Extracto
VPH con poca frecuencia persiste y progresa a cáncer de cuello uterino. Examinamos los factores genéticos del huésped cree que juega un papel en la determinación de qué subgrupo de individuos infectados con el virus del papiloma humano oncogénicos (VPH) tiene una infección persistente y desarrollar aún más pre-cáncer /cáncer de cuello uterino en comparación con la mayoría de los individuos infectados que despejarán la infección.
se evaluaron 7140 etiqueta polimorfismos de nucleótido único (SNP) de 305 genes candidatos hipótesis de participar en la reparación del ADN, la infección viral y la entrada de células en 416 neoplasia intraepitelial cervical 3 (CIN3) /los casos de cáncer, mujeres persistentes 356 VPH (mediana : 25 meses), y 425 controles aleatorios (RC) del 10,049 mujeres estudio Guanacaste Costa Rica Historia Natural. Se utilizó la regresión logística para calcular los odds ratios y p-tendencia para CIN3 /cáncer y la persistencia del VPH en relación con los genotipos y haplotipos de SNP (ajustada por edad). Obtuvimos vía y genes a nivel de resumen de las asociaciones mediante el cálculo de la combinación adaptativa de los valores de p. Los genes /regiones estadísticamente significativamente asociados con CIN3 /cáncer incluyen la infección y la entrada de células genes virales 2 ', 5' gen de la sintetasa oligoadenilato 3 (
OAS3
), sulfatasa 1 (
SULF1
), y interferón gamma (
IFNG
); Los genes de reparación del ADN trifosfato de desoxiuridina (
DUT
), supresor de dosis de MCK 1 homólogo (
DMC1
), y el factor de transcripción IIH en general, polipéptido 3 (
gtf2h4
); y el
EVER1
y
EVER2
genes (p & lt; 0,01). A partir de cada región, los más importantes SNPs individuales asociados con CIN3 /cáncer fueron
OAS3
rs12302655,
SULF1
rs4737999,
IFNG
rs11177074,
DUT
rs3784621 ,
DMC1
rs5757133,
gtf2h4
rs2894054,
EVER1 /EVER2
rs9893818 (p-trends≤0.001). SNPs para
OAS3
,
SULF1
,
DUT
, y
gtf2h4
se asociaron con la persistencia del VPH mientras que
IFNG
y
EVER1 /EVER2
SNP estaban asociados con la progresión a CIN3 /cáncer. Observamos que las asociaciones observadas fueron menos de dos veces. Se identificaron las variaciones de reparación del ADN y los genes de entrada y de unión de células virales asociados a CIN3 /cáncer. Nuestros resultados requieren la replicación, pero sugieren que diferentes genes pueden ser responsables de la modulación de riesgo en los dos pasos críticos de transición importantes para la carcinogénesis cervical:. HPV persistencia y progresión de la enfermedad
Visto: Wang SS, González P, Yu K, Porras C, Li Q, Safaeian M, et al. (2010) las variantes genéticas comunes y el riesgo de persistencia del VPH y la progresión a cáncer de cuello. PLoS ONE 5 (1): e8667. doi: 10.1371 /journal.pone.0008667
Editor Syed A. Aziz, Health Canada, Canada |
Recibido: 1 de diciembre de 2009; Aceptado: 18 de diciembre de 2009; Publicado: 13 Enero 2010
Derechos de Autor © 2010 Wang et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este trabajo fue apoyada por los Institutos nacionales programa intramuros y del National Cancer Institute of Health (contratos CO-12400, CP-21081, y CP-31061; conceder CA-78527 de RDB); los Institutos Nacionales de la Salud Oficina de Investigación sobre la Salud de la Mujer (ORWH); Fundación Costa Rica para la Formación en Ciencias de la Salud; Caja Costarricense del Seguro Social (Costa Rica). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
la infección persistente con uno de los aproximadamente 15 tipos de virus del papiloma humano (VPH) es necesario para el desarrollo de cáncer cervical y su precursor inmediato, neoplasia intraepitelial cervical de grado 3 (CIN3). Sin embargo, la infección por VPH no es una causa suficiente de cáncer /CIN3 y cofactores VPH cervical han sido identificados, incluyendo el uso de anticonceptivos orales y el tabaquismo [1]. Los estudios de agregación familiar y evaluación de las variaciones genéticas heredadas sugieren, además, que los factores genéticos de acogida también pueden contribuir a la patogénesis del cáncer de cuello uterino [2]. Un número de estudios han evaluado e implicado un papel de antígenos leucocitarios humanos (
HLA
) [3], [4]. Hemos informado anteriormente de la asociación entre las variantes comunes en los genes que influyen en el daño del ADN, en particular,
FANCA
, asociado tanto a la persistencia del VPH y la progresión a CIN3 /cáncer. También informó de una variante en el gen de la inmunidad innata
IRF3 servicios asociados con la persistencia del VPH [5]. Aquí, ampliamos nuestra evaluación de las variaciones genéticas de acogida en la reparación del ADN, la infección y la entrada en la célula genes virales y el riesgo de persistencia del VPH y lesiones precancerosas /cáncer de cuello uterino.
Se evaluaron los datos de 7.140 candidatos polimorfismos de nucleótido único (SNP) en 305 candidatos genes /regiones (161 infección viral y la entrada de celda y 144 genes de reparación del ADN). Todos los genes de reparación del ADN conocidas se incluyeron [6] y se seleccionaron los genes de infección y la entrada de células virales basados en la evidencia biológica de la asociación hipotética con el cáncer cervical, el VPH, u otras infecciones. Todos los genes y sus variantes seleccionadas fueron evaluadas por el riesgo de persistencia del VPH y la progresión a CIN3 /cáncer dentro de la cohorte de base poblacional Guanacaste en Costa Rica (genes y SNPs son anotados en el cuadro S1). Un aspecto único de nuestro esfuerzo es la capacidad de evaluar por separado los factores genéticos asociados a los dos estados de transición conocidos y críticos de la historia natural del cáncer de cuello de útero -. (I) la persistencia viral y (ii) la progresión de pre-cáncer /cáncer
Resultados
Pathway basados Asociaciones
Hemos encontrado la vía de reparación del ADN en su conjunto estadísticamente asociado significativamente con CIN3 /cáncer (p = 0,0197) y con la persistencia del VPH (p = 0,0472 ), pero no progresión (p = 0,7451) (Tabla 1). Estas asociaciones parecían impulsados por los genes implicados en las nucleasas edición /procesamiento, la modulación de piscinas de nucleótidos, y la reparación por escisión de nucleótidos. La familia de genes de anemia de Fanconi también se asoció significativamente con la persistencia del VPH (p = 0,0326).
/Asociaciones basados en regiones del
La Tabla 2 muestra los resultados de 9 genes /regiones de genes asociados con CIN3 /cáncer en comparación con los controles aleatorios a p & lt; 0,01, ordenada por su significación estadística. Seis de los genes fueron considerados con un exclusivo ≤0.2 FDR, incluyendo los genes de reparación del ADN -
gtf2h4
,
DUT
, y
DMC1 - Opiniones y la infección viral y celular de entrada de genes relacionados -
OAS3, SULF1
, y
IFNG
. La asociación de
gtf2h4
y
SULF1
también se asocia con la persistencia del VPH (p = 0,005). Tres regiones se asociaron significativamente con la progresión a CIN3 /cáncer en p & lt; 0,05:
TMC6 (EVER1), TMC8 (EVER2)
, y
FLJ35220
. Todos los resultados basados en genes se muestran en la Tabla S2.
Las asociaciones de SNP basados en
De acuerdo con nuestros análisis de genes /basados en regiones, encontramos evidencia de un riesgo alterado (aproximadamente 2 -fold) para CIN3 /cáncer para una o más SNPs en ocho de los nueve genes /regiones con p-tendencias ≤0.001 (Tabla 3, SNPs ordenada alfabéticamente por el nombre de genes). De los cuatro genes asociados con la persistencia del VPH, SNPs en
DUT gratis (rs3784621),
gtf2h4 gratis (rs2894054, rs6926723),
OAS3 gratis (rs12302655), y
SULF1 gratis (rs4737999, rs4284050, rs10108002) tenían significativa p-tendencia & lt; 0,05. De los genes /regiones asociadas con la progresión a CIN3 /cáncer, SNPs en
IFNG gratis (rs11177074) y entre los
EVER2 /TMC8
y
EVER1 /TMC6 gratis (rs9893818) eran estadísticamente significativas a p & lt; 0,05. odds ratios y los intervalos de confianza del 95% para estos SNPs se muestran en la Tabla S3 (todos los datos para todos los SNPs se muestran en la Tabla S4). Observamos que otros SNPs asociados con CIN3 /cáncer incluidos los de la
OAS1
,
OAS2
, y
POLN
genes (Tabla 3). En cuanto a
OAS3
, las asociaciones con
OAS1
y
OAS2
fueron significativas para la persistencia del VPH mientras que
POLN
se asoció con la progresión de la enfermedad.
haplotipo asociaciones
los resultados de los análisis basados en el haplotipo (definidas por bloques de desequilibrio de ligamiento) fueron generalmente consistentes con los hallazgos de genes /región y basados en SNP. Haplotipos estadísticamente significativamente asociados con CIN3 /cáncer de SNPs incluidos implicados en el análisis basado en SNP (como se muestra en la Tabla S5 para
DUT
,
gtf2h4
y
bloques de haplotipos SULF1
donde podía construirse). No hay nuevas regiones de interés fueron identificados en el análisis de haplotipos utilizando el enfoque de ventana deslizante de 3 SNP (datos no mostrados).
Discusión
En este estudio basado en la población, encontramos nueve genes /regiones asociado con CIN3 /cáncer, 6 de los cuales se mantuvo significativa en una FDR≤0.2 - tres genes de reparación del ADN (
gtf2h4
,
DUT
, y
DMC1
) y tres viral infección y de células relacionadas con los genes de entrada (
OAS3, SULF1
, y
IFNG
). Un aspecto único de nuestro estudio es la capacidad de evaluar por separado las asociaciones con las dos importantes etapas de transición en la historia natural del cáncer de cuello uterino - la persistencia viral y la progresión de las lesiones precancerosas /cáncer. De las regiones /genes que se encuentran a ser importante, la asociación fue principalmente con la persistencia del VPH para
gtf2h4
y
SULF1
.
IFNG
y los verruciforme (EV) epidermodysplasia genes -asociado (
TMC6-EVER1
y
TMC8-EVER2) se asociaron principalmente con la progresión a CIN3 /cáncer. Todos los genes principales derivadas de los análisis de genes de región y /SNP basada son anotados y brevemente describen en la Tabla 4.
Los resultados de nuestros análisis basada en las vías de reparación del ADN fueron consistentes con nuestra persona a base de SNP resultados. Específicamente, se encontró que los genes dentro de reparación por escisión de nucleótidos (que incluye
gtf2h4
) y la modulación de piscinas de nucleótidos (que incluye
DUT
) a estar asociados con la persistencia del VPH. La familia de la reparación del ADN de edición /procesamiento de nucleasas se asoció con la progresión a CIN3 /cáncer y aunque varios genes fueron estadísticamente significativos, ninguno fue notable en el FDR & lt; 0.2. La asociación entre la familia Anemia de Fanconi de los genes con la persistencia del VPH también es consistente con nuestros análisis anteriores que informó
FANCA
variantes asociadas con la persistencia del VPH (5). No ha habido informes de polimorfismos en
gtf2h4
,
DUT
o
DMC
con la persistencia del VPH, cáncer cervical, o de cualquier otro cáncer hasta la fecha. Sin embargo,
gtf2h4
está localizado en el cromosoma 6p21.3 dentro del
HLA
región y es por lo tanto de la nota como un número de estudios han investigado
HLA Clase II y
I genes con cáncer de cuello uterino y se han identificado de forma consistente alelos (por ejemplo,
HLA CD -
DRB * 1301
) asociado con el cáncer de cuello uterino [4]. Si la asociación observada entre la
gtf2h4
variantes y la persistencia del VPH se debe a su función biológica y su capacidad como un gen de reparación del ADN o al potencial de desequilibrio de ligamiento con
HLA
requiere una evaluación adicional.
Las variantes en dos genes postulado a desempeñar un papel en el VPH viral y de unión,
OAS3
y
SULF1
, fueron también asociados con la persistencia del VPH en nuestra población.
OAS3
juega un papel en la resistencia a la infección viral a través de la degradación de los ARN y el deterioro de la replicación viral virales y celulares. En concreto, la familia de los genes de la OEA (
OAS1, OAS2, OAS3
) es inducida por interferón. Cuando OEA enzimáticamente activa están obligados a RNA viral, RNasa L se activa, lo que resulta en la degradación de ARN viral [7]. En particular,
OAS1
y
OAS2
SNPs también se asociaron con la persistencia del VPH en nuestra población (Tabla 3).
SULF1 gratis (sulfatasa 1) está implicado en la señalización celular y es un co-receptor de factores de crecimiento y citocinas se unen a heparina. Sulfs potencialmente desempeñan un papel en un mecanismo de retroalimentación celular en el que editar la sulfatación de múltiples proteoglicanos de sulfato de heparina [8]. Esto es de particular interés ya que se cree que los proteoglicanos de sulfato de heparina es el factor de unión primaria para el VPH y el tratamiento con heparina y sulfato de heparina han inhibido la infección de algunos tipos de HPV [9].
tres genes se asocia principalmente con la progresión a CIN3 /cáncer, incluyendo
IFNG
, una citoquina que juega un papel en la inmunidad innata contra las infecciones virales o bacterianas. También induce la familia de la OEA de genes que conduce a la degradación de ARN viral. Nos informan también de una asociación entre los genes en
EVER1 /TMC6
y
EVER2 /TMC8 Opiniones y un SNP que se encuentra entre los dos genes con la progresión a CIN3 /cáncer. Las mutaciones en cualquiera de
EVER1
o
EVER2
genes están bien documentados en el carcinoma de piel rara, epidermodisplasia verruciforme (EV), que se caracteriza por la infección con HPV5 [10]. Que los polimorfismos comunes dentro de
EVER1
y
EVER2
también se asocia con la progresión a CIN3 /cáncer pueden potencialmente sugerir un papel más importante, aunque modesto, por
EVER1
y
EVER2
genes de susceptibilidad VPH y el posterior riesgo de enfermedad.
como se ha descrito anteriormente [5], las limitaciones del estudio pueden incluir potencial sesgo de supervivencia como los casos suplementarios identificados en Guanacaste se determinaron de forma retrospectiva y el ADN no se obtuvo para fallecidos. Otra limitación es nuestra incapacidad para evaluar el cáncer cervical invasivo por separado. Se necesitan más estudios con mayor número de casos de abordar si los genes específicos están implicados en la transición de in situ a la enfermedad invasiva. Aunque nos centramos en
a priori
genes y utilizó un FDR de & lt; 0,2 para determinar qué genes eran notables, no podemos excluir la posibilidad de falsos positivos o falsos negativos (). Es importante destacar que, debido a nuestra población comprende los costarricenses y los genes fueron etiquetados basado en poblaciones caucásicas y Yoruban que se dispone de datos de HapMap, es plausible que la cobertura de genes en la población de Costa Rica es incompleta. puntos fuertes del estudio incluyen el diseño de nuestro estudio poblacional. Este diseño se aproxima a un diseño de cohorte de casos ya que la proporción de mujeres en la cohorte con CIN 3 o cáncer es pequeño. Otro punto fuerte del estudio es nuestra capacidad para evaluar los genes relevantes para la persistencia del VPH y los genes relevantes para la progresión de la enfermedad. Además, nuestro estudio tuvo un seguimiento riguroso, las pruebas de VPH y la revisión de la patología para la definición de los casos. Nuestra estrategia de etiquetas-SNP también permitió una cobertura más amplia de cada
a priori
gen /región de investigación, en comparación con los candidatos antes de genotipado enfoques basados en SNP. Nuestra evaluación de la vía de reparación del ADN se basa en casi completa más reciente de la literatura y se deja para los análisis basados en la vía. Sin embargo, nuestros genes y la entrada de enlace de células virales no eran susceptibles de análisis similares. Reconocemos que nuestro
a priori
enfoque muestrea un pequeño subconjunto de los genes en el genoma y que por lo tanto probablemente se perdió otras asociaciones importantes. El aumento del poder y la replicación de los resultados son los esfuerzos necesarios y más grandes en los estudios de asociación de genoma completo debería arrojar más luz sobre los genes y regiones de importancia para el cáncer de cuello uterino. Nuestro estudio, sin embargo, sigue siendo el único diseñado para delinear entre las asociaciones con la persistencia del VPH y la progresión a CIN3 /cáncer.
En resumen, nuestros resultados requieren la replicación, pero se basan en nuestro informe anterior de variantes genéticas relevantes para el potencial de acogida la persistencia del VPH y los pertinentes para la progresión a CIN3 /cáncer. En caso de repetirse, estudios adicionales para establecer claramente el SNP (s) causal y determinar su relevancia biológica debe llevarse a cabo. Los esfuerzos futuros deberían incluir, además, la disección de la persistencia a largo plazo que probablemente conduce a la progresión en comparación con persistencia a corto plazo que es menos probable que progrese a CIN3 /cáncer. El papel del gen huésped y la metilación del VPH y su papel en los genes causales también debe ser considerado. Estos datos son importantes para la investigación futura en la evaluación de la interacción entre la genética virales y del huésped en la determinación de riesgo de persistencia del VPH y para la progresión a CIN3 /cáncer.
Métodos
Población de estudio
El presente estudio se anida dentro de un estudio de cohorte basado en la población de mujeres en Guanacaste, Costa Rica. Los detalles de los métodos de estudio de cohortes [11], [12] y de la sub-población seleccionada para los análisis genéticos [5] han sido reportados en otros lugares. En resumen, el estudio de la historia natural de Guanacaste VPH es una cohorte poblacional de 10.049 mujeres reclutadas durante un período de 18 meses en 1993-94 y seguidos por siete años. . Para participantes de la cohorte, estaban disponibles para las pruebas de ADN del VPH células cervicales como se describe anteriormente [11], [12], así como muestras de la capa leucocitaria estaban disponibles para las pruebas de polimorfismo del gen de acogida
Las mujeres seleccionadas para el estudio genético incluyeron: ( i) todas las mujeres de la cohorte histológicamente confirmado con NIC3 prevalente o incidente o cáncer (n = 184); (Ii) todas las mujeres de la cohorte con la evidencia de la persistencia del VPH, que se define como mujeres positivas para el mismo tipo de VPH en dos visitas consecutivas (n = 432) (mediana de duración de la persistencia: 25 meses); y (iii) una selección aleatoria de los controles de la cohorte (n = 492) [5]. Como se ha descrito anteriormente [5], también se incluyeron 331 casos de cáncer de CIN3 y suplementarios de Guanacaste que no eran participantes en el estudio de la historia natural, sino que fueron diagnosticados de forma independiente con CIN 3 o cáncer durante el mismo período en que se llevó a cabo nuestro estudio de la historia natural. Observamos que estos casos suplementarios fueron ligeramente mayores debido a la mayor proporción de cánceres en comparación con nuestros casos basados en la cohorte donde había una mayor proporción de CIN3. Las frecuencias alélicas fueron comparables entre nuestros casos de cohortes y suplementarios, lo que justifica la combinación de los dos grupos para los análisis genéticos (5).
Declaración de Ética
El estudio fue aprobado tanto por el Instituto Nacional del Cáncer de Estados Unidos y Costa Rica Juntas de Revisión Institucional y todos los sujetos firmaron el consentimiento informado.
Métodos de laboratorio
extracción de ADN.
se extrajo ADN de buffy coats con kits de purificación PUREGENE /protocolo Autopure (Gentra Systems ) en SeraCare (Frederick, MD). Para los casos suplementarios de la extracción del ADN se realizó en la Universidad de Costa Rica utilizando el mismo kit /protocolo.
prueba del VPH.
La determinación del virus basada en PCR
con el cebador consenso L1 MY09 /MY11 métodos [11], [13], [14] se llevó a cabo en las células cervicales almacenados en medios de transporte estándar (Qiagen, Germantown, MD) a partir de sólo el estudio de la historia natural. Dado que las células del cuello del útero no se obtuvieron de los casos suplementarios, los resultados del VPH no están disponibles para estas mujeres. Para efectos de análisis de VPH-restringida, los casos de precáncer complementario /cáncer se supone que son VPH-positivo, gracias a los conocimientos actuales que el VPH oncogénico es un factor de riesgo establecido y necesario para el precáncer de cuello uterino /cáncer.
Host genotipado.
el genotipado de SNPs etiqueta de 305 genes candidatos /regiones (los genes y SNPs anotadas en la Tabla S1) la hipótesis de participar en el cuello uterino o cáncer progession de persistencia del VPH fue realizado en el Centro NCI Core Genotipado (Centro de Tecnología avanzada, Gaithersburg , MD; http://snp500cancer.nci.nih.gov) [15] utilizando un ensayo iSelect Infinium de diseño personalizado (Illumina, www.illumina.com). El Infinium incluyó un total de 27,904 etiqueta SNPs, de los cuales nuestros genes candidatos /regiones representadas 7.765 SNPs. SNPs etiqueta para los 305 genes candidatos fueron elegidos entre el conjunto de diseños a de SNPs comunes (alelo menor frecuencia (MAF) & gt; 5%) genotipo en el Europeo (CEU) y yoruba (YRI) muestra de población del Proyecto HapMap (publicación de los datos 20 /Fase II, NCBI Build 36,1 montaje, dbSNPb126) utilizando el software Tagzilla (http://tagzilla.nci.nih.gov/), que implementa un algoritmo de marcado basado en el método de intervalos por pares de Carlson
et al
. [dieciséis]. Debido a que no existe una población de Costa Rica en el Proyecto HapMap para los que podríamos seleccionar SNPs, incluimos el etiquetado para el riales, además de la población CEU para mejorar nuestra probabilidad de lograr la cobertura de genes en nuestra población. Para cada gen diana original, SNPs dentro de la región que abarca 20 kb 5 'del inicio de la transcripción (exón 1) a 10 kb 3' del final de la última exón se agruparon utilizando un umbral binning de r
2 & gt; 0,8 para definir un gen /región. Cuando hubo múltiples transcripciones disponibles para los genes, sólo se evaluó el transcrito primario.
Control de calidad (QC).
Etiqueta SNPs que falló fabricación (ordenados pero no convirtió), validación falló ( se excluyeron sin amplificación o clustering) y ensayos que tenía menos de 80% de avance o el 80% de concordancia con las 90 muestras Hapmap CEU utilizados para la validación (n = 104). Se excluyeron adicional (N = 138); SNPs con baja tasa de finalización (90% de las muestras & lt). SNPs con discordancia de control de calidad entre nuestros 100 duplicados de control de calidad y entre muestras HapMap & lt; se excluyeron 98% (n = 383). También se excluyeron las muestras con una baja tasa de finalización (& lt; 90%) (N = 7). Hardy-Weinberg se evaluó entre los controles. SNPs que muestra evidencia de desviación de proporciones de Hardy-Weinberg (n = 49, p & lt; 0,0001) se denotan en la Tabla S1. Aunque nuestros datos de control de calidad no sugirió ningún genotipo error evidente y que presentan sus resultados, tomamos nota de precaución en la interpretación de estos resultados selectos. De los 7.765 SNPs a priori, 7.140 SNPs se incluyeron en nuestro análisis presente.
Población analítico final.
Se evaluaron un total de 416 mujeres con diagnóstico de CIN 3 o cáncer, 356 mujeres con infección persistente por VPH infección, y 425 controles aleatorios para quienes validaron se obtuvieron resultados de genotipado.
Análisis estadístico
análisis basados en pathway- región y el gen /.
se obtuvieron pathway- y el gen /resumen basado en la región de las asociaciones mediante la combinación adaptativa de los valores de p [17], [18], que combina pruebas de asociación a nivel de genes a través de método del producto truncado rango de adaptación. Para dar cuenta de las comparaciones múltiples, se aplicó el método de la tasa de falso descubrimiento (FDR), de Benjamini y Hochberg [19]. análisis basados en la vía se llevaron a cabo para los genes de reparación del ADN; que no se llevaron a cabo para la infección y la entrada en la célula genes virales, ya que sólo seleccionar los genes fueron objeto de evaluación y juntos no representan una vía totalmente.
asociaciones basados en SNP.
odds ratios calculados ( OR) y los intervalos de confianza del 95% (IC 95%) para cada genotipo con cada resultado de la enfermedad, utilizando el genotipo homocigoto de tipo salvaje (WT) como el grupo de referencia. En primer lugar, los casos de CIN3 /cáncer a controles aleatorios compararon. Además, evaluó si las asociaciones estadísticamente significativas para CIN3 /cáncer fueron consistentes para la persistencia del VPH y /o progresión de la enfermedad con las siguientes comparaciones respectivas: persisters (i) del VPH en comparación con controles aleatorios y (ii) casos CIN3 /cáncer en comparación con persisters VPH.
Hemos llevado a cabo tanto en crudo y análisis ajustados por edad (& lt; 30, 30-49, 50 años). Para cada resultado, se calculó el
P
tendencia basada en la variable ordinal de tres niveles (0, 1, y 2) del homocigoto WT, heterocigotos y homocigotos variante en un modelo de regresión logística. Para la evaluación de las asociaciones con la persistencia del VPH, también llevamos a cabo los estudios, que la persistencia y controles VPH se limitaron a cualquier infección oncogénica-VPH (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 68 ). Todos los modelos de regresión logística incondicional y realizaron utilizando SAS versión 9.1 (SAS Institute, Cary, NC).
análisis de haplotipos.
Hemos llevado a cabo análisis de haplotipos utilizando dos métodos. En primer lugar, se evaluó el riesgo de cáncer, la progresión y la persistencia del VPH asociados con haplotipos definidos por SNP dentro de una ventana deslizante de tres loci a través de un gen (Haplo estadísticas, versión 1.2.1, haplo.score.slide, http: //mayoresearch.mayo edu /mayo /investigación /schaid_lab /software.cfm) en todos los genes. Una estadística puntuación global se utilizó para resumir la evidencia de asociación de la enfermedad con los haplotipos para cada ventana. En segundo lugar, visualizamos haplotipo estructuras de los genes, donde p & lt; 0,01 para el análisis de genes /a base de región utilizando Haploview, versión 3.11 [20] basado en medidas de desequilibrio de ligamiento por pares entre los SNPs. Para bloques de desequilibrio de ligamiento, se obtuvo RUP y IC del 95% para los haplotipos subyacentes bajo el supuesto de un modelo aditivo (haplo.glm, frecuencia mínima haplotipo 1%). Todos los análisis de haplotipos se ajustaron por edad.
Reconocimientos
Agradecemos sinceramente a los Dres. Chris Buck y Patricia Day por sus contribuciones científicas en lo que sugiere genes candidatos para la evaluación con respecto a su relevancia en la unión del VPH. Estamos muy agradecidos a Sabrina Chen de Information Management Services, Inc. (IMS) para la gestión de datos y soporte de programación. Estamos muy agradecidos a Amy Hutchinson y Belynda Hicks por su gestión de este esfuerzo de genotipos en la Instalación del NCI en genotipado y por sus contribuciones científicas a nuestros esfuerzos de investigación. Los resultados fueron presentados en parte en la 25
ª Conferencia Internacional de Papilomavirus, Malmö, Suecia, mayo de 2009.
Apoyo a la Información sobre Table S1.
doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s001 gratis (XLS 0.83 MB)
Tabla S2.
doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s002 gratis (DOC 0,61 MB)
cuadro S3.
doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s003 gratis (DOC 0,11 MB) sobre Table S4.
doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s004 gratis (XLS 5.99 MB) sobre Table S5.
doi: 10.1371 /journal.pone.0008667.s005 gratis (0.09 MB DOC)