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PLOS ONE: genoma completo de detección de genes regulados por la metilación del ADN en el desarrollo del cáncer de colon


Extracto

Tumorigénesis se acompaña de cambios en el patrón de metilación del ADN. Nuestro objetivo era poner a prueba un nuevo método para la identificación de las transcripciones a nivel de transcripción entera que están regulados por la metilación del ADN. Nuestro enfoque se basa en la comparación de los datos obtenidos a partir de perfiles de transcriptoma de muestras humanas primarias y en modelos de cultivo celular in vitro. Las células epiteliales se recogieron por LCM de lo normal, adenoma, y ​​las muestras de colon tumorales. Utilizando el análisis de la expresión del gen, se identificaron genes regulados a la baja en los tumores en comparación con los tejidos normales. Paralelamente 3000 upregulated genes se determinaron en el TC-29 de adenocarcinoma de colon modelo de cultivo celular después del tratamiento desmetilación del ADN. De los 2533 transcripciones que muestran una expresión reducida en las muestras tumorales, 154 había incremento en la expresión como resultado de un tratamiento desmetilación del ADN. Aproximadamente 2/3 de estos genes habían disminución de la expresión ya en las muestras de adenoma. La expresión de cinco genes (
GCG
,
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