase II y III) para tanto el riales y las poblaciones CEU y por etapas cada conjunto en el CEU riales y por separado utilizando MACH y el empleo de parámetros o manos 50 y -Estados grupos de estudio 500. genotipos entonces imputados en los afroamericanos utilizando los haplotipos fases de la población riales y genotipos en los grupos de estudio caucásicos usando los haplotipos fases de la población CEU. Para todas las dos imputaciones, se utilizaron los siguientes parámetros: -greedy, o manos 100, -autoflip. Se incluyeron sólo los marcadores con r
2 & gt; 0,50 como un control de calidad y HWE & gt; 10
-5. genotipos imputados fueron probados para la asociación como se ha descrito anteriormente.
El análisis de subgrupos se realizó por grupos caucásicos género y la localización anatómica (colon en comparación con el recto) en el AA y por separado. Para el grupo de estudio de la UNC, para los que hemos tenido datos de suplemento dietético y de admisión, la prueba de las asociaciones de SNP por la ingesta de vitamina D. Definimos la ingesta de vitamina D como una variable categórica basada en una ingesta diaria umbral de & gt; 100 UI. Para probar la interacción SNP-ingesta de vitamina D, se realizó una prueba de Breslow-Day para la heterogeneidad entre los clúster. Hemos corregido para múltiples pruebas de hipótesis utilizando una corrección de Bonferroni. Estas pruebas de asociación también se realizaron con PLINK [55].
Resultados
Análisis de SNPs etiquetados e imputados
Bajo el supuesto de que las variantes genéticas comunes en
VDR
riesgo de influencia de desarrollar CCR, se realizó un análisis combinado de todo el grupo de estudio, incluyendo los AA (UC y UNC) y caucásicos (UC y España). Este análisis no reveló evidencia de asociación entre
VDR
tagSNPs y el CRC (Tabla 2).
En los AA, el análisis combinado (UC y UNC) de
VDR
tagSNPs no proporcionaron evidencia de asociación entre los
VDR Opiniones y CRC. (Figura 1 y el cuadro complementario S1). Después de ajustar por edad, sexo y ascendencia de África Occidental, tres SNPs (rs7962898, rs12308082, y rs11574065) tenían p-values≤0.05, pero estos valores de p no fueron significativos después del ajuste para múltiples pruebas. El SNP con el menor valor de p fue rs12308082 (OR = 0,74, IC del 95% [0,57 hasta 0,96]; p = 0,02). El análisis de los grupos de estudio individuales de AA fueron consistentes con el grupo de estudio de AA y, en la medida en cada SNP que era nominalmente significativa en el grupo de estudio combinado fue nominalmente asociado significativamente con la CRC en uno de los dos grupos de estudio AA (Tabla S2) . Sin SNP era nominalmente significativa en ambos grupos de estudio. Hemos observado que ambos rs12308082 y el SNP con el segundo más pequeño valor de p, rs11574065, (p = 0,04) tenía frecuencias relativamente bajas de los alelos en los controles (0,09 y 0,02, respectivamente); estos SNPs fueron monomórficos en los caucásicos.
Parcela de -log
10 p-valores transformados calculados para
VDR
tagSNPs y ajustado por edad, género y mezcla étnica (para el estudio afroamericano grupo solamente) frente a la posición de nucleótidos en el cromosoma 12. la flecha representa el
VDR
gen, que se transcribe en la dirección del telómero hacia el centrómero. La línea muestra que representa el número de pruebas p-valor umbral (9 × 10
-4), basado en una corrección de Bonferroni. Resultados para los afroamericanos se muestran en los caucásicos rojo y en azul.
En el grupo de estudio de raza caucásica, el análisis combinado (UC y SP) de
VDR
tagSNPs más no haya evidencia de asociación entre el
VDR Opiniones y CRC. (Figura 1 y el cuadro complementario S1). Después de ajustar por edad y sexo, dos SNPs mostraron una tendencia hacia la significación (rs107783218 y rs2853564), pero al igual que con los análisis de la AA, no hay SNPs se asociaron significativamente con el CRC después del ajuste para múltiples pruebas. En el grupo de estudio de la UC de raza caucásica, no había un SNP que tenía un valor de p & lt; 0,05 (rs10783218, p = 0,02) (S3 que complementa el cuadro), pero ninguno de los SNPs tenían valores de p & lt; 0,05 en el grupo de estudio de raza caucásica española. Observamos que ya fueron seleccionados los tagSNPs sobre la base de datos de genotipo Yoruban, varios SNPs fueron monomórficos o poco frecuente en la raza blanca.
Uso tagSNPs, se imputó marcadores sin tipo a través de una región de 2 Mb en el cromosoma 12, que incluye
VDR
. En total, se imputó 2236 SNPs en los AA y 2185 SNPs en los caucásicos después de aplicar controles de calidad. Después de la filtración de alelos monomorfas, probamos 664 SNPs imputados en los AA y 820 SNPs imputados en los caucásicos. No se encontró evidencia de asociaciones entre los SNPs imputados y CRC en ninguno de los grupos de estudio después del ajuste para múltiples pruebas (Figura 2).
Parcela de
10 p-valores transformados -log calculados sobre genotipos imputados y ajustado por edad, género y mezcla étnica (sólo para el grupo de estudio afroamericano) frente a la posición de nucleótido en el cromosoma 12. la línea muestra p-valor umbral que representa el número de pruebas (8 × 10
-5) en base a un Bonferroni corrección. Resultados para los afroamericanos se muestran en los caucásicos rojo y en azul.
Análisis de RFLP previamente probados
Hemos probado SNPs que fueron estudiados previamente en estudios de dos RFLP directamente, denominado
FokI gratis (rs10735810) y
Taq gratis (rs731236), y dos indirectamente con tagSNPs, referido como
BSMI gratis (rs7975128 tagSNP, r
2 = 1) y
ApaI
(rs7962898 tagSNP, r
2 = 0,975). En el análisis combinado de todo el grupo de estudio, los SNP rs7962898 etiquetado
Apal
tenía el más mínimo p-valor combinado de 0,08 (tabla 2). Ninguno de los otros SNPs se informó anteriormente RFLP (
FokI
,
Taq I
y
BSMI
) mostraron evidencia de asociación con el CRC en este análisis. A continuación analizaron modelos aditivos, dominantes y recesivos en el AA y grupos de estudio Europeo por separado (Tabla 3). En AA (Tabla 3A), el
FokI
y
Taq I
SNPs no se asociaron significativamente con la CRC; sin embargo, el SNP etiquetado
ApaI
era nominalmente significativa bajo el modelo aditivo (p = 0,05). En el análisis de los AA por una de las entidades (UC vs UNC), el SNP que etiquetadas
BSMI
se asoció con el CRC nominalmente en el grupo de estudio de la UC (p = 0,05), pero no en el grupo de estudio UNC (p = 0,62) (Tabla S2). Ninguno de estos SNP eran nominalmente significativa en los caucásicos bajo cualquier modelo genético probado (Tabla 3B).
Subgrupo
analiza
Ha habido informes anteriores de asociaciones cuando se estratificó por sexo [ ,,,0],18]; en consecuencia, que además analiza los resultados de la asociación por género en el AA y los caucásicos estudiamos grupos. Entre las mujeres AA, había una rs11168264 SNP que era nominalmente significativa (p = 0,05). Este SNP es poco frecuente en la raza blanca. No se observaron SNPs que se asocia en el grupo de mujeres de raza caucásica (Figura S1 & amp; complementa el cuadro S4). En los hombres, había varias asociaciones señalaron. Entre los hombres de AA, rs11574065 (p = 0,02) y rs11574050 (p = 0,009) mostraron evidencia de asociación. Entre los hombres de raza blanca, rs2254210 (p = 0,005) y rs2853564 (p = 0,03) mostraron evidencia de asociación con el CRC. Sin embargo, ninguno de estos valores de p fueron significativos después del ajuste para múltiples pruebas
.
Debido a que los informes anteriores han sugerido asociaciones con sitios anatómicos en el colon [37], hemos considerado por asociaciones siguiente sitio anatómico en el intestino grueso ( Figura suplementaria S2 & amp; los cuadros suplementarios S5 y S6). Nuestro análisis de subgrupos mostraron asociaciones principalmente en el grupo de cáncer de recto AA. En el grupo de AA combinado, cuatro SNPs tenían valores p ajustados inferior a 0,05 (Cuadro S5). De éstos, dos SNP rs12314197 y rs7962898 son tagSNPs para
Apal
. Teniendo en cuenta las asociaciones de cáncer de recto por el centro (Tabla S6), se encontró que el
ApaI
tagSNPs estaban asociados con el cáncer de recto en el grupo de estudio de la UNC; mientras que, los otros dos rs3890733 y rs7302235 SNP se asociaron en el grupo de estudio de la UC. Sin embargo, ninguno de estos SNPs fueron significativos después del ajuste para múltiples pruebas. En el grupo de estudio de raza caucásica, uno rs2853564 SNP tenían evidencia de asociación con el cáncer de colon (p = 0,01); aunque no significativa, esta asociación mostró el más mínimo valor de p después de tomar en cuenta múltiples ensayos (p = 0,28).
En el grupo de estudio de UNC, la prueba de diferencias en las asociaciones de SNP por la ingesta de vitamina D. Se encontró una asociación significativa para una ingesta de vitamina D y rs11574041 intrónica SNP (Tabla 4). En particular, hubo una significativa heterogeneidad entre los individuos o con la ingesta de vitamina D en comparación con aquellos que no tienen la ingesta significativa (OR 0,30 vs 1,05, respectivamente, de Breslow-Day p = 0,004). Hemos observado un efecto protector del alelo A en individuos con alto consumo de vitamina D (f
A = 0,15 vs. f
T = 0,05, p = 9 × 10
-4), que fue significativa cuando la contabilidad para el número de SNPs analizados por la corrección de Bonferroni (p = 9,3 × 10
-4).
Discusión
Estudio de
VDR
variantes genéticas para asociación con CCR en la población de AA es importante dada la mayor incidencia global CRC y la mortalidad, así como los niveles más bajos de vitamina D en esta población en comparación con otras poblaciones de Estados Unidos. En nuestro estudio de asociación usando tagSNPs y SNPs imputados en un gran grupo de AA y de raza blanca, no hemos encontrado evidencia de asociaciones significativas entre la CRC y las variantes genéticas comunes en
VDR
. Nuestros resultados fueron similares tanto en el análisis combinado y el análisis de los grupos de estudio étnicamente relacionados e individuales. Por otra parte, en nuestros resultados, no se encontraron asociaciones significativas en el análisis de subgrupos según el género o sitio anatómico. En general, nuestros resultados están de acuerdo con dos informes recientes en los caucásicos, que también informó que no hubo evidencia de asociaciones entre los
estudios VDR
tagSNPs y CRC [42] o adenomas de colon [43].
Debido anteriores había encontrado a veces las asociaciones entre el CRC y el VDR RFLP [21] - [28], [30] - [37], [39] - [41], hemos realizado análisis genéticos adicionales sobre algunas de estas variantes; Sin embargo,
FokI gratis (rs10735810),
Taq gratis (rs731236), y
BSMI gratis (rs1544410) no se asociaron significativamente con la CRC en cualquier grupo de estudio. En nuestro estudio, hemos encontrado una asociación significativa nominalmente en AA CRC con rs7962898, un SNP que toca al RFLP
Apal
. Estudios previos han encontrado una asociación con
Apal
y del CCR en poblaciones no-AA, aunque los tamaños de muestra fueron pequeños y significativa y no significativa resultados se han comunicado [21], [26]. Dada la falta de evidencia de asociación entre la CRC y rs7962898 en la raza blanca en el presente estudio, interpretamos nuestra nominalmente significativa p-valor con rs7962898 en AA con cautela. La asociación no se ha informado anteriormente en esta población, y se observó en sólo uno de los dos grupos de estudio que hemos analizado (UC pero no UNC).
En nuestro grupo de estudio UNC, observamos una asociación significativa entre una admisión de intrónica rs11574041 y vitamina D SNP. A nuestro entender, esta asociación no se ha informado anteriormente. Si bien este resultado sugiere una interacción entre genes y medio ambiente, que debe ser interpretado con cautela debido al tamaño pequeño de la muestra y los datos limitados de la ingesta dietética y suplementaria disponible para este análisis. En los estudios de casos y controles, la ingesta de vitamina D (dieta y de suplementos) no ha sido un sustituto adecuado para los niveles séricos de vitamina D y, por lo tanto, probablemente no refleja el estado de vitamina D. Nuestros resultados requieren más estudios en una muestra mayor preferencia con los datos de los niveles séricos de vitamina D.
En el presente estudio, hay varias posibles explicaciones para la falta general de asociaciones significativas. SNPs en el
VDR
gen por sí solos no pueden aumentar el riesgo de CCR; Sin embargo, si los SNP están jugando un papel, ya que pueden interactuar con otros SNPs o con los factores ambientales que aumentan el riesgo. Se detectaron algunas diferencias en las asociaciones entre las poblaciones afroamericanas de diferentes ubicaciones geográficas (UC vs UNC), y estas diferencias podrían ser explicadas por las diferencias ambientales entre los dos grupos. Dado que el control de los niveles de 25 (OH) D
3 niveles tienen ambos determinantes genéticos y ambientales, que postula que existen importantes interacciones entre genes y medio ambiente que en conjunto aumentan el riesgo de CCR. En el presente estudio, no hemos tenido acceso a las medidas ambientales de la ingesta de vitamina D para la UC y grupos de estudio españoles, tampoco tuvimos en suero de 25 (OH) D 3 niveles
para cualquiera de los grupos de estudio.
Por otra parte, las variantes raras en
VDR
pueden aumentar el riesgo de CCR. En tal modelo genético, múltiples variantes raras con efectos más fuertes (por ejemplo, RUP & gt; 1,5) podrían aumentar el riesgo individual de fresa de tal manera que se recomienda el cribado mediante colonoscopia precoz y más frecuente. variantes raras no son bien evaluados utilizando un enfoque tagSNP, y, en general, los estudios de asociación más grandes o se requieren estudios basados en la familia para identificar asociaciones con variantes raras. Observamos que las dos variantes en
VDR Vaya con el p-valores más pequeños en el presente estudio fueron relativamente poco frecuentes.
Los puntos fuertes de este estudio son una muestra de gran tamaño incluyendo los AA, así como un enfoque integral tagSNP para capturar la variación casi todos común en el
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gen. Por otra parte, hemos utilizado la imputación para obtener genotipos de SNP sin tipo, lo que aumenta la cobertura de la
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genes y las regiones circundantes en el cromosoma 12. Las debilidades de este estudio incluyen la falta de medidas de los niveles séricos de vitamina D en todos los sujetos; Tales datos podrían potencialmente descubrir las interacciones entre el genotipo y el medio ambiente. Por otra parte, no hemos incluido SNPs que etiquetar el polimorfismo Cdx2 en el análisis tagSNP inicial, que ha dado resultados positivos en el CCR en un estudio anterior [17]. Sin embargo, nuestro análisis imputación incluye la región que alberga el polimorfismo Cdx2 y no mostró asociaciones significativas. Los estudios futuros deben incluir datos tales ambientales, tales como los niveles de ingesta de vitamina D y suero para determinar si las interacciones genético-ambientales influyen CDN. Además, ha habido informes de nuevas regiones candidatos asociados con los niveles de vitamina D a partir de los estudios de asociación y chip-secuenciación de todo el genoma que debe someterse a ensayo de asociación genética en el CCR [58], [59].
resumen, hemos encontrado ninguna evidencia convincente para las asociaciones entre la CRC y los polimorfismos genéticos en
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. Aunque se observó una asociación significativa nominalmente CRC con un SNP que está altamente correlacionada con el
Apal Hoteles en AA, se observó esta asociación en sólo uno de los dos grupos de estudio AA; Por otra parte, no se detectaron asociaciones entre CRC y otros
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tagSNPs en los AA. En la población blanca, no se detectaron asociaciones entre CRC y, o bien se informó anteriormente
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RFLP o
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tagSNPs. Una posible asociación entre la ingesta de vitamina D y rs11574041 en AA CRC requiere más investigación.
Apoyo a la Información
Figura S1.
Asociación de
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tagSNPs en afroamericanos y caucásicos por género: las mujeres (A) y machos (B). Parcela de
10 p-valores transformados -log calculados para
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tagSNPs y ajustado por edad y mezcla étnica (por el grupo de estudio afroamericano solamente) frente a la posición de nucleótidos en el cromosoma 12. La flecha representa el <