Extracto
DOC-2 /DAB2 proteína interactiva (DAB2IP) es una novela identificado gen supresor tumoral que inhibe el crecimiento celular y facilita la apoptosis de las células. Una variante genética en
se informó DAB2IP
gen que se asocia con un mayor riesgo de cáncer de próstata agresivo recientemente. Desde DAB2IP implica en el desarrollo de cáncer de pulmón y baja expresión de DAB2IP se observan en el cáncer de pulmón, la hipótesis de que las variaciones en
DAB2IP
gen puede aumentar la susceptibilidad genética al cáncer de pulmón. En un estudio de casos y controles de 1056 casos de cáncer de pulmón y 1056 controles sin cáncer igualado en frecuencia de sexo y edad, se investigó la asociación entre dos polimorfismos comunes en
gen DAB2IP gratis (-1420T & gt; G, rs7042542; 97906C & gt ; A, rs1571801) y el riesgo de cáncer de pulmón. Hemos encontrado que en comparación con los genotipos 97906CC, portadores de genotipos variantes (97906AC + AA) tenían un riesgo significativamente mayor de cáncer de pulmón (odds ratio [OR] = 1,33; IC del 95% = 1,04 a 1,70,
P
= 0,023) y el número de alelo variante (riesgo) trabajó de una manera dosis-respuesta (
P
tendencia = 0,0158). Un análisis más detallado de estratificación mostró que la asociación riesgo era más pronunciado en sujetos menores de 60 años de edad, los hombres, los no fumadores, los no bebedores, grupos de sobrepeso y en aquellos con historial familiar de cáncer en familiares de primer o segundo grado, y el 97906A interactuado con sobrepeso en el riesgo de cáncer de pulmón. Estamos, además, el número de alelos de riesgo (alelo 97906A) se correlacionaron negativamente con la edad diagnóstico precoz del cáncer de pulmón en pacientes de sexo masculino (
P
= 0,003). Sin embargo, no se observó una asociación significativa en la -1420T & gt; G polimorfismo. Nuestros datos sugieren que los genotipos variantes 97906A se asocian con el aumento del riesgo y de inicio temprano de cáncer de pulmón, en particular en los hombres
Visto:. Yang L, Li Y, Ling X, Liu L, Liu B, Xu K , et al. (2011) una variante genética común (97906C & gt; A) de DAB2IP /AIP1 se asocia con un aumento del riesgo y la aparición temprana de cáncer de pulmón en los hombres chinos. PLoS ONE 6 (10): e26944. doi: 10.1371 /journal.pone.0026944
Editor: John D. Minna, Univesity de Texas Southwestern Medical Center en Dallas, Estados Unidos de América
Recibido: 16 Marzo, 2011; Aceptado: 6 Octubre 2011; Publicado: 26 Octubre 2011
Derechos de Autor © 2011 Yang et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este estudio fue apoyado en parte por la Fundación Nacional de Ciencia Naturales de China otorga 30872178, 81072366 (Dr. J. Lu) y 30872142 (Dr. W. Ji), los Guangdong Provincial de Ayudas a la investigación Científica y 8251018201000005 Guangdong Provincial de Expertos de alto Nivel Subvenciones 2010-79 ( El Dr. J. Lu). Además, sin financiación externa adicional recibida para este estudio. Todos los proveedores de fondos no tiene función alguna en el diseño del estudio, la recogida y el análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
el cáncer de pulmón es el tipo más común de cáncer y la causa número uno de muerte entre los tipos de tumores en el mundo [1]. En los Estados Unidos, se estima que habrá 222,520 nuevos casos de cáncer de pulmón y 157.300 muertes por cáncer de pulmón en 2010 [1]. Los datos de la encuesta nacional de registro de la muerte y el cáncer de la China continental también mostraron que el cáncer de pulmón es la causa principal de muerte en la mayoría de ciudades en China [2]. En Guangzhou, la tasa de incidencia de cáncer de pulmón fue de 61,18 /10
5 en los hombres, y 32.56 /10
5 en las mujeres en 2004, en consecuencia, con una tasa de mortalidad de 59.37 /10
5 en los hombres, y 27.82 /10
5 en las mujeres [2]. Todos estos indicaron que las cargas de cáncer de pulmón son graves en todo el mundo, especialmente en los machos
.
Los estudios epidemiológicos han demostrado que los factores etiológicos más de cáncer de pulmón son de medio ambiente, incluyendo el tabaquismo, la exposición ocupacional a policíclico hidrocarburos aromáticos, amianto, metales, y los humos de soldadura, la contaminación del aire, y la desnutrición o las dietas [3]. Sin embargo, sólo una pequeña parte de las personas que se exponen a factores ambientales desarrollado la enfermedad del cáncer de pulmón peligrosos, lo que sugiere que otros factores distintos de medio ambiente, como el anfitrión (por ejemplo, enfermedades pulmonares crónicas) o factores genéticos (por ejemplo, la variación de genes) pueden predisponer a los individuos a desarrollar cáncer de pulmón [4]. Recientemente, un meta-análisis que incluye los resultados de 41 estudios informó que la historia familiar de cáncer de pulmón era un factor de riesgo de cáncer de pulmón [5]. Estos demostró que el factor genético juega un papel en el desarrollo de cáncer de pulmón humano.
DAB2IP
, el gen codificante de DOC-2 /proteína DAB2IP, también conocida como apoptosis señalización regulación de quinasa 1 de interacción con la proteína-1 (AIP1), es un nuevo miembro de la familia de genes de la activación de RAS GTPasa. DAB2IP, activa no sólo directamente señalización apoptótica de TNF inducida por células ASK1-JNK e inhibe la señalización de crecimiento celular IKK NF-kB inducida por TNF [6] - [8], sino que también suprime la fosfatidilinositol 3-quinasa (PI3K) vía -Akt y por lo tanto conduce a la apoptosis de las células [9] y regular negativamente mediadas por ras señal de supervivencia celular a través de su interacción con DAB2 [10]. Además, el estudio también reveló una función de DAB2IP en la modulación de la transición epitelio-mesenquimal transición y metástasis del cáncer [11]. Debido a la metilación aberrante en el
DAB2IP
región promotora, baja expresión de DAB2IP fue encontrado en varios tipos de cáncer, incluyendo el cáncer de pulmón, y el aumento del nivel de DAB2IP puede suprimir el crecimiento del cáncer [12] - [17]. ratones knockout DAB2IP mostraron que la deficiencia de la proteína DAB2IP puede aumentar fuertemente la migración de células epiteliales y la angiogénesis inflamatoria [18]. Todos los datos sugieren que
DAB2IP
puede funcionar como un gen supresor de tumores.
DAB2IP
gen se localiza en el cromosoma 9q33.1-33.3. Ya es polimórfico, 1457 polimorfismos y dos transcripciones diferentes comunes han sido reportados en este gen. Recientemente, un estudio reportó que un polimorfismo genético (rs1571801) en el intrón 1 de
DAB2IP
gen se asoció significativamente con un mayor riesgo de cáncer de próstata agresivo tanto en afroamericanos y la población europea [19]. Debido a que la mayoría de los pacientes con cáncer de pulmón son varones y DAB2IP deficientes también fue fundada en el cáncer de pulmón [15], es probable que la variación genética en
DAB2IP
gen puede contribuir a aumentar el riesgo de cáncer de pulmón como lo hizo en el cáncer de próstata. Las variaciones en el promotor de este gen puede afectar a las funciones de genes. Tomados en conjunto estos, la hipótesis de que las variaciones genéticas en
DAB2IP
genes y sus posibles interacciones con los factores ambientales están asociados con el riesgo de cáncer de pulmón.
En este estudio de casos y controles de base hospitalaria incluyendo 1056 pacientes con cáncer de pulmón y 1056 controles sin cáncer no relacionados genéticos-coincide con la frecuencia de sexo y edad, genotipo dos polimorfismos comunes en
DAB2IP
gen (-1420T & gt; G, rs7042542, en la región del promotor; 97906C & gt; a, rs1571801, en el intrón 1) y se investigó su asociación con el riesgo de cáncer de pulmón.
Resultados
demografía
de los sujetos
las distribuciones de las variables demográficas y los factores de riesgo del 1056 casos y los controles sin cáncer 1056 se han descrito en otra parte [20] y estas variables fueron posteriormente ajustado para el modelo de regresión logística multivariante para controlar la posible confusión de los principales efectos de la SNP estudiados y utilizados en la estratificación posterior y la interacción medio ambiente gene- análisis. Además, de los 1056 casos, hubo 683 (64,7%) casos de cantoneses, 90 (8,5%) teocheweses, 198 (18,8%) hakkases y 85 (8,0%) sujetos de otras provincias. de los controles de 1056, había 700 (66,2%) cantoneses, 81 (7,7%) teocheweses, 195 (18,5%) hakkases y 80 (7,6%) sujetos de otras provincias. La diferencia en las distribuciones de sub-nación entre los casos y los controles no fueron estadísticamente significativas (
P = 0,8538
) y esto fue utilizado en el análisis de la interacción estratificación posterior y genes y medio ambiente (Tabla 1).
las distribuciones de
DAB2IP
genotipos y el riesgo de cáncer de pulmón
las distribuciones de los dos SNPs genotipos entre los casos y controles, y los odds ratios ajustados asociados con el cáncer de pulmón se resumen en la Tabla 2. Ambas frecuencias de genotipos en la población de control estaban de acuerdo con las predichas bajo Hardy-Weinberg (
P = 0,454 para
-1420T & gt; G;
P = 0,113 para
97906C & gt ;UN). Genética desequilibrio de ligamiento entre el -1420T & gt; G locus y 97906C & gt; Un locus no se produjo como el análisis de LD en los controles se muestra (D '= 0,015 y r
2 = 0,001), lo que sugiere cada uno puede tener un efecto independiente sobre el riesgo de . el cáncer de pulmón
Como se muestra en la Tabla 2, la frecuencia del alelo 97906C & gt; Un SNP se mostró diferencias significativas entre los casos y controles (
P = 0,0381)
. El análisis de regresión logística multivariante mostró que después de ajustar por factores de confusión, en comparación con los genotipos CC, CA tenían un riesgo significativamente mayor de cáncer de pulmón (odds ratio ajustada [OR] = 1,31; IC del 95% = 1,01-1,68;
P
= 0,0436), los homocigotos AA tenían un riesgo significativamente-non de cáncer de pulmón (OR ajustada = 1,90; IC del 95% = 0,80-4,53;
P = 0,1438
) debido a su rara frecuencia, pero hay se observó una tendencia significativa para un efecto dosis alelo en el riesgo de cáncer de pulmón (
P
tendencia = 0,0158). Bajo el modelo de co-dominante de herencia, los portadores del alelo A (es decir, CA genotipos /AA) tenían un 0,33 veces mayor riesgo de cáncer de pulmón (95% CI = 1,04-1,70;
P = 0,023
). Sin embargo, para el -1420T & gt; G SNP, las frecuencias alélicas y genotípicas no difirieron significativamente entre los casos y los controles (
P = 0.5263
y 0.4549, respectivamente). Consistentemente, no hubo una asociación significativa entre este SNP y el riesgo de cáncer de pulmón
análisis de la estratificación de
DAB2IP
97906C & gt;. A los genotipos y el riesgo de cáncer de pulmón
Además, evaluó las asociaciones de los genotipos variantes 97906CA /AA con el riesgo de cáncer de pulmón estratificada por variables seleccionadas. Como se muestra en la Tabla 3, en comparación con la de tipo salvaje genotipo homocigoto común, el genotipos perjudiciales 97906CA /AA fueron más pronunciados en los hombres (OR = 1,42 ajustar, IC del 95% = 1,06-1,89), en individuos más jóvenes (OR = 1,51 ajustar , IC del 95% = 01.06 a 02.14), en los no fumadores (OR = 1,43 ajustar, IC del 95% = 1,00-2,10), en los no bebedores (OR = 1,45 ajustar, IC del 95% = 1,10-1,92), en grupos de sobrepeso ( ajustar OR = 2,33, IC 95% = 1.30 a 4.16) y en aquellos con historial familiar de cáncer en familiares de primer o segundo grado (OR = 2,55 ajustar, IC del 95% = 01/04 a 06/25). Considerando que, no hay asociación significativa entre el -1420T & gt; G polimorfismo y el riesgo de cáncer de pulmón se ha encontrado en ninguno de los subgrupos (datos no mostrados) guía empresas
Además, se evaluó posibles interacciones (o modificaciones de efecto. ) entre el polimorfismo y la edad, el sexo, fumar, beber, antecedentes familiares de cáncer, y grupos de IMC en el riesgo de cáncer. Mientras que los modelos multiplicativos de ajuste, sólo encontramos que los genotipos variantes 97906A interactuaron con el IMC en el aumento del riesgo de cáncer (prueba de interacción
P = 0,0348
). Asimismo, analizaron las posibles interacciones con el software Multifactor reducción de dimensionalidad (MDR), y encontramos que había interacciones de los genotipos variantes 97906A, índice de masa corporal y el tabaquismo sobre el aumento del riesgo de cáncer (prueba de interacción
P = 0,0003
). Estos resultados sugieren una posibilidad de interacción entre los genotipos variantes 97906A y el sobrepeso en el riesgo de cáncer de pulmón.
La edad de inicio del cáncer de pulmón y variantes de
DAB2IP
Debido a una edad temprana en el inicio del cáncer es una característica de la susceptibilidad genética a la enfermedad, se analizó la relación entre la edad de inicio de síntomas de pacientes con cáncer de pulmón y los genotipos de
DAB2IP
, análisis de correlación de Pearson mostró que la edad de inicio se redujo significativamente a medida el número de alelos de riesgo incrementado en los hombres (r = -0.11,
P = 0,0026
), pero no en las mujeres (r = -0.06,
P = 0,2923
). Hemos asignado aún más esos 746 pacientes del sexo masculino a uno de tres grupos sobre la base del número de alelos de riesgo, y se encontró que la edad de inicio (media ± DE) fue de 61,1 ± 11,7 años, en 610 pacientes con el alelo de riesgo cero (es decir, CC genotipos), fue significativamente menor en 124 pacientes con un alelo de riesgo (CA genotipos) (58,8 ± 11,2); y se redujo aún más en 12 pacientes con dos alelos de riesgo (genotipos AA) (55,4 ± 9,5). Los portadores de 97906CA o AA genotipos fueron 2,3 años 5,7 años o más jóvenes que la de los genotipos CC. (Prueba de ANOVA
P = 0,0386
) (Fig. 1). Además, realizó un análisis de regresión de Cox con y sin ajustes por sexo, edad, estado de humo, el estado de la bebida y el IMC, y encontramos que la variante genética 97906A (97906CA y AA) de
DAB2IP
fue un factor independiente para la pronta inicio de pacientes con cáncer de pulmón (
P = 0,033
,
P
ad = 0,031) guía empresas
Asociación entre la 97906C & gt;. Un genotipo y
DAB2IP
niveles de mRNA
Como se muestra en la figura 2A, los niveles de mRNA de
DAB2IP
en 32 tejidos de cáncer de pulmón fueron significativamente más bajos que sus tejidos normales adyacentes (
P
& lt; 0,001). Sin embargo, las diferencias de expresión mRNA DAB2IP entre 97906C & gt; A genotipos no fueron significativas en ninguno de los tejidos tumorales (
P =
0,188) ni los tejidos normales (
P =
0,165), como se muestra en la figura 2B y 2C. Se sugiere que el SNP 97906C & gt;. A pueden tener un impacto significativo en la expresión de este gen
A, relativa niveles de mRNA de la
DAB2IP
expresiones en tejidos de cáncer de pulmón en comparación con sus tejidos pulmonares normales adyacentes ; B, nivel de mRNA relativa de la
DAB2IP
expresión por parte del 97906C & gt; Un genotipo en tejidos de cáncer de pulmón. C, nivel de mRNA relativa de la
DAB2IP
expresión por parte del 97906C & gt; Un genotipo en los tejidos normales. No se observó ninguna asociación significativa entre la 97906C & gt; Un genotipo y
DAB2IP
niveles de mRNA ni en tejidos de cáncer ni en las columnas tejidos normales, la media de tres experimentos independientes; bares, SD; y se utilizó la prueba t de Student para poner a prueba las diferencias en los niveles de expresión de diferentes construcciones
Detección de DAB2IP /gen de fusión MLL
En el análisis de genotipado de 97906C & gt;. A genotipos en los 82 tejidos de cáncer de pulmón y sus tejidos normales adyacentes, se encontró que de los 19 casos de cáncer de los tejidos eran portadores de CA, 2 casos eran AA, de los tejidos normales adyacentes 17 casos eran portadores de CA y un caso fue AA. Amplificamos el fragmento de gen de fusión DAB2IP /MLL con el método de PCR como von Bergh AR se describe para todas esas 82 tejidos de cáncer de pulmón y sus tejidos normales adyacentes. Sin embargo, no se logró detectar
AB2IP /MLL
gen de fusión.
Discusión
En este tipo de cáncer de pulmón estudio de casos y controles en una población del sur de China, se investigó la asociación entre dos variantes comunes de
DAB2IP
y el riesgo de cáncer de pulmón con un tamaño de muestra relativamente grande de 1056 pacientes con cáncer de pulmón y 1056 controles sin cáncer. Se observó una asociación significativa entre el 97906C & gt; A riesgo de cáncer de pulmón y el polimorfismo. Se encontró que los genotipos variantes 97906A estar asociado con un mayor riesgo, sobre todo en los subgrupos de sujetos menores de 60 años, varones, que nunca habían fumado, no bebedores, overweighter o obesidades, y aquellos con historia familiar de cáncer. Por otra parte, el aumento del número de alelos de riesgo se asoció con la edad más temprana de inicio de cáncer de pulmón. Sin embargo, para el polimorfismo -1420T & gt; G, no se encontró ninguna evidencia de cualquier asociación entre este SNP y el riesgo de cáncer de pulmón. A lo mejor de nuestro conocimiento, este es el primer estudio de asociación del genotipo de
DAB2IP
SNPs y el cáncer de pulmón riesgo.
Según un estudio, la variante genética 97906A intron1 en
DAB2IP
se asoció con un mayor riesgo de cáncer de próstata agresivo [19]. Debido al papel crítico de DAB2IP en la etiología del cáncer de pulmón, aquí encontramos que el 97906C & gt; Un SNP también se asoció con un mayor riesgo de cáncer de pulmón en los hombres; sugiere que las variantes 97906A pueden desempeñar un papel importante en la etiología del cáncer de pulmón. Habíamos realizado el análisis de bioinformática con herramientas Vista (http://genome.lbl.gov/vista/index.shtml) mediante la comparación de las estructuras genómicas de
DAB2IP
de genes entre humanos (GeneID: 153090) y ratón ( GeneID: 69601), la rata (GeneID: 192126), perro (GeneID: 491356), vaca (GeneID: 541268), se encontró que el 97906C & gt; Un locus se localiza en regiones conservadas evolutivamente (ECRs) que no ha cambiado a través de la evolución y se sirve como elementos funcionales que actúan en cis [21]. Asimismo, analizaron las posibles SNPs genéticamente estadísticas similares a 97906C & gt; A en una región 5 Mb en el cromosoma 9 a través de la base de datos HapMap SNP (versión#36, http://www.hapmap.org/9 de noviembre de 2009) en el genotipo CHB tríos con la interfaz web ssSNPer (http://gump.qimr.edu.au/general/daleN/ssSNPer/). región Ina desde 123228424 pb aguas arriba hasta 123728423 pb aguas abajo del 97906C & gt; A, también encontramos un intrón 1 polimorfismos rs1984038, que fue 3184 pb aguas arriba del 97906C & gt; A fue completamente LD (D '= 1,00, r
2 = 1,00) con 97906C & gt; a [22], y también se pertenecen a los ECRs. Sin embargo, nos encontramos ni ningún efecto significativo de la 97906C & gt; A SNP en las expresiones de ARNm de genes DAB2IP en tejidos de cáncer de pulmón y sus tejidos normales adyacentes; y no se logró detectar el posible impacto del SNP en el gen de fusión DAB2IP /MLL en tejidos de cáncer. Tomando estas evidencias juntos, demostró que 97906C & gt; A es un marcador genético conservado
En el análisis de la estratificación, se encontró que los genotipos variantes (97906CA + 97906AA) fueron más pronunciados en los hombres, más jóvenes, que nunca habían fumado,. no bebedores, grupos de sobrepeso y aquellos con antecedentes familiares de cáncer. factores ambientales rigurosas, tales como el fumar son el riesgo de cáncer de pulmón y la interacción entre genes y medio ambiente es bien conocido implicados en la etiología del cáncer de pulmón [23], pero en este caso se encontró que la variante 97906A puede influir en el desarrollo del cáncer de pulmón debido principalmente a heredada autóctona efecto. Como se muestra, 97906C & gt; A es más significativa en individuos jóvenes, en los no fumadores y en los no bebedores. Constantemente los que tienen antecedentes familiares de cáncer en cualquiera de primer o segundo - grado familiares fueron más tienden a desarrollar cáncer de pulmón debido a los antecedentes genéticos de alta frecuencia 97906A. Además, se observó una evidencia consistente para una interacción estadísticamente significativa entre el 97906A y el sobrepeso. Supusimos andrógenos pueden actuar como intermediario en la estrecha relación entre los andrógenos y la obesidad [24] y los andrógenos, la función de la expresión de DAB2IP suprimiendo EZH2 expresión [25]. Se necesitan más estudios para revelar el mecanismo como los estudios acumulados han verificado que el sobrepeso aumenta el riesgo de cáncer en humanos, incluyendo el cáncer de pulmón [26].
Curiosamente, también encontró que los genotipos variantes 97906A se asociaron con un temprano la edad de inicio del cáncer de pulmón en pacientes de sexo masculino de una manera dosis-efecto alelo. DAB2IP puede estar relacionada con la patogénesis del cáncer de pulmón como estudio han demostrado que en el cáncer de próstata DAB2IP influyó en la eficacia reparación del ADN de doble filamento se rompe inducidos por la exposición a la radiación médica que es un factor de riesgo de cáncer de pulmón [27] ionizante. Por lo tanto, nuestros resultados demostraron la 97906C & gt;. Un polimorfismo puede ser un marcador genético conservado para predecir el riesgo de cáncer de pulmón y el inicio más precoz de cáncer de pulmón en los hombres
Dado que el presente estudio fue un caso- basado en el hospital estudio de control, restringido a la población china Han, que puede tener algunas limitaciones. Sin embargo, la distribución de frecuencias de genotipo (es decir, -1420G, 97906A alelos fueron 0,103, 0,072, respectivamente) en los sujetos de control de nuestro estudio fueron similares a los reportados para la población china incluidos en la base de datos HapMap (es decir, -1420G, 97906A alelos fueron 0.114 , 0.067, respectivamente). Por otra parte, las frecuencias genotípicas entre los controles podrían ajustarse a la ley de Hardy-Weinberg también sugirieron la aleatoriedad de la selección del sujeto. Von Bergh AR et al. informó de que el exón 2 de
DAB2IP
gen se fusiona con
MLL
gen en un paciente con leucemia mieloide aguda. Sin embargo, no hemos podido observar el
DAB2IP /MLL
gen de fusión en 82 casos de cáncer de los tejidos pulmonares y sus tejidos normales adyacentes, y mucho menos el posible efecto de 97906C & gt; Un polimorfismo en
DAB2IP /MLL
gen de fusión. Debido a las limitaciones tecnológicas, que aún no se realizó ningún otro ensayo funcional para identificar si 97906C & gt; Un locus se encuentra en una intronic potenciador o un sitio de empalme-relacionadas. En este estudio de asociación, hemos logrado un poder estadístico del estudio el 80,2% para detectar OR crudo de 1,35 para los genotipos AA (+ 97906CA que se produjeron con una frecuencia de 13,6% en los controles) en comparación con el genotipo 97906CC. Por lo tanto, parece ser que los genotipos AA + 97906CA asociados con un mayor riesgo de cáncer de pulmón es poco probable que haya sido obtenida por casualidad.
En conclusión, en este estudio de casos y controles basado en el hospital de cáncer de pulmón , se encontró que las variantes genéticas 97906A de
DAB2IP
gen se asoció con la edad de aparición temprana y un mayor riesgo de cáncer de pulmón en los hombres, especialmente en los subgrupos de sujetos menores de 60 años, varón, nunca bebieron, obesidades y aquellos con historia familiar de cáncer. A lo mejor de nuestro conocimiento, este es el primer estudio de 97906A variantes genéticas en
DAB2IP
de genes y la susceptibilidad del cáncer de pulmón. Más grande, preferentemente en estudios de casos y controles basados en la población, estudios de mecánica, así como bien diseñados, están garantizados para validar nuestros resultados.
Materiales y Métodos
Los sujetos del estudio y recogida de muestras
Los sujetos del estudio de 1056 pacientes con cáncer de pulmón y 1056 controles sin cáncer fueron reclutados como se describe anteriormente [20]. En pocas palabras, todos los histopatológico confirmó los pacientes con cáncer de pulmón primario fueron reclutados consecutivamente en los hospitales urbanos y en las afueras de la ciudad de Guangzhou a partir de marzo de 2007 y marzo de 2009. Las personas con tumores de pulmón, segunda o tumores primarios fueron excluidos bifurcación de la tráquea superior. 1056 controles sin cáncer que estaban fueron seleccionados de frecuencia adaptada a los casos de la edad (± 1 años) y sexo al azar de alrededor de 10.000 personas que participaron en los programas de chequeo saludables en los centros de salud comunitarios llevados a cabo en la ciudad de Guangzhou. Todos los sujetos eran genéticamente no relacionados étnicos chinos Han y eran de la ciudad de Guangzhou y las regiones circundantes en el sur de China. Ninguno tuvo transfusiones de sangre en los últimos 6 meses. Un sencillo cuestionario se utilizó para recopilar datos sobre las características demográficas, incluyendo el tabaquismo, el consumo de alcohol y otros factores, como el sexo, edad, índice de masa corporal con el formulario de consentimiento firmado, tanto en los casos y controles. La información de la sub-étnica (es decir, Cantonés, Teochewese, Hakka, y Han étnica de otras provincias fuera de Guangdong) también se recogió durante las entrevistas. Todos los participantes reclutados en el estudio firmaron un formulario de consentimiento antes de la entrevista y cuestionario de nuestro estudio fue aprobado por las Juntas de Revisión Institucional de la Universidad de Medicina de Guangzhou.
SNP selección
Se utilizó el programa TSSW ( http://www.softberry.ru/berry.phtml) para predecir región promotora y se encontró que el 4000 pb región 5 'aguas arriba del gen
¿Cuáles son DAB2IP potencial de la región promotora. Sobre la base de la base de datos HapMap (HapMap datos Rel 27 Fase II + III, 09 de febrero en el conjunto de NCBI B36, B126 dbSNP), encontramos que hubo nueve SNPs comunes (es decir, con la frecuencia del alelo menor ≥5%) dentro de la región promotora del
DAB2IP
gen en la población china Han Beijing. Se seleccionaron además las tagSNPs basadas en el análisis de LD por pares (r
2 umbral = 0,8) con el software Haploview 4.2, y se encontró que los rs7042542 polimorfismo (-1420T & gt; G) fue un tagSNP el cual representa la información genética de otra SNPs (Figura S1). Además, la adición de la rs1571801 (97906C & gt; A) SNP en el intrón 1 de
DAB2IP
gen que había sido informado de que se asoció significativamente con un mayor riesgo de cáncer de próstata agresivo como dos estudios GWAS muestra [19], nos genotipo estos dos SNPs (-1420T & gt; G, y 97906C & gt; a) en nuestro estudio (Figura S2)
Genotipado análisis
ADN genómico fue extraído a partir de 1 ml de un sedimento celular de leucocitos, que. se obtuvo de la capa leucocitaria por centrifugación de 5 ml de sangre periférica, usando el kit de DNA Blood Mini (Qiagen, Valencia, a), de acuerdo con las instrucciones del fabricante. pureza del ADN y las concentraciones se determinaron por medida de la absorbancia espectrofotométrica a 260 nm y 280 nm.
Los dos SNPs se genotipo utilizando el método (PCR-RFLP) reacción en cadena de la polimerasa-polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción. Para -1420T & gt; G, un 132 pb producto de PCR se amplificó a partir de ADN genómico utilizando cebadores específicos: 5'-CTCCTGACCT CAGGTGATC C-3 '(hacia adelante), 5'-TGGTGGGGAGGACAAAGATGCATCTGA-3' (hacia atrás). PCR se realizó en 25 sistemas de reacción ul. Después de la desnaturalización inicial a 94 ° C durante 5 min, había 35 ciclos a 94 ° C durante 30 s, 61 ° C durante 30 s, y 72 ° C durante 60 s, y luego una etapa de extensión final de 72 ° C durante 7 min. Los fragmentos amplificados fueron digeridos con MlyI (New England Biolabs) durante la noche a 37 ° C, y los productos se separaron en gel de agarosa al 3,5%. El genotipo -1420GG produjo 2 bandas (112 y 20 pb), mientras que el genotipo -1420TT produce una única banda (132 pb), y los heterocigotos muestra los 3 bandas (132, 112 y 20 pb) (Figura S1). Para 97906C & gt; A, un producto de PCR 98 pb se amplificó a partir de ADN genómico utilizando cebadores específicos: 5'-AAACAGGCATAAGG TTTTAAGT-3 '(hacia adelante), 5'-AATTTGACTTCCAAGTTGTC-3' (inverso). Digerido con Tsp5091 (New England Biolabs) durante la noche a 65 ° C, el genotipo 97906AA produjo 2 bandas (52 y 46 pb), 97906CC genotipo produce una sola banda (98 bp), y los heterocigotos muestra los 3 bandas (98, 52 y 46 pb) (Figura S2).
los resultados se evaluaron de forma independiente por dos experimentadores que fueron cegados al paciente o de control de estado de los sujetos. Se seleccionaron al azar 10% de las muestras para cada uno de los SNPs 2 para llevar a cabo ensayos repetidos, y los resultados fueron 100% concordantes. Para cada genotipo de destino de los productos de la PCR se purificaron y se confirmó por secuenciación directa (Figura S3).
DAB2IP
análisis de la expresión de ARNm
Se realizó qRT-PCR para determinar si la 97906C & gt; a tuvieron un efecto en
DAB2IP
expresión génica
in vivo
. 32 tejidos tumorales y sus tejidos normales adyacentes fueron recogidos de los pacientes que no recibieron quimioterapia y /o radioterapia antes de la resección quirúrgica completa se sometió de un cáncer de pulmón primario. Todas las muestras de tumor se confirmó histológicamente y genotipos de estas muestras eran todos secuenciación confirmó. El ARN total se extrajo utilizando el reactivo Trizol (Invitrogen, Inc.). Una parte alícuota de ARN total (1 ug) fue luego a transcripción inversa a ADN complementario mediante el uso de cebadores oligo y SuperscriptII (Invitrogen). los niveles de mRNA expresión relativa de
DAB2IP
y un gen de referencia interna
ß-actina
se detectaron en el ABI Prism 7500 Sequence sistema de detección (Applied Biosystems) basados en el método SYBR-Green. Los cebadores utilizados para
DAB2IP
fueron 5'-CTG CAG GGG ATA AGT GGA TGG -3 '(hacia delante) y 5'-AAA CAT TGT CCG TCG TCT TGA T-3' (hacia atrás) y para
ß-actina
fueron 5'-GGC GGC ACC ACC ATG TAC CCT-3 'y 5'-GGC AGG CGG ACT CGT CAT ACT-3'. Método de 2
? T se utilizó para demostrar el nivel de
La expresión de DAB2IP
gen (Figura 2). Todos los análisis se realizaron de forma ciega a las personas que desconocen laboratorio de datos de genotipos. Cada ensayo se realizó por triplicado.
Detección de
gen de fusión DAB2IP /MLL
Debido von Bergh AR et al. informado de que el exón 2 de
DAB2IP
gen se fusionó con el intrón 9 del
MLL
gen en un paciente con leucemia mieloide aguda y por lo tanto perdido su función, se realizó PCR para detectar el posible efecto de 97906C & gt; Un polimorfismo en el gen de fusión hacer
DAB2IP /MLL
. ADN genómico fue extraído de 82 tejidos de cáncer de pulmón y se recogieron sus tejidos normales adyacentes durante la extirpación quirúrgica de los primeros hospitales, segundo y tumorales de Guangzhou Medical College (Guangzhou, China) y se almacena en el refrigerador -80 ° C. Amplificamos el fragmento de gen de fusión DAB2IP /MLL con métodos de PCR como von Bergh AR se describe [28]. El cebador directo estaba cerca del exón 2 de
DAB2IP
gen (5'-CATCTGATGCCGAGGCTGAA-3 '), y el cebador inverso fue en el exón 10 del
MLL
gen (5'-GTCCACTCTG ATCCTGTGGACT -3 '). Los productos de PCR serían 700-900 pb de longitud. Los fragmentos amplificados se clonaron con el kit de clonación TOPO TA (Invitrogen, Carlsbad, CA) para purificar y aumentar la cantidad, y se secuenciaron además por la empresa comercial de Invitrogen con Applied Biosystems ABI 3730 analizador de ADN.
Estadística el análisis
las pruebas de chi-cuadrado se utilizaron para evaluar las diferencias en la distribución de los sub-nación entre los casos y controles, así como el alelo y genotipos. El equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE) se puso a prueba mediante una prueba de chi-cuadrado de bondad de ajuste para comparar las frecuencias genotípicas esperadas con frecuencias genotípicas observadas en los controles sin cáncer. La asociación entre el estado de casos y controles y de cada SNP, medida con la odds ratio (OR) y su intervalo de confianza del 95% [29], fue estimada mediante un modelo de regresión logística no condicional, con y sin ajuste por edad, sexo, tabaquismo , consumo de alcohol, índice de masa corporal. modelo de regresión logística se utilizó también para la prueba de tendencia. En el análisis de la estratificación, se evaluó el efecto principal de
DAB2IP
en cada subgrupo y la interacción entre los
DAB2IP
polimorfismos y las variables seleccionadas en el riesgo de cáncer mediante la instalación de una interacción multiplicativo con el modelo de regresión logística incondicional ; el software Multifactor reducción de dimensionalidad (MDR) se utilizó para validar la posible interacción [30]. El programa 2LD y el procedimiento estadístico PROC alelos en SAS /Genética (SAS Institute Inc., Cary, NC) de software se utilizaron para detectar el LD de los dos SNPs. análisis de correlación de Pearson, ANOVA comprueba y modelos de regresión de Cox se utilizó para el análisis de la edad de inicio en pacientes con cáncer de pulmón en un
DAB2IP
genotipos. Todas las pruebas estadísticas fueron de 2 caras y P & lt; 0,05 fue considerado estadísticamente significativo
Apoyo a la Información
Figura S1..