Extracto
Antecedentes
15 hidroxiprostaglandina deshidrogenasa (15 PGDH) es un antagonista metabólico de la COX-2, catalizando la degradación de la inflamación mediador prostaglandina E2 (PGE
2) y otros prostanoides. Estudios recientes han establecido el gen 15-PGDH como un supresor del cáncer de colon.
Métodos
Se evaluaron 15 PDGH como un locus de susceptibilidad al cáncer de colon en un diseño en tres etapas. En primer lugar, el genotipo de 102 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en el gen 15-PGDH, que abarca aproximadamente 50 kb y aguas abajo de la región codificante, en 464 casos de cáncer de colon y 393 controles de población. a continuación, el genotipo de los mismos SNPs, y también ensayaron los niveles de expresión de 15 PGDH en tejidos de colon de 69 pacientes independientes para los cuales se dispone de tejido del colon y muestras de ADN de la línea germinal pareadas. En la última etapa 3, genotipo las 9 SNPs más prometedores de las etapas 1 y 2 en una muestra independiente de 525 casos y 816 controles (etapa 3).
Resultados
En los dos primeros etapas, tres SNPs (rs1365611, rs6844282 y rs2332897) fueron estadísticamente significativas (p & lt; 0,05) en el análisis combinado de asociación con el riesgo de cáncer de colon y de asociación con la expresión 15-PGDH, después del ajuste para múltiples pruebas. Por una parte adicional de SNP, rs2555639, el alelo T mostró un aumento del riesgo de cáncer y la disminución de la expresión de 15 PGDH, pero sólo se perdió significación estadística (p = 0,063 ajustados). En la etapa 3, rs2555639 sola no mostró evidencia de asociación con una odds ratio (TT en comparación con CC) de 1,50 (95% IC = 1.5 a 2.15, p = 0,026).
Conclusiones
Nuestro datos sugieren que el alelo rs2555639 T se asocia con un mayor riesgo de cáncer de colon, y que los portadores del alelo de riesgo esta muestra disminución de la expresión de 15 PGDH en el colon
Visto:. Thompson CL, Fink SP, Lutterbaugh JD , Elston RC, Veigl ML, Markowitz SD, et al. (2013) la variación genética en 15 hidroxiprostaglandina deshidrogenasa y Colón susceptibilidad al cáncer. PLoS ONE 8 (5): e64122. doi: 10.1371 /journal.pone.0064122
Editor: Xiao-Ping Miao, MOE clave Laboratorio de Medio Ambiente y Salud, Escuela de Salud Pública, Tongji Medical College, Universidad Huazhong de Ciencia y Tecnología, China
Recibido: January 16, 2013; Aceptado: April 10, 2013; Publicado: 22 de mayo de 2013
Derechos de Autor © 2013 Thompson et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este trabajo fue apoyado por el Instituto Nacional del cáncer (subvenciones K07 CA136758 a CLT, R01 CA136726 a LL) y el Centro Integral del cáncer de la caja (P30 CA043703). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer de colon es el resultado final de un proceso de múltiples etapas de los cambios genéticos y epigenéticos que resulta en la activación de vías oncogénicas, así como la inactivación de las vías de supresores de tumores [1]. Un acontecimiento clave en la progresión del cáncer de colon es la sobre regulación del oncogén de la ciclooxigenasa-2 (COX-2) [2], [3], [4], [5]. COX-2 cataliza la conversión del ácido araquidónico a PGH
2, que es un sustrato intermedio para una variedad de prostaglandinas bioactivos, incluyendo PGE
2 [6], [7], la prostaglandina predominante que se encuentra en tejidos de cáncer de colon [8]. Varias líneas de evidencia sugieren que el aumento de la producción de PGE
2 media el efecto oncogénico de la COX-2 [7], [9], [10], [11].
15 hidroxiprostaglandina deshidrogenasa ( 15-PGDH) es la enzima limitante de la velocidad en la degradación de las prostaglandinas, incluyendo PGE
2, y directamente antagoniza la COX-2 vía oncogénica de la producción de prostaglandina [12]. 15-PGDH es altamente expresado en la mucosa normal del colon, se regula a través de la vía de supresor tumoral TGF-β, y sufre la pérdida de expresión en el cáncer de colon [13], [14]. Hemos demostrado previamente la función supresora de tumores de 15 PGDH, encontrando que la re-expresión de 15 PGDH en bloques de líneas celulares crecimiento tumoral del cáncer de colon después de la inyección en ratones atímicos, y que la anulación de murinos resultados de 15 Pgdh en un mayor desarrollo de tumores de colon [13], [15]. Además, en los estudios en humanos, hemos encontrado un substancial diferencia de 12 veces en los niveles de rectal 15-PGDH entre los individuos con más baja a más altos niveles de transcripción de 15-Pgdh, y que los bajos niveles de rectal 15-PGDH se asociaron con un aumento de adenoma colorrectal (un precursor al cáncer de colon) recurrencias [16].
Estos resultados nos llevó a examinar si heredó la variación genética en el locus de 15 PGDH que explicaría la variación de la población amplia en los niveles de 15-Pgdh de colon, y también sería asociada con el riesgo de desarrollar cáncer de colon. Se evaluó la asociación con el riesgo de cáncer de colon de marcadores SNP que abarcan aproximadamente 50 kb en el sentido de ~ 40 kb abajo del gen 15-PGDH región de codificación en un estudio de casos y controles de base poblacional en dos etapas. A continuación, prueba estos mismos SNPs por sus asociaciones con los niveles de expresión de 15 PGDH en tejidos de colon en una población de pacientes por separado.
Materiales y Métodos
Diseño del estudio
Hemos empleado un diseño de estudio de 3 etapas para este proyecto. En la primera etapa, se investigó todos los SNPs conocidos en el gen de la 15-PGDH, que abarca 50 kb aguas arriba de 40 kb aguas abajo, por asociación con el riesgo de cáncer de colon en un estudio de casos y controles de base poblacional. En la segunda etapa, se evaluó la asociación de estos mismos SNPs con la expresión 15-PGDH en los tejidos epiteliales del colon de una muestra independiente de los pacientes. A continuación, utiliza un enfoque meta-análisis para combinar los resultados de las etapas 1 y 2 con el fin de identificar los SNPs más prometedores para avanzar a la etapa 3. En la etapa 3, genotipo estos SNPs superiores en una segunda muestra de pacientes con cáncer de colon y población controla para su validación.
Poblaciones de pacientes
para el análisis de asociación del 15-PGDH SNPs con el riesgo de cáncer de colon, se identificaron casos incidentes desde el estado de Kentucky de Vigilancia, Epidemiología y resultados finales ( SEER). Los controles fueron reclutados a través de la marcación de números aleatorios y amigo referencias. El reclutamiento de esta población de estudio se describe con más detalle anteriormente [17]. En general, esta población de estudio es de aproximadamente 94% caucásicos [17]. Con el fin de minimizar el efecto de estratificación de la población y aumentar la homogeneidad, limitamos nuestro análisis a los individuos sólo se auto-informes que los caucásicos. Para el conjunto de descubrimiento (etapa 1), los sujetos fueron reclutados a partir de febrero de 2003 y diciembre de 2005, e incluyeron 464 casos y 393 controles de autoinforme como raza caucásica. El conjunto de replicación (utilizado en la etapa 3) incluyó 525 casos y 816 controles caucásicos caucásicos reclutados entre enero de 2006 y junio de 2010. Todos los participantes dieron su consentimiento informado por escrito, completó un extenso cuestionario de factores de riesgo y donó una muestra de sangre. Toda la sangre se envía al laboratorio de investigación de la Universidad Case Western Reserve noche a la mañana y se procesa inmediatamente. Se aisló el ADN a partir de capas leucocitarias separados de la sangre total extraída en tubos de EDTA estándar.
Para estudiar el efecto de los SNP en la expresión génica del tejido (etapa 2), las secciones normales de tejido de colon se obtuvieron de 69 pacientes caucásicos reclutados en la Universidad Los hospitales del Centro Médico Case (UHCMC). Todos los participantes dieron su consentimiento informado. ARN y el ADN de las muestras de tejido se prepararon por extracción con isotiocianato de guanidina como se describe anteriormente [18]. El ARN celular total y el ADN genómico se separaron por ultracentrifugación del extracto a través de un cojín de cesio. Ambos estudios fueron aprobados por el comité de revisión institucional UHCMC.
Genotipado
Se incluyeron todos los SNPs conocidos a partir de 50 kb aguas arriba a aguas abajo de 40 kb 15-PGDH que en el momento de iniciar nuestro estudio eran catalogado como Illumina Golden Gate validados, y para los cuales estaban disponibles ensayos TaqMan ABI. ABI TaqMan química se empleó para determinar el genotipo de estas muestras de acuerdo con el protocolo del fabricante. Específicamente, alícuotas de 2 l, que contienen 5 a 10 ng de ADN se transfirieron a partir de placas de depósito 96 pocillos a placas de 384 pocillos de ensayo para cada ser individual genotipo. Se generaron múltiples placas de 384 pocillos; el ADN se secó hacia abajo, las placas luego se sellan y se congelaron hasta que se ensayaron. Una alícuota de 5 l de mezcla maestra, Sonda & amp; Primer se añadió robóticamente a cada pocillo de una placa de 384 pocillos previamente chapado con el ADN. PCR [40 ciclos] se llevó a cabo en una doble mando Cabeza ABI GeneAmp PCR System 9700 y el punto final lecturas se llevaron a cabo utilizando el sistema de detección de secuencias ABI 7900 (SDS). Desde TaqMan química es un procedimiento basado en PCR, todas las mezclas de ensayo se prepararon en una habitación libre de amplificación para evitar la contaminación.
Para garantizar la calidad de los datos, cada archivo SDS fue examinado individualmente antes se exportaron los datos para garantizar la la línea de base se establece correctamente. En el diseño de ensayo de 384 pocillos, la última columna de la placa se reservó para controles con agua para asegurar la ausencia de contaminación se produjo durante la siembra. muestras de ADN, ya sea de Coriell o de nuestra propia base de datos, con genotipos conocidos para los SNPs siendo interrogados en este estudio se incluyeron en cada placa de ensayo para servir como controles positivos y la identificación de los 3 genotipos. Cuatro muestras replicadas se incluyeron en la muestra de descubrimiento (fase 1) y los dos puntos de muestra la expresión de tejido (fase 2), que se genotipo al mismo tiempo, y 29 muestras replicadas se incluyeron en la muestra de validación (fase 3) para confirmar el genotipado exacto en el estudio. Se confirmó el genotipo de concordancia de las repeticiones y las muestras de control. Si no se observó 100% de concordancia, los archivos de datos primarios fueron revisados y normalmente se repitió el ensayo. El tipo de referencia global fue del 94,6% (detalles en la Tabla S1).
Cuantitativo PCR en tiempo real Medición de 15-PGDH
La integridad del ARN total aislado se comprueba mediante un Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) y las concentraciones se determinaron usando un espectrofotómetro ND-1000 (NanoDrop, Wilmington, dE). Todos los ensayos de PCR cuantitativa en tiempo real de transcripción inversa se realizaron siguiendo las directrices MIQE [19]. El ADNc se sintetizó a partir de 1 g de ARN de entrada usando la transcriptasa inversa AMV (Roche, Indianapolis, IN) siguiendo el protocolo recomendado por el fabricante. -PCR en tiempo real de medición de 15-PGDH se realizó mediante la hidrólisis humano sonda /cebador establecido Hs00168359_m1 (HPGD, NM_000860) a partir de Applied Biosystems (Foster City, CA). Una mezcla de reacción de 25 l contenía 1 l (40 ng) de molde de cDNA y una dilución 1:20 de un cebador /sonda individuales conjunto en 1X Supermix (Bio-Rad, CA) y se ejecuta en un módulo óptico CFX96 (Biorad, Hercules , CA). condiciones de ciclado térmico para todos los ensayos fue de 95 ° C durante 4 min, seguido de 50 ciclos de 95 ° C durante 15 segundos y 60 ° C durante 1 min. La citoqueratina 20 (KRT20), un marcador de masa de células epiteliales del colon, se utilizó como gen de referencia para la normalización y se amplificó utilizando el KRT20 (NM_019010) primer hidrólisis kit humano /sonda Hs00300643_m1 de Applied Biosystems siguiendo las mismas condiciones de reacción anteriores. KRT20 fue seleccionado porque es un marcador específico de la masa epiteliales del colon [7], [15], [16], así como tener la expresión uniforme de análisis de microarrays en 16 biopsias de tejido normal de colon y las células epiteliales de las criptas del colon aisladas de un adicional de 5 muestras de biopsias normales (Markowitz, datos no publicados). Para cada reacción de transcripción inversa, 15-PGDH y KRT20 ciclo de cuantificación (Cq
15 PGDH y Cq
KRT20) Se determinaron los valores como los valores promedio obtenidos de tres en tiempo real las reacciones de PCR independientes. El nivel global de expresión de ARN-15 PGDH se determinó como la relación de 15 PGDH: KRT20 = 2 exp (Cq
15 PGDH-Cq
KRT20). ARN que no se habían sometido a la etapa de la transcriptasa inversa, así como una muestra de agua que se llevó a través de la etapa de la transcriptasa inversa se utilizaron como controles negativos y fueron negativos para todos los ensayos realizados.
Análisis estadísticos
para el control de calidad, cada SNP se puso a prueba para la desviación de equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE) en el control de la población a través de una prueba de chi-cuadrado de diferencia con respecto a las expectativas. SNPs que mostraron evidencia de desviación de HWE (p & lt; 0,05) fueron excluidos de los nuevos análisis
La odds ratio (OR) y los intervalos de confianza del 95% (IC) para el cáncer de colon fueron evaluados a través de una regresión logística de controlar por edad. y el género. En las regresiones logísticas, el alelo más frecuente en los casos (en comparación con los controles) fue considerado como el alelo de riesgo. Para cada SNP, los individuos se codificaron como 0, 1 o 2, que representa el número de alelos de riesgo en ese lugar. El odds ratio se calcularon para tener un alelo de riesgo y por tener dos alelos de riesgo, en comparación con no tener alelos de riesgo. El p-valor global se ha calculado para el valor p de la tendencia de riesgo por el número de alelos de riesgo (modelo aditivo)
La diferencia en la expresión media de tejido de 15 PGDH para cada uno de los tres posibles genotipos para cada SNP se evaluó utilizando un ANOVA de una vía con dos grados de libertad. Teniendo en cuenta que estábamos probando nuestro
a priori
hipótesis de que el alelo de riesgo se asocia con disminución de 15 PGDH expresión, se informó de los valores de p de un solo lado. Cuando el alelo de riesgo demostró una mayor expresión, se le asignó un valor de p de 1.
Con el fin de determinar qué SNPs mostró la mayoría de las pruebas tanto de asociación con la expresión 15-PGDH y el riesgo de cáncer de colon, se utilizó Fisher de método para combinar los valores de p [20] de la asociación SNP descubrimiento y análisis de la expresión. Fisher método permite la combinación de los valores de p, especialmente en el análisis de múltiples etapas, para extraer la inferencia similar utilizando diferentes estadísticas calculadas a partir de las mismas muestras. Cada una de las estadísticas pruebas combinadas un aspecto diferente de la hipótesis biológica bajo investigación. La potencia puede ser mejorado mediante la combinación de los valores de p de las diferentes pruebas. Para hacer frente a múltiples pruebas, se recurría a la método de la tasa de falso descubrimiento (FDR), de Benjamini y Hochberg [21] para los p-valores combinados.
Las 9 primeras SNPs identificados a continuación, se evaluaron para la asociación con el riesgo de cáncer de colon en el conjunto de réplica utilizando los mismos métodos estadísticos como el conjunto descubrimiento. Se combinaron los resultados de la primera y segunda muestras de casos y controles utilizando un modelo de efectos aleatorios. Todas las estadísticas excepto para el meta-análisis se calcularon utilizando SAS 9.2 y los valores de p & lt; 0,05 se consideró estadísticamente significativa
Resultados
SNP-cáncer de colon Asociación de descubrimiento
Cases. en la Fase 1 fueron más propensos a ser hombres y fueron, en promedio, mayores que los controles (Tabla 1). De los 102 SNPs evaluados en la población descubrimiento, 25 eran o monomórficos o ha tenido un MAF & lt; 5% en nuestra población. De los restantes, 2 fueron encontrados para estar fuera de HWE, y 1 tenía tasa de llamar a & lt; 80%. Estos 28 SNPs fueron excluidos de todos los nuevos análisis. Entre los 75 SNPs restantes, 8 se asociaron significativamente con el riesgo de cáncer de colon en el modelo de regresión logística en el p & lt; 0,05 (sin ajustar para múltiples pruebas) nivel (Tabla S1): rs1365611, p & lt; 0,0001; rs6844282, p & lt; 0,0001; rs2332897, p & lt; 0,0001; rs10520282, p = 0,0035; rs1426936, p = 0,012; rs34299544, p = 0,024; rs2555639, p = 0,038; y rs5007089, p = 0,046. Todos los resultados se dan en la Tabla S1, y cinco de ellos que cumplieron con los criterios para su inclusión en el conjunto de replicación (en base a los resultados, tanto en la asociación del riesgo y el experimento de expresión génica del tejido de colon, ver también más adelante) se detallan en la Tabla 2.
Asociación con la expresión de 15 PGDH
se evaluó el mismo conjunto completo de 102 SNPs para la asociación con los niveles de expresión de tejido de 15 PDGH en un conjunto independiente de 69 pacientes (resultados completos en la Tabla S2). De estos pacientes, 38 (55%) eran hombres y 31 (45%) eran mujeres. La edad media fue de 70,1 (SD = 13,8), y el rango de edad fue de 18-94. De los 102 SNPs genotipo, dos intentos fallidos de control de calidad y 14 fueron monomórficos. Estos fueron excluidos de los nuevos análisis. De los 84 SNPs restantes, cuatro fueron estadísticamente significativamente correlacionado con los niveles de expresión de P & lt; 0,05 (Tabla S2). Se proporcionan resultados detallados de expresión de los mismos 9 SNPs seleccionados para la validación (ver también más adelante) en la Tabla 3.
Luego de combinar los valores de p de la expresión y asociación resultados utilizando el método de Fisher, el 9 más SNPs estadísticamente significativas (Tabla 2), fueron seleccionados para la validación mediante pruebas de asociación con el riesgo de cáncer de colon en un conjunto de replicación independiente de casos y controles. De estos top 9 SNPs más significativos, 3 (rs1365611, rs6844282 y rs2332897) permaneció significativa después del ajuste para múltiples ensayos (Tabla 3) (rs1365611 p = 0,038, rs6844282 p = 0,038 y rs2332897 p = 0,032), y uno más tenido un múltiplo prueba p-valor ajustado de poco más de 0,05 (rs2555639, p = 0,063).
Asociación de validación
en la muestra de validación Fase 3, los casos tenían más probabilidades de ser varones y eran de mayor edad, en promedio, que los controles, como en la Fase 1 (Tabla 1). Las 9 primeras SNPs, basadas en los valores de p combinados que muestran evidencia de asociación con el riesgo de cáncer de colon y /o expresión 15-PGDH en el colon, se seleccionaron para la validación en el conjunto independiente de 525 pacientes de cáncer de colon y 816 controles. De estos SNPs, rs2555639 demostró evidencia estadísticamente significativa para la asociación con el riesgo de cáncer de colon en la pág. & Lt; 0,05 (a través de un análisis de regresión logística) (Tabla 4)
La combinación de los datos de la de casos y controles poblaciones de descubrimiento y validación, nuestros datos sugieren que tener dos copias del alelo T del rs2555639 confiere un estimado de 58% (IC del 95%: 19% -109%, p = 0,0015) el aumento de las probabilidades de cáncer de colon en comparación con los individuos con dos copias del alelo C (Tabla 5). Por otra parte, el alelo rs2555639 T también se asocia con la disminución de los niveles de expresión del gen supresor de tumores de 15 PGDH (Tabla 3, p = 0,012),
Discusión
A continuación se presentan pruebas de la asociación entre el alelo T del SNP rs2555639 y el riesgo de cáncer de colon 15-PGDH en un diseño de estudio por etapas. Este alelo también se asoció con una disminución de la expresión de 15-PGDH en el tejido de colon en una población independiente paciente. Este SNP mapas 17,74 Kb aguas arriba de la 5 'UTR del gen 15-PGDH, en la región reguladora presunta del gen (Fig. 1). Así, nuestro estudio pone de relieve la importancia de considerar la variación genética en regiones promotoras hora de evaluar la asociación de la variación hereditaria con predisposición a la enfermedad.
Mientras rs2555639 SNP fue el único que se asoció significativamente con el riesgo de cáncer de colon en cada uno de descubrimiento y validación establece de forma independiente, varios nuevos SNPs tenían asociación altamente significativa con el riesgo al combinar los datos de las muestras de descubrimiento y validación (Tabla 5), incluyendo rs1365611 (OR = 1,73, IC del 95%: 1,26 a 2,37; p = 0,0008 ), rs6844282 (OR = 1,42, IC del 95%: 1,10 a 1,83; p = 0,0078) y rs2332897 (OR = 1,74, IC del 95%: 1,27 a 2,38; p = 0,0006). Los conjuntos de descubrimiento y de replicación sin embargo muestran evidencia de heterogeneidad (Tabla 5), y estos 3 SNP no fueron significativas en la muestra de validación. Se requieren más estudios con un mayor tamaño de muestra antes de sacar conclusiones definitivas se pueden alcanzar con respecto a la asociación de estos tres nuevos SNPs con riesgo de cáncer de colon
.
rs2555639 SNP cae en un bloque de LD extremadamente pequeña, con correlaciones pobres con SNPs vecinos. Esto puede explicar por qué no hay otros SNPs en el panel de etiquetado que probamos se asociaron significativamente con el riesgo de la enfermedad (Fig. 2). Por esta misma razón, rs2555639 sería poco probable que se han detectado en estudios anteriores en todo el genoma de asociación (GWAS) que se basaban en las selecciones de los paneles de etiquetado SNPs, y no encontró una asociación estadísticamente significativa en la región 15-PGDH [22] , [23], [24].
solar LD de todos los SNPs seleccionados para la replicación en todas las muestras de raza caucásica. Los valores dentro de cajas son correlaciones (r
2).
Del mismo modo, los estudios de genes candidatos anteriores de la asociación del 15-PGDH SNPs con el riesgo de cáncer de colon también fallaron para detectar rs2555639. Estos estudios anteriores identificaron dos SNPs en PGDH - rs2612656 y rs8752 - como muestra individualmente asociación significativa con el riesgo de cáncer de colon [25]. Sin embargo, ni se repitió en un estudio de validación [26]. Ambos de estos dos estudios anteriores limitado la región examinados para ya sea el cuerpo del gen 15-PGDH o sólo a 5 kb de la secuencia flanqueante genómica [25], [26]. Por lo tanto, ninguno de estos estudios habría detectado la asociación de rs2555639 con el riesgo de cáncer de colon. Otro estudio anterior evaluó la asociación de los dos únicos de codificación de SNPs no sinónimos en 15 PGDH con el riesgo de adenoma de colon [27]. No hemos de evaluar la asociación de estos SNPs con riesgo de cáncer de colon en nuestro estudio debido a sus frecuencias de alelos menores bajas (3% y 1%, respectivamente).
Una limitación de nuestro estudio es que sólo evaluamos la asociación del 15-PGDH locus SNP con el riesgo de cáncer de colon entre los individuos auto-informes como de raza caucásica, que son en su mayoría de ascendencia europea. Por lo tanto no podemos evaluar si la asociación de rs2555639 tanto con el riesgo de cáncer de colon y de expresión 15-PGDH sostiene en otros grupos raciales. Además, se excluyeron los SNPs con una frecuencia del alelo menor de menos de 5%. Esto, en combinación con nuestro relativamente pequeño tamaño de la muestra descubrimiento, puede haber limitado nuestra capacidad para detectar cualquier asociación a cualquiera rara 15-PGDH variantes o variantes más comunes con efectos muy bajas. Otra posible limitación es que nuestros dos muestras de las etapas 1 y 3 fueron extraídas de la población del Estado de Kentucky. La validación de nuestros resultados en otras poblaciones independientes, no Kentuckian este modo se justifica.
El importante papel de la COX-2 y la ruta del ácido araquidónico en el desarrollo de cáncer de colon está bien establecida, como es el papel de los 15 -PGDH como un supresor del metabolismo de la vía de la COX-2 y un gen supresor de cáncer de colon [4], [5]. En este estudio hemos demostrado evidencia de variaciones hereditarias en el gen 15-PGDH en una posible regulación de los niveles de expresión de 15-Pgdh en el colon, así como que confiere susceptibilidad al cáncer de colon. Hemos identificado un único SNP, rs2555639, 17,74 kb aguas arriba de la 5 'UTR del gen 15-PGDH, que está asociada tanto con la expresión 15-PGDH colon inferior y con un mayor riesgo de cáncer de colon. Este estudio ilustra la ventaja de combinar las pruebas de asociación de SNP con la expresión tisular de 15 PGDH y con el riesgo de la enfermedad, ya que este enfoque combinado nos ha permitido identificar el 15 PGDH rs2555639 alelo T como una variante de susceptibilidad al cáncer de colon potencialmente funcional y novedoso en una estudio de 3 etapas a pesar de los tamaños de las muestras modestas de ambos conjuntos de los casos y controles y de descubrimiento de replicación. Debemos señalar que se utilizó α = 0,05 como el punto de corte para declarar significación replicación en la fase de validación sin ningún ajuste para múltiples pruebas. Aunque se seleccionaron los SNPs de validación basada en la evidencia combinada de las etapas 1 y 2 para su asociación tanto con el riesgo de cáncer de colon y de expresión tisular de 15 PGDH, se debe tener cuidado en la interpretación de los resultados de replicación. Sin embargo, nuestros resultados deben estimular más estudios para validar la variante rs25556399 como predisponentes al cáncer de colon en otras poblaciones independientes, así como para investigar otras variantes SNP en el locus 15-PGDH en el desarrollo de cáncer de colon.
Apoyo a la Información sobre Table S1.
Asociación de Cáncer de Colon completa SNP-Resultados en el descubrimiento de la Población. Distribución (N (%)) de alelo homocigoto importante, alelo menor heterocigotos y homocigotos, y O de riesgo homocigotos (definida como más común en los casos en comparación con los controles) vs. referencia homocigotos
doi:. 10.1371 /journal.pone. 0064122.s001 gratis (DOCX)
Tabla S2.
completos SNP-expresión en el tejido Resultados Muestra Población
doi: 10.1371. /journal.pone.0064122.s002 gratis (DOCX)