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PLOS ONE: transcriptoma de perfiles del cáncer, adyacentes no tumorales y tejidos normales distantes de un paciente de cáncer colorrectal mediante secuenciación profunda


Extracto

El cáncer colorrectal (CCR) es uno de los cánceres más comúnmente diagnosticados en el mundo. Una proyección de todo el genoma de la desregulación del transcriptoma entre el cáncer y el tejido normal sería dar una idea de las bases moleculares de la iniciación y progresión de CRC. En comparación con la tecnología de microarrays, que se utiliza comúnmente para identificar los cambios de la transcripción, la técnica de RNA-seq recientemente desarrollado tiene la capacidad de detectar otras regulaciones anormales en el transcriptoma del cáncer, tales como corte y empalme alternativo, nuevas transcripciones o fusión génica. En este estudio, se realizó la secuenciación del transcriptoma de alto rendimiento en ~ 50 × cobertura sobre la CRC, no tumoral adyacente y el tejido normal distante. Los resultados revelaron específica del cáncer, los genes expresados ​​diferencialmente y empalme alternativo diferencial, lo que sugiere que la matriz extracelular y las vías metabólicas se activan y los genes relacionados con la homeostasis celular se suprimen en CRC. Además, una fusión de genes restringido-tumor, PRTEN-NOTCH2, también se ha detectado y confirmado experimentalmente. Este estudio revela algunas características comunes en la invasión tumoral y ofrece un estudio exhaustivo del transcriptoma CRC, lo que proporciona una mejor idea de la complejidad de los cambios regulatorios durante la tumorigénesis

Visto:. Y Wu, Wang X, Wu F, Huang R, Xue F, G Liang, et al. (2012) transcriptoma de perfiles del cáncer, Adyacente no tumorales y tejidos normales distante de un paciente de cáncer colorrectal mediante secuenciación profunda. PLoS ONE 7 (8): e41001. doi: 10.1371 /journal.pone.0041001

Editor: Antonio Moschetta, Universidad de Bari & amp; Consorzio Mario Negri Sud, Italia

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