Extracto
Antecedentes
Polinesia francesa tiene una de las mayores tasas de incidencia de cáncer de tiroides en todo el mundo. Las relaciones con las pruebas de armas nucleares atmosféricas y otros factores ambientales, biológicos, o de comportamiento ya han sido reportados, pero la susceptibilidad genética aún no se ha investigado. Se evaluó la contribución de los polimorfismos en el 9q22.33 y 14q13.3 loci identificados por los GWAS, y dentro del gen de reparación del ADN
ATM
, con el riesgo de cáncer diferenciado de tiroides (CDT) en 177 casos y 275 emparejados controles de la población nativa.
Principales conclusiones
Para los GWAS SNP rs965513 cerca de
FOXE1
, se encontró una asociación entre los genotipos G /A y A /A, y el riesgo de DTC. Un efecto multiplicativo del alelo A se observó incluso. Un exceso de riesgo también se observó en los individuos portadores de dos alelos largos de la ampliación del tracto de poli-alanina en
FOXE1
, mientras que no se observó ninguna asociación con rs1867277 que caen en la región promotora del gen. Por el contrario, los GWAS rs944289 SNP (
NKX2-1
) no mostraron ninguna asociación significativa. Aunque el D1853N sustitución de aminoácido (rs1801516) en
ATM
era raro en la población, los portadores del alelo menor (A) también mostraron un exceso de riesgo. Las relaciones entre estos cinco polimorfismos y el riesgo de DTC no dependían de la superficie corporal, índice de masa corporal, la etnia o la ingesta de yodo en la dieta. Sin embargo, la interacción se evidenció entre la dosis de radiación de la tiroides y rs944289.
Importancia
Un vínculo claro no pudo ser establecida entre la alta incidencia en la Polinesia Francesa y los polimorfismos estudiados, implicado en la susceptibilidad a las DTC en otras poblaciones. Se observó variación importante en frecuencias de los alelos en la población de la Polinesia, en comparación con las poblaciones europeas. Para
FOXE1
rs965513, la dirección de la asociación y el tamaño del efecto fue similar a la observada en otras poblaciones, mientras que para
ATM
rs1801516, el alelo menor se asoció con un mayor riesgo en la Polinesia la población y con un menor riesgo en la población europea
Visto:. Maillard S, Damiola F, e Clero, Pertesi M, N Robinot, Rachedi F, et al. (2015) Las variantes comunes en 9q22.33, 14q13.3, y
ATM
loci, y Riesgo de Cáncer Diferenciado de Tiroides en la Polinesia Francesa población. PLoS ONE 10 (4): e0123700. doi: 10.1371 /journal.pone.0123700
Editor Académico: Zhengdong Zhang, Universidad de Medicina de Nanjing, CHINA
Recibido: Abril 29, 2014; Aceptado: March 6, 2015; Publicado: 7 Abril 2015
Derechos de Autor © 2015 Maillard et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación: Este estudio fue apoyado por la Agence Nationale pour la Recherche (ANR), la Liga Nacional Contra el cáncer (LNCC), la Direction Générale de la Santé, la Agencia francesa de seguridad sanitaria de l'alimentación, de l'Environnement et du travail (ANSES), programa CHILDTHYR CEE, y la Fundación de Francia. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
la incidencia del cáncer diferenciado de tiroides (CDT) en la Polinesia francesa, y especialmente entre las mujeres, es una de las más altas del mundo (37,4 por 100.000) [1].
ha sido la hipótesis de que la exposición repetida a la radiación ionizante puede desempeñar un papel importante en la incidencia particularmente alta de DTC en esta área. De hecho, un total de 41 pruebas de armas nucleares en la atmósfera se llevaron a cabo por encima de los atolones de Mururoa y Fangataufa, entre 1966 y 2007. 1974Martin un mayor riesgo de DTC, predominantemente de tipo papilar, ya que se observó entre los supervivientes de las dos bombas de Hiroshima y Nagasaki en 1945 [2-5], entre las personas expuestas después del accidente de Chernobyl [6-9], y también en los pacientes tratados con radioterapia [10-12]. Para evaluar el impacto de las armas nucleares pone a prueba la lluvia, recientemente hemos llevado a cabo un amplio estudio de casos y controles de base poblacional en la Polinesia Francesa. La exposición a la radiación externa e interna se evaluó por 602 polinesios nativos, todo ello bajo la edad de 15 años en 1974 [13]. La dosis media recibida en la glándula tiroides era muy bajo, pero se demostró que el riesgo de DTC para aumentar un poco con él [14].
Sin embargo, lluvia radiactiva podría explicar sólo una pequeña parte de la gran incidencia. Otros factores de riesgo como antecedentes familiares de cáncer de tiroides, menstrual y los factores reproductivos, peso e índice de masa corporal (IMC), área de superficie corporal (BSA), la ingesta de yodo en la dieta o el consumo en la dieta también se han investigado en el mismo estudio y han mostrado para modificar el riesgo de DTC [15-20]. Los factores genéticos también pueden contribuir a la susceptibilidad DTC, pero nunca han sido evaluados en esta población.
Tanto
NKX2-1 gratis (
NK2 homeobox 1 |, también llamado
TTF1 Opiniones de
tiroides factor de transcripción 1 |) y
FOXE1 (forkhead factor de E1
, también llamado
TTF2 Opiniones de
factor de transcripción de tiroides 2)
codificar-tiroideos factores de transcripción específicos. Desempeñan un papel crucial en el desarrollo de la glándula tiroides y su expresión se modifica en los tumores de tiroides [21-24]. En 2009, un estudio de asociación de genoma completo (GWAS) informó de la contribución de los dos SNPs cercanos
NKX2-1
y
FOXE1
al riesgo de desarrollar DTC en las poblaciones islandesas y europeas [25] . La primera SNP, rs944289, se encuentra 337 kb aguas arriba del gen
NKX2-1
y se describió a aumentar el riesgo de DTC [25-26]. El segundo SNP, rs965513, está situado en una región intergénica, 57 kb aguas arriba del gen
FOXE1
. Se ha relacionado con muchos trastornos endocrinos y metabólicos [27], a los cambios en la concentración de hormonas de la tiroides [25], y a un mayor riesgo de DTC [25-26,28]. Rs965513 ha sido reportado como un fuerte factor genético, tanto para cáncer esporádico y radio-inducida papilar de tiroides (PTC) [29]. Ubicado dentro de la región no traducida 5 '(UTR) de
FOXE1
, los SNP rs1867277 se ha reportado como un factor de riesgo para el DTC y se ha sugerido que la causal SNP [28,30]. También se ha propuesto que el alelo menor A podría modular una vía de regulación transcripcional del
FOXE1
gen, mediante la contratación de USF1 /USF2 factores de transcripción [31]. Posteriormente, se informó de asociación entre la expansión de poli-alanina en el factor de transcripción FOXE1 (rs71369530) y análisis de la transcripción también han sugerido una implicación funcional de este polimorfismo multi-alélica. De hecho, et Carré
al
. actividades diferentes observados y diferentes relaciones con el riesgo de trastorno de la tiroides, según el número de repeticiones de alanina [31]. Este polimorfismo de longitud variable se encuentra en estrecha relación con el desequilibrio rs1867277 y puede ser responsable de la fuerte asociación que a menudo se observa entre los
FOXE1 Opiniones y carcinoma papilar de tiroides (PTC) [32].
La
ATM gratis (
la ataxia-telangiectasia mutada
) gen está implicado en la reparación del ADN de doble filamento se rompe. Las mutaciones en este gen se han relacionado con la ataxia telangiectasia y otros trastornos, especialmente caracterizada por sensibilidad a la radiación y el cáncer predisposición [33]. se informó de variaciones en este gen para jugar un papel en cánceres hormono [34-35]. Una asociación entre el D1853N sustitución de aminoácido (rs1801516) y un menor riesgo de PTC también se informó tanto para el cáncer de tiroides esporádico y la radiación inducida [36]. Recientemente, también puso de manifiesto que este SNP codificante en
ATM
contribuye al riesgo de PTC en los niños bielorrusos expuestos a radiaciones ionizantes por el accidente de Chernobyl planta de energía nuclear [37].
modo, solicitó para investigar la contribución de las variaciones genéticas en el
NKX2-1
,
FOXE1
y
ATM
loci para el riesgo de DTC en la población de la Polinesia, que es geográficamente aisladas y donde los residentes fueron repetidamente expuestos a las radiaciones ionizantes durante las pruebas nucleares.
resultados
La distribución de genotipos se ajustaba a Hardy-Weinberg (HWE) para ambos casos y controles, para todos los SNPs investigados , excepto el
NKX2-1
SNP rs944289 (Tabla 1). También se da la menor frecuencia de alelos (MAF) en los casos y en los controles para cada SNP en la Tabla 1.
Se encontró un aumento de 3 veces el riesgo de desarrollar DTC para los sujetos que llevan el A /A genotipo para los GWAS SNP rs965513 cerca
FOXE1
, en comparación con el genotipo G /G (OR = 3,32, p = 0,02, bajo el modelo de co-dominante) (Tabla 2). Para el
FOXE1
polimorfismo de longitud, a 4 veces más riesgo de desarrollar DTC se observó para los portadores del genotipo L /L, en comparación con el genotipo S /S (OR = 4,16, p = 0,04, en virtud de co modelo -dominante). No se encontró asociación con el otro SNP funcional propuesta situado en la región promotora del
FOXE1 gratis (rs1867277), a diferencia de lo informado por otros en otras poblaciones.
El
ATM
D1853N sustitución de aminoácido (rs1801516) era mucho más raro en la población de la Polinesia que en las poblaciones europeas (MAF = 0,02). No obstante, se ha detectado un exceso de riesgo de DTC para los portadores del alelo menor (A) (OR = 3,13, p = 0,02).
Por último, no se encontró asociación entre la población de la Polinesia para los GWAS SNP rs944289 cerca
NKX2-1
en comparación con los controles, los casos de DTC tenían un IMC más alto (OR = 2,50, IC del 95% = 1,66 a 3,75, p & lt; 0,001). y un mayor BSA (OR = CI 2,70, 95% = 1,78 a 4,08, p & lt; 0,001). En cuanto a la exposición a las pruebas nucleares, los casos no recibieron radiación de tiroides dosis superior a 2,0 mGy antes de la edad de 15 años con más frecuencia que los controles (OR = 1,24 IC 95% = 0,71 a 2,17; p = 0,4). La relación entre los cinco polimorfismos analizados y el riesgo de DTC no dependía de IMC, BSA, la etnia o la ingesta de yodo en la dieta (Tabla 3). A pesar del pequeño número de sujetos investigados, una interacción significativa se evidenció entre la dosis de radiación de la tiroides y
NKX2-1
rs944289 cuando se considera el genotipo T /T (p = 0,04). Por lo tanto, entre los sujetos que recibieron 2 mGy o menos a la glándula tiroidea durante las pruebas nucleares, el riesgo de DTC fue similar en sujetos con el genotipo T /T a otros (OR = 0,99; IC del 95%: 0,52 a 1,88), mientras que entre las sujetos que recibieron más de 2 mGy, los sujetos con el genotipo T /T tenían un riesgo mucho más alto que otros (OR = 6,13, IC 95% 1,21 a 31,3). Del mismo modo, una radiación de tiroides dosis & gt; 2mGy no tuvo un efecto significativo en los sujetos con C /C o C /T genotipo (OR = 1,12, IC 95% 0,63 a 2,00), pero se asoció con un mayor riesgo en los sujetos homocigotos T /T (OR = 6,94, IC del 95% 1,31 a 37,0).
Discusión
en el presente trabajo, se evaluó la relación entre los cinco marcadores genéticos de susceptibilidad putativos o reconocidos por DTC en la Polinesia francesa, donde la incidencia del cáncer de tiroides es entre las más altas en todo el mundo [1]. Hasta donde sabemos, esta fue la primera vez que un estudio de este tipo en la susceptibilidad genética al cáncer se llevó a cabo en la población de este territorio francés de ultramar, que es única debido principalmente a la exposición repetida a las pruebas de armas nucleares y un relativo aislamiento geográfico.
Debido a su muy baja MAF en los controles (2%), el poder de nuestro estudio para evidenciar una asociación entre el
ATM
rs1801516 SNP, y DTC podría alcanzar el 80% sólo para un OR de 3,5 o mayor. Para los otros SNPs analizados, MAF en los controles fue de alrededor del 20% (rango 15% a 27%, Tabla 1), y nuestro estudio tenía una potencia de 80% para evidenciar una asociación si O es aproximadamente 1,7. Por lo tanto, nuestro estudio tenía una potencia suficiente (80%) para evidenciar las interacciones gen-ambiente sólo por un factor de aproximadamente 3 o superior, en la mejor situación (frecuencia factor ambiental = 50%, principal o para el factor ambiental = 2, MAF = 20%, principal o por alelo menor = 1,5).
la asociación se observó entre los
FOXE1
o
ATM
y el riesgo de DTC en la población de la Polinesia no es sorprendente, dado que nos centramos en los polimorfismos que se habían encontrado anteriormente a estar asociado con DTC en otras poblaciones en varios estudios. Sin embargo, no podemos excluir la posibilidad de resultados falsos positivos. De hecho, los valores de p de nuestros resultados positivos variaron de 0,01 a la 0,04, y no siendo significativas cuando se corrige para el múltiple (n = 5) las pruebas usando la corrección de Bonferoni. Desafortunadamente, nuestros resultados no pudieron ser comparados con otros obtenidos en poblaciones genéticamente similares, debido a nuestro conocimiento del SNP se determinó que no había sido abordado hasta el momento en DTC en otras poblaciones de Islas del Pacífico.
Curiosamente, no se replicaron la asociación con los GWAS rs944289 SNP en el
NKX2-1
locus en el cromosoma 14q13.3, según lo informado por otros en las poblaciones islandesas y europeas, pero no se observó una interacción significativa entre la dosis de radiación de la tiroides antes de la edad de 15 y los homocigotos para este polimorfismo (p = 0,04). Sin embargo, debe tenerse en cuenta que la distribución de los genotipos rs944289 desviado de HWE en ambos grupos de casos y de control. Por lo tanto, este resultado de la interacción debe ser interpretado con cautela. Las desviaciones de HWE pueden apuntar a un sesgo de muestreo, errores de escritura de genotipos, o asociaciones de genes no esenciales a causa de estratificación de la población. Hemos descartado un problema de genotipado técnica debido a que la misma sonda de gestión de recursos humanos y el protocolo se utilizaron en otros estudios en diferentes poblaciones y proporciones HWE fueron respetados en ellos ([37], Lesueur
et al.
, Datos no publicados). Por otra parte, hemos re-secuenciado un subconjunto de las muestras de la Polinesia para confirmar los genotipos. Otra posible explicación podría ser un sesgo debido a la mala calidad de algunas muestras de ADN. De hecho, en nuestro estudio, el 68% de las muestras de ADN se prepararon a partir cepillos de hisopo bucal y el 32% a partir de kits Oragene. Las muestras de ADN preparadas a partir de kits Oragene son generalmente menos degradada que las preparadas a partir de los cepillos de hisopo bucal. De este modo, volvieron a analizar los SNP rs944289 considerando sólo los individuos con muestras de ADN preparadas a partir de kits Oragene. En este subgrupo compuesto por 145 personas, la distribución de los genotipos se ajustaba a HWE.
También podría plantear la hipótesis de que la desviación de HWE proviene de la existencia de subgrupos de la población de la Polinesia, con altas tasas de homogamia y consanguinidad. De hecho, la Polinesia francesa comprende 118 islas principales, de los cuales 76 están habitadas. A pesar de la reciente mejora de las líneas aéreas, los polinesios franceses permanecen relativamente aislados unos de otros y una estructuración particular de la población no puede excluirse, con consecuencias genéticas putativos. Sin embargo, esta desviación no se observó con los otros cuatro polimorfismos investigados.
Entre todos los participantes con éxito genotipo del estudio, se observó MAF iguales a 0,32 para los casos y 0,27 para los controles de los SNP rs944289. En comparación con la frecuencia reportada en la base de datos NCBI dbSNP (MAF
NCBI = 0,43) y a los reportados en otros estudios [25-26], la frecuencia en individuos de la Polinesia fue claramente inferior.
La tiroides específica factor de transcripción FOXE1 juega un papel importante en la morfogénesis de la glándula tiroides y en la regulación del estado de mantenimiento diferenciado de tiroides [22,38]. variaciones en la secuencia de ADN en el gen
FOXE1
se han asociado repetidamente con la susceptibilidad a la DTC, pero estas variaciones han sido hasta ahora la mayoría de las poblaciones estudiadas en Islandia, Europa y Japón. En la población de la Polinesia, el MAF de los rs965513 GWAS SNP (0,21) fue similar en los controles a la observada MAF en las poblaciones europeas [27], que es intermedia a la MAF observa en la población islandesa (MAF = 0,34) [26] y el MAF observa en la población japonesa (MAF = 0,057) [27]. En la Polinesia Francesa, el A /A genotipo también se asoció con un riesgo significativo de desarrollar exceso de DTC y el efecto del tamaño de este SNP fue similar a lo observado en otros lugares, lo que confirma que rs965513 representa un marcador de susceptibilidad robusta para el DTC.
el rs71369530 polimorfismo de la longitud es causada por una expansión de un tramo poli-alanina en la proteína FOXE1 con consecuencias sobre su actividad [31-32]. Aunque la frecuencia de alelos cortos (s) en los casos fue similar a la frecuencia que se encuentra en casos franceses por Carré
et al
. (0,17 vs. 0,20), el MAF en los controles fue de casi la mitad de la del MAF encontró en los controles francesa del mismo estudio (0,15 vs. 0,35) [31]. En la población de la Polinesia, encontramos un gran aumento en el riesgo asociado con el DTC genotipo L /L. No hay ninguna interacción significativa con otros factores de riesgo DTC se estableció aquí. Como los intergénicas rs965513 SNP GWAS, los rs71369530 polimorfismo de longitud dentro de
FOXE1
representa un marcador de susceptibilidad para DTC y refuerza la hipótesis de que
FOXE1
es el gen de susceptibilidad DTC en el locus 9q22.33.
los rs1867277 SNP en la UTR 5 'de
FOXE1
también ha sido propuesto como el SNP causal implicado en la susceptibilidad a la DTC, ya que se ha relacionado con una modulación de la regulación transcripcional del gen [28,30]. Es interesante que en nuestro estudio, no se encontró asociación con DTC. Este resultado es muy importante porque pone de relieve el valor de llevar a cabo estudios de asociación en diferentes poblaciones al realizar la cartografía de multa para identificar variantes causales. De hecho, en los antiguos estudios publicados, rs1867277 y rs71369530 parecían estar fuertemente correlacionada y era difícil de desenredar la participación de los respectivos polimorfismos. En la población de la Polinesia, los dos polimorfismos no estaban claramente en fuerte desequilibrio de ligamiento. En la Polinesia Francesa, el MAF de rs1867277 era específico de la población de la Polinesia (0,19 frente a 0,39 en los controles de los europeos [28], y 0,40 en los controles españoles [30]).
NKX2-1
rs944289 y
FOXE1
rs1867277, el MAF de
ATM D1853N gratis (rs1801516) difería bastante de MAF observa en otras poblaciones (MAF
caucásicos = 0,19 y MAF
polinesios = 0,02). No obstante, el alelo menor (A) se asoció significativamente con un mayor riesgo de DTC entre los sujetos polinesios (OR = 3,13 IC 95% = 01/17 a 08/31). Este resultado era intrigante, ya un descenso moderado en el riesgo asociado con el alelo A (OR = 0,69; IC del 95% = 0,45 a 0,86, valor p = 0,03 en 255 casos de PTC inducidos por la radiación de Chernobyl o esporádicos y 596 controles, todos de origen caucásico [36], así como en un estudio de casos y controles en la muestra de niños que viven en la zona contaminada por la precipitación del accidente de la central de Chernobyl [37]. el efecto de rs1801516 y su papel en la modulación del efecto de las radiaciones ionizantes durante mucho tiempo han sido objeto de debate y los resultados son todavía contradictorios. una asociación del alelo menor (a) se encontró con la radio-sensibilidad en pacientes con cáncer de mama [39] y este resultado fue apoyada por un estudio que muestra un aumento de la radio-sensibilidad de los fibroblastos humanos un alelo portador [40]. Por el contrario, se encontró un papel protector del alelo a en los efectos secundarios adversos de la radioterapia [41].
en conclusión, se confirmó la contribución de los
FOXE1
y
ATM
genes en la etiología de DTC en la Polinesia francesa. La relevancia de los SNP rs965513 intergénicas en el cromosoma 9q22.33 y el polimorfismo rs71369530 tracto poli-alanina en
FOXE1
tan robustos marcadores de susceptibilidad para el DTC se puso de manifiesto en el presente estudio. El papel de la sustitución D1853N sentido en el gen de reparación del ADN
ATM Hoteles en población expuesta a la radiación sigue siendo objeto de debate, ya que los resultados en la población de la Polinesia no son consistentes con las asociaciones descritas previamente entre el
ATM
codificación de SNP y un menor riesgo de DTC
.
a pesar de que la población de la Polinesia estudiado mostró algunas particularidades genéticas, en términos de frecuencia de los alelos, asociación o interacción, que no se ha encontrado ningún factor genético importante probable para explicar el alto tasa de incidencia observada en el territorio. Estudios previos en esta población informó el importante papel de los factores antropomórficos, ambientales y de comportamiento como factores de riesgo para el DTC. Todos estos resultados sugieren un efecto acumulativo. Por otra parte, la hipótesis de que algunos de estos factores de riesgo pueden interactuar, en la forma que se observa entre la dosis de radiación de la tiroides y
ATM
D1853N sustitución de aminoácido. Finalmente no se puede excluir que otra variación de secuencias de ADN, como pueden ocurrir cambios epigenéticos después de la exposición a algunos factores ambientales como la radiación que podría conducir al desarrollo de DTC ionizante.
Sujetos, Material y Métodos
estudio de la población
El estudio se realizó en un subgrupo de sujetos de un estudio de casos y controles de base poblacional realizado en la Polinesia francesa para evaluar los factores de riesgo de DTC potencialmente involucrados en esta población [18].
consentimiento informado
Escrito se obtuvo de todos los participantes. El estudio se llevó a cabo con el consentimiento por escrito del comité de ética de la Polinesia Francesa y los franceses "Comisión Nacional de Informática y Libertades" (CNIL), que había aprobado previamente el procedimiento de contacto y el formulario de consentimiento, que incluye la posibilidad para ponerse en contacto con su médico. Todos los participantes eran mayores (& gt; = 18y) al momento de la entrevista. Todos los documentos, incluyendo los formularios de consentimiento y cuestionarios, se conservan en un armario protegido en las instalaciones de la Unidad 1018-U1018 INSERM
.
Seiscientos dos sujetos participan en el estudio de casos y controles inicial (características de los participantes eran Clero detallada en
et al
, 2012 [18] y que se resumen en la Tabla 4). Todos los sujetos habían nacido en y residentes de la Polinesia Francesa. Los casos fueron diagnosticados de carcinoma de tiroides entre 1979 y 2004. Entre ellos, 177 presentó la histología de carcinoma papilar de tiroides y 52 la histología de carcinoma de tiroides folicular. Los controles fueron individuos sanos, seleccionados de la población nativa y emparejaron con los casos, de acuerdo con la fecha de nacimiento y sexo. La selección de los controles se realizó directamente desde el registro de nacimientos, que cubre todo el país. La integridad fue posible debido al pequeño tamaño de la población local (264 736 habitantes en 2007). Nos permitió un contacto casi todos los controles posibles, incluso simplemente con el nombre, fecha y lugar de residencia. Quinientos veinte participantes tenían dos padres de origen polinesio y 82 de ellos tenían un padre Polinesia y uno de los padres no Polinesia (
i
.
e
. De asiático, origen étnico Europea o de otro ).
Todos los participantes en el estudio fueron entrevistados. Epidemiológica y la información antropológica se recogieron, incluyendo la altura, el peso, el origen étnico de los padres, y los hábitos alimenticios. Una estimación detallada de las dosis de radiación recibidas en las diferentes edades durante las pruebas nucleares en la atmósfera se ha realizado [13], sobre la base de los datos de lluvia radiactiva publicados por Francia al final de cada año de pruebas, en
131I y recuentos
137Cs en la leche fresca y de g-actividad total y
137Cs en verduras y pescado, y en los datos meteorológicos de 21 días antes y siete días después de cada prueba. Estimación del nivel de agua en cisternas antes de cada prueba, se utiliza también el tamaño de las cisternas e información sobre el viento y la lluvia. Para cada participante en el estudio, la dosis total de la tiroides fue la suma de las dosis tiroideas reconstruidos para cada prueba, teniendo en cuenta la edad, fuente de agua potable y los datos recogidos en el cuestionario de la dieta. El consumo individual de cada producto alimenticio a una edad determinada se deduce de la información sobre el consumo durante la infancia obtenida en la entrevista, el uso de factores de escala específicas por edad. reconstrucción de la dosis se llevó a cabo sin el conocimiento de la causa o de control de estado de la materia.
Cuatrocientos cincuenta y dos participantes (177 casos y 275 controles) dieron su consentimiento para la toma de muestras biológicas y los análisis genéticos. Para 307 de ellos, células bucales se muestrearon mediante Epicentro biotecnologías MasterAmp cepillos de hisopo bucal (Madison, WI, EE.UU.), y para los otros 145, se recogió una muestra de saliva utilizando un kit de recolección de ADN Oragene ADN Genotek (Ottawa, Canadá). ADN genómico (gDNA) se extrajo a partir de estas muestras con un Qiagen Autopure LS (Courtaboeuf. Francia). A continuación, el ADNg se cuantificó con Life Technologies Picogreen (Saint-Aubin, Francia).
Genotipado
Para rs965516 y rs1867277 SNP, 10 ng gDNA se analizaron mediante un genotipificación de SNP TaqMan prediseñado específica ensayo (Applied Biosystems, Foster City, CA, EE.UU.). Las lecturas de fluorescencia y análisis de datos se realizaron con el sistema de detección ABI PRISM 7900HT Sequence. Para rs944289 y rs1801516, 25 ng gDNA se analizaron mediante fusión de alta resolución curva (HRM), con una sonda específica. Algunas muestras representativas fueron re-secuenciados por colorante-terminador para confirmar el genotipo [42]. Las lecturas de fluorescencia y análisis de datos se realizaron con los Idaho Technology Inc. LightScanner Hi-Res Sistema de fusión.
El rs71369530 polimorfismo de longitud de
FOXE1
se debe a un número variable de repeticiones de alanina. Treinta nanogramos de gDNA se amplificó por PCR con cebadores directos marcados en el extremo con fluorescencia (5'-6-FAM o 5'-HEX), mediante el uso de KAPA 2G Fast HotStart ReadyMix (KAPA Biosystems, Woburn, MA, EE.UU.) en un 10 l volumen de reacción -Final (MgCl 0,5 mM
2, 5% de DMSO, 0,25 M cebadores). El producto de PCR marcado con fluorescencia se cargó en un secuenciador capilar ABI 3730 y se analizó como un polimorfismo de longitud de fragmentos de tamaño variable usando GenScan estándar ROX-500 como estándares de tamaño internos. Los datos se recogieron y se visualizaron con v3.7 Genotyper Software. Para determinar el número de repeticiones que corresponde a cada alelo identificado en el ensayo de genotipado, los productos de PCR a partir de 6 individuos homocigotos fueron Sanger secuenciada.
Las secuencias de todos los cebadores de PCR, sondas de gestión de recursos humanos, sondas TaqMan, y todos PCR condiciones están disponibles de los autores a petición.
La proporción de muestras de ADN con éxito genotipo fue del 95,1% para rs944289 (cerca de
NKX2-1
), 90,3% para rs965513 (cerca de
FOXE1
), 79,4% para rs1867277 (5'UTR de
FOXE1
), 93,6% para rs71369530 (expansión poli-alanina en
FOXE1
) y el 98,5% para rs1801516 (
ATM
), respectivamente. se dispone de datos de genotipos primas en la Tabla S1.
Los análisis estadísticos
A pesar de que este estudio de casos y controles fue emparejado uno, cada caso se corresponde con 1 a 2 controles de edad y sexo, no estábamos capaz de utilizar el análisis de regresión condicional porque el ADN no se recogió para todos los casos y controles y esto llevaría a cabo a una eliminar varios estratos a causa de DNA que falta, ya sea para el caso o para cada uno de los controles. La asociación entre estos cinco polimorfismos y el riesgo de DTC se evaluó mediante regresión logística múltiple, estratificados por edad y sexo, y suponiendo co-dominante, dominante y recesiva modelos genéticos de la herencia [43-44]. Los análisis crudos y análisis ajustados para el IMC, la BSA, el origen étnico, y se llevó a cabo la dosis de radiación. Se llevaron a cabo pruebas de interacción para determinar si las asociaciones putativas de SNPs con el riesgo de desarrollar DTC fueron modificados por parámetros como la superficie corporal, índice de masa corporal, el origen étnico, la dosis de radiación, y la ingesta de yodo en la dieta [43]. Todos los análisis estadísticos se realizaron con el software SAS, versión 9.3 (SAS Institute Inc, NC, EE.UU.).
Distribución por edades de los participantes del estudio, en el momento del diagnóstico de cáncer de la tiroides o la edad correspondiente para los controles, se varió de 10 a 62 y se dividió en siete clases homogéneas, que luego fueron utilizados junto con el género para estratificar los casos y los controles para los análisis estadísticos. Dos grupos fueron diseñados para el origen étnico: aquellos individuos con dos padres de la Polinesia y otros. Para el IMC, BSA, y la ingesta de yodo en la dieta, las medianas de las distribuciones entre los controles de las mujeres genotipo (25,7 kg /m
2, 1,8 m
2, 132,2 mg /día, respectivamente) y las medianas de las distribuciones entre el macho genotipo controles (30,1 kg /m
2, 2,1 m
2, 146,9 mg /día, respectivamente) fueron utilizados como límites para crear dos grupos entre los participantes en nuestro estudio. Por último, los individuos también se agruparon en dos grupos para la dosis de radiación recibida a la tiroides antes de la edad de 15 años, en función de si la dosis era debajo o por encima de la mediana de la dosis estimada entre los controles genotipo (0,37 mGy).
Las frecuencias genotípicas y menores frecuencias de alelos (MAF) se calcularon en los casos y en los controles. Ellos fueron evaluados para la salida de equilibrio de Hardy-Weinberg utilizando una χ
2 de prueba (ver Tabla 1). El genotipo G /G para rs965513, rs1867277, rs1801516 y, y el genotipo C /C para rs944289 se consideraron ancestral, porque eran los genotipos más frecuentes en la población de la Polinesia. Para el
FOXE1
polimorfismo tramo poli-alanina, los diferentes tamaños alélicas fueron codificados en dos categorías: los alelos cortos y largos. Los alelos cortos (S) incluían los alelos que codifican para un tramo de 12-14 alaninas, mientras que los alelos largos (L) comprenden aquellos alelos que codifican para un tramo de 16-19 alaninas (Tabla 5). Debido a que los alelos cortos eran más comunes en la población estudiada, el genotipo S /S fue el patrón seleccionado para ser la referencia.
Apoyo a la Información sobre Table S1. datos de genotipos obtenidos para los 5 polimorfismos analizados
doi:. 10.1371 /journal.pone.0123700.s001 gratis (XLSX)
Reconocimientos
Los autores agradecen a John Paoaafaite y José Teuri , que se contactó y entrevistó a los casos y controles para el estudio. Por último, también gracias P. Morales, J. Iltis, P. Giraud, P. Didiergeorge, M. Brisard, G. Soubiran, B. Caillou, P. Dupire, J. Ienfa, G. de Clermont, N. Cerf, B. Oddo, M. Bambridge, C. Baron, A. Mouchard-trinquete, O. Simonet, D. Lamarque, J. Vabret, J. Delacre, MP Darquier, y J. Leininger, por su ayuda en la recogida de los casos, o en la organización del estudio de casos y controles.