de señalización
Extracto
El interferón (IFN) se ha sugerido que desempeñar un papel importante en la carcinogénesis colorrectal. Nuestro estudio tuvo como objetivo examinar las variantes genéticas potencialmente funcionales en interferón factor regulador 3 (
IRF3
),
IRF5
,
IRF7
, tipo I y tipo II
IFN
y los genes receptores con respecto al riesgo de cáncer colorrectal (CCR) y el resultado clínico. En total, 74 polimorfismos de nucleótido único (SNP) fueron cubiertos por los 34 SNPs genotipo en un estudio de casos y controles de base hospitalaria de 1327 casos de CCR y 758 controles sanos procedentes de la República Checa. También se analizaron estos SNPs en relación con la supervivencia global y la supervivencia libre de eventos en un subgrupo de 483 pacientes. Siete SNPs en
IFNA1
,
IFNA13
,
IFNA21
,
IFNK
,
IFNAR1
y
IFNGR1
estaban asociados con el riesgo de CCR. Después de múltiples pruebas de corrección, las asociaciones con las rs2856968 SNPs (
IFNAR1
) y rs2234711 (
IFNGR1
) se mantuvo formalmente significativa (
P = 0,0015
y
P
& lt; 0,0001, respectivamente). Los análisis de supervivencia multivariante mostró que los SNP rs6475526 (
IFNA7 /IFNA14
) se asoció con la supervivencia global de los pacientes (
P = 0,041
y libre de eventos supervivencia entre los pacientes sin metástasis a distancia en el momento de diagnóstico,
P = 0,034
). Los cocientes de riesgos instantáneos (CRI) para rs6475526 se mantuvo estadísticamente significativa incluso después de ajustar por edad, sexo, grado y estadio (
P = 0,029
y
P = 0,036
, respectivamente), lo que sugiere que es rs6475526 un marcador pronóstico independiente para el CCR. Nuestros datos sugieren que la variación genética en los genes de la vía de señalización de IFN puede jugar un papel en la etiología y la supervivencia de la CRC y emprender nuevos estudios
Visto:. Lu S, Pardini B, B Cheng, Naccarati A, Huhn S, Vymetalkova V, et al. (2014) polimorfismos de nucleótido único dentro de los genes de interferón vía de señalización están asociados con el cáncer colorrectal Susceptibilidad y Supervivencia. PLoS ONE 9 (10): e111061. doi: 10.1371 /journal.pone.0111061
Editor: Christophe Lamaze, Institut Curie, Francia |
Recibido: 3 Junio, 2014; Aceptado: 18 Septiembre 2014; Publicado: 28 Octubre 2014
Derechos de Autor © 2014 Lu et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Disponibilidad de datos:. La autores confirman que todos los datos que se basan los resultados son totalmente disponible sin restricciones. Todos los datos relevantes se encuentran dentro del apoyo de sus archivos de información en papel y
Financiación:. Este estudio fue apoyado por la agencia de Concesión de la República Checa (GACR) [CZ: GACR: GA P304 /10/1286 y P304 /12/1585] y BM1206 Acción COST. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer colorrectal (CCR) es un importante contribuyente a la incidencia del cáncer y la muerte, con más de 1,3 millones de nuevos casos resulta en cerca de 694.000 muertes en todo el mundo en 2012 (http://globocan.iarc.fr/Default.aspx ). La nutrición, el estilo de vida y el medio ambiente [1], así como los eventos genéticos se han implicado tanto en la etiología de la CRC y la supervivencia de los pacientes después del diagnóstico de CCR [2], [3]. Hasta el momento, 50 polimorfismos de nucleótido único (SNP) ubicadas en 40 loci se han asociado con el riesgo de CCR por los estudios de asociación de genoma completo (Glass, http://www.genome.gov/gwastudies/, [4] - [6 ]). Aunque los marcadores moleculares se han sugerido para el seguimiento de pacientes con CRC tratados, su aplicación clínica completa se encuentra en evaluación. escenario clínico patológica sigue siendo el principal marcador de pronóstico utilizado en la práctica clínica.
Las respuestas inflamatorias juegan un papel crucial en la carcinogénesis colorrectal. Varios estudios, aunque no SNPs cualquier GWAS, han informado en los genes relacionados con la inmunidad a estar asociados con el riesgo de CCR o pronóstico [7] - [10]. Los interferones (IFN) son proteínas relacionadas con la inmunidad producidos y liberados por las células huésped en respuesta a la presencia de patógenos. la señalización mediada por IFN tiene una amplia gama de funciones, incluyendo antiviral y la respuesta antimicrobiana, antiproliferación, la inmunomodulación y la apoptosis [11], [12]. Hay dos clases principales de IFNs, tipo I y tipo II. Los IFNs de tipo I, dos IFNA y IFNB, se ha informado que tienen un efecto en la supresión de tumores y la defensa inmune antiviral través de la inducción de las respuestas de p53 [13]. IFNG, el único IFN de tipo II, se ha sugerido que desempeñar un papel vital en la interrupción de la función de barrera del epitelio intestinal [14], [15]. También se ha identificado como un importante modulador de los genes relacionados con la inmunidad, tales como el receptor tipo toll 3 (
TLR3
), el gen que mostró asociación con la supervivencia del CCR en nuestro estudio anterior [8]. factores reguladores de interferón (IRF) regulan los IFN y algunos oncogenes IFN-inducible por servir como mediadores de transcripción de los patógenos y las vías de señalización inducidas por el IFN. receptores de interferón son esenciales para los IFN para ejercer sus efectos biológicos [11], [12]. Todos los IFN tipo I se unen a un receptor compuesto por dos subunidades, IFNAR1 y IFNAR2, mientras que el IFNG interferón tipo II se une a otro receptor dimérica compuesta por IFNGR1 y IFNGR2.
Hasta ahora, pocos estudios han investigado la asociación entre variantes genéticas en la vía de señalización de IFN y la CRC. Un estudio anterior examinó la variación genética en
IFNG, IFNGR1, IFNGR2 Opiniones y IRF1-9 con el riesgo y la supervivencia de colon y cáncer rectal [16]. En ese estudio, se aplicó el enfoque tagSNP; varios SNPs en
FRI, IFNG Opiniones y se encontraron sus receptores están asociados con el riesgo de CCR o la supervivencia [16]. Para explorar más a fondo el papel de las variantes genéticas en los genes de la vía de señalización de IFN en el CCR, genotipo de un conjunto de SNPs potencialmente funcionales en el
IRF3, IRF5, IRF7, IFNA, IFNB, IFNE, IFNK, IFNW, IFNG, IFNAR1, IFNAR2, IFNGR1
y
IFNGR2
genes en un estudio de casos y controles de pacientes con CRC 1327 y 758 controles sanos de la República Checa y se evaluó su asociación con la susceptibilidad CRC, progresión y pronóstico.
Materiales y Métodos
Ética declaración
Todos los participantes dieron su consentimiento informado por escrito para el uso de sus muestras para fines de investigación. El estudio fue aprobado por los comités éticos de los institutos participantes, el Instituto de Medicina Experimental, Academia de Ciencias de la República Checa, Praga, República Checa y el Instituto de Medicina Clínica y Experimental y Hospital de la Facultad Thomayer, Praga, República Checa.
Estudio de la población
el grupo de casos contenía 1327 CRC pacientes reclutados entre los años 2004 y 2010 por varios departamentos oncológicos en la República Checa [17]. Su edad media (± desviación estándar) fue de 62,1 (± 10,7) años, y el 61,7% de ellos eran hombres. Los pacientes mostraron resultados positivos para malignidad colonoscópicos, histológicamente confirmado como carcinomas de colon o de recto. Los pacientes que cumplieron los criterios de Ámsterdam I o II para el cáncer colorrectal hereditario sin poliposis no se incluyeron en el estudio [18]. Información general sobre el género y la edad al momento del diagnóstico estaba disponible para todos los pacientes. Por 483 casos ingresados consecutivamente, incidentes diagnosticados entre 2003 y 2010, los datos clínicos en el momento del diagnóstico, incluyendo la localización del tumor (colon /recto), la Unión Internacional contra el Cáncer (UICC) la clasificación TNM [tamaño o extensión directa de la primaria tumor (T), el grado de propagación a los ganglios linfáticos regionales (N), la presencia de metástasis (M)] y el grado estaban disponibles (Tabla 1). Información sobre metástasis a distancia, la recaída y la fecha de la muerte también se recogió, con un seguimiento hasta el 31 de agosto de 2011.
El grupo control contenía 758 individuos sanos reclutados por un centro de donantes de sangre en una hospital de Praga [19]. Estos individuos libres de enfermedad representan a la población general de la República Checa, que tiene una población genéticamente bastante uniformes [20] - [22]. Su edad media (± desviación estándar) fue de 45,6 (± 8,3) años, y el 56,2% de ellos eran hombres.
SNP selección
se seleccionaron 20 genes candidatos de la vía de señalización de IFN en función de su sugerido papel funcional en la CRC causalidad y la supervivencia, incluyendo
IFNA (1, 2, 4, 5, 7, 8, 13, 16, 17 y 21), IFNB1, IFNK, IFNW1, IRF3, IRF5, IRF7, IFNAR1 , IFNAR2, IFNGR1
, y
IFNGR2
[8], [13] - [15], [23] - [28]. Se seleccionaron un total de 34 SNPs, que capturó 74 SNP potencialmente funcionales, para el genotipado de estos genes del Proyecto Internacional HapMap (http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov) y la base de datos NCBI (http: //www .ncbi.nlm.nih.gov) (Tabla 2) en base a los siguientes criterios: alelo menor frecuencia (MAF) ≥10% en los europeos; ubicación dentro de la región de codificación (no sinónimo SNPs), las regiones no traducidas 5 'y 3' (UTRs) y el promotor (hasta aproximadamente 1 kb del sitio de inicio de la transcripción); desequilibrio de pares de ligamiento (LD, r
2≤0.80) entre los SNPs en los residentes de Utah con ascendencia del Norte y Europa occidental de la colección CEPH (CEU). SNPnexus (http://snp-nexus.org/) se utilizó para predecir las consecuencias funcionales de los SNPs seleccionados. Para los SNP rs2856968, rs2243711 y rs6475526 (incluyendo SNPs captadas por estos SNP), que asocian con el riesgo de CCR o la supervivencia, que también se utiliza herramientas basadas en la Web [HaploReg v2 (http://www.broadinstitute.org) y Web SNPinfo servidor (http://snpinfo.niehs.nih.gov/cgi-bin/snpinfo/snpfunc.cgi)] para predecir sus efectos sobre los posibles elementos reguladores.
Genotipado
en este proyecto, se utilizó todo el genoma de ADN amplificado (WGA) a partir de leucocitos de sangre periférica [29], [30]. La genotipificación se realizó cegados por el estado de casos y controles de cada muestra. El método de discriminación alélica KASP (LGCgenomics, Middelsex, Reino Unido) se utilizó para determinar el genotipo de los SNPs seleccionados. la amplificación del ADN se realizó de acuerdo a las condiciones de PCR los LGCgenomics '. La detección del genotipo se realizó utilizando un sistema de detección ABI PRISM 7900HT secuencia con el software SDS2.4 (Applied Biosystems). El conjunto muestra contenía 138 muestras duplicadas como controles de calidad. La correlación genotipo entre las muestras duplicadas era & gt; 99%. tasa genotipo llamada osciló entre 97,0 y 99,5%.
El análisis estadístico
Las frecuencias genotípicas observadas en los controles se probaron de Hardy-Weinberg (HWE) mediante la prueba de chi-cuadrado. La odds ratio (OR) y los intervalos de confianza del 95% (IC) para las asociaciones entre los genotipos y el riesgo de CCR se calcularon mediante regresión logística (PROC LOGÍSTICO, SAS versión 9.2; SAS Institute, Cary, Carolina del Norte), y ajustados por edad y sexo. Para dar cuenta de las múltiples pruebas, se aplicó el método de deposición SNP espectral (SNPSpD) para los análisis multilocus [24], [31] _ENREF_31. Para un polimorfismo con una frecuencia de alelo variante entre 10 y 50%, el estudio tenía más de un 90% de potencia para detectar un OR de 1,50 a un nivel de significación de 0,05 (PS-software para la energía y cálculo de tamaño de la muestra, http: //BioStat .mc.vanderbilt.edu /twiki /bin /view /Main /PowerSampleSize). En este estudio, se analizó la supervivencia global en el grupo de 483 casos de CCR reclutados consecutivamente, incidentes diagnosticados entre 2003 y 2010, utilizando la fecha de la muerte o al final del estudio (31 de agosto, 2011) como el punto final del seguimiento. La mediana del tiempo de seguimiento para los 483 pacientes fue de 58 meses. Para la supervivencia libre de eventos en pacientes con enfermedad no metastásica en el momento del diagnóstico (n = 325), la fecha de metástasis a distancia, la recaída, la muerte o al final del estudio se utilizó como el punto final de seguimiento. La supervivencia libre de evento se define como el tiempo desde la cirugía hasta la aparición de metástasis a distancia, la recurrencia o la muerte, lo que ocurriera primero. La mediana del tiempo de seguimiento fue de 55 meses. Las curvas de supervivencia para la supervivencia global y libre de eventos se obtuvieron mediante el método de Kaplan-Meier (PROC LIFETEST, SAS versión 9.2) y se compararon mediante la prueba de log-rank. El riesgo relativo de muerte se estimó como razón de riesgo (HR) mediante regresión de Cox (PROC PHREG, SAS versión 9.2). la supervivencia multivariable análisis se ajustaron por edad, sexo, estadio T, N, M, TNM y grado separado, y en un modelo final para la edad, sexo, localización del tumor, el estadio TNM y grado. Covariables fueron estratificados en el análisis si no cumplen el supuesto de proporcionalidad.
Resultados
En total, 74 SNPs con MAF ≥10% en la población CEU se encuentran dentro de las regiones de interés (promotor, 5 'y 3'UTR, no es sinónimo SNPs) de los 20 genes
IFNA (1, 2, 4, 5, 7, 8, 13, 16, 17, y 21), IFNB1, IFNK, IFNW1, IRF3, IRF5, IRF7, IFNAR1, IFNAR2, IFNGR1
y
IFNGR2
. De estos, se seleccionaron 34 SNPs para el genotipado basado en LD (r
2≤0.80) (Tabla 2). Todos los
IFNA
genes, así como la
IFNB1
,
IFNK
y
IFNW1
genes están situados en el mismo locus en 9p21.3. Por lo tanto, aunque se seleccionaron los SNPs en base a su potencial efecto funcional en un gen específico, pueden capturar, y por lo tanto dar información, acerca de SNPs adicionales y otros genes en el mismo locus, como se muestra en la Tabla 2 y la Figura S1. La distribución de los genotipos de los 34 polimorfismos genotipo fue consistente con HWE en el grupo de control (
P
& gt; 0,05). Las MAF en la población de control fueron similares a los reportados por el proyecto HapMap para la población CEU (Tabla 2).
Siete SNP estaban asociados con la susceptibilidad CRC
portadores del alelo menor de la
IFNA13
promotor rs641734 SNP, y
IFNA21
rs2939 3'UTR SNP, tuvo una disminución del riesgo de CCR, mientras que los portadores del alelo menor de la
IFNA1
rs33965070 SNP de sentido erróneo,
IFNK
rs700782 3'UTR SNP,
IFNAR1
rs2834202 SNP 3'UTR,
IFNAR1
rs2856968 SNP, que se genotipo en vez del promotor SNPs en el mismo gen, y
IFNGR1
rs2234711 SNP 5'UTR tenían un mayor riesgo de CCR (Tabla 3). Estas asociaciones no difieren en la localización del tumor en colon o del recto (datos no mostrados). Para corregir las múltiples pruebas, se utilizó el enfoque SNPSpD. El número efectivo-estudio racional de los marcadores independientes H
ef se calculó en 27, que dio el umbral de significación de 0,0019. Por lo tanto, las asociaciones con las rs2856968 SNPs (
IFNAR1
) y rs2234711 (
IFNGR1
) se mantuvo formalmente significativa (
P = 0,0015
y
P & lt
; 0,0001, respectivamente). Los otros SNPs genotipo no estaban asociados con el riesgo de CCR (Tabla S1).
dos SNPs se asociaron con la supervivencia CRC
En el análisis univariable, los siguientes parámetros se asociaron con la supervivencia global tasa: sexo, tamaño o extensión directa del tumor primario (T), el grado de diseminación a los ganglios linfáticos regionales (N), la presencia de metástasis (M), el estadio TNM y el grado tumoral (Tabla S2). Curiosamente, los SNP rs6475526, situada a unos 2,2 kb 5 'de
IFNA14 Opiniones y genotipo en vez del
IFNA7
promotor SNPs, y los
IFNA21
promotor SNP rs7047687, mostró una asociación con la supervivencia global entre los 483 pacientes con datos de seguimiento (HR 1,33, IC del 95%: 1,01 a 1,74 y HR 0,77, IC del 95%: 0,59 hasta 0,99, respectivamente) (Tabla 4, Tabla S3) y rs6475526 SNP también con evento- supervivencia libre entre los pacientes sin metástasis a distancia en el momento del diagnóstico (HR 1,51, IC del 95% 1.3 a 2.21) (Tabla 4). Por otra parte, en comparación con el genotipo GG lleva, el AA lleva de
IRF5
SNP rs11770859 tenían una mejor supervivencia global (HR 0,67, IC del 95% 0,47 a 0,96). Las curvas de supervivencia de Kaplan-Meier que representan las tasas generales y libre de eventos de supervivencia de los pacientes en función de su genotipo rs6475526 y las tasas de supervivencia global de los pacientes de acuerdo con sus genotipos rs7047687 se presentan en la Figura 1. Las diferencias de supervivencia entre los portadores de la diferentes genotipos fueron estadísticamente significativos valores de p log-rank de 0,04, 0,03 y 0,04, respectivamente. Las asociaciones fueron más fuertes entre los pacientes de la fase 1: la HR para la supervivencia global fue de 4,04 (IC del 95%: 1,13 a 14,53) para rs6475526 SNP y 0,29 (IC del 95%: 0,10 a 0,83) para
IFNA21
SNP rs7047687; la HR para la supervivencia libre de eventos (IC del 95%: 1,27 a 11,67) 3,78 para rs6475526 SNP (Tabla S4). Sin embargo, estos resultados deben tomarse con cautela debido al pequeño número de pacientes que fallecieron (11/29 y 6/34 portadores del alelo variante de la etapa 1 los pacientes, respectivamente), y porque eran los CR entre la etapa 2, 3 y 4 pacientes similares a las de todos los 483 pacientes (Tabla S4). Por otra parte, no se observaron diferencias en la supervivencia global entre los pacientes con grado 1 y grado 2 + 3 + 4 tumores o entre los pacientes sin (M0) y con metástasis a distancia (M1). El análisis estratificado de acuerdo con la localización del tumor mostró que la peor supervivencia global de rs6475526 SNP se restringió a los pacientes con cáncer de recto (HR 2,10, IC del 95%: 1,31 a 3,36; HR cáncer de colon 1,01; IC del 95%: 0,72 a 1,42), la misma tendencia fue observado también por la supervivencia libre de eventos (HR cáncer rectal 1,90, IC 95%: 1,06 a 3,40; HR cáncer de colon 1,27; IC del 95%: 0,77 a 2,10). (Tabla S4)
(a) La supervivencia global entre todos pacientes con cáncer colorrectal (rs6475526, n = 465). (B) la supervivencia libre de eventos entre los pacientes sin metástasis a distancia al momento del diagnóstico (rs6477526, n = 310). (C) La supervivencia global entre todos los pacientes con cáncer colorrectal (rs7047687, n = 464).
En el análisis multivariable, los CRI para la rs6475526 se mantuvo estadísticamente significativa después del ajuste por edad, sexo, tumor localización y el estadio TNM (HR supervivencia global de 1,38, IC del 95% 1,04 a 1,84; libre de eventos HR supervivencia 1,55, IC del 95% 1,03 a 2,32). (Tabla 4)
Discusión
IFN sistema para señalización puede jugar un papel crítico en la carcinogénesis de CRC mediante la regulación de la respuesta inmune durante la inflamación y puede afectar además a la supervivencia de los pacientes de CRC [8], [13] - [16], [20], [25]. En este estudio de asociación genética, hemos investigado las asociaciones entre el 34 SNPs captura de 74 SNP potencialmente funcionales en los genes del sistema de señalización de IFN-y el riesgo de CCR y el resultado clínico. Dos SNPs situados en el
IFNAR1
y
IFNGR1
genes mostraron una asociación con el riesgo de CCR. En el análisis multivariable de supervivencia, los SNP rs6475526, situada a unos 2,2 kb de
IFNA14
y la captura de dos SNPs promotor de
IFNA7
, se asoció con la supervivencia global y la supervivencia libre de eventos de la no CRC pacientes -metastatic. Estos SNP junto con otras variantes comunes identificados por la Glass y los estudios de genes candidatos pueden afectar el riesgo de CCR y el resultado clínico.
IFNAR1
recientemente se ha propuesto como un gen supresor de tumores CRC nuevo candidato [ ,,,0],21]. IFNAR1 También se ha informado a desempeñar un papel importante en el desarrollo de inicio temprano CRC, lo que sugiere un papel en la predisposición genética [23]. Los polimorfismos en
IFNAR1
También se han notificado a estar asociados con la susceptibilidad de la esclerosis múltiple, carcinoma hepatocelular y el resultado de la infección por virus de la hepatitis B [32], [33]. En nuestro estudio, el alelo menor de rs2856968 en el intrón de
IFNAR1
se asoció con un mayor riesgo de CCR. Este polimorfismo promotor capturó tres SNP rs2843710, rs17875753 y rs17875752 con alto LD (D '= 1, r
2 = 1). Rs2843710 se encuentra en el sitio de unión de la proteína de la polimerasa (dirigida por ADN), épsilon, subunidad catalítica (polo), que ha sido informado de que se asocia con la carcinogénesis colorrectal [26], [34]. En combinación con las asociaciones ya se ha informado de
IFNAR1
con el CRC de inicio temprano y los efectos de
IFNAR1
sobre la apoptosis y la vía de señalización de p53 en las células CRC [13], [21], [23], nuestros datos apoyan el papel de
Hoteles en IFNAR1 CRC causalidad.
la proteína IFNGR1 es un requisito previo a la iniciación de IFNG señalización [35]. La reducción de expresión de IFNGR1 ha informado que se asocia con características clínico de cáncer de esófago [36] y el pronóstico de cáncer de ovario [37]. Los estudios publicados han informado de que los polimorfismos en
IFNGR1
están significativamente asociados con la susceptibilidad de la infección crónica por virus de la hepatitis B, el carcinoma gástrico precoz y cáncer de recto [16], [38], [39]. En este estudio, encontramos que el alelo menor de rs2234711 en el promotor de
IFNGR1
estar asociado con un mayor riesgo de CCR. Rs2234711 También se ha informado que se asocia con la susceptibilidad de carcinoma gástrico precoz, la infección crónica por virus de la hepatitis B y la malaria cerebral [38] - [40]. Un estudio anterior indica que rs2234711 puede tener efectos funcionales en la estimulación de líneas de células B, y C alelo se asoció con disminución
IFNGR1
actividad de los genes, sin embargo, de una manera dependiente del contexto [41]. Rs2234711 se encuentra cerca de una proteína activadora (AP) -2 /AP-4 consenso sitio de unión [42] y la sobreexpresión de AP-2α se ha demostrado para reducir la expresión de
IFNGR1
y para inhibir IFNG señalización [35 ]. Por otra parte, rs2234711 se encuentra en el sitio de unión de POLB, que ha sido asociada con CRC [43], [44]. Junto con las evidencias anteriores, nuestro hallazgo sugiere que las variantes rs2234711 funcionales pueden tener un efecto sobre la causalidad CRC a través de la regulación de la expresión o función de
IFNGR1
.
Nuestro estudio sugiere una asociación de
IFNA
SNPs con el resultado clínico de CCR. En base a los datos, los rs6475526 SNP pueden estar asociados con la supervivencia global y libre de eventos de los pacientes de CRC. Las asociaciones se mantuvo estadísticamente significativa después del ajuste para los marcadores pronósticos conocidos, lo que sugiere que rs6475526 es un marcador pronóstico independiente. Rs6475526 (aproximadamente 2,2 kb 5 'de IFNA14) es la captura de dos
IFNA7
promotor SNP rs7045980 y rs7046208 con alto LD (D'≥0.97, r
2≥0.85). De acuerdo con SNPinfo servidor Web, todos estos SNP están ubicados cerca de varios sitios de unión del factor de transcripción y por lo tanto pueden afectar la actividad transcripcional. Estudios previos han informado que IFNA células tumorales que expresan mejorar la generación y promover la supervivencia de los linfocitos T citotóxicos específicos de tumores [45] y que IFNA mejora el efecto anti-proliferativo de los inhibidores de EGFR en las líneas celulares de CRC [27], [28]. Nuestro hallazgo novedoso da evidencia del papel de IFNA en la progresión del CRC y la supervivencia.
En comparación con el estudio anterior, que investigó la asociación de tagSNPs en
IFNG
,
IFNGR1
,
IFNGR2
y
IRF1-9 Vaya con el riesgo y la supervivencia de colon y cáncer rectal [16], nuestro estudio se centró en los SNP potencialmente funcionales y cubiertas, además de la
FRI
,
IFNG
y sus receptores también otros
IFN Opiniones y sus receptores. Seis genes,
IFNG, IFNGR1, IFNGR2, IRF3, IRF5
y
IRF7
, eran comunes en estos dos estudios. En contraste con el estudio anterior, que informó de muchas asociaciones tanto con cáncer de colon y rectal riesgo de cáncer y la supervivencia, se observó sólo dos asociaciones con el riesgo de CCR y una asociación con la supervivencia global y libre de eventos. El único gen que muestra la asociación en ambos estudios fue
IFNGR1
, sin embargo, los SNP rs2234711 que se asoció con el riesgo de CCR en nuestro estudio, no fue cubierto por cualquier tagSNP en el estudio anterior. Para el análisis de riesgos, ambos estudios eran grandes [Slattery et. Alabama. caso /control, 1555/1956 (cáncer de colon), 754/959 (cáncer de recto); nos 1327/758 (CRC)]. Puede haber pequeñas diferencias en el origen de los participantes en el estudio, con nuestro estudio procedente de una población genéticamente uniforme Checa bastante [22], mientras que el área de reclutamiento del estudio realizado por Slattery et. Alabama. era el norte de California y Utah, que incluye también un 10-20% de los hispanos, Negro y los participantes asiáticos. Para el análisis de supervivencia, los estudios tuvieron tiempo de seguimiento comparables, pero mientras Slattery et. Alabama. había un seguimiento de todos los pacientes, la tuvimos sólo para 483 pacientes, que disminuyó a nuestro alcance para detectar pequeñas asociaciones. Sin embargo, esto aseguró que los casos de CCR sólo se ha diagnosticado recientemente (dentro de un año del diagnóstico antes de la inscripción para este estudio) fueron incluidos en nuestro estudio, la exclusión de un sesgo de supervivencia. Para este subgrupo, se dispone de datos clínicos casi completos, lo que permite la evaluación de los SNPs como marcadores pronósticos independientes.
Glass principalmente describir sólo las asociaciones más sólidas, lo que puede ser la razón de que no han informado de posibles asociaciones entre el CRC y genes de la vía del interferón. El enfoque tagSNP, que se utiliza en el GWAS, está pensado como un método con la máxima precisión de la predicción SNP, sin embargo, no cubre todos los SNPs en las regiones reguladoras. Un total de 74 SNPs en las regiones reguladoras y codificantes de los genes estaban cubiertos por nuestro estudio. Sin embargo, debido a las restricciones de tamaño de la muestra, nos concentramos en SNPs con MAF ≥10% en los europeos y de los SNP localizados en las regiones reguladoras básicas. Es posible que los SNPs con un MAF inferior o SNPs en regiones que aún se desconocen reguladoras de los genes estudiados, tales como el potenciador y las regiones de silenciador, también podrían modular la susceptibilidad CRC o la supervivencia.
En resumen, nuestros resultados, junto con el estudio anterior de Slattery et. Alabama. sugieren que la variación genética en la señalización de IFN vía de los genes desempeña un papel en la etiología y la supervivencia de CRC. Los hallazgos más fuertes de nuestro estudio incluyen las asociaciones de SNPs en
IFNAR1
y
IFNGR1
con la susceptibilidad a CRC, y de SNPs en
IFNA7 /IFNA14
con la supervivencia de CRC pacientes. La validación de los hallazgos y la investigación de nuevas variantes genéticas en las poblaciones grandes, independientes se les anima.
Apoyo a la Información
Figura S1.
Haploview desequilibrio de ligamiento (LD) patrón de la región de interferón alfa en el cromosoma 9p21.3 que muestra los valores de LD por parejas r
2 entre los SNPs. Se muestran 10% de los residentes de Utah con ascendencia del Norte y Europa Occidental (CEU) de la colección CEPH en el proyecto 1000 genomas; sólo SNPs con la frecuencia & gt alelo menor. Intensidad del color gris del blanco (r
2 = 0) a negro (r
2 = 1) indica la medida de LD. Los dos
IFNA7
promotor SNP rs7045980 y rs7046208 capturado por rs6475526 (2,2 kb de
IFNA14
) están rodeados por una línea roja
doi:. 10.1371 /journal.pone.0111061.s001 gratis (PNG)
Tabla S1.
Asociación de todos los SNPs evaluados con la susceptibilidad al cáncer colorrectal en toda la población de estudio de 1327 casos y 758 controles
doi:. 10.1371 /journal.pone.0111061.s002 gratis (DOC) sobre Table S2. Análisis FODA Univariable de la supervivencia del cáncer colorrectal y los factores pronósticos conocidos
doi:. 10.1371 /journal.pone.0111061.s003 gratis (DOC) sobre Table S3.
Asociación de todos los SNPs evaluados con la supervivencia global del cáncer colorrectal para todos los pacientes y la supervivencia libre de eventos entre los pacientes sin metástasis a distancia en el momento del diagnóstico
doi:. 10.1371 /journal.pone.0111061.s004 gratis ( DOC)
Tabla S4.
análisis estratificado de rs6475526, rs7047687 y rs11770589 para la supervivencia global y rs6475526 para la supervivencia libre de eventos entre los pacientes sin metástasis a distancia en el momento del diagnóstico
doi:. 10.1371 /journal.pone.0111061.s005 gratis ( DOC)