Extracto
Antecedentes
pre-mRNA de empalme alternativo (AS) desempeña un papel central en la generación de complejos proteomas e influencias desarrollo y la enfermedad. Sin embargo, la regulación y la etiología de la EA en la tumorigénesis humana no se entiende bien.
Metodología /Principales conclusiones
Una base de datos Basic Local Alignment Search Tool fue construido para las etiquetas de secuencias expresadas (EST) a partir de todas las bases de datos disponibles de cáncer humano y los tejidos normales. Se ha realizado una inserción o deleción en la alineación de EST /EST para identificar las transcripciones empalmados alternativamente. La alineación de las tecnologías ecológicamente racionales con la secuencia genómica se utiliza más para confirmar AS. empalmados alternativamente transcripciones en cada tejido fueron entonces sustractivamente transversal tamizaron para obtener variantes específicas de tejido. Se identificaron de manera sistemática y cáncer caracterizado /específicos de tejidos y empalmados alternativamente variantes en el genoma humano basado en una visión global. Se identificaron 15,093 variantes específicas del cáncer de 9.989 genes de 27 tipos de cánceres humanos y 14.376 variantes normales específicos de tejido de 7.240 genes de 35 tejidos normales, que cubren los principales tipos de tumores y tejidos humanos normales. Aproximadamente el 70% de estas transcripciones son nuevos. Estos datos se integran en una base de datos de HCSAS (http://202.114.72.39/database/human.html, pase: 68756253). Por otra parte, se observó que los genes supresores de cáncer específicos de AS de ambos oncogenes y tumorales están asociados con tipos específicos de cáncer. El cáncer muestra una preferencia en la selección de sitios de ayuste alternativas y la utilización de tipos de splicing alternativo.
Conclusiones /Importancia
Estas características del cáncer humano, junto con el descubrimiento de un gran número de novela de empalme formas de los genes asociados con el cáncer, sugieren un importante papel y global de cáncer-específica AS durante la tumorigénesis humana. Nosotros recomendamos el uso de splicing alternativo específica del cáncer como una fuente potencial de las nuevas herramientas de diagnóstico, pronóstico, predicción y terapéuticas para el cáncer humano. La visión global de cáncer-específica AS no sólo es útil para explorar la complejidad del transcriptoma cáncer, sino también amplía la altura de ojo de la investigación clínica
Visto:. Él C, Zhou M, Zuo Z, Cheng H, Zhou R (2009) Una visión global de cáncer-específica Transcripción Variantes de Análisis del transcriptoma-ancha sustractiva. PLoS ONE 4 (3): e4732. doi: 10.1371 /journal.pone.0004732
Editor: Joseph Alan Bauer, de la Clínica Cleveland, Estados Unidos de América
Recibido: 6 de Noviembre de 2008; Aceptado 29 de enero de 2009; Publicado: 6 Marzo 2009
Derechos de Autor © 2009 He et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. El trabajo fue apoyado por la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China, el proyecto nacional clave de la investigación básica (2006CB102103, 2004CB117401), el Programa para el Nuevo siglo talentos excelentes en la Universidad, y el proyecto 111#B06018. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
Aún se desconoce cómo tanto la eliminación de intrones y exones son reordenamiento regulada con precisión para producir proteomas correctas en un tipo de células o de manera grado de desarrollo específicos. splicing alternativo, el proceso por el cual los exones transcritos primarios pueden empalmarse en diferentes arreglos para producir ARNm y proteínas variantes estructural y funcionalmente distintas, es el mecanismo más utilizado para mejorar la diversidad de proteínas de organismos eucariotas superiores. Se ha estimado que el 35% -94% de todos los genes humanos parece sufrir splicing alternativo [1] - [7], lo que sugiere que este mecanismo tiene un papel importante en la generación de la diversidad de proteínas. A medida que continúan siendo generada por los proyectos a un ritmo cada vez mayor de datos de secuencias, la necesidad de extracción de los datos y la construcción de un repositorio de información transcriptoma sigue creciendo también.
En muchos estados patológicos, pre aberrante empalmado mRNAs se generan debido a que escapan a los mecanismos de control de calidad dentro de las células (por ejemplo, el sentido de la vía mediada por descomposición de ARNm) y son, por lo tanto, traducido a proteínas aberrantes que participan en enfermedades humanas, incluyendo cáncer [8] - [11]. Se estima que aproximadamente el 60% de las mutaciones de la enfermedad en el genoma humano están empalme mutaciones [12], [13]. En la actualidad, el análisis de splicing alternativo específica del cáncer es un paso prometedor hacia adelante y potencial fuente de nueva clínica de diagnóstico, pronóstico y estrategias terapéuticas. Se está acumulando evidencia que soporta una conexión entre la tumorigénesis y splicing alternativo [14] - [18]. Utilizando enfoques bioinformáticos, Xu y Lee descubrieron variantes de empalme específicos de cáncer en 316 genes [19]. Hemos identificado previamente empalme específica del cáncer testis- /testículo variantes utilizando enfoques bioinformáticas y experimentales [20].
A pesar del creciente interés por el impacto de splicing alternativo en diversos aspectos de los procesos biológicos, nuestra comprensión de splicing alternativo todavía se dispersaron, y sus mecanismos de regulación general, especialmente en la tumorigénesis, no son bien conocidos [21], [22]. Sin embargo, se cree que las variantes de corte y empalme específicos de cáncer podrían estar involucrados en la etiopatogenia de muchas enfermedades y algunos podrían servir como marcadores de diagnóstico o pronóstico. Por otra parte, los ataques directos de la proteína es probablemente una forma ventajosa de la corrección de las alteraciones asociadas al cáncer de empalme. Por ejemplo, la proteína variante de empalme cáncer restringida podría ser utilizado como el objetivo para anticuerpos específicos conjugados a toxinas celulares tumorales para los tratamientos del cáncer. La etiopatogenia relativa a la AS específica del cáncer y todas las aplicaciones relacionadas necesidad de estudiar más a fondo.
Con el fin de avanzar en la comprensión de la importancia biológica de splicing alternativo en los cánceres humanos, es esencial identificar sistemáticamente específica para el cáncer eventos de empalme a nivel del transcriptoma. En el presente estudio, se realizó un análisis de todo el genoma de splicing alternativo en el cáncer humano y los tejidos normales usando un modelo de intersección /sustractivo que consta de los siguientes pasos: 1) identificar las inserciones o deleciones en las alineaciones de etiquetas de secuencias expresadas (EST) a identificar las transcripciones de empalme alternativos basados en un método descrito previamente [2], 2) la alineación de EST /genoma para confirmar las transcripciones, y 3) la obtención de los específicos de tejido y empalmados alternativamente variantes por sustractivamente-cross cribado de los transcritos empalmados alternativamente en cada tejido. Nuestros resultados distinguen patrones distintivos de splicing alternativo específica del cáncer e identificar un gran número de isoformas de empalme cáncer- y el tejido-específicas, que ofrece una visión global de splicing alternativo específica del cáncer humano en un enfoque a gran escala y una fuente potencial de nuevo estrategias diagnósticas, pronósticas y terapéuticas clínicas para el cáncer humano.
Materiales y Métodos
fuentes de datos y la filtración
datos de EST humano para ambos tejidos cancerosos y normales fueron extraídas de la Proyecto del Genoma del Cáncer Anatomía (CGAP) (http://cgap.nci.nih.gov/Tissues/LibraryFinder). El CGAP recoge EST bibliotecas de todo el mundo y proporciona una buena información de los tejidos. Todas las bibliotecas EST disponibles tanto en el cáncer humano y los tejidos normales fueron descargados de las bibliotecas CGAP, bibliotecas Colección de genes de mamíferos, y las bibliotecas de secuenciación EST marco de lectura abierto. Hemos tratado de evitar la mezcla de múltiples tejidos. Entre estas bibliotecas, los firmados 'agruparon' fueron excluidos debido a que estos procedimientos afectan a la clasificación de los tejidos. Para el tejido normal, EST fueron clasificados de acuerdo con la información de la etapa de desarrollo, y no se utilizaron las bibliotecas sin esta información. Todos los datos de EST y de biblioteca en diferentes tejidos que fueron utilizados se enumeran en las Tablas 1 y 2.
Todos los datos de la colección pasaron a ser tratados en tres procedimientos: repetir la secuencia de enmascaramiento para eliminar repeticiones simples en el conjunto de datos (programa, RepeatMasker, repetir la base de datos, RepBase; servidor girnst: www.girinst.org), el vector y la contaminación de enmascarar para limpiar las secuencias del vector (programa, pruebas cruzadas; base de datos de vectores, UniVec_Core; Centro Nacional de Información sobre Biotecnología servidor ftp: ftp : //ftp.ncbi.nih.gov/), y una limpieza final de secuencias cortas y basura (programa, seqclean desde el servidor egassembler: http://egassembler.hgc.jp). Cualquier repeticiones Alu se incluyeron en, y los EST filtrados estaban disponibles para el siguiente análisis.
procedimientos computacionales para identificar el cáncer /splicing alternativo específico de tejido
Una herramienta de búsqueda de alineamiento local básico (BLAST) la base de datos se construyó para los EST de cada tejido. Splicing alternativo se analizó sobre la base de un método anterior [2]. Las transcripciones específicas de tejido T fueron identificados en base a un modelo de intersección /sustractiva:
Donde
TS es
las transcripciones empalmados alternativamente específicos de tejido T,
T
es en todas las transcripciones tejido T, y
O se
todas las transcripciones en los otros tejidos (∩, intersección) guía
en resumen, los tres pasos fueron los siguientes:.
de datos de EST de tejido de T era BLASTed contra sí mismo. El e-valor se establece en 1e-30. Lagunas (inserción o supresión) en la EST se identificaron después de la alineación. Parámetros para identificar splicing alternativo: la longitud del hueco, 10 pb; identidad de nucleótidos, el 95%.
EST Tejido de T se BLASTed contra los EST de los otros tejidos. Parámetros fueron los mismos que en el paso 1.
ESTs sustractivos se identificaron como de tejidos T-específica ESTs por comparaciones inserción /deleción después de BLAST. Los programas de ordenador se escriben utilizando el lenguaje Perl.
alineaciones de secuencias EST /genómica, el mapeo de cromosomas, y sitio de empalme análisis
Para disminuir los errores en la EST alineaciones y determinar el locus cromosómicos de cada gen, hemos localizado a EST secuencias genómicas utilizando herramientas de alineación BLAST-como (http://genome.ucsc.edu). Se utilizaron los parámetros por defecto y se seleccionaron los mejores resultados de la puntuación. La posición exón en el cromosoma se registró para cada transcripción y se utiliza para determinar los sitios de empalme y la estructura de genes. Los sitios de empalme de ambos 5 'y 3' límites exón /intrón fueron alineados en línea a través http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi. Nos permite hacer un error de 10 pb en el límite exón /intrón. Sobre la base de comparaciones de EST /genómica alineaciones, dos errores posibles se pueden comprobar: (i) si el candidato EST en el mismo gen no estaba en el mismo cromosoma y (ii) es el candidato EST en el mismo gen no estaba en la misma locus en el cromosoma. Las razones de estos errores incluyen principalmente los errores de secuenciación EST, pseudogenes, y múltiples genes de copia. Los dos casos fueron excluidos como falsos positivos en la base de datos final.
clasificación de la función de corte y empalme alternativo
Cada alternativa empalmados EST fue arruinado a la base de datos RefSeq ARNm (expectativas 1e-30) para identificar la los genes correspondientes. Usando PANTHER (http://www.pantherdb.org/tools/genexAnalysis.jsp), estos genes se agruparon por el proceso de la ontología de genes (GO). También se realizaron búsquedas en la base de datos Entrez Gene para corregir nuestros resultados.
Alternativa base de datos de empalme construcción
entrada de todos los resultados de predicción en la base de datos local de splicing alternativo. Esta base de datos se construyó con MySQL y programado por Perl y CGI. Toda la información tal como identificación de genes, la estructura del gen, EST adhesión, la adhesión de ARNm, la información genética, y la ubicación exón en el cromosoma fueron recogidos en la base de datos
Resultados
HCSAS:. Una base de datos para el cáncer específicos de splicing alternativo
para el análisis de splicing alternativo específico del cáncer, clasificamos cuidadosamente todas las bibliotecas EST disponibles en 35 clases distintas de tejido normal y 27 tipos de cáncer para evitar mezclar múltiples tejidos. Nuestra clasificación final consistió en 1.992 bibliotecas con 1,496,839 EST para muestras humanas normales y 3.443 bibliotecas con 2,078,302 EST para las muestras de cáncer (Tablas 1 y 2). A través del análisis computacional de sustracción, se detectó 15,093 transcripciones específicas del cáncer en 9.989 genes de los 27 tipos de cáncer, y 14.376 transcripciones específicas de tejido normal en 7.240 genes de los 35 tejidos (Tablas 3 y 4), que cubre los principales tipos de humanos tumores y tejidos. los números de transcripción específicos de cáncer por genes detectados fueron de 1 a 1.69 con un promedio de 1.51, mientras que no hubo 1 a 6 transcripciones normales específicos de tejido con una media de 1,99 (Tablas 3 y 4), lo que indica un menor número de eventos de splicing alternativo (específica para el cáncer ) en el cáncer en comparación con los tejidos normales.
para facilitar futuros estudios y referencias de los genes empalmados alternativamente, tanto en el cáncer humano y los tejidos normales, se construyó un cáncer- humana y específica de tejido normal, base de datos de splicing alternativo (HCSAS) basado en nuestro análisis, que se dividió en dos partes: el cáncer-específica (15,093 transcripciones) y el tejido-específica normal (14.376) splicing alternativo. De éstos como cáncer o por tejido-específica, aproximadamente el 70% son nuevas isoformas. Por ejemplo, en el cáncer de cerebro, a causa de la corte y empalme alternativo y supresión de dominio del miembro de la familia de peptidasa M20, la aminoacilasa-1 gen (ACY1) se corta y empalma para producir un cerebro transcripción específica del cáncer (Figura 1a), y se produce corte y empalme alternativo en el gen SRP19 para producir una transcripción específica del cáncer de mama por una deleción del exón 3 alternativa (Figura 1b). Del mismo modo, en el cáncer de hígado, cáncer de pulmón y cáncer de próstata, se detectaron isoformas específicas del cáncer en nuestra proyección de sustracción (Figura 1c-e).
(a) El cáncer del cerebro (gen acilo), (b) de mama cáncer (SRP19), (c) cáncer de hígado (CDK5), (d) cáncer de pulmón (CDKN1A), y (e) el cáncer de próstata (SMS). isoformas específicas de cáncer se mostraron en la parte inferior de cada panel. Los procesos biológicos de estas transcripciones (proceso GO) se indican a la derecha. dominios eliminados se muestran con flechas azules. Flechas con un ángulo recto indican el codón de inicio ATG.
transcritos específicos de cáncer Además, sistemáticamente identificados en ambos oncogenes y supresores de tumores. Treinta y nueve isoformas de oncogenes y 38 tumorales isoformas del gen supresor con cáncer-específica AS eventos fueron detectados (Tabla 5). Por ejemplo, hemos identificado una transcripción específica por cáncer de pulmón en el RAF1 oncogén con una deleción de las Raf-como de dominio, una transcripción específica del cáncer de útero en las FOS de oncogenes (Figura 2a), y una transcripción-retinoblastoma específica de Ras-vinculante en el supresor tumoral GLTSCR2, y una transcripción de cáncer de piel específico en el EMP3 supresor de tumores (Figura 2b).
(a) Oncogene, (b) gen supresor de tumores. El splicing alternativo de RAF1 genera una transcripción específica del cáncer de pulmón, mientras que el splicing alternativo de FOS produce una transcripción específica del cáncer del útero. Supresor de tumor GLTSCR2 alternativa, se longitudinalmente para producir dos transcripciones y EMP3-retinoblastoma específica para generar una transcripción específica del cáncer de piel. dominios eliminados se muestran con flechas azules. Flechas con un ángulo recto indican el codón de inicio ATG.
La base de datos HCSAS presenta una visión global de splicing alternativo específica del cáncer en el ser humano y es esencial para la comprensión de la tumorigénesis en un nivel sistemático. La principal información en esta base de datos incluye el corte y empalme alternativo específico en el cáncer y tejidos normales, ID gen, la estructura de genes, sitios de corte y empalme, localización cromosómica, ADN y secuencias de proteínas relacionadas con el sitio web del NCBI, y GO proceso, función y localización subcelular. Un conjunto de ejemplo, la página muestra los detalles de un gen de cáncer suprarrenal, FDPS (Figura 3). La base de datos HCSAS se puede acceder en http://202.114.72.39/database/human.html.
Una página de ejemplo de la base de datos muestra los detalles de un gen de cáncer suprarrenal, FDPS. La información incluye el corte y empalme alternativo específico de cáncer y tejidos normales, identificación de genes, la estructura de genes, sitios de corte y empalme, localización cromosómica, el ADN y las secuencias de proteínas relacionadas con el sitio web del NCBI, y GO proceso, función y localización subcelular.
utilización sesgada de los tipos de splicing alternativo en el cáncer
un examen de splicing alternativo específica del cáncer revelaron una distribución sesgada de los tipos de splicing alternativo en el cáncer. Tanto el 3 'del sitio de empalme y 5' del sitio de empalme alternativo se utilizan con más frecuencia en el cáncer; sin embargo, una proporción más baja de la retención de intrón y exón alternativo casete se produjo en tejidos de cáncer en comparación con los tejidos normales (Figura 4B). Por otra parte, los tipos de splicing alternativo difieren entre los diferentes tipos de cáncer (Figura 4a). Por ejemplo, en el cáncer de hígado, cáncer de mama y cáncer de próstata, la retención de intrón disminuyó y los exones alternativos casete aumentó significativamente, mientras que en el cáncer de útero y cáncer de piel, los exones alternativos casete disminuyeron notablemente.
(a) 16 tipos de cáncer humano y 17 tejidos normales, (b) los valores medios entre los tumores y tejidos normales. Los cinco colores indican los cinco tipos de splicing alternativo específico de tejido: cassette de exón alternativo, alternativa 'del sitio de empalme, la alternativa 3' del sitio de empalme 5, intrón retención, y los exones alternativos que se excluyen mutuamente. regiones de color amarillento indican más del 30% de las frecuencias.
Preferencia en la selección de los sitios de empalme alternativo en el cáncer
Para explorar la preferencia /diversificación de los sitios de empalme alternativo en el cáncer, se analizaron todos los sitios de empalme de los 27 tipos de cáncer y 35 tejidos normales mediante la comparación de cada EST con su secuencia genómica y la cartografía de que en el cromosoma. Se detectaron cinco sitios básicos donante-aceptor de empalme: GT-AG, CT-AC, GC-AG, GG-AG y GT-GG, de los cuales GT-AG son los sitios más dominantes. Los otros se clasificaron en los sitios de empalme raras. Hemos encontrado que el cáncer utiliza sitios de empalme raras y GT-AG con más frecuencia, pero menos CT-AC en comparación con los tejidos normales (Figura 5a, b). Por otra parte, la selección de los sitios de empalme difiere entre diferentes tipos de cáncer (Figura 5c). Por ejemplo, los sitios CT-AC rara vez se utilizan en el cáncer de mama, cáncer de hígado, cáncer de pulmón y cáncer de próstata; en el cáncer de hígado, 5 'sitios de empalme raras son casi AA.
Los sitios de empalme incluyen GT-AG, GC-AG, GG-AG, GT-GG, y los otros (a) en el cáncer humano ( b) y los tejidos normales. (C) Distribución porcentual de los sitios de empalme en cinco tipos de cáncer y tejidos normales (cerebro, mama, pulmón, hígado y próstata).
Asociación de splicing alternativo específico del cáncer de ambos oncogenes y genes supresores de tumores con cáncer
Aunque se cree que los dos oncogenes y supresores de tumor son factores vitales en la tumorigénesis, hemos tratado de identificar las variantes específicas de cáncer y su posible implicación en el cáncer. Hemos observado que oncogenes con cáncer-específica AS son más a menudo presente en el cáncer de ovario (6 oncogenes) y el cáncer de músculo (5 oncogenes), mientras que los genes supresores de tumores de cáncer específico AS son más frecuentes en el cáncer de células germinales (6), cáncer de piel (5), y el cáncer neuroectodérmico primitivo (5) (Figura 6). Algunos oncogenes y supresores tumorales con splicing alternativo específico del cáncer, tales como EWSR1, CDKN1A, y GLTSCR2, están presentes en más tipos de cáncer. Por otra parte, no se detectaron ni oncogenes supresores de tumores ni con AS específicos de cáncer en el cáncer de cerebro, cáncer de próstata, cáncer adrenal, o linfoma. Este sesgo distribución para el cáncer específicos de AS implica que el corte y empalme alternativo específica del cáncer de ambos oncogenes y genes supresores de tumores se asocia con tipos específicos de cáncer.
cuadrados azules indican oncogenes, cuadrados rojos indican supresores de tumores, y los cuadrados de color amarillo mostrar ambos oncogenes y supresores de tumores.
importancia biológica de los transcritos específicos de cáncer en la diversificación de las funciones de la proteína
las transcripciones específicas de cáncer fueron clasificados de acuerdo con la función de genes mediante la búsqueda en el RefSeq base de datos y GO. Se clasificaron 15,093 transcripciones específicas de cáncer de 9.989 genes en 15 grupos de funciones. metabolismo de las proteínas y la modificación, y el metabolismo de los ácidos nucleicos son los procesos funcionales más frecuentes en el cáncer. Sin embargo, los grupos de funciones de estos transcritos específicos de cáncer difieren en diferentes tipos de cáncer. Por ejemplo, el proceso menos común en el cáncer de mama es pre-mRNA de procesamiento, mientras que los grupos de funciones de comunicación celular y de lípidos, ácidos grasos, y el metabolismo de esteroides rara vez se encuentran en el cáncer de próstata (Figura 7).
La cinco tipos de cáncer son cerebro, mama, hígado, pulmón, y cáncer de próstata. Los números indican los porcentajes para cada proceso del cáncer. La clasificación GO proceso se basa en la PANTHER (http://www.pantherdb.org/tools/genexAnalysis.jsp).
Discusión
La complejidad del transcriptoma ha sido subestimado. En este artículo, describimos la identificación de todo el transcriptoma y caracterización de cáncer específicos y empalmados alternativamente variantes en el cáncer humano basado en una visión global de splicing alternativo específica del cáncer desarrollado por análisis de sustracción de todo el transcriptoma. Basado en un modelo de intersección /sustractiva, hemos desarrollado un método de análisis para la detección precisa splicing alternativo específica del cáncer. Las secuencias EST fueron alineados en primer lugar, en comparación con sus secuencias genómicas, y luego se mapean en los cromosomas. Estos procedimientos eliminan muchos errores EST, pseudogen, y de varias copias /repetir los problemas de genes cuando los datos eran de diversas bases de datos de EST. Por último, las transcripciones empalmados alternativamente fueron objeto de la proyección de sustracción de un tejido en comparación con todos los demás tejidos, y estos análisis se rindió finalmente transcripciones específicas del cáncer. Hemos identificado un gran número de transcripciones de tejidos específicos de cáncer- /normal. Más allá de toda duda, este es un recurso abundante para la investigación y el desarrollo de nuevas herramientas de diagnóstico, pronóstico, predicción y terapéuticas contra el cáncer humano. Además, estos recursos están integrados en una base de datos disponible. La base de datos HCSAS presenta una visión global de splicing alternativo específica del cáncer en el ser humano y es esencial para la comprensión de la tumorigénesis en un nivel sistemático.
Hay dos enfoques principales para el análisis global de splicing alternativo. En primer lugar, en base a la disponibilidad de los genomas secuenciados y grandes bases de datos de las transcripciones secuenciado (EST y ADNc), eventos de splicing alternativo pueden ser buscados a través de transcripción alineaciones y alineaciones recíprocas a las secuencias genómicas. Se han reportado varios análisis de esta manera [6], [23] - [29]. Debido a su mayor limitación del sesgo de la cobertura EST, una tecnología basada en microarrays se ha desarrollado para buscar los eventos de splicing alternativo [3], [30] - [36]. Grandes conjuntos de sondas de oligonucleótidos pueden ser diseñados específicamente para los exones individuales y /o secuencias de unión de corte y empalme, que permiten la identificación de nuevos como eventos. Aquí hemos desarrollado además un método sistemático para buscar cáncer-específica de tejido o como eventos en transcriptomes en base a la proyección de intersección /sustractiva análisis de transcriptomes, lo cual es especialmente útil para identificar variantes de cáncer /específicos de tejido. Usando este método, se identificaron un gran número de isoformas específicas de cáncer para los principales cánceres humanos. Sin embargo, estas transcripciones deben ser confirmados aún más por su especialización cáncer /tejido. tecnología y /o microarrays de RT-PCR pueden ser herramientas de cribado útiles para este análisis.
Con base en el análisis de todo el transcriptoma, lo hicimos observar patrones especiales de corte y empalme alternativo específica del cáncer. 1) Menos específica por cáncer de los eventos que ocurran en el cáncer en comparación con los tejidos normales. 2) Cáncer posee sesgo de distribución de tipos de splicing alternativo. 3) Cáncer utiliza sitios de empalme raras y GT-AG con más frecuencia, pero menos CT-AC en comparación con los tejidos normales. 4) La selección de los sitios de empalme difiere entre diferentes tipos de cáncer. 5) El corte y empalme alternativo específica del cáncer de ambos oncogenes y genes supresores de tumores se asocia con el tipo específico de cáncer. Y, por último, los grupos funcionales de estos transcritos específicos de cáncer se diferencian en diferentes tipos de cáncer, lo que indica que los cánceres individuales prefieren controles de combinación de vías en la preferencia de la utilización de AS en la tumorigénesis. Estas características especiales de los cánceres humanos indican que 1) se cambia la maquinaria de empalme celular durante la transformación de normal a canceroso, 2) splicing alternativo juega un papel importante durante la tumorigénesis, y 3) los cánceres individuales tienen combinaciones reguladoras únicas a nivel de corte y empalme alternativo, que apoyan aún más la predicción de que aproximadamente el 60% de las mutaciones de la enfermedad en el genoma humano están empalme mutaciones [12], [13]. Nuestros datos incluye el descubrimiento de muchas nuevas formas de empalme de genes asociados con el cáncer y los patrones alternativos de empalme en el cáncer, y sugiere una nueva dirección importante para la investigación del cáncer humano. Es muy recomendable el uso de splicing alternativo específica del cáncer como una fuente potencial de las nuevas herramientas de diagnóstico, pronóstico, predicción y terapéuticas contra el cáncer humano. La visión global de cáncer-específica AS no sólo es útil para explorar la complejidad del transcriptoma del cáncer, sino que también amplía la altura de ojo de la investigación clínica.
Reconocimientos
Los autores agradecen J.Yuan , X. Fu, Y. Sheng, y H. Qi por sus colecciones de datos.