Extracto
La heredabilidad es uno de los principales factores de riesgo de cáncer de próstata, haciendo hincapié en la importancia de la contribución genética hacia el riesgo de cáncer de próstata. Hasta la fecha, 86 variantes de riesgo de cáncer de próstata establecidos han sido identificados por los estudios de asociación de genoma completo (GWAS). Para determinar si estas variantes de riesgo se encuentran cerca de genes que interactúan juntos en redes biológicas o vías que contribuyen a la iniciación del cáncer de próstata o la progresión, generamos conjuntos de genes basado en la proximidad a las variantes de riesgo de cáncer 86 de próstata. Tomamos dos enfoques para generar listas de genes. La primera estrategia incluye todos los genes de acompañamiento inmediatos, hacia arriba y hacia abajo de la variante de riesgo, independientemente de la distancia desde la variante de índice, y la segunda estrategia incluía los genes cercanos al índice GWAS marcador y de variantes en alto LD (r
2 ≥0.8 en europeos) con la variante de índice, dentro de una ventana de 100 kb arriba y aguas abajo. mapeo Pathway de los dos conjuntos de genes apoya la importancia de la señalización mediada por el receptor de andrógenos en la biología del cáncer de próstata. Además, el erizo y /β-catenina señalización de vías de Wnt fueron identificados en el mapeo de ruta para el conjunto de genes que flanquean. También utilizamos el recurso HaploReg para examinar los lugares 86 y variantes de riesgo alto LD (r
2 ≥0.8) para los elementos funcionales. Se encontró que había un 12,8 veces (p = 2,9 x 10
-4) el enriquecimiento de motivos potenciador en una línea de células madre y un pliegue 4,4 (p = 1,1 x 10
-3) el enriquecimiento de hipersensibilidad en DNasa una línea celular de adenocarcinoma de próstata, lo que indica que el riesgo y las variantes correlacionados se enriquecen de motivos reguladores de la transcripción. Nuestra anotación funcional basada en las vías de las variantes de riesgo de cáncer de próstata pone de relieve la función reguladora potencial que los marcadores de riesgo GWAS, y sus variantes altamente correlacionados, ejercen sobre los genes. Nuestro estudio también muestra que estos genes pueden funcionar cooperativamente en las vías de señalización clave en la biología del cáncer de próstata
Visto:. LWM Loo, Fong PAA, Cheng I, Le Marchand L (2015)
in silico
Anotación funcional Camino de 86 cáncer de próstata variantes de riesgo establecidos. PLoS ONE 10 (2): e0117873. doi: 10.1371 /journal.pone.0117873
Editor Académico: Allen Gao, UC Davis Comprehensive Cancer Center, Estados Unidos