Extracto
Se ha demostrado para algunos tipos de cáncer que la frecuencia de mutaciones oncogénicas somáticas pueden variar en las poblaciones ancestrales. Para determinar si las alteraciones fundamentales conductor podría ocurrir en diferentes frecuencias en el cáncer colorrectal, se aplicó una plataforma de alto rendimiento del genotipo (OncoMap) para consultar 385 mutaciones en 33 genes del cáncer conocidos en el ADN del cáncer colorrectal a partir de 83 de Asia, 149 195 pacientes en Blanco y Negro. Hemos encontrado que los pacientes asiáticos tuvieron un menor número de mutaciones oncogénicas canónicas en los genes de la prueba (60% vs 79% Negro (P = 0,011) y Negro 77% (p = 0,015)), y que
BRAF mutaciones
ocurrido en una mayor frecuencia en pacientes blancos (17% vs asiática 4% (P = 0,004) y Negro 7% (P = 0,014)). Estos resultados sugieren que el uso de enfoques genómicos para dilucidar los diferentes determinantes ancestrales albergadas por las poblaciones de pacientes pueden ayudar a más precisa y eficaz el tratamiento del cáncer colorrectal
Visto:. Hanna MC, Ir C, C Roden, Jones RT, Pochanard P, Javed AY, et al. (2013) de los cánceres colorrectales Distintas poblaciones ancestrales muestran variaciones en
BRAF
frecuencia de mutación. PLoS ONE 8 (9): e74950. doi: 10.1371 /journal.pone.0074950
Editor: Xiaoping Miao, MOE clave Laboratorio de Medio Ambiente y Salud, Escuela de Salud Pública, Tongji Medical College, Universidad Huazhong de Ciencia y Tecnología, China
Recibido: 29-may de 2013; Aceptado: 6 Agosto de 2013; Publicado: 16 Septiembre 2013
Derechos de Autor © 2013 Hanna et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este estudio fue apoyado por el Instituto de cáncer Dana-Farber, el Programa piloto DF /HCC, y el líder de Programa del Instituto de Investigación de Asuntos Exteriores de reclutamiento a través de la Fundación Nacional de Investigación de Corea (NRF), financiado por el Ministerio Coreano de Educación, Ciencia y Tecnología (MEST) ( 2.011 hasta 0.030.105). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
está bien establecido que el cáncer es una enfermedad genómico y muchas alteraciones moleculares y genéticos están bien caracterizados. Por ejemplo, las mutaciones somáticas en el cáncer de pulmón [1], amplificaciones en el cáncer de mama [2], y fusiones en la leucemia mieloide aguda [3] son bien conocidos por sus papeles en la biología tumoral y el comportamiento clínico y pronóstico. Nosotros y otros han demostrado previamente que la frecuencia de mutaciones oncogénicas somáticas puede variar a través de distintas poblaciones ancestrales. En el cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC), las mutaciones en el receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) son más frecuentes en pacientes asiáticos en comparación con poblaciones derivadas-Europea (8% frente a 30%; p & lt; 0,001). Estas mutaciones también son más comunes en las mujeres y no fumadores [1,4]. Por el contrario, la serina treonina quinasa 11 (STK11) mutaciones (mutaciones puntuales y deleciones) se encuentran en el 17% de los pacientes con CPNM Blanco [5,6], pero en una frecuencia mucho menor en los de los pacientes asiáticos. Estas observaciones plantean la posibilidad de que los tumores de diferentes grupos ancestrales puede albergar distintos patrones de alteraciones genéticas conductor. Dado que las mutaciones somáticas tumorales pueden ser ambos eventos conductor y objetivos para la inhibición farmacológica efectiva, el conocimiento de los determinantes ancestrales asociados puede tener importantes implicaciones para los estudios relativos a las disparidades de salud del cáncer y medicinas para el cáncer de precisión.
El cáncer colorrectal es la segunda la principal causa de muerte por cáncer en los Estados Unidos. Al igual que con varios tipos de cáncer, el cáncer colorrectal muestra una variación significativa en las tasas de incidencia y mortalidad entre las poblaciones de Asia, en blanco y negro. Los negros tienen la tasa de mortalidad más alta (49,6 por 100.000) y los asiáticos tienen la más baja (22,7 por 100.000) (Estados Unidos, SEER 2005-2009). Las disparidades en los resultados del cáncer entre los pacientes de diferentes orígenes ancestrales se han demostrado para muchos tipos de cáncer, sin embargo, los mecanismos que impulsan estas disparidades no han sido claramente dilucidado.
En los EE.UU., las tasas de incidencia y mortalidad de cáncer colorrectal han sido constantemente disminuyendo debido a los aumentos en el cribado [7] con los mayores descensos de los blancos y el más pequeño de los negros. Mientras que la variación en los patrones de acceso y tratamiento de cuidado de la salud puede desempeñar un papel importante, muchos tipos de cáncer siguen mostrando diferencias incluso teniendo en cuenta estos factores. Por ejemplo, un estudio de 2004 [8] encontró que los pacientes negros eran 1,67 veces más propensos a morir de cáncer colorrectal a los 5 años después del tratamiento que los pacientes blancos.
En Corea, donde la incidencia es aún menor que en el Estados Unidos, el panorama es complejo, con aumento de las tasas de incidencia y la supervivencia [9]. En cuanto a las estadísticas globales, las tasas de cáncer colorrectal se han incrementado dramáticamente en muchos países asiáticos con un poco de experimentar un aumento de 2-4 veces en la incidencia de cáncer colorrectal, y en algunos países se acercan a las tasas de incidencia similares a los países occidentales [10,11, 12]. Estos aumentos en la incidencia general se considera que el resultado de la adopción de una dieta más occidental [10,12].
La tasa de supervivencia global a 5 años para el cáncer colorrectal es del 64% en los EE.UU. (Estados Unidos, 2005 SEER -2009). La gama de tipos específicos de etapa es amplia. Escenario 1 tumores, que han crecido en el colon, pero no extendidos fuera de ella, tienen una supervivencia media a los 5 años del 89%. Por el contrario, aquellos pacientes con metástasis a distancia tienen una supervivencia media a los 5 años del 11%. El tratamiento estándar para el cáncer colorrectal consiste en la resección quirúrgica de la enfermedad en etapa inferior, y una combinación de cirugía, quimioterapia y radiación para la etapa posterior. enfermedad refractaria con metástasis a distancia, si
EGFR
expresar y
KRAS
tipo salvaje, puede ser tratada con anti-EGFR
anticuerpos monoclonales [13].
KRAS
mutaciones en los codones 12 y 13 Actualmente predictores significativos de la resistencia a los anti-
EGFR
anticuerpos monoclonales, y son de utilidad clínica en la detección de pacientes con enfermedad metastásica a la terapia adecuada [13].
para comenzar a evaluar el grado en que las mutaciones somáticas controlador prevalentes pueden variar con el cáncer colorrectal ascendencia de los pacientes [14,15], se realizó un interrogatorio sistemático de 385 mutaciones en 33 genes conocidos de cáncer colorrectal en el ADN adenocarcinoma de 427 83 pacientes, incluyendo Asia, 149 y 195 pacientes Negro Blanco por ancestro auto-identificado.
Materiales y Métodos
los pacientes y recogida de muestras del tumor
Nuestro trabajo ha sido revisado por el Junta de cáncer Dana-Farber Institute interna Revisión (IRB DFCI). Nos solicitaron y obtuvieron una exención de DFCI revisión del CEI se identificaron como de-todas las muestras en el estudio y anónimos.
Se analizaron 427 muestras de tejido (426 embebidos en parafina y congeladas frescas 1) de pacientes con cáncer colorrectal. Las muestras de tumor anónimos se obtuvieron de la Red Cooperativa de Tejidos Humanos (CHTN), la patología del espécimen Localizador de Dana Farber /Harvard Cancer Center (DF /HCC), la Universidad de Tennessee Centro de Ciencias de la Salud (UTHSC) y Asan Medical Center. se obtuvo DFCI exención IRB para todas las muestras. información de la patología limitada se incluyó para cada muestra con la raza como un requisito y que incluye más frecuentemente de género, edad, estadio, la ubicación, y el nodo o el estado de la metástasis.
Para todas las muestras, el tejido se seccionó y hematoxilina y eosina (H & amp ; E) teñidas se obtuvieron diapositivas. Se identificaron las áreas tumorales enriquecido y golpes de núcleo se tomaron de la región correspondiente. tumor de contenido requerido fue de 70%. diagnósticos de la biopsia que se acompañan (obtenidos a partir de CHTN, DF /HCC, UTHSC o Asan) se confirmaron mediante examen histopatológico independiente. Se extrajo el ADN de los núcleos de FFPE utilizando un QiaCube con el Kit de tejido Qiagen QIAamp DNA FFPE y a partir de muestras congeladas usando ya sea el QIAamp Qiagen o el kit Qiagen DNeasy de acuerdo con las instrucciones del fabricante.
OncoMap genotipado
OncoMap (versión 3) es una plataforma de genotipado por espectrometría de masas que los ensayos de 385 mutaciones en los genes 33 de cáncer enumerados en la Tabla 1. la selección de mutaciones de genes de cáncer para el diseño del ensayo y determinación del genotipo de espectrometría de masas se realizaron como se ha descrito previamente [14,15].
Gene
Mutations
ABL114AKT11AKT22APC12BRAF43CDK41CDKN2A10CSF1R6CTNNB131EGFR44ERBB26FGFR12FGFR26FGFR38FLT38HRAS12JAK21JAK33KIT25KRAS22MET6MLH11MYC6NRAS19PDGFRA17PIK3CA14PTEN14RB111RET13SRC1STK1112TP537VHL733385Table 1. OncoMapV3.
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calidad del ADN se evaluó mediante la cuantificación usando Quant-iT ™ Pico Green ® dsDNAassay Kit (Invitrogen) según el protocolo del fabricante. 100 ng de ADN genómico fue sometido a la amplificación de todo el genoma (WGA) utilizando el kit completo de amplificación del genoma entero Sigma-Aldrich GenomePlex para fresco congelado o el Kit de Qiagen RepliG Mini para FFPE. IPLEX química se utilizó para generar una lista de mutaciones candidatos. se utilizó ADN genómico Unamplified para validar todas las mutaciones candidatos utilizando una segunda química (HME). Todos los métodos se realizaron como se describe anteriormente [14].
El análisis estadístico
La significación estadística se determinó con una comparación por pares utilizando la prueba exacta de Fisher de dos colas con una corrección de Bonferroni para comparaciones múltiples y un punto de corte inferior a 0,05.
Resultados
características de los pacientes
se analizó el ADN del cáncer colorrectal a partir de 83, 149 negros y 195 pacientes blancos asiáticos (Tabla 2) utilizando la plataforma OncoMap la edad promedio de los pacientes en nuestra cohorte fue de 65 años (asiática, de 63 años; negro, 62; Blanco, 68) y había más mujeres que hombres (224 vs 197). Ascendencia se determinó mediante auto-informes. En nuestra cohorte encontramos cánceres colorrectales ser más frecuentemente localizados en el colon proximal (49%), y más comúnmente de la etapa 3 (55%). cánceres colorrectales proximales fueron más frecuentes en los pacientes blancos en comparación con los negros (P = 0,009) y asiáticos (P = 3.69E-07) de los pacientes. cánceres distales eran más común en los asiáticos (P = 0,005) en comparación con los blancos. cánceres distales fueron más comunes en las mujeres (p = 0,007), mientras que el cáncer proximal fue más común en los hombres (p = 0,019). La cohorte de Asia tuvo significativamente más etapas I y II de la enfermedad en comparación tanto con Negro (fase I, P = 0,002, fase II, p = 0,01) y Negro (etapa I, p = 3.08E-06, etapa II, p = 3.37- 05) pacientes. los pacientes blancos tenían más enfermedad en estadio IV en comparación con los asiáticos en esta cohorte (P = 0,004). En cuanto a la puesta en escena promedio general para todos los grupos, hemos encontrado los blancos de tener la etapa media más alta de la enfermedad y los asiáticos el más bajo (asiática, 2,41; Negro, 2,89; blanca, 3.09).
Asian
Black
White
Total
Gender
Female
3587102224
Male
475991197
unknown
1326
83
149
195
427
Age (Media)
Mujer
62 (33-87) 62 (30-90) 68 (36-90) 65 (30-90)
Varón
64 (43-84) 62 (26 -87) 66 (22-91) 64 (22-91) Etapa
Fase-I página 11 (13%) 3 (2%) 14 (3%)
Etapa II-28
(34) 26 (17%) 21 (11%) 75 (18%)
Stage-III
36 (43%) 87 (58%) 113 (58%) 236 (55%)
etapa IV-página 4 (5%) 19 (13%) 38 (19%) 60 (14%)
desconoce página 4 (5%) 15 (10%) 23 (12%) 42 ( 10%) Población
distal
33 (39%) 37 (25%) 41 (21%) 111 (26%)
proximal
22 (27%) 67 (45%) 119 ( 61%) 208 (49%)
rectal
25 (30%) 25 (17%) 19 (10%) 69 (16%)
no especificado
3 (4%) 20 (13 %) 16 (8%) 39 (9%) Tabla 2. características de los pacientes.
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mutaciones genéticas del cáncer en el cáncer colorrectal
Uso OncoMap, hemos identificado 514 mutaciones en el cáncer colorrectal 427 especímenes (Figura 1). Encontramos 84 mutaciones en 83 tumores de pacientes de Asia, 177 mutaciones en los tumores de 149 pacientes de raza negra y 253 mutaciones en 195 tumores de pacientes blancos. 318 tumores (74%) albergaron al menos una mutación. de los tumores con mutaciones, 173 (40%) tenían mutaciones individuales y 145 (34%) tenían más de una mutación. Siete muestras albergaban 4 o más mutaciones. Las mutaciones en
APC gratis (18%),
BRAF gratis (11%),
KRAS gratis (46%),
PIK3CA gratis (18%) y
TP53 gratis (17%) se encontraron con mayor frecuencia (Tabla 3). Nos pareció que las tasas de mutación de oncogenes comunes sean a frecuencias similares a los reportados previamente para el cáncer colorrectal [16].
Un gráfico resumen de todas las mutaciones en cada grupo muestra los genes a través de las filas y los tumores de pacientes en las columnas . La fila inferior de cada una representa el número total de mutaciones por tumor como un mapa de calor (0-5 mutaciones). El gráfico A muestra los pacientes asiáticos, Tabla B, pacientes de raza negra y el gráfico C, los pacientes blancos. El gráfico D muestra la distribución de todas las mutaciones para cada cohorte.
Genes
Asia (83)
%
Negro (149)
% sobre White (195)
%
total (427)
%
AKT121%20.5%APC1214%2617%3719%7517.6%BRAF34%107%3317%4610.8%CTNNB122%21%32%71.6%EGFR11%10.2%IDH111%0%10.2%KRAS3239%7953%8544%19645.9%MAP2K121%0%20.5%MYC11%0%10.2%NRAS34%11%74%112.6%PIK3CA1316%2819%3518%7617.8%PTEN32%53%81.9%RB121%20.5%RET11%0%10.2%TP531720%2013%3618%7317.1%
no mutation
*
33
40%
32
21%
44
23%
109
26%
Table 3. Las mutaciones génicas por población de pacientes.
* No hay mutaciones se identificaron usando los ensayos incluidos en OncoMap CSV Descargar CSV
En general, un menor número de tumores de pacientes asiáticos (60%) albergaba una o más mutaciones consultados por OncoMap, si se compara tanto a los pacientes de raza negra (79%, p = 0,011) y los pacientes blancos (77%, p = 0,015). mutaciones individuales se encuentran en el 31% de los tumores de los asiáticos, el 47% de los negros y el 39% de los blancos, y múltiples mutaciones en el 29%, 32% y 38%, respectivamente.
En los cánceres colorrectales de pacientes blancos, nos identificado significativamente más mutaciones en
BRAF gratis (17%) que en cualquiera de los asiáticos (4%; p = 0,004) o Negro (7%; p = 0,014) cohortes (tabla 4). Esto se debió en gran parte por una preponderancia de
BRAF V600
mutaciones en la cohorte blanca. Encontramos
BRAF mutaciones
a ser más común en las mujeres, en pacientes de edad avanzada, y en el colon proximal, en consonancia con otros informes [17,18,19]. Los pacientes con
BRAF
tumores mutantes tenían una edad promedio de 72 años, en comparación con el promedio de edad de 65 años para toda la cohorte, y el cáncer se localizó con mayor frecuencia en el colon proximal (65% en comparación con el 49% de completa cohorte). Los pacientes con
BRAF
tumores mutantes fueron en gran medida Etapas III y IV. Una mayor frecuencia de
KRAS
mutaciones se observó en los tumores de pacientes negros (Asia, 39%; Negro, 53%; blancos, 44%) debe específicamente a una prevalencia de
KRAS mutaciones
G12D (Figura 2); Sin embargo, esto no alcanzó significación estadística.
Características
peso-BRAF
m-BRAF
total
edad al momento del diagnóstico (media, st dev)64.713.972.311.265.513.9Gender
Female
19451%3065%22452%
Male
18248%1533%19746%
unknown
51%12%61%381100%46100%427100%Race
Asian
8021%35%8319%
Black
13936%1022%14935%
White
16343%3373%19546%381100%46100%427100%Stage
I
144%00%143%
II
7319%25%7518%
III
20855%2865%23655%
IV
5113%921%6014%
unknown
3810%49%4210%384101%43100%427100%Location
Distal
10234%921%11126%
Proximal
18060%2865%20849%
Rectal
6622%37%6916%
Colon, no especificado
3612% 37% 399% 384 127% 43100% 427100% Tabla 4. Características de los pacientes de tipo salvaje y mutante BRAF.
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Un cuadro resumen de todas las mutaciones RAS /RAF en cada grupo de pacientes muestra los genes a través de filas y columnas en los tumores. la fila inferior de cada una representa el número total de mutaciones por tumor como un mapa de calor (0-5 mutaciones). gráfico a muestra los pacientes asiáticos, el gráfico B, los pacientes negros y gráfico C, los pacientes blancos.
Seis tumores albergaba más de una mutación en el
RAS /RAF
familia (
KRAS
, las ANR, HRA y los
BRAF
), con todos ellos tienen al menos un
KRAS
mutación (Figura 2). de éstos, dos tumores (1 a partir de un paciente de Asia, 1 de un paciente Negro) tenían mutaciones en ambos
KRAS
G12D y G13D, que se han observado anteriormente [19]. Hubo 2 casos de
KRAS
A146T, cada uno de los que co-produjo con una mutación G12.
KRAS
mutaciones A146T se han visto en ambos tipos de cáncer colorrectal y adenomas de colon [20], y se asociaron con un resultado más favorable. Por otra parte, algunas mutaciones A146T se han asociado con la amplificación del número de copias del
KRAS
locus.
Se encontraron 3 casos de co-produciendo
BRAF
y
KRAS
mutaciones, todo en tumores de pacientes blancas que albergaban 4 o más mutaciones. Co-produciendo eran
BRAF V600E
y
KRAS
G13D,
BRAF
V600M y
KRAS
G12V, y
BRAF
G469V con ambos
KRAS
A146T y
KRAS
G13D. Aunque raros, co-ocurrencias han sido reportados [19,21], y pueden representar diferentes poblaciones de células dentro del tumor. Una evaluación de la
KRAS
y
BRAF
alelo alturas de los picos espectrales en la determinación del genotipo de datos en bruto muestra que, en un caso, las fracciones de los alelos mutantes de los genes que eran diferentes, lo que indica que éstos pueden no ser presente en la misma frecuencia en la muestra.
Se identificaron
APC
mutaciones en el 14% de los tumores de pacientes de Asia, el 17% de pacientes de raza negra y el 19% de los pacientes blancos.
APC
mutaciones, como se esperaba para principios de los acontecimientos en la tumorigénesis cáncer colorrectal, principalmente co-ocurrir con otras mutaciones, más comúnmente con
KRAS
,
PIK3CA
y /o
TP53
. Debido a
APC
es un gran gen supresor de tumores y OncoMap sólo ensayos para las variantes recurrente conocida, el número de mutaciones identificadas por genotipo probable insuficientemente representa la verdadera prevalencia de
APC
mutaciones en estas cohortes.
PIK3CA mutaciones
casi siempre co-producido con otras mutaciones (92% de los casos) con los socios más comunes encontrado que
RAS /RAF Buscar miembros de la familia (
KRAS
, ANR y
BRAF
).
PIK3CA
mutaciones tienden a agruparse en los exones 9 y 20 con mutaciones en el dominio quinasa exón 20 más comunes en el cáncer de mama [22] y el exón 9 mutaciones de dominio helicoidales más comunes en el cáncer colorrectal. Como era de esperar, vimos a un predominio de mutaciones en el dominio helicoidales en nuestras cohortes (asiáticos, 57%; negros, 59%; blancos, 65%). Unos tumores albergaban dos
PIK3CA
mutaciones distintas; en un caso, R88Q y C420R (p85 y los dominios C2), y en otro C420R y H1047R (C2 y dominios quinasa). Una tercera muestra (Asia) también tenía dos dominios helicoidales
PIK3CA
mutaciones (E542K y E545K), junto con un
KRAS Opiniones y un
TP53
mutación. Mientras que el doble
PIK3CA
mutantes se han descrito anteriormente [22], su significado no está claro.
Discusión
El uso de la plataforma OncoMap, que ensayaron durante 385 somática conocida y clínicamente relevante mutaciones en el cáncer colorrectal a partir de 427 asiáticos, blancos y negros pacientes para evaluar las posibles diferencias en la frecuencia de mutaciones somáticas en el cáncer colorrectal. En nuestro estudio hemos encontrado la tasa de mutación para los cánceres de los asiáticos es sensiblemente más bajo que sea el Negro o Blanco cohorte. Se encontraron diferencias significativas en la frecuencia de
BRAF
mutaciones con
BRAF V600E
mutaciones que ocurren con mayor frecuencia en pacientes de raza blanca. Encontramos
BRAF mutaciones
a ser más común en los cánceres de pacientes blancos, mujeres, pacientes de mayor edad, y en el colon proximal consistente con otros informes [23]. Además, aunque no es significativa utilizando los criterios más estrictos (corrección de Bonferroni), encontramos un enriquecimiento de
KRAS
mutaciones en la cohorte Negro
.
Si bien las diferencias en
frecuencia de mutación entre Blanco, negro y las cohortes de Asia en el cáncer colorrectal no se ha informado anteriormente, se han observado diferencias entre los otros grupos de población. Por ejemplo, en un estudio reciente, Rozek et al [18] encontraron el
BRAF V600E
mutación que es más común en personas de ascendencia judía Ashkenazi y menos común en personas de ascendencia árabe. Por otra parte, Inglés et al [24] encontró australianos de ascendencia anglo-celta tener una mayor incidencia de cáncer colorrectal y significativamente más
BRAF V600E mutaciones
que los descendientes de europeos del sur. Estos resultados demuestran de nuevo que la frecuencia de importantes mutaciones oncogénicas puede variar en poblaciones de diferentes orígenes ancestrales. Si, y en qué grado estas variantes tienen un impacto en la incidencia, la respuesta al tratamiento o la supervivencia es aún está por determinar.
Las diferencias en las tasas de
BRAF
mutación puede reflejar diferencias en el subyacente etiología de la inestabilidad genómica a través de estas poblaciones.
BRAF
mutaciones ocurren preferentemente en el orden ascendente o colon proximal en las lesiones precursoras que se hace referencia como adenomas serrados. En la configuración de
BRAF
mutación, estos adenomas generalmente se convierten en cáncer a través de un déficit de desajuste de reparación del ADN adquirida causada por hipermetilación de
MLH1
en el entorno de la isla CpG methylator fenotipo (CIMP) [ ,,,0],25]. Así, estos tumores tienden a caracterizarse por la inestabilidad de microsatélites (MSI) y tienen altas tasas de mutaciones somáticas, especialmente las pequeñas inserciones y deleciones en pequeñas regiones de repetición.
KRAS
mutaciones, por el contrario, se producen con más frecuencia en los cánceres colorrectales que albergan la inestabilidad cromosómica, el patrón más común de aberraciones genómicas en el cáncer colorrectal esporádico.
Las tasas más bajas de
BRAF
cáncer colorrectal mutante visto en la cohorte de Asia podría por lo tanto indican que
BRAF
mismos mutaciones pueden ser menos frecuente en este grupo. Alternativamente, es posible que exista una menor propensión para la hipermetilación del ADN patológica en la población asiática estudiado, lo que reduce la capacidad de los
BRAF
lesiones precursoras mutantes para avanzar hacia el cáncer. No teníamos suficiente material genómico para perseguir las pruebas o ensayos de metilación MSI para todos los especímenes, y por lo tanto no fuimos capaces de medir directamente si las tasas globales de tumores CIMP-positivos fueron más bajos en la población asiática. Sin embargo, el 62 de 83 cánceres de Asia ensayadas para MSI, sólo el 3% (2/62) eran MSI-alto. Esta tasa es inferior a la tasa observada normalmente (10-15%) en los cánceres colorrectales esporádicos, y en consonancia con la hipótesis de que los tumores conducidos por estos mecanismos pueden ser menos frecuentes en la población asiática. Más trabajo integrando la información genómica más completa con los ensayos de MSI y estado de metilación debe aclarar esto.
La mutación V600E es una mutación activadora adquirida cuyo resultado es constitutivamente activa
BRAF
actividad quinasa conduce a la activación de la
MAPK
vía. En el melanoma, aproximadamente el 40% de los pacientes tienen
BRAF
mutaciones de los cuales el 69% son V600E. El V600E también se ha encontrado en nevos benignos [26], lo que sugiere que los mutantes V600 pueden ser los primeros o precursor de eventos. Del mismo modo,
BRAF
mutaciones se han encontrado en los adenomas colorrectales que sugieren un evento temprano en la tumorigénesis [27]. Ogino et al [28], mirando a los resultados de ensayos clínicos (CALGB 89803) de 1.264 pacientes en estadio III de cáncer colorrectal, aclarado efectos predictivos y pronósticos de
BRAF
mutaciones y se encontró
BRAF
mutantes para ser asociada con un peor resultado. Aunque la frecuencia de
BRAF mutaciones
es baja (asiática, 4%; Negro, 7%; blanca, 17%), en comparación con
KRAS gratis (Asia, 39%; Negro, el 53% ;. blanca, 43%),
BRAF
puede ser un objetivo importante para los pacientes cuyo tumor alberga mutaciones
nuestro hallazgo de una menor tasa de mutación en nuestra cohorte de Asia es de interés. La cohorte de Asia se compone de los pacientes en etapa significativamente más bajos y los cánceres son predominantemente distal (Asian, 40%; Negro, 25%; blanco, 21%) en lugar de proximal. No parece haber una asociación entre la localización del cáncer y la tasa de mutación. Si nos fijamos en las tasas de mutación por la ubicación del cáncer nos encontramos con que en la cohorte de Asia el 48% de los pacientes con cánceres distales no tienen mutaciones en comparación con el 19% del Negro y el 22% de la cohorte blanca. De los pacientes asiáticos con cánceres distales con mutaciones, hay 23 mutaciones en 17 pacientes (1,35 mutaciones por paciente), menos de o bien el Negro o cohortes blancos en 1.63 y 1.69 mutaciones por paciente, respectivamente. Sin embargo, la etapa media de los cánceres distales, proximales y rectal es aproximadamente la misma. Por otra parte, mientras que este hallazgo puede realmente representar una tasa de mutación más baja para la cohorte de Asia, también puede ser que el espectro de mutaciones en esta población no está bien representada en OncoMap
.
El aumento de la incidencia del cáncer colorrectal en muchos los países de Asia en las últimas décadas se marca [10,11,29] y la incidencia en Corea ha superado la tasa para los americanos asiáticos. Las tasas de mortalidad de los estadounidenses de origen asiático, mientras considerablemente más bajos que cualquiera de los negros o blancos, han sido constantemente disminuyendo, probablemente debido a la institución de la detección como una prueba médica estándar. Mientras que los conductores detrás de este cuadro complejo son numerosos, hay alguna evidencia de que el cambio de una dieta más tradicional asiático en una dieta de estilo occidental que contiene carnes y alcohol [10,11] más rojas y procesadas, puede ser un colaborador.
las diferencias en la localización de los cánceres en nuestras cohortes son sorprendentes y significativas con los pacientes blancos que tienen cánceres más proximales y los asiáticos tienen cánceres más distales. Se ha observado anteriormente que los cánceres distales son más comunes en el de Corea [12] de la población y que observe esta diferencia, tanto en nuestra cohorte de Corea y nuestra cohorte americana asiática. En cuanto a la etapa del tumor, nos encontramos con todos los grupos que tienen cánceres en etapa III con más frecuencia, pero la distribución de fase es de otra manera diversa. Hubo más cánceres en etapa II en el grupo de Asia y el menor número en el grupo blanco (Asia, 34%; negros, 18%; blancos, 11%), y más de la etapa IV de cáncer en el grupo blanco y el menor en el Asia ( asiática, 5%; negro, 12%; blanco, 19%). En cuanto a la etapa media de cada grupo, nos encontramos con los blancos de tener el escenario más alto promedio (Asia, 2,41; Negro, 2,85; Blanca, 3,09).
KRAS
mutaciones son bien conocidos en numerosos tipos de cáncer, que se encuentra más comúnmente en el exón 2 aminoácidos G12 y G13, dos aminoácidos adyacentes situados cerca del sitio catalítico, y se ha demostrado que producen la activación constitutiva de la
MAPK
vía de señalización. La prevalencia de
KRAS
mutaciones en el grupo Negro es impulsado por el
KRAS
G12D, sin embargo, el significado de
KRAS
enriquecimiento G12D está claro. Esta observación se ha informado anteriormente por Sylvester et al [19], sin embargo, se observó una mayor frecuencia de mutaciones G13 en los cánceres de colon de pacientes de raza negra en comparación con el blanco, que no observamos.
Si bien no es algunas pruebas de que
KRAS
exón 2 mutaciones puede estar asociada con un peor pronóstico [20], y que las mutaciones G13 puede dar lugar a un cáncer menos agresivo, las pruebas relativas a los diferentes efectos del G12 específica o variantes G13 es escasa . Hay un número considerable de los posibles cambios de nucleótidos en G12 y 13 resultantes en diferentes mutaciones, y cada uno de estos pueden producir alteración de la actividad aguas abajo. Un estudio realizado en 2001 por Andreyev et al [30] encontró que en el cáncer colorrectal, de todos los codones 12 y 13 mutaciones, solamente a GGT GTT transversiones, lo que resulta en G12V, se asocia con una peor supervivencia. Por el contrario, en el cáncer de páncreas, que tiene la más alta incidencia de
KRAS mutaciones
de cualquier tipo de cáncer, 2 pequeños estudios [31,32] mostró evidencia de que los pacientes con G12V (GTT) mutaciones tienen una mayor supervivencia mediana y los que tienen G12D (GAT) tienen más corto. Un hallazgo reciente e intrigante por Garassino et al [33], mostró en las líneas celulares de NSCLC, que el mutante G12D había aumento de la sensibilidad a sorafenib (a
MAP
inhibidor de la vía de quinasa) en comparación con G12V y G12C, lo que sugiere que las diferencias a nivel de nucleótidos pueden tener implicaciones clínicas.
sin embargo, Ogino et al [28], en el estudio de
KRAS
mutaciones en el ensayo CALGB 89803, no encontraron ningún efecto significativo sobre la supervivencia o la progresión de la enfermedad
KRAS mutantes
pacientes con cáncer colorrectal. Excepto por el factor determinante de la eficacia de la lucha contra la
EGFR
anticuerpos monoclonales en el ajuste de la metástasis de
EGFR
tumores que expresan [13],
KRAS
mutaciones parecen tener . ningún efecto sobre el resultado
el cáncer colorrectal se considera generalmente para pasar de adenoma a carcinoma, con
APC
y
KRAS
mutaciones que ocurren temprano [34];
APC
mutaciones en el epitelio normal y
KRAS
algún lugar a lo largo de la transición de pequeño a mediano tamaño adenoma [34].
TP53
mutaciones son eventos finales. Tenemos 7 pacientes cada uno con más de 3 mutaciones (Figura 3), y cuando nos fijamos en estos 7 muestras, podemos ver claramente la evidencia de la vía generalmente aceptada de la progresión del cáncer colorrectal:
APC
, como el primer evento, se encuentra en 5/7;
KRAS
, un evento más tarde, en 6/7; y
TP53
, el último paso de un carcinoma, se encuentra en la mitad de las muestras.
aquí representados son los genes mutados en las 7 muestras de pacientes que cada uno tiene cuatro o más mutaciones. A, W y B representan los tumores de Asia, Negro o tumores blancos, respectivamente
Nos pareció que las tasas de mutación de oncogenes que estar en las frecuencias esperadas [16].; Sin embargo en los genes supresores de tumores, nuestras frecuencias eran considerablemente inferiores a lo que se espera. Esta es una limitación de la plataforma OncoMap en que los ensayos de TI para mutaciones conocidas y, mientras que las mutaciones en oncogenes tienden a ocurrir en los mismos lugares, las mutaciones en los supresores de tumores ocurren más al azar en todo el gen. secuenciación de próxima generación será capaz de superar la mayoría de las deficiencias inherentes a OncoMap
.
variaciones genómicas no incluidos en OncoMap todavía puede explicar algunas de las diferencias en los grupos de pacientes, por ejemplo, las mutaciones en regiones no cubiertas por OncoMap , número de copias o la expresión génica, las alteraciones o modificaciones epigenéticas. Las investigaciones futuras deberían centrarse en un conjunto más amplio de alteraciones genómicas, y la integración de estos datos con las pruebas de MSI y /o evaluación de CIMP en estudios cuidadosamente controlados con extensas anotaciones del paciente, donde la estadificación, el diagnóstico y el tratamiento son iguales
.
resumen, hemos identificado diferencias en la frecuencia de mutación somática de los genes del cáncer conocidos en el cáncer colorrectal de Asia, los pacientes en Blanco y Negro. Estos datos están a favor de la utilización de un enfoque de la medicina genómica precisión impulsadas con el fin de dilucidar los diferentes determinantes ancestrales albergadas por las poblaciones de pacientes y, por tanto, para tratar con mayor precisión y eficacia el cáncer colorrectal.
Reconocimientos
agradecemos a Donna Neuberg en el Dana-Farber Departamento de Bioestadística Cancer Institute por su experiencia y consejo con respecto a la metodología estadística.