Extracto
Los estudios epidemiológicos muestran que aproximadamente el 20-30% de los fumadores crónicos desarrollan la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC), mientras que el 10-15% desarrollan cáncer de pulmón. EPOC preexiste cáncer de pulmón en el 50-90% de los casos y tiene una heredabilidad de 40-77%, mucho mayor que para el cáncer de pulmón con heredabilidad de 15-25%. Estos datos sugieren que los fumadores susceptibles a la EPOC también pueden ser susceptibles al cáncer de pulmón. Este estudio examina la asociación de varios loci cromosómicos superpuestas, implicado recientemente por estudios de asociación en la EPOC, la función pulmonar y el cáncer de pulmón, en (n = 1400) somete sub-phenotyped la presencia de EPOC y emparejados por exposición al tabaco. El uso de este enfoque se muestra; el locus 15q25 confiere susceptibilidad al cáncer de pulmón y la EPOC, la 4q31 y 4q22 loci tanto conferir un riesgo reducido tanto la EPOC y cáncer de pulmón, el locus 6p21 confiere susceptibilidad al cáncer de pulmón en los fumadores con pre-existente EPOC, la 5p15 y 1q23 loci tanto conferir susceptibilidad al cáncer de pulmón en los pacientes con EPOC sin preexistente. También se muestra el locus 5q33, previamente asociado con una reducción del FEV
1, parece conferir susceptibilidad a ambos EPOC y cáncer de pulmón. El locus 6p21 previamente vinculado a la reducción del FEV
1 se asocia sólo con EPOC. Se necesitan estudios más amplios para distinguir si estos efectos relacionados con la EPOC pueden reflejar, en parte, las asociaciones específicas de diferente histología del cáncer de pulmón. Se demuestra que cuando los "genotipos de riesgo" derivadas del análisis univariante se incorporan en un algoritmo con variables clínicas, independientemente asociados con el cáncer de pulmón en el análisis multivariante, la discriminación modesta disponible en el análisis de la curva operador receptor (AUC = 0,70). Sugerimos que la susceptibilidad genética al cáncer de pulmón incluyen genes que confieren susceptibilidad a la EPOC y que sub-fenotipificación con la espirometría es fundamental para la identificación de genes implicados en la aparición de cáncer de pulmón
Visto:. Joven RP, Hopkins RJ, Whittington CF, Hay BA, Epton MJ, GD Gamble (2011) efectos individuales y acumulados de GWAS loci de susceptibilidad en el cáncer de pulmón: Asociaciones después de Sub-Fenotipificación para la EPOC. PLoS ONE 6 (2): e16476. doi: 10.1371 /journal.pone.0016476
Editor: Amanda Toland, Ohio State University Medical Center, Estados Unidos de América
Recibido: 31 de julio de 2010; Aceptado 30 de diciembre de 2010; Publicado: 3 Febrero 2011
Derechos de Autor © 2011 Young et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este proyecto fue financiado conjuntamente por una subvención de HRC y Synergenz BioScience Ltd. los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:. Dr. Robert Young es asesor científico de Synergenz BioScience Ltd, que ayudó con la financiación de este proyecto. Esto no altera la adhesión de los autores a todas las políticas de PLoS ONE en los datos y materiales de uso compartido.
Introducción
cáncer
pulmón y enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC) son dos enfermedades pulmonares que resultan de los efectos combinados de exposición de fumar y la susceptibilidad genética [1], [2]. Los estudios epidemiológicos muestran que, aunque representa la exposición al humo del tabaco casi el 90% de los casos, sólo el 10-15% de los fumadores desarrollan cáncer de pulmón mientras que el 20% -30% desarrollan EPOC [3] - [5]. Los factores genéticos podrían explicar estas observaciones como la heredabilidad de cáncer de pulmón y la reducción de FEV
1 (volumen espiratorio forzado en un segundo que define EPOC) se estima en un 15-25% y 40-77%, respectivamente [6], [7] . La presencia de la EPOC, una enfermedad caracterizada por la limitación del flujo de aire secundario a la remodelación pulmonar (enfisema y fibrosis pequeña vías respiratorias), confiere un aumento del riesgo 4-6 veces mayor de cáncer de pulmón en comparación con los fumadores (a) con la función pulmonar normal [8] o (B ) reclutados al azar de la comunidad [9]. Los estudios también muestran que la distribución de FEV
1 es bi-modal en los fumadores empedernidos y unimodal en los fumadores ligeros, apoyando una base genética de la EPOC y la remodelación pulmonar (FEV
1) respuesta a la exposición crónica de fumar [ ,,,0],10] - [12]. Es importante destacar que la EPOC, entre el 50-90% de los pacientes con cáncer de pulmón tienen pre-existente, comparado con el 15% en los controles de fumar basados en la comunidad seleccionados al azar [8], [13] - [15]. Esto significa que el cáncer de pulmón no es sólo una "enfermedad compleja" desde un punto de vista genético, sino que también es un fenotipo mixto que incluye la EPOC como una sub-fenotipo. La pregunta que surge entonces es "¿Son los efectos genéticos que subyacen a la EPOC también es importante en la susceptibilidad al cáncer de pulmón?"
reciente asociación de genoma completo (GWA) estudios en cáncer de pulmón, EPOC y la función pulmonar (FEV
1) han informado de asociaciones significativas en varios loci cromosómicos [16] - [23]. Curiosamente, varios de estos loci (y genes candidatos implicados) son comunes a ambos EPOC y cáncer de pulmón, lo que sugiere la posibilidad de que comparte vías patogénicas puede ser la base susceptibilidad a estas enfermedades (Tabla 1). Los hallazgos epidemiológicos y genéticos anteriores sugieren que el cáncer de pulmón y la EPOC no son enfermedades discretas relacionadas sólo a través de la exposición de fumar, pero que muchos de los fumadores que son susceptibles a la COPD también podrían ser susceptibles al cáncer de pulmón [8] [12], [24, ] - [28]. Dicha sugerencia fue hecha por el Dr. Tom Petty hace 5 años [24] y recientemente revisado por Punturieri et al. [29]. Dada la aparente superposición de loci de susceptibilidad, parece plausible que algunos de los factores genéticos implicados en la EPOC también puede ser relevante en el cáncer de pulmón [24] - [29]. Esto es análogo a las vías relacionadas entre subyacentes obesidad y diabetes tipo 2, donde la FTO (masa grasa y la obesidad asociada) gen ha sido implicado en ambas enfermedades [30]. En este contexto IMC es el biomarcador fisiológico utilizado para definir la sub-fenotipo de la obesidad tal como FEV
1 define la EPOC. La pregunta que surge entonces es "Teniendo en cuenta la posible superposición en la susceptibilidad genética entre la EPOC y el cáncer de pulmón, ¿hay un diseño de estudio alternativa a los enfoques actuales que puedan identificar mejor los genes de susceptibilidad de cáncer de pulmón?"
La observaciones anteriores sugieren que un modelo genético alternativa a los estudios de casos y controles actuales podrían ser utilizados para el descubrimiento de genes de la enfermedad en el cáncer de pulmón [31]. Este modelo sería diferente de la utilizada en los recientes estudios de casos y controles de GWA [17] - [19], donde los efectos genéticos son explorados en los casos de cáncer de pulmón y tabaco controles con el desconocido, pero probablemente diferentes, la prevalencia de la EPOC [26], [ ,,,0],27], [32], [33]. Con respecto a esto último, la posibilidad de que la co-existentes EPOC en los casos de cáncer de pulmón podría introducir un efecto interactivo o de confusión en los estudios de asociación de cáncer de pulmón se ha planteado [26], [34]. Para comprender mejor la compleja relación entre la EPOC y el cáncer de pulmón, los fumadores en ambos casos y controles emparejados serían idealmente para fumar y la exposición sub-phenotyped para la EPOC mediante espirometría. las pruebas de la función pulmonar es necesario definir este fenotipo que la EPOC es de comienzo insidioso y, debido a una infrautilización extensiva de la espirometría, sub-diagnosticada en el 50-80% de los casos [9], [33]. Sub-fenotipificación para la EPOC sería entonces definir tres cohortes de fumadores, aquellos con función pulmonar normal (controles "resistentes"), aquellos con EPOC y aquellos con cáncer de pulmón sub-phenotyped para coexistente EPOC. El uso de un enfoque de este tipo, los autores han demostrado que el locus del cromosoma 15q25, originalmente asociado con el cáncer de pulmón en estudios de asociación [17] - [19], está también asociada con COPD [26]. Esta observación ha sido replicado posteriormente, tanto en los estudios de genes candidatos [35] GWA [20] y. Utilizando este mismo enfoque, los autores también han demostrado que el locus del cromosoma 4q31, asociado con un riesgo reducido de la EPOC [21] - [23]., También se asocia independientemente con un riesgo reducido de cáncer de pulmón [28]
El cáncer de pulmón, función pulmonar y estudios de asociación con EPOC han identificado hasta la fecha al menos nueve regiones cromosómicas y once genes candidatos (Tabla 1) que parecen estar asociados con la EPOC, la función pulmonar y /o cáncer de pulmón (1q23 [16], 4q22 [23], 4q24 [22], [23], 4q31 [17], [20] - [23], 5p15 [17], [18], 5q33 [22], [23], 6p21 [17] - [19], [22], [23] y 15q25 [17] - [21]). Surge la pregunta: "¿Cómo estos loci afectan la susceptibilidad al cáncer de pulmón después de la sub-fenotipificación para la EPOC y pueden ser combinados para definir un alto fumador riesgo?" Con esta pregunta en mente, hemos utilizado el enfoque sub-fenotipificación se ha descrito anteriormente para examinar el individuo y el efecto acumulativo de loci GWA identificado recientemente implicado tanto en la EPOC (función pulmonar) [20] - [23] y el cáncer de pulmón [1], [17] - [19] estudios. Usando un algoritmo de un modelo previamente publicado, que incluye la edad, antecedentes familiares de cáncer de pulmón y el diagnóstico previo de EPOC [27], [32], se combinaron los genotipos tanto susceptibles y protección de este análisis para obtener y validar un índice de riesgo de susceptibilidad al cáncer de pulmón.
Materiales y Métodos
Los sujetos del estudio
Los sujetos de este estudio se han descrito anteriormente [26]. En resumen, los sujetos eran de ascendencia caucásica basada en la ascendencia de sus abuelos (los cuatro abuelos de ascendencia caucásica). cáncer y EPOC casos pulmonares fueron reclutados de una clínica hospital terciario entre 2000 y 2007 en Auckland, mientras que los controles sanos fumadores fueron reclutados de la misma comunidad después de ser voluntario para el cribado de la espirometría. Los criterios de inclusión fueron ascendencia caucásica (véase más arriba), con 40 años o más y la historia de tabaquismo pasado (véase más adelante), mientras que aquellos que no puedan realizar adecuadamente la espirometría fueron excluidos (aproximada tasa de fracaso del 5% en cada grupo). Todos los participantes dieron su consentimiento informado por escrito, y se les realizó toma de muestras de sangre para la extracción de ADN, la espirometría pre-broncodilatador y un cuestionario investigador-administrado. La espirometría se realizó con un espirómetro portátil (Easy-One ™; ndd Medizintechnik AG, Zurich, Suiza). La función pulmonar se ajustaba a las normas de la American Thoracic Society (ATS) para la reproducibilidad (http://www.thoracic.org/statements/), con el valor más alto de los tres mejores golpes aceptables utilizados para la clasificación del estado EPOC. EPOC se define de acuerdo con la Iniciativa Global para enfermedades obstructivas pulmonares crónicas (ORO) Etapa 2 o más criterios (FEV1 /FVC & lt; 70% y FEV1% del valor de ≤80%) utilizando mediciones espirométricas pre-broncodilatador [www.goldcopd.com]. Un cuestionario respiratorio ATS modificada (http://www.thoracic.org/statements/se utilizó el cual recoge datos demográficos como la edad, el sexo, la historia clínica, antecedentes familiares de enfermedad pulmonar, historia de exposición al tabaco activo y pasivo, síntomas respiratorios y ocupacional exposiciones aero-contaminantes
cohorte de cáncer de pulmón
los sujetos con cáncer de pulmón fueron reclutados de una clínica hospital terciario [26], con edades entre & gt;.. 40 años y el diagnóstico confirmado a través de muestras histológicas o citológicas . en el 95% de los casos no fumadores con cáncer de pulmón fueron excluidos de los únicos casos de cáncer de pulmón primario del estudio y con el siguiente diagnóstico patológico se incluyeron: adenocarcinoma, carcinoma de células escamosas, cáncer de células pequeñas y el cáncer de células no pequeñas (células generalmente grandes o subtipos broncoalveolar). medición de la función pulmonar (pre-broncodilatador) se llevó a cabo dentro de los 3 meses del diagnóstico de cáncer de pulmón, antes de la cirugía y en ausencia de los derrames pleurales o colapso pulmonar en las radiografías simples de tórax [8]. Para los casos de cáncer de pulmón que ya se habían sometido a la cirugía, la función pulmonar preoperatoria realizada por el Laboratorio de Función Pulmonar del hospital se obtuvo de los registros médicos.
EPOC cohorte.
Los sujetos con EPOC fueron identificados a través del hospital clínicas especializadas como se describe anteriormente [26]. Los sujetos reclutados en el estudio tenían entre 40-80 años, con una historia de tabaquismo mínimo de 20 paquetes-años y la EPOC confirmada por un especialista respiratorio basado en criterios espirométricos pre-broncodilatador (estadio GOLD 2 o más).
cohorte de control
control de los sujetos fueron reclutados en base a los siguientes criterios:. 40-80 años de edad y con un historial de tabaquismo mínimo de 20 paquetes-años. Control de los sujetos eran voluntarios que fueron reclutados de la misma zona de captación de pacientes (zona residencial) como los que sirven las clínicas de los hospitales de cáncer de pulmón y EPOC a través de (a) un anuncio de postal de la Comunidad o (b) para asistir /clubes de efectivos militares retirados basados en la comunidad . Los controles con EPOC, con base en la espirometría pre-broncodilatador (GOLD etapa 1 o más), que constituían el 35% de los voluntarios fumadores, se excluyeron del análisis adicional.
El estudio fue aprobado por el Comité de Ética Centro Multi ( nueva Zelanda).
diseño del estudio
los transversal del estudio de casos y controles en comparación presentes los fumadores de la misma etnia comparables con las variables demográficas (edad, sexo específicamente fumar y la historia). Los controles en el presente estudio fueron cuidadosamente escogidos para representar mejor la mayoría de los fumadores que han mantenido una función pulmonar normal o casi normal a pesar de décadas de fumar ( "fumador resistente"), como se muestra por muchos estudios [4], [5], [ ,,,0],10] - [12]. En consecuencia, el grupo de fumadores resistentes refleja mejor aquellos fumadores con menos probabilidades de desarrollar cáncer de pulmón o la EPOC, reduciendo así al mínimo los errores de clasificación fenotipo y la mejora de la potencia para detectar diferencias entre los fumadores afectados y no afectados [36]. Tenemos la hipótesis de que las asociaciones de SNP podrían identificar efectos protectores o susceptibilidad a uno o una combinación de EPOC única (G1), EPOC y cáncer de pulmón (G2), sólo el cáncer de pulmón (G3) o no la enfermedad (G0) (véase la Figura 1).
Genotipado
ADN genómico fue extraído de muestras de sangre entera utilizando métodos basados en el estándar de la sal y el ADN genómico purificado se dividió en alícuotas (10 ng · l
-1 concentración) en 96- así o placas de 384 pocillos. Las muestras fueron genotipo utilizando el sistema de Sequenom ™ (Sequenom ™ Autoflex Espectrómetro de Masas y Samsung nanodispenser 24 pines) por la Australian Genome Research Facility (www.agrf.com.au) o por nuestro laboratorio de la universidad usando ensayos de genotipificación de SNP Taqman® (Applied Biosystems , EE.UU.) utilizando sondas ranura para encuadernación con menores. Las secuencias de Sequenom ™ fueron diseñados en casa por AGRF con amplificación y separación métodos (IPLEX ™, www.sequenom.com) como se describe anteriormente [26], [27], [32]. ensayos de genotipificación Taqman® SNP se llevaron a cabo en placas de 384 pocillos de acuerdo con las instrucciones del fabricante. PCR se realizó en el ciclismo tanto GeneAmp® PCR System 9700 y 7900HT Fast sistema de PCR en tiempo real (Applied Biosystems, EE.UU.) dispositivos. cebadores SNP fueron diseñadas por Applied Biosystems. gráficas de amplificación en tiempo real de las placas seleccionadas se utilizaron para verificar la discriminación alélica de punto final para establecer la fiabilidad de la base de genotipos Taqman.
El presente estudio investigó las frecuencias genotípicas de 11 SNPs. El SNP rs16969968, situado dentro del receptor nicotínico de acetilcolina (nAChR) gen en 15q25, el SNP rs1052486, situada dentro de la transcripción asociada a HLA-B (BAT3) de genes en 6p21, y el SNP rs402710, situado dentro del cisplatino resistencia regulada gen 9 (CRR9) de genes en 5p15, se genotipo utilizando el sistema de Sequenom ™, mientras que los ocho restantes SNPs, el SNP rs7671167, situadas dentro de la familia con 13 similitud de secuencias (FAM13A) de genes en 4q22, el SNP rs1489759, situado cerca del erizo-interactuando proteínas (Hhip) de genes en 4q31, el SNP rs2202507, situado cerca del gen glicoforina a (GYPA) en 4q31, el SNP rs2808630, situado cerca del gen de la proteína C-reactiva (CRP) en 1q21, el SNP rs10516526, situado dentro del glutatión dominio S-transferasa terminal C (GSTCD) de genes en 4q42, el SNP rs1422795, situada dentro de la desintegrina a y el gen de la metaloproteasa 19 (ADAM19) en 5q33, el SNP rs2070600, situada dentro del receptor de glicación avanzada productos finales (AGER) gen en 6p21, y el SNP rs11155242, situada dentro de la proteína G-receptor 126 gen (GPR126) en 6q24, se genotipo mediante ensayos de genotipado de SNP Taqman®. muestras fallidas se repitieron hasta que se alcanzaron tasas de llamadas de ≥95% para cada SNP en cada cohorte. Genotipo frecuencias para cada SNP se compararon entre los 3 grupos primarios (los fumadores de control, EPOC y cáncer de pulmón cohortes) y con sub-fenotipo de la cohorte de cáncer de pulmón, según la presencia o ausencia de la EPOC sobre la base de criterios GOLD 2.
Algoritmo y la susceptibilidad puntuación
el efecto acumulativo de estos genotipos SNP identificados como susceptibles (odds ratio, OR & gt; 1) o de protección (o & lt; 1), sobre la base de distorsiones significativas en la frecuencia (P & lt; 0,05) entre el casos o sub-fenotipos y los fumadores de control, se examinó utilizando un algoritmo publicado previamente [27], [32]. Sólo el cáncer de pulmón y cohortes fumador de control se utilizaron para este análisis. En este algoritmo, para cada sujeto, se le asignó un valor numérico de -1 para cada uno de los genotipos protectores presentes entre los SNPs de protección y 1 para cada uno de los genotipos susceptibles presentes. Cuando un individuo no tenía ni el genotipo de protección o de susceptibilidad para que SNP, la puntuación de 0 (es decir, no contribuyeron a la puntuación genética). Este enfoque es coherente con un estudio recientemente publicado en el cáncer de próstata [37]. Como se ha descrito anteriormente [27], [32], la ponderación de la presencia de genotipos susceptibles o de protección específicas en función de sus odds ratios individuales (OR; a partir de regresión univariante) no mejoró significativamente el rendimiento discriminatorio de la puntuación acumulada SNP (datos no publicados).
El enfoque algorítmico utilizado aquí involucrados derivar una "puntuación de susceptibilidad" global para cada sujeto (de las cohortes de control y cáncer de pulmón) mediante la combinación de los datos genéticos (puntuaciones acumulativas SNP) y las variables clínicas, identificado en un análisis multivariado como descrito anteriormente [27], [32]. Las variables clínicas (y puntuación) fueron la edad & gt; 60 años de edad (4), antecedentes familiares de cáncer de pulmón (3) y el diagnóstico antes de la EPOC (4) [32]. Mediante el uso de logística multivariante y el análisis de regresión paso a paso, el panel 9-SNP fue examinado en combinación con las variables clínicas pre-estipulado anteriormente. Como la exposición fumar (paquete-años) era un criterio de selección para este estudio, y comparable entre los casos y controles, que no estaba incluido en el sistema de puntuación descrito aquí. La puntuación de susceptibilidad al cáncer de pulmón (para las cohortes de control y el cáncer de pulmón) se representó con (
a
) la frecuencia de cáncer de pulmón y (
b
) el riesgo absoluto flotante (FAR, equivalente a O) en toda la cohorte combinada fumador /exfumador [38], [39]. Se adoptó el enfoque mucho ya que utiliza un "flotando" varianza en todas las categorías de riesgo policotómico en lugar de elegir el nivel referente y permite intervalos de confianza que se presentarán para todas las categorías de riesgo.
Análisis
Paciente características de los casos y los controles se compararon mediante ANOVA para las variables continuas y la prueba de Chi-cuadrado para las variables discretas (Mantel-Haenszel, odds ratio (OR)). Genotipo y el alelo frecuencias fueron revisados para cada SNP de Hardy-Weinberg (HWE). mezcla de población en las cohortes se realizó mediante análisis de la estructura de datos de genotipificación de SNP 40 no relacionadas [40]. Las distorsiones en las frecuencias alélicas y genotípicas se identificaron mediante la comparación de cáncer de pulmón (sub-phenotyped por EPOC) y /o los casos de EPOC con controles fumadores "resistentes" utilizando de dos en dos tablas de contingencia. Tanto el aditivo (alélica) y modelos genéticos basado genotipo fueron probados aunque se prefiere este último [41]. Corrección para comparaciones múltiples no se realizó como se seleccionaron los SNPs "a priori" de los estudios de asociación. SNPs no se incluyeron en el modelo de riesgo combinado sobre la base de la significación estadística se muestra aquí, pero se incluyeron porque fueron identificados por los estudios de asociación a ser altamente asociados significativamente con el cáncer de pulmón. En este sentido, este estudio fue el suficiente poder estadístico para permitir un pequeño grado de discriminación entre los casos y controles que ser demostrada para el modelo global resultante en lugar de los SNPs. Con al menos 450 casos y 450 controles de este estudio alcanza un 80% de probabilidad de detectar un área bajo la curva ROC de 0,55 usando una prueba z de dos caras en el nivel de significación del 5%, es decir, se puede concluir que la curva ROC para el SNP modelo ofrece la oportunidad mejor que la asociación cuando el área bajo la curva de características operativas del receptor es al menos 0,55 (Hintze, J (2006) PASS 2002 WWW.NCSS.COM)
Genotipo datos (panel 9-SNP) y las variables clínicas se combinaron en una regresión logística paso a paso para evaluar sus efectos relativos en bajo y alto riesgo de discriminación (por estimación puntual y curva de eficacia diagnóstica (ROC)) por quintiles de puntuación. La distribución de frecuencias de la puntuación de susceptibilidad al cáncer de pulmón se comparó en todos los casos y los controles. Su utilidad clínica se evaluó mediante análisis ROC, que evalúa qué tan bien el modelo predice el riesgo a través de la puntuación (es decir, el rendimiento clínico de la puntuación con respecto a la sensibilidad y la especificidad).
Resultados
Demografía las variables
las características de los casos de cáncer de pulmón, los casos de EPOC y los fumadores sanos de control se resumen en la Tabla 2. las variables demográficas y subtipos histológicos de los casos de cáncer de pulmón son comparables con los datos publicados previamente [42]. La puesta en escena el momento del diagnóstico fue también comparable a esta serie publicado (datos no mostrados) lo que sugiere la cohorte de cáncer de pulmón es representativo. Los casos de EPOC tienen mayor exposición paquete de años que los casos de cáncer de pulmón y los fumadores sanos de control (P & lt; 0,05). Esto refleja los valores atípicos con historias altas de tabaquismo en la cohorte EPOC que después de la transformación logarítmica de los paquetes-año mostró todos los grupos fueron comparables (datos no mostrados). Todos los grupos son comparables en cuanto a edad empezó a fumar, ahumados años, años que dejar de fumar y cigarrillos /día (Tabla 2). En general, creemos que los tres grupos se corresponden para la exposición de fumar. Observamos una menor frecuencia de fumadores actuales en el cáncer de pulmón y EPOC cohortes, en comparación con los fumadores sanos (35% vs 40% vs 48%, respectivamente) lo que puede reflejar un efecto desde su diagnóstico relacionado con el tabaquismo. tabaquismo actual no tuvo ningún efecto sobre la función pulmonar en el grupo de casos de cáncer de pulmón. Los casos de cáncer de pulmón, los casos de EPOC y controles fumadores eran también comparables con respecto a otras exposiciones aero-contaminantes (Tabla 2). Las personas con cáncer de pulmón tenían una mayor prevalencia de antecedentes familiares de cáncer de pulmón en comparación con los casos de EPOC y los fumadores sanos (19% vs 11% frente al 9%). Como era de esperar, la función pulmonar fue peor en el cáncer de pulmón y cohortes con EPOC en comparación con los controles de fumadores sanos. Examen de la función pulmonar en los casos de cáncer de pulmón (como se describe más arriba) permitió la estratificación de los resultados de la prueba de un efecto interactivo o de confusión de la EPOC.
genotipificación
Los resultados de genotipado para el 12 SNPs se muestran en la Tabla 3. las frecuencias alélicas y genotípicas fueron comparables a los reportados en la literatura y del Proyecto Internacional HapMap (www.hapmap.org). Los genotipos observados para los dos SNPs 4q31 CHR (Hhip y GYPA) en este estudio fueron 65% concordante, de acuerdo con el grado informado de LD entre estos SNPs. La concordancia para el otro SNPs en "cerrar" la proximidad (BAT3 y AGER en 6p21) mostró muy pobre concordancia como se esperaba. Como todos los SNPs se encuentran en equilibrio de Hardy-Weinberg y amplificación parcelas fueron utilizados para asegurar genotipo llamadas correctas, es poco probable genotipo error significativo. No se encontraron pruebas para la estratificación de la población entre las cohortes utilizando 40 SNPs no ligados de genes no relacionados (media χ
2 = 3,3; p = 0,58) [40]. Sobre la base de las distorsiones en la frecuencia del genotipo entre los 3 grupos, genotipos de riesgo fueron asignados como la protección general que confiere o susceptibilidad a la EPOC y /o cáncer de pulmón según la figura 1.
asociaciones de genotipo de acuerdo a la sub-fenotipificación de EPOC (Tabla 3)
Los resultados a continuación describen asociaciones de SNP individuales entre los fumadores resistentes y aquellos con EPOC o cáncer de pulmón (total y subdividido por co-existente EPOC). No se encontraron efectos de género, la altura o la condición de fumador (corriente vs antiguo) en cualquiera de estas asociaciones. Una relación entre las variantes SNP y la función pulmonar se encontró sólo para rs 16969968 en los casos de cáncer de pulmón según lo publicado previamente (26), pero no para las otras variantes SNP (datos no publicados). Los números fueron considerados demasiado pequeños para mirar el cáncer de pulmón dividieron en subgrupos según la histología. Los resultados del genotipo más abajo se resumen en la Tabla 3.
rs16969968, 15q25 (CHRNA 3/5).
Como se informó anteriormente [26], en comparación con los controles del genotipo AA se encuentra con mayor frecuencia en los casos de cáncer de pulmón (N = 454, 16% frente al 9%, OR = 1,76, p = 0,005) casos de EPOC (N = 458, 14% frente al 9%, OR = 1,47, p = 0,06) y para todos los casos de EPOC (GOLD 2 +) con o sin cáncer de pulmón (N = 706, 16% vs 9%, OR = 1,76, P = 0,002). Más importante aún, cuando los casos de cáncer de pulmón fueron sub-phenotyped en aquellos con y sin EPOC (criterios GOLD + 2, n = 429), la frecuencia del genotipo AA fue muy diferente: el 19% (frente al 9% en los controles, OR = 2,26, P = 0,002) y 11% (vs 9% en los controles, OR = 1,15, P = 0,64), respectivamente (Tabla 3). Sobre la base de los datos hasta la fecha, el genotipo AA del SNP CHRNA 3/5 más probable es que confiere susceptibilidad a ambos cáncer de pulmón y EPOC (G2 en la Figura 1 y Tabla 4).
Rs7671167, 4q22 ( FAM13A).
de acuerdo con estudios anteriores, el genotipo CC se encuentra con mayor frecuencia en los sujetos control en comparación con aquellos con EPOC (N = 458, 30% frente a 23%, OR = 0,71, p = 0,024) ( 63), cáncer de pulmón (N = 454, OR = 0,64, P = 0,003) (Tabla 3) de cáncer de pulmón con casos de EPOC excluidos (N = 207, OR = 0,58, P = 0,006) y el cáncer de pulmón con EPOC (N = 215 , OR = 0,66, p = 0,03). No se encontró asociación con la función pulmonar entre los casos de cáncer de pulmón. El genotipo CC del FAM13A SNP parece conferir protección contra la EPOC y el cáncer de pulmón (G0 en la Figura 1 y Tabla 4).
Rs1052486, 6p21 (BAT3).
El genotipo GG se 23% en el grupo control en comparación con 26% en el grupo de cáncer de pulmón (N = 454, OR = 1,19, P = 0,25) y 21% en el grupo EPOC (N = 458, OR = 0,88, P = 0,44) (Tabla 4). En comparación con los controles, el genotipo GG fue significativamente mayor en los pacientes con cáncer de pulmón y la EPOC (N = 215) (23% vs 31%, OR = 1,50, P = 0,03) pero no es diferente en el cáncer de pulmón único subgrupo (N = 207 ) (23% vs 21%, OR = 0,89, p = 0,57). El genotipo GG fue significativamente mayor en el cáncer de pulmón con el grupo EPOC que el cáncer de pulmón único grupo (31% vs 21%, OR = 1,68, P = 0,02). El genotipo GG del BAT3 SNP parece conferir susceptibilidad para el cáncer de pulmón en los pacientes con EPOC (G2 en la Tabla 4).
Rs402710, 5p15 (CRR9 /de TERT).
No se encontraron diferencias en la frecuencia de genotipo GG en los controles y los casos de EPOC (44% vs 44%, OR = 0,97, p = 0,83) o los casos de cáncer de pulmón (44% vs 47%, OR = 1,10, P = 0,45) (Tabla 4). En comparación con los controles, el genotipo GG fue significativamente mayor en sólo los casos de cáncer de pulmón (N = 207, 44% vs 53%, OR = 1,40, P = 0,05) pero no en los casos de cáncer de pulmón con EPOC (44% vs 42%, OR = 0,90, P = 0,54) (Tabla 4). El genotipo GG es significativamente mayor en el cáncer de pulmón sólo a los pacientes en comparación con el grupo de cáncer de pulmón con EPOC (53% vs 42%, OR = 1,54, P = 0,03). El genotipo GG de la CRR9 (terc) SNP parece conferir susceptibilidad para el cáncer de pulmón solamente (G3 en la Figura 1 y la Tabla 4).
Rs1489759 y rs2202507, 4q31 (Hhip y GYPA respectivamente).
el genotipo GG de los Hhip (rs 1489759) SNP se encontró que era más frecuente en el grupo de control en comparación con EPOC (17% vs 11%, OR = 0,59, P = 0,006) y el cáncer de pulmón (17% vs 13% , OR = 0,70, grupos p = 0,05) (Tabla 4). Del mismo modo, el correspondiente (menor) CC genotipo de los GYPA (rs 2202507) SNP era más frecuente en el grupo de los fumadores resistentes en comparación con aquellos con EPOC (27% vs 19%, OR = 0,65, P = 0,06) y el cáncer de pulmón (27 % frente a 21%, OR = 0,70, p = 0,02) grupos (Tabla 4). Cuando los casos de cáncer de pulmón fueron estratificados por los datos espirométricos disponibles (n = 419 yn = 416 para Hhip y genotipado GYPA, respectivamente), en aquellos con y sin EPOC (criterios GOLD + 2), la distribución de los homocigotos del alelo menor para ambos SNPs no cambia significativamente. Los tamaños del efecto de los homocigotos del alelo menor en estas sub-análisis siguen siendo los mismos, aunque los valores de p se degradan debido a los tamaños de muestra más pequeños. Cuando la agrupación de todos los sujetos con COPD (la combinación de la EPOC y el cáncer de pulmón con grupos de EPOC, N = 670), el efecto protector fue casi idéntica a la del uso de la cohorte EPOC sola (OR = 0,60, P = 0,003 y O 0,66, P = 0,004 para la Hhip y GYPA, respectivamente). Los homocigotos para el alelo de menor importancia para Hhip y GYPA SNPs (GG y CC, respectivamente) parecen conferir protección tanto contra el cáncer de pulmón y la EPOC (G0 en la Figura 1 y Tabla 4).
Rs1422795, 5q33, (ADAM19).
En comparación con los controles, la frecuencia del genotipo CC fue casos de cáncer de pulmón casos de EPOC (9% frente a 13% aumentó marginalmente (9% vs 13%, OR = 1,44, p = 0,08) y, OR 1,47; P = 0,07) grupos (Tabla 3). Cuando los casos de cáncer de pulmón se dividieron de acuerdo con EPOC el tamaño del efecto sigue siendo el mismo aunque los valores de p fueron degradadas debido a los números más pequeños (cáncer de pulmón con EPOC 13%, OR = 1,51, P = 0,10 y cáncer de pulmón sin EPOC 13%, OR = 1.40, P = 0.20). Cuando la frecuencia del genotipo CC de los controles se compara con aquellos con EPOC y cáncer de pulmón con EPOC (9% vs 13%, OR = 1,45, P = 0,05) de la cohorte más amplia identifica un aumento significativo en el genotipo CC en aquellos con la EPOC fenotipo. El genotipo CC es probable que esté asociado con la susceptibilidad a la modesta tanto EPOC y cáncer de pulmón (G2 en la figura 1 y en la Tabla 4).
Rs2070600, 6q21 (AGER).
comparación con los controles, la frecuencia del genotipo TT /TC fue significativamente menor en los pacientes con EPOC (10% vs 15%, OR = 0,60, P = 0,01), pero no en el cáncer de pulmón (13% vs 15% en los controles, OR = 0,87, P = 0,87). los casos de cáncer de pulmón sub-agrupación según fenotipo EPOC no se identificaron otras asociaciones. Los genotipos TT /TC de la AGER SNP parecían conferir un efecto protector para la EPOC (G1 en la Figura 1 y Tabla 4).
Rs2808630, 1q23 (CRP).
ompared con los controles, el genotipo CC fue un poco menos frecuente en el cáncer de pulmón (11% en 8%, OR = 0,68, P = 0,09) y grupos de EPOC (11% vs 8%, OR = 0,69, P = 0,10), pero significativamente menor en el cáncer de pulmón