Extracto
Antecedentes
Veinte variantes genéticas comunes han sido asociadas con riesgo de desarrollar cáncer colorrectal (CCR) en el genoma asociación amplia estudios hasta la fecha. Dado que existen grandes diferencias entre las poblaciones, la generalización de los resultados a una población específica deben ser confirmadas
Objetivo
El objetivo de este estudio fue realizar un estudio de asociación entre las variantes de riesgo:. Rs10795668, rs16892766 , rs3802842 y rs4939827 y el riesgo de CCR en la población croata.
Métodos
Un estudio de asociación se realizó en 320 casos de cáncer colorrectal y 594 controles reclutados en Croacia. Estamos genotipo cuatro variantes previamente asociados con el CRC:. Rs10795668, rs16892766, rs3802842 y rs4939827
Resultados
rs4939827 variantes SMAD7 (18q21.1) se asoció significativamente con el riesgo de CCR en la población croata. Alelo C se asoció con una disminución del riesgo, odds ratio (OR): 0,70 (IC del 95%: 0,57-0,85; p = 3.5E-04). En comparación con los homocigotos TT, el riesgo se redujo en un 34% en los heterocigotos (OR = 0,66, IC del 95%: 0,47 a 0,92) y en un 52% en los homocigotos CC (OR = 0,48, IC del 95%: 0,33 a 0,72)
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Conclusión
Nuestros resultados muestran asociación de rs4939827 con el riesgo de cáncer colorrectal en la población croata. La mayor resistencia de la asociación en comparación con otros estudios sugieren factores genéticos o ambientales específicas de la población pueden estar modificando la asociación. Se necesitan más estudios para describir con más detalle el papel de rs4939827 en el CCR. razón probable para el fracaso de la replicación de otros 3 loci es insuficiente poder estadístico del estudio
Visto:. Kirac I, Matošević P, G Augustin, Šimunović I, V Hostić, Zupancic S, et al. (2013) SMAD7 variante rs4939827 se asocia con riesgo de cáncer colorrectal en croata Población. PLoS ONE 8 (9): e74042. doi: 10.1371 /journal.pone.0074042
Editor: Xiaoping Miao, MOE clave Laboratorio de Medio Ambiente y Salud, Escuela de Salud Pública, Tongji Medical College, Universidad Huazhong de Ciencia y Tecnología, China
Recibido: 29-may de 2013; Aceptado: July 24, 2013; Publicado: 16 Septiembre 2013
Derechos de Autor © 2013 Kirac et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Los autores no tienen el apoyo o la financiación para reportar
Conflicto de intereses:. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
El cáncer colorrectal (CCR) afecta a más de un millón de personas. en todo el mundo cada año [1]. Es el tercer cáncer más común y la cuarta causa principal de mortalidad por cáncer de [2]. Mientras que la mortalidad por cáncer colorrectal ha ido disminuyendo en las últimas dos décadas en Europa [3], un aumento de la mortalidad y la incidencia ha sido reportada para Croacia [4]. En comparación con otros países europeos, Croacia está en el puesto 4
ª para la mortalidad tanto en hombres (tasa estandarizada por edad, ASR: 25,4 /100.000) y las mujeres (ASR: 13,1 /100.000), pero de acuerdo a la incidencia de CCR que está clasificado 9
º en los hombres (ASR: 44,4 /100.000) y 15
º en las mujeres (ASR: 24,3 /100.000) [5]. El cáncer colorrectal es el segundo cáncer más común y la segunda causa más común de muerte por cáncer en Croacia [6]. Los programas de cribado se han iniciado en el nivel nacional en 2005, todavía se espera que su impacto total [7].
Se ha estimado que más del 30% de la variación en la susceptibilidad al cáncer colorrectal es atribuible a factores genéticos y la mayoría de esto parece ser debido a múltiples mutaciones de bajo riesgo [8]. Hasta la fecha, los estudios de asociación de genoma completo (GWAS) han identificado 20 polimorfismos de nucleótido único independientes (SNP) asociados con el riesgo de cáncer colorrectal [9-15].
Se sabe que la contribución de los alelos de riesgo para el riesgo de CCR puede variar entre poblaciones, por ejemplo debido a la frecuencia de alelos o estructura específica de desequilibrio de ligamiento (LD), o debido a particulares antecedentes genéticos y ambientales pueden modificar el efecto de las variantes [16,17]. Entender los efectos diferenciales en diferentes poblaciones pueden ayudar en el descubrimiento mecanismo de la enfermedad, y es importante para la traducción de los resultados de correr el riesgo de predicción en diferentes poblaciones.
El papel de los loci de riesgo en la aparición del cáncer colorrectal es en gran parte inexplorada de la población croata. En este trabajo, nos dispusimos a investigar el papel de los cuatro loci de riesgo:. Rs4939827, rs10795668, rs3802842 y rs16892766, sobre el riesgo de cáncer colorrectal en población croata
Métodos
En el período de noviembre de 2008 a julio de 2009, un total de 338 casos de cáncer colorrectal fueron reclutados en los departamentos de cirugía en dos hospitales de Zagreb, Croacia. Aunque ambos están situados en Zagreb, estos hospitales de atención terciaria atraen a pacientes de todo el país. Los datos sobre la edad al momento del diagnóstico, el sexo, la histología del tumor y el estadio TNM se obtuvieron de los registros médicos de pacientes de CRC y los informes histopatológicos. Dieciocho casos fueron excluidos del análisis porque el diagnóstico de adenocarcinoma no se confirmó en el informe histopatología. La metástasis identificadas intraoperatoriamente o confirmado por métodos de imagen fueron considerados en la evaluación de la progresión de la enfermedad. casos de cáncer colorrectal se clasificaron en etapas según el Comité Americano Conjunto sobre el Cáncer (AJCC) 7ª edición [18].
594 controles fueron seleccionados de estudio de los '10, 001 dálmatas ', un estudio genético en curso en Croacia. Este estudio incluye aproximadamente tres mil personas de la población general de Split y desde Vis y las islas de Korcula, en Croacia. Los controles se seleccionaron al azar, pero con limitaciones en cuanto a edad (+/- 5 años) y sexo. Los participantes con antecedentes personales de enfermedad maligna fueron excluidos del grupo de control
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Se obtuvo el consentimiento por escrito de todos los participantes. El estudio fue aprobado por los comités de ética apropiados: el Comité de Ética de la Universidad de la Escuela de Medicina de Split y el Consejo de Ética del Hospital Universitario de milosrdnice Centro Sestre
En la contratación, la muestra de sangre periférica se recogió de cada sujeto y se almacena. en EDTA viales recubiertos. Se extrajo el ADN usando procedimientos estándar. En los casos, las variantes rs4939827, rs3802842, rs10795668 y rs16892766 se genotipo utilizando la genotipificación de SNP ensayo TaqMan. Las muestras de ADN de los controles fueron genotipo de acuerdo con las instrucciones del fabricante en microarrays de talón Illumina Infinium (SNP HumanHap300v1 o HumanCNV370-Quad). Los genotipos fueron determinados utilizando el software Illumina BeadStudio. Se excluyeron las muestras con un tipo de referencia por debajo del 97%. rs4939827 y rs3802842 y variantes estuvieron representados en la matriz y directamente genotipo mientras rs10795668 y rs16892766 fueron imputados. Con referencia a la imputación HapMap CEU construir 36 de liberación 22 se realizó utilizando el software v1.0.15 MACH después de la exclusión de los SNP con MAF & lt; 0,01, llaman tasa de & lt; 98% y HWE desviación p & lt; 10-6. calidad de imputación fue del 99% para rs10795668 y 98% para rs16892766.
Análisis estadístico
R software fue utilizado para los análisis y el paquete R GenABEL se utilizó para la manipulación de los datos genéticos. χ
2 se utilizó la prueba para evaluar las desviaciones de equilibrio de Hardy-Weinberg. El análisis de regresión logística por edad y sexo ajustados de CRC de la dosis alelo (0, 1 ó 2) se realizó para evaluar la asociación entre cuatro variantes y el riesgo de cáncer colorrectal, bajo el supuesto de aditivo modelo genético. múltiples pruebas corregida
P
-valor de
P Hotel & lt; 0,0125 fue considerado representante de significación estadística.
Resultados
Un total de 320 (40%) femeninos casos de cáncer colorrectal y 594 controles (45% mujeres) fueron incluidos en este estudio. La edad media de los casos fue de 68.91 ± 10.08 y 66.12 y de controles ± 10,23 y. Donde sitio del tumor era conocido, el 56% de los casos tenía cáncer de colon y el 44% tienen tumor rectal o rectosygmoid. La mayoría de los casos tenía enfermedad en etapas AJCC 2 y 3 (33% y 42%, respectivamente). Las características de los casos y los controles se detallan en la Tabla 1.
Casos Controles variables
Número
320 (35%)
594 (65%): perfil Sexo
Male192 (60%) 324 (55%) Female128 (40%) 270 (45%) Edad (años) 68,91 ± ± 10.0866.12 10.23AJCC stageI56 (18%) II107 (33 %) III134 (42%) IV21 (7%) Unknown2 (1%) Total320 (100%) SiteColon128 (40%) rectosigmoid7 (2%) Rectum94 (29%) unknown91 (28%) Total320 (100%) El tamaño del tumor ( cm) 5,0 ± 2.1range nodos (cm) 1-13Lymph
aSampled15 (IQR: 14-19) positivo (%) 5 (IQR: 0-27) positivo (% 0, si es positivo) 27 (IQR: 12- 49) Tabla 1. Características de la población de estudio.
ASólo casos con 12 o más ganglios linfáticos están incluidos en la muestra (N = 156) Descargar CSV CSV
las cuatro variantes se ajustaban al equilibrio de Hardy-Weinberg. En toda la muestra (casos y controles) frecuencia de los alelos del alelo T fue 49.55%. En el modelo de regresión logística se encontró asociación estadísticamente significativa entre rs4939827 y el riesgo de CCR. La proporción de cada uno de los genotipos rs4939827 CC, CT y TT fue 29%, 49% y 22% en los controles, respectivamente, y 21%, 47% y 32% en los casos, respectivamente. Alelo C se asoció con una disminución del riesgo, odds ratio (OR) fue de 0,70 (IC del 95%: desde 0,57 hasta 0,85, p = 3.5E-4). En comparación con los homocigotos TT, el riesgo se redujo significativamente en un 34% en los heterocigotos (OR = 0,66, IC del 95%: 0,47 a 0,92) y en un 52% en los homocigotos CC (OR = 0,48, IC del 95%: 0,33-0,72) (Tabla 2 ).
SNP genotipos
casos
controles
efecto alelo
OR
95% CI:
P
rs10795668AA/AG/GG34/123/14848/276/270A0.990.80-1.230.93unknown150rs16892766AA/AC/CC248/42/1502/86/6A1.060.73-1.540.74unknown290rs3802842AA/AC/CC132/122/17280/252/62A1.150.92-1.450.23unknown490rs4939827CC/CT/TT63/143/96172/291/131C0.70.57-0.853.5x10-04unknown180Table 2. La asociación entre las variantes rs10795668, rs16892766, rs3802842 y rs4939827 y el cáncer colorrectal en la población croata.
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A continuación se investigó la asociación entre los genotipos en rs4939827, rs10795668, rs3802842 y rs16892766 y características tumorales en una época y el sexo ajustada modelo de regresión lineal multivariante. No se observó asociación estadísticamente significativa entre las variantes seleccionadas y las siguientes características: tumorales. AJCC estadio, el grado tumoral, tamaño tumoral o la proporción de ganglios linfáticos positivos
Discusión
En este estudio se encontró una significativa asociación entre la variante rs4939827 SMAD7 (18q21.1) y el riesgo de cáncer colorrectal en la población croata. En comparación con los homocigotos CC, el riesgo se incrementó en un 58% en los heterocigotos (TC) y un 111% en los homocigotos TT
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El mecanismo por el cual rs4939827 puede influir en el cáncer colorrectal implica papel inhibidor de la proteína SMAD7 en el crecimiento transformante factor beta (TGF-β) vía de señalización [19,20]. TGF-β regula la inhibición del crecimiento y la apoptosis y juega un papel importante en la iniciación y progresión del cáncer [21,22].
En un meta-análisis exhaustivo, hemos demostrado un muy alto nivel de credibilidad de la asociación entre rs4939827 y el cáncer de colon [23]. Sin embargo, en los estudios previos informaron los tamaños del efecto fueron en su mayor parte más débil de lo que hemos observado en la población croata (O
por T = 1,43). En un combinado meta-análisis [23], que se encuentra un OR de (IC del 95%: 1.8 a 1.23) y 1.15 [24] encontró un OR de 1,18 (IC del 95%: 1.14 a 1.22). Como se refleja en los intervalos de confianza, del tamaño del efecto que observamos no es significativamente diferente de lo que se ha informado anteriormente superpuestas. Sin embargo, existe evidencia de heterogeneidad entre los estudios, y se necesitan más estudios más amplios para determinar si las diferentes estimaciones de riesgo se presentan debido a la variación aleatoria, o que reflejan las diferencias reales de la población.
Los estudios en los más altos reportados incluyen O fue [9] quien encontró un OR de 1,37 (IC del 95%: 1,18 a 1,58) y [24] que encontró un OR de 1,57 (IC del 95%: 1,27 a 1,94) en 641 casos y 1037 controles de china [9,10,24] informe un alto o en una población israelí (OR = 1,48; IC del 95%: 1,33 a 1,65), pero esto puede ser, en parte, debido a la mala calidad de genotipado (genotipado falló en & gt; 20% de las muestras y la desviación significativa de HWE fue reportado) [10]. La replicación de señales GWAS en diferentes grupos étnicos es importante ya que la frecuencia de los alelos susceptibles en estos loci puede variar entre las poblaciones del mundo [25]. Las frecuencias de los alelos que observamos en el locus rs4939827 en la población croata (frecuencia del alelo T, AF
T = 49,6%) fueron muy similares a la de las otras poblaciones europeas (CEU-AF
T = 44,7%; EUR-AF
T = 52,9%), mientras que la prevalencia del alelo T es menos frecuente en las poblaciones de Asia y África (ASN-AF
T = 25,9%; AFR-AF
T = 28,7%) (http: //www.ensembl.org).
Por otra parte, los estudios de replicación pueden ayudar a identificar los factores ambientales específicas de la población que modifican el efecto de loci riesgo. La relativamente fuerte asociación entre la variante y SMAD7 CRC informó aquí, si se verifica, puede ser debido a los antecedentes genéticos y /o ambientales particular, específico para la población croata. Este hallazgo merece estudios más amplios para evaluar la asociación más, ya que la comprensión del origen del efecto más fuerte en esta población puede ayudar mecanismos Destape de la incidencia de cáncer colorrectal y la progresión, y posteriormente pueden conducir a la transposición de los resultados en la predicción del riesgo más precisa y prevención mejor informados debería encontrarse la interacción con el medio ambiente
Pero no hemos podido replicar las asociaciones entre el riesgo de CCR y rs10795668, rs16892766 y rs3802842.; sin embargo, esto es puede ser debido a la relativamente pequeño tamaño de la muestra [26-29] Del mismo modo, el tamaño pequeño de la muestra puede ser la razón por la que no somos capaces de detectar asociaciones significativas entre rs4939827, rs10795668, rs3802842 y rs16892766 y las características del tumor (estadio AJCC, tumor grado, el tamaño del tumor o la proporción de ganglios linfáticos positivos). Con la excepción de rs1321311, rs3824999 y rs5934683 [15], el papel de otros loci conocidos riesgo de CCR en la susceptibilidad a la CCR en población croata es lo contrario inexplorada [9-14].
Las limitaciones del estudio incluyen relativamente pequeña tamaño de la muestra que puede haber contribuido a nuestro poder limitado para detectar asociaciones débiles. En segundo lugar, mientras que los controles fueron principalmente de Split y las islas de Vis y Korčula, los casos se tomaron muestras de hospitales de tercer nivel en Zagreb. Sin embargo, esto no es un problema importante para este estudio: en primer lugar, la población de Croacia es pequeña y homogénea; en segundo lugar, Zagreb y Split representan los centros urbanos que atraen a la inmigración procedente de otras regiones de Croacia, y por último, los pacientes buscan tratamiento en Zagreb, debido a la superioridad percibida de la atención sanitaria con independencia de su lugar de residencia.
En conclusión, una variante común rs4939827 se asocia con el riesgo de cáncer colorrectal en la población croata. Entender los efectos diferenciales en diferentes poblaciones pueden ayudar en el descubrimiento mecanismo de la enfermedad y es importante para la traducción de los resultados de predicción del riesgo en diferentes poblaciones.