Extracto
en el cáncer humano, expresión de la
let-7
familia se reduce significativamente, y esto se asocia con períodos de supervivencia más cortos en los pacientes. Sin embargo, los mecanismos que conducen a
let-7
regulación a la baja en el cáncer siguen siendo en gran medida poco clara. Desde una alteración en el número de copias es una de las causas de la desregulación de genes en el cáncer, se examinó el número de copias alteraciones de la
let-7
familia en 2.969 muestras de cáncer de una alta resolución de matriz SNP conjunto de datos. Se encontró que hubo una reducción en el número de copias de
let-7
genes de una manera específica del tipo de cáncer. Es importante destacar que la eliminación focal de cuatro
let-7 Buscar miembros de la familia se encontró en tres tipos de cáncer: meduloblastoma (
let-7a-2
y
let-7e
), mama cáncer (
let-7a-2
), y el cáncer de ovario (
let-7a-3
/
let-7b
). Por ejemplo, el locus genómico que alberga
let-7a-3
/
let-7b
ha sido eliminada en el 44% de las muestras de pacientes con cáncer de ovario. También se encontró una correlación positiva entre el número de copias de
let-7b
y maduro
let-7b
expresión en el cáncer de ovario. Por último, hemos demostrado que la restauración del crecimiento del tumor de ovario
let-7b
expresión reducida drásticamente
in vitro
y
in vivo
. Nuestros resultados indican que el número de copias de su eliminación es un importante mecanismo que conduce a la regulación a la baja de la expresión de la específica
let-7 Buscar miembros de la familia en el meduloblastoma, mama y ovario. Restauración de
let-7
expresión en células tumorales podría proporcionar una nueva estrategia terapéutica para el tratamiento del cáncer
Visto:. Wang Y, Hu X, Greshock J, L Shen, Yang X, Shao Z, et al. (2012) El ADN genómico número de copia alteraciones del
let-7
Familia en los cánceres humanos. PLoS ONE 7 (9): e44399. doi: 10.1371 /journal.pone.0044399
Editor: Irina Agoulnik, Universidad Internacional de la Florida, Estados Unidos de América
Recibido: 27 Febrero, 2012; Aceptado: 6 Agosto de 2012; Publicado: 6 Septiembre 2012
Copyright: © Wang et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Financiación:. Este trabajo contó con el apoyo, en su totalidad o en parte, por los Institutos nacionales de Salud de subvención R01-CA142776 (LZ), P50-CA83638-7951 Proyecto 3 (LZ), Departamento de Defensa de Grant W81XWH-10-1-0082 (LZ), y el Fondo de Investigación del cáncer de ovario (LZ). ZS fue apoyada por el Consejo de Becas de China. JT fue apoyada por los Institutos Nacionales de Salud de subvención 5K12HD000849. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito. No se recibió financiación externa adicional para este estudio
Conflicto de intereses:. LZ es un miembro del Consejo Editorial PLoS ONE. Esto no altera la adhesión de los autores a todas las políticas de PLoS ONE en los datos y materiales de uso compartido.
Introducción
La caracterización de mutaciones en heterocrónicos
Caenorhabditis elegans
reveló un evolutivamente vía genética conservada que orquesta tanto el momento de divisiones celulares y los destinos celulares, según sea apropiado para la etapa de desarrollo del organismo [1] - [5]. En esta vía, el microARN (miARN)
let-7
controla la progresión de eventos de tiempo, asegurando que la salida del ciclo celular y la diferenciación terminal se producen en el momento correcto [6], [7]. El
let-7
genes diana
lin-28 gratis (una proteína de unión al ARN) y
lin-41 gratis (una ligasa de ubiquitina putativo) bloque
let- 7
maduración e interactuar con las proteínas Argonaute, respectivamente. Estos genes parecen formar heterocrónicos interruptores biestables a través de los bucles de retroalimentación negativa de doble reguladoras [2] - [5]. La expresión de
Lin28
y
LIN41
está muy restringido en etapas diferenciadas, como en las células madre embrionarias, los embriones tempranos, y ciertas células madre /progenitoras somáticas. Por el contrario, su miARN reguladora,
let-7
, muestra un patrón de expresión temporal de reciprocidad que se incrementa de forma espectacular durante la diferenciación y el desarrollo, y se expresa ampliamente en tejidos adultos [2] - [5]. Trece miembros de la
let-7
familia se han identificado en el genoma humano [7], [8] que muestran ambas funciones distintas y superpuestas [8].
El papel de
let-7 Hoteles en cáncer fue descubierto por primera vez por Johnson
et al.
cuando se enteraron de que el
let-7
familia regula negativamente
let-60 /RAS
en
C. elegans fotos: por la unión a múltiples
let-7
sitios complementarios en su extremo 3 'no traducida (3'UTR) [9]. Por otra parte, al haber comprobado que
let-7
expresión es menor en los tumores de pulmón que en el tejido pulmonar normal, mientras que
proteína RAS
es significativamente mayor en los tumores de pulmón, propusieron que
let- 7
es un gen supresor de tumor [9], que es coherente con las observaciones clínicas previas en cáncer de pulmón [10]. La reducción de expresión de
let-7
se ha asociado con la supervivencia postoperatoria más corta en pacientes con cáncer de expresión [7], [11], [12], y forzada de
7 let-
miembros de la familia puede suprimir el crecimiento de células cancerosas tanto
in vitro
y
in vivo
[13] - [16]. La función inhibidora de la
let-7
familia en el cáncer ha sido corroborada por una serie de grupos y en diferentes tipos de tumores [7], [11], [12]. Es probable que
let-7
realiza estas funciones llegar a los diversos genes. Por ejemplo,
let-7
inhibe muchas proteínas oncogénicas bien caracterizados, entre ellos
KRAS
[9], [17], [18],
HRAS
[9] , [17], [18],
HMGA2
[18] - [21],
c-Myc
[22], y
NF2
[23]. Además,
let-7
apunta a genes del ciclo celular múltiples asociados, incluyendo
CDC25A
[24],
CDK6
[24], y
CDK4
[25], así como
ciclina A
[25],
D1
[25],
D2
[24], y
D3
[25 ]. Por último,
let-7
reprime la expresión del factor de reprogramación
Lin28 Windows que funciona para bloquear la diferenciación y mantienen poblaciones de células madre del cáncer [26].
Dado que se ha encontrado que los cánceres humanos muestran una expresión reducida de manera significativa de la
let-7
familia, y que esto se asocia con tiempos de supervivencia más cortos en estos pacientes [7], [11], [12], la caracterización de los mecanismos que lleva a
let-7
regulación a la baja en el cáncer tiene una gran importancia clínica. Una de las causas de la desregulación genética en el cáncer es una alteración en el número de copias somática de un gen dado [27]. También se ha informado de que el número de copias de genes miARN pueden ser alterados durante la tumorigénesis [28], [29]. Esto nos llevó a examinar si la copia números de la
let-7
familia fueron alterados en el cáncer.
Resultados
Ciertos miembros de la
let-7
familia tiene deleciones en número de copias en el meduloblastoma, el cáncer de mama y cáncer de ovario
Para determinar el número de copias de los
7 let-
miembros de la familia, se analizaron una alta resolución de SNP array (Affymetrix 250 K Sty) conjunto de datos, Tumorscape, creado por el Instituto Broad del MIT y Harvard [27]. Catorce tipos de cánceres humanos (un total de 2.969 muestras de tumor) fueron incluidos en nuestro estudio (Tabla 1). Los datos en bruto segmentados de las matrices de SNP anteriores se recuperaron y se analizaron siguiendo un protocolo estándar proporcionado por la base de datos Tumorscape [27] y se visualizaron mediante la Integrativa Genómica Viewer (IGV) (Figura 1) [30]. Las regiones genómicas, donde el número de copia alteraciones ocurridas frecuencia significativamente mayor que la tasa de fondo se identificaron utilizando el algoritmo logís- [31]. Los siguientes términos, definidos por la base de datos Tumorscape [27], se utilizaron para describir nuestros resultados. Frecuencia indica la fracción de los cánceres que exhiben amplificación /deleción en el locus genómico que alberga un
let-7
gen dado. q-valores bajos (umbral superior = 0,25) sugieren que Ampliaciones /deleciones en este locus son significativos y enriquecida por presiones selectivas
Los datos en bruto segmentados de los SNP arrays (cáncer de mama, n = 293;. el cáncer de ovario , n = 110; trastorno mieloproliferativo, n = 215) fue recuperado de la base de datos Tumorscape, analizados, y luego se visualizaron por el Integrativa Genómica Visor. Panel izquierdo: todo el genoma visión amplia de los perfiles de número de copias de trastorno mieloproliferativo, cáncer de mama y cáncer de ovario (genómica lugares están a la izquierda; especímenes tumorales están en la parte superior). El rojo representa la amplificación y el azul representa la eliminación. Panel derecho:. perfiles de número de copias del cromosoma 22 en la región de la
let-7a-3
/
let-7b
clúster
como se muestra en la Figura 2, el
let-7
familia está presente como trece miembros situados en ocho loci en el genoma humano [7], [11], [12]. Los ocho loci genómicos fueron analizados en nuestro estudio. La mayoría de los miembros de la familia, como
let-7a-1