Extracto
Antecedentes
Factores genéticos del huésped podría afectar el riesgo de progresión de la infección por el virus del papiloma humano (VPH cancerígenos), el agente etiológico de cáncer de cuello uterino, a la infección persistente por el VPH, y por lo tanto a las lesiones precancerosas del cuello uterino y el cáncer.
Metodología /Principales conclusiones
Se evaluaron 18.310 etiquetas de polimorfismos de nucleótido único (SNP) de 1113 genes en 416 neoplasia intraepitelial cervical 3 (CIN3) /de los casos de cáncer, 356 mujeres con infección persistente cancerígena del VPH (permanencia media de 25 meses) y 425 mujeres seleccionadas al azar (no casos y no persistente por VPH) de la 10.049 mujeres de Guanacaste, Costa Rica VPH historia natural de cohortes. Para los genes y las asociaciones de SNP, se calculó odds ratio ajustada por edad y p-tendencia. Se realizaron tres comparaciones: 1) la asociación con CIN3 /cáncer (en comparación CIN3 /los casos de cáncer a controles aleatorios), 2) la asociación con la persistencia (en comparación con la persistencia del VPH a los controles aleatorios), y 3) la progresión (CIN3 /cáncer en comparación con el VPH-persistente grupo). Regiones estadísticamente significativamente asociados con CIN3 /cáncer incluye genes para peroxiredoxin 3
PRDX3
, y la proteína ribosomal S19
RPS19
. Los individuales más importantes SNPs de cada gen asociado con CIN3 /cáncer fueron
PRDX3
rs7082598 (
P
Trend & lt; 0,0001), y
RPS19
rs2305809 (
P
tendencia = 0,0007), respectivamente. Ambos SNPs también fueron asociados con la progresión.
Conclusiones /Importancia
Estos datos sugieren la participación de dos genes,
RSP19
y
PRDX3
, u otro SNPs un desequilibrio en relación con el riesgo de cáncer de cuello uterino. Investigaciones posteriores mostraron que pueden estar implicados tanto en las etapas de transición persistencia y progresión. Nuestros resultados requieren la replicación, pero, de ser cierto, sugiere un papel para la disfunción ribosomal, procesos mitocondriales, y /o el estrés oxidativo, u otra función desconocida de estos genes en la carcinogénesis cervical
Visto:. Safaeian M, Hildesheim A, gonzalez P, Yu K, Porras C, Li Q, et al. (2012) polimorfismos de nucleótido único en el
PRDX3
y
RPS19
y el riesgo de persistencia del VPH y lesiones precancerosas de cuello uterino /Cáncer. PLoS ONE 7 (4): e33619. doi: 10.1371 /journal.pone.0033619
Editor: Javier S. Castresana, Universidad de Navarra, España |
Recibido: 6 Octubre 2011; Aceptado: 14 Febrero 2012; Publicado: 9 Abril 2012
Este es un artículo de acceso abierto, libre de todos los derechos de autor, y puede ser reproducido libremente, distribuir, transmitir, modificar, construir, o de otra forma utilizado por cualquier persona para cualquier propósito legal. El trabajo está disponible bajo la advocación de dominio público Creative Commons CC0
Financiación:. El estudio fue financiado por el Instituto Nacional del Cáncer intramural y la Oficina de NIH de Investigación sobre la Salud de la Mujer. Los autores agradecen a Sabrina Chen de Information Management Services, Inc. (IMS) para la gestión de datos y soporte de programación. También agradecen a Amy Hutchinson y Belynda Hicks por su gestión de este esfuerzo de genotipos en la Instalación del NCI en genotipado y por sus contribuciones científicas a los esfuerzos de investigación de los autores. P. Li está apoyado en parte por la Fundación Nacional de Ciencia Joven de China No. 10901155. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses.: Laurie Burdette y Stephen J. Chanok son empleados por el experto en genotipado (CGF), que se encuentra dentro de la División de Epidemiología del cáncer y Genética (DCEG) del Instituto Nacional del cáncer (NCI) y el apoyo de SAIC-Frederick Inc. Servicios de Información de Gestión, Inc. también apoyó este estudio, junto con Amy Hutchinson y Belynda Hicks con su gestión de este esfuerzo de genotipos en la Instalación del NCI en genotipado y por sus contribuciones científicas a los esfuerzos de investigación de los autores. Esto no altera la adhesión de los autores a todos PLoS ONE políticas sobre los datos y compartir materiales.
Introducción
Aunque es bien sabido que el virus del papiloma humano cancerígenos (VPH) son los agentes causales de cáncer de cuello uterino, infecciones por VPH son muy comunes en relación con la incidencia de cáncer poco común, lo que indica que muchas infecciones se resuelven [1], o persisten sin progresión de forma espontánea. Factores genéticos del huésped pueden desempeñar un papel en la carcinogénesis cervical y se cree que influir en que se desarrolla la infección persistente por el VPH y tal vez más que se convierte en cáncer [2] - [7]
El papel de los factores genéticos del huésped y otros co. factores g asociadas con el cáncer cervical son particularmente interesantes porque la patogénesis por etapas de la enfermedad se ha estudiado ampliamente. Desde su inicio a través de la infección por VPH en la zona de transformación cervical, y las posteriores etapas relacionadas con la persistencia viral, progresión a lesiones precancerosas, y la invasión [1], los mismos o diferentes factores pueden estar asociados con cada paso hacia la patogénesis. El papel de los no genéticos cofactores en la persistencia y la progresión ha sido bien estudiado, pero hay pocos estudios sobre el papel de la genética del huésped en la patogénesis del cáncer de cuello uterino. Por lo tanto, los estudios genéticos de las comparaciones de suplementos de cáncer de cuello uterino de los casos de cáncer a la no-cáncer o los controles no infectados, mediante la investigación de cada paso intermedio de causalidad, es decir, la infección persistente y la progresión a CIN3 /cáncer.
Hemos utilizado los datos del bienestar caracterizado, estudio de cohorte longitudinal sobre la historia natural del VPH (NHS) en Guanacaste, Costa Rica, y recientemente se informó de los resultados de un panel de 7.140 candidatos polimorfismos de nucleótido único (SNP). Estos polimorfismos fueron elegidos para representar la variación en los genes sobre la base de 305
a priori
hipótesis de asociación con la infección por VPH y el cáncer de cuello uterino (la reparación del ADN, la infección viral y celular vías de entrada). Ese esfuerzo se identificó 8 genes potenciales asociados con el cáncer cervical, incluyendo los genes inmunes 2 ', 5' del gen oligoadenilato sintetasa 3 (
OAS3
) y sulfatasa 1 (
SULF1
), y la displasia epidérmica verruciforme (EV): se asocian
EVER1
y
EVER2
genes,
TMC6
y
TMC8
[
8
]. Ahora informe nuestras conclusiones respecto de las 18.310 restantes (SNPs que cubren 1.113 genes) que se genotipo en el mismo chip iSelect. Se seleccionaron estos SNPs adicionales con base en su
a priori
hipotética relación con una amplia gama de tipos de cáncer, pero no específicamente con la persistencia del VPH y el cáncer cervical. Se seleccionaron estos genes basado en el esfuerzo colectivo de numerosos investigadores del cáncer e incluyen genes en varios inmune, citoquinas y la respuesta de la inflamación, la replicación del ADN y la diferenciación, diferenciación de los macrófagos, la señalización del receptor de tipo toll y receptores de células T vías de señalización, para nombrar unos pocos , y, presumiblemente, tienen menores probabilidades previas de asociación con el cáncer de cuello uterino que los estudiados en el informe de Wang et al. [8]
Resultados
asociaciones con sede en región del gen
La Tabla 1 muestra los resultados para 14 genes /regiones con p & lt;. 0.005 para la asociación con cualquiera de las enfermedades (CIN3 /cáncer frente a los controles), progresión de la enfermedad (CIN3 /cáncer en comparación con la persistencia del VPH), o una infección persistente (la persistencia del VPH frente a los controles) (organizado por valor de p para la enfermedad asociaciones). Este análisis identificó 9 regiones de genes como estadísticamente asociado significativamente con CIN3 /cáncer en un p-valor de ≤0.005 (
PRDX3
p-valor de 0,00015;
RPS1 página 9 p-valor de 0,00045;
DDX1
p-valor de 0.0006;
TELO2
valor de p 0,0009;
C1RL
p-valor de 0,00165;
ILDR1
p-valor de 0,00285;
THRAP4
valor de p 0,0037;
GDF10
p-valor de 0,004; y
GDF2
valor p 0,004). Se identificaron dos regiones de genes como estadísticamente asociado significativamente con la progresión de la enfermedad en p-valor de ≤0.005 (
GC
valor de p 0,0004; y
IL2RA
p-valor de 0,00115). Además, se identificaron 2 regiones de genes como se asociaron significativamente con el tipo específico de la persistencia del VPH (
TYMS
valor p de 0,0015; y
EVPL
valor de p 0,0018). De los genes identificados a asociarse con CIN3 /cáncer de
RPS19
también se asoció con la progresión a CIN3 /cáncer (p-valor de 0,006). Del mismo modo, de los genes asociados con CIN3 /cáncer,
C1RL
,
GDF10
, y
GDF2
también se asocia con la persistencia (valores de p de 0,00875, 0,0423, y 0,04080, respectivamente). Sólo dos de los genes -
PRDX3
y
RPS19
, se destacaron con un FDR≤0.2 comparando CIN3 /cáncer de controles aleatorios. Todos los resultados basados en genes se muestran en la Tabla S1.
asociaciones SNP basada en
Seis SNPs en 6 genes identificados por el análisis basado en el gen se asociaron significativamente con CIN3 /cáncer, progresión de la enfermedad, o persistente infección HPV oncogénico (Tabla 2) en el análisis basado en SNP. El
PRDX3
rs7082598 variantes de alelos menores se asoció con una disminución estadísticamente significativa del riesgo de cáncer de cuello de útero en comparación con los controles (O
CT /TT = 0,41, IC del 95%: 0,30 a 0,58,
P
tendencia & lt; se observó 0,0001), y este efecto de protección, tanto para la progresión (CIN3 + en comparación con el VPH-persistencia) y HPV-persistencia (persisters comparación con los controles) (OR
CT /TT = CI 0,58, 95% 0,40 -0.83
P
tendencia = 0,008 y 0,71, IC del 95%: 0,52 hasta 0,97,
P
tendencia = 0,02, respectivamente). El
RPS19
rs2305809 alelo T también se asoció con una disminución estadísticamente significativa del riesgo de cáncer de cuello uterino (O
CT = 0,66, IC del 95%: 0,48 a 0,91; O
TT = 0,43; IC del 95%: 0,28 -0.66,
P
tendencia = 0,00007). Un examen más detallado de los pasos intermedios mostró que este efecto se mantuvo para la progresión de la persistencia de CIN 3+ (O
CT = 0,83; IC del 95%: 0,59 a 1,15; O
TT = 0,51; IC del 95% desde 0,33 hasta 0,78,
P
tendencia = 0,003). Por último, el
IL2RA
rs2476491 T variante también se asoció con una disminución significativa del riesgo de cáncer de cuello uterino (O
TA /TT = 0,69; IC del 95%: 0,51-0,92,
P
tendencia = 0,02). Esta asociación fue más fuerte para la progresión del VPH-persistencia para CIN 3+ (O
TA /TT = 0,53; IC del 95%: 0,39 hasta 0,71,
P
tendencia = 0,00002).
alelos variantes en
TELO2
rs4786772 (O
AG = 1,54, IC 95%: 1.14 a 2.9; O
GG = 2,51; IC del 95%: 1,59 a 3,94,
P
tendencia = 0,00002),
C1RL
rs12227050 (O
AG /GG = 2,85, IC del 95%: 1,71 a 4,74,
P
tendencia = 0,0001 ), y
TYMS
rs2342700 (O
CG = 1,56, IC 95%: 1.17 a 2.9; O
GG = 2,18; IC del 95%: 1,30 a 3,64,
P
tendencia = 0,0002) se asociaron con un aumento significativo del riesgo de cáncer de cuello uterino (Tabla 2). El aumento del riesgo de variantes para
TELO2
se mantuvo para la progresión de la persistencia de CIN3 +, mientras que el mayor riesgo de
C1RL
y
TYMS
permanecieron por la persistencia en comparación con los controles aleatorios.
también llevó a cabo un solo análisis estadístico incluyendo todos los SNPs, y encontramos que el SNP RS7082598 (
PRDX3
gen) retuvo importancia en este análisis al comparar CIN3 + frente a los controles al azar (p comparación múltiple ajustado -valor 0,011).
Discusión
En este análisis de los genes y SNPs identificados a ser muy relevante para la etiología del cáncer, pero no específicamente para la carcinogénesis cervical, se encontraron 14 genes /regiones que fueron significativamente asociado con CIN3 /cáncer en p & lt; 0,005. Dos de estos genes -
RPS19
y
PRDX3 CD - se destacaron en una FDR≤0.2. La replicación de estos resultados está garantizado para eliminar el papel del hallazgo casual.
Efectos de supuestos factores etiológicos genéticos para cáncer de cuello uterino se pueden mapear a los estados de transición específicos de la infección por VPH de la zona de transformación del cuello uterino, la progresión de la infección persistente del cuello uterino células de precáncer y cáncer invasivo. En este estudio hemos tenido la oportunidad de investigar e identificar los genes que pueden influir en algunas de estas etapas de la carcinogénesis cervical. Observamos que los efectos protectores observados por
PRDX3
y
RPS19
SNPs permaneció por tanto progresión de la enfermedad (de la infección por VPH-persistente para CIN3 +) y para el VPH-persistencia.
las mutaciones del gen ribosomal
RPS19
se han asociado con anemia de Diamond Blackfan-(DBA), que es un erythroblastopenia constitucional caracterizado por precursores eritroides ausencia o disminución, en un subconjunto de pacientes. Los pacientes con DBA tienen mayor riesgo de osteosarcoma. Esta asociación con DBA sugiere una posible función extra-ribosomal para este gen en la diferenciación y proliferación eritropoyética, además de su función ribosomal. En algunos carcinomas primarios de colon, más altos niveles de expresión de este gen se han observado en comparación con tejidos de colon normales emparejados [9].
PRDX3
es en la familia peroxiredoxin que codifica una proteína con función antioxidante, se localiza en la mitocondria, y puede funcionar para proteger las mitocondrias del estrés oxidativo. La comparación de secuencias con homólogos de mamíferos recientemente clonados sugieren que estos genes se componen de una familia que es responsable de la regulación de la proliferación celular, la diferenciación y funciones antioxidantes [10], [11]. Ninguno de estos genes tiene una relación obvia con los procesos cancerígenos conocidos que conducen al cáncer de cuello de útero
.
Existen varias limitaciones de los estudios que deben ser considerados. Se combinaron el CIN 3+ casos a partir del estudio de cohorte basado NHS con los casos suplementarios CIN3 + extraídos de la comunidad al mismo tiempo para aumentar la potencia analítica. Hubo una mayor proporción de CIN3 (corolario de la detección mediante el cribado de NHS en lugar de los síntomas) en los casos de NHS que los casos suplementarios; además, los casos suplementarios eran mayores, principalmente debido a la mayor proporción de cánceres en comparación con los casos basados en la cohorte NHS en los que había una mayor proporción de CIN3. Las pruebas de las asociaciones entre NHS y poblaciones suplementarias para el 94,2% (17.149 /18.208) de los SNPs no fueron significativas al nivel del 5%, lo más importante, todos los SNPs asociados con los dos genes de interés (
PRDX3
y
RPS19
) se distribuyeron de manera similar entre NHS y casos suplementarios, lo que justifica la combinación de las dos cohortes. Además, este estudio fue diseñado en un punto final de CIN 3 y el cáncer combinados; 95,5% (17.394 /18.208) de los SNPs no fueron estadísticamente diferentes entre los casos CIN3 y cáncer. Es importante destacar que ninguno de los SNPs asociados con los dos genes de interés (
PRDX3
y
RPS19
) fueron estadísticamente significativamente diferente entre NIC3 y cánceres. Debido SNPs fueron elegidos como marcadores de marcado para las regiones genéticas en lugar de la función, las asociaciones observadas con SNPs pueden ser debido a un desequilibrio de ligamiento con otros SNPs no medidas causales. Nos tuvieron el poder suficiente para llevar a cabo análisis restringidos a los tipos de VPH cancerígenos debido al tamaño pequeño de la muestra, ya que sólo las mujeres inscritas en el NHS originales tenían datos de la tipificación del virus. Por lo tanto, los estudios futuros deben considerar en el análisis de genotipos de VPH. Tampoco fue posible evaluar los factores genéticos asociados con el cáncer cervical invasivo por separado. serán necesarios futuros estudios con gran número de casos para hacer frente a si ciertos genes están asociados con la transición de in situ a cáncer cervical invasivo. A pesar de que se realizó un análisis basado en haplotipos (definido por los bloques de desequilibrio de ligamiento); Los resultados fueron consistentes con el gen de región y los hallazgos basados en SNP. No hay nuevas regiones de interés fueron identificados en el análisis de haplotipo usando el enfoque de ventana deslizante de 3 SNPs. Los genes evaluados aquí tampoco fueron seleccionados en base a su asociación con el cáncer de cuello de útero, pero se informó anteriormente por el análisis agnóstico, que abarca un esfuerzo global para identificar genes implicados con una variedad de cánceres no relacionados con la infección y la infección.
en resumen, estos datos sugieren la participación de dos genes,
RSP19
y
PRDX3
, u otros SNP en desequilibrio de ligamiento, con el riesgo de cáncer de cuello uterino. Investigaciones posteriores mostraron que pueden estar implicados tanto en las etapas de transición persistencia y progresión. En caso de repetirse, estos resultados pueden sugerir un papel para la disfunción ribosomal, procesos mitocondriales, y /o el estrés oxidativo, o función hasta ahora desconocida en la patogénesis del cáncer de cuello uterino.
Materiales y Métodos
Estudio de población
los datos proceden del estudio de VPH en Guanacaste Historia Natural (NHS), un estudio de cohorte basado en la población en Guanacaste, Costa Rica. Los detalles de los métodos de estudio de cohortes [12], [13] y de la subpoblación seleccionados para los análisis genéticos [14], [15] han sido reportados en otros lugares. En pocas palabras, NHS es una cohorte de base poblacional de 10.049 mujeres reclutadas durante un período de 18 meses en 1993-4 y seguidos por siete años. El objetivo principal del NHS fue estudiar la historia natural de la infección por HPV y la neoplasia intraepitelial cervical (NIC). Las células cervicales estaban disponibles para las pruebas de ADN del VPH, y las muestras de la capa leucocitaria estaban disponibles para los estudios de polimorfismo del gen del receptor.
Un genética sub-estudio de acogida se anida dentro del NHS, tal como se describe anteriormente [14], [15]. En pocas palabras, los individuos seleccionados para la genética sub-estudio incluyen: (i) todas las mujeres de la cohorte histológicamente confirmado que tienen CIN3 o cáncer prevalente o incidente (CIN 3+: NIC3 = 140, el cáncer = 45); (Ii) todas las mujeres de la cohorte que en el momento de la selección en el estudio tenían evidencia de la persistencia del VPH, que se define como mujeres positivas para el mismo tipo de VPH (ya sea cancerígena o no) en dos visitas consecutivas al menos 12 meses de diferencia (n = 432) (mediana de duración de la persistencia observada: 25 meses); y (iii) una selección aleatoria de los participantes sin CIN3 o cáncer de la cohorte de la línea de base (n = 492). Para aumentar la potencia para el estudio de la genética del huésped, se realizó un subestudio complementario que capturó toda CIN3 (n = 240) y los casos de cáncer (n = 87) que no eran participantes en el NHS, pero fueron diagnosticados de forma independiente con CIN 3 o cáncer en las clínicas de la Seguridad Social de la misma área de estudio y durante el mismo período en que se llevó a cabo NHS [15]. El estudio fue aprobado por ambas Costa Juntas de Revisión los Estados Unidos y el Instituto Nacional del Cáncer Rica Institucionales y todos los sujetos firmaron el consentimiento informado.
Métodos de Laboratorio
Se extrajo el ADN de extracción de ADN a partir de sangre. a partir de capas leucocitarias con kits de purificación PureGene /protocolo Autopure (Gentra Systems) en SeraCare (Frederick, MD). Para los casos suplementarios de la extracción del ADN se realizó en la Universidad de Costa Rica utilizando el mismo kit.
prueba del VPH.
Las pruebas de ADN de VPH basada en PCR se llevó a cabo mediante el consenso L1 MY09 /MY11 métodos de cebadores [12], [16], [17] en las células cervicales almacenados en los medios de transporte de muestras (Qiagen, EE.UU.) de sólo el estudio de la historia natural. Dado que las células del cuello del útero no se obtuvieron de los casos suplementarios, los resultados de VPH están restringidos a las mujeres dentro de la cohorte original.
genotipado anfitrión
Un panel fue diseñado como parte de un esfuerzo de numerosos investigadores basan. en su experiencia en tipos específicos de cáncer. El genotipado de SNPs etiqueta de 990 regiones de genes candidatos hipótesis de participar en una amplia variedad de cánceres como el de colon, osteosarcoma, de esófago y el estómago, biliares, anemia de Fanconi, de vejiga, de mama y otros tipos de cáncer, fue realizado en el Centro NCI Core Genotipado (Avanzado Centro de tecnología, Gaithersburg, MD; http://snp500cancer.nci.nih.gov) [18] utilizando un ensayo iSelect Infinium de diseño personalizado (Illumina, www.illumina.com). El Infinium incluyó un total de 27,904 SNPs etiqueta. Etiqueta SNPs de los genes fueron seleccionados a partir del conjunto Con diseños de SNPs comunes (alelo menor frecuencia (MAF & gt; 5%) genotipo utilizando los todos los 3 poblaciones HapMap para etiquetar depende de la población de interés para el investigador sugiere que el gen candidato (datos de la versión 20 /Fase II, NCBI Build 36,1 montaje, dbSNPb126) utilizando el software Tagzilla (http://tagzilla.nci.nih.gov/), que implementa un algoritmo de marcado basado en el método de intervalos por pares de Carlson
et al
. [19]. para cada gen diana original, SNPs dentro de la región que abarca 20 kb 5 'del inicio de la transcripción (exón 1) a 10 kb 3' del final de la última exón se agruparon utilizando un umbral binning de r
2 & gt;... 0.8 para definir una región del gen Cuando hubo múltiples transcripciones disponibles para los genes, sólo se evaluó la transcripción primaria
Control de calidad (QC)
Etiqueta SNPs que falló de fabricación (ordenados, pero no el desarrollo del ensayo), falló la validación (sin amplificación o clustering) y ensayos que tenía menos de 80% de avance o el 80% de concordancia con las 270 muestras de HapMap utilizados para la validación fueron excluidos (n = 269). Se excluyeron adicional (N = 482); SNPs con baja tasa de finalización (90% de las muestras & lt). SNPs con discordancia de control de calidad entre nuestros 100 duplicados de control de calidad y entre muestras HapMap & lt; 98% fueron excluidos (n = 1.703). También se excluyeron las muestras con una tasa de finalización & lt; 90% (n = 7). Se evaluó Hardy-Weinberg en los controles, 49 SNPs mostraron evidencia de desviación de proporciones de Hardy-Weinberg. Nuestro control de calidad de datos no sugieren ningún genotipo error evidente en estos 49 años, y por lo tanto se presentan sus resultados. De los 20.764 SNPs, 18.310 SNPs de los genes 1113 se incluyeron en el análisis presente.
Población analítico final.
Se evaluaron un total de 416 mujeres con diagnóstico de CIN 3 o cáncer, 356 mujeres con VPH la infección persistente, y 425 controles aleatorios para quienes validaron se obtuvieron resultados de genotipado.
Análisis estadístico
análisis basadas en los genes.
se obtuvo un resumen a nivel de genes de asociación utilizando la combinación adaptativa de los valores de p [20], que combina pruebas de asociación a nivel de genes a través de método del producto truncado rango de adaptación. Destacamos resultados de los genes que fueron significativas en el valor de p & lt; 0,005. Debido a que algunos de nuestros resultados podrían deberse a resultados falsos positivos, se calculó la tasa de falso descubrimiento (FDR) entre las asociaciones consideraron significativos utilizando el método de Benjamini y Hochberg [21] para las pruebas basadas en la región del gen
19. Se consideró un valor de FDR de & lt; 0,2 tan notables
asociaciones SNP basada en
Se calcularon los odds ratios (OR) y los intervalos de confianza del 95% (IC 95%) para cada genotipo con.. cada resultado de la enfermedad (CIN3 /cáncer en comparación con los controles aleatorios; VPH-persistencia frente a CIN3 /cáncer; VPH-persistencia frente a los controles aleatorios), utilizando el tipo salvaje homocigotos (WT) genotipo que la referente del grupo. En primer lugar, los casos de CIN3 /cáncer a controles aleatorios compararon. Además, evaluó sus asociaciones para la progresión de HPV y /o persistencia mediante la comparación: el grupo de casos CIN3 /cáncer (n = 415) para persisters VPH (n = 356) para la evaluación de SNPs relevantes para la progresión y (II) persisters VPH (n = 356) con los controles al azar (n = 425) para la evaluación de SNPs relacionados con la persistencia. Observamos que la persistencia no siempre preceden a CIN3, ya que puede ser el resultado de una lesión CIN3
Hemos llevado a cabo tanto en crudo y ajustado a la edad. (& Lt; 30, 30-49, 50 años) analiza. Para cada resultado, se calculó el
P
tendencia basada en la variable ordinal de tres niveles (0, 1, y 2) de tipo salvaje homocigotos, heterocigotos y homocigotos variante en un modelo de regresión logística. Debido al tamaño de células pequeñas examinar algunos de los SNPs (menos de 5%), también muestran efecto combinado de genotipos variantes heterocigotos y homocigotos; Por lo tanto, se discuten los resultados de los modelos de dos niveles. Todos los modelos de regresión logística incondicional y realizaron utilizando SAS versión 9.1 (SAS Institute, Cary, NC).
Apoyo a la Información sobre Table S1.
Resultados para todas las pruebas a base de genes, ya sea para una asociación con (i) cervical precáncer /cáncer, (ii) la progresión a cervical precáncer /cáncer, o (iii) la persistencia del VPH
doi:. 10.1371 /journal.pone. 0033619.s001 gratis (XLS)