Extracto
Introducción
Los microARN (miARN) regulan los ARN mensajeros (ARNm) y como tales han sido implicados en una variedad de enfermedades, incluyendo el cáncer. MiRNAs regulan los ARNm través de la unión de "secuencia de semillas (~ 7-8 nucleótidos) de los ARNm 3 'UTRs el miARN 5; polimorfismos en estas regiones tienen el potencial de modificar la asociación de miARN-mRNA. SNPs en los genes miARN, así como los genes miARN objetivo se han propuesto para influir en el riesgo de cáncer a través alterados los niveles de expresión de los genes miARN.
Métodos
miARN y miARN-SNPs objetivo gen-SNPs fueron identificados a través la literatura. Utilizamos SNPs a partir de datos de genoma completo estudio de asociación (GWAS) que se corresponde con los individuos con los datos de expresión de miRNA generados a partir de una plataforma de Agilent para los tejidos tumorales de colon emparejados y no tumorales. Estas muestras se utilizaron para evaluar 327 pares de genes miARN-SNP para las asociaciones entre SNPs y los niveles de expresión de los genes miARN, así como para las asociaciones de SNP con cáncer de colon.
Resultados
Veintidós miRNAs expresados en la no tejido tumoral fueron significativamente diferentes según el genotipo y 21 SNPs se asocia con diferencial tumoral alterado /no tumoral miARN expresión en todos los genotipos. Dos miRNAs se asociaron con SNP genotipo tanto no tumoral y la expresión diferencial de tumor /no tumor. De los 41 miRNAs asociados significativamente con SNPs todos menos siete fueron significativamente expresados diferencialmente en el tejido tumoral del colon. Dos de los 41 SNPs asociados significativamente con los niveles de expresión de los genes miARN se asociaron con el riesgo de cáncer de colon: rs8176318 (
BRCA1
), O
AA IC del 95% 1.31 1.01, 1.78, y rs8905 (
PRKAR1A
), O
GG 2,31; IC del 95%: 1,11, 4,77.
Conclusión
de los 327 SNPs identificados en la literatura como importantes debido a su potencial regulación de los niveles de expresión de los genes miARN , el 12,5% tenían estadísticamente significativa asociación con la expresión de los genes miARN. Sin embargo, sólo dos de estos SNP se asociaron significativamente con el cáncer de colon
Visto:. Mullany LE, Wolff RK, Herrick JS, Buas MF, Slattery ML (2015) Reglamento de SNP de expresión de microARN y posterior riesgo del cáncer de colon. PLoS ONE 10 (12): e0143894. doi: 10.1371 /journal.pone.0143894
Editor: Geraldo A. Passos, Universidade de Sao Paulo, Brasil |
Recibido: 16 Septiembre, 2015; Aceptado: 10 de noviembre de 2015; Publicado: Diciembre 2, 2015
Derechos de Autor © 2015 Mullany et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan
Disponibilidad de datos: En base a firmado formularios de consentimiento de los participantes del estudio, que los datos sólo pueden ser liberados para los fines indicados en el formulario de consentimiento. solicitud de datos debe ser dirigida al Dr. Slattery que va a revisar y completar en su caso. datos de GWAS SNP se están subiendo a dbGaP por el Instituto de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson para ambos sujetos Utah y Minnesota (número de depósito de datos aún no están disponibles)
Financiación:. La financiación de este estudio fue recibido por el Instituto Nacional del Cáncer ( http://www.cancer.gov). Los números de subvención son: CA163683 y CA48998. Se recibieron fondos por MLS. Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito
Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia
Introducción
los microARN (miRNA) son moléculas pequeñas, no codificantes de ARN reguladoras [1-5] que tienen la capacidad de alterar la expresión génica y la función de la vía por lo tanto biológica. MiRNAs se han asociado con varias enfermedades, incluyendo el riesgo de cáncer colorrectal y la supervivencia [6-8]. La importancia de miRNAs en el proceso carcinogénico está bajo intenso estudio. Se ha propuesto que los SNPs se encuentran en miARN loci de genes y demostrado que se asocia con el cáncer colorrectal puede estar operando a través de su influencia en los niveles de expresión de los genes miARN [9]. Otros han propuesto que SNPs en los genes miARN genes diana (es decir, ARNm) pueden influir miARN unión de estos genes a través de la alteración de los sitios de unión dentro de la miARN ARNm, haciendo que la expresión alterada de ARNm [10]. Se han propuesto niveles de miARN maduro que se correlaciona con la presencia de sus ARNm diana
in vitro Bienvenidos en los organismos modelo [11], y como tal, SNPs en los genes diana podrían alterar la expresión de los genes miARN debido a los niveles de mRNA alterado. Por lo tanto, también se ha propuesto que SNPs dentro de los genes diana de los genes miARN (ARNm) que se asocian con el riesgo de enfermedad podría estar operando a través de su influencia en miRNAs. La mayoría de la regulación de los genes miARN se produce a través de la unión de la región de la semilla de los genes miARN (~ 7-8 nucleótidos en el 5 'UTR final del miRNA) a los 3' UTR del mRNA [12]; como tal, los SNP dentro de la UTR 3 'de los genes miARN-diana pueden crear o destruir sitios de unión miARN [10], y son de particular interés para la presente investigación.
Estamos en una posición única para evaluar si los SNP en miARN loci de genes y SNPs en los genes miARN objetivo genes influyen en la expresión de los genes miARN en el tejido de colon, ya su vez investigar si estas mismas variantes influyen en el riesgo de cáncer de colon. Para probar la hipótesis de que los SNP altera los niveles de expresión de los genes miARN, utilizamos el tejido no tumoral y evaluar las diferencias en la expresión a través de genotipo. Sin embargo, ya que un SNP podría alterar los niveles de expresión de los genes miARN igualmente tanto en el tejido tumoral y no tumoral, tal asociación no necesariamente contribuir al riesgo de cáncer. Para determinar si SNPs están asociados con el proceso carcinogénico través de la regulación de los genes miARN, también evaluamos si la expresión de los genes miARN es diferente en todos los genotipos entre los tejidos tumorales y no tumorales. Además, evaluamos si miRNAs que están asociados con SNPs se expresan diferencialmente en los tumores de colon. Por último, se evalúa la asociación entre los SNPs asociados con la expresión de los genes miARN y el riesgo de cáncer de colon.
Métodos
Estudio de la población
La población de estudio consistió en individuos previamente inscritos en un estudio de la dieta, estilo de vida, y el cáncer de colon en la Universidad de Utah y el Programa de Investigación médica de Kaiser Permanente (KPMRP) [13] para los cuales los datos GWAS, así como miARN de tejido tanto tumoral y no tumoral estaba disponible, y en las ciudades gemelas área metropolitana en Minnesota para los datos de GWAS solamente (Tabla 1). Los sujetos del estudio incluyeron casos incidentes de cáncer de colon entre las edades de 30 y 79 que eran blancos no hispanos, hispanos o afroamericanos, y fueron capaces de proporcionar un consentimiento informado por escrito antes de la participación en el estudio. El estudio fue aprobado por la Universidad de Utah Junta de Revisión Institucional de Sujetos Humanos.
procesamiento de miRNA
ARN (miARN) fue extraído de tejidos embebidos en parafina fijados con formalina. Se evaluó diapositivas y bloques tumorales que se prepararon durante la duración del estudio antes de la hora de aislamiento miARN para determinar su idoneidad. El estudio forense revisó diapositivas para delinear el tejido tumoral y no tumoral. Las células fueron disecados de 1-4 secciones secuenciales en anilina diapositivas teñidas de azul utilizando un H & amp; E tobogán para referencia. Se extrajo el ARN total que contiene los genes miARN, aislado, y se purificó utilizando el kit de aislamiento RecoverAll total de ácidos nucleicos (Ambion); los rendimientos de ARN se determinaron usando un espectrofotómetro NanoDrop. 100 ng de ARN total fue marcado con Cy3 y hibridizada a microarrays Agilent Humanos miARN V19.0 y fueron digitalizadas en un microarrays SureScan modelo de escáner G2600D de Agilent. El microarray de Agilent Humanos se ha generado utilizando información de la secuencia conocida miARN compilada en la base de datos de Sanger v19.0 miRBase. El microarray contiene sondas para 2006 miRNAs humanos únicos, de uno a cuatro sondas únicas para cada uno de los miRNAs conocidos. La matriz contiene 60.000 genes miARN secuencias humanas únicas y un promedio de 30 repeticiones por secuencia de la sonda. Se extrajeron los datos de la imagen escaneada utilizando Agilent v.11.5.1.1 función de extracción de software. Se requieren datos para pasar estrictos parámetros de control de calidad establecidos por Agilent que incluyeron pruebas de fluorescencia de fondo excesiva, excesiva variación entre secuencia de la sonda se replica en la matriz y las mediciones de la señal total de genes en la matriz para evaluar la señal baja. Si las muestras no cumplieron las normas de calidad para cualquiera de estos parámetros, la muestra fue re-etiquetado, hibrida con matrices, y escaneado. Si una muestra no pudo evaluación del control de calidad por segunda vez la muestra se consideró que era de mala calidad y el individuo se excluyó del análisis de aguas abajo. Para minimizar las diferencias que pudieran atribuirse a la matriz, la cantidad de ARN, la ubicación en la matriz, o de otros factores que podrían influir en la expresión errónea, la señal génica total se normaliza al multiplicar cada muestra por un factor de escala estratificados por sitio del tumor. Dentro de cada sitio del tumor, el factor de escala [14] (http://genespring-support.com/files/gs_12_6/GeneSpring-manual.pdf) es la mediana de la 75
º percentiles de todas las muestras, dividido por el persona 75
percentil de cada muestra.
Nos referimos a miRNAs utilizando la nomenclatura estándar usada en la base de datos miRBase [15]. En esta notación, las tres primeras letras significa el organismo, y éstas son seguidas por un número único. El número es seguido por un guión y el número (es decir, -1) si hay más de uno los códigos loci para el miARN. Un sufijo indica con letras miRNAs estrechamente relacionados. Si dos miRNAs están codificados por el mismo producto precursor entonces el producto de menor importancia se asigna el sufijo (*). Si el estado de producto predominante /menor no se conoce entonces el -5p sufijo y -3P se utiliza para denotar 5 'y 3' del brazo, respectivamente. Un ejemplo sería, let-7 puede ser reportado previamente en la literatura, sin embargo, desde entonces let-7 se ha delineado aún más a varias secuencias maduras estrechamente relacionados y loci del genoma, incluyendo let-7a-3p, let-7a-5p, y let-7b-3p.
previamente a prueba la fiabilidad de la Agilent Microarray con el tiempo, repitiendo ocho tumor y cinco muestras normales de la misma (para un total de 13 muestras) que había ser escaneados en el transcurso del estudio , y se encontró coeficiente de correlación de 0,98 repetibilidad [16]; comparación previa de expresión Agilent miARN miRNAs para seleccionar a la generada por qPCR mostraron una concordancia del 100% en términos de dirección del cambio y doble cambio [17].
GWAS
Se extrajo sangre de los participantes que proporcionó el consentimiento informado; estos participantes incluyen los del estudio mencionado en la Universidad de Utah, KPMRP, y en el área metropolitana de las ciudades gemelas de Minnesota [13]. Se obtuvieron datos de GWAS usando Illumina HumanHap 550K, 610K como parte del estudio GECCO y ha sido descrito previamente [18]. Imputación a HapMap2 Release 24 se realizó mediante MACH que fue imputada a HapMap Release 22 Utilización de Beagle. GWAS muestras obtenidas de Utah y Minnesota se están cargando en dbGaP del NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gap) por el Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson de la.
Selección de SNPs relacionados con el miARN
Una búsqueda bibliográfica se realizó para identificar todos los SNP relacionados con miRNA demostrado estar asociadas con la susceptibilidad a cualquier tipo de cáncer y más específicamente a cáncer colorrectal [9,19-51]. Se excluyeron los SNPs de la consideración que fallaron las medidas de calidad de Illumina o procedimientos de control de calidad estándar [52]. En concreto, se excluyeron los SNPs si alguno de los siguientes criterios fueron satisfechos: i) la puntuación Illumina GenTrain & lt; 0,6 o separación grupo & lt; 0,4; ii) el genotipo discordantes llama en cualquier par de muestras de estudio duplicados; iii) Error de mendeliana ya sea en uno de los tríos HapMap de control de calidad o un pequeño número de familias identificadas en los datos de baliza; iv) desviación significativa del equilibrio de Hardy-Weinberg (P & lt; 10
4)
Análisis estadístico
El flujo de datos del estudio se muestra en la figura 1 e ilustra la secuencia que conduce a la final. el análisis de miRNAs y su SNP relacionado. La muestra consistió en 344 sujetos que tenían tanto los datos de miARN y datos GWAS y 1.115 casos y 1.173 controles con SNP datos para la evaluación del riesgo de colon. Empezamos con un total de 559 pares de genes miARN-SNP. Estos pares se ampliaron para abarcar la terminología específica miRNA (es decir, 3p, 5p, etc) para producir 835 pares miRNA-SNP para la evaluación. A partir de este número, se excluyeron los miRNAs que no se expresaron en al menos una muestra de colon dejando 622 pares. Se excluyeron además cualquier SNPs para el cual no tenemos información GWAS, dejando 552 pares. También se excluyeron los SNPs que no tenía variación (es decir, unos pocos con alelo menor en nuestra muestra), dejando 548 pares. Nuestro análisis final incluyó 327 pares después se excluyeron además cualquier miRNAs y su SNP asociados, que no tienen expresión en el tejido del colon no tumoral en al menos un 5% de la población.
Hemos utilizado diversos herramientas bioinformáticas. DbSNP (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/) se utilizó para identificar los SNP coordenadas: todas las coordenadas cromosómicas SNP son del conjunto GRCh37 (GRCh37.p13). herramienta (VEP) Variante Efecto Predictor de Ensembl se utilizó a través del sitio Ensembl GRCh37 (http://grch37.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html) para dar lugar variante y efecto. VEP se utilizó usando todos los valores predeterminados. Todos los SNPs se encuentran en VEP. MiRNASNP v2.0, basado en miRBase construir 19 y la versión dbSNP 137 (http://bioinfo.life.hust.edu.cn/miRNASNP2/index.php) [53] fue utilizado para identificar predicho perdido y ganado miRNAs regulan como una resultado de 3 'UTR cambios en los genes de ARNm debido a SNPs asociados con el riesgo de cáncer de colon. Estos miRNAs fueron entonces también evaluaron con sus SNPs asociados para alteraciones significativas en la expresión de los genes miARN.
Se evaluó la expresión de los genes miARN en ambos colon diferencias de tejido y de expresión no tumorales entre tumor y el tejido no tumoral para obtener una mejor comprensión de cómo los SNPs se refieren a la expresión de los genes miARN. En cuanto a tejido no tumoral nos permitió evaluar el efecto de la expresión de los genes miARN SNP. Un SNP asociado con la expresión de los genes miARN través de genotipos en el tejido no tumoral puede influir en el nivel de expresión basal de los genes miARN pero no influir en el riesgo de cáncer si igualmente alterada la expresión de los genes miARN en los tumores. Así, los cambios en la expresión entre el tumor y el tejido no tumoral se evaluaron debido a su potencial importancia para el proceso carcinogénico.
El análisis estadístico se llevó a cabo en tres etapas. En primer lugar, se evaluó la expresión de los genes miARN para la tendencia lineal a través de los genotipos de ajustar por edad, sexo y centro de estudio utilizando un modelo de regresión lineal. P-valores se generaron a partir del método de arranque [54] mediante la creación de una distribución de 10.000 β coeficientes de los genotipos y la evaluación de H
0: β = 0 vs. H
1: ß ≠ 0 utilizando R 3.1.2 (cran.r-project.org). Todos los análisis estadístico se realizó mediante miARN datos de expresión que era a la vez normalizado y log2 transformado. Las expresiones medios notificados en las Tablas 2, 3 y 4 están normalizados pero no log2 transformado con el fin de presentar los datos de una manera más intuitiva. Todos los análisis posterior se realizó en SAS 9.4 4 (SAS Institute, Cary, NC). Presentamos los valores de p de crudo, ya que cada pares de análisis se planteó la hipótesis específica, así como un p-valor ajustado, tomando en consideración todas las 327 comparaciones realizadas utilizando la tasa de falso descubrimiento (FDR) [55]. En segundo lugar, se evaluó miRNAs y SNPs de pares previamente identificados para determinar su asociación con el cáncer de colon. En este análisis, se evaluó la expresión de los genes miARN diferencial entre el tumor y el tejido del colon no tumoral para determinar si la expresión de los genes miARN se expresó diferencialmente en los tumores de colon. Se utilizó una prueba t pareada para este análisis y los valores de p calculados utilizando 10.000 muestras de arranque. Por último, se evaluó el riesgo de cáncer de colon asociado con SNPs que influyeron de manera significativa la expresión de los genes miARN utilizando el análisis de regresión logística. Se presenta la odds ratio (OR) y los intervalos de confianza del 95% (IC) que han sido ajustadas por edad, sexo y centro de estudios.
Resultados
Antes a un ajuste para comparaciones múltiples, seis SNPs dentro de los genes miARN y 16 SNPs dentro de los genes miARN objetivo se asociaron con miRNAs expresados diferencialmente en tejido colónico no tumoral por el genotipo (Tabla 2). Doce de los 16 SNPs de genes miARN objetivo estaban dentro de la UTR 3 '. Después del ajuste para comparaciones múltiples, ninguna de las asociaciones identificadas se mantuvo estadísticamente significativa.
Seis SNPs en los genes miARN y 15 SNPs en los genes miARN objetivos genes fueron identificados como asociados con los niveles de miRNA diferencial entre el tumor y el tejido no tumoral (Tabla 3); 12 de los 15 SNPs en los genes miARN objetivo se produjeron en la UTR 3 '. Como se ha visto con las asociaciones no tumorales, estas asociaciones miARN-SNP no fueron significativos después del ajuste para comparaciones múltiples.
Una evaluación más profunda de miRNAs que fueron significativamente influenciado por SNPs antes del ajuste para comparaciones múltiples, ya sea en la no tejido tumoral o cuando la comparación de las diferencias entre tumor /no tumor (véanse las Tablas 1 y 2 respectivamente) mostraron que todos menos siete miRNAs fueron significativamente expresados diferencialmente entre tumor de colon y el tejido no tumoral (Tabla 4). De esos miRNAs asociados con SNPs en el tejido no tumoral (Tabla 2), nueve miARN fueron estadísticamente significativamente downregulated en el tejido tumoral y seis se upregulated. Evaluación de miRNAs asociados con SNPs de la Tabla 3 (expresado diferencialmente a través de genotipo entre los tipos de tejido tumoral /no tumoral) demostró que seis fueron estadísticamente significativamente upregulated y seis fueron downregulated en tumor de tejido con respecto al tejido no tumoral. Dos de los tres miRNAs que se observaron en ambas tablas 1 y 2, hsa-miR-146a-5p y hsa-miR-25-3p, eran estadísticamente significativamente upregulated tanto en el tejido tumoral con respecto al tejido no tumoral (Tabla 4).
Evaluación de las asociaciones entre el cáncer de colon y los SNP que se asociaron significativamente con los niveles de expresión de los genes miARN mostró dos SNPs que también se asoció significativamente con un mayor riesgo de cáncer de colon (Tabla 5). Dentro de los 3 'UTR de
BRCA1
, el genotipo homocigoto variante de rs8176318 se asoció con un mayor riesgo de cáncer de colon (O
AA 1,34 95% CI 1,01, 1,78. La miRNA asociados, hsa-miR 525-5p, no se expresó en una gran parte de la población con el genotipo homocigótico-raro, por lo tanto, las diferencias en la expresión a través de los genotipos podrían ser atribuibles a la reducción en el porcentaje que expresa un segundo SNP, rs8905, dentro de la 3 'UTR. de
PRKAR1A
se asoció con más del doble de riesgo de cáncer de colon (O
GG 2,31; IC del 95%: 1,11, 4,77). un tercer SNP, rs276466, se asoció con un mayor riesgo de cáncer de colon con el genotipo heterocigoto (O
AG 1.21 IC 95%: 1,02 a 1,44) y no los homocigotos genotipo rara y por lo tanto puede ser una asociación espuria.
Discusión
ha sido sugirió que los SNPs asociados con el riesgo de cáncer de colon podría estar funcionando a través de su impacto en la regulación de los genes miARN [9]. en este estudio, se investigó SNPs dentro de las regiones de genes miARN y genes miARN objetivo previamente reportados en la literatura como asociado con el cáncer, para evaluar si estos SNPs influyen en la expresión de los genes miARN y alteran el riesgo de cáncer de colon. De los pares 327 SNP /miARN evaluados, 22 SNPs se asociaron con significativa (P & lt; 0,05) diferencias en la expresión de los genes miARN en el tejido no tumoral por el genotipo, y 21 SNPs se asociaron con diferencial significativa miARN expresión entre el tumor y el tejido no tumoral por genotipo. La evaluación de estos SNPs con cáncer de colon mostró sólo dos SNPs se asociaron significativamente con el riesgo de cáncer de colon. Esto sugiere que la mayoría de las asociaciones hipotéticas no son compatibles cuando se evalúa directamente con los datos miARN
Dos SNPs en los genes miARN objetivo fueron identificados como asociados con un mayor riesgo de cáncer de colon.; estos SNP también se asociaron con los genes miARN expresión diferencial media estadísticamente significativa entre los genotipos. De éstos, rs8176318, situado en el 3 'UTR de
BRCA1 Opiniones y prevé que sea un sitio de unión para hsa-miR-525-5p cuando no está presente el alelo G (o C en nuestros datos) [21] , se asoció con una disminución lineal en la expresión de miR-HSA-525-5p en el tejido no tumoral cuando se comparan homocigoto común (CC) a homocigoto genotipos raros (AA). MIRNA hsa-miR-525-5p también se downregulated en el tumor en comparación con el tejido no tumoral (p = 0,0044) y rs8176318 se asoció significativamente con un aumento en el riesgo de cáncer de colon (O
AA 1,34 95% CI 1,01, 1,78). Esta variante se ha descrito su asociación con una disminución de
BRCA1
expresión, aumento del riesgo de cáncer de mama, y una mayor probabilidad de tener cáncer de mama en estadio IV [56]. Los niveles de expresión de este miRNA son algo bajas, y pueden, por tanto, menos preciso, sin embargo, en conjunto, estos hallazgos podrían apoyar la afirmación de que los rs8176318 SNP contribuye a la incidencia y progresión de algunos cánceres de mama y de colon a través de la regulación de los genes miARN alterado dentro de estos tejidos.
también se identificaron otros SNP, rs8905, en el 3 'UTR de
PRKAR1A
, que se asoció significativamente con la disminución de la expresión en los tumores en relación con el tejido no tumoral del miARN objetivos que
PRKAR1A
, hsa-miR-214-3p, en los sujetos del genotipo homocigoto común (TT) en comparación con el (TG, respectivamente) GG genotipos raros heterocigoto y homocigoto. Además, un porcentaje mucho mayor de tejido no tumoral no expresó hsa-miR-214-3p en el genotipo heterocigoto en comparación con el genotipo TT (común), y se observó incluso menos expresión para los homocigotos genotipo raro. Hsa-miR-214-3p se reguló de forma estadísticamente significativa en comparación con los tejidos del tumor no tumorales, y los SNP rs8905 fue visto aumentar significativamente el riesgo de cáncer de colon (O
GG 2,31; IC del 95%: 1,11, 4,77). En este caso, es probable que la alteración de la expresión de los genes miARN es causada por el SNP y esto contribuye directamente al riesgo de tumores de colon.
Nuestros datos hicieron apoyar alguna de la literatura en términos de asociaciones de SNP y miARN. En un estudio reciente, dos SNPs en la región promotora del HSA-mir-143/145, rs353292 y rs353293, se asociaron significativamente con un mayor riesgo de cáncer colorrectal (CCR) en una población predominantemente china [9]. A medida que estos SNPs están en la región promotora de miRNAs, Li et al. propone que el mecanismo por el cual estos SNPs aumentaron el riesgo de CCR fue a través de la expresión de HSA-miR143 /145 [9]. En nuestra investigación, tanto rs353292 y rs353293 se asociaron con la expresión diferencial de hsa-miR-145-3p y hsa-miR-143-5p entre los genotipos entre los tejidos no tumorales (Tabla 3) y tumor. En ambos casos, los genes miARN expresión fue mayor en los individuos con dos copias del alelo común (es decir genotipos homocigotos común) en el tejido no tumoral. Tener una copia del alelo variante resultó en una disminución en la expresión de los genes miARN en el tejido tumoral en comparación con tejido no tumoral. De estos dos, hsa-miR-145-3p fue significativamente expresados diferencialmente entre el tumor y el tejido no tumoral, sin embargo ninguno de estos SNPs se asociaron significativamente con el cáncer de colon.
Dikaiakos et al. [44] reportaron una mayor incidencia de CCR entre los individuos con el genotipo CC y con el alelo C de rs2910164, que se encuentra en la región de miARN precursor de la HSA-miR-146a, y sugirió que este aumento del riesgo se atribuye a alteraciones en la expresión de los genes miARN y modificación de su estructura [44]. Hemos observado que miR-146a se expresa diferencialmente a través de los genotipos de rs2910164 para el tejido no tumoral, así como entre los tejidos tumorales y no tumorales. Además, la expresión de HSA-miR-146a-5p se upregulated estadísticamente significativa en el tejido tumoral en comparación con tejido no tumoral, sugiriendo que este SNP podría afectar la expresión de los genes miARN. Sin embargo, a diferencia de Dikaiakos, no observamos que este SNP se asocia con el cáncer de colon.
En una revisión por Ryan et al. [20],
AFF1
rs17703261 y
KIAA0423 gratis (o
FAM179B
) rs1053667, se asociaron significativamente con el riesgo de cáncer no especificada. En ese trabajo,
AFF1
rs17703261 se asoció inversamente con el riesgo de cáncer (OR para la A /T fue de 0,34 IC del 95% 0.20, 0.58) y
KIAA0423
rs1053667 se asoció directamente con el riesgo de cáncer ( o para el C /T era CI 3.29 95% 1.72, 6.32) [20]. El miRNAs que se dirigen a
¿Cuáles son AFF1 HSA-MIR-19a, -19b, -585, -648 y. En nuestro estudio, hemos identificado una disminución significativa en la expresión de HSA-miR-648 en el raro genotipo homocigoto (TT) en el tejido no tumoral. Además, se encontró que la expresión de este miRNA es downregulated significativamente en el tejido tumoral en comparación con los tejidos no tumorales. Sin embargo, no se observó una asociación entre la
AFF1
rs17703261 con el riesgo de desarrollar cáncer de colon. El miRNAs que fueron identificados como la orientación
KIAA0423 Hoteles en Ryan et al. fueron HSA-MIR-19a y -19b. Se identificaron significativamente menor expresión de hsa-miR-19b-3p en el genotipo heterocigoto en comparación con el genotipo homocigoto común en los tejidos de colon no tumorales. También encontramos la expresión de este miRNA que se regula positivamente en el tumor en comparación con los tejidos no tumorales. Sin embargo, rs1053667 no se asoció con el riesgo de cáncer de colon.
Wu et al. [43] investigaron varios SNPs dentro de los 3 'UTRs de los genes en la vía de señalización B7 /CD28, que participan en la estimulación de las células T, incluyendo rs7628626 (
CD80
), rs1305 (
VTCN1
), y rs44044254 y rs1559931 (
ICOS
). En su estudio, se encontró un mayor riesgo de CCR con los homocigotos genotipo rara de rs1305 y una disminución del riesgo de CCR con el codominante y el modelo dominante para rs4404254 y rs1559931. Vimos ligeramente reducida, el riesgo no significativo para todos estos SNPs con cáncer de colon.
Se ha sugerido que los niveles de expresión de los genes miARN se asocian con la expresión de sus genes diana correspondientes, y que la presencia de los genes diana evita la degradación por nucleasas miARN [11]. Para investigar esta relación, se utilizó miRNASNP v2.0 para evaluar los SNP dentro de los 3 'UTRs de mRNAs para los cambios en la regulación de los genes miARN predijo. Muchos de los SNPs se discutió previamente había documentado la pérdida o ganancia de miARN predijo la focalización basada en los cambios del SNP hace en el 3 'UTR del ARNm diana, y por lo tanto la región de unión de la miARN. Un ejemplo de este cambio es el SNP en
AFF1
, rs17703261 que se predice para causar una pérdida de la orientación por hsa-miR-648. Este miRNA está ligeramente downregulated en tumor en comparación con tejidos no tumorales en nuestros datos. El genotipo homocigótico rara tiene significativamente menor expresión de HSA-miR-648 que los otros genotipos. Otros ejemplos son los
SLC10A7
rs105760 y
KIAA0423
rs1053667, que se prevé para causar la pérdida de la orientación por hsa-miR-25-3p y hsa-miR-19b-3p, respectivamente. Rs1053667 y rs105760 se asociaron con una expresión reducida en el tumor en comparación con tejidos no tumorales de los miRNAs perdidas predichos con el alelo variante. Un ejemplo adicional, rs9874 (
SELS)
se prevé que causa una orientación ganado por hsa-miR-181-5p, y vemos un aumento en la expresión media entre el tumor y el tejido no tumoral con el alelo variante. Además,
BRCA1
rs8176318, se prevé que tenga una ganancia de función para hsa-miR-20a-3p. Evaluamos este par miARN /SNP y no vimos una asociación entre el miARN predijo adquirida y este SNP. Sin embargo, como se mencionó anteriormente,
BRCA1
rs8176318 se asoció con el alelo G específica (C en nuestras mesas) miARN hsa-miR-525-5p y nos hicieron ver una reducción en la expresión de HSA-miR-525- 5p en tejidos no tumorales con el alelo variante, así como un nivel de reducción de la expresión de los genes miARN media en el tejido tumoral en comparación con tejido no tumoral. Estos resultados apoyan la teoría de que una pérdida de la presencia de la diana (como resultado de la SNP) causa una reducción en el nivel de expresión de los genes miARN.
Hay varias consideraciones en la evaluación de los resultados. En primer lugar, nuestro estudio se compone de los casos de cáncer de colon mientras que muchos estudios incluyeron tanto los casos de cáncer de colon rectal y. Las diferencias en las asociaciones con cáncer podían diferir en función de las diferencias en los casos de definición. Nuestros resultados dilucidar la complejidad de la regulación de los genes miARN, en especial el papel de SNPs en el proceso carcinogénico que implica miARN. MiRNAs están involucrados en la regulación de múltiples genes y, a pesar de que los SNPs se asociaron con miRNAs, la influencia de miRNAs en otros genes pueden determinar la asociación con el cáncer. Por ejemplo, HSA-miARN-25-3p, junto con su regulación de
SLC10A7
, está asociada con
MCM7
,
MIR106B
,
MIR25
,
MIR93
y
AP4M1
y varios SNP, rs105756, rs999885, rs1527423 y. Esto puede hacer que la interpretación de los resultados difícil. Si bien existen limitaciones del estudio, una de las principales de este estudio es evaluar la capacidad de las asociaciones de SNP /miARN hipotéticas y evaluar los SNPs asociados y miRNAs con cáncer de colon.
De los 327 pares de SNP-miARN únicas evalúa sólo 41 se asociaron con los niveles de expresión de los genes miARN. De éstos, sólo dos SNPs se asociaron con el riesgo de cáncer de colon. Si bien se ha planteado la hipótesis de que los SNPs en regiones miARN pueden influir en el riesgo de cáncer a través de la regulación de los genes miARN, nuestros datos sugieren que este tipo de asociaciones son relativamente raros en la evaluación de cáncer de colon.
Reconocimientos
El contenido de este manuscrito son de la exclusiva responsabilidad de sus autores y no representan necesariamente la opinión oficial del Instituto Nacional del cáncer. Nos gustaría reconocer Ulrike Peters de la supervisión y la financiación relacionada con los datos GWAS, Erika Wolff y Michael Hoffman para el procesamiento de miRNA y Sandie Edwards por sus esfuerzos en el seguimiento del estudio global y el tumor de recogida de tejido