Extracto
Aplicaciones
Este estudio evalúa si las firmas de genes para la quimiosensibilidad de irinotecán y 5-fluorouracilo (5-FU) derivadas de cultivos in vitro de líneas celulares de cáncer pueden predecir la sensibilidad clínica de estos fármacos.
Métodos
para probar si una firma irinotecán y una firma SN-38 podría identificar a los pacientes que se beneficiaron de la adición de irinotecan al 5-FU, se utilizan perfiles de expresión génica basado en líneas celulares y material tumoral clínico. Estos perfiles se aplicaron a los datos de expresión obtenidos de tratamiento previo con formalina fijo parafina tejido embebido (FFPE) tumoral de 636 pacientes con cáncer de colon en estadio III incluidos en el ensayo clínico aleatorizado prospectivo PETACC-3. Un perfil 5-FU desarrollado de manera similar se evaluó mediante la comparación de la cohorte PETACC-3 con una cohorte de 359 pacientes en estadio II del cáncer de colon que se sometieron a la cirugía, pero no recibieron ninguna terapia adyuvante.
Resultados
No había ninguna asociación estadísticamente significativa entre el irinotecán o SN-38 perfiles y beneficiarse de irinotecán. El perfil de sensibilidad del 5-FU mostró una asociación estadísticamente significativa con la supervivencia libre de recaída (RFS) (razón de riesgo (HR) = 0,54 (0,41-0,71), p & lt; 1e-05) y la supervivencia global (HR = 0,47 (0,34-0,63) , p & lt; 1e-06) en la subpoblación PETACC-3. El efecto del perfil de 5-FU se mantuvo significativa en un modelo de riesgos proporcionales de Cox de variables múltiples, con ajuste de varios parámetros clinicopathological pertinentes. Estadísticamente no se observó un efecto significativo del perfil 5-FU en la cohorte tratada de 359 pacientes (supervivencia libre de recaída, p = 0,671).
Conclusión
El predictor irinotecán no tenía ningún valor predictivo. El predictor 5-FU era pronóstico en pacientes en estadio III en PETACC-3, pero no en pacientes en estadio II con ninguna terapia adyuvante. Esto sugiere una potencial capacidad de predicción del perfil de sensibilidad a 5-FU para identificar a los pacientes con cáncer de colon que pueden beneficiarse del 5-FU, sin embargo, ningún biomarcador para predecir beneficio para 5-FU adyuvante debe ser evaluado rigurosamente en cohortes independientes. Dadas las diferencias entre los dos grupos de estudio, los presentes resultados deben ser validados
Visto:. Buhl IK, Gerster S, M Delorenzi, Jensen T, Jensen PB, Bosman F, et al. Line (2016) de células derivadas 5-FU e irinotecán Perfiles de drogas-sensibilidad evaluados en adyuvante del cáncer de colon de datos de prueba. PLoS ONE 11 (5): e0155123. doi: 10.1371 /journal.pone.0155123
Editor: Ajay Goel, Baylor University Medical Center, Estados Unidos |
Recibido: 16 de diciembre de 2015; Aceptado: 25 Abril de 2016; Publicado: 12 de mayo de 2016
Derechos de Autor © 2016 Buhl et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Disponibilidad de datos:. Todo matriz datos y algunos datos clínicos están disponibles a partir de (número de e-MTAB-990) ArrayExpress
Financiación:. el trabajo fue apoyado en parte por la subvención SNF 320030_135421 de la Fundación Nacional de Ciencia de Suiza. La Sociedad Danesa del Cáncer proporcionó una beca por Ida K. Buhl y el apoyo financiero a la subvención del proyecto 31176.
Conflicto de intereses: el perfil 5-FU protegidos con patente de EE.UU. 8.445.198. Autores IKB, TJ, PBJ, NB, AH y SK están todos asociados con el Instituto financieramente pronóstico médico. Autor MD tiene la propiedad de valores u otro en Roche. Autores SG, FB, ST, AR tienen nada que revelar. Esto no altera la adhesión de los autores a PLoS ONE políticas en los datos y materiales de uso compartido.
Introducción
El antimetabolito 5-fluorouracilo (5-FU) es la columna vertebral en el tratamiento sistémico de primaria y cáncer metastático colorrectal (CRC), con más actividad en una amplia gama de tumores sólidos incluyendo otros tumores malignos gastrointestinales, cáncer de mama, cánceres de cabeza y cuello y carcinomas [1] de ovario. 5-FU tratamiento da como resultado un beneficio de supervivencia en el tratamiento adyuvante de CRC [2] y es más a menudo en combinación con oxaliplatino [3]. En el tratamiento de metástasis CRC, 5-FU está actualmente combina con el inhibidor de la topoisomerasa-1 irinotecan como régimen FOLFIRI o con oxaliplatino como un régimen FOLFOX [4; 5].
Conflicto de variables en tanto a nivel de células tumorales y nivel de paciente puede garantizar o corromper la eficacia del 5-FU [6] y /o irinotecán [7] y con muchos pacientes no obtener el beneficio, pero sólo los efectos secundarios de este tratamiento, existe una necesidad no satisfecha de biomarcadores predictivos [8] . La investigación sobre factores predictivos de respuesta de 5-FU se ha centrado principalmente en la timidilato sintasa (TS) como un objetivo para el 5-FU y de los niveles de la enzima dihidropirimidina deshidrogenasa (DPD), que metaboliza el 5-FU en el hígado [9-11]. En general, los resultados de las asociaciones en conflicto con el efecto del tratamiento en peligro la utilidad de la TS y la DPD como predictores para el 5-FU [12; 13]. Del mismo modo, a pesar de muchos intentos, no hay biomarcadores predictivos irinotecán han alcanzado un nivel de pruebas que permitan el uso clínico de rutina [14].
Nos acercamos al problema de la predicción de 5-FU o beneficio irinotecan basado en datos de expresión génica mediante la comparación de asociaciones entre los perfiles de expresión de genes y la eficacia de los fármacos en cuestión en el repositorio línea celular Instituto Nacional del cáncer de Estados Unidos NCI60 [15]. Modelos de sensibilidad para estos fármacos se desarrollaron antes del presente estudio por el pronóstico del Instituto Médico (MPI), Dinamarca [16]. Un segundo paso incluye el filtrado de los perfiles de expresión de genes identificados en contra de la expresión de ARNm de una colección de 3200 tumores humanos. Sólo los genes que se expresan diferencialmente en el material tumoral clínico fueron retenidos en los modelos. Un método de predicción de forma análoga construcción, ha sido recientemente validado externamente por bioestadísticos de MD Anderson para el metotrexato en la leucemia linfoblástica aguda, para ABVD (doxorrubicina, bleomicina, vinblastina, dacarbazina) en el linfoma de Hodgkin 's y de epirubicina en el cáncer de mama en las tres pre-especificados por separado conjuntos de datos clínicos [17]. modelos similares fueron probados recientemente para fulvestrant en cáncer de mama [18] y R-CHOP (rituximab, ciclofosfamida, doxorubuicin, vincristina, prednisona) en el linfoma de células B grandes difuso (DLBCL) [19].
En el presente estudio se evaluó a 5-FU y un predictor irinotecán sensibilidad MPI. Se utilizó la expresión génica y los datos clínicos de los pacientes de cáncer de colon PETACC-3 (CC) subpoblación de pacientes [20] y de una población de pacientes en estadio II CC que habían sido sometidos a cirugía, pero no recibieron terapia adyuvante [21] perfiladas en la misma plataforma de microarrays . En el ensayo clínico aleatorizado prospectivo PETACC-3, el objetivo principal fue investigar si la adición de irinotecán adyuvantes para 5-FU adyuvante + leucovorina (LV5FU) mejoraría la supervivencia libre de recaída (RFS). El estudio concluyó que la adición de irinotecán a LV5FU no mejoró significativamente la supervivencia, pero se observó una tendencia estadísticamente no significativa a favor del tratamiento con irinotecán, además de LV5FU [20].
Las conclusiones de este estudio fueron que no hubo asociación entre el predictor sensibilidad irinotecán y la evolución del paciente, mientras que los datos sugieren que el perfil de respuesta de 5-FU se correlaciona con los resultados de los pacientes que reciben terapia adyuvante basada en 5-FU. Estos datos justifican una evaluación clínica adicional del perfil de respuesta de 5-FU.
Pacientes y métodos
Predictor desarrollo basado en ensayos in vitro
El método in vitro MPI basado en el desarrollo de un predictor de la respuesta a los fármacos se ha descrito anteriormente [16 a 19]. En pocas palabras, es un algoritmo basado en los valores de inhibición del crecimiento (GI50) de las líneas celulares NCI60 [15] sometidos a tratamiento con 5-FU, irinotecán o SN-38. SN-38 es el metabolito activo de irinotecan. expresión génica mediciones se realizaron con un conjunto de Affymetrix HG-U133A. Después de la normalización logit, los genes con el coeficiente de correlación de Pearson para GI50 encima o por debajo de 0,25 -0,25 se consideraron como posibles biomarcadores de la sensibilidad y la resistencia al tratamiento y se retienen para contribuir a los perfiles para 5-FU, irinotecán o SN-38, respectivamente. Para ordenar distancia genes que limitan su actividad in vitro de la definición de medidas de ARNm a partir de muestras tumorales congeladas clínicos más de 3200 de resorte se aplicaron a cada perfil. Por la presente, sólo los marcadores ya conocidos por estar presentes en los tumores de pacientes contribuido a los perfiles finales. Cada firma se compone de dos conjuntos de genes (hacia arriba y hacia abajo reguladas características). Las puntuaciones de perfil se definieron como la diferencia entre las medias de los dos grupos de características para cada uno de los medicamentos. Las puntuaciones fueron entonces escalados para cubrir el rango de 0 a 100. Una muestra se clasifica como sensible a un tratamiento, si la correspondiente puntuación de perfil normalizado se fueron considerados más grande que 50. Todas las demás muestras para ser resistente.
el array (Almac Diagnostics cáncer colorrectal DSA) utilizado para el análisis de ARNm en las muestras de pacientes FFPE es diferente de la matriz (HG-U133A) utilizado para derivar el perfil de ARNm in vitro. Eso requiere una traducción del perfil de un tipo de matriz a otra que fue hecho por MPI antes de que el perfil se ensayó externamente por la SIB en las dos poblaciones de estudio.
El NCI ha obtenido las líneas celulares de 60 de sus fuentes como se describe https://dtp.cancer.gov/default.htm [15; 22]
los conjuntos de datos y matrices
Para el conjunto de datos PETACC-3, los perfiles de expresión génica fueron. generada a partir de FFPE diapositivas de cáncer colorrectal. La extracción de RNA y la hibridación se llevó a cabo por el grupo de Almac en dos lotes. El procesamiento de datos se describe en detalle en S1 Doc. Los resultados presentados se basan en 636 muestras de etapa III
.
La otra cohorte que consta de 359 pacientes en estadio II CC CC que habían sido sometidos a cirugía, pero no recibieron terapia adyuvante de Kennedy et al [21] fueron todos examinados para la expresión de ARNm de manera similar a los PETACC-3 muestras. La cohorte será de aquí en adelante se denominará la cohorte Kennedy.
El análisis estadístico
El proyecto actual es el resultado de la colaboración entre los dos laboratorios independientes. El perfil realizado en el Instituto pronóstico médico fue enviado al Instituto Suizo de Bioinformática para todos los análisis estadísticos que se llevó a cabo allí con un procedimiento de prueba totalmente fijo definido en un plan de análisis antes de la ejecución.
supervivencia libre de recaída ( RFS) se utilizó como criterio de valoración principal para comparar los resultados de ambos conjuntos de datos. RFS se define como el tiempo desde la fecha de la asignación al azar hasta la primera fecha de la recaída (local, regional o distante), la aparición de una segunda CC primaria, o la muerte. La supervivencia global (OS) como un objetivo secundario se define como el tiempo desde la fecha de la aleatorización hasta la muerte por cualquier causa.
Las variables adicionales en los análisis multivariables fueron grupo de tratamiento, edad, sexo, localización tumoral, estadio T (T1-2, T3 y T4), el estadio N (N1 y N2) y el grado tumoral (G1-2 y G3-4), la mutación KRAS, BRAF mutación y la inestabilidad de microsatélites (MSI) cuando se disponía de las variables.
El plan de análisis fue diseñado para buscar asociaciones entre la predicción de resultados y el resultado clínico. Los pacientes fueron discriminados en 2 grupos en función de la puntuación perfil computarizada. Los pacientes con un perfil de 5-FU puntuación menor o igual a 50 fueron etiquetados como mal pronóstico (resistente). Los otros pacientes fueron considerados como buen pronóstico (sensible) en relación con el tratamiento con 5-FU.
Se utilizó una prueba de log-rank para comprobar el perfil como una variable discreta comparar las curvas de supervivencia de los pacientes sensibles a los predichos predicho resistente. En segundo lugar, el plan era para adaptarse a los modelos de riesgos proporcionales de Cox (multivariable) usando las puntuaciones de perfil continuo.
Además, las razones de riesgo para el perfil de 5-FU para la supervivencia libre de recaída en el PETACC-3 y el Kennedy cohorte se compararon mediante una prueba z. Esto se basa en los supuestos de que con la hipótesis nula de que los dos recursos humanos son iguales, que la distribución de error de las estimaciones se distribuyen normalmente y que las dos poblaciones son comparables. Sin embargo, hay que insistir en que las dos poblaciones representan dos cohortes distintas con todas las diferencias que esto puede conducir a.
Resultados
arrays de expresión y la línea celular de datos de sensibilidad
El perfil de irinotecan derivado de las líneas celulares NCI60 consistió de 38 genes correlacionados positivamente y 32 genes correlacionados negativamente. Los genes fueron anotados a 353 y 166 correlacionó positivamente correlacionados negativamente sonda fija ALMAC de la matriz ALMAC cáncer colorrectal DSA. El perfil 5-FU constaba de 91 genes correlacionados positivamente y 114 genes correlacionados negativamente. Los conjuntos de sondas de Affymetrix fueron asignadas a 232 correlacionó positivamente y 437 conjuntos de sonda correlación negativa entre la matriz ALMAC cáncer colorrectal DSA
La lista completa de los conjuntos de sonda y los nombres de genes para el predictor irinotecán se desprende de la Tabla S1.; para el predictor 5-FU está disponible como S2 tabla.
características basales de los pacientes
Desde el original PETACC-3 cohorte de pacientes, encontramos un subgrupo de 636 pacientes en estadio III CC con alta disponible calidad de los datos de expresión de ARNm. Este subgrupo se utilizó para probar la importancia pronóstica y predictiva de los irinotecán MPI, SN-38 y los perfiles de 5-FU, respectivamente. Dado que los datos de irinotecan y SN-38 fueron casi idénticos que aquí sólo se informe sobre los resultados de irinotecán. características iniciales de los pacientes de la población del estudio PETACC-3 y la subpoblación actualmente investigados se presentan en la Tabla S3 partes A y B. Se ve que la subpoblación era representativa de la PETACC-3 población total de fase III del estudio. Por otra parte, esta subpoblación no mostró grandes diferencias con respecto al principal PETACC-3 cohortes con respecto a beneficio de la quimioterapia adyuvante. características iniciales de los pacientes de la cohorte Kennedy se presentan en la Tabla C. S3 parte
Asociación entre irinotecán perfil y las características básicas
S4 parte Tabla A muestra las asociaciones entre el perfil predictivo irinotecán y varias características clinicopatológicas de línea de base para la subpoblación PETACC-3. Nos dimos cuenta de una asociación significativa entre el estado de MSI /MSS y la puntuación de perfil en la subpoblación del estudio PETACC-3. Esto no fue tomada en cuenta para el análisis posterior.
El perfil de expresión génica irinotecán y el pronóstico del paciente
S4 parte Tabla B muestra que no hubo un efecto estadísticamente significativo de la puntuación de irinotecán en RFS ( HR = 0,93; IC del 95% = (0,77, 1,12), p = 0,450, N = 558) cuando se probó en el subgrupo total. Los resultados para el sistema operativo se dan en la Tabla C. S4 parte
Con el fin de comprobar si una posible interacción entre la puntuación del perfil y el grupo de tratamiento, hemos montado modelos incluyendo un término de interacción para la SSR como para el sistema operativo (resultado ~ treatment_group + profile_score + treatment_group: profile_score). Para el perfil de irinotecan, ninguno de los tres términos condujo a una HR estadísticamente significativamente diferente de 1 (para el sistema operativo y RFS, se S4 parte Tabla D).
curvas de supervivencia de Kaplan Meier para el perfil de irinotecan se presentan como S1 Higo. Esta puntuación de perfil no se asoció con una diferencia en la supervivencia ni para RFS (Panel A, HR = 1,07; IC del 95% = (0,81, 1,41), p = 0,65; N = 636), ni OS (Panel B, HR = 1,14; 95% CI = (0,82, 1,57), p = 0,43;. N = 636))
Subgrupo
analiza
una separación significativa de los grupos a favor de una puntuación más alta sensibilidad se obtiene cuando ni comparando el perfil de irinotecán con RFS en el "5-FU" (sin adición de irinotecán) grupo de tratamiento (HR = 0,89; IC del 95% = (0,6, 1,31), p = 0,55; N = 307), con RFS en el tratamiento FOLFIRI grupo (HR = 1,28; IC del 95% = (0,86, 1,91), p = 0,23; N = 329), con el sistema operativo de "5-FU" grupo de tratamiento (HR = 0,83; IC del 95% = (0.53, 1.3) ; P = 0,41; grupo de tratamiento N = 307), ni con el sistema operativo en FOLFIRI (HR = 1,58; IC del 95% = (1, 2,5); p = 0,05; N = 329); véase la figura S1 panel C, D y E, F, respectivamente.
Asociación entre 5-FU y características del perfil de referencia
S5 parte Tabla A muestra las asociaciones entre el perfil predictivo 5-FU y varios características clinicopatológicas de referencia para la subpoblación PETACC-3. La tabla que muestra la misma información para las muestras de la cohorte de Kennedy está disponible como parte S6 Tabla A. Se ve que la T-etapa tiene una asociación significativa con el perfil 5-FU en la subpoblación PETACC-3 en la sencilla y en el modelos de regresión múltiple. Sin embargo, el efecto sólo es estadísticamente significativa al comparar T1-2 (grupo más pequeño) a T3 (grupo grande). Esto no fue tomada en cuenta para el análisis posterior. No hay particularidades se observaron en la cohorte de Kennedy. No tenemos información de MSI /MSS para la cohorte de Kennedy.
El 5-FU perfil de expresión génica y el pronóstico del paciente
Tabla 1 y la Tabla B S5 parte mostrar los resultados de la acondicionada (multivariable ) modelos de riesgos proporcionales de Cox para la subpoblación PETACC-3. La Tabla 1 muestra que el efecto del perfil 5-FU en el resultado (RFS) fue estadísticamente significativa incluso cuando se corrige para un conjunto de variables clínico estándar (HR = 0,72; IC del 95% = (0,62, 0,84), p = 0,00002 , N = 558), con la alta puntuación (grupo sensible) que tiene RFS más largos.
al igual que con el perfil de irinotecán con el fin de comprobar si una posible interacción entre la puntuación del perfil y el grupo de tratamiento, modelos ajustados incluyendo un término de interacción para la SSR como para el sistema operativo (resultado ~ treatment_group + + profile_score treatment_group: profile_score). Para el perfil de 5-FU, sólo el de recursos humanos para la puntuación perfil fue estadística y significativamente diferente de 1 (para el sistema operativo y RFS, véase el cuadro S5 parte C para más detalles). El grupo de tratamiento y el término de interacción no tenían una razón de riesgos estadísticamente significativamente diferente de 1.
En las curvas de la figura 1 de Kaplan-Meier se muestran para el punto final RFS (panel A) y OS (panel B). En cada panel de los pacientes se estratifican según su puntuación perfil 5-FU. Se ve que la puntuación se divide a los pacientes en una buena y un grupo de mal pronóstico. Los pacientes clasificados como sensibles tenían una mejor supervivencia estadísticamente significativa con la SSR (CRI = 0,54; IC del 95% = (0,41, 0,71), p = 7.87e-6; N = 636; basándose en los resultados del perfil dicotomizadas) y OS (HR = 0,47 ;% CI 95 = (0.34, 0.63), P = 7.4e-7;. basado en las puntuaciones de perfil dicotomizadas), (véase la sección método)
Los pacientes con un perfil de 5-FU puntuación menor o igual a 50 fueron etiquetados como mal pronóstico, los otros como buen pronóstico en relación con el tratamiento con 5-FU. 5-FU se incluyó en el tratamiento de todos los pacientes. Las curvas muestran que el perfil de 5-FU separa significativamente a los pacientes en el bien y el mal resultado (RFS utilizando como criterio de valoración en el panel A, el sistema operativo en el panel B).
análisis de subgrupos
la paneles a en las figuras 2 (RFS) y 3 (OS) visualizar los datos de los pacientes en el "5-FU" (sin agregado irinotecán) grupo de tratamiento. Se ve que el perfil de 5-FU también dividido significativamente los pacientes en este grupo de tratamiento en un buen y un mal pronóstico con subgrupo RFS en la figura 2 (HR = 0,57, IC del 95% = (0,39, 0,85), P = 5.38e -3, N = 307) y el sistema operativo en la figura 3 (HR = 0,52; IC del 95% = (0,33, 0,81), p = 3.03e-3;. N = 307)
Los mismos datos que en la figura 1A, pero la presentación de los resultados por grupo de tratamiento. El panel A muestra los datos de los pacientes en el grupo de 5-FU /FA, Grupo B los datos de los pacientes en el brazo de tratamiento FOLFIRI. El criterio de valoración utilizado es RFS.
Los mismos datos que en la figura 1B, pero la presentación de los resultados por grupo de tratamiento. El panel A muestra los datos de los pacientes en el grupo de 5-FU /FA, Grupo B los datos de los pacientes en el brazo de tratamiento FOLFIRI. El criterio de valoración utilizado es el sistema operativo.
El mismo análisis se realizó en los pacientes tratados FOLFIRI (ver los paneles B en las figuras 2 y 3). Se observa que el perfil 5-FU también dividido estos pacientes en dos grupos de pronóstico significativamente diferentes de RFS (HR = 0,50; IC del 95% = (0,34, 0,74), p = 3.48e-4, N = 329) y OS ( HR = 0,42; IC del 95% = (0,27, 0,65), p = 5.52e-5;. N = 329)
a partir de los resultados anteriores que muestran un valor pronóstico significativo del perfil de expresión de 5-FU en los pacientes incluidos en el estudio PETACC-3 en el que todos los pacientes recibieron 5-FU, que después se aplican al perfil 5-FU a una cohorte de pacientes con CC que no tenía ninguna terapia adyuvante a la cirugía, la cohorte de Kennedy. En la cohorte de Kennedy [21] no se encontraron diferencias estadísticamente significativas (análisis univariante y multivariante) en RFS (HR = 0,92; IC del 95% = (0,64, 1,33), p = 0,671, n = 359) o el sistema operativo (HR = 0,96, 95 CI% = (0,67, 1,4); P = 0,849; N = 359) se observaron cuando la población se dicotomizó por el perfil predictivo 5-FU, ver Fig 4. se comprobó, además, que también la realización de un análisis mediante la puntuación de perfil continuo no dio lugar a diferencias estadísticamente significativas en RFS (S6 parte Tabla B) o OS (S6 Tabla parte C).
los pacientes con un perfil de 5-FU puntuación menor o igual que 50 fueron etiquetados puntaje tan bajo, la otros como puntuación más alta en relación con el tratamiento con 5-FU. Las curvas muestran que el perfil de 5-FU no separa los pacientes CC en el bien y el mal resultado (RFS utilizando como criterio de valoración en el panel A, el sistema operativo en el panel B).
A continuación, preguntamos si había una diferencia significativa en las proporciones de riesgo para el perfil de 5-FU para RFS en ambos grupos de tratamiento (5-FU y FOLFIRI) del PETACC-3 (HR = 0,54; IC del 95% = (0.41, 0.71)) y para el Kennedy cohorte (HR = 0,92; IC del 95% = (0.64, 1.33)). Una prueba de comparación de los dos cocientes de riesgos demostró una diferencia significativa (z-test, p = 0,02, ver métodos).
Discusión
En este estudio de la expresión génica perfiles de respuesta de irinotecán y 5-FU desarrollado con base en el repositorio de línea celular NCI60 y se filtra utilizando material clínico del tumor que representa diferentes tipos de tumores para excluir los genes de células línea específica [18] fueron evaluados de forma retroactiva de material tumoral obtenida del PETACC-3 ensayo prospectivo y aleatorizado clínica [20] y en datos públicamente disponibles de pacientes en estadio II CC, la cohorte Kennedy [21].
método de MPI utiliza la correlación entre la sensibilidad a una expresión de medicamentos y genes en un panel de líneas celulares. El perfil de la expresión génica resultante de genes puede explicar la sensibilidad diferencial in vitro. Pero este perfil de expresión génica no es directamente predictivo en un entorno clínico. Para predecir las respuestas del paciente a la misma droga, una traducción del perfil in vitro a un perfil clínico es necesario. MPI filtra el perfil in vitro a través de una red biológica derivada de los sistemas de análisis de muestras de pacientes.
Para su aplicación a los estudios clínicos, los genes que se encuentran marcadamente hacia arriba o hacia abajo-regulada en los perfiles fueron traducidos por el MPI laboratorio para ALMAC sonda fija correspondiente a fin de ser probado en los dos conjuntos de datos clínicos.
el uso de un diseño de ensayo prospectivo-retrospectivo que se considera necesaria para alcanzar un nivel suficiente de pruebas para determinar la utilidad clínica al validar biomarcadores predictivos [23]. El diseño del ensayo PETACC-3 permite una validación directa de biomarcadores predictivos irinotecán mientras que carece de un brazo sin tratar para probar candidatos de biomarcadores para predecir beneficio del tratamiento 5-FU. Un total de 636 pacientes en estadio III CC del estudio PETACC-3 fueron incluidos en el presente estudio.
El hallazgo más interesante de este estudio fue que el perfil de respuesta de 5-FU separa significativamente los PETACC-3 pacientes en un grupo más grande (79% de los pacientes) del bien y un grupo más pequeño (el 21% de los pacientes) de mal pronóstico independientemente de la etapa conocida pronóstico parámetros clínico TN, MSI /MSS-estado, lugar, grado y mutaciones activadoras en KRAS y BRAF. Por el contrario, el perfil de expresión irinotecan no condujo a una fracción estadísticamente significativa. Al dividir la presente cohorte de pacientes de acuerdo con la rama de tratamiento, se obtuvieron resultados similares, lo que significa que el perfil de irinotecán no proporcionó información predictiva ni pronóstico.
La escala del perfil era una transformación lineal que no afecta a la distribución pero sólo la interpretación de la partitura. El punto de corte de 50 se encuentra cerca de la mediana en muchas poblaciones, pero en la población en estadio III PETACC que estaba lejos de la mediana. Hemos tenido que pegarse al punto de corte de 50, sin embargo, ya que este fue definido en el plan de análisis estadístico antes de mirar los datos clínicos.
Dado que los pacientes en ambos grupos de tratamiento del estudio PETACC-3 recibieron 5-FU , no es posible distinguir un perfil indicativo de riesgo intrínseco más pequeño a partir de un perfil predictivo de un beneficio de supervivencia debido a la eficacia de 5-FU. Un perfil puramente pronóstico debería reconocer diferentes grupos de riesgo también en las poblaciones tratadas. Sin embargo, no se observó ningún efecto pronóstico estadísticamente significativo en la cohorte de Kennedy, ni siquiera una tendencia. Esto podría interpretarse como la diferencia entre los grupos buenos y pobres supervivencia de la cohorte PETACC-3 como se identifica por el perfil 5-FU, se debe principalmente a la diferencia en el beneficio del 5-FU.
Una interpretación alternativa es que el perfil tiene un valor puramente pronóstico fuerte en estadio III (PETACC-3), pero no en la etapa II (Kennedy), o que la observación es debido a otros y desconocidos diferencias entre las dos cohortes de pacientes no puede ser excluida.
Una comparación de los resultados de la validación de biomarcadores de múltiples conjuntos de datos tiene varias limitaciones. En este estudio, en primer lugar, la subpoblación PETACC-3 consistía en pacientes en estadio III CC, la cohorte Kennedy de pacientes en estadio II CC. En segundo lugar, el conjunto de covariables disponibles era diferente y algunas características importantes, como el estado de MSI, no siempre estaban disponibles. En la subpoblación PETACC-3 hay una sobrerrepresentación de los pacientes varones, mientras que en la cohorte Kennedy esto es mejor equilibrada. Por otra parte, el saldo de la izquierda frente a los tumores del lado derecho en la PETACC-3 cohortes y la cohorte difieren Kennedy (con muchos datos faltantes en la localización del tumor primario para los pacientes de la cohorte de Kennedy).
Debe ser tomó nota de que la búsqueda de datos adecuado establece para evaluar un potencial de capacidad de predicción de un biomarcador de adyuvante 5-FU y /o tratamiento irinotecan en pacientes CC es difícil. Se llevaron a cabo hace muchos años la mayoría de los estudios que comparan el tratamiento con 5-FU para los pacientes no tratados y las poblaciones de pacientes no serían representativos de los pacientes CC de hoy en día más. Por ejemplo, entre muchas mejoras, procedimientos quirúrgicos se han desarrollado significativamente mayor.
A pesar de las dos cohortes ser diferente, nos preguntamos si había una diferencia significativa en las proporciones de riesgo para el perfil 5-FU para RFS en PETACC -3 (HR = 0,54; IC del 95% = (0.41, 0.71)) y en la cohorte Kennedy (HR = 0,92; IC del 95% = (0.64, 1.33)) con una prueba de comparación de las dos proporciones de riesgo que demostraron una diferencia significativa (z-test, p = 0,02). Sin embargo, debido a las importantes diferencias entre las dos cohortes analizadas, el resultado tendrá nueva validación clínica en el material tumoral obtenida a partir de un estudio clínico diseñado apropiadamente
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El perfil de irinotecán no demostró ninguna separación significativa de los PETACC-3 pacientes o la cohorte de Kennedy. Una explicación para este hallazgo es que, ya que no hubo efecto significativo de la adición del tratamiento con irinotecan en el estudio original PETACC-3, cualquier subpoblación que se beneficiaría de la adición de irinotecán podría ser demasiado pequeños para ser detectados con las muestras de los pacientes disponibles. Otra explicación que no pueda ser excluida es que no hay ningún beneficio del tratamiento adyuvante irinotecan en la etapa III CC. Esta última explicación se apoya en el estudio CALGB 89803, que tenía un diseño similar como el estudio PETACC-3, y que tampoco pudo demostrar ningún beneficio significativo de la adición de irinotecán a LV5FU [24].
El tratamiento adyuvante de CC los pacientes en estadio II o III se ha estancado a pesar de los muchos intentos de introducir nuevos medicamentos durante la última década [25]. Los biomarcadores para ayudar al médico en cuanto al pronóstico, la predicción de la eficacia del tratamiento y toxicidades graves esperados para el tratamiento antineoplásico de CC han sido durante mucho tiempo esperado. Sólo unos pocos biomarcadores de pronóstico se han aplicado clínicamente y no hay biomarcadores para el 5-FU o la sensibilidad irinotecan se han desarrollado a una etapa en la que se pueden utilizar en el tratamiento de rutina de CC. Una cuestión importante con la validación de los biomarcadores en el tratamiento adyuvante de CC es que los pacientes no experimentan una recurrencia de la enfermedad o bien podría han sido curados por la cirugía primaria (que representa los tumores sensibles o resistentes) o por la quimioterapia posterior (que representa los tumores sensibles), mientras que los pacientes tener recurrencia de la enfermedad se considera que tienen tumores resistentes. Este es un problema inherente a las que no existe una solución satisfactoria en el análisis de biomarcadores predictivos en el tratamiento adyuvante.
En conclusión, el presente estudio presenta una novela 5-FU ARNm perfil de expresión que podría separar la subpoblación fase III de la PETACC-3 cohorte de pacientes en subgrupos con resultado estadísticamente significativo diferente. Al aplicar también este perfil a una cohorte de pacientes no tratados CC, conviene hacer sugerencias para una posible asociación entre el perfil 5-FU y beneficiarse de un tratamiento adyuvante con 5-FU en pacientes en estadio III CC. Actualmente estamos buscando para validar nuestros datos 5-FU en una cohorte de pacientes independiente.
Apoyo a la Información
S1 Doc. . Procesamiento de Datos en PETACC-3 de datos Francia El documento describe material de la muestra humana y el procesamiento de los datos con el software estadístico R en los datos PETACC-3
doi:. 10.1371 /journal.pone.0155123.s001 gratis (DOCX )
S1 Fig. PETACC-3 subpoblación de pacientes estratificados según su puntuación perfil irinotecán.
Los pacientes con un perfil de irinotecán puntuación menor o igual que 50 fueron etiquetados como mal pronóstico, los otros como buen pronóstico en relación con el tratamiento con 5-FU. Las curvas muestran que el perfil de irinotecán no divide a los pacientes en el bien y el mal resultado (RFS utilizando como criterio de valoración en el panel A, el sistema operativo en el panel B). Los paneles C y D muestran los mismos datos que en el panel A, pero que presenta los resultados por grupo de tratamiento. El panel C muestra los datos de los pacientes en el grupo de 5-FU /FA, Grupo D los datos de los pacientes en el brazo de tratamiento FOLFIRI. El criterio de valoración utilizado es RFS. Los paneles E y F muestran los mismos datos que en el panel B, pero la presentación de los resultados por grupo de tratamiento. Panel E muestra los datos de los pacientes en el grupo de 5-FU /FA, Grupo F de los datos de los pacientes en el brazo de tratamiento FOLFIRI. El criterio de valoración utilizado es el OS de doi:. 10.1371 /journal.pone.0155123.s002 gratis (PDF) sobre Table S1. Sonda fija en el perfil de irinotecán.
Parte A. sonda fija para los genes sobreexpresados en líneas celulares sensibles a irinotecán. La tabla muestra los conjuntos de sonda Almac que corresponden a los genes identificados en las líneas celulares. Tenga en cuenta que algunos genes tienen varios conjuntos de sonda coincidente, el mapeo no es única ni inambiguous. Parte B de la sonda fija para los genes sobreexpresados en líneas celulares resistentes al irinotecán.