Extracto
El cáncer gástrico es uno de los tipos más letales de cáncer y su incidencia varía en todo el mundo, con la región andina de América del Sur que muestra altas tasas de incidencia. Se evaluó la estructura genética de la población de Lima (Perú) y se realizó un estudio de casos y controles asociación genética para probar la contribución de África, Europa o ser de origen nativo americano con el riesgo de cáncer gástrico, controlando por el efecto de los factores no genéticos . Se recogió un amplio conjunto de información socioeconómica, la dieta, y la clínica para cada participante en el estudio y se estimó la ascendencia sobre la base de 103 marcadores informativos ascendencia. A pesar de que la población urbana de Lima se considera generalmente como mestizo (es decir, se mezcló entre los africanos, europeos y americanos nativos), se observó una alta fracción de ascendencia americana nativa (78,4% de los casos y el 74,6% de los controles) y una muy baja ascendencia africana (& lt; 5%). Se determinó que el aumento de ascendencia nativa americana individuo se asocia con el cáncer gástrico, pero los factores socioeconómicos asociados tanto con el cáncer gástrico y cuenta amerindios para esta asociación. Por lo tanto, no parece estar relacionada con la susceptibilidad alelos comunes en esta población de la alta incidencia de cáncer gástrico en Perú. En su lugar, nuestros resultados sugieren un papel predominante para los factores socioeconómicos y las disparidades interétnicas asociado en el acceso a los servicios de salud. Dado que los nativos americanos son un grupo olvidado en los estudios genómicos, se sugiere que la población de Lima y otras ciudades grandes de América del Sur occidental con alto fondo ascendencia nativa americana puede ser blancos convenientes para los estudios epidemiológicos centrados en este grupo étnico.
Visto: Pereira L, R Zamudio, Soares-G Souza, Herrera P, L Cabrera, Hooper CC, et al. (2012) Los factores socioeconómicos y nutricionales de cuenta de la Asociación de Cáncer Gástrico con amerindia linaje en un Latinoamericana de Población de mezclado. PLoS ONE 7 (8): e41200. doi: 10.1371 /journal.pone.0041200
Editor: Zongli Xu, Instituto Nacional de Ciencias de Salud Ambiental, Estados Unidos de América
Recibido: March 1, 2012; Aceptado: 18 Junio 2012; Publicado: 3 Agosto 2012
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Financiación:. Fogarty International Center y el Instituto Nacional del Cáncer (5R01TW007894) financió este estudio. El estudio y sus participantes también recibieron financiación y becas de las siguientes agencias brasileñas: Brasileña Consejo Nacional de Investigación, Ministerio de Educación, Ministerio de Salud (PNPD-Salud Programa), y la Agencia Reaearch Estado de Minas Gerais. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer gástrico es uno de los tipos más letales de cáncer, lo que representa aproximadamente 800.000 muertes por año, pero su incidencia varía considerablemente en todo el mundo [1]. La mayor incidencia de cáncer gástrico se observa en el Este de Asia, Europa del Este y la región andina de América del Sur. De hecho, en la población peruana, el cáncer gástrico ocupa el segundo lugar en incidencia entre los hombres y la tercera entre las mujeres (22,6 y 20 casos por cada 100.000 hombres y mujeres respectivamente), siendo el tipo de cáncer con mayor mortalidad. Comparativamente, la incidencia de cáncer gástrico en Perú es aproximadamente cinco veces mayor que en los Estados Unidos y dos veces la observada en Brasil [1].
Recavarren-Arce et al. y Correa propuso un modelo de progresión para el desarrollo de tipo intestinal adenocarcinoma gástrico, que consisten en una transición de la gastritis superficial a metaplasia a la displasia y finalmente, adenocarcinoma gástrico [2], [3]. Una plétora de factores socio-económicos, ambientales y dietéticos modulan esta progresión y el riesgo individual de desarrollar cáncer gástrico en última instancia. La infección crónica del estómago por la bacteria
Helicobacter pylori
que conduce a la inflamación crónica es un factor de riesgo atribuible [4], aunque menos de 2% de
H. pylori
portadores desarrollan cáncer gástrico [5].
Helicobacter pylori
diversidad también afecta el riesgo de cáncer gástrico huésped, y la presencia de las bacterias factor de virulencia cag + es uno de los factores de riesgo más relevantes. Si bien este factor de virulencia tiene una frecuencia de ~ 60% en las poblaciones de Europa y Estados Unidos, que alcanza más de 90% en la población peruana [6]. Además, mientras que los individuos nativos americanos de poblaciones aisladas son infectados por cepas en su mayoría nativos que se asemejan a las cepas asiáticas, debido al origen asiático Pleistoceno de los nativos americanos, los individuos que viven en los grandes centros urbanos medianos y, aunque puedan tener una predominante ascendencia nativa americana, están infectados por cepas en gran parte de Europa o híbridos traídos a las Américas después de que el siglo 15. Estas cepas nativas cepas habían sustituido en gran medida menos virulentas o vigorosas [7], [8].
La pobreza también se correlaciona con adenocarcinoma gástrico [9], y mientras que el consumo elevado de alimentos y sal procesada o ahumados son factores de riesgo, frecuentes la ingesta de frutas y verduras frescas es de protección [10], [11], [12], [13]. la diversidad genética humana es también relevante [14]. Las diferencias observadas en la incidencia de cáncer gástrico en todo el mundo pueden ser debido a factores ambientales o a la presencia de la susceptibilidad genética variantes que son más frecuentes en poblaciones con alta incidencia de la enfermedad, pero la identificación y la discriminación de estos factores es un reto. A pesar de que las variantes genéticas de susceptibilidad común se han identificado en las poblaciones europeas y chinas por todo el genoma estudios de asociación y el candidato-gen en los genes, como
PLCE
[15],
IL1B
[14],
IL8
[16], [17], [18],
IL1RN
[19], y
PTGS2
[20], estas variantes representan una pequeña porción de la variación genética asociada con el cáncer gástrico esporádica.
Perú, con su alta incidencia de cáncer gástrico, tiene la mayor población de nativos americanos en América del Sur [21] y las grandes ciudades como Lima están pobladas por personas clasificadas como mestizo ( es decir, los individuos con una mezcla de africanos, europeos y americanos nativos). Si existe una base genética humana de la alta incidencia de cáncer gástrico en la región andina, esperamos que la población mezclada de Lima a puerto variantes genéticas que explican este alto índice, y si estas variantes eran más comunes en el fondo genético nativo americano de esta población, sería posible utilizar la estrategia de todo el genoma de la cartografía mezcla de descubrir estas variantes. Los estudios de mapeo mezcla han ayudado recientemente para identificar las variantes asociadas con el cáncer de próstata [22] en las poblaciones afroamericanas, pero este enfoque aún no se ha aplicado plenamente a las poblaciones de América Latina o latinos /hispanos estadounidenses. En este contexto, los objetivos de este de casos y controles estudio de asociación genética son: (i) evaluar la composición étnica y su estructura genética relacionada de pacientes que acuden a los grandes hospitales en Lima; (Ii) para comprobar si el individuo nativo americano, ancestros europeos y africanos son factores de riesgo para el cáncer gástrico, controlando por el efecto de los factores no genéticos (es decir, socioeconómicos, nutricionales y clínica). La información socioeconómica, la dieta, y clínica se recogió por cada participante en el estudio y se estimó la ascendencia basado en 103 marcadores de ascendencia-informativo (AIMS). Se determinó que el aumento de ascendencia nativa americana individuo se asocia con el cáncer gástrico, pero que los factores socioeconómicos asociados tanto con el cáncer gástrico y cuenta el origen étnico de esta asociación. A pesar de la alta incidencia de cáncer gástrico entre los peruanos de ascendencia predominantemente nativos americanos, nuestros resultados no apuntan a una clara base genética de esta discrepancia en la incidencia. Más bien, sugieren un papel predominante para los factores ecológicos y las disparidades socio-económico-étnicos asociados y humanos en el acceso a los servicios de salud.
Resultados
Se reclutaron individuos que asisten Gastroenterología Divisiones y prescrita para una endoscopia en tres grandes hospitales de Lima (Tabla S1). Los casos eran adultos remitidos para endoscopia y cuyas biopsias fueron confirmados positivos para el cáncer gástrico por los análisis histopatológicos. El grupo de control estaba compuesto por individuos cuyas biopsias fueron negativas para el cáncer gástrico. Los individuos con metaplasia intestinal (n = 46) fueron incluidos como controles en el supuesto de que este tipo de metaplasia no aumenta el riesgo de desarrollar cáncer gástrico [23], [24], [25].
Se utilizó un conjunto validado de 103 AIMs [26] para estimar nativo americano, ascendencia individuo europeo y americano nativo para cada uno de los 241 casos de cáncer gástrico y 300 controles reclutados para este estudio. El Análisis de Componentes Principales (PCA, Figura 1) de los genotipos individuales para nuestras muestras de Perú (296 de las cuales los nativos americanos) y para Europa, África, y los individuos mexicanos de HapMap-III muestra que los objetivos discriminar utilizados entre África, Europa, y el peruano poblaciones de nativos americanos de los padres, y que los mexicanos residentes mezclados (en los Ángeles) y los casos y los controles que asisten a hospitales de Lima Perú gástricos se colocan entre los europeos y los nativos americanos. Por otra parte, los casos y los controles gástricos del Perú son relativamente más cerca de las poblaciones parentales americanos nativos peruanos. A pesar de que la población urbana de Lima es considerado como mestizo (es decir, normalmente mezcladas), los grupos estudiados en este documento mostraron un nivel muy alto ascendencia nativa americana (78,4% de los casos y el 74,6% de los controles, la caja en la Figura 1), con una baja ascendencia africana (& lt; 5%, Figura S1). Curiosamente, existe una asociación positiva entre la ascendencia de nativos americanos y el cáncer gástrico (regresión logística, OR = 3,69, IC del 95% de la OR: 1,34 a 10,09, p = 0,011, R2 = 0,016), y en consecuencia una asociación negativa con ascendencia europea .
(cuadro). Cada individuo se genotipo de 103 marcadores informativos ascendencia validados por Yaeger et al. (2008). Nosotros representamos a los primeros (horizontales) y el segundo componentes principales (verticales), que captan el 35,3% y el 7,7% de la varianza total, respectivamente. individuos HapMap: YRI: Yoruba de Nigeria, LWK: Luhya de Kenia, ASW: Afroamericano del suroeste de EE.UU., MKK: Masai de Kenia, CEU: residentes de Utah con ascendencia europea, TSI: Toscani de Italia, MEX: residente de ascendencia mexicana en Los Angeles. Peruana nativa estadounidenses: Shimaa (SHI) y asháninkas (ASH) de la etnia Matsiguenga, y los individuos de Puno en los Andes (PU). La caja dentro de la figura muestra el diagrama de densidad y medios (líneas verticales) de la ascendencia de nativos americanos en los casos de cáncer gástrico (amarillo) y controles (marrón).
Como era de esperar, las variables que son sustitutos de pobreza (bajo nivel de educación, la calidad Inicio características tales como el uso de materiales de baja calidad, la falta de buenos aparatos, y las malas condiciones sanitarias) se asociaron con el cáncer gástrico (Tabla 1). Además, algunos síntomas relacionados digestivos, tales como la quema (p & lt; 0,0001), náuseas (p & lt; 0,0001), vómitos (p & lt; 0,0001), y pesadez (p & lt; 0,0001) fueron más frecuentes en los casos que en los controles, pero estos síntomas son probablemente una consecuencia de la enfermedad (Tabla 1). La variable edad no se distribuye normalmente (p & lt; 0,01, prueba de Kolmogorov-Smirnov), las medianas (y intercuartil desviación) para los controles y los casos fueron 61 (desviación estándar (SD): 21) 65 (DE: 25) y años respectivamente ( p = 0,042, prueba de Mann-Whitney); Por lo tanto, se consideró esta variable como covariable en más análisis de regresión logística.
Hemos sintetizado el amplio conjunto de variables no genéticos recogidos en los casos y controles utilizando un análisis factorial multivariante, para reducir la dimensionalidad de éstos 43 variables no genéticos mediante la captura de la correlación entre ellos (Tabla 1 y Tabla S2). Curiosamente, el primer factor (16.38% de la varianza total) está dominado por las variables socioeconómicas, sino que incluye un subconjunto de variables correlacionadas nutricionales, los valores más elevados del factor correspondiente a condiciones más ricos. El segundo factor (5,95% de la varianza total) incluye subconjuntos de variables socioeconómicas y nutricionales, así como las quejas, como el dolor. El tercer factor (5,26% de la varianza total) está dominado por los síntomas relacionados digestivos. Utilizamos las coordenadas individuales para cada uno de estos tres factores para representar sintéticamente el conjunto original de 43 variables. Tanto el primer factor "socioeconómico" y el segundo factor de se asocian con el cáncer gástrico (OR = 0,68, p = 0,0002 y OR = 0,7, p = 0,0008, respectivamente) y también con la etnicidad (p = 0,02 y p = 0,00003, respectivamente, donde los valores más altos del factor corresponden a las mejores condiciones socioeconómicas). El tercer factor "síntomas digestivos" se asocia con el cáncer gástrico (OR = 2,16, p & lt; 0,0001).
La asociación observada entre la ascendencia de nativos americanos y el cáncer gástrico puede ser debido al efecto de las variables socioeconómicas o nutricionales de confusión asociado tanto con el cáncer gástrico y ascendencia. Es bien sabido que la alta ascendencia nativo americano o africano se asocia con la pobreza en muchas poblaciones de las Américas (ver también [27]). Consistentemente, se observó que la ascendencia nativa americana se asocia con variables que son indicadores de la pobreza (muchos de los cuales también fueron asociados con el cáncer gástrico), así como su primer factor sintético "socioeconómica" del análisis multivariante (tabla 1). Cuando controlamos todas las covariables (es decir, los tres factores del análisis multivariado y edad), la asociación entre el cáncer gástrico y la ascendencia de nativos americanos no persiste (OR = 1,28, IC del 95% de la OR: 0,37 a 4,47; p = 0,69). Del mismo modo, cuando controlamos por separado para el efecto de las condiciones socioeconómicas (el primer factor del análisis multivariante) o la edad, la asociación entre el cáncer gástrico y la ascendencia de nativos americanos también no persiste (OR = CI 2,58, 95% de la OR: 0,83 IC -8,07 para el factor 1 y OR = 1,01, 95% de la O:. 0,99 a 1,02 para la edad)
Discusión
Se realizó un estudio de casos y controles en la población urbana se mezcla de Lima (Perú) y determinó que la ascendencia nativa americana individuo se asocia con el cáncer gástrico. Sin embargo, esta asociación parece ser principalmente debido a la asociación de las variables socioeconómicas tanto con cáncer gástrico y con ascendencia nativa americana. En consonancia, aunque la asociación de ascendencia con el cáncer gástrico es significativa (p = 0,011), ascendencia sólo explica el 1,6% de la varianza en el estado de la enfermedad. Cuando se incluyen covariables no genéticos, su efecto conjunto con ascendencia explica el 22,3% de la varianza en el estado de la enfermedad. Por lo tanto, la alta incidencia de cáncer gástrico en Perú [1], [28] no parece ser debido a la presencia de variantes genéticas de susceptibilidad común más frecuente en poblaciones de americanos nativos, sino más bien a una combinación de factores socioeconómicos presente en esta población . Sin embargo, se necesitan más estudios con muestras de mayor tamaño para explorar esta observación, ya que la potencia para detectar los efectos genéticos ascendencia era limitado en el estudio actual. Este resultado es consistente con la disminución relativa de la incidencia de cáncer gástrico en los Estados Unidos durante las últimas décadas, debido a la mejora de las condiciones socioeconómicas [29].
La precisión de las estimaciones de ascendencia depende de varios temas. El primero es el número y la naturaleza de los marcadores utilizados para estimar mezcla. Las 103 AIMs utilizados en este estudio contienen suficiente información para producir mezcla estimaciones aceptables [26], [30]. Galanter et al. También han demostrado que un panel de más de 88 AIM contiene suficiente información para estimar mezcla individuo con exactitud [31]. Una segunda cuestión metodológica omnipresente en la estimación de la mezcla es la dificultad en el uso de los datos de los padres africanos, europeos y nativos americanos poblaciones más representativas del grupo mezclado. En este caso, se incluyeron como proxy para las poblaciones parentales europeos y africanos individuos del proyecto HapMap, y un conjunto de peruanos nativos americanos de los Andes del Perú y Este vecinas. Si bien esta opción puede no ser óptima, los 103 SNPs utilizados, siendo objetivos, mitigado este problema debido a que sus frecuencias son muy diferentes entre los grupos étnicos de los padres y altamente homogénea dentro de ellos [26]. Por lo tanto, el uso de marcadores de estas características hace que nuestros resultados robustos a la elección de poblaciones parentales subóptimas. En tercer lugar, los diferentes métodos para estimar la mezcla individuo puede producir resultados ligeramente diferentes, incluso partiendo de la misma base de datos. Para probar la solidez de los resultados de mezcla con respecto a los métodos de estimación de mezcla, reanalyzed los datos utilizando el máximo de verosimilitud enfoques alternativos propuestos por Tang et al. [32] y aplicado en el Frappe software, y el método por Alexander et al. implementado en la mezcla software v. 1,2 [33]. Los tres métodos producen resultados altamente correlacionados (Figura S2) y el mismo patrón de asociación con el cáncer gástrico (datos no mostrados).
individuos peruanos nacidos en el campo tienen ascendencia nativa americana más en promedio que los residentes de las grandes centros urbanos (Tabla 1). En un estudio de casos y controles, los casos pueden incluir con frecuencia las personas con ascendencia nativa americana más, ya que se conocen desde pequeños centros de salud en el campo de los grandes hospitales urbanos a recibir una atención sanitaria. Este patrón de referencia tiene un efecto menor en los controles, y por lo tanto puede crear una falsa asociación de ascendencia americana nativa con la enfermedad. Sin embargo, se registraron los lugares de nacimiento de todos los participantes en el estudio, y por lo tanto controlamos este potencial factor de confusión: cuando incluimos el lugar de nacimiento (Lima vs. rural) como covariable en la regresión logística, la asociación de ascendencia nativo americano con cáncer gástrico persistido, aunque a un menor significación (p = 0,05 frente a p = 0,011). Llegamos a la conclusión de que la asociación entre el cáncer gástrico y la ascendencia no es un artefacto de referencias de los individuos con alto campo ascendencia americana nativa a nuestros hospitales del estudio. Este resultado pone de relieve la importancia de la recopilación de datos de lugar de nacimiento y de residencia para los estudios de asociación genética con enfermedades en América Latina y otras regiones donde la mayor parte de la colonización europea y la mezcla se produjeron en las ciudades, y los individuos más autóctonas predominan en las zonas rurales, como en Melanesia y África del Sur .
En este estudio, se incluyeron como controles individuos con metaplasia intestinal (n = 46), en el supuesto de que esto no aumenta el riesgo de desarrollar cáncer gástrico [23], [24], [25]. Sin embargo, esta suposición no es universalmente aceptada [34]. Cuando alternativamente, suponemos tres categorías ordinales de riesgo de la enfermedad (es decir, individuos sin metaplasia intestinal, con metaplasia intestinal y el cáncer gástrico), esta progresión, evaluada mediante una regresión logística ordinal también se asocian a la ascendencia nativa americana (OR = 2,83, 95 IC% de la O: 01.10 a 07.29, p = 0,031), pero de nuevo, esta asociación no persiste cuando se controlan todas las covariables (factor 1, 2 y 3 y edad) (OR = 1,08, IC del 95% de la O : 0,35-3,34, p = 0,897). Por lo tanto, nuestros resultados no dependen de la inclusión de individuos metaplasia intestinal como controles.
Un problema en nuestro diseño experimental es que los controles fueron seleccionados como individuos sintomáticos que asisten a un servicio de gastroenterología, someterse a una endoscopia y la mayoría de ellos con una lesión gástrica: 6 con mucosa gástrica normal histológicamente, 248 con gastritis, y 46 con metaplasia. Se podría argumentar que el control óptimo estaría compuesta sólo por personas con mucosa gástrica normal. Sin embargo, sólo a través de una endoscopia es posible determinar con precisión la ausencia de lesiones gástricas, y la realización de una endoscopia para fines de investigación solamente, no motivados por síntomas relacionados con la gástricos ya no es éticamente aceptable. Por otra parte, utilizando como controles individuos de la población general que no se sometieron a una endoscopia no es necesariamente una mejor elección, ya que esta estrategia se han incluido como controles individuos con gastritis no detectado [35] y otras lesiones similares. Por lo tanto, creemos que nuestros controles son la mejor opción operativa para este estudio, ya que son las personas que asisten a los mismos servicios de gastroenterología como los casos, y debido a que han sido sometidos a una endoscopia, sabemos con exactitud el estado de su mucosa gástrica. Además, en América Latina hay un considerable nivel de estratificación de la población debido al nivel socioeconómico y la ascendencia, que se correlacionan en los grandes centros urbanos de América Latina (además de este estudio, ver Avena et al. 2012 [30] para un ejemplo de Buenos Aires y Campbell et al., 2012 [27]). Mediante la selección de los controles entre los asistentes del mismo hospital que los casos, mitigar esta otra fuente potencial de estratificación de la población entre los casos y controles
En este estudio se presenta un sorprendentemente alto ascendencia nativa americana (& gt; 74%). Tanto en los controles y los casos que asisten a los hospitales públicos de la ciudad ahora cosmopolita de Lima, la capital del país, que también fue la capital del español Virreinato del Perú durante cinco siglos y, por tanto, el centro del poder colonial español. Las grandes ciudades en las poblaciones de acogida Ecuador, Perú, Bolivia y el norte de Argentina, cuya habitual identificación cultural como
mestiza
probablemente ignora su amplia base genética amerindia. Estas poblaciones urbanas son frecuentemente pobladas por inmigrantes de las zonas rurales. Nuestros resultados sugieren que las grandes ciudades del oeste de América del Sur albergan a millones de personas de origen genético predominantemente amerindia. internacionales contemporáneas migraciones de sur a norte de las ciudades de América del Sur de la región andina también se están extendiendo los antecedentes genéticos de los nativos americanos en todo el mundo, y se espera que los casi un millón de inmigrantes de los Estados Unidos procedentes de países andinos [36] tienen altos niveles de fondo de nativos americanos. No sería sorprendente que estas poblaciones, clasificadas como "hispano /latino" en los Estados Unidos, tenían ascendencia amerindia más que los individuos clasificados como estadounidenses nativos americanos.
En conclusión, hemos demostrado que en la población urbana mezclada de Lima, ascendencia nativa americana individuo se asocia con el cáncer gástrico, pero esto se explica por la asociación de las variables socioeconómicas tanto con cáncer gástrico y la ascendencia de nativos americanos. A pesar de la alta incidencia de cáncer gástrico en la población peruana, con una muy alta ascendencia nativa americana, nuestro resultado muestra que esta observación epidemiológica no se basa en una base genética, lo que sugiere un papel predominante para los factores socioeconómicos y las disparidades en el acceso a los servicios de salud. Se presenta un sorprendentemente alto ascendencia nativa americana (& gt; 74%) en las personas que asisten a los hospitales de la ciudad ahora cosmopolita de Lima. Dado que los nativos americanos son un grupo olvidado en los estudios genómicos, se sugiere que la población de Lima y otras grandes ciudades en el oeste de América del Sur puede ser blancos convenientes de estudios epidemiológicos centrados en las poblaciones nativas americanas. La búsqueda de este camino de investigación en estudios más grandes, posteriormente, comenzará a cerrar la brecha [37] en los estudios genéticos y sus posibles beneficios entre los individuos europeos y los de otras poblaciones generalmente menos bien servido.
Materiales y Métodos
los sujetos
en este estudio se reclutaron inicialmente 576 personas que asisten Gastroenterología Divisiones de los siguientes tres hospitales de Lima, entre 2006 y 2009: Arzobispo Loayza, dos de Mayo (ambos gobernados por el gobierno), y el cáncer especializados Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Cada participante respondió a un cuestionario a la edad de grabación, género, lugar de nacimiento y de residencia, y otra información socioeconómica, nutricional y clínica (Tabla 1). Los casos eran adultos remitidos para endoscopia y cuyas biopsias fueron confirmados positivos para el cáncer gástrico mediante análisis histopatológico. El grupo de control también se compone de individuos adultos remitidos para endoscopia, pero cuyas biopsias resultado negativas para el cáncer gástrico. Los individuos con lesiones premalignas, tales como displasia (n = 3) o con presencia de tumores de estómago distintos de cáncer gástrico (n = 16) fueron excluidos del estudio. Los individuos con metaplasia intestinal (n = 46) fueron incluidos como controles (ver Discusión). El número final de sujetos considerados para poner a prueba en el estudio de asociación fue de 241 casos de cáncer gástrico y 300 controles.
También recogido muestras de 296 individuos nativos americanos que fueron utilizados como poblaciones parentales para estimar la ascendencia de los casos de cáncer gástrico y controles. Estos incluyen 23 agricultores de Pichacani (Puno), que pertenecen al grupo étnico predominante andino quechua, así como 87 y 186 Shimaa Ashaninka de la etnia Matsiguenga, asentado entre los Andes y la región amazónica. Para todos los casos de cáncer gástrico y controles y para los nativos americanos, se extrajo ADN genómico utilizando el método de fenol-cloroformo descrito por Sambrook et al. con modificaciones, o el kit de la sangre Gentra Puregene (Qiagen, EE.UU.) [38]. Esta investigación fue aprobada por el IRB de la Asociación Benéfica PRISMA, Universidad Peruana Cayetano Heredia, la Universidad Johns Hopkins, la Universidad Federal de Minas Gerais, el Hospital Arzobispo Loayza, Hospital Dos de Mayo y el Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Todos los participantes en el estudio proporcionaron su consentimiento informado por escrito.
ascendencia marcadores informativos (AIMS) y genotipado
Para estimar el origen étnico de cada uno de los sujetos de estudio, genotipo 106 SNPs que son informativos para África, Europea, y nativo de ascendencia americana [26]. La genotipificación se realizó en el Centro de Genómica Biomédica del Hospital Oakland Research Institute de la Infancia (Universidad de Minnesota, MN, EE.UU.), utilizando la plataforma Sequenom IPLEX (San Diego, CA, EE.UU.). Brevemente, se basa en una extensión de cebador específica de alelo seguido de la separación de alelos alternativos mediante espectrometría de masas. La determinación del genotipo implicado cuatro ensayos multiplexados, tres contenían 26 SNPs y uno que contiene 28 SNPs. Antes de genotipificación, muestras de ADN fueron sometidos a un procedimiento de control de calidad (QC) que consistía en: (1) un no alélica análisis cuantitativo-PCR que mide la cantidad de ADN PCR amplificable y (2) una lectura de punto final de un Taqman SNP genotipo ensayo (Applied Biosystems, Palo Alto, CA, EE.UU.) que, además de proporcionar una segunda evaluación de la capacidad de la PCR para amplificar cada muestra, es un indicador sensible de la contaminación cruzada de muestra a muestra. Después hemos eliminado los rs30125 y rs888861 SNPs, que mostraron una tasa de & lt llamada; 95%, la tasa media de las llamadas para el SNP fue del 99,7%. De los 106 marcadores, 104 generaron robusta tarifas de llamadas de al menos el 95% de las muestras, pero para los SNP rs2592888 no hay genotipos públicamente disponible para las poblaciones HapMap y el SNP se excluyó de los nuevos análisis. Por lo tanto, hemos utilizado los genotipos de 103 SNPs para estimar mezcla (véase la Tabla S3 para la lista completa, con sus frecuencias de alelos en las poblaciones de estudio).
linaje estima
Se estimó ascendencia persona que utiliza el tras tres grupos parentales integrados por individuos no relacionados: (1) África Occidental Yoruba de Nigeria (YRI - 118 personas desde el HapMap II /III del proyecto); (2) individuos Utah con ascendencia europea disponibles en el
Centre d'Etude du polymorphisme Humain- COLECCIÓN CEPH (CEU - 60 individuos del Proyecto HapMap II) y (3) 296 peruanos nativos americanos recogidos por nuestro grupo . Los genotipos de africanos y europeos se obtuvieron de la base de datos HapMap pública [39], mientras que los nativos americanos se genotipo para este estudio.
Se estimó la ascendencia individual y su intervalo de credibilidad del 90% utilizando el método implementado en el Estructura del programa 2.3.3 [40], [41]. Se ajusta un modelo de probabilidad bayesiana de la estructura de la población y la mezcla utilizando un procedimiento de cadena de Markov Monte Carlo (MCMC), la estimación de la contribución de las poblaciones parentales K con los genomas de individuos de la población mezclada. Asumimos que el HapMap YRI y CEU y nuestras muestras de nativos americanos eran representativas de las poblaciones parentales y que los casos de cáncer gástrico y controles de Lima eran individuos mezclados. Para este conjunto de datos, cada ejecución Estructura tenía 50.000 pasos con quemaduras en seguida de 250.000 pasos MCMC, y se repitió tres veces para permitir la comprobación de la solidez de los resultados. Esta longitud de la carrera y el procedimiento de comprobación excluye la falta indeseable de convergencia de las cadenas de Markov, que ocurre cuando el procedimiento no explorar adecuadamente el espacio de los parámetros del modelo. Se llevaron a cabo todas las carreras asumiendo tres grupos (K = 3), lambda fue ajustado a 1.0, y se estimaron los parámetros alfa para cada uno de los tres grupos, GENSBACK = 2, MIGRPRIOR = 0,05 y que no usamos la información a priori para los individuos de poblaciones parentales que ayuden a la agrupación (USEPOPINFO = 0).
el análisis estadístico
para representar la estructura genética de las muestras en el contexto de la diversidad de la población de los padres, se realizó un análisis de componentes principales (PCA) de genotipos individuales (Figura 1), que se aplica en el software Adegenet y ade4 para el entorno R [42], [43]. También usamos ade4 para aplicar un método de agrupación que se basa en la representación PCA en dos dimensiones de los individuos y su centroide población, el diseño de elipses bi-dimensionales de dispersión. Además del sexo, edad y origen étnico de auto-reporte, se recogió un amplio conjunto de información socioeconómica, nutricional y clínica, incluyendo el estado civil, lugar de nacimiento, nivel de educación, las condiciones de uso doméstico, los hábitos de alimentación, frecuencia de consumo de frutas, verduras, carne y aves de corral, infusiones, así como los síntomas relacionados con gástricos. Esta información se organizó en binario, ordinal o variables categóricas, como se detalla en la Tabla S4). Se excluyeron las variables que tuvieron más de un 10% de datos faltantes, y un conjunto final de 43 variables se incluyeron en los análisis posteriores.